合成生物学相关文章
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当前共找到 172 篇文献，本页显示第 121 - 140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2026-09-03 |
Enzymatic depolymerization of laboratory waste DNA to a dGMP-containing pool and analytical assessment of dGTP in a crude-lysate guanylate kinase system
2026-Sep-01, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-12693-y
PMID:42678604
|
研究论文 | 本研究探究了从实验室废弃DNA中通过酶促解聚和粗裂解液酶联反应生成dGTP的可行性，并进行了分析验证。 | 首次利用废弃DNA作为底物，通过简化粗裂解液酶级联反应实现dGMP的生成并确认dGTP的存在。 | dGTP的DNA依赖性生成未能证实，且未进行定量分析，仅为概念验证。 | 探索将实验室废弃DNA转化为脱氧鸟苷三磷酸（dGTP）的酶促方法。 | 实验室废弃DNA、重组酿酒酵母鸟苷酸激酶（GUK1）、E. coli BL21(DE3)表达系统、S1核酸酶、粗裂解液。 | 合成生物学 | NA | S1核酸酶水解、重组蛋白表达（SDS-PAGE）、离子对HPLC、高分辨Q-TOF LC-MS/MS、酶联反应。 | NA | 色谱图、质谱数据 | 3个生物重复（用于比较重组GUK1和空载体对照）。 | 重组蛋白表达（异源表达） | 大肠杆菌（E. coli BL21(DE3)） | 粗裂解液酶级联反应（包括GUK1、内源NDPK和丙酮酸激酶/PEP ATP再生系统）。 | 工业生物技术 |
| 122 | 2026-08-30 |
Miniaturized CRISPR: Ultra Compact Systems for In Vivo Delivery and Portable Diagnostics
2026-Sep, Annals of biomedical engineering
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s10439-026-04046-4
PMID:41712125
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综述 | 本文总结了小型化CRISPR系统（如Cas12f、CasX和迷你Cas9）在体内递送和便携式诊断中的应用进展，并讨论了相关挑战与未来机遇。 | 强调了超紧凑CRISPR系统相比传统SpCas9在分子量小、结构简单方面的优势，并探讨了AI辅助蛋白设计和合成生物学在该领域的应用潜力。 | 综述性文章，未包含原始实验数据；讨论了脱靶效应、递送障碍和监管要求等未解决的挑战。 | 总结小型化CRISPR系统在治疗性基因编辑和便携式诊断平台中的应用进展及未来发展方向。 | 小型化CRISPR系统（Cas12f、CasX、迷你Cas9）及其在体内基因编辑和诊断中的应用。 | 合成生物学 | NA | CRISPR基因编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12f, CRISPR-CasX | NA | NA | 医学, 诊断 |
| 123 | 2026-08-30 |
Advances in prime editing: Molecular innovations, Large-fragment engineering, and AI-driven design
2026-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2026.100104
PMID:42662231
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综述 | 本文综述了引物编辑技术的最新进展，包括核心组件的分子创新、大片段编辑策略和人工智能驱动的设计工具，并探讨其在医学、农业和合成生物学中的广泛应用。 | 全面总结了引物编辑在Cas蛋白变体、逆转录酶工程和pegRNA设计上的迭代创新，并重点介绍了TwinPE、PASTE和PrimeRoot等大片段编辑平台以及AI驱动的设计工具对编辑效率和可预测性的提升。 | 未明确讨论引物编辑技术当前的局限性，如脱靶效应、递送挑战或临床应用中的障碍。 | 综述引物编辑技术的分子创新、大片段工程和AI设计方法，展示其作为可编程和可扩展基因组编辑平台的潜力。 | 引物编辑技术及其核心组件，包括Cas蛋白、逆转录酶、pegRNA和大片段编辑平台。 | 基因组编辑 | NA | 引物编辑 | NA | NA | NA | NA | 多种生物系统 | NA | 医学, 农业, 合成生物学 |
| 124 | 2026-08-28 |
Systematic Categorization and Functional Diversity of Secondary Metabolites from Bacillus spp.: A Review
2026-Sep, Probiotics and antimicrobial proteins
IF:4.4Q2
DOI:10.1007/s12602-026-11007-9
PMID:42029996
