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当前共找到 162 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-10-30 |
AI empowers scalable and programmable RNA design
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.09.025
PMID:42880215
|
综述 | 本文综述了AI在RNA设计中的应用，强调利用三级结构解释功能并指导序列生成，替代传统试错流程。 | 强调AI利用三级结构指导RNA序列生成，实现可扩展和可编程的RNA设计。 | 文中未具体提及 | 探讨AI如何赋能可扩展和可编程的RNA设计。 | 功能性RNA | 合成生物学，RNA治疗 | NA | AI模型，实验方法 | NA | 结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学，合成生物学 |
| 22 | 2026-10-30 |
Programming biological behavior with AI-guided de novo protein design
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.08.027
PMID:42880220
|
综述 | 本文是一篇关于如何利用AI引导的从头蛋白质设计来编程生物行为的展望文章 | 提出从头蛋白质设计应从双分子相互作用向自下而上构建蛋白质反应网络发展，并强调可编程、模块化、可控的从头设计组件可驱动复杂涌现的生物行为 | 需克服可设计的蛋白质动态、多步功能及非平衡系统等当前挑战 | 探讨从头蛋白质设计超越双分子相互作用、实现蛋白质反应网络自下而上构建的路径 | 从头设计的蛋白质组件及蛋白质反应网络 | 合成生物学 | NA | 人工智能引导的从头蛋白质设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 蛋白质反应网络 | 医学, 生物技术, 合成生物学 |
| 23 | 2026-10-30 |
Integration by parts: The multi-layered mechanisms of cis-regulatory control
2026-10-15, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.09.016
PMID:42880219
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综述 | 本文提出了一个将顺式调控元件的调控逻辑分为结合水平整合和转录水平整合两层的框架，并讨论了其定量模式及在合成生物学和治疗中的应用 | 提出将CRE调控逻辑分为结合水平整合和转录水平整合两层的框架，分类TF协同性沿正交轴，并揭示“乘法加饱和”的重复定量模式 | 文章为综述性框架，未提供新的实验数据验证该模型 | 理解顺式调控元件如何整合转录因子信号以控制基因表达的机制 | 顺式调控元件（CREs）和转录因子（TFs） | 基因调控 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 医学 |
| 24 | 2026-10-30 |
Craig Venter, a microbiologist
2026-Oct-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01732-26
PMID:42757841
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评论 | 文章回顾了Craig Venter在微生物学和疫苗学领域的革命性贡献，包括首次测序细菌基因组、揭示微生物多样性以及将基因组学和合成生物学引入疫苗学。 | 文章强调Craig Venter对微生物学和疫苗学的贡献应被铭记，而不仅仅是基因组学和合成生物学。 | 文章为观点性评论，未提供原始数据或系统分析。 | 论证Craig Venter对微生物学和疫苗学的革命性贡献。 | Craig Venter的科学生涯和成就。 | 微生物学, 基因组学, 合成生物学, 疫苗学 | NA | 基因组测序, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 25 | 2026-10-30 |
Critical review of artificial intelligence in synthetic biology: DBTL cycle applications, challenges, and design rules for microbial strain engineering
2026-Oct-03, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05314-0
PMID:42828724
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综述 | 本文综述了人工智能（包括机器学习、深度学习和语言模型）在合成生物学DBTL循环中的应用、挑战及微生物菌株工程的设计规则 | 系统性地分析了AI工具在整个DBTL循环（从设计到最终数据分析）中的应用，并评估了其验证水平和证据等级，同时提出了微生物菌株工程的设计规则 | 模型行为存在不确定性、数据验证和透明度有限、数据分析和解释困难、模型预测不确定，以及安全和伦理问题 | 分析人工智能在合成生物学中的应用，特别是神经网络在基因回路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析中的应用，并评估其验证和证据水平 | 合成生物学中的AI应用，包括基因回路设计、蛋白质工程、代谢通路优化和多组学数据分析 | 合成生物学 | NA | 机器学习, 深度学习, 语言模型 | 神经网络, 深度学习模型, 语言模型 | 多组学数据 | NA | NA | 微生物 | 基因回路 | 医学, 能源, 环境生物技术 |
