合成生物学相关文章
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当前共找到 150 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-06-23 |
HySimODE: a hybrid stochastic-deterministic simulation framework for multiscale models of biological systems
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag185
PMID:41999207
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研究论文 | 提出了HySimODE，一个用于生物系统多尺度模型的混合随机-确定性模拟框架 | 利用机器学习分类器自动将生化物种分配到随机或确定性状态，避免了手动指定区域和模型重构 | 标题和摘要未明确提及局限性 | 为基于常微分方程的生化模型提供自动化混合模拟方法，支持数据驱动的随机-确定性分区 | 涉及生化系统的混合模拟，包括合成生物学的宿主-电路相互作用模型和神经生物学的长期突触增强模型 | 计算生物学 | NA | 混合随机-确定性模拟、常微分方程求解、机器学习分类器 | 机器学习分类器、常微分方程求解器 | 生化常微分方程模型数据 | 多样化的生化常微分方程模型数据集，跨越多种动力学区域 | NA | NA | NA | 合成生物学、神经生物学 |
| 2 | 2026-06-23 |
Plant-derived indole alkaloids in chronic inflammatory diseases: molecular mechanisms, therapeutic potential and translational challenges
2026-May, Inflammopharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s10787-026-02244-z
PMID:42009998
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综述 | 综述植物来源吲哚生物碱在慢性炎症性疾病中的分子机制、治疗潜力及转化挑战 | 整合了吲哚生物碱对NF-κB、JAK/STAT、MAPK、PI3K/AKT、NLRP3炎症小体和AhR信号等关键炎症轴的调控机制，并强调其在微生物组和器官选择性治疗中的前景 | 主要基于临床前证据，转化至临床仍面临合成生物学、代谢组学和合理杂合设计等障碍 | 阐明植物来源吲哚生物碱的抗炎和抗氧化机制及其治疗慢性炎症性疾病的潜力 | 植物来源吲哚生物碱 | NA | 慢性炎症性疾病（如结肠炎、骨关节炎、COPD、动脉粥样硬化、慢性肾病、炎症驱动肿瘤） | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 3 | 2026-06-21 |
Recent advances in bioengineering and functional applications of microbial biocomposites: integrating bacterial cellulose, fungal mycelium and synthetic biology
2026-May-19, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05021-w
PMID:42154349
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综述 | 该综述综合了2020-2026年微生物生物复合材料在制备、修饰及功能应用方面的最新进展，重点涉及细菌纤维素和真菌菌丝体 | 将微生物生物复合材料与合成生物学、3D打印和矿物功能化等新兴方法相结合，突出了跨学科协同创新的潜力 | 讨论了当前工业规模化、功能稳定性和批次间标准化方面的监管和技术挑战 | 为应用微生物学、材料科学和工业生物技术领域的研究人员和专业人士提供关键且全面的视角，强调微生物生物复合材料作为可持续性、功能创新和仿生设计交汇平台的潜力 | 微生物生物复合材料，重点包括细菌纤维素和真菌菌丝体 | 材料科学，应用微生物学 | NA | 3D打印，合成生物学，矿物功能化 | NA | NA | NA | NA | Komagataeibacter spp., Ganoderma spp. | NA | 医药，环境，工业生物技术 |
| 4 | 2026-06-21 |
Elucidating the regulatory role of the Shine-Dalgarno sequence in structural gene expression of the malolactic enzyme operon using a GFP/mCherry model
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04999-7
PMID:42101569
