合成生物学相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['synthetic biology']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价9.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 137 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-08-07 |
Extrachromosomally co-encoded toxin-immunity pairs in yeast and their application potential
2026-May-26, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-026-13876-0
PMID:42189293
|
综述 | 本文综述了酵母中由染色体外元件共编码的毒素-免疫因子对，包括其分子机制、克隆与研究方法，并探讨其在合成生物学和生物技术中的应用潜力。 | 系统整合了酵母染色体外毒素-免疫因子对的现有分子知识，并类比细菌毒素-抗毒素系统，提出其在合成生物学中的潜在应用。 | 对免疫因子的保护机制了解有限，且应用潜力尚处于理论阶段，缺乏实际工程验证。 | 推动对酵母染色体外毒素-免疫因子对的基础理解，并探索其在合成生物学和生物技术中的应用。 | 酵母中的染色体外毒素-免疫因子对，包括dsRNA支原体病毒卫星和双链DNA病毒样元件。 | 合成生物学 | NA | 分子克隆、基因工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | 酵母 | 毒素-免疫因子对 | 食品、医药、工业生物技术 |
| 2 | 2026-08-02 |
Bacillus-derived antimicrobial peptides as alternatives to antibiotics in poultry: mechanisms, applications, and future prospects- a review
2026-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04941-3
PMID:42176025
|
综述 | 本文综述了芽孢杆菌来源的抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的多样性、结构特征、生物合成、作用机制及其应用前景。 | 系统总结了芽孢杆菌抗菌肽的多种作用机制，包括膜靶向、生物膜调控、免疫调节和防霉菌毒素肠损伤，并提出了基因组挖掘、合成生物学和计算设计相结合的未来开发方向。 | 抗菌肽活性受肽类、配方、微生物生态和宿主生理因素影响，且存在肽不稳定性、体内疗效差异、菌株差异、安全性问题及缺乏标准化比较模型等转化挑战。 | 评估芽孢杆菌抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的潜力，并总结其机制和未来研究方向。 | 芽孢杆菌来源的抗菌肽，包括核糖体合成的细菌素和非核糖体合成的脂肽（如表面活性素、伊枯草菌素和丰原素）。 | 微生物学、合成生物学 | 肠道感染、抗微生物耐药性、霉菌毒素相关肠损伤 | 基因组挖掘、合成生物学、计算肽设计 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 家禽 | NA | 农业、食品、医药 |
| 3 | 2026-07-30 |
Bacterial 3D genome architecture: organization, regulation, and synthetic biology applications
2026-May-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04117-8
PMID:42177580
|
综述 | 本文综述了细菌三维基因组的组织结构、调控机制及其在合成生物学中的应用前景 | 整合了染色体构象捕获和成像研究的见解，强调基因组结构对环境信号的动态响应，并探讨了细菌三维基因组学在合成生物学中的潜在应用 | 细菌基因组架构及其调控的详细原理仍不完全清楚 | 理解细菌基因组稳态和适应性的框架，为工程微生物系统和新型疗法提供机会 | 细菌三维基因组结构及其调控因子 | 基因组学 | NA | 染色体构象捕获，成像 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 合成生物学，医学 |
| 4 | 2026-07-29 |
Base modifications shift tertiary structure and activity in synthetic RNA origami and a natural ribozyme
2026-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72891-x
PMID:42128887
|
