合成生物学相关文章
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当前共找到 13 篇文献。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-11-01 |
Meta-Scoring Approach to Curate Synthetic RNA 3D Structures
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_12
PMID:42961746
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研究论文 | 本文提出RNA-SyntHub流程，通过元评分函数系统构建和筛选高质量合成RNA三维结构数据集 | 整合多种结构生成方法与元评分函数，实现大规模合成RNA结构数据集的自动化筛选与验证 | 筛选依赖明确假设条件，高质量RNA数据仍稀缺，数据集覆盖范围受生成方法限制 | 构建经过筛选和验证的高质量合成RNA三维结构数据集，支持RNA设计、合成生物学和纳米技术研究 | 合成RNA三维结构，包括RFDiffusion、Boltz-1和RNAComposer生成的模型 | 计算生物学, 结构生物信息学 | NA | 深度学习结构预测, 元评分, 结构生成 | RFDiffusion, Boltz-1, RNAComposer | 三维结构数据 | 447,402个RFDiffusion预测的合成RNA结构，筛选后约16,000个高质量结构，并补充Boltz-1和RNAComposer预测 | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 纳米技术 |
| 2 | 2026-11-01 |
Computational Design of Prokaryotic Translation Regulation Based on RNA-Binding Proteins
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_4
PMID:42961738
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研究论文 | 本文提出了一种基于RNA结合蛋白（RBP）的翻译调控系统的计算设计流程，包括候选RBP挖掘、靶RNA序列设计、模型指导的实验表征以及基于组学的正交性评估 | 系统性地整合了蛋白数据库与基因组数据集挖掘候选调控RBP，并结合模型预测与实验表征实现理性设计比较，同时利用组学方法评估工程系统在宿主内的正交性 | 摘要未明确说明具体实验验证规模及设计系统的动态范围与鲁棒性等定量性能指标 | 建立基于RBP的翻译调控系统工程化设计框架，实现细菌细胞中蛋白质表达水平的精确编程控制 | 原核生物（细菌）中的RNA结合蛋白及靶RNA序列 | 合成生物学 | NA | 蛋白质数据库挖掘，基因组数据集分析，模型指导的实验表征，组学分析 | NA | 序列数据，组学数据，实验定量数据 | NA | NA | 细菌（原核生物） | 基于RBP的翻译调控系统（翻译水平调控回路） | 工业生物技术，医学 |
| 3 | 2026-11-01 |
Genome-Scale Metabolic Modeling of Escherichia coli and Its Chassis Design for Synthetic Biology Applications
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_8
PMID:42961742
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综述 | 本文综述了基因组尺度代谢模型（GEMs）的开发方法，并以大肠杆菌为案例，介绍了合成生物学中的底盘设计流程，包括1,4-丁二醇（BDO）和扑热息痛的生产 | 系统整合了GEMs开发与宿主底盘设计的工作流程，并提供了从塑料废物合成扑热息痛的工程大肠杆菌案例 | 作为综述章节，未提供新的实验数据或模型验证，主要总结现有方法 | 指导高质量基因组尺度代谢模型的开发及其与宿主底盘设计的结合，用于合成新材料、燃料、化学品和治疗剂 | 大肠杆菌（Escherichia coli）的基因组尺度代谢模型及底盘设计 | 计算系统代谢工程, 合成生物学 | NA | 基因组尺度代谢建模, 代谢工程, 合成生物学 | 基因组尺度代谢模型（GEMs） | 代谢网络数据, 基因组数据 | NA | NA | 大肠杆菌（Escherichia coli） | 代谢途径设计（1,4-丁二醇和扑热息痛合成途径） | 医学, 工业生物技术, 环境 |
| 4 | 2026-11-01 |
Synthetic Gene Circuit Analysis and Optimization
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_6
PMID:42961740
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书籍章节 | 本章利用高效优化方法解决合成基因电路的非线性分析与自动化设计问题，并通过双稳态开关案例进行说明 | 将非线性分析与自动化设计问题统一为优化问题，并采用高效优化方法求解，聚焦于确定性框架 | 仅考虑确定性框架，未考虑内在分子噪声对动力学的影响 | 从系统（基于模型）角度解决合成电路的两个核心问题：给定模型判断其能否表现出特定行为，以及从所需功能和生物部件库出发自动设计出能实现目标行为的电路 | 合成基因电路（生物分子电路），特别是双稳态开关 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 双稳态开关 | NA |
| 5 | 2026-11-01 |
Quantifying Turnover in Resource Economy of Synthetic Biology Applications via Stochastic Simulations