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综述 | 系统分类并总结芽孢杆菌属（Bacillus spp.）产生的次生代谢产物，涵盖其化学多样性、作用机制、结构-功能关系及实际应用中的挑战与机遇 | 基于生物合成逻辑和化学骨架系统分类芽孢杆菌次生代谢产物，并整合了作用机制、结构-功能关系及基因组挖掘和合成生物学等新兴策略 | 未提供具体实验数据，且对代谢产物异质性、毒性等问题仅作定性讨论 | 为芽孢杆菌代谢产物的理性选择和应用提供框架，重点在农业、食品和医学领域 | 芽孢杆菌属的次生代谢产物，如脂肽、多肽、大环内酯、有机酸、聚酮和角鲨烯 | 微生物学 | NA | 基因组挖掘、代谢组学辅助去重复化、合成生物学 | NA | 文本和综述性资料 | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品, 医学 |
| 125 | 2026-08-26 |
Directed evolution of functional intrinsically disordered proteins
2026-Sep, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-025-02128-3
PMID:41513854
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研究论文 | 本文提出一种定向进化方法，用于在活细胞中进化功能性的合成内在无序蛋白（synIDPs），并展示其在蛋白质电路调控和抗生素耐药性逆转中的应用。 | 首次系统性地开发了定向进化方法，用于进化具有不同相行为和热响应特性的合成内在无序蛋白，并引入了反选择方法以筛选作为溶解度标签的蛋白。 | 摘要未提及具体局限性。 | 开发一种系统性的定向进化方法，以克服设计功能性合成内在无序蛋白的挑战，并扩展其在合成生物学和生物技术中的应用。 | 合成内在无序蛋白（synIDPs）及其在活细胞中的相行为、热响应和溶解度特性。 | 合成生物学 | NA | 定向进化、反选择 | NA | 蛋白序列和表型数据 | NA | NA | 活细胞（具体未指明） | 蛋白质电路 | 合成生物学, 生物技术 |
| 126 | 2026-08-22 |
Gene expression and metabolic regulation of carotenoid and withanolide biosynthetic pathways in Withania somnifera with emphasis on FPPS-mediated regulation
2026-Sep, Protoplasma
IF:2.5Q2
DOI:10.1007/s00709-026-02212-y
PMID:42171742
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研究论文 | 本文全面研究了印度人参（Withania somnifera）中类胡萝卜素和醉茄内酯生物合成途径的基因表达与代谢调控，重点探讨了法尼基焦磷酸合酶（FPPS）的调控作用 | 首次对22个相关基因进行转录谱分析，发现FPPS作为关键通量调控酶，并通过瞬时过表达WsFPPS2验证其在醉茄内酯合成中的上游调控作用 | 研究主要基于转录水平和瞬时表达实验，缺乏稳定的遗传转化和长期代谢流分析 | 阐明印度人参中类胡萝卜素和醉茄内酯生物合成途径的基因表达与代谢调控机制，特别是FPPS介导的调控，为代谢工程提供靶点 | 印度人参（Withania somnifera）的营养和生殖组织 | 植物代谢工程 | NA | 转录组分析、瞬时过表达、系统发育分析 | NA | 基因表达谱数据 | 22个基因，包含不同组织和过表达叶片样本 | 瞬时过表达（农杆菌介导） | 印度人参（Withania somnifera） | 醉茄内酯和类胡萝卜素生物合成途径中的FPPS过表达 | 医药 |
| 127 | 2026-08-18 |
Advances, challenges, and opportunities in engineering C5 and C6 sugar transporters in yeast for bio-based industrial biotechnology
2026-Sep, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2026.2680416
PMID:42386498
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综述 | 本文综述了酵母中C5和C6糖转运蛋白工程化的进展、挑战和机遇，以推动生物基工业生物技术发展。 | 总结了C5糖转运的关键瓶颈，并重点介绍了理性蛋白工程、定向进化和机器学习等策略在扩展C5转运蛋白库和优化转运效率方面的最新突破。 | 未详细讨论C6糖转运的具体机制及全部工程化案例（根据摘要推断）。 | 促进酵母高效转化戊糖（D-木糖和L-阿拉伯糖），实现可持续的生物基生产。 | 酵母中的D-木糖和L-阿拉伯糖转运蛋白 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 128 | 2026-08-14 |
An orthogonal mammalian gene circuit for selective sensing of taurine-conjugated bile acids
2026-Sep-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.154326
PMID:42492193
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研究论文 | 本研究利用来自霍乱弧菌的胆汁酸诱导型二鸟苷酸环化酶VC1372，在哺乳动物细胞中构建了一种正交的牛磺酸结合胆汁酸响应基因回路，实现对Tau-BAs的选择性检测。 | 首次将细菌来源的VC1372酶改造为哺乳动物细胞中的正交代谢物传感器，实现对牛磺酸结合胆汁酸的选择性检测，避免了内源受体干扰。 | 该基因回路主要在体外细胞水平验证，尚未在体内模型中进行测试，且对低浓度Tau-BAs的敏感性和特异性有待进一步优化。 | 开发一种能够在哺乳动物细胞中正交且选择性响应牛磺酸结合胆汁酸的合成基因回路，为相关疾病的诊断和治疗提供模块化平台。 | 哺乳动物细胞中的合成基因回路，以及主要循环Tau-BAs（TCA、TDCA、TCDCA）。 | 合成生物学 | 慢性肝病、代谢性疾病、神经退行性疾病 | 定点突变、基因回路构建、细胞培养、荧光报告基因检测 | NA | 实验数据（基因表达响应数据） | NA | 定点突变 | 哺乳动物细胞 | 正交牛磺酸结合胆汁酸响应基因回路，包括VC1372酶促模块和BldD依赖性转录模块 | 医学 |
