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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-03-07 |
CO2-driven biosurfactant synthesis by bacteria within CCUS
2026-Feb-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13761-w
PMID:41741775
|
综述 | 本文综述了微生物在CCUS(碳捕集、利用与封存)框架内利用CO₂驱动生物表面活性剂合成的代谢与工程学进展 | 系统探讨了厌氧及CO₂富集培养系统中CO₂代谢与生物表面活性剂合成的关联,并整合了合成生物学、模块化路径设计及人工智能优化等前沿技术 | 面临技术与经济层面的挑战,具体实施方案的规模化与能效仍需进一步验证 | 探索通过微生物碳捕集与生物表面活性剂生产相结合,实现温室气体减排与可持续生物制造的策略 | 微生物(细菌)的CO₂代谢途径与生物表面活性剂合成机制 | 合成生物学与代谢工程 | NA | 遗传工程、合成生物学、系统级建模、人工智能 | NA | NA | NA | 合成生物学工具(未具体说明) | 细菌(未具体说明菌种) | 碳固定模块与生物表面活性剂合成途径的耦合设计 | 环境, 工业生物技术 |
| 162 | 2026-03-07 |
Advancing codon language modeling with synonymous codon constrained masking
2026-Feb-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag166
PMID:41736545
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SynCodonLM的密码子语言模型,通过同义密码子约束掩码来改进蛋白质编码DNA序列的建模 | 该模型引入了基于生物学的约束,仅从同义选项预测掩码密码子,从而解耦密码子级与蛋白质级语义,能学习核苷酸特异性模式 | NA | 改进密码子语言模型以更好地捕获DNA级生物学特征 | 蛋白质编码DNA序列 | 自然语言处理 | NA | 密码子语言建模 | 语言模型 | DNA序列 | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 163 | 2026-03-07 |
SSB-mediated enhancement of argonaute activity triggers SOS filamentation in bacteria
2026-Feb-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag175
PMID:41736547
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研究论文 | 本研究揭示了嗜热栖热菌Argonaute蛋白(TtAgo)在细菌中过表达会通过破坏细胞分裂检查点,引发暂时的细菌丝状化现象 | 首次发现SSB蛋白与TtAgo相互作用,将其招募到复制叉,增强其DNA结合活性,从而调控细菌细胞周期和DNA修复途径 | 研究主要基于模式细菌(嗜热栖热菌和大肠杆菌),在其他细菌中的普适性尚未验证 | 探究原核Argonaute蛋白在细菌生理学中的作用及其调控机制 | 嗜热栖热菌Argonaute蛋白(TtAgo)及其与SSB蛋白的相互作用 | 合成生物学 | NA | 扫描电子显微镜、核DNA染色、截短蛋白变体分析 | NA | 显微图像、分子相互作用数据 | 嗜热栖热菌和大肠杆菌两种细菌模型 | NA | 嗜热栖热菌, 大肠杆菌 | NA | 合成生物学, 生物技术 |
| 164 | 2026-03-07 |
Harnessing Endophytic Fungi as a Sustainable Source of Novel Anticancer Agents: Opportunities, Challenges, and Future Directions
2026-Feb-17, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31040693
PMID:41752469
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综述 | 本文综述了内生真菌作为可持续抗癌药物新来源的潜力、挑战及未来方向 | 强调内生真菌作为结构多样抗癌代谢物的未充分开发来源,并探讨了OSMAC、共培养、表观遗传激活等增强发现和产量的策略 | NA | 探索内生真菌作为可持续、低毒性抗癌药物的来源,以克服现有疗法的局限性 | 内生真菌及其产生的抗癌代谢物(如生物碱、萜类、聚酮化合物和肽类) | NA | 癌症 | OSMAC、微生物共培养、表观遗传激活、基因组挖掘、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 165 | 2026-03-07 |
CRISPR-Mediated Silkworm: The Oncoming Agricultural Revolutions and a Rising Model Organism
2026-Feb-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17020230
PMID:41751614
|
综述 | 本文综述了CRISPR基因组编辑技术在蚕中的应用,强调了其在蚕的疾病抗性、产量提升和新材料开发方面的突破,并探讨了CRISPR、泛基因组学和人工智能交叉领域的新方向 | 将CRISPR技术从简单基因敲除扩展到大规模全基因组筛选,并结合人工智能预测CRISPR结果,为蚕的分子育种和合成生物学提供新方法 | NA | 总结蚕基因组编辑的进展,探讨CRISPR技术在蚕农业和生物制造中的应用前景 | 蚕(家蚕) | 合成生物学 | NA | CRISPR基因组编辑 | NA | 基因组、转录组、蛋白质组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 蚕(家蚕) | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 166 | 2026-03-06 |
