本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['synthetic biology']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价9.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-09-10 |
Environmental Release of Genetically Intervened Microorganisms: Towards a New Narrative
2026-Sep, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70441
PMID:42703030
|
综述 | 本文综述了基因工程微生物环境释放的现状与挑战,提出从限制性监管转向可追溯、管理和长期监测的新框架,以促进其在环境修复中的应用 | 提出将工程微生物视为与自然进化生命连续体的一部分,强调从控制转向关怀与伙伴关系的治理范式,并引入基因组条码、数字孪生等新工具 | 未提供具体的实证数据或案例研究,主要基于概念性讨论和综述 | 重新审视基因工程微生物环境释放的监管框架,提出促进其负责任应用的新叙事 | 基因工程微生物及其环境释放的监管与应用 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | 基因组条码 | 微生物 | NA | 环境修复, 工业生物技术 |
| 102 | 2026-09-09 |
Ori-Finder-Arch: An Updated Web Server for the Annotation and Visualization of Archaeal Replication Origins
2026-Sep-07, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzag095
PMID:42704664
|
研究论文 | 介绍了Ori-Finder-Arch,一个用于古菌复制起点注释和可视化的更新版网络服务器,其性能优于现有工具。 | 结合HMMER、改进的共有基序识别和GC谱分析,实现了更高的准确率、速度和可扩展性。 | 未在摘要中提及明确局限性。 | 为古菌染色体复制起点提供高效、准确且用户友好的预测平台,以支持生物技术和合成生物学研究。 | 古菌染色体复制起点(oriCs)。 | 生物信息学 | NA | HMMER、基序识别、GC谱分析 | NA | 基因组序列 | 基准集及大量古菌组装数据(注释了17,472个oriCs) | NA | 古菌 | NA | 生物技术 |
| 103 | 2026-09-09 |
ROPs
2026-Sep-07, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2026.07.009
PMID:42705215
|
综述 | 本文综述了植物特异性Rho类小GTP酶(ROPs)的功能、调控机制及其在细胞极性生长等过程中的作用,并探讨了其功能多样性和在合成生物学及农业中的应用潜力。 | 通过比较代表性极性细胞生长模型,强调了多个ROPs如何调控共享和细胞类型特异性信号通路,并讨论了ROPs实现功能多样性的机制及其作为遗传操作靶点的可能性。 | 未提及具体实验数据或定量分析,主要基于已有研究进行综述和讨论。 | 阐述ROPs在植物发育和细胞生长中的关键作用,探讨其功能多样性机制,并指出其在合成生物学和农业上的潜在应用方向。 | 植物中的Rho类GTP酶(ROPs)及其调控的细胞过程(如花粉管、根毛的极性生长)。 | 植物细胞生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | 植物 | ROPs信号通路 | 农业, 合成生物学 |
| 104 | 2026-09-08 |
γ-Butyrolactones and γ-butenolides as autoregulatory systems: key mediators of intraspecific, interspecific, and interkingdom communication in Streptomyces
2026-Sep-06, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-05170-4
PMID:42701922
|
综述 | 本文综述了链霉菌中γ-丁内酯和γ-丁烯内酯作为自调控系统,在种内、种间及跨界通讯中的关键作用,并提出了整合多组学、合成生物学和微生物生态学的未来研究方向。 | 首次将GBL和GBN介导的种间通讯功能分为四种主题:实验验证的配体-受体对、外源化合物介导的受体响应、提取物或共培养介导的互补作用以及链霉菌-真菌通讯假说,并提出了前瞻性研究议程。 | 对GBL和GBN介导的种间通讯的生态范围、分子决定因素和功能结果仍缺乏深入探索。 | 总结GBL和GBN的化学多样性和调控机制,并推动对链霉菌种间群体感应网络的理解,以促进沉默生物合成基因簇的激活和新天然产物的发现。 | 链霉菌中的γ-丁内酯和γ-丁烯内酯信号分子及其介导的通讯机制。 | 微生物学 | NA | 多组学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 链霉菌 | 群体感应系统 | 医药、农业、食品、工业生物技术 |
| 105 | 2026-09-08 |
