合成生物学相关文章
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当前共找到 3658 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-09-24 |
Integrative strategies against multidrug-resistant bacteria: Synthesizing novel antimicrobial frontiers for global health
2025-Nov, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.108018
PMID:40914328
|
综述 | 本文综述了针对多重耐药菌的综合性治疗策略，包括新型抗菌方法的研究进展与协同应用前景 | 提出整合病原体靶向和宿主导向策略的多层次范式，探讨CRISPR-Cas系统、纳米技术等前沿技术的协同应用 | 面临生产规模化、监管审批、安全性和临床疗效验证等挑战 | 评估多种治疗方法的协同潜力，为未来抗菌药物管理提供新范式 | 多重耐药细菌及相关的治疗策略 | 传染病学/微生物学 | 细菌感染性疾病 | CRISPR-Cas系统、纳米技术、噬菌体疗法、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA |
| 2 | 2025-09-24 |
Recent advances in microbially derived chlorinated antiparasitic compounds
2025-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11018-0
PMID:39476277
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综述 | 本文系统回顾了1963年至今微生物来源的氯化抗寄生虫化合物的研究进展 | 首次对微生物来源的氯化抗寄生虫化合物进行系统性综述，发现28种具有明确抗寄生虫活性的氯化化合物 | 关于微生物来源抗寄生虫氯化化合物的文献资料有限 | 探讨氯化原子在抗寄生虫药物结构-活性关系中的重要性，开发更安全有效的抗寄生虫分子 | 微生物来源的氯化天然代谢产物（来自PKS、NRPS和PKS-NRPS生物合成途径） | 药物化学 | 寄生虫病 | 文献调研、合成生物学、组合化学、有机合成 | NA | 文献数据 | 28种经确认具有抗寄生虫活性的氯化化合物 |
| 3 | 2025-09-24 |
Cultivation and sequencing of microbiota members unveil the functional potential of yak gut microbiota
2025-Sep-23, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00367-25
PMID:40815469
|
研究论文 | 通过培养和测序牦牛肠道微生物群成员，揭示其功能潜力 | 建立了首个牦牛粪便细菌基因组参考库（YFR），包含548个高质量基因组，其中216株为新分类单元，将反刍动物肠道可培养细菌物种比例提高19.39% | NA | 揭示牦牛肠道微生物群的功能潜力及其在极端环境适应中的作用 | 牦牛肠道微生物群 | 微生物组学 | NA | 好氧/厌氧培养、全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 548个高质量细菌基因组（来自牦牛粪便样本） |
| 4 | 2025-09-24 |
Microbial mineralization for remediating heavy metal-contaminated groundwater: mechanisms, applications, advances, and perspectives
2025-Sep-23, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-025-02753-w
PMID:40986195
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综述 | 本文系统综述了微生物矿化修复重金属污染地下水的机制、应用与前景 | 结合文献计量学与工程案例，阐明碳酸盐/硫化物/磷酸盐矿物形成对重金属固定的驱动机制，提出合成生物学增强菌株耐受性等未来研究方向 | 极端环境下微生物活性受抑制、复杂污染体系处理效率低、矿化产物长期稳定性监测不足 | 探讨微生物矿化技术修复重金属污染地下水的机理与应用策略 | 重金属污染地下水体系中的微生物-矿物相互作用 | 环境微生物工程 | NA | 微生物矿化技术、合成生物学、智能监测系统 | NA | 文献数据、工程案例数据 | NA |
| 5 | 2025-09-24 |
Programmable DNA Nanocages Enable Adaptive Spatiotemporal Organization of Biomimetic Organelle Networks
2025-Sep-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511909
PMID:40776809
|
研究论文 | 提出基于可编程DNA纳米笼的策略构建稳定自适应的仿生细胞器网络 | 利用模块化DNA纳米笼实现人工细胞器的机械强化和动态接触位点重构 | NA | 构建具有自适应反馈调控能力的人工细胞器网络 | 细胞外囊泡仿生系统 | 合成生物学 | NA | 四面体DNA框架、回文杂交链式反应 | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-09-24 |
Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00450
PMID:40982657
|
研究论文 | 开发了一种结合机器学习工具PhagePromoter的计算辅助工程流程，用于噬菌体基因组中靶向整合遗传有效载荷 | 利用机器学习预测工具识别具有有利表达特征的基因间位点，拓宽了毒性有效载荷的可行插入位点范围 | NA | 增强噬菌体工程化能力以推进个性化噬菌体疗法开发 | 严格裂解性噬菌体K及其基因工程改造 | 合成生物学 | NA | 同源重组、生物发光报告基因、PhagePromoter机器学习预测工具 | 机器学习预测模型 | 基因组数据 | 构建了三种在不同基因组位点携带报告基因的重组噬菌体 |
| 7 | 2025-09-24 |
Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00263