| 129 | 2026-08-10 |
Complete remediation of a mixture of 5 acetophenone derivatives by multi-modular engineered Escherichia coli: Avoiding intermediate toxicity from incomplete degradation
2026-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2026.120464
PMID:42413334
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研究论文 | 本文构建了多模块工程化大肠杆菌BL-all，通过整合14个结构优化的基因到4个分解代谢模块，实现了对5种苯乙酮衍生物的完全降解，避免了不完全降解产生的有毒中间体积累，并通过斑马鱼毒性测试和水样实验验证了其解毒能力和实际应用潜力。 | 首次采用多模块合成生物学方法构建工程菌株，完全降解5种苯乙酮衍生物混合物，解决不完全降解产生有毒中间体的问题，并通过同位素示踪和生态毒性测试全面验证其有效性和安全性。 | 具体局限性未在摘要中说明，可能包括对未测试底物的降解能力不确定，以及在实际复杂环境中的长期稳定性和效率需要进一步验证。 | 解决微生物不完全降解低毒化合物产生高毒中间体的问题，构建可完全降解苯乙酮衍生物混合物的工程菌，用于环境污染修复。 | 5种苯乙酮衍生物（苯乙酮、对羟基苯乙酮、对羟基苯丙酮、对羟基苯甲醛和邻羟基苯乙酮）及工程化大肠杆菌BL-all。 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、同位素示踪（C标记）、毒性测试（斑马鱼） | NA | 实验数据（降解效率、毒性测试结果） | 5种苯乙酮衍生物，每种1 mM混合物，以及斑马鱼样品 | 合成生物学（多模块基因整合） | 大肠杆菌 | 多模块分解代谢途径（4个模块，14个基因）用于完全降解苯乙酮衍生物 | 环境修复 |
| 130 | 2026-08-01 |
Development, optimization, and application of an episomal plasmid system for Rhodotorula toruloides
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102489
PMID:42288134
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研究论文 | 本文首次为红冬孢酵母（Rhodotorula toruloides）开发了功能性附加体质粒系统，并优化了转化效率，实现了多基因途径表达和CRISPR基因组编辑。 | 首次构建了R. toruloides的附加体质粒系统，通过筛选多种来源的自主复制序列（ARS）鉴定出功能元件C63F4，并开发了Cre-loxP介导的体内再环化策略以提高转化效率，同时建立了简化的CRISPR无缝基因组编辑工具。 | 文中未提及明确的局限性，但可能包括质粒稳定性和拷贝数仍有提升空间，以及系统对其他菌株的适用性未知。 | 开发并优化红冬孢酵母的附加体质粒系统，以加速代谢工程、合成生物学和基础研究。 | 红冬孢酵母（Rhodotorula toruloides）菌株CBS14及其工程改造。 | 合成生物学 | NA | NGS（用于筛选ARS）、CRISPR-Cas9 | NA | 基因序列、质粒稳定性数据、基因表达数据 | 筛选了多种来源的候选ARS，具体样本数未提及 | CRISPR-Cas9、Cre-loxP系统 | 红冬孢酵母（Rhodotorula toruloides） | 附加体质粒系统pC63F4，包含自主复制序列（ARS）C63F4、GFP报告基因、多基因代谢途径（用于三乙酸内酯、脂肪醇和柠檬烯生产）、以及基于CRISPR的基因组编辑工具 | 工业生物技术、代谢工程 |
| 131 | 2026-08-01 |
A plug-and-play cytochrome P450 system enables de novo biosynthesis of 2-phenylethanol derivatives
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102493
PMID:42314827
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研究论文 | 开发了一种基于细胞色素P450的即插即用系统，通过定向进化和代谢工程，在解脂耶氏酵母中实现了2-苯乙醇衍生物的从头生物合成 | 通过结构引导的酶工程实现了P450BM3的区域发散性羟基化，具有高区域选择性和对映选择性；在5升生物反应器中实现了最高产量；意外发现糖基转移酶的混杂活性，促进了红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷的创纪录生产 | 摘要中未提及明确的局限性 | 开发可扩展和适应性强的即插即用氧化生物催化系统，用于可持续生产高价值芳香族化合物 | 2-苯乙醇衍生物，包括(R)-1-苯基乙二醇、酪醇、红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷 | 合成生物学 | NA | 定向酶进化、结构引导的蛋白质工程、代谢工程 | NA | 文本、实验数据 | 不适用 | CRISPR-Cas9 | 解脂耶氏酵母 | 细胞色素P450驱动的羟基化途径 | 工业生物技术 |