A Modular PLUG-IN Photosynthetic Chassis With Tunable Thermal Control for Mammalian Systems
2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76102
PMID:42294635
|
研究论文 | 开发了在海洋微拟球藻中具有热调控的模块化“PLUG-IN”底盘,实现代谢输出和细胞壁完整性的可编程控制,并验证其在哺乳动物宿主中的跨物种兼容性 | 利用比较转录组学鉴定了两个高度热诱导的启动子,构建了模块化热基因扩增系统,实现热激活的AtWRI1表达增强三酰甘油和EPA积累,以及温度依赖的CesA1基因沉默导致细胞壁快速弱化,且不影响生长,并展示在哺乳动物系统中的功能 | 未明确提及限制,但可能包括对实验室条件、特定物种或热控制范围的依赖性 | 开发热调控的模块化“PLUG-IN”底盘,实现微藻中生长、生产和细胞壁重构的同步,并为光合生物生产和微藻合成生物学提供通用平台 | 海洋微拟球藻(Nannochloropsis oceanica)以及哺乳动物宿主 | 合成生物学 | NA | 比较转录组学、热调控基因表达系统 | NA | 转录组数据 | NA | 热启动子介导的基因表达调控 | Nannochloropsis oceanica, 哺乳动物细胞 | 热控模块化底盘,包括热基因扩增、热激活AtWRI1表达、温度依赖CesA1基因沉默,以及代谢和细胞壁模块的耦合 | 工业生物技术 |
| 106 | 2026-09-08 |
CREAT: A CRISPR-Based Genome Trimming Strategy for Systematic Identification of Dispensable Regions and Rapid Genome Reduction
2026-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.76042
PMID:42371672
|
研究论文 | 提出了一种基于CRISPR的基因组修剪策略CREAT,用于系统鉴定非必需区域并快速减少基因组大小。 | 整合CRISPR靶向基因组切割与同源臂行走,实现了对基因组亚区域必需性的高通量分类,并支持连续多轮基因组修剪,适用于多种微生物。 | 主要依赖于可编辑性高的微生物,且对某些物种中Cas9介导的效率需借助重组酶系统来提高。 | 开发一种可扩展且普遍适用的策略,用于快速构建最小基因组微生物,以支撑基础生物学和合成生物学研究。 | 火山菌Saccharolobus islandicus、枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis和大肠杆菌Escherichia coli的基因组。 | 基因组工程、合成生物学。 | NA | CRISPR基因组编辑、同源臂行走、基因组修剪。 | NA | 基因组序列数据。 | 涉及一个菌株(Saccharolobus islandicus)和两个菌株(Bacillus subtilis和Escherichia coli)的基因组。 | CRISPR-Cas9、CRISPR-Cas靶向系统、λ-Red重组酶。 | Saccharolobus islandicus、Bacillus subtilis、Escherichia coli。 | 合成基因表达盒用于替换非必需区域。 | 合成生物学、生物技术、工业微生物学。 |
| 107 | 2026-09-07 |
De novo coassembly of functional chlorophyll- and carotenoid-protein complexes in Saccharomyces cerevisiae
2026-Sep-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aeg6969
PMID:42696591
|
研究论文 | 在酿酒酵母中通过整合13个异源基因和删除3个内源基因,重建了完整的叶绿素生物合成途径,并成功实现了叶绿素a的生产,同时扩展了类胡萝卜素模块,实现了两种色素-蛋白复合物的体内共组装 | 首次在非光合真核生物酿酒酵母中完成完整的叶绿素生物合成途径的异源重建,并实现了功能性的叶绿素和类胡萝卜素-蛋白复合物的共组装,展示了高保真的色素结合和天然功能 | 摘要中未明确提及局限性,但可能包括叶绿素生产滴度相对较低以及途径复杂性导致的资源竞争问题 | 在非光合真核生物中建立异源生产叶绿素及色素-蛋白复合物的平台,为研究光合复合物的组装和工程化光驱动代谢提供基础 | 酿酒酵母中的叶绿素生物合成途径及植物和蓝藻来源的色素-蛋白复合物 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 叶绿素生物合成途径和酮类胡萝卜素生物合成模块 | 工业生物技术 |
| 108 | 2026-09-07 |
Engineered microorganisms and nanomaterials in cancer therapy: Emerging hybrid systems and translational challenges
2026-Sep, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.nano.2026.103002
PMID:42551774
|