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研究论文 | 通过GFP/mCherry模型揭示苹果酸乳酸酶操纵子中Shine-Dalgarno序列对结构基因表达的调控作用 | 首次通过构建平行报告系统，结合定点突变和计算预测，揭示翻译耦合系统中SD2序列的非线性、结构特异性调控机制，并在不同宿主中验证其保守性 | 研究主要在大肠杆菌和乳酸乳球菌中进行，未在天然宿主酒酒球菌中验证，且GFP/mCherry模型可能无法完全模拟天然操纵子环境 | 阐明原核操纵子中翻译耦合的转录后调控机制，为酒酒球菌的工程化改造和合成生物学多基因系统设计提供预测框架 | 苹果酸乳酸酶操纵子中的mleA和mleP基因及其间SD2序列 | 合成生物学 | NA | 定点突变、计算预测（16S rRNA杂交能量和mRNA二级结构最小自由能）、荧光报告系统 | NA | 荧光比值数据 | 多个SD2序列变异体（具体数目未明确说明） | NA | 大肠杆菌、乳酸乳球菌 | 翻译耦合和非耦合结构的GFP/mCherry双报告基因系统 | 工业生物技术（葡萄酒酿造）、合成生物学 |
| 5 | 2026-06-21 |
Engineering a high-efficiency expression system in Tremella fuciformis using novel promoters and optimized transformation conditions
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05004-x
PMID:42101779
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研究论文 | 通过鉴定强效内源启动子和优化农杆菌介导的转化程序，在银耳中构建了高效表达系统 | 首次在银耳中鉴定出三个比组成型gpd启动子效率高1476.74%的新型内源启动子，并发现棕色氧化铝处理可增加转化效率2.25倍 | 未评估启动子在银耳不同生长阶段或非酵母样细胞中的表现，且系统仅在实验室条件下验证 | 开发适用于银耳分子育种和合成生物学的基因表达系统 | 银耳（Tremella fuciformis）的酵母样细胞 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导转化、扫描电子显微镜 | NA | 荧光强度数据、细胞密度数据 | 三个启动子（P4、P5、P7）在转化酵母样细胞中测试 | 农杆菌介导转化 | 银耳 | eGFP表达系统 | 农业、工业生物技术 |
| 6 | 2026-06-19 |
Machine learning-assisted single-cell Raman imaging for rapid, sensitive detection and intracellular mapping of carotenoids in plant cell cultures
2026-May-23, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-026-03858-x
PMID:42176120
|
研究论文 | 将拉曼成像与多层感知器神经网络结合，用于烟草BY-2细胞中类胡萝卜素的无损、无标记分类和细胞内定位 | 首次结合拉曼成像与神经网络对植物细胞进行基于类胡萝卜素组成的无标记分类，实现活细胞水平的无损检测和代谢物分布成像 | 文中未明确提及局限性，但可能包括神经网络模型对特定拉曼峰特征的依赖以及通用性需要进一步验证 | 开发一种基于拉曼成像与机器学习结合的植物细胞分析平台，以无标记方式分类和定位类胡萝卜素 | 烟草BY-2细胞（野生型与转基因细胞系） | 机器学习 | NA | 拉曼成像, 表面增强拉曼散射（SERS）, 高效液相色谱（HPLC） | 多层感知器神经网络 | 图像 | 涉及野生型和转基因烟草BY-2细胞系，具体样本数量未明确 | NA | 烟草（Nicotiana tabacum）BY-2细胞 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 7 | 2026-06-19 |
Hypergraph learning with multi-dimensional metabolite feature extractions and static-dynamic attention mechanisms to fill missing reactions in metabolic networks
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag314
PMID:42308419
|
研究论文 | 提出一种基于超图学习的多维代谢物特征提取与静动态注意力机制方法，用于预测和填补代谢网络中的缺失反应 | 首次结合超图神经网络、多种预训练语言模型和静动态多头注意力机制，实现代谢网络中缺失反应的高精度预测 | 仅在计算层面验证，未在湿实验中对预测的缺失反应进行生物学验证 | 提高基因组规模代谢模型重建质量，自动填补知识空白中的缺失反应 | 108个BiGG数据库中的基因组规模代谢模型及24种细菌的表型数据 | 机器学习 | NA | 超图学习、预训练语言模型、多头注意力机制 | 超图神经网络、有向图神经网络 | 代谢物特征和反应数据 | 108个GEMs和24种细菌生物体 | NA | 细菌 | NA | 合成生物学、生物制造、生物医学 |
| 8 | 2026-06-18 |
Parabiotics as Next-Generation Microbiome Therapeutics: Insights into Mechanisms, Evidence, and Therapeutic Potential
