合成生物学相关文章
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当前共找到 126 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-19 |
WRKY Transcription Factors: Integral Regulators of Defence Responses to Biotic Stress in Crops
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70542
PMID:41524271
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综述 | 本文综述了WRKY转录因子在作物生物胁迫防御中的调控作用，涵盖其结构分类、基因组分布及抗真菌、细菌、卵菌、病毒和害虫的调控模块 | 系统整合了多组学、精准基因组编辑、合成生物学、基因驱动和人工智能等前沿技术，提出以WRKY为中心的广谱持久抗性育种与工程化策略 | 作为综述，未提供原始实验数据验证所提出的WRKY调控模块和工程化策略 | 总结WRKY转录因子在作物生物胁迫防御中的功能与调控机制，并探讨利用WRKY网络改良作物抗病抗虫性的途径 | 作物中的WRKY转录因子及其介导的生物胁迫防御调控网络 | 植物基因组学与分子生物学 | 作物真菌性病害、细菌性病害、卵菌病害、病毒病及虫害 | 多组学、精准基因组编辑、合成生物学、基因驱动技术、人工智能 | NA | 文本 | NA | 精准基因组编辑、合成生物学、基因驱动技术 | 作物 | WRKY为中心的免疫调控网络模块 | 农业 |
| 2 | 2026-09-19 |
Bibliometric-Based Analysis of Global Trends and Collaborative Networks in Plant Genetic Engineering (1994-2024)
2026-May, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70550
PMID:41553078
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研究论文 | 该研究通过文献计量分析1994年至2024年全球植物遗传工程的研究趋势和合作网络 | 揭示了以中国和美国为中心的双核国际合作结构，并划分了技术生命周期的三个阶段，预测了未来技术方向 | 仅基于文献计量数据，可能未涵盖未发表的研究或非英语文献，且分析范围限于1994-2024年 | 系统考察全球植物遗传工程的研究趋势和合作网络 | 1994年至2024年全球植物遗传工程相关的文献数据 | 机器学习 | NA | 文献计量分析 | NA | 文本 | 未明确说明具体文献数量 | CRISPR-Cas9, RNA干扰 | 烟草, 植物 | NA | 农业 |
| 3 | 2026-09-14 |
Vesicle-Templated Self-Assembly of Programmable Freestanding Multi-μm DNA Shells
2026-05-27, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.6c00402
PMID:42130031
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研究论文 | 本文介绍了一种简单且广泛适用的方法，通过先在巨型单层囊泡上组装DNA壳，再经表面活性剂介导去除脂质体，获得保留膜模板几何形状的独立DNA壳 | 首次实现了独立、膜模拟的DNA壳，通过囊泡模板化自组装及表面活性剂去除脂质体，利用两种不同DNA构造（复杂桶状DNA折纸和简单11寡核苷酸纳米星基序）展示方法的普适性，并通过DNA折纸的位点特异性可寻址性实现多层壳的可控形成 | 摘要中未明确提及 | 开发一种简单、广泛适用的方法，构建独立、膜模拟的DNA壳，用于自下而上的合成生物学中可调谐的DNA-only区室化 | 巨型单层囊泡、DNA折纸结构、11寡核苷酸纳米星基序、DNA壳 | 合成生物学 | NA | DNA折纸、囊泡模板化自组装、表面活性剂介导脂质体去除 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、材料 |
| 4 | 2026-09-10 |
HySimODE: a hybrid stochastic-deterministic simulation framework for multiscale models of biological systems
2026-05-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag185
PMID:41999207
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研究论文 | 介绍HySimODE，一个用于生物系统多尺度模型的混合随机-确定性模拟框架，自动分配随机或确定性机制并执行混合模拟 | 利用确定性预模拟和机器学习分类器自动分配物种的随机或确定性机制，避免手动指定，无需模型重构，支持缺乏一致反应网络表示的生化模型 | 未在摘要中明确说明局限性 | 开发一个自动化、可复现且可扩展的混合模拟框架，用于基于ODE的生化系统的多尺度建模 | 生化系统模型，包括宿主-回路相互作用模型和长期突触增强模型 | 计算生物学 | NA | 混合模拟，机器学习分类器，ODE求解 | 机器学习分类器 | 生化ODE模型数据 | 涵盖多种动力学机制的生化ODE模型数据集 | NA | NA | 宿主-回路相互作用模型 | 医学, 合成生物学, 神经科学 |