| 26 | 2026-10-30 |
Spatial Control of Light-Responsive Proteins and Optogenetics Within Hydrogels via Volumetric Bioprinting
2026-Oct, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74563
PMID:42573182
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研究论文 | 该文章利用层析体积生物打印技术，在厘米级水凝胶构建体中实现打印后对光敏蛋白开关和光遗传学电路的空间选择性激活 | 首次将断层体积生物打印技术重新用于打印后光遗传学刺激，结合计算机视觉和上下文感知模型生成，实现深层细胞的光激活；使用多波长体积生物打印机选择性刺激表达近红外光遗传系统的细胞 | 研究未明确说明所构建组织的长期稳定性、光刺激的精确分辨率限制以及体内应用验证的缺失 | 实现水凝胶构建体内光响应蛋白和光遗传学电路的空间控制，为组织工程提供远程、可重复、局部的生物事件调控平台 | 水凝胶构建体内的细胞和光敏蛋白开关/光遗传学电路 | 组织工程, 合成生物学, 生物打印 | NA | 体积生物打印, 光遗传学, 计算机视觉 | 上下文感知模型生成 | 图像, 荧光信号 | NA | NA | 哺乳动物细胞 | 近红外光遗传系统触发基因表达和胰腺特异性转录因子诱导 | 医学, 组织工程 |
| 27 | 2026-10-29 |
Molecular Biology and Synthetic Biology-Guided Development of Recognition and Reporting Elements of Biosensor
2026-Oct-28, Advances in biochemical engineering/biotechnology
DOI:10.1007/10_2026_370
PMID:42944860
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书籍章节 | 该章节综述了微生物细胞生物传感器的组成、工作原理，以及利用分子生物学和合成生物学技术改造生物识别元件和报告元件的最新策略与进展。 | 系统整合了分子生物学与合成生物学技术在改造生物传感器识别元件和报告元件方面的最新策略，为微生物细胞生物传感器的研发提供了新见解和有价值的参考。 | 作为综述性章节，未提供原始实验数据，且未对现有技术的局限性进行深入批判性分析。 | 总结微生物细胞生物传感器的组成与工作原理，并介绍近年来利用分子生物学和合成生物学技术修饰生物识别元件和报告元件的各种策略及最新进展。 | 微生物细胞生物传感器 | 合成生物学 | NA | 分子生物学技术, 合成生物学技术 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物 | 生物传感器（生物识别元件与报告元件） | 医学, 环境 |
| 28 | 2026-10-29 |
"Illuminating" the silkworm chassis: Synthetic biology-driven evolution of genetic-based sexing circuits
2026-Oct-27, Insect science
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/1744-7917.70385
PMID:42947535
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综述 | 系统总结了家蚕遗传性别控制回路的构建策略、优化元件、基因组操作工具演进及工业化应用 | 提出了远红光光学标记、基因组安全港靶向整合及人工智能与高通量光电分选硬件集成的工业界面，并引入边界绝缘子、条件表达和自动切除网络等保护性分子策略 | 未提及具体实验验证数据，侧重于概念和策略总结 | 探讨合成生物学驱动的家蚕遗传性别控制回路演化及其在现代蚕业和全球害虫管理中的应用 | 家蚕（Bombyx mori）及其遗传性别控制回路 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9、转座子插入、远红光光学标记、边界绝缘子、条件表达、自动切除网络 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | 家蚕 | 遗传性别控制回路、生物传感器（光学报告系统） | 农业、医学（害虫管理） |
| 29 | 2026-10-29 |
Binding pocket optimization of Pueraria mirifica type II chalcone isomerase synergizing with a necrosis-attenuating host transcription factor for persistent daidzein biosynthesis
2026-Oct-22, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2026.111883
PMID:42945726