PMID:40983931
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研究论文 | 提出一种名为可信密码子指纹（TCF）的平台，通过同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因中嵌入识别信息，实现细菌细胞的深度可逆标记 | 结合抗生素筛选和纠错码的双重机制实现无需验证步骤的细胞标记，采用温敏质粒骨架支持标签的循环写入和擦除 | NA | 开发高效精确的合成生物学细胞标记与识别平台 | 工程化细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 长读长测序、密码子替换、温度敏感质粒 | NA | 基因组测序数据 | 数千个克隆 |
| 8 | 2025-09-24 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
|
研究论文 | 介绍一种名为CloneFast的简化质粒设计和构建方法 | 提出包含生物信息学设计、可重复使用的修饰寡核苷酸（CompetePCR）、快速碘介导切割和片段组装的完整流程 | NA | 开发一种高效、易用的质粒构建方法 | 质粒设计和构建技术 | 合成生物学 | NA | CompetePCR、碘介导切割 | NA | NA | NA |
| 9 | 2025-09-24 |
Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014
PMID:40782348
|
研究论文 | 提出一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制备方案，包含3D打印支架和水凝胶支架用于3D细胞培养研究 | 开发集成3D打印支架与可重复使用水凝胶支架的创新制备流程，优化水凝胶制备和安装流程以减少批次差异 | NA | 建立标准化的3D细胞培养和功能分析实验平台 | 细胞培养插入件和水凝胶支架 | 生物医学工程 | NA | 3D打印、水凝胶合成、冻干保存、qPCR | NA | 实验方案 | NA |
| 10 | 2025-09-24 |
Creating a designer cyanobacterial ecosystem for the sustainable production of biomass rich in sun-protecting compounds: mycosporine-like amino acids and scytonemin
2025-Sep-04, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04450-9
PMID:40906293
|
综述 | 探讨通过合成生物学技术构建特殊蓝藻生态系统以可持续生产富含紫外线防护化合物的生物质 | 提出利用合成生物学改造蓝藻菌株代谢通路来提升紫外线防护化合物产量的创新生物技术策略 | 蓝藻中有益代谢物浓度通常较低导致工业化生产经济可行性不足 | 开发可持续生产富含紫外线防护化合物生物质的蓝藻生态系统 | 蓝藻及其产生的防晒化合物（缩氨酸类氨基酸和石茸素） | 合成生物学 | NA | 遗传工程、代谢工程 | NA | NA | NA |
| 11 | 2025-09-24 |
Recent Advances in Heterologous Protein Expression and Natural Product Synthesis by Aspergillus
2025-Jul-17, Journal of fungi (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/jof11070534
PMID:40985424
|
综述 | 本文综述了曲霉属真菌作为异源表达底盘在异源蛋白表达和天然产物合成领域的最新研究进展 | 重点探讨了CRISPR-Cas9技术在曲霉遗传改造中的应用及在萜类化合物异源生物合成中的创新应用 | NA | 总结曲霉平台在异源蛋白表达和天然产物合成方面的技术发展 | 曲霉属真菌（包括米曲霉、黑曲霉等） | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑技术 | NA | 文献资料 | NA |
| 12 | 2025-09-24 |
Metagenomics harvested genus-specific single-stranded DNA-annealing proteins improve and expand recombineering in Pseudomonas species
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1024
PMID:37941137
|
研究论文 | 本研究通过计算生物学方法筛选出假单胞菌属特异性单链DNA退火蛋白，显著提升了该菌属的基因重组编辑效率 | 首次建立属特异性SSAPs库，并成功将重组编辑技术拓展至四种假单胞菌物种 | 仅测试了四种假单胞菌物种，尚未涵盖该属所有重要菌株 | 提升假单胞菌属的基因编辑能力以促进其合成生物学应用 | 假单胞菌属细菌（包括P. putida, P. aeruginosa, P. taiwanensis, P. fluorescens） | 合成生物学 | NA | 计算生物学、高通量筛选、牛津纳米孔测序（Oxford Nanopore NGS） | NA | 基因组数据 | 针对四种假单胞菌物种进行测试 |
| 13 | 2025-09-24 |
Establishing a versatile toolkit of flux enhanced strains and cell extracts for pathway prototyping
2023-11, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.10.008
PMID:37890611
|
研究论文 | 开发了一套通过CRISPR-dCas9技术改造的大肠杆菌和酿酒酵母高通量菌株及其无细胞提取物工具包，用于加速生物合成路径的原型构建 | 首次创建了代谢通量增强的工程菌株库及其无细胞提取物，解决了野生型细胞提取物在目标路径中通量不足的问题 | 未明确说明工具包的适用范围和具体路径优化效果的量化指标 | 建立用于生物合成路径快速原型构建的通用工具平台 | 大肠杆菌和酿酒酵母工程菌株及其无细胞提取物 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9基因编辑、代谢组学分析、无细胞合成生物学 | NA | 代谢物检测数据、酶活性数据 | 涉及多种关键代谢前体（乙酰辅酶A、莽草酸等）的工程菌株提取物 |
