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当前共找到 121 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-09-21 |
Beyond gene editing: the age of chromosome-scale genome engineering
2026-Sep-19, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2026.08.010
PMID:42763238
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综述 | 这篇综述探讨了染色体尺度基因组工程的技术工具，包括染色体转移和靶向染色体消除，以及它们如何整合到染色体移植流程中 | 将染色体尺度操作确立为可操作的实验框架，并强调其在理解、构建和修复基因组方面的潜力 | 常规实施仍受限于分析需求和技术障碍 | 综述高等真核生物中染色体尺度操作的工具包，并讨论其在基因组工程中的应用前景 | 高等真核生物的染色体和大规模基因组区域 | 基因组工程 | NA | 染色体转移, 靶向染色体消除, 染色体移植, 大规模DNA组装, 合成生物学, 全基因组验证 | NA | 文本 | NA | NA | 高等真核生物 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 2 | 2026-09-20 |
Balance Between Order and Disorder: Quantum-Epigenetic Pathways for the Emergence and Continuous Evolution of Life
2026-Sep-16, Acta biotheoretica
IF:1.4Q4
DOI:10.1007/s10441-026-09541-8
PMID:42747622
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综述 | 该综述从量子-表观遗传视角出发，整合物理、化学与生物学，探讨生命的起源、演化与再造，以及合成生物学在极端和地外环境中的应用潜力 | 提出量子-表观遗传路径作为生命涌现与持续演化的统一框架，将量子效应（相干与隧穿）、表观遗传和倍性变异与合成生物学相结合，强调无序与有序平衡是演化的驱动力 | 作为综述文章，主要基于文献整合与理论推演，缺乏原始实验数据或系统性定量验证，所提量子-表观遗传机制仍需实验证实 | 整合物理、化学与生物学，探索生命的起源、演化与再造，并提出通过量子-表观遗传视角理解与操纵生命 | 生命起源与前生命化学、原细胞、表观遗传与倍性变异、再生医学、衰老、癌症、极端环境与地外生命 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 3 | 2026-09-20 |
Advances in CRISPR-based genetic engineering of Bifidobacterium
2026-Sep-12, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2026.09.003
PMID:42731613
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综述 | 本文综述了基于CRISPR的基因工程在双歧杆菌中的应用进展，涵盖从传统同源重组到CRISPR/Cas技术的演变及其在临床前和食品生物技术中的应用 | 系统总结了CRISPR/Cas技术（包括内源和外源系统、CRISPRi/a和碱基编辑）在双歧杆菌基因工程中的应用，并提出了将CRISPR技术与合成生物学整合以开发下一代工程化双歧杆菌平台的展望 | 菌株特异性变异、限制-修饰屏障和生物安全等问题仍然存在 | 综述双歧杆菌基因工程中CRISPR技术的发展与应用，探讨工程化菌株作为靶向递送载体和功能性益生菌的潜力 | 双歧杆菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas、CRISPRi/a、碱基编辑、同源重组 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 双歧杆菌 | NA | 医学, 食品 |
| 4 | 2026-09-19 |
Co-evolutionary pathways of synthetic biology regulation: A comparative analysis of major countries and Korea's strategic legislation
2026-Sep-18, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2606027
PMID:42754332
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研究论文 | 该文运用比较法学方法，基于共同演化理论和法律1.0/2.0/3.0框架，分析美国、英国、日本和韩国对合成生物学的监管回应，并提炼出四种不同的共同演化路径 | 首次系统识别出四种由不同触发因素驱动的合成生物学监管共同演化路径，并指出韩国通过在世界首个合成生物学专门立法中采取自上而下的共同演化模式，使制度设计先于并塑造技术发展轨迹 | 研究主要基于比较法律分析，可能缺乏对各路径实际治理效果的长期实证数据支撑，且韩国预防性模式的有效性仍取决于科学基础、制度灵活性和与现有监管框架的协调等尚未完全验证的条件 | 探讨合成生物学与人工智能融合背景下监管滞后问题，比较主要国家的监管回应模式，并为韩国及其他国家提供治理参考 | 美国、英国、日本和韩国的合成生物学监管框架与立法实践 | 机器学习 | NA | NA | NA | 文本 | 四个国家（美国、英国、日本、韩国）的监管与立法案例 | NA | NA | NA | 医学, 农业, 环境, 能源, 材料, 食品, 工业生物技术 |