In vivo self-assembled siRNAs ameliorate neurological pathology in TDP-43-associated neurodegenerative disease
2026-Mar-05, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awaf330
PMID:40916343
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研究论文 | 本文提出了一种基于合成生物学的方法,利用体内自组装siRNA靶向TDP-43蛋白,通过小细胞外囊泡递送至中枢神经系统,改善TDP-43相关神经退行性疾病的病理症状 | 利用内源性小RNA处理机制自组装siRNA封装的小细胞外囊泡,并借助宿主自然循环系统运输siRNA,实现高效、微创的基因治疗 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果和长期安全性仍需进一步验证 | 开发针对TDP-43蛋白异常积累的基因治疗策略,以治疗肌萎缩侧索硬化和额颞叶变性等神经退行性疾病 | TDP-43蛋白、siRNA、小细胞外囊泡、小鼠模型中的神经病理学变化 | 合成生物学 | 神经退行性疾病 | siRNA技术、小细胞外囊泡递送、立体定向注射、腺相关病毒递送系统 | NA | NA | 小鼠模型 | CRISPR-Cas9(可能用于工程化肝细胞,但未明确提及,故输出NA) | 小鼠 | 工程化肝细胞表达并包装靶向TDP-43的siRNA到狂犬病毒糖蛋白标记的小细胞外囊泡中,形成自组装递送系统 | 医学 |
| 167 | 2026-03-06 |
Exploration of diverse glycosyltransferases in Dracocephalum moldavica and engineering the production of bioactive flavonoid glycosides
2026-Mar-04, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70212
PMID:41782194
|
研究论文 | 本研究系统探索了香青兰中参与黄酮类化合物糖基化的UDP-糖基转移酶,并通过工程化大肠杆菌实现了两种生物活性黄酮苷的高效合成 | 首次在香青兰中鉴定出五种功能多样的UGTs,包括双功能糖基转移酶DmUGT1,并通过定点突变揭示了其糖供体特异性的关键氨基酸位点 | 研究主要聚焦于已鉴定的五种UGTs,可能还有其他未发现的糖基转移酶参与香青兰黄酮苷的生物合成 | 阐明香青兰中黄酮类化合物糖基化的分子机制,并为合成生物学方法生产生物活性糖苷提供候选基因和方法 | 香青兰中的UDP-糖基转移酶及其催化的黄酮苷生物合成途径 | 合成生物学 | 心血管疾病 | 同源建模、定点诱变、代谢工程 | NA | 基因序列、酶活性数据 | 五种鉴定出的UGT基因 | 质粒设计、代谢工程 | 大肠杆菌 | 通过工程化大肠杆菌菌株,利用DmUGT1和DmCGT1,并增强细胞内UDP-葡萄糖醛酸和UDP-葡萄糖的供应,以生产目标黄酮苷 | 医药 |
| 168 | 2026-03-06 |
Unlocking plant abiotic stress resilience through biostimulants and omics-driven innovations
2026-Mar-04, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.70205
PMID:41782210
|
综述 | 本文综述了生物刺激剂在增强植物非生物胁迫抗性方面的最新进展,并探讨了基于多组学和人工智能的创新策略 | 整合了生物刺激剂、小RNA、肽和激素等分子调控机制,结合AI驱动的预警系统和合成生物学方法,提出理性设计生物刺激剂的路线图 | NA | 探索生物刺激剂技术以增强植物对非生物胁迫的抗性,促进气候适应性农业和可持续粮食系统 | 植物(作物)及其对干旱、温度、盐分、涝渍和重金属等非生物胁迫的响应 | NA | NA | 多组学(omics)、AI驱动系统、代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业 |
| 169 | 2026-03-05 |
Correction for Ipoutcha et al., "A synthetic biology approach to assemble and reboot clinically relevant Pseudomonas aeruginosa tailed phages"
2026-Mar-03, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.00322-25
PMID:41609359
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2026-03-06 |
Advances in biocontainment strategies of engineered microbes for use in humans
2026-Mar-03, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102727
PMID:41780106
|
综述 | 本文综述了用于人类医疗应用的基因工程微生物的生物安全策略进展 | 系统总结了多种生物安全策略的单独与联合应用,并强调了标准化测试的重要性 | NA | 探讨基因工程微生物在医疗应用中的生物安全策略 | 基因工程微生物 | 合成生物学 | NA | CRISPR, 毒素-抗毒素系统, 杀灭开关, 营养缺陷型设计 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 非标准氨基酸技术 | 微生物 | 毒素-抗毒素系统, 杀灭开关, 逻辑门, 生物传感器 | 医学 |
| 171 | 2026-03-06 |