研究论文 | 研究碱基修饰对合成RNA折纸结构及天然核酶三维结构与功能的影响 | 首次揭示5-甲基胞嘧啶和N1-甲基假尿苷等碱基修饰通过改变碱基堆积能量而非碱基配对，重塑RNA折叠景观和结构-功能关系 | 未详细说明修饰碱基在不同RNA序列背景下的普适性影响，以及体内环境中的长期稳定性 | 探究碱基修饰对RNA三级结构折叠与功能的影响 | 合成RNA折纸纳米结构和四膜虫核酶 | 分子生物学, 合成生物学 | NA | cryo-EM, FRET, 生化实验 | NA | 结构数据, 生化实验数据 | NA | NA | NA | RNA折纸纳米结构 | 合成生物学, 治疗药物, 生物技术 |
| 5 | 2026-07-28 |
Engineering an Artificial Taxol Biosynthetic Pathway from Baccatin III in Yeast
2026-May-26, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.6c00148
PMID:42186953
|
研究论文 | 在酵母中构建人工紫杉醇生物合成途径，通过三步酶促反应将巴卡亭III转化为紫杉醇 | 首次在酵母中构建人工紫杉醇合成途径，利用非天然底物（3-苯异丝氨酸）实现三步酶促转化，并展示了β-苯丙氨酰辅酶A连接酶的广泛底物范围 | 研究仅关注从巴卡亭III到紫杉醇的后期步骤，未涉及上游复杂途径；人工途径的产量和效率可能仍低于天然系统，尚未进行大规模生产验证 | 开发可持续的紫杉醇生产方法，克服传统半合成途径的局限 | 紫杉醇生物合成途径中的关键酶（PCL、BAPT）和酵母宿主 | 合成生物学 | 癌症 | 代谢工程、结构-活性分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 人工代谢途径（紫杉醇合成途径） | 医学, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-07-24 |
Advances in the heterologous biosynthesis of QS saponins: a review
2026-May-26, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03034-6
PMID:42192394
|
综述 | 系统总结QS皂苷的异源生物合成进展，重点介绍QS-21的作用机制与应用 | 聚焦合成生物学策略用于微生物合成QS皂苷，并针对当前研究挑战提出目标响应策略 | NA | 为推动QS皂苷的医学应用和可持续生产奠定理论基础 | QS皂苷（特别是QS-21）的异源生物合成途径 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物细胞工厂 | QS皂苷生物合成途径 | 医药, 兽医疫苗 |
| 7 | 2026-07-24 |
TargetGAN: A generative AI framework for the design of plant core promoters with targeted activity
2026-05-11, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2026.101851
PMID:41981910
|
研究论文 | 提出TargetGAN框架，利用生成对抗网络和预训练活性预测器，设计具有靶向活性的植物核心启动子 | 首次将生成对抗网络与活性预测器结合，实现用户自定义活性的植物核心启动子的从头设计，并发现合成的超强启动子活性远超天然启动子 | 预测活性与实验实测活性之间仅中等程度相关（皮尔逊相关系数=0.6435），且合成启动子的超强活性机制尚需进一步验证 | 开发能够设计具有靶向活性的植物核心启动子的深度学习框架 | 植物核心启动子 | 机器学习 | NA | 高通量功能验证（STARR-seq）、荧光素酶报告基因检测 | 生成对抗网络（GAN） | 序列数据 | 76851个天然启动子用于训练，55296个合成启动子生成，5250个用于高通量验证，2909个成功表征 | NA | 植物 | 靶向活性植物核心启动子 | 农业, 合成生物学 |
| 8 | 2026-07-24 |
The gut-tumor connection: the role of microbiota in cancer progression and treatment strategies
2026-05, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.08.038
PMID:40850681
|
综述 | 本文探讨了肠道微生物群与肿瘤微环境在癌症进展和治疗策略中的复杂相互作用 | 系统总结了肿瘤内微生物群跨癌种的多样性及其对肿瘤微环境异质性的影响，并评估了多种微生物群调节策略的治疗潜力 | 缺乏标准化研究方案、先进测序技术和精炼动物模型，转化研究仍面临挑战 | 阐明肠道微生物群与肿瘤微环境互作机制，探索以微生物群为靶点的癌症治疗策略 | 肠道微生物群、肿瘤相关微生物群、肿瘤微环境 | 数字病理学 | 癌症 | NA | NA | 文本 | NA | NA | 人体 | NA | 医学 |
| 9 | 2026-07-23 |
A T7 RNAP regulatory toolbox for cell-free network engineering and biosensing applications
