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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1 | 2025-06-19 |
Construction of a synthetic biology toolkit for the genetic manipulation in the cellulose-producing strain Kosakonia oryzendophytica
2025-Sep, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.05.012
PMID:40529626
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研究论文 | 开发了一个合成生物学工具包,用于对纤维素生产菌株Kosakonia oryzendophytica进行遗传操作 | 构建了一个包含可调表达模块和精确基因组编辑能力的综合工具包,用于重新编程菌株以生产具有定制特性的下一代纤维素基功能材料 | NA | 开发合成生物学平台以工程化高产细菌纤维素合成菌株 | Kosakonia oryzendophytica菌株 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9介导的无疤痕基因组编辑系统 | NA | NA | NA |
2 | 2025-06-19 |
Research progress in high-throughput DNA synthesis and its applications
2025-Jun-18, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00869g
PMID:40530447
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综述 | 本文综述了高通量DNA合成技术的研究进展及其在基因组学和合成生物学等领域的应用 | 系统阐述了高通量DNA合成技术的发展历程,对比分析了各代技术的优缺点,并探讨了其在生命科学和医学等领域的应用潜力 | 现有技术仍面临序列长度短和环境污染等挑战 | 探讨高通量DNA合成技术的发展方向及其应用前景 | 高通量DNA合成技术 | 合成生物学 | NA | 光刻、喷墨、电化学和热控合成技术,以及酶促合成技术 | NA | NA | NA |
3 | 2025-06-19 |
A Tn5 Transposase-Based System for High-Efficiency Genome-Wide Gene Activation in Escherichia coli
2025-Jun-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00170
PMID:40527878
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研究论文 | 开发了一种基于Tn5转座酶的系统,用于在大肠杆菌中高效实现全基因组基因激活 | 利用Tn5转座酶构建了一个高效的基因激活系统,能够实现全基因组范围的基因激活,并成功应用于基因型-表型关联研究和菌株优化 | NA | 开发高效工具以支持细菌工程中的功能基因组学研究 | 大肠杆菌 | 合成生物学 | NA | Tn5转座酶系统 | NA | 基因序列数据 | NA |
4 | 2025-06-19 |
AlphaDesign: a de novo protein design framework based on AlphaFold
2025-Jun-17, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00119-z
PMID:40527958
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research paper | 介绍了一种名为AlphaDesign的从头蛋白质设计框架,结合了AlphaFold和自回归扩散模型,用于快速生成和计算验证具有可控相互作用、构象和寡聚状态的蛋白质 | 结合AlphaFold与自回归扩散模型,无需类别依赖的模型重新训练或微调,即可设计具有特定功能的蛋白质 | 未提及具体的技术限制或实验验证的局限性 | 开发一种通用的从头蛋白质设计框架,用于合成生物学中的蛋白质设计 | 细菌噬菌体防御系统中有毒效应子retrons的抑制剂 | synthetic biology | NA | AlphaFold, autoregressive diffusion models | AlphaFold, autoregressive diffusion models | protein sequences and structures | NA |
5 | 2025-06-19 |
Rosmarinic Acid as Bioactive Compound: Molecular and Physiological Aspects of Biosynthesis with Future Perspectives
2025-06-05, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14110850
PMID:40498026
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综述 | 本文综述了迷迭香酸(RA)的生物合成、分子机制及其生理功能,并探讨了提高其产量的生物技术方法 | 探讨了合成生物学和代谢工程技术在提高迷迭香酸工业产量中的应用 | 未提及具体实验数据或样本量,主要为基础研究和综述 | 研究迷迭香酸的生物合成途径及其生物活性,探索提高其产量的方法 | 迷迭香酸及其在植物中的生物合成 | 植物生物技术 | NA | 植物细胞组织培养、合成生物学、代谢工程 | NA | NA | NA |
6 | 2025-06-19 |
Addressing challenges in microbial manufacturing: Systematic microbial biotechnology
2025-Jun-02, Innovation (Cambridge (Mass.))