| 5 | 2026-08-24 |
From Genome to Pharmacome: Current Status and Future Perspectives of Multi-Omics Integration in Traditional Chinese Medicine Research
2026-05-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17060634
PMID:42353793
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综述 | 本文综述了多组学整合在中药研究中的现状与未来前景，涵盖基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据的整合应用，并提出实验验证框架。 | 提出分层实验验证框架和迭代计算-实验反馈循环，以弥补多组学分析停留在统计关联层面的不足，推动从描述性模式向机制模型的转变。 | 多数已发表的多组学分析缺乏因果水平验证，且文章未提供实验数据或具体案例。 | 探讨多组学整合在中药研究中的应用进展，并提出迈向基于机制的精确医学的策略。 | 中药材料（如道地药材）、生物活性化合物及其生物合成途径。 | 系统药理学、多组学整合 | 不适用 | 高通量测序、多组学技术（基因组、转录组、蛋白质组、代谢组） | 不适用 | 基因组、转录组、蛋白质组、代谢组数据 | 不适用 | 合成生物学平台（未具体提及工具） | 不适用 | 不适用 | 医学、工业生物技术 |
| 6 | 2026-08-22 |
Base modifications shift tertiary structure and activity in synthetic RNA origami and a natural ribozyme
2026-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72891-x
PMID:42128887
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研究论文 | 研究碱基修饰（如5-甲基胞嘧啶和N1-甲基假尿苷）对合成RNA折纸纳米结构和天然四膜虫核酶三级结构及功能的影响 | 首次揭示碱基修饰通过改变碱基堆叠能量而非碱基配对，重塑RNA折叠景观，影响合成RNA纳米结构和天然核酶的结构-功能关系 | 主要依赖体外实验，未深入探索体内环境的影响，且仅考察了特定修饰和特定RNA系统 | 阐明常见碱基修饰对RNA三级结构和功能的影响机制，为合成生物学和疗RNA设计提供指导 | 合成RNA折纸纳米结构和天然四膜虫核酶 | 结构生物学 | NA | 冷冻电镜，FRET，生化实验 | NA | 结构图像和生化数据 | 多个RNA折纸样品和四膜虫核酶样品 | NA | NA | NA | 合成生物学，医药 |
| 7 | 2026-08-14 |
RpaA Overexpression Enhances Bioluminescence Intensity and Elevates Rhythmic Extracellular Vesicle Yield in Synechococcus elongatus PCC 7942
2026-May-25, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life16060885
PMID:42355412
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研究论文 | 本研究探讨了蓝细菌昼夜节律输出调控因子RpaA对PCC 7942细胞外囊泡产量的调控作用，发现RpaA过表达可增强生物发光强度并提高细胞外囊泡的产量 | 首次揭示昼夜节律输出信号与细胞外囊泡生物发生之间的关联，并提出RpaA过表达作为提高细胞外囊泡产量的有效策略 | 摘要未提及研究的局限性 | 研究RpaA在调节蓝细菌PCC 7942细胞外囊泡生产中的作用，并探索提高细胞外囊泡产量的策略 | 蓝细菌PCC 7942及其RpaA基因 | 合成生物学 | NA | 转录分析 | NA | 基因表达数据 | NA | 基因敲除和过表达 | Synechococcus elongatus PCC 7942 | 昼夜节律输出调控回路 | 工业生物技术、医学（纳米载体技术） |
| 8 | 2026-08-14 |
From Discovery to Manufacturing: A Quantitative Review of Phosphonates and Strategies for High-Titer Production
2026-May-22, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14061170
PMID:42354795
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综述 | 本文对膦酸酯天然产物进行了定量综述，涵盖其发现趋势、生物活性、产生菌分类及高产策略，并提出加速发现和改善生产可及性的建议 | 首次对1959年至今的71篇膦酸酯天然产物报告进行系统性定量分析，整合发现趋势与生物功能及规模化生产之间的联系，并总结结构-活性关系和工程策略 | 综述依赖已发表的报告，可能遗漏未发表或非细菌来源的数据，且定量分析受限于原始报告的质量和完整性 | 系统梳理膦酸酯天然产物的发现、生物活性和生产策略，为加速新膦酸酯发现和提高产量提供方向 | 膦酸酯天然产物及其产生菌（主要为细菌） | 天然产物研究 | NA | 代谢工程、合成生物学、生物催化级联 | NA | 文献数据 | 71篇报告（1959年至今） | NA | 细菌 | 代谢途径工程 | 医学、农业 |