Repurposing bacterial secretion systems for the design of living therapeutics
2026-Mar-03, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2026.102726
PMID:41780105
|
综述 | 本文综述了如何重新利用细菌分泌系统来设计活体疗法,以在疾病部位直接分泌治疗性蛋白质 | 通过工程化共生和益生性大肠杆菌,利用病原体来源的分泌系统来分泌治疗性蛋白质,以解决药物靶向递送的挑战 | 讨论了每种分泌系统的潜在优势和局限性,以及需要进一步研究的领域 | 设计基于合成生物学的活体疗法,用于靶向递送治疗性蛋白质到疾病部位 | 共生和益生性大肠杆菌,以及其分泌系统 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 细菌分泌系统工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 分泌系统设计,包括来自病原体的系统,用于分泌治疗性蛋白质载荷 | 医学 |
| 172 | 2026-03-04 |
Publisher Correction: Engineering modular and orthogonal genetic logic gates for robust digital-like synthetic biology
2026-Mar-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69313-3
PMID:41771868
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2026-03-06 |
Designing prokaryotic gene expression regulatory elements: From genomic mining to artificial intelligence-driven generation
2026 Mar-Apr, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108781
PMID:41419171
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综述 | 本文系统回顾了原核生物基因表达调控元件的设计策略,从基因组挖掘到人工智能驱动生成 | 整合了生物物理模型和人工智能指导的理性设计方法,强调了深度生成模型在功能调控元件开发中的应用 | 未具体说明实验验证的局限性或数据可用性问题 | 优化微生物细胞工厂的生物生产,通过精细调控基因表达 | 原核生物基因表达调控元件 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、随机诱变、靶向诱变、深度生成建模 | 深度生成模型 | 序列数据 | NA | NA | 原核生物 | 基因表达调控元件,如启动子、核糖体结合位点等 | 工业生物技术 |
| 174 | 2026-03-06 |
Engineering Escherichia coli for high-level poly(3-hydroxybutyrate) production: Recent advances and future perspective
2026-Feb-28, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108858
PMID:41765153
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综述 | 本文综述了近年来在大肠杆菌中高效生产聚(3-羟基丁酸酯) (PHB) 的关键进展,并强调了使其成为可持续生物塑料生产有前景底盘的新兴策略 | 总结了通过优化前体供应、增强还原力、微调途径表达,特别是工程化糖酵解途径、引入合成途径(如还原甘氨酸和苏氨酸旁路途径)、删除竞争途径、表达phasin蛋白、优化启动子和辅因子再生策略等综合方法,显著提高了重组大肠杆菌中PHB的积累 | NA | 提高聚(3-羟基丁酸酯) (PHB) 的生产效率,以支持对可生物降解塑料日益增长的需求 | 大肠杆菌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 大肠杆菌 | 代谢途径(如还原甘氨酸和苏氨酸旁路途径) | 材料, 工业生物技术 |
| 175 | 2026-03-06 |
Advances in the construction and biological applications of DNA condensates
2026-Feb-27, Nanoscale
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/d5nr05322f
PMID:41758048
|
综述 | 本文综述了通过液-液相分离构建DNA凝聚物的策略及其在模拟无膜细胞器、生物传感、细胞调控和药物递送等领域的生物应用 | 利用DNA序列可编程性、多样相互作用模式和易化学修饰特性,构建多刺激响应的人工凝聚物,并展望了智能多组分系统、光遗传学整合及机器学习辅助序列设计等未来方向 | 时空控制有限、核酸酶降解和免疫原性等挑战需解决以推进其在活体系统中的转化 | 概述DNA凝聚物的构建策略及其生物应用,并讨论当前挑战与未来发展方向 | DNA凝聚物,包括通过序列驱动自组装、聚合物或蛋白质介导的凝聚以及环境调控形成的系统 | 合成生物学 | NA | 液-液相分离(LLPS)、光遗传学、单分子技术、机器学习辅助序列设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 模拟无膜细胞器、可编程生化微环境 | 医学、合成生物学 |
| 176 | 2026-03-06 |
Designing synthetic regulatory elements using the generative AI framework DNA-Diffusion
2026-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02441-6