| 5 | 2026-09-19 |
Craig Venter, a microbiologist
2026-Sep-18, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01732-26
PMID:42757841
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评论 | 本文回顾了Craig Venter在基因组学、大数据和合成生物学领域的科学贡献，并强调其对微生物学和疫苗学的革命性影响 | 提出Craig Venter应因其对微生物学和疫苗学的革命性贡献而被铭记，而不仅限于其基因组学和合成生物学的成就 | 文章为个人视角的评论性文章，缺乏系统性的数据分析和实证研究 | 论证Craig Venter对微生物学和疫苗学的革命性贡献 | Craig Venter的科学贡献及其对微生物学和疫苗学的影响 | 微生物学, 基因组学, 合成生物学 | NA | 基因组测序, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-09-19 |
Efficient scarless gene editing in Pichia pastoris via survival stress-based intramolecular homologous recombination
2026-Sep-16, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2026.128736
PMID:42753619
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研究论文 | 开发了一种基于生存压力诱导的分子内同源重组的无痕基因编辑系统，用于毕赤酵母的高效基因敲除和整合 | 提出了一种不依赖外源重组酶或可编程核酸酶（如Cas9）的新型pop-in/pop-out编辑系统，通过双MazF反向筛选实现无缝编辑，避免了核酸酶引起的双链断裂和脱靶突变，同时避免了疤痕序列导致的基因组不稳定 | 系统的整体编辑效率本质上依赖于单交换重组介导的整合效率，可能受限于特定基因组位点的重组效率差异 | 克服当前基因组编辑方法中DNA切割导致的低效率和基因组不稳定问题，开发一种高效、无痕的毕赤酵母基因编辑工具 | 毕赤酵母（Pichia pastoris） | 合成生物学 | NA | 分子内同源重组、pop-in/pop-out基因编辑、MazF反向筛选 | NA | NA | NA | NA | 毕赤酵母 | 基于生存压力诱导的分子内同源重组编辑系统，包含双MazF反向筛选标记 | 工业生物技术、合成生物学 |
| 7 | 2026-09-19 |
De Novo Autogenic Engineered Living Functional Materials
2026-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74312
PMID:42536049
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研究论文 | 本文通过蛋白质挖掘、计算建模和合成生物学，开发了一个多功能平台，用于从头设计自主发生的工程活材料（ELMs），实现了非模型细菌中类CsgA蛋白纳米纤维的生物合成，并展示了增强的机械性能和可编程功能 | 利用蛋白质挖掘和AlphaFold2分析33,564个类CsgA同源物，从非模型细菌中生物合成类CsgA ELMs，分子量提高9倍，β-折叠重复单元扩展，并展示了3D打印和选择性结合等可编程功能 | 摘要中未明确提及研究限制 | 开发一个从头设计自主发生功能性工程活材料的通用平台，以发现、设计和利用天然生物分子系统 | 类CsgA同源蛋白、大肠杆菌curli机制、非模型细菌、工程活材料 | 合成生物学 | NA | 蛋白质挖掘、AlphaFold2、分子动力学模拟、合成生物学 | AlphaFold2 | 蛋白质序列、结构数据 | 33,564个类CsgA同源物 | NA | 大肠杆菌、非模型细菌 | NA | 材料、医学 |
| 8 | 2026-09-18 |
Engineered living materials: integration of living and nonliving systems
2026-Sep-09, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.135788
PMID:42716398
|
综述 | 该文章综述了工程化活体材料（ELMs）的设计、制造和应用进展，并讨论了其挑战与新兴策略 | 强调了底盘工程、智能基质、生物打印、原位生长等最新进展，以及多细胞联合体、遗传生物防护和AI引导逆向设计等新兴策略 | 机械稳健性与细胞活力之间的权衡、传质受限、长期功能不稳定、生物-非生物界面复杂性、生物安全风险和可扩展制造等关键挑战 | 概述ELM设计、制造和应用的最新进展，并探讨其转化潜力与新兴策略 | 工程化活体材料（ELMs），即整合活细胞与非活性基质的生物混合材料 | 合成生物学、材料科学 | NA | 生物打印、原位生长、合成生物学、人工智能引导逆向设计 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学、环境修复、生物制造 |
| 9 | 2026-09-18 |
Controlling viscoelastic behavior and microstructural organization in engineered living materials using synthetic adhesins and rheometry