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研究论文 | 该研究通过改造葛根II型查尔酮异构酶的活性位点并结合宿主来源的MYB60转录因子，在烟草中构建了一个可减轻组织坏死并持续合成大豆苷元的合成生物学平台 | 利用分子动力学模拟与结构导向突变鉴定出I195V变体以增强异甘草素选择性；用本氏烟草内源MYB60转录因子替代拟南芥MYB12以减轻组织坏死；采用P2A核糖体跳跃肽实现多基因级联表达 | I195V在植物体内提升大豆苷元积累的效果在不同实验批次间存在波动；蛋白丰度无显著差异，说明增强机制不完全明确 | 克服非豆科植物底盘重构豆类异黄酮途径时异源酶效率低和宿主组织坏死严重的问题，实现持续的大豆苷元生物合成 | 葛根II型查尔酮异构酶与本氏烟草宿主转录因子 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟、结构导向突变、定量蛋白质组学、瞬时表达 | NA | 序列、结构、蛋白质组数据 | NA | P2A核糖体跳跃肽、结构导向突变 | 本氏烟草 | 多顺反子多基因级联途径 | 医药、工业生物技术 |
| 30 | 2026-10-29 |
Synthetic Reconstruction and Characterization of Endogenous Bacteriophage Genomes from Desulfovibrio vulgaris
2026-Oct-19, Viruses
DOI:10.3390/v18101159
PMID:42944078
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研究论文 | 本文提出了一套整合基因组引导的工作流程，用于发现、验证并合成重构硫酸盐还原菌Desulfovibrio vulgaris Hildenborough的内源性前噬菌体基因组 | 首次针对厌氧硫酸盐还原菌的内源性前噬菌体建立了从生物信息学预测、UV诱导验证到合成重构的整合工作流，并成功构建了三个逐步截短的可活性合成前噬菌体基因组 | 合成重构的前噬菌体在实验条件下仅产生局部浑浊表型而非典型裂解噬菌斑，未能实现高效裂解性增殖，且前噬菌体功能性与计算预测的完整性并不完全相关 | 建立针对厌氧硫酸盐还原菌内源性前噬菌体的计算与合成生物学工程框架，为微生物诱导腐蚀控制奠定基础 | Desulfovibrio vulgaris Hildenborough菌株及其内源性前噬菌体 | 合成生物学 | NA | PHASTEST生物信息学分析、UV诱导、全基因组测序、长片段PCR、无缝等温DNA组装、Nanopore测序、电穿孔、定量PCR | NA | 基因组序列、DNA序列、基因表达数据 | 鉴定出7个前噬菌体样区域（其中5个为完整前噬菌体），验证了4个可诱导前噬菌体位点，构建了3个截短合成基因组（约36、33和29 kb） | 长片段PCR、无缝等温DNA组装 | Desulfovibrio vulgaris Hildenborough | 合成重构的前噬菌体基因组（逐步截短版本） | 工业生物技术、环境 |
| 31 | 2026-10-29 |
Protein Self-Assembly as a Design Principle for Enzyme Immobilisation in Biocatalysis
2026-Oct-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27209187
PMID:42941956
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综述 | 综述蛋白质自组装作为酶固定化设计原则，涵盖天然结构如细菌微区室及工程系统如病毒样颗粒、ELP和SpyTag/SpyCatcher，并重点讨论催化活性包涵体（CatIBs）作为无载体自固定化平台 | 提出蛋白质自组装作为统一设计原则，在温和条件下实现可编程组装以克服传统固定化策略的权衡；聚焦CatIBs作为简化、无载体、自固定化的平台 | 作为综述未提供原始实验数据；CatIBs等自组装系统在工业规模下的可放大性、过程稳定性与成本效益仍需进一步验证 | 探讨蛋白质自组装作为酶固定化的统一设计原则，以克服传统载体固定化方法的局限性并推动工业生物催化应用 | 酶固定化策略、蛋白质自组装材料、细菌微区室、病毒样颗粒、类弹性蛋白多肽、SpyTag/SpyCatcher系统、催化活性包涵体（CatIBs） | 合成生物学，生物催化，材料科学 | NA | 蛋白质自组装，酶固定化，合成生物学，材料科学 | NA | 文献 | NA | SpyTag/SpyCatcher | NA | 多酶级联反应区室化，可编程酶组织 | 医药，生物燃料，食品，工业生物技术 |
| 32 | 2026-10-29 |
Evolution of (S)-2-Aminobutanol Synthesis from Chemical Resolution to Biomanufacturing
2026-Oct-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27209203
PMID:42941973
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综述 | 系统总结手性(S)-2-氨基丁醇从化学拆分到体外多酶级联及全细胞生物合成的发展历程与最新进展 | 系统梳理了从传统化学法、酶动力学拆分到AmDH/ω-TA体外多酶级联及合成生物学全细胞工厂的完整技术演进路线，并提出体外连续流微反应器、全细胞+无细胞杂合体系与AI整合的未来趋势 | 综述性文章，未提供原始实验数据；文中指出45.3 g·L滴度实为上游前体L-2-ABA而非终产物，且中间体2-OBA的胞内毒性等瓶颈仍待解决 | 总结(S)-2-氨基丁醇合成路线的演进，评估各代技术的工业化潜力并展望绿色低碳制造方向 | (S)-2-氨基丁醇（抗结核药乙胺丁醇及左乙拉西坦等抗癫痫药的手性前体）及其合成路线 | 合成生物学, 生物催化 | 结核病, 癫痫 | 化学合成, 手性拆分, 酶动力学拆分, 多酶级联催化, 全细胞发酵, 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 基于群体感应的动态调控, 外排泵工程 | 医药, 工业生物技术 |
| 33 | 2026-10-29 |
