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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2026-04-21 |
Deep learning revolutionizes protein research: Advances in structure prediction, functional annotation, and engineered design
2026-Jun, Journal of biotechnology
IF:4.1Q2
DOI:10.1016/j.jbiotec.2026.03.012
PMID:41839238
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综述 | 本文综述了深度学习如何通过连接结构预测、功能注释和理性设计,形成一个协同循环,从而彻底改变蛋白质研究 | 提出了一个统一的“预测-理解-创造”范式,展示了深度学习在蛋白质结构预测、功能注释和从头设计中的突破性进展,并阐述了这些领域如何相互促进,形成一个自我强化的循环 | 在数据稀缺性、模型可解释性以及分布外泛化方面仍存在挑战 | 阐述深度学习如何变革蛋白质研究,并展示结构预测、功能注释和理性设计之间的协同循环 | 蛋白质(特别是单域、球状蛋白质) | 机器学习 | NA | 深度学习,生成式AI,逆向折叠模型,混合实验-计算工作流(如与AI集成的冷冻电镜) | 端到端深度学习模型(如AlphaFold2),多模态模型,生成式AI | 序列数据,3D坐标,相互作用数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发,合成生物学 |
| 1442 | 2026-04-21 |
Post-translational modifications of silk proteins
2026-Apr-16, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d6cb00012f
PMID:41822872
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综述 | 本文综述了丝蛋白的翻译后修饰(PTMs)如何赋予其化学多样性,从而调控其高级组装、水合作用和共价连接性,并探讨了这些修饰对蛋白质结构稳定性和机械性能的贡献 | 整合了蛋白质组学揭示的低丰度PTMs新发现,并强调了合成生物学和生物正交化学在程序化安装修饰以调控理化性质方面的最新进展 | NA | 为在化学生物学与材料科学交叉领域预测性设计下一代蛋白质基材料奠定基础 | 丝蛋白及其翻译后修饰 | 化学生物学与材料科学交叉领域 | NA | 蛋白质组学、合成生物学、生物正交化学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 材料 |
| 1443 | 2026-01-26 |
A new frontier in synthetic biology: leveraging phase separation for robust gene circuits
2026-Apr-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2026.01.020
PMID:41580366
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1444 | 2026-04-21 |
Plant prenyltransferases: Diversity, catalytic activities, mechanisms, and application in heterologous production of prenylated natural products
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70004
PMID:40765501
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综述 | 本文全面总结了植物异戊烯基转移酶(PTs)的多样性、催化活性、机制及其在异源生产异戊烯化天然产物(PNPs)中的应用 | 系统综述了超过160种已报道的植物UbiA型PTs和代表性IDSs,填补了植物PTs功能多样性理解的不足 | NA | 推进植物异戊烯基转移酶的表征与应用,为基于异戊烯化天然产物的药物开发奠定基础 | 植物异戊烯基转移酶(PTs)和异戊烯化天然产物(PNPs) | 合成生物学 | NA | 植物基因组学、合成生物学 | NA | NA | 超过160种已报道的植物UbiA型PTs和代表性IDSs | NA | NA | NA | 医药 |
| 1445 | 2026-04-21 |
Dynamic Coordination: How ERF Transcription Factors Coordinate Plant Development and Adaptive Stress Responses
2026-03-19, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16030466
PMID:41897400
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综述 | 本文综述了乙烯响应因子(ERF)转录因子在植物生长与胁迫适应平衡中的核心调控作用 | 强调了ERF-VII亚组在协调发育程序与胁迫响应中的双重角色,并探讨了利用CRISPR和合成生物学工具精准调控ERF网络以改良作物的新策略 | NA | 探讨ERF转录因子如何动态协调植物发育与适应性胁迫响应,以支持可持续农业 | 乙烯响应因子(ERF)转录因子家族,特别是ERF-VII亚组 | 植物生物学 | NA | CRISPR基因组编辑、合成生物学工具 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物 | NA | 农业 |
| 1446 | 2026-04-21 |
Photo-Oxidative Stress in Plants: ROS Signaling, Damage Propagation, and Systems-Level Resilience
2026-Mar-15, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox15030371