2026-Sep-08, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2026.08.044
PMID:42710705
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研究论文 | 利用合成细胞黏附素和流变学手段，系统研究如何通过黏附强度、细胞大小、细胞形状和黏附逻辑调控细菌工程活材料（ELMs）的黏弹性和微观结构 | 首次将合成细胞黏附素与流变学相结合，系统实现多细胞细菌ELMs的力学性能精确调控，并首次证明流变学可作为主动塑造ELMs微观结构的工具，控制细胞聚集和颗粒重排 | 研究主要聚焦于细菌体系，是否适用于真核细胞或其他类型ELMs尚需进一步验证；对复杂三维结构的调控能力及长期稳定性未做深入探讨 | 探索从第一性原理出发，通过合成黏附素和流变学手段理性调控工程活材料的黏弹性行为与微观结构组织 | 由活细菌构建的多细胞工程活材料（ELMs） | 合成生物学 | NA | 流变学、合成细胞黏附素 | NA | 流变学数据 | NA | NA | 细菌 | NA | 生物医药、生物打印、微生物群落设计 |
| 10 | 2026-09-17 |
Biological Parts in Yeast Synthetic Biology: From Regulatory Elements to Predictive Design Platforms
2026-Sep-16, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foag048
PMID:42747189
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综述 | 该综述系统梳理了酵母合成生物学中生物元件从调控元件到预测性设计平台的发展历程，涵盖DNA、RNA和蛋白质水平的调控，并连接组装框架、生物铸造厂和机器学习，描绘从元件中心工程向预测性系统级设计的转变 | 提供跨DNA、RNA和蛋白质水平调控的生物元件演化的整合视角，并将这些进展与组装框架、生物铸造厂和机器学习相联系，追踪从元件中心工程向预测性系统级设计的轨迹 | 作为综述，未涉及具体实验验证，可能未涵盖所有最新研究进展，且对预测性设计平台的实际应用效果缺乏深入评估 | 综述酵母合成生物学中生物元件的发展，连接调控元件、组装框架、生物铸造厂和机器学习，描绘从元件中心工程向预测性系统级设计的转变 | 酵母合成生物学中的生物元件，特别是酿酒酵母中的调控元件、组装框架、生物铸造厂和机器学习方法 | 合成生物学 | NA | NA | 机器学习 | 文本 | NA | NA | 酿酒酵母 | 多基因通路、遗传电路、动态调控系统 | 医药, 工业生物技术 |
| 11 | 2026-09-16 |
Identification and Catalytic Optimization of Pinene Oxidases in Paeoniflorin Biosynthetic Pathway
2026-Sep-15, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiag669
PMID:42740699
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研究论文 | 本文鉴定了芍药苷生物合成途径中三个新的细胞色素P450酶，并对其催化特性进行了优化 | 发现了CYP71AN126和CYP76A225/226三个新的P450酶，确定了α-蒎烯C4氧化是芍药苷生物合成的关键步骤，并鉴定了L493残基在调控催化位点特异性和底物特异性中的关键作用 | 芍药苷的完整生物合成途径尚未完全阐明 | 解析芍药苷生物合成途径并优化关键酶的催化效率 | 芍药苷生物合成途径中的蒎烯氧化酶（CYP71AN126和CYP76A225/226） | 合成生物学 | NA | 病毒诱导基因沉默（VIGS）、定点突变、蛋白质结构预测 | NA | 序列数据、结构数据 | NA | 定点突变 | NA | 芍药苷生物合成途径 | 医药 |
| 12 | 2026-09-16 |
Biosynthesis of Active Ginsenoside Aglycone Analogues Using Two Oxidases Mined from Mucor spinosus
2026-Sep-15, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08774
PMID:42742465
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研究论文 | 本研究从刺黑霉中挖掘出两种氧化酶MsSDR3和MsCYP3，通过在酿酒酵母中与人参皂苷生物合成途径酶组合，实现了七种人参皂苷苷元类似物的从头生物合成，并发现部分类似物具有更强的抗肿瘤和心脏保护活性 | 首次从Mucor spinosus中鉴定出MsSDR3和MsCYP3两种氧化酶，阐明了它们对原人参二醇（PPD）特定羟基的氧化和羟基化修饰功能，并在酿酒酵母中实现了七种人参皂苷苷元类似物的从头生物合成，获得了活性优于PPD的新型衍生物 | 摘要中未提及氧化酶的催化效率、产物产量、体内药效验证及安全性评价等数据，类似物的规模化生产可行性有待进一步验证 | 通过合成生物学手段对原人参二醇进行氧化修饰，生产活性增强的人参皂苷苷元类似物，为药物和功能食品开发提供绿色可持续平台 | 原人参二醇（PPD）、达玛烯二醇-II、人参皂苷苷元类似物、MsSDR3氧化酶、MsCYP3氧化酶 | 合成生物学 | 结肠癌, 胃癌, 肝癌, 肺癌, 胰腺癌, 心血管疾病 | 合成生物学, 酶催化, 氧化修饰 | NA | NA | NA | NA | 酿酒酵母 | 将MsSDR3/MsCYP3与人参皂苷生物合成途径酶组合，构建人参皂苷苷元类似物的从头生物合成代谢途径 | 医药, 食品 |
| 13 | 2026-09-16 |