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_10
PMID:42961744
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研究论文 | 提出一个基于随机模拟的定量框架，用于分析合成生物学应用中的资源周转，并生成通量图以追踪资源流动动态 | 在Gillespie随机模拟算法的基础上进行保守扩展，追踪反应事件之间的因果依赖关系，生成表示资源流动动态的通量图，补充传统轨迹分析 | 仅以大肠杆菌双组分系统为案例研究，框架的通用性和在其他系统中的适用性尚未验证 | 开发定量框架以分析和优化合成生物学应用中的能量效率 | 大肠杆菌双组分系统中负责无机磷酸盐摄取的通路及合成启动子变体 | 合成生物学 | NA | 随机模拟, 化学反应网络模拟, Gillespie算法 | 化学反应网络随机模型 | 模拟数据 | NA | NA | 大肠杆菌 | 双组分系统通路, 合成启动子变体 | 医学, 工业生物技术 |
| 6 | 2026-11-01 |
Protocol for Model-Based Response-Corrected Fluorescence Quantification with Low-Cost Spectral Sensors
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5583-2_18
PMID:42961752
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研究方法 | 本文提出了一个针对低成本光谱传感器AS7341的校准框架，用于定量测量绿色荧光，并提供了校准协议、MATLAB代码、3D设计文件和组件规格。 | 针对OSRAM AS7341光谱传感器在小型生物反应器平台（如Chi.Bio和Pioreactor）中的应用，开发了系统的校准框架和传感器响应模型，以提高低成本系统中荧光团定量的准确性。 | 校准依赖于特定设备配置和荧光团（荧光素）与绿色荧光蛋白的光谱相似性，可能不适用于所有荧光报告基因或不同光学设计。 | 实现低成本光谱传感器在合成生物学中对绿色荧光的定量测量，并定义其动态范围和测量可靠性范围。 | 酵母细胞和荧光素（fluorescein） | 合成生物学 | NA | 荧光光谱传感 | 传感器响应模型 | 光谱数据 | NA | NA | 酵母 | NA | 医学, 工业生物技术 |
| 7 | 2026-10-31 |
Optogenetic Tool for Controlling p53 Signaling Pathway
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5687-7_14
PMID:42955637
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研究方法学论文 | 该文介绍了一种光遗传学系统Opto-p53，通过蓝光诱导二聚化系统重构p53功能结构域，实现对内源性p53转录活性的光控激活，并提供细胞系构建、光刺激、成像和数据分析的详细实验方案 | 利用蓝光诱导二聚化系统重构p53功能结构域，直接对内源性p53转录网络进行光控激活，克服了化学诱导和CRISPRa/CRISPRi在时间分辨率和空间特异性上的局限 | 仅定位于p53信号通路的方案描述，未展示大规模内源转录网络操控数据；依赖光刺激设备和细胞系工程化改造；体内应用和长期光毒性未评估 | 建立光遗传学工具以精确时空控制内源性p53转录活性，为研究p53依赖的转录应答提供可控激活平台 | 内源性p53转录因子及其下游转录网络、工程化细胞系 | 合成生物学, 光遗传学 | 癌症 | 光遗传学, 蓝光诱导二聚化(LID), 荧光成像, 转录报告系统 | NA | 图像, 荧光信号, 转录活性数据 | NA | 蓝光诱导二聚化系统(LID), 基因工程细胞系构建 | 哺乳动物细胞 | 光控p53转录激活回路(Opto-p53) | 医学, 生物医学研究 |
| 8 | 2026-10-25 |
Microbial Genetic Resource Conservation Techniques
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5623-5_2
PMID:42911324
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综述 | 本章综述了微生物遗传资源保护的主要原理、方法与局限，并探讨了冷冻生物学、材料科学与合成生物学结合的先进保护策略 | 强调将冷冻生物学、材料科学与合成生物学相结合以发展先进保护策略的必要性，并将微生物保护定位为可持续生物经济和全球健康体系的关键组成部分 | 文章为综述性章节，未提供原始实验数据；指出了维持微生物活力、遗传稳定性和功能完整性的挑战以及现有保护方法的局限 | 概述对生物医学和环境重要的微生物，审视其保护的主要原理、方法和局限，并指出先进保护策略的发展方向 | 对生物医学和环境具有重要意义的微生物遗传资源 | 合成生物学, 微生物学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医学, 环境, 工业生物技术 |
| 9 | 2026-10-25 |
Emerging Strategies for the Preservation of Microorganisms of Biomedical and Environmental Importance
2027, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5623-5_11
PMID:42911333