2026-May-02, Current microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00284-026-04942-x
PMID:42069941
|
综述 | 本文综述了后生元作为下一代微生物组疗法的机制、证据和治疗潜力 | 系统阐述了后生元在免疫调节、抗炎和屏障增强方面的独特机制，并总结了其在脆弱人群中的安全优势 | 标准化和监管协调方面仍存在挑战 | 评估后生元作为微生物组靶向干预策略的临床应用前景 | 后生元（非活菌微生物细胞或其成分） | NA | 儿科腹泻、肌肉衰减、肠易激综合征、特应性皮炎、呼吸道感染、内脏脂肪堆积、抗生素相关菌群失调 | 宏基因组学、新一代测序、蛋白质组学、代谢组学、CRISPR-Cas系统、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas系统 | 嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、双歧杆菌 | NA | 医学, 食品 |
| 9 | 2026-06-15 |
Valorizing renewable biomass into potential prebiotic oligosaccharides: Enzymatic, microbial, and synthetic biology strategies
2026-May-26, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134974
PMID:42203116
|
综述 | 本文综述了利用酶工程、微生物工程和合成生物学策略将可再生生物质转化为潜在益生元低聚糖的最新进展 | 系统整合了从海洋和陆地生物质资源生产多种新型低聚糖（如新琼寡糖、纤维寡糖等）的酶法和微生物技术，并强调了GRAS级微生物宿主合成人乳低聚糖的生物制造途径 | 未详细讨论大规模生产的经济可行性和下游纯化挑战 | 总结可再生生物质转化为益生元低聚糖的生物技术方法及其在个性化营养和微生物组靶向治疗中的应用潜力 | 海洋大型藻类、木质纤维素残渣、富含果胶作物等可再生生物质 | 合成生物学 | NA | 酶工程、代谢工程、微生物共培养 | NA | NA | NA | 代谢工程、合成生物学 | GRAS级微生物宿主 | 微生物生物合成途径（如人乳寡糖合成） | 食品、医学 |
| 10 | 2026-06-15 |
Microbial lipids for a sustainable future: the growing potential of synthetic microbial engineering for consumer oils
2026-May, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2615047
PMID:41692578
|
综述 | 探讨合成微生物工程在生产可持续消费油和脂类中的潜力 | 总结了合成酵母基因组学和自动化生物铸造厂等最新进展，为微生物脂类可持续生产提供新思路 | 未具体讨论实际应用中的技术瓶颈或经济可行性 | 推动可持续微生物脂类生物制造经济的发展 | 微生物脂类及合成生物学方法 | 合成生物学 | NA | 合成酵母基因组学、自动化生物铸造厂 | NA | NA | NA | NA | 酵母 | 微生物脂类合成途径 | 食品、保健品、塑料、动物饲料、化妆品、制药、燃料 |
| 11 | 2026-06-14 |
The Promise of Synthetic Biology for Redesigning Plant Architecture
2026-May-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27114876
PMID:42278408
|
综述 | 探讨利用合成生物学重新设计植物结构以实现作物改良的潜力 | 整合自然多样性、发育生物学和合成调控工程，提出理性重新设计植物结构的框架，强调合成生物学与育种及建模框架的整合 | NA | 探索通过合成生物学重塑植物结构以增强作物适应气候变化的能力 | 植物结构及相关发育过程 | 合成生物学 | NA | CRISPR-based regulatory systems, synthetic gene circuits, orthogonal signalling pathways, plant artificial chromosomes | NA | NA | NA | CRISPR, 人工染色体 | 植物（作物） | 可编程转录因子、合成基因电路、正交信号通路 | 农业 |
| 12 | 2026-06-13 |
Sugarcane Biorefinery from Component Separation to High-Value Outputs: Technical Progress and Future Perspectives
2026-May-26, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15111877
PMID:42279664