| 9 | 2026-08-14 |
Therapeutic Applications of Natural Products in Biomedicine and Pharmacotherapy
2026-May-22, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life16060873
PMID:42355401
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综述 | 本文对天然产物在药物化学、生物医学和药物治疗中的治疗应用进行了批判性和整合性分析，重点探讨其结构、功能和转化之间的联系 | 提出一个连接结构、功能和转化的系统，结合化学、药理学和转化方法，以应对天然产物开发中的挑战 | 未提供具体实验数据，仅基于文献综述，可能缺乏实证验证 | 分析天然产物在药物发现和精准医学中的潜力，并批判性评估当前策略和挑战 | 代表性天然产物如紫杉醇、青蒿素和姜黄素 | 药物化学 | NA | 基因组挖掘、合成生物学、网络药理学 | NA | 文献数据 | NA | 基因组挖掘 | NA | NA | 医学 |
| 10 | 2026-08-11 |
RNA Aptamers and Epitranscriptomics: Charting Unexplored Territories in RNA Biology
2026-05, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-026-00841-w
PMID:41838348
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观点文章 | 本文探讨RNA适配体与表观转录组学之间的交叉领域，分析RNA修饰对适配体折叠和结合的影响，以及适配体在检测和调控表观转录组状态中的潜在应用。 | 首次提出RNA适配体与表观转录组学之间的概念和机制重叠，并探索二者交叉融合的创新可能性。 | 直接调控关系尚未完全阐明，缺乏实验验证。 | 促进RNA适配体与表观转录组学领域的交叉融合，激发未来研究兴趣。 | RNA适配体与表观转录组修饰（如m6A、Ψ、m5C） | RNA生物学 | NA | SELEX | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 11 | 2026-08-09 |
Extrachromosomally co-encoded toxin-immunity pairs in yeast and their application potential
2026-May-26, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13876-0
PMID:42189293
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综述 | 本文综述了酵母中由染色体外元件共编码的毒素-免疫因子对，并探讨了其在合成生物学和生物技术中的应用潜力 | 系统整合了毒素-免疫因子对的分子知识及其克隆、研究和工程化方法，并类比细菌毒素-抗毒素系统，提出其在合成生物学中的应用前景 | 对免疫因子的保护机制研究相对较少，应用潜力仍需进一步探索 | 推动对酵母毒素-免疫因子对的基础理解，并促进其在合成生物学和生物技术中的应用 | 酵母中的毒素-免疫因子对，包括dsRNA真菌病毒卫星和dsDNA病毒样元件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本信息 | NA | NA | 酵母 | 毒素-免疫因子对系统 | 食品,医药,生物技术 |
| 12 | 2026-08-02 |
Bacillus-derived antimicrobial peptides as alternatives to antibiotics in poultry: mechanisms, applications, and future prospects- a review
2026-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04941-3
PMID:42176025
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综述 | 本文综述了芽孢杆菌来源的抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的多样性、结构特征、生物合成、作用机制及其应用前景。 | 系统总结了芽孢杆菌抗菌肽的多种作用机制，包括膜靶向、生物膜调控、免疫调节和防霉菌毒素肠损伤，并提出了基因组挖掘、合成生物学和计算设计相结合的未来开发方向。 | 抗菌肽活性受肽类、配方、微生物生态和宿主生理因素影响，且存在肽不稳定性、体内疗效差异、菌株差异、安全性问题及缺乏标准化比较模型等转化挑战。 | 评估芽孢杆菌抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的潜力，并总结其机制和未来研究方向。 | 芽孢杆菌来源的抗菌肽，包括核糖体合成的细菌素和非核糖体合成的脂肽（如表面活性素、伊枯草菌素和丰原素）。 | 微生物学、合成生物学 | 肠道感染、抗微生物耐药性、霉菌毒素相关肠损伤 | 基因组挖掘、合成生物学、计算肽设计 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 家禽 | NA | 农业、食品、医药 |