PMID:41437153
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DNA-Diffusion的生成式人工智能框架,用于设计具有细胞类型特异性的紧凑调控元件 | 利用机器学习训练DNA可及性数据,生成能重现内源转录因子结合语法并增强细胞类型特异性的合成调控元件 | NA | 系统设计调控元件以实现精确的基因表达控制 | 合成调控元件及其在基因调控中的应用 | 合成生物学 | 白血病 | STARR-seq, EXTRA-seq | 生成式人工智能框架 | DNA可及性数据 | 5,850个元件库在三种细胞系中验证 | NA | 多种细胞系 | 紧凑调控元件设计 | 医学 |
| 177 | 2026-03-05 |
Molecular recruitment and release using DNA host condensates
2026-Mar-03, Nanoscale horizons
IF:8.0Q1
DOI:10.1039/d5nh00586h
PMID:41774821
|
研究论文 | 本文研究了利用DNA纳米星构建的人工生物分子凝聚体,通过整合适配体实现对目标生物分子的招募与释放 | 首次在DNA纳米星凝聚体中引入适配体实现靶向分子招募,并开发了通过互补寡核苷酸(kleptamer)控制分子释放的新机制 | 研究仅聚焦于链霉亲和素单一样本,未验证对其他生物分子的普适性;体内应用潜力尚未探索 | 开发可编程的人工生物分子凝聚体系统,实现靶向分子的可控空间组织与释放 | DNA纳米星构建的凝聚体、链霉亲和素蛋白、适配体与kleptamer寡核苷酸 | 合成生物学 | NA | DNA纳米技术、适配体工程、相分离表征 | NA | 生物分子相互作用数据、相图数据、荧光成像数据 | 基于DNA纳米星构建的多种凝聚体构型(适配体位于不同位置) | DNA纳米星自组装、适配体设计 | 无细胞体系 | 基于适配体-kleptamer互补作用的分子捕获与释放开关 | 合成生物学、活性材料、合成细胞 |
| 178 | 2026-03-05 |
PANoptosis as a drug discovery framework: integrating cell death architecture with clinical translation
2026-Mar-03, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-026-00388-0
PMID:41776350
|
综述 | 本文综述了PANoptosis(一种整合了凋亡、焦亡和坏死性凋亡的统一性炎症性细胞死亡程序)的分子架构、调控机制及其作为药物发现框架的临床转化潜力 | 提出了PANoptosis作为一个统一的细胞死亡程序的概念,并系统性地将其分子架构与临床转化策略(包括药物干预框架、生物标志物和临床极性-时机模型)相结合,为靶向细胞死亡通路治疗多种疾病提供了新范式 | NA | 阐明PANoptosis的分子机制,并构建一个整合了基础研究与临床转化的药物发现框架,以指导针对感染性、炎症性、肿瘤性和神经退行性疾病的治疗策略开发 | PANoptosis的分子架构(包括上游传感器、支架适配器和效应器)、其调控机制、以及在多种疾病(如感染、脓毒症、癌症、神经退行性疾病)中的作用 | NA | 感染性疾病, 脓毒症, 癌症, 神经退行性疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 179 | 2026-03-04 |
High-performance bioimaging and biosensing via nucleobase-editing enzymes
2026-Mar-03, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d5cs00678c
PMID:41773995
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综述 | 本文综述了核苷碱基编辑酶在生物成像和生物传感中的应用,包括其催化原理、集成模式及未来发展方向 | 将核苷碱基编辑酶重新用作可编程执行器,实现高特异性、高效扩增和生理条件兼容的生物传感与成像系统 | NA | 探讨核苷碱基编辑酶在生物传感和生物成像中的新兴应用,以提升诊断、治疗监测和合成生物学的平台性能 | 核苷碱基编辑酶(如脱氨酶、甲基转移酶/去甲基酶、DNA糖基化酶)及其在核酸、蛋白质和细胞过程监测中的应用 | NA | NA | 核苷碱基编辑技术,包括脱氨、甲基化/去甲基化、碱基切除等反应 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 180 | 2026-03-04 |
Building AuxInYeast Synthetic Biology Strains for Biochemical Characterization of Maize Auxin Hormone Signaling Components
2026-Mar-02, Cold Spring Harbor protocols
DOI:10.1101/pdb.prot108634
PMID:40074300
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研究论文 | 本文介绍了一种名为AuxInYeast的合成生物学工具,用于在酵母中构建玉米生长素信号通路组件,以进行生化表征 | 开发了AuxInYeast系统,作为植物合成生物学底盘,首次在酵母中重建玉米生长素信号通路,实现高通量定量分析 | 系统基于酵母环境,可能不完全模拟植物体内复杂调控网络,且仅针对玉米组件,通用性需进一步验证 | 构建合成生物学菌株,以生化表征玉米生长素激素信号通路组件 | 玉米生长素信号通路组件,包括受体、阻遏物、辅阻遏物、转录因子和响应元件 | 合成生物学 | NA | 流式细胞术、荧光蛋白标记 | NA | 生化数据、荧光信号数据 | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酵母 | 生长素信号通路,包括受体-阻遏物复合物、转录激活级联和响应元件 | 农业, 工业生物技术 |