AI-Facilitated Discovery of Microbiome-Originated Antimicrobial Peptides: A Perspective on Combating Antibiotic Resistance Within Public Health and Food Safety Frameworks
2026-Oct-15, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14102360
PMID:42943597
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综述 | 本文综述了人工智能驱动的微生物组来源抗菌肽发现的最新进展，探讨其在公共卫生和食品安全框架下对抗抗生素耐药性的潜力与挑战 | 从One Health和气候敏感框架视角，系统整合微生物组科学、深度学习和合成生物学，提出AI发现的抗菌肽作为下一代抗耐药干预措施 | 未涉及具体实验验证，综述了药代动力学、毒性、制造可扩展性等转化挑战，缺乏原创数据 | 总结AI驱动微生物组来源抗菌肽发现的突破，评估其临床前疗效及转化应用前景 | 微生物组来源的抗菌肽、多重耐药病原体 | 机器学习, 公共卫生, 食品安全 | 感染性疾病 | 人工智能, 机器学习, 宏基因组数据挖掘 | 深度学习 | 宏基因组数据, 肽序列数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 食品, 环境 |
| 34 | 2026-10-29 |
Concatenation, Splicing and Insertion-Deletion Operations on Cyclic DNA Molecules
2026-Oct-12, Entropy (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/e28101113
PMID:42940835
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研究论文 | 本文形式化研究了环形DNA分子上的连接、剪接和插入-删除操作，并比较了这些操作与代数运算的关系 | 首次给出了作用于环形词的插入算子的形式化定义，并证明了在某种上下文无关方式下，环形剪接和插入操作与单轮连接操作一致 | 研究局限于形式化理论分析，未涉及实验验证或实际DNA计算应用 | 研究环形DNA分子上的剪接和插入-删除操作，探讨代数运算与生物启发的字符串变换之间的关系 | 环形词（环形DNA分子）、剪接系统、插入-删除系统 | DNA计算 | NA | 形式化建模、信息论方法 | 剪接系统（H系统）、插入-删除系统 | 形式语言/字符串 | NA | NA | NA | NA | DNA计算、合成生物学 |
| 35 | 2026-10-29 |
Synthetic Biology and Systems Metabolic Engineering of Aminoglycoside Antibiotics: From Biosynthetic Pathways to Resistance-Evading and Low-Toxicity Design
2026-Oct-01, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14102209
PMID:42943448
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综述 | 系统总结氨基糖苷类抗生素的生物合成逻辑、合成生物学与系统代谢工程策略，并讨论耐药规避与低毒性衍生物的设计 | 从遗传电路设计、底盘细胞优化、无细胞合成、异源从头生物合成和系统生物学驱动全局优化五个视角整合氨基糖苷类抗生素的合成生物学与系统代谢工程策略，并聚焦耐药规避衍生物（如plazomicin）、基于4-单取代阿普霉素结构的低毒性设计及组合生物合成杂合抗生素 | 异源表达兼容性、产物产量瓶颈以及构效关系理解不完整 | 阐明并工程化氨基糖苷类抗生素的生物合成途径，以开发耐药规避和低毒性新型衍生物 | 氨基糖苷类抗生素及其生物合成途径与产生菌 | 合成生物学, 系统代谢工程 | 革兰氏阴性菌感染 | 合成生物学, 系统代谢工程, 组合生物合成, 无细胞合成, 基因组尺度代谢模型, 人工智能驱动动态调控 | 基因组尺度代谢模型 | 文本 | NA | NA | NA | 遗传电路, 生物合成途径 | 医学, 工业生物技术 |
| 36 | 2026-10-28 |
SynBioFooDB: a comprehensive resource for synthetic biology-driven food biomanufacturing
2026-Oct-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag1073
PMID:42934175
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研究论文 | 该文介绍了SynBioFooDB数据库，一个整合食品相关化合物、生物制造证据和生物合成途径的综合资源，用于合成生物学驱动的食品生物制造 | 首次系统整合了74,237种食品相关化合物的标准化化学信息、1054种化合物的专家 curated 生物制造证据（来自5592篇文献）以及971种化合物的2002条文献报道生物合成途径，并为无文献途径的化合物提供计算预测的候选途径 | 摘要中未明确提及数据库的局限性，但可能包括数据覆盖范围依赖于文献报道的完整性、计算预测途径的准确性未经实验验证等 | 构建一个综合知识库，连接食品相关化合物与生物合成途径及微生物生物制造证据，支持跨研究比较、证据合成和微生物生产系统的合理设计 | 食品相关化合物及其生物制造证据和生物合成途径 | 合成生物学, 代谢工程, 生物信息学 | NA | 数据库构建与整合, 文献挖掘, 计算途径预测 | NA | 文本, 化学结构, 文献数据 | 74,237种食品相关化合物, 1,054种化合物的生物制造证据来自5,592篇文献, 971种化合物的2,002条文献报道生物合成途径 | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 37 | 2026-10-28 |