综述 | 本文综述了工程微生物与纳米材料在癌症治疗中的应用进展,重点关注其作用机制、治疗潜力及转化挑战 | 强调微生物-纳米材料混合平台,结合两者优势以增强疗效并调节肿瘤微环境 | 讨论了生物安全、生物相容性、监管审批和临床转化方面的关键挑战 | 总结工程微生物与纳米材料在肿瘤学中的最新进展,推动下一代精准肿瘤治疗的发展 | 工程微生物和纳米材料及其在癌症治疗中的混合系统 | 纳米医学、合成生物学 | 癌症 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工程微生物用于肿瘤靶向和免疫调节 | 医学 |
| 109 | 2026-09-06 |
Multichannel genomic recording of biological information with ENGRAM
2026-Sep, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01322-w
PMID:41673323
|
研究论文 | 本文提供了ENGRAM技术的详细实验方案和数据分析指南,涵盖设计考虑、优缺点及应用场景。 | ENGRAM是一种基于增强子介导的基因组记录系统,利用prime editing介导的插入来记录顺式调控元件的活性,实现多路复用信号记录和高通量CRE筛选,并兼容DNA Typewriter以捕捉信号顺序。 | ENGRAM依赖prime editing,可能具有编辑效率限制,且实验周期较长(5-6周)。 | 提供ENGRAM实验和数据分析的标准化协议,指导用户设计和执行分子记录实验。 | ENGRAM记录器及其在哺乳动物细胞中的应用。 | 合成生物学 | NA | prime editing, DNA测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | prime editing | 哺乳动物细胞 | 增强子介导的基因组记录电路(ENGRAM) | 医学, 生物技术 |
| 110 | 2026-09-06 |
Molecular mechanisms of plant thermal response: from signal transduction and epigenetic regulation to signaling integration
2026-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2026.03.018
PMID:41903742
|
综述 | 本文综述了植物响应温和及急性热应激的分子机制,重点整合了表观遗传调控和信号网络,并讨论了PIF4和HSFA1s转录因子在热形态建成和热激反应中的作用,以及H2A.Z组蛋白变体和siRNA依赖的跨代热记忆机制。 | 该综述创新性地整合了信号转导、表观遗传调控和多组学视角,提出了合成生物学在解析植物热适应机制中的潜在应用,并强调了HSFA2介导的染色质重塑和siRNA在跨代热记忆中的核心作用。 | 尽管综述了多种机制,但植物热感知机制、HSFA1s激活动态及应激信号整合的细节仍不清楚。 | 旨在总结植物热应激响应的分子机制,为培育气候智能型作物提供理论依据和分子育种策略。 | 植物,特别是模式植物和作物,其热应激响应机制。 | 分子生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 111 | 2026-09-06 |
Plant growth regulating compounds from microbial resources: Structural diversity, biological activities, and applications in sustainable agriculture
2026-Sep, Pesticide biochemistry and physiology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.pestbp.2026.107285
PMID:42697654
|
综述 | 本文综述了微生物来源的内源性和非内源性植物生长调节化合物的结构多样性、生物活性及其在可持续农业中的应用 | 系统梳理了微生物产生的非内源性次级代谢物(如氨基酸衍生物、肽、核苷、醇、酮、醛、有机酸、酯、内酯和大环内酯、胺等)的植物生长调节活性,并强调了利用基因编辑和合成生物学提高产量以加速商业化 | 仅基于标题和摘要,无法具体指出局限性,但可能缺乏对具体化合物作用机制的深入分析 | 探讨微生物来源的植物生长调节化合物在可持续农业中的潜在应用,以促进新型植物生长调节剂或生物刺激素的发现 | 微生物产生的植物生长调节化合物,包括内源性植物激素(如生长素、细胞分裂素、赤霉素等)及其类似物,以及非内源性次级代谢物 | 微生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | 基因编辑、合成生物学 | 微生物(具体种类未在标题和摘要中提及) | NA | 农业 |
| 112 | 2026-09-05 |
Beyond the parasite: reframing cutaneous leishmaniasis as a host-microbiome-vector ecosystem
2026-Sep-05, International journal of pharmaceutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.ijpharm.2026.127250