| 14 | 2025-09-23 |
Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054
PMID:40914877
|
研究论文 | 提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点 | 引入双向反向互补模块(BiRC-Mamba)处理DNA序列特性，开发多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)整合多维度特征 | NA | 提高转录因子结合位点预测的准确性 | DNA序列中的转录因子结合位点 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq测序技术 | 多视图深度学习框架（包含BiRC-Mamba和MCRAN模块） | 基因组序列数据 | 165个ChIP-seq数据集（验证扩展到690个数据集） |
| 15 | 2025-09-23 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种计算方法的表现 | 首次创建包含100个实验解析结构的标准化基准数据集，并建立多维评估框架比较深度学习和物理驱动方法的性能差异 | 基准数据集规模有限（100个结构），且仅评估了当前主流的六种计算方法 | 评估蛋白质-核酸复合物结构预测方法的准确性并建立标准化评估体系 | 蛋白质-核酸复合物的三维结构 | 计算生物学 | NA | 结构生物信息学分析 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix, HDOCK, HDOCK_NT | 蛋白质三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 |
| 16 | 2025-09-23 |
HinZip: Combining Hin Recombinase and FosW to Mimic HD-Zip Plant Proteins
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00386
PMID:40977316
|
研究论文 | 设计了一种名为HinZip的新型DNA结合蛋白，通过融合Hin重组酶和FosW亮氨酸拉链来模拟植物HD-Zip蛋白的功能 | 首次成功将不相关的蛋白模块（Hin重组酶DNA结合域和FosW亮氨酸拉链）整合成功能性"嵌合蛋白"，无需结构指导即可实现特异性DNA结合 | 未提及在真核细胞或动物模型中的验证数据 | 开发能够特异性结合长DNA序列的小型定制化蛋白工具 | 工程化蛋白HinZip及其DNA结合特性 | 合成生物学 | NA | 电泳迁移率变动分析、圆二色谱、动态光散射、细菌单杂交试验 | NA | 蛋白质-DNA相互作用数据 | NA |
| 17 | 2025-09-23 |
Structure-Guided Design of Artificial Transcription Factor for a Progesterone Biosensor
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00488
PMID:40977514
|
研究论文 | 通过结构引导设计人工转录因子构建孕酮生物传感器 | 将真核生物转录因子逆向应用于原核生物系统，并通过MD模拟和连接子优化实现人工转录因子的构象控制 | NA | 开发高灵敏度孕酮生物传感器 | 人工转录因子ProB和合成启动子QT系统 | 合成生物学 | NA | MD模拟、细菌富集策略 | NA | NA | NA |
| 18 | 2025-09-23 |
Neural CRNs: A Natural Implementation of Learning in Chemical Reaction Networks
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00099
PMID:40981009
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研究论文 | 提出一种基于分子浓度连续时间演化的化学实现神经网络计算新框架 | 首次将神经网络计算建模为分子浓度的连续时间演化，实现仅需两个阶段的最小化监督学习流程 | 目前仅通过仿真验证，尚未进行实际生化实验验证 | 开发能够自主学习的分子电路，用于生物工程和合成生物学领域 | 化学反应网络实现的神经网络计算系统 | 机器学习 | NA | 化学动力学计算 | 连续时间神经网络 | 分子浓度数据 | 多种回归和分类任务的仿真验证 |
| 19 | 2025-09-23 |
Bio-Photo Dual Action of Intracellular Radical Polymerization
2025-Sep-21, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c10871
PMID:40977043
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研究论文 | 开发了一种生物标志物和光门控的细胞内自由基聚合策略，用于精确细胞器干预 | 首次实现生物标志物与光照双重控制的细胞内自由基聚合，具有AND门控机制 | NA | 实现细胞内聚合的时空控制，推进治疗发现和合成生物学应用 | 细胞内环境、内质网 | 合成生物学 | NA | 光诱导电子/能量转移-可逆加成-断裂链转移(PET-RAFT)聚合 | NA | NA | NA |
| 20 | 2025-09-23 |
Development of a thermophilic l-arabinose-inducible system in Acetivibrio thermocellus (Clostridium thermocellum)
2025-Sep-19, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2025.09.008
PMID:40976505
|
研究论文 | 本研究为嗜热非模式微生物Acetivibrio thermocellus开发了一种热稳定的L-阿拉伯糖诱导表达系统 | 首次在A. thermocellus中构建了热稳定的L-阿拉伯糖诱导系统，通过启动子工程将诱导倍数从5.4倍提升至175倍且背景泄漏可忽略 | NA | 开发适用于嗜热非模式微生物的诱导型遗传操作系统 | Acetivibrio thermocellus（热纤梭菌）及其遗传调控系统 | 合成生物学 | NA | 启动子工程、条件优化、β-葡萄糖醛酸酶报告系统 | NA | 生物分子数据 | NA |