Standards in systems and synthetic biology: status, developments, and tools in 2026
2026-Oct-27, Journal of integrative bioinformatics
IF:1.5Q3
DOI:10.1515/jib-2026-0037
PMID:42936890
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综述 | 该文综述了系统生物学与合成生物学标准的最新进展，包括四个标准规范的更新和两个工具或库，并作为COMBINE标准规范的全面参考 | 从2024年开始，特刊扩展至包含利用这些标准或在其实现中起关键作用的新颖或改进工具；本文档作为所有COMBINE标准规范的全面参考，确保研究人员能够获取领域内最新版本 | 未提及 | 提供系统生物学与合成生物学标准的最新规范，并汇总相关工具和库 | 系统生物学与合成生物学领域的标准规范及相关工具或库 | 系统生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2026-10-28 |
High-throughput protein interactome identifies LSD1 as a regulator of SARS-CoV-2 production through lysine demethylation of viral nucleocapsid protein
2026-Oct-26, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.mcpro.2026.101695
PMID:42933642
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研究论文 | 该文章开发了基于split miRFP670nano3的近红外双分子荧光互补系统（NIR-BiFC-Seq），用于高通量蛋白质相互作用组图谱绘制，并发现LSD1通过去甲基化SARS-CoV-2核衣壳蛋白K233位点调控病毒生产 | 开发了最亮最小的近红外双分子荧光互补系统（NIR-BiFC），结合NGS建立NIR-BiFC-Seq高通量蛋白质相互作用组图谱平台；首次发现LSD1介导N蛋白K233去甲基化增强病毒生产的新机制；发现靶向K233位点的抑制剂可显著抑制SARS-CoV-2生产 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 开发高通量蛋白质相互作用检测平台，并系统研究SARS-CoV-2核衣壳蛋白与宿主细胞蛋白的相互作用机制，为抗病毒药物开发提供靶点 | SARS-CoV-2核衣壳蛋白（N蛋白）、宿主细胞蛋白、LSD1、Nsp12、病毒RNA | 合成生物学、病毒学 | COVID-19 | NIR-BiFC-Seq、NGS、双分子荧光互补、蛋白质相互作用组学 | NA | 蛋白质相互作用数据、测序数据、荧光成像数据 | NA | NA | NA | 基于split miRFP670nano3的近红外双分子荧光互补系统 | 医学、药物开发 |
| 39 | 2026-10-28 |
From Mechanistic Models to AI Synergy: A Roadmap for Predictive and Personalized Biology
2026-Oct-16, Biology
DOI:10.3390/biology15201859
PMID:42939460
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综述 | 综述了机制模型与人工智能融合的三种整合策略分类及其在多个生物领域的应用，并讨论了七个挑战和未来方向 | 提出了AI加速机制建模、机制引导AI和混合模型（单向顺序耦合与双向迭代系统）的三部分整合策略分类体系，并系统梳理了融合应用的挑战与未来愿景 | 作为综述文章，未提供新的实验数据或模型验证，对整合策略的具体实现细节和定量比较有限 | 探讨机制数学模型与人工智能的协同融合策略，推动预测性和机制性的生命科学发展 | 机制数学模型与人工智能方法及其在系统生物学、合成生物学、药理学与药物发现、流行病学和神经科学中的应用 | 机器学习, 系统生物学, 合成生物学, 药理学, 流行病学, 神经科学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 40 | 2026-10-28 |
De novo design of cysteine proteases
2026-Oct-14, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-026-11143-w
PMID:42875488
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研究论文 | 本文描述了从头设计使用活化半胱氨酸亲核试剂以序列依赖方式水解多肽骨架的酶 | 成功从头设计出与天然蛋白酶折叠差异很大（TM score < 0.50）的蛋白酶，六個晶体结构与设计模型非常接近（Cα RMSD < 1.2 Å），成功率为19%，速率提升高达3×10^4倍 | 与最活跃的天然半胱氨酸蛋白酶相比仍存在活性差距，这源于活性位点预组织和底物定位的不完美 | 从头设计能够水解多肽骨架的蛋白酶 | 人工设计的半胱氨酸蛋白酶 | 合成生物学 | NA | 蛋白质从头设计 | NA | 蛋白质结构数据 | 69个设计，6个晶体结构 | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学,合成生物学 |