| 13 | 2026-07-30 |
Bacterial 3D genome architecture: organization, regulation, and synthetic biology applications
2026-May-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04117-8
PMID:42177580
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综述 | 本文综述了细菌三维基因组的组织结构、调控机制及其在合成生物学中的应用前景 | 整合了染色体构象捕获和成像研究的见解，强调基因组结构对环境信号的动态响应，并探讨了细菌三维基因组学在合成生物学中的潜在应用 | 细菌基因组架构及其调控的详细原理仍不完全清楚 | 理解细菌基因组稳态和适应性的框架，为工程微生物系统和新型疗法提供机会 | 细菌三维基因组结构及其调控因子 | 基因组学 | NA | 染色体构象捕获，成像 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 合成生物学，医学 |
| 14 | 2026-07-24 |
Advances in the heterologous biosynthesis of QS saponins: a review
2026-May-26, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03034-6
PMID:42192394
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综述 | 系统总结QS皂苷的异源生物合成进展，重点介绍QS-21的作用机制与应用 | 聚焦合成生物学策略用于微生物合成QS皂苷，并针对当前研究挑战提出目标响应策略 | NA | 为推动QS皂苷的医学应用和可持续生产奠定理论基础 | QS皂苷（特别是QS-21）的异源生物合成途径 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物细胞工厂 | QS皂苷生物合成途径 | 医药, 兽医疫苗 |
| 15 | 2026-07-24 |
TargetGAN: A generative AI framework for the design of plant core promoters with targeted activity
2026-05-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101851
PMID:41981910
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研究论文 | 提出TargetGAN框架，利用生成对抗网络和预训练活性预测器，设计具有靶向活性的植物核心启动子 | 首次将生成对抗网络与活性预测器结合，实现用户自定义活性的植物核心启动子的从头设计，并发现合成的超强启动子活性远超天然启动子 | 预测活性与实验实测活性之间仅中等程度相关（皮尔逊相关系数=0.6435），且合成启动子的超强活性机制尚需进一步验证 | 开发能够设计具有靶向活性的植物核心启动子的深度学习框架 | 植物核心启动子 | 机器学习 | NA | 高通量功能验证（STARR-seq）、荧光素酶报告基因检测 | 生成对抗网络（GAN） | 序列数据 | 76851个天然启动子用于训练，55296个合成启动子生成，5250个用于高通量验证，2909个成功表征 | NA | 植物 | 靶向活性植物核心启动子 | 农业, 合成生物学 |
| 16 | 2026-07-24 |
The gut-tumor connection: the role of microbiota in cancer progression and treatment strategies
2026-05, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.08.038
PMID:40850681
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综述 | 本文探讨了肠道微生物群与肿瘤微环境在癌症进展和治疗策略中的复杂相互作用 | 系统总结了肿瘤内微生物群跨癌种的多样性及其对肿瘤微环境异质性的影响，并评估了多种微生物群调节策略的治疗潜力 | 缺乏标准化研究方案、先进测序技术和精炼动物模型，转化研究仍面临挑战 | 阐明肠道微生物群与肿瘤微环境互作机制，探索以微生物群为靶点的癌症治疗策略 | 肠道微生物群、肿瘤相关微生物群、肿瘤微环境 | 数字病理学 | 癌症 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 人体 | NA | 医学 |
| 17 | 2026-07-23 |
A T7 RNAP regulatory toolbox for cell-free network engineering and biosensing applications