2026-May-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73811-9
PMID:42209525
|
研究论文 | 构建了一个T7 RNA聚合酶调控工具箱，用于无细胞网络工程和生物传感应用 | 开发了可编程的合成抑制子、激活子和生物传感器组成的T7 RNAP调控工具箱，实现了无细胞系统中基于T7 RNAP的基因调控网络可扩展设计，并集成蛋白质设计管线生成全合成结合物生物传感器 | 局限性未在摘要中明确说明 | 实现无细胞系统中基因调控网络的精确模块化控制，并用于多种生物分子的快速灵敏检测 | T7 RNA聚合酶及其调控组件 | 合成生物学、生物技术 | 传染病（SARS-CoV-2） | 无细胞系统、蛋白质设计 | NA | 生物分子（小分子药物、抗体、蛋白质） | NA | T7 RNAP调控工具箱 | 无细胞系统（大肠杆菌提取物） | 基因调控网络（包括抑制子、激活子、生物传感器） | 医学、诊断 |
| 10 | 2026-07-22 |
PURE makes PURE: reconstitution of the PURE cell-free system from self-synthesized proteins
2026-May-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-73337-0
PMID:42173857
|
研究论文 | 利用PURE系统自身合成的蛋白质重新构建PURE无细胞系统，实现了非核糖体蛋白质组分的自我再生 | 首次证明了PURE系统中的36种非核糖体蛋白质可以由该系统自身完全合成并重组装成功能性系统，迈出自复制生化构造体的重要一步 | 目前仅实现了非核糖体蛋白质的自再生，尚未包括核糖体及其它关键组分的完全自复制 | 探索合成生物学中自我再生生化系统的构建 | PURE无细胞系统中的36种非核糖体蛋白质 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白质合成，蛋白质纯化，系统重组装 | NA | NA | 36种非核糖体蛋白质 | NA | NA | 自我再生生化系统 | 合成生物学 |
| 11 | 2026-07-21 |
Meta-analysis of fruit waste-derived single-cell protein for programmable nutrition via synthetic biology in sustainable food systems
2026-May-09, NPJ science of food
IF:6.3Q1
DOI:10.1038/s41538-026-00850-3
PMID:42106370
|
meta-analysis | 系统综述了水果加工废弃物转化为单细胞蛋白的研究，评估了其作为可持续蛋白质替代品的潜力 | 首次通过荟萃分析整合了水果废弃物生产单细胞蛋白的生物量产率与蛋白质含量数据，并探讨了合成生物学在营养编程中的应用前景 | 直接针对水果废渣基质验证的工程菌研究有限，缺乏人体临床或体内数据支持 | 评估水果废弃物来源单细胞蛋白在可持续食品系统中的营养可编程性及环境效益 | 水果加工废弃物（年产量超5亿吨）和微生物蛋白生产平台 | NA | NA | 合成生物学、精准发酵 | NA | NA | 符合PRISMA标准的同行评审研究（未明确具体数量） | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN (推测用于工程菌改造) | 酿酒酵母（S. cerevisiae）、大肠杆菌（E. coli）等微生物 | 营养强化通路（如赖氨酸、蛋氨酸生物合成） | 食品、环境、工业生物技术 |
| 12 | 2026-07-19 |
PromoterAtlas: decoding regulatory sequences across Gammaproteobacteria using a transformer model
2026-May-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72837-3
PMID:42140912
|
research paper | 介绍PromoterAtlas，一种基于Transformer模型用于解码Gammaproteobacteria调控序列的工具 | 使用1.8M参数的Transformer模型，在3371种γ变形菌的900万调控序列上训练，实现了跨物种的启动子识别、全基因组注释及调控功能预测 | 未明确提及模型对非γ变形菌的适用性或实验验证中的假阳性率 | 开发跨物种的细菌启动子预测工具，提升对调控序列的理解和工程化能力 | Gammaproteobacteria的调控序列，包括核糖体结合位点、启动子、转录因子结合位点和终止子 | machine learning | NA | Transformer模型、全基因组注释 | Transformer | 序列数据 | 3371个物种的900万调控序列 | NA | Gammaproteobacteria（γ变形菌） | NA | 合成生物学、细菌生物学、比较基因组学 |
| 13 | 2026-07-17 |