| 132 | 2026-08-01 |
Evolution-guided high yield production of potent Gαq/11-signalling inhibitors FR900359 and YM-254890
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102497
PMID:42373013
|
研究论文 | 本文通过进化引导的合成生物学策略，开发了稳健的异源微生物系统，用于高产生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890 | 首次采用进化引导策略，利用未培养微生物来源和链霉菌强启动子，实现了FR900359和YM-254890在异源宿主中的高产生产，并开发了双拷贝BGC宿主以进一步提高产量 | 未明确提及，但可能涉及异源宿主的生产稳定性或BGC组装复杂性 | 开发高产、成本效益高的微生物生产系统，用于生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890，以促进其生物技术应用和药物开发 | FR900359和YM-254890的生物合成基因簇，以及异源宿主Burkholderia gladioli Δgbn::attB和Δgbn::2attB | 合成生物学 | Gα突变肿瘤 | 异源表达、基因簇组装、启动子工程 | NA | 序列数据、产量数据 | 多个BGC构建体和两种异源宿主菌株 | CRISPR-Cas9 | Burkholderia gladioli | 生物合成基因簇的异源表达和双重拷贝 | 医学、工业生物技术 |
| 133 | 2026-07-15 |
Recent advances in the biosynthesis of bacterial hybrid polyketide-non ribosomal peptide natural products
2026-Sep-15, Bioorganic chemistry
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.bioorg.2026.110227
PMID:42442297
|
综述 | 综述了细菌杂合聚酮合酶-非核糖体肽合成酶天然产物的生物合成研究进展 | 首次系统总结了近十年（2015-2025）细菌来源的杂合PKS-NRPS天然产物，涵盖其结构、生物活性、基因簇及域组织多样性 | 仅聚焦于细菌来源的杂合系统，未涵盖真菌等其他来源 | 全面概述细菌杂合PKS-NRPS天然产物生物合成的复杂性及其潜在的治疗/生物技术应用 | 细菌来源的杂合聚酮合酶-非核糖体肽合成酶天然产物及其生物合成基因簇 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、生物信息学、酶学表征 | NA | 序列数据 | NA | NA | 细菌 | 杂合PKS-NRPS生物合成通路 | 医学, 工业生物技术 |
| 134 | 2026-07-25 |
CRISPRing through time: How cutting-edge technology is revolutionizing life sciences and medicine
2026-Sep-08, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2026.103003
PMID:42494498
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 135 | 2026-06-08 |
A deep learning multi-attention Bi-GRU framework for kcat prediction with segmentation-based insights
2026-Sep, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2026.110915
PMID:42250496
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研究论文 | 提出一种基于深度学习多注意力机制的双向门控循环单元框架KcatNeuroCortex，用于预测酶的催化效率kcat值 | 通过分割策略捕捉局部功能基序，并结合多注意力机制整合长程相互作用，实现可解释性和预测精度的提升，相比DLKcat将R²提高57% | 未明确提及模型的泛化能力验证或对极端序列条件的测试 | 开发可解释且准确的酶催化效率预测工具，支持代谢工程和合成生物学研究 | 酶的催化效率预测 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 双向门控循环单元（Bi-GRU）结合多注意力机制 | 酶序列数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术, 代谢工程, 合成生物学 |
| 136 | 2026-07-25 |
SynBioGPT2: A dynamic reasoning framework enables high-fidelity design of microbial cell factories
2026-Sep, Biodesign research
DOI:10.1016/j.bidere.2026.100093
PMID:42491263
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 137 | 2026-07-19 |