Programmable plant chassis for sustainable biomanufacturing of high-value natural products
2026-Sep-14, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.109044
PMID:42735758
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综述 | 本文综述了可编程植物底盘在可持续生物制造高价值天然产物方面的最新进展，涵盖遗传元件、生物合成途径工程及未来展望 | 系统整合了植物底盘开发中天然与合成遗传元件（启动子、终止子、转录因子）的最新进展，并重点强调了提高生产率的途径工程策略，提供了从实验室到工业应用的概念指导 | 文章为综述性质，未提供原始实验数据；植物底盘的大规模工业应用仍面临关键挑战 | 总结植物底盘在可持续生物制造高价值天然产物方面的最新进展，并为推进植物底盘从实验室研究到可持续工业应用提供概念指导与实践见解 | 植物底盘（植物系统）及其生产的天然产物，包括生物碱、萜类和苯丙素类 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | 植物 | 生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 14 | 2026-09-16 |
Programmable crosslinking strategies for the rational design of engineered protein hydrogels
2026-Sep-08, Colloids and surfaces. B, Biointerfaces
DOI:10.1016/j.colsurfb.2026.116165
PMID:42735594
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综述 | 本文综述了工程化蛋白质水凝胶的设计原则、交联策略及其在组织工程和再生医学中的应用 | 系统总结了蛋白质结构模体、生物活性结构域和刺激响应元件在调控水凝胶组装与功能中的作用，并强调了物理与化学交联策略对网络结构、力学性能、降解行为和刺激响应性的影响，重点阐述了结构-性能-功能关系 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，且未对现有交联策略的局限性进行深入批判性分析 | 总结工程化蛋白质水凝胶的设计原理，强调结构模体、生物活性结构域和刺激响应元件在调控水凝胶组装和功能中的作用，并综述物理和化学交联策略的最新进展 | 工程化蛋白质水凝胶 | 生物材料 | NA | 蛋白质工程、合成生物学、超分子化学、生物分子偶联 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学、材料 |
| 15 | 2026-09-16 |
LLM-guided prediction of riboswitch-ligand binding affinity under data-limited conditions
2026-Sep-02, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.08.008
PMID:42685970
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研究论文 | 本文提出一个神经符号框架，利用LLM嵌入编码核糖开关序列、二级结构和配体表示，并结合领域规则，在数据有限条件下预测核糖开关-配体结合亲和力 | 将LLM衍生嵌入与领域知识规则结合，构建神经符号框架，在标注数据有限的情况下实现核糖开关-配体结合亲和力的预测，并缓解亲和力系统性高估问题 | 摘要未明确说明具体局限性，但研究在数据有限条件下进行，可能受限于标注数据规模 | 在数据有限条件下准确预测核糖开关-配体结合亲和力，以支持核糖开关理性工程 | 核糖开关序列、二级结构及配体分子 | 机器学习 | NA | LLM嵌入、神经符号建模 | 神经符号框架、LLM | 序列、结构、分子表示 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 16 | 2026-09-16 |
The multifaceted significance of phosphoinositides in endocytic trafficking
2026-Sep, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70268
PMID:41496670
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综述 | 本文综述了磷酸肌醇在內吞运输中的多样化作用，包括内吞作用、内体分选、降解和循环，以及小窝蛋白介导的内吞等特殊机制 | 系统整合了磷酸肌醇在內吞运输各环节中的功能，并探讨了荧光生物传感器、超分辨率显微镜、光遗传学和合成生物学等新技术对阐明磷酸肌醇动态的推动作用 | 作为综述文章，未提供原始实验数据，且对磷酸肌醇时空调控、组织特异性代谢及其与其他脂质的协同效应等问题的探讨仍处于展望阶段 | 阐明磷酸肌醇作为脂质编码在內吞运输中的多重功能及其与人类疾病的关联，探索潜在治疗靶点 | 磷酸肌醇及其代谢相关激酶和磷酸酶 | 细胞生物学 | 癌症，神经退行性疾病 | 荧光生物传感器，超分辨率显微镜，光遗传学，合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 17 | 2026-09-15 |
Engineering a genetic construct to express soluble proteins tethered to the cell membrane