PMID:41897517
|
综述 | 本文综述了植物光氧化应激中活性氧信号、损伤传播及系统级恢复力的综合框架 | 超越将ROS视为单纯毒性副产物的传统观点,将其定位为复杂互连网络中的核心枢纽,并提出了“优化网络”而非增强单一组分的未来策略 | 作为综述文章,未提供原始实验数据或具体技术验证 | 阐明植物光氧化应激的机制,并提出培育气候适应性作物的策略 | 植物(特别是农作物)的光氧化应激响应系统 | 植物生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 | 植物(农作物) | NA | 农业 |
| 1447 | 2026-04-20 |
Synthetic biology approaches to generate temperature-sensitive alleles for the Sterile Insect Technique
2026-Apr, Insect science
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/1744-7917.70186
PMID:41178318
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法开发温度敏感等位基因以改进昆虫不育技术中雄性品系培育的策略 | 提出结合CRISPR/Cas基因组编辑、理性蛋白质设计及温度诱导型N-降解决定子/内含肽等合成生物学工具,创建新型非转基因遗传性别品系 | 在雄性决定基因座或染色体上整合和表达基因的技术尚未稳定建立,需要开发将温度敏感表型与雌性发育关联的额外策略 | 开发适用于昆虫不育技术的温度敏感遗传性别品系,实现环境友好的害虫防控 | 昆虫不育技术的目标物种 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、理性蛋白质设计、温度诱导型N-降解决定子、温度敏感内含肽 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 昆虫(目标害虫物种) | 温度敏感等位基因设计、性别决定/剂量补偿基因靶向 | 农业 |
| 1448 | 2026-04-19 |
A century of vitamin E research: The innovative journey from basic biology to synthetic bio-manufacturing
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70235
PMID:41866783
|
综述 | 本文回顾了维生素E研究一个世纪以来的进展,从基础生物学到合成生物制造 | 揭示了种子特异性酯酶VTE7,建立了叶绿素降解与生育酚合成的直接联系,并探讨了合成生物学方法生产天然维生素E的新范式 | NA | 探索维生素E的化学组成、功能、生物合成途径及生产策略 | 维生素E及其生物活性分子 | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物平台 | NA | 医药、工业生物技术 |
| 1449 | 2026-04-19 |
Model-guided design of regulatable promoters for synthetic biology
2026-Feb, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102701
PMID:41485423
|
综述 | 本文综述了在大肠杆菌中通过模型引导设计可调控启动子的方法,结合简单实验与热力学框架优化启动子功能 | 提出了一种基于上下文最小化和测量优先的方法,将简单实验与单一转录因子的热力学模型结合,以优化启动子的动态范围、泄漏性和敏感性 | NA | 设计具有特定功能输出的可调控启动子,以应用于合成生物学 | 大肠杆菌中的启动子序列设计,特别是以LacI为例的转录因子调控机制 | 合成生物学 | NA | 热力学模型、序列-占据测量、拷贝数竞争分析 | 热力学框架模型 | 序列数据、实验测量数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 可调控启动子设计,涉及转录因子占据、功能调控和诱导剂变构 | 工业生物技术 |
| 1450 | 2026-04-18 |
Engineering Microbial Particles for Next-Generation Biomedical Platforms
2026-Apr-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202600012
PMID:41995096
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综述 | 本文系统综述了微生物衍生颗粒(MDPs)的类别、生物合成途径、理化特性及其在生物医学领域的应用,并探讨了其未来发展方向 | 系统整合了MDPs作为生物启发纳米材料的多样化类别、生物工程调控方法及其在药物递送、疫苗设计等领域的应用,并展望了合成生物学与材料科学结合开发下一代智能生物平台的前景 | NA | 综述微生物衍生颗粒(MDPs)的生物学特性、工程化方法及其在生物医学平台中的应用 | 微生物衍生颗粒(MDPs),包括细胞外囊泡、外膜囊泡、包涵体、多糖颗粒和病毒样颗粒 | NA | NA | 组学分析、先进成像技术 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 医学 |
| 1451 | 2026-04-18 |
Negative design enables cell-free expression and folding of designed transmembrane β-barrels
2026-Apr-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2528772123
PMID:41950096
|
研究论文 | 本研究利用无细胞表达系统研究跨膜β桶蛋白的设计与折叠,提出通过负设计策略抑制聚集倾向以改善膜组装 | 发现抑制聚集倾向中间体(通过β链局部去稳定化的“负设计”)能显著改善膜组装,即使通常认为高度去稳定的取代(如脯氨酸或暴露于双层核心的极性苏氨酸)在策略性定位时也能改善折叠 | 研究主要针对理想化的小型跨膜β桶蛋白,其发现向更复杂膜蛋白设计的普适性仍需验证 | 探究序列特征如何影响设计的跨膜β桶蛋白在合成膜中的热力学驱动组装,以推动膜蛋白的从头设计 | 设计的跨膜β桶蛋白变体 | 合成生物学 | NA | 无细胞表达系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 跨膜β桶蛋白的合成设计 | 工业生物技术 |