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综述 | 系统总结了甘蔗汁、蔗渣和滤泥的高值化利用途径，并提出甘蔗加工全组分高值化利用框架 | 构建'甘蔗加工树'全组分高值化框架，定量揭示功能糖高利润、蔗渣预处理成本占比40-50%以及滤泥粗蜡回收率仅5-8%等关键瓶颈，并提出耦合生物炼制、合成生物学和标准化框架的未来方向 | 当前瓶颈包括预处理效率低、菌株性能不佳和分离成本高 | 解决甘蔗加工单一产品依赖和副产品利用率低的问题，推动低碳循环转型 | 甘蔗汁、蔗渣、滤泥 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、农业 |
| 13 | 2026-06-13 |
Molecular recruitment and release using DNA host condensates
2026-May-12, Nanoscale horizons
IF:8.0Q1
DOI:10.1039/d5nh00586h
PMID:41774821
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研究论文 | 使用DNA宿主凝聚体实现分子招募与释放 | 在DNA纳米星中整合适配体以构建具有招募和释放目标生物分子能力的凝聚体，并研究适配体位置对凝聚和招募效率的影响 | 仅研究了链霉亲和素（SA）一种模型蛋白，且适配体定位对凝聚和招募无显著影响可能限制了设计灵活性 | 探索DNA纳米星凝聚体作为可调控分子招募与释放平台的潜力 | DNA纳米星凝聚体及其招募的链霉亲和素（SA）分子 | 合成生物学 | NA | DNA纳米自组装、适配体技术 | NA | 实验数据 | 未明确说明 | DNA纳米星 | 无细胞系统 | 适配体修饰的DNA纳米星凝聚体 | 合成生物学 |
| 14 | 2026-06-13 |
Beyond text generation: large language models as autonomous agents for orchestrating synthetic biology cycles
2026-May, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134309
PMID:41763131
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综述 | 探讨大语言模型作为自主智能体在合成生物学设计-构建-测试-学习周期中的协同作用 | 将LLM定位为自主智能体而非单纯预测工具，提出语义驱动范式替代传统人工特征工程，并系统分析不同LLM架构与生物任务的适配性 | 计算成本、模型可解释性及伦理治理挑战 | 推动合成生物学在可持续制造、医学等领域突破 | 大语言模型在合成生物学中的应用范式 | 自然语言处理, 合成生物学 | NA | 大语言模型 | 各类LLM架构 | 生物序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 可持续制造 |
| 15 | 2026-06-13 |
Engineering non-ribosomal peptide synthesis: tuning the antibiotics engine of the microbial world
2026-May, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2615819
PMID:41771683
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综述 | 综述通过合成生物学工程非核糖体肽合成酶以优化抗菌肽产量和活性的研究进展 | 系统总结了通过前体代谢工程、代谢流调控、强启动子和调控因子引入以及异源表达等策略提升非核糖体肽产量和生物活性的方法，并指出糖肽类抗生素作为合成生物学工程新方向的潜力 | 未提及具体实验数据验证或比较不同工程策略的效率，且综述范围可能未涵盖所有非核糖体肽类型 | 综述通过合成生物学方法工程改造非核糖体肽合成酶，以提高产量和生物活性 | 非核糖体肽合成酶及其生产的抗菌肽，特别是糖肽类抗生素 | 合成生物学 | NA | 非核糖体肽合成酶工程、代谢工程、启动子工程、异源表达 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 16 | 2026-06-11 |
Engineering an Artificial Taxol Biosynthetic Pathway from Baccatin III in Yeast
2026-May-26, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00148
PMID:42186953
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研究论文 | 在酵母中构建了从巴卡亭III合成紫杉醇的人工生物合成途径 | 首次在酵母中构建了仅需三个酶促步骤即可将巴卡亭III转化为紫杉醇的人工途径，并展示了β-苯丙氨酰辅酶A连接酶（PCLs）的广泛底物范围 | 需要进一步系统代谢工程以克服多个瓶颈，当前知识尚不足以实现规模化生物技术生产 | 实现紫杉醇的可持续生物合成，提供替代传统昂贵半合成方法的新策略 | 酵母中人工紫杉醇生物合成途径的构建和优化 | 合成生物学 | 癌症 | 代谢工程 | 结构-活性分析 | NA | NA | 代谢工程 | 酿酒酵母（S. cerevisiae） | 人工紫杉醇生物合成途径（包含β-苯丙氨酰辅酶A连接酶和巴卡亭III:3-氨基-3-苯丙酰转移酶） | 医药 |