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综述 | 本文综述了具有生物医学和环境重要性的微生物保藏新兴策略，强调在多样分类群和微生物群落中保持活力、遗传稳定性和功能完整性 | 整合组学指导的保藏、干态技术和合成生物学，提出微生物组层面的保藏和工程化微生物系统等创新方案，并倡导从保藏分离菌株转向保藏功能性微生物群落 | 作为综述文章，未提供原始实验数据验证所提策略；对极端微生物、严格厌氧菌和复杂微生物组的保藏难题仍缺乏成熟的解决方案 | 评估生物医学和环境相关微生物保藏的新兴策略，应对微生物多样性未充分保藏的问题，支持公共卫生、科学可重复性和可持续生物经济发展 | 具有生物医学和环境重要性的微生物及其群落，包括极端微生物、严格厌氧菌和复杂微生物组 | 微生物学 | NA | 组学指导的保藏、新一代冷冻干燥、干态技术、合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | 工程化微生物系统 | 医学, 环境, 农业 |
| 10 | 2026-10-12 |
Integrated microdroplet workflow for high-throughput cell-free transcription in double emulsion picoreactors
2027-Jan-01, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2026.119231
PMID:42777282
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研究论文 | 本文提出了一种集成微流控工作流程，可在与水包油包水双乳液皮升级反应器中实现无细胞转录，并兼容商用流式细胞仪 | 核心创新在于集成设备将乳液再注入、电场介导的体外转录试剂步进注射以及下游双乳化相结合，减少了手动操作并在多步工作流程中保持液滴完整性，同时利用商用流式细胞仪替代定制液滴分选平台 | 本工作并未进行文库筛选，仅建立并验证了底层工作流程，尚未实际应用于调控序列的功能筛选 | 建立并验证一种可及的模块化平台，为无需专用光学分选仪器的调控序列功能筛选奠定基础 | 水包油包水双乳液皮升级反应器中的无细胞转录反应 | 合成生物学 | NA | 液滴微流控、等温滚环扩增、体外转录、Mango III适配体荧光生物传感 | NA | 荧光信号 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 11 | 2026-10-10 |
Next-generation fermented foods from non-conventional proteins: Linking fermentation dynamics, flavor chemistry, and gut microbiome modulation
2027-Jan-02, International journal of food microbiology
IF:5.0Q1
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综述 | 本文综述了以非传统蛋白质为原料的下一代发酵食品，探讨了发酵动力学、风味化学与肠道微生物组的关联，并提出了整合的过程-性质-健康（PPH）框架 | 定义了下一代发酵食品（NGFFs）的概念，提出了整合的过程-性质-健康（PPH）关联框架，并探讨了人工智能、合成生物学和生命周期评估在加速该领域转化中的应用 | 人类证据有限，存在持续的知识空白、文献中未解决的冲突以及方法论限制 | 综合控制发酵对非传统蛋白质基质的级联效应，连接发酵动力学、风味化学和肠道微生物组调节，为NGFF的合理设计提供整体框架 | 非传统蛋白质（如昆虫、微藻、单细胞生物、新型植物）及其发酵产物 | 食品科学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品，医学 |
| 12 | 2026-09-28 |
Construction and evaluation of an inside-out lysis system based on T4 lysozyme
2027-Jan, Protein expression and purification
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.pep.2026.106983
PMID:42492745
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研究论文 | 构建并评估了一种基于T4溶菌酶的内向外裂解系统，用于大肠杆菌的编程性细胞破坏 | 通过融合三种分泌信号肽（PelB、NapA和HybA）到T4溶菌酶，发现NapA-T4溶菌酶（N-T4L）具有最高的胞内蛋白泄漏水平，并首次系统评估了化学因素对裂解效果的影响 | 未提及 | 构建基于T4溶菌酶的内向外裂解系统，实现大肠杆菌的编程性细胞破坏，为合成生物学应用提供基础 | 大肠杆菌（Escherichia coli） | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 基于T4溶菌酶的内向外裂解系统，融合分泌信号肽PelB、NapA和HybA | 工业生物技术 |
| 13 | 2026-07-07 |
Advancing our understanding of photosynthesis: discoveries and insights from aquatic plants
2027-Jan, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.04.036
PMID:42405274
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综述 | 综述了水生植物光合作用可塑性的最新研究进展 | 系统揭示了水生植物特有的单细胞C4光合作用、二态叶绿体和异形叶性等进化创新，并提出了新型模式生物体系 | 未涉及分子机制的具体验证实验 | 通过对比陆生模式植物与水生植物，解析环境压力塑造的不同光合策略 | 高等水生植物及其碳浓缩机制 | 植物学 | NA | 比较基因组学 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 碳中和, 淡水生态系统管理, 作物改良, 合成生物学 |