| 1452 | 2026-04-18 |
The horizontally transferred gene, CsMTAN, rewired purine traffic to build caffeine factories in tea leaves
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13957
PMID:40607640
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和基因组关联分析,揭示了茶树中水平转移基因CsMTAN如何调控嘌呤代谢和咖啡因生物合成 | 首次鉴定出CsMTAN基因通过水平转移事件进入植物基因组,并发现其F179Y突变显著影响酶活性和嘌呤代谢流量 | 研究主要基于体外酶活实验和瞬时过表达,缺乏稳定的转基因茶树验证;样本量183个虽具多样性但可能未覆盖所有自然变异 | 探究茶树嘌呤代谢和嘌呤生物碱(如咖啡因)生物合成的遗传与分子机制 | 茶树(Camellia sinensis)的183个遗传多样性种质及其叶片组织 | 植物代谢组学与合成生物学 | NA | 代谢组学分析、全基因组关联研究(GWAS)、体外酶活测定、系统发育分析、蛋白质结构建模 | NA | 代谢物数据、基因组数据 | 183个茶树种质的幼叶和成熟叶组织 | 瞬时过表达(在烟草中) | 茶树(Camellia sinensis)、本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | NA | 农业(分子育种)、工业生物技术(合成生物学) |
| 1453 | 2026-04-17 |
Biodesulfurization: Back on-stage through synthetic biology and metabolic engineering approaches
2026-Apr, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2026.103449
PMID:41687421
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综述 | 本文综述了通过合成生物学和代谢工程方法复兴生物脱硫技术,重点关注4S途径及其在红球菌和革兰氏阴性菌平台中的应用 | 整合了红球菌和假单胞菌平台的最新进展,包括操作子重构、底盘设计以及过程级约束的融合,并讨论了与加氢脱硫的整合策略 | NA | 探索生物脱硫技术,以解决中馏分燃料中持久性有机硫化合物的脱除问题 | 红球菌(野生型性能、调控、系统生物学和基因工程)和革兰氏阴性菌平台(尤其是假单胞菌) | NA | NA | 合成生物学、代谢工程、系统生物学、基因工程 | NA | NA | NA | 操作子重构、底盘设计 | Rhodococcus, Pseudomonas | 4S途径(生物脱硫途径),涉及C-S键断裂而保留烃骨架 | 能源, 工业生物技术 |
| 1454 | 2026-04-17 |
Engineering prime editors in Salvia miltiorrhiza for precise genome modification
2026-Apr, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70006
PMID:41987526
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研究论文 | 在丹参中开发了优化的Prime Editing系统,实现了碱基颠换、复杂插入和碱基替换,用于精确基因组修饰 | 在丹参中首次优化Prime Editing系统,能够进行碱基颠换、复杂插入和碱基替换,并成功应用于提高丹参酮含量 | NA | 开发在丹参中实现精确基因组修饰的Prime Editing系统,以提升生物活性成分含量 | 丹参(Salvia miltiorrhiza)的关键基因 | 合成生物学 | NA | Prime Editing | NA | NA | NA | Prime Editing | 丹参(Salvia miltiorrhiza) | NA | 医药 |
| 1455 | 2026-04-17 |
Chemical Signaling and Metabolomic Crosstalk in Endophytic Fungi-Medicinal Plant Symbioses for Natural Product Discovery and Sustainable Bioproduction
2026-Feb-28, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo16030164
PMID:41893315
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综述 | 本文综述了药用植物内生真菌之间通过化学信号传导和代谢组学串扰驱动天然产物生物合成的多层机制,并探讨了利用这种共生智能进行可持续生物生产的策略 | 系统总结了宿主来源的化学信号(如根系分泌物和氧脂素)作为唤醒真菌沉默生物合成基因簇(BGCs)的主要触发因素,并批判性地评估了空间代谢组学(如MALDI-MSI)在揭示植物-真菌界面局部化代谢交换方面的应用 | 本文是一篇综述,未报告原始实验数据,其结论基于对过去十年文献的系统调查,可能受限于现有研究的覆盖范围和深度 | 旨在总结药用植物与内生真菌之间代谢串扰的机制,并评估利用这种共生关系进行天然产物发现和可持续生物生产的策略 | 药用植物及其相关的内生真菌 | NA | NA | 空间代谢组学(MALDI-MSI)、共培养模型、植物体内模型、结构解析 | NA | NA | NA | NA | 药用植物,内生真菌 | NA | 医药,工业生物技术 |
| 1456 | 2026-04-16 |
Comprehensive genomic analysis reveals the class II diterpene cyclases in Dodonaea viscosa
2026-Jul, Phytochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.phytochem.2026.114886