PMID:42537823
|
综述 | 本文综述了皮肤利什曼病(CL)的治疗策略,从单一寄生虫感染模型转向宿主-微生物组-寄生虫-媒介生态系统的综合模型,并探讨了工程学、合成生物学及人工智能驱动的下一代疗法 | 将CL治疗重新定义为宿主-微生物组-载体生态系统,并整合工程学、合成生物学和AI驱动框架,提出系统级策略 | 未提及具体临床试验数据或验证结果 | 提出系统级策略,开发下一代针对皮肤利什曼病的新疗法,以减轻全球疾病负担 | 皮肤利什曼病及其宿主、利什曼原虫、微生物组和沙蝇媒介 | 计算生物学、人工智能 | 皮肤利什曼病 | 合成生物学、人工智能 | NA | NA | NA | 工程生物学方法 | 人类、沙蝇 | NA | 医学 |
| 113 | 2026-09-05 |
Functional mapping and engineering of the Sec translocon unlocked by a cell-free system
2026-Sep-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aej0987
PMID:42685219
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ProSecCO的细胞-free蛋白质合成平台,用于功能映射和工程改造Sec转位子,实现高通量、实时检测,并发现多个超活性变体。 | 通过细胞-free系统在合成囊泡中插入SecYEG,绕过了传统生存限制,实现在单次实验中筛选300个Sec变体,大幅扩展突变多样性,并揭示数十个超活性转位变体。 | 未明确提及局限性。 | 开发细胞-free平台以研究Sec转位子的功能,并探索其应用以提高膜蛋白质量和纳米抗体输出。 | Sec转位子的变体,特别是SecYEG复合体。 | 合成生物学 | NA | 细胞-free蛋白质合成 | NA | 蛋白质表达和功能数据 | 300个Sec变体,在单个实验中筛选。 | 合成操纵子 | 体外系统(合成囊泡) | 合成操纵子用于SecYEG表达 | 合成生物学, 生物技术 |
| 114 | 2026-09-05 |
Synthetic Biology of Prenylated Stilbenoids: Biosynthetic Pathway, Prenyltransferases, and Biomanufacturing Strategies
2026-Sep-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.6c03585
PMID:42690779
|
综述 | 系统综述了异戊烯化二苯乙烯类化合物的生物合成途径、催化异戊烯基转移酶及微生物异源生产的生物制造策略。 | 从结构多样性及构效关系、异戊烯基转移酶催化机制与区域选择性、代谢工程策略三个方面对异戊烯化二苯乙烯类化合物的生物合成进行系统梳理,并提出AI辅助酶工程与自主动态控制系统等未来方向。 | 面临异戊烯基转移酶表达不足、前体竞争和产物细胞毒性等挑战。 | 为异戊烯化二苯乙烯类高价值营养保健品可持续工业生产提供路线图。 | 异戊烯化二苯乙烯类化合物、相关异戊烯基转移酶及微生物宿主工程。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物宿主 | 代谢通道及生物合成途径 | 食品、工业生物技术 |
| 115 | 2026-09-05 |
TALEs, TALENs, and TALE Base Editors: From Plant Pathology to Biotechnology
2026-Sep, Annual review of phytopathology
IF:9.1Q1
|
综述 | 本文综述了TALEs、TALENs和TALE碱基编辑器的研究进展,从植物病理学中的病原-宿主相互作用到它们在基因组编辑和合成生物学中的应用。 | 综述了TALEs从天然效应子到基因组编辑工具的演化,特别强调了TALE碱基编辑器在编辑叶绿体和线粒体基因组中的最新应用。 | 未提及具体局限性。 | 总结自然发生的TALEs的现状,并强调它们在基因组编辑和合成生物学中的当前角色。 | TALEs、TALENs和TALE碱基编辑器。 | 生物技术 | NA | 基因组编辑、碱基编辑 | NA | 基因组数据 | NA | TALEN, TALE碱基编辑器 | 植物 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 116 | 2026-09-05 |
Polyhydroxybutyrate (PHB) production from halophiles: a comprehensive review
2026-Sep-01, Bioresources and bioprocessing
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40643-026-01119-z
PMID:42678461
|