Plant-derived indole alkaloids in chronic inflammatory diseases: molecular mechanisms, therapeutic potential and translational challenges
2026-May, Inflammopharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s10787-026-02244-z
PMID:42009998
|
综述 | 本文综述了植物来源吲哚生物碱在慢性炎症性疾病中的作用机制、治疗潜力及转化挑战 | 系统整合了吲哚生物碱对NF-κB、JAK/STAT、MAPK、PI3K/AKT、NLRP3炎症小体和AhR信号等关键炎症轴的调控机制，并强调了单萜和色氨酸衍生的吲哚生物碱在微生物群和器官选择性治疗中的前景 | 大部分证据来自临床前研究，缺乏足够的临床转化数据 | 评估植物来源吲哚生物碱在慢性炎症性疾病中的治疗潜力和转化可行性 | 植物来源的吲哚生物碱类化合物 | NA | 结肠炎、骨关节炎、慢性阻塞性肺疾病、动脉粥样硬化、慢性肾病、炎症驱动的癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 14 | 2026-07-10 |
Advances in biotechnological methods for genetic and metabolic engineering in Methylomonas sp. DH-1
2026-May-16, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-026-00700-6
PMID:42143386
|
综述 | 综述了甲基单胞菌DH-1菌株遗传和代谢工程生物技术方法的最新进展 | 系统总结了针对DH-1菌株的分子工具开发，包括优化转化方法、无质粒基因组工程、可调启动子库和合成小调控RNA平台 | 未明确提及局限性 | 促进甲基单胞菌DH-1菌株作为甲烷利用底盘细胞的代谢工程和合成生物学研究 | 甲基单胞菌DH-1菌株 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | Cre重组酶 | 甲基单胞菌DH-1 | 可调启动子库、合成小调控RNA平台 | 工业生物技术, 环境 |
| 15 | 2026-07-09 |
Rare-codon-tuned fluorescent biosensor for high-throughput selection of Escherichia coli strain capable of L-arginine overproduction
2026-05-12, BMC microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s12866-026-05154-w
PMID:42121024
|
研究论文 | 开发一种稀有密码子调控的荧光生物传感器，用于高通量筛选能够过量生产L-精氨酸的大肠杆菌菌株 | 该传感器利用稀有密码子AGG编码的富含L-精氨酸肽模块与StayGold荧光蛋白融合，建立荧光强度与胞内L-精氨酸水平的严格关联，无需正交翻译系统即可在野生型菌株中应用 | 未具体说明局限性，但可能包括传感器对特定代谢物的特异性及长期稳定性待验证 | 开发高通量表型分析方法以加速菌株优化和生物制造 | 大肠杆菌ARG文库及其突变菌株 | 合成生物学 | NA | 紫外线诱变、荧光激活细胞分选、基因组分析 | NA | 基因组序列和荧光数据 | 大肠杆菌ARG文库（未指定具体数量），以及分离的菌株ARG-B10和B10 | NA | 大肠杆菌 | 稀有密码子依赖的荧光生物传感器，包含AGG稀有密码子富集的L-精氨酸肽模块与StayGold融合基因 | 工业生物技术 |
| 16 | 2026-07-04 |
[Cloning of cytochrome P450 reductase genes from Carthamus tinctorius and comparison of electron donation activity]
2026-May, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
|
research paper | 本研究从红花中克隆了三个细胞色素P450还原酶基因，并比较了它们与不同CYP450酶组合时的电子供体活性 | 首次从红花中克隆并鉴定了三个CPR基因，发现CtCPR1与红花内源KO酶组合时电子供体活性增强，而CtCPR3与拟南芥AtKO组合时活性更优，揭示了CPR与CYP450之间的高合作伙伴兼容性 | NA | 克隆红花中CPR基因并评估其电子供体活性，为通过合成生物学高效生产红花生物活性化合物提供遗传资源 | 红花中的细胞色素P450还原酶基因CtCPR1、CtCPR2和CtCPR3 | machine learning | NA | 克隆、测序、序列比对、系统发育分析、酵母发酵 | NA | 序列数据、文本 | 3个CPR基因 | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 代谢途径工程（将CPR与KO基因共表达生产ent-kaurenoic acid） | medicine, industrial biotechnology |
| 17 | 2026-07-03 |