PMID:41881186
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研究论文 | 本文通过基因组测序和注释,揭示了药用植物Dodonaea viscosa中二类二萜环化酶的发现与生化特性,为合成生物学规模化生产生物活性二萜类化合物提供了基础 | 首次报道了Dodonaea viscosa的核基因组草图及完整叶绿体和线粒体基因组序列,并鉴定出两个新的二类二萜环化酶DvCPS和DvKPS,催化形成labdane和clerodane二萜类生物活性化合物的前体 | NA | 阐明Dodonaea viscosa中生物活性二萜类化合物的生物合成途径,以支持通过合成生物学实现规模化生产 | 药用植物Dodonaea viscosa及其基因组序列和二萜环化酶 | 合成生物学 | NA | 基因组测序、生化表征 | NA | 基因组序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 1457 | 2026-04-16 |
Stomata as a Defence Nexus: Integrating Drought and Pathogen Stress Signalling
2026-Apr-14, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70542
PMID:41982084
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综述 | 本文综述了植物气孔在协调病原体入侵和干旱胁迫响应中的双重防御角色,强调了在复合压力下气孔动态的协同与拮抗机制 | 将气孔视为防御中枢,整合干旱和病原体胁迫信号,揭示了复杂的信号网络交叉对话,并探讨了工程化优化气孔响应以增强作物抗逆性的前沿方向 | 未解决防御与生长之间的权衡、信号通路干扰以及组织特异性功能冗余等关键问题 | 研究气孔在整合干旱和病原体胁迫信号中的防御作用,以增强作物对气候变化的复合胁迫抗性 | 植物气孔及其在胁迫响应中的功能 | 植物生物学 | NA | 单细胞测序、合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 农业 |
| 1458 | 2026-04-16 |
Bacterial Extracellular Vesicles in Biomedical Research and Clinical Translation
2026-Apr, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70350
PMID:41968466
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综述 | 本文综述了细菌胞外囊泡在生物医学研究和临床转化中的应用、工程化策略及面临的挑战 | 系统总结了利用分子与合成生物学技术(如基因操作、表面功能化、糖工程和模块化展示技术)对bEVs进行定向生物工程改造的最新进展,以生产具有增强安全性、稳定性、靶向精度和功能多样性的定制化bEVs | 指出bEVs技术转化仍面临可扩展性、安全性、标准化和监管框架等关键挑战 | 探讨细菌胞外囊泡在生物医学领域的应用潜力及临床转化前景 | 细菌胞外囊泡 | NA | NA | 基因操作、表面功能化、糖工程、模块化展示技术 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 1459 | 2026-04-16 |
Overriding Bioprocess Perturbations With a Cell-Machine Interface for Reliable Microbial Stress-Response Control
2026-Apr, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70329
PMID:41973552
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研究论文 | 本研究开发了一种细胞-机器接口系统(Segregostat),用于在工业生物反应器扰动条件下可靠控制微生物的应激响应 | 首次在工业生物反应器典型扰动条件下评估并验证了Segregostat系统对微生物应激响应的鲁棒控制能力 | 研究仅针对大肠杆菌和酿酒酵母两种模式生物,未在更广泛的工业菌株或复杂共培养体系中验证 | 开发在工业生物过程扰动条件下可靠控制微生物应激响应的细胞-机器接口系统 | 大肠杆菌(Escherichia coli)和酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的通用应激响应 | 合成生物学 | NA | 规模缩小生物反应器实验、自动化流式细胞术 | NA | 流式细胞术数据、生物过程参数 | NA | 细胞-机器接口 | 大肠杆菌, 酿酒酵母 | 应激响应控制系统(Segregostat) | 工业生物技术 |
| 1460 | 2026-04-16 |
Heterologous expression of Vibrio natriegens transporters enhances the growth of Escherichia coli and Bacillus subtilis on glutamate
2026-Mar, Engineering microbiology
DOI:10.1016/j.engmic.2026.100264
PMID:41982386
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研究论文 | 本研究通过异源表达Vibrio natriegens的谷氨酸转运蛋白,有效提升了Escherichia coli和Bacillus subtilis在谷氨酸碳源上的生长速率 | 首次发现跨物种底物转运蛋白可改变细菌细胞资源分配,为调控微生物生物量生长提供了新的遗传策略 | NA | 探索通过异源表达转运蛋白改善细菌在特定碳源上生长性能的方法 | Escherichia coli和Bacillus subtilis两种细菌 | 合成生物学 | NA | 异源表达技术 | NA | 生长实验数据 | NA | 异源表达系统 | Escherichia coli, Bacillus subtilis | 谷氨酸转运蛋白表达系统 | 工业生物技术 |