综述 | 本文全面综述了嗜盐菌生产聚羟基丁酸酯(PHB)的研究进展,涵盖生理适应、代谢途径、底物利用、发酵技术、生物反应器优化及下游处理等方面 | 强调利用农业工业残余物和废料作为可持续碳源,并批判性评价了绿色提取技术、代谢工程、CRISPR基因编辑及合成生物学在提高PHB产量中的应用,同时整合循环生物经济理念 | 面临工艺经济性、含盐废水处理、聚合物脆性及大规模商业化等挑战 | 探讨嗜盐菌生产PHB的可持续策略,以替代石油基塑料并促进循环生物经济发展 | 嗜盐细菌及其PHB生产过程 | 生物技术 | NA | 代谢工程, CRISPR基因编辑, 合成生物学, 绿色提取技术 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 嗜盐菌 | 代谢通路(PHB合成途径) | 包装, 农业, 生物医学工程, 环境 |
| 117 | 2026-09-04 |
Sustainable Biocatalytic Cascades: A Versatile Tool in the Synthesis of Natural Products With Therapeutic Potential
2026-Sep-14, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.70492
PMID:42673276
|
综述 | 本文综述了生物催化级联反应在合成具有治疗潜力的天然产物中的应用,强调其在可持续化学和药物发现中的重要性 | 系统总结了生物催化级联反应在复杂天然产物和药物合成中的最新进展,展示了蛋白质工程和合成生物学如何扩展其应用范围 | 未具体讨论级联反应的工业化挑战或经济可行性限制 | 探讨生物催化级联反应作为可持续合成工具在药物发现和化学制造中的潜力 | 生物催化级联反应及其在合成多酮化合物、生物碱、药物活性成分和杂环化合物中的应用 | 合成生物学 | 不适用 | 蛋白质工程、定向进化、计算酶设计、合成生物学 | 不适用 | 文献数据 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 药物、工业生物技术 |
| 118 | 2026-09-04 |
Recruiting orthogonal biological systems for engineering microorganisms
2026-Sep, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.12.023
PMID:41786536
|
综述 | 本文综述了正交策略在微生物合成生物学中的应用,包括正交遗传系统、代谢途径、能量系统和调控系统的构建,并探讨了未来研究方向。 | 系统性地总结了正交策略在微生物合成生物学中的最新进展和应用,涵盖多个层面的正交系统,并展望了未来研究趋势。 | 由于是综述,未涉及具体的实验验证,可能缺乏对实际应用中挑战的深入分析。 | 总结正交策略在微生物合成生物学中的应用进展,探讨减少代谢系统复杂性和不可预测性的方法,为未来研究提供参考。 | 微生物细胞及其合成生物学工程系统 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 正交遗传系统、正交代谢途径、正交能量系统、正交调控系统 | 工业生物技术 |
| 119 | 2026-09-03 |
A standardized SBML/PRISM benchmark library for stochastic model checking in synthetic biology
2026-Sep-02, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.1515/jib-2026-0002
PMID:42683627
|
研究论文 | 本文介绍了一个标准化的SBML/PRISM基准库,用于合成生物学中的随机模型检验,以支持软件开发、比较和可重复性 | 提供了首个经整理的基准库,包含生物学启发的无限状态空间随机模型,并以SBML和PRISM两种格式提供,以增强互操作性和社区贡献 | 未明确说明局限性,但可能受限于有限案例数量和状态空间增长的扩展性 | 支持随机模型检验软件在合成生物学中的开发,提高可重复性、工具比较和基础设施稳健性 | 合成生物学中的随机模型,包括化学反应网络 | 合成生物学 | NA | 随机模型检验 | 随机过程模型 | 模型文件(SBML和PRISM格式) | 多个案例研究,具体数量未说明 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 120 | 2026-09-03 |
Light governed plant-microbe interactions: the role of light in biotic stress resilience
2026-Sep, Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s12298-026-01806-3
PMID:42676416
|
综述 | 本文综述了光在植物-微生物相互作用中对生物胁迫抗性的调控作用,探讨了光如何影响植物免疫、次生代谢及微生物群落行为,并提出了整合光生物学与微生物组研究以开发抗病和气候智能作物的策略 | 将光生物学与微生物组研究相结合,提出利用光响应途径开发抗病和气候智能作物的新思路 | 未提供具体实验数据,仅基于现有研究进行综述,缺乏实证支持 | 探讨光作为调控信号在植物-微生物相互作用中的作用,并评估其在生物胁迫抗性中的潜在应用 | 植物、植物相关微生物组、病原体 | 植物科学、微生物学、光生物学 | 植物病害(由病原体引起的生物胁迫) | 未明确提及 | 未明确提及 | 文献资料 | 不适用(综述文章) | 未明确提及 | 植物 | 未涉及合成生物电路设计 | 农业 |