2026-May-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73811-9
PMID:42209525
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研究论文 | 构建了一个T7 RNA聚合酶调控工具箱，用于无细胞网络工程和生物传感应用 | 开发了可编程的合成抑制子、激活子和生物传感器组成的T7 RNAP调控工具箱，实现了无细胞系统中基于T7 RNAP的基因调控网络可扩展设计，并集成蛋白质设计管线生成全合成结合物生物传感器 | 局限性未在摘要中明确说明 | 实现无细胞系统中基因调控网络的精确模块化控制，并用于多种生物分子的快速灵敏检测 | T7 RNA聚合酶及其调控组件 | 合成生物学、生物技术 | 传染病（SARS-CoV-2） | 无细胞系统、蛋白质设计 | NA | 生物分子（小分子药物、抗体、蛋白质） | NA | T7 RNAP调控工具箱 | 无细胞系统（大肠杆菌提取物） | 基因调控网络（包括抑制子、激活子、生物传感器） | 医学、诊断 |
| 18 | 2026-07-22 |
PURE makes PURE: reconstitution of the PURE cell-free system from self-synthesized proteins
2026-May-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73337-0
PMID:42173857
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研究论文 | 利用PURE系统自身合成的蛋白质重新构建PURE无细胞系统，实现了非核糖体蛋白质组分的自我再生 | 首次证明了PURE系统中的36种非核糖体蛋白质可以由该系统自身完全合成并重组装成功能性系统，迈出自复制生化构造体的重要一步 | 目前仅实现了非核糖体蛋白质的自再生，尚未包括核糖体及其它关键组分的完全自复制 | 探索合成生物学中自我再生生化系统的构建 | PURE无细胞系统中的36种非核糖体蛋白质 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成，蛋白质纯化，系统重组装 | NA | NA | 36种非核糖体蛋白质 | NA | NA | 自我再生生化系统 | 合成生物学 |
| 19 | 2026-07-21 |
Meta-analysis of fruit waste-derived single-cell protein for programmable nutrition via synthetic biology in sustainable food systems
2026-May-09, NPJ science of food
IF:6.3Q1
DOI:10.1038/s41538-026-00850-3
PMID:42106370
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meta-analysis | 系统综述了水果加工废弃物转化为单细胞蛋白的研究，评估了其作为可持续蛋白质替代品的潜力 | 首次通过荟萃分析整合了水果废弃物生产单细胞蛋白的生物量产率与蛋白质含量数据，并探讨了合成生物学在营养编程中的应用前景 | 直接针对水果废渣基质验证的工程菌研究有限，缺乏人体临床或体内数据支持 | 评估水果废弃物来源单细胞蛋白在可持续食品系统中的营养可编程性及环境效益 | 水果加工废弃物（年产量超5亿吨）和微生物蛋白生产平台 | NA | NA | 合成生物学、精准发酵 | NA | NA | 符合PRISMA标准的同行评审研究（未明确具体数量） | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN (推测用于工程菌改造) | 酿酒酵母（S. cerevisiae）、大肠杆菌（E. coli）等微生物 | 营养强化通路（如赖氨酸、蛋氨酸生物合成） | 食品、环境、工业生物技术 |
| 20 | 2026-07-19 |
PromoterAtlas: decoding regulatory sequences across Gammaproteobacteria using a transformer model
2026-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72837-3
PMID:42140912
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research paper | 介绍PromoterAtlas，一种基于Transformer模型用于解码Gammaproteobacteria调控序列的工具 | 使用1.8M参数的Transformer模型，在3371种γ变形菌的900万调控序列上训练，实现了跨物种的启动子识别、全基因组注释及调控功能预测 | 未明确提及模型对非γ变形菌的适用性或实验验证中的假阳性率 | 开发跨物种的细菌启动子预测工具，提升对调控序列的理解和工程化能力 | Gammaproteobacteria的调控序列，包括核糖体结合位点、启动子、转录因子结合位点和终止子 | machine learning | NA | Transformer模型、全基因组注释 | Transformer | 序列数据 | 3371个物种的900万调控序列 | NA | Gammaproteobacteria（γ变形菌） | NA | 合成生物学、细菌生物学、比较基因组学 |