2026-Sep-16, Bioscience reports
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BSR20260216
PMID:42619223
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研究论文 | 通过计算模拟与实验验证相结合，设计了一种可将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体，并用绿色荧光蛋白验证了其成功锚定及纯化 | 开发了一种通用、模块化的遗传构建体，能够将可溶性蛋白锚定在细胞膜上，并证明了锚定后的蛋白可被整合到聚合物脂质纳米盘中并通过组氨酸标签纯化 | 目前仅使用绿色荧光蛋白作为模型蛋白进行了验证，尚未在其他目标蛋白中测试其通用性和功能影响 | 设计并验证一种能够将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体，以填补该领域缺乏通用模块化工具的空白 | 可溶性蛋白（以绿色荧光蛋白为模型）及细胞膜 | 合成生物学 | NA | 计算模拟、实验验证、聚合物脂质纳米盘、组氨酸标签纯化 | 计算模拟 | NA | NA | NA | NA | 将可溶性蛋白锚定在细胞膜上的遗传构建体 | 医学、工业生物技术 |
| 18 | 2026-09-15 |
GAPEK: A General Framework for Multiparameter Enzyme Kinetic Prediction with Adaptive Learning
2026-Sep-14, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.6c02546
PMID:42734558
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研究论文 | 该文章构建了大规模酶动力学数据集Kinetic-DB，并提出了GAPEK及GAPEK+框架，用于多参数酶动力学预测，通过自适应数据增强、双信息探索模块和自适应密度加权损失函数提升预测性能 | 1. 构建了大规模、格式统一的Kinetic-DB数据集；2. 提出自适应数据增强模块丰富酶和底物序列多样性；3. 设计双信息探索模块解耦模态特异性和跨模态信息；4. 引入自适应密度加权损失函数处理数据不平衡；5. 提出GAPEK+整合SERA函数重新配置学习目标，校准模型对极端值的敏感性 | 未在摘要中明确说明 | 解决酶动力学参数预测中数据集有限且不一致、多模态信息利用不充分、以及动力学参数分布不均匀导致极端值预测精度低等问题 | 酶-底物对及其动力学参数（转化数、米氏常数和抑制常数） | 机器学习 | NA | NA | 预训练模型（ESM-2、Mole-BERT）、深度学习 | 序列数据（酶序列和底物序列）、文本 | Kinetic-DB大规模数据集，具体样本量未在摘要中说明 | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 19 | 2026-09-14 |
Elucidating the Requirements for microRNA-Mediated Upregulation Enables Reengineering of Upregulatory Sites
2026-Sep-14, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.6c00503
PMID:42728713
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研究论文 | 利用miRFluR双荧光报告系统，系统研究miRNA介导的蛋白表达上调所需的序列和结构条件，并实现上调位点的重新设计 | 揭示了miRNA上调蛋白表达需要特定序列元件和RNA二级结构，且该效应依赖于局部UTR结构背景；首次证明上调位点可被重新设计以响应替代miRNA | 研究仅以miR-891b调控B3GLCT为模型系统，上调机制在其他miRNA和靶标中的普适性尚待验证 | 阐明miRNA介导蛋白表达上调的分子要求，并探索上调位点的重新设计可能性 | miR-891b及其靶标B3GLCT的3'UTR上调位点 | 合成生物学 | NA | 双荧光报告基因检测（miRFluR assay）、定点突变、截短分析 | NA | 荧光信号数据、序列数据 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 双荧光报告基因系统（miRFluR） | 医学, 工业生物技术 |
| 20 | 2026-09-14 |
Sulfated polysaccharides and their utilization mechanisms by microorganisms: A review
2026-Sep-10, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.154431
PMID:42722257
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综述 | 本文综述了硫酸化多糖（SPS）的来源、结构、生物活性以及微生物对其的降解机制，重点探讨了肠道微生物（特别是拟杆菌门、乳酸菌和微球菌）降解SPS的策略和相关酶的作用 | 系统比较了不同微生物对硫酸化多糖的降解策略，并强调了微生物自身合成的SPS在其生存发展中的作用 | 摘要中未明确提及 | 总结硫酸化多糖的研究进展，探讨其微生物降解机制及应用潜力 | 硫酸化多糖（肝素、硫酸软骨素、岩藻多糖、磺达肝癸钠）及降解它们的微生物（拟杆菌门、乳酸菌、微球菌等） | 合成生物学, 代谢工程 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 代谢工程, 医疗保健 |