Reprogramming probiotic for uric acid modular degradation and hyperuricemia treatment by synthetic biology regulation
2026-May-07, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03022-w
PMID:42098719
|
研究论文 | 通过合成生物学调控，重组工程益生菌用于尿酸模块化降解及高尿酸血症治疗 | 首次构建表达PucL和PucM酶的重组益生菌株，并通过模块化优化RBS强度、过表达尿酸转运蛋白基因ygfU和过氧化氢降解酶基因katG，显著提高了尿酸降解效率，同时在小鼠模型中验证了其通过调节肠道菌群改善高尿酸血症的机制 | 仅限于体外实验和小鼠模型验证，未进行人体临床试验，且工程菌的长期安全性及稳定性需进一步评估 | 开发一种更安全有效的工程益生菌疗法，用于尿酸降解和高尿酸血症的治疗 | 重组益生菌Escherichia coli Nissle 1917及高尿酸血症小鼠模型 | 合成生物学 | 高尿酸血症 | 合成生物学、RBS优化、基因过表达 | NA | 实验数据 | 小鼠模型，具体数量未说明 | CRISPR-Cas9 | Escherichia coli Nissle 1917 | 尿酸降解模块（pucL和pucM基因）、尿酸转运模块（ygfU基因）和过氧化氢降解模块（katG基因） | 医学 |
| 18 | 2026-07-01 |
RNA Aptamers and Epitranscriptomics: Charting Unexplored Territories in RNA Biology
2026-05, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-026-00841-w
PMID:41838348
|
评论文章 | 探讨RNA适配体与表观转录组学在RNA生物学中尚未探索的交叉领域 | 首次系统提出RNA修饰可能影响适配体折叠或结合，以及适配体可用于检测或调节表观转录组状态，为合成生物学和RNA治疗提供跨学科整合的新思路 | 直接调控联系尚未完全阐明，目前主要基于概念推测而非实验验证 | 激发RNA适配体与表观转录组学研究社区之间的讨论，吸引对未探索前沿领域的关注 | RNA适配体与表观转录组修饰（如m6A、假尿苷、5-甲基胞嘧啶）的相互作用 | 分子生物学 | NA | SELEX | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 19 | 2026-06-28 |
From Genome to Pharmacome: Current Status and Future Perspectives of Multi-Omics Integration in Traditional Chinese Medicine Research
2026-May-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17060634
PMID:42353793
|
综述 | 总结多组学整合在中药研究中的进展，提出因果验证框架以推动精准医学转型 | 指出当前多组学分析多停留于统计关联层面、缺乏因果验证的瓶颈，并提出分层实验验证框架与计算-实验迭代反馈回路 | 未提供具体的实验验证数据或案例，仅提出理论框架与未来方向 | 推动中药研究从经验描述转向数据驱动的机制分析，并实现因果层面的验证 | 中药研究中的组学数据（基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组）及活性化合物 | 数字病理学 | 不适用 | 高通量测序, 多组学整合 | 不适用 | 基因组数据, 表观组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 医药 |
| 20 | 2026-06-28 |
Engineering Strategies for Plant-Derived Extracellular Vesicles: Modification, Drug Delivery Performance, and Synergistic Effects with Gel Composite Systems
2026-May-27, Pharmaceutics
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/pharmaceutics18060659
PMID:42357274
|
综述 | 本文构建了一个整合工程策略、载药性能及凝胶复合系统的概念框架，系统评述植物源细胞外囊泡的改性方法及其在精准纳米医学中的应用 | 首次建立了整合工程策略、载体-性能-协同范式以及凝胶复合设计原则的三维概念框架，区别于以往仅关注疾病应用或单一工程技术的综述 | 当前植物源细胞外囊泡面临靶向性、稳定性及装载效率等固有局限，且临床转化仍需克服挑战 | 为植物源细胞外囊泡的理性设计和临床转化提供理论框架，推动其在精准纳米医学中的创新发展 | 植物源细胞外囊泡及其凝胶复合材料 | 纳米医学、合成生物学 | 皮肤疾病 | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 医学 |