| 17 | 2026-06-11 |
Degradation dynamics: an insight into microbial interactions with explosive compounds
2026-05-10, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-026-10299-6
PMID:42107032
|
综述 | 综述了爆炸物与微生物相互作用中的降解动力学，涵盖降解途径、关键酶及最新研究进展 | 将传统降解动力学与合成生物学工具（如CRISPR/Cas系统）结合，提出通过工程化微生物菌株提升降解活性 | 未详细讨论工程菌株的实际应用效果及环境影响评估 | 提供爆炸物降解动力学的研究现状概述 | 微生物（细菌和真菌）与爆炸物（如硝胺、硝基取代芳香族化合物、苦味酸、TETRYL、HEXYL、RDX等）的相互作用 | 环境科学 | NA | 降解动力学分析、生物组学（Bio-omics）、合成生物学工具 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas | 微生物（细菌、真菌） | NA | 环境科学 |
| 18 | 2026-06-11 |
AI-microbial hybrid biosensors: the next generation of intelligent detection systems
2026-May, Future microbiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1080/17460913.2026.2678101
PMID:42212947
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综述 | 综述人工智能与微生物生物传感器融合技术，用于病原体检测、环境监测和抗菌素耐药性分析 | 首次系统整合AI-微生物混合生物传感器的系统架构、计算策略、转化障碍及监管考虑，涵盖深度学习（如CNN）和集成模型在多传感器数据集中的应用 | 未提供具体实验数据或性能比较，缺乏对混合系统长期稳定性和临床验证的深入讨论 | 分析AI-微生物混合生物传感器作为下一代病原体检测和适应性生物监测平台的关键方面 | AI-微生物混合生物传感器系统 | 机器学习, 数字病理学 | 感染性疾病（病原体相关） | 卷积神经网络, 集成模型, 电化学阻抗谱, 拉曼光谱, 高光谱显微镜 | CNN, 集成模型 | 多传感器数据集（电化学阻抗、拉曼光谱、高光谱显微镜图像） | NA | CRISPR（CRISPR介导的传感） | 微生物（未具体指定） | 生物传感器电路（合成生物学相关） | 医学, 环境监测 |
| 19 | 2026-06-06 |
Decoding heavy metal tolerance in rice: Nucleic acid-based technologies shaping global food security
2026-May-25, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152693
PMID:42190784
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综述 | 回顾核酸基技术在提升水稻重金属耐受性中的应用，从QTL定位到CRISPR编辑及多组学分析的最新进展 | 系统梳理了从QTL定位、群体GWAS、泛基因组到CRISPR基因组编辑的完整技术演化路径，整合转录组、表观基因组和宏基因组工具揭示重金属耐受机制 | 特异性与必需性困境、多金属拮抗（镉/砷氧化还原冲突）以及调控分歧（SDN-1豁免与转基因分类差异）构成主要障碍 | 阐明核酸基技术如何重构水稻重金属耐受性的发现到部署流程，保障全球粮食安全 | 水稻（特别是镉和砷耐受性与低累积品系） | 机器学习 | 肺癌 | QTL定位，GWAS，CRISPR-Cas9，转录组学，表观基因组学，宏基因组学 | NA | 基因组数据，转录组数据，表观基因组数据，宏基因组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 水稻 | NA | 农业，食品 |
| 20 | 2026-06-06 |
Bibliometric-Based Analysis of Global Trends and Collaborative Networks in Plant Genetic Engineering (1994-2024)
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70550
PMID:41553078
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综述 | 对1994-2024年间植物基因工程领域的全球趋势和合作网络进行文献计量分析 | 首次系统揭示植物基因工程领域的国际合作双核心结构，并预测未来技术方向包括种质数字化、多基因编辑、智能育种和合成生物学 | NA | 系统分析植物基因工程全球趋势及合作网络 | 全球植物基因工程相关文献 | 文献计量学 | NA | 文献计量分析 | NA | 文本 | 1994-2024年全球文献数据 | CRISPR-Cas9, 农杆菌介导转化, RNA干扰 | 烟草 | NA | 农业 |