Genome position does not impact transgene expression efficiency in the ancient red alga Cyanidioschyzon merolae
2026-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.05.004
PMID:42107704
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研究论文 | 研究了古红藻Cyanidioschyzon merolae中基因组位置对转基因表达效率的影响 | 首次在C. merolae中建立并验证了一组中性整合位点，发现基因组位置对转基因表达无显著影响 | 仅针对单一宿主和特定转基因进行分析，可能不适用于其他基因或物种 | 探究基因组位置对转基因表达的影响并建立可重复的核基因组工程框架 | Cyanidioschyzon merolae的40个基因间位点 | 合成生物学 | NA | 同源重组, 自动化转化, 报告基因分析 | NA | 基因表达数据, 代谢物产量数据 | 38个经验证的整合位点，涵盖16条染色体 | 同源重组, 机器人辅助转化 | Cyanidioschyzon merolae | 异源异戊二烯合酶表达回路 | 工业生物技术 |
| 138 | 2026-07-19 |
Evaluation of Ogataea polymorpha DUR31 TPP riboswitch as a tool to downregulate gene expression in the yeast Komagataella phaffii
2026-Sep-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.06.009
PMID:42372865
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研究论文 | 评估了Ogataea polymorpha DUR31 TPP核糖开关在Komagataella phaffii中作为基因表达下调工具的适用性 | 首次将来自多形汉逊酵母的TPP核糖开关应用于毕赤酵母Komagataella phaffii，补充了该宿主中有限的合成生物学调控工具 | 核糖开关存在显著的基础渗漏表达，不能作为严格的分子开关；剪接效率受局部序列上下文强烈影响 | 评估异源TPP核糖开关在K. phaffii中调控基因表达的可行性 | Komagataella phaffii酵母 | 工业生物技术 | NA | 流式细胞术、RT-PCR | NA | 荧光表达数据、转录本剪接数据 | NA | NA | Komagataella phaffii | TPP核糖开关，通过GAP启动子调控EGFP和UBIYΔkGFP*报告基因表达 | 工业生物技术 |
| 139 | 2026-07-18 |
From fermentation to pharmabiotics: engineering kefir-derived Lactobacillus for targeted intratumoral immunotherapy in colorectal Cancer
2026-Sep-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.117032
PMID:42289150
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综述 | 本文综述了从发酵到药物生物的流程，将开菲尔中的乳杆菌工程改造为用于结直肠癌靶向瘤内免疫治疗的活体生物治疗产品 | 提出了将开菲尔来源的乳杆菌通过合成生物学改造为肿瘤靶向活体药物，实现局部免疫微环境重塑和协同免疫检查点抑制剂治疗 | 面临生物遏制、生产放大和监管审批等转化挑战 | 开发基于工程化乳杆菌的活体生物治疗产品用于结直肠癌靶向免疫治疗 | 开菲尔中的乳杆菌菌株 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 乳杆菌 | 肿瘤低氧区域靶向生物传感器、体内原位生物反应器、纳米抗体和细胞因子释放回路 | 医学 |
| 140 | 2026-07-13 |
In silico identification and characterisation of putative biphenyl degradation mechanism in gut-derived Pediococcus pentosaceus
2026-Sep-01, Environmental research
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.envres.2026.125000
PMID:42276346
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研究论文 | 本研究通过计算分析鉴定了从蟑螂肠道分离的片球菌QS-GN03_1中潜在的联苯降解机制 | 首次在肠道来源的片球菌中通过基因组分析发现一个可能通过水平基因转移获得的bphC基因，并揭示了其作为完整Bph操纵子退化遗存的可能性 | 预测的自由配体结合能显示PPBPHCIII与配体的结合亲和力弱于功能验证的1EIR复合物，且菌株缺乏独立的PCB矿化能力 | 探索利用益生微生物减少多氯联苯（PCBs）在牲畜肠道中吸收的策略 | 蟑螂（美洲大蠊）肠道来源的片球菌QS-GN03_1 | 计算生物学 | NA | 全基因组测序 | NA | 基因组序列 | 单一菌株QS-GN03_1 | CRISPR-Cas9, IS30家族插入序列 | 片球菌（Pediococcus pentosaceus） | 联苯降解通路（Bph操纵子） | 农业, 环境, 工业生物技术 |