DOI:10.1016/j.xinn.2025.100871
PMID:40528882
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研究论文 | 提出了一种系统性微生物生物技术框架,以解决微生物制造中的挑战并优化经济和环境效益 | 提出了一种系统性方法,整合多学科技术,如合成生物学、代谢工程和人工智能,以全面解决微生物制造中的瓶颈问题 | 未提及具体的技术实施细节或实验验证的局限性 | 开发定制化技术框架,优化微生物制造过程的经济和环境效益 | 微生物制造过程中的化学品和材料生产 | 微生物生物技术 | NA | 合成生物学、代谢工程、发酵、分离工程、人工智能 | NA | NA | NA |
7 | 2025-06-19 |
Polymeric Giant Unilamellar Vesicles Support Longevity of Native Nuclei in Protocells
2025-Jun, Small science
IF:11.1Q1
DOI:10.1002/smsc.202400622
PMID:40529862
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research paper | 该研究通过将天然细胞核整合到聚合物巨型单层囊泡(pGUVs)中,创建了一种能够长期保持细胞核功能和完整性的原生细胞模型 | 首次在原生细胞中实现了天然细胞核的长期功能保持,并展示了核输入机制的功能性 | NA | 开发能够维持复杂细胞功能的工程化系统,为研究核过程提供简化但生物学相关的平台 | 天然细胞核和聚合物巨型单层囊泡(pGUVs) | 合成生物学 | NA | 双乳液微流控技术 | NA | NA | NA |
8 | 2025-06-19 |
A synthetic platform for developing recombinant adeno-associated virus type 8 producer cell lines
2025 May-Jun, Biotechnology progress
IF:2.5Q3
DOI:10.1002/btpr.70009
PMID:39968660
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研究论文 | 本研究建立了一个基于合成生物学的平台,用于构建稳定的重组腺相关病毒8型(rAAV8)生产细胞系 | 将原本用于rAAV2的细胞系构建流程扩展到rAAV8,并通过优化包装模块和诱导条件提高了病毒产量 | 初始构建的rAAV8生产细胞系的产量低于传统的三质粒转染方法 | 开发适用于不同AAV血清型的稳定生产细胞系平台 | 重组腺相关病毒8型(rAAV8)生产细胞系 | 基因治疗 | NA | 合成生物学、细胞系构建 | NA | NA | 构建了四个rAAV8生产细胞系VH1-4 |
9 | 2025-06-19 |
"Open science" meets commercial realities: a qualitative study of factors influencing sharing in synthetic biology research in Australia
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1604509
PMID:40529177
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研究论文 | 本文探讨了合成生物学研究中数据和材料的共享行为,以及知识产权法规和商业化需求对其的影响 | 通过社会法律视角分析合成生物学中共享行为的驱动因素和障碍,特别关注学术与商业环境中的双重需求 | 研究仅基于澳大利亚的案例,可能无法完全反映其他地区的实际情况 | 理解合成生物学研究中共享行为的驱动因素和障碍 | 合成生物学家(大学和商业环境)以及商业化专业人士 | 合成生物学 | NA | 定性研究 | NA | 定性数据 | 未明确说明样本数量 |
10 | 2025-06-19 |
Editorial: Immune responses at barrier tissues: insights from synthetic biology in therapeutics, diagnostics, mechanisms, and beyond
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1621688
PMID:40529376
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11 | 2025-06-19 |
A basis set of de novo coiled-coil peptide oligomers for rational protein design and synthetic biology
2012-Jun-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/sb300028q
PMID:23651206
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研究论文 | 本文介绍了一组从头设计的α-螺旋卷曲螺旋肽,用于蛋白质设计和合成生物学 | 提出了一种基于序列到结构关系的设计方法,创建了明确且特征良好的平行二聚体、三聚体和四聚体状态的肽 | 研究中使用的经验规则在设计系统中不适用,需要通过数据库信息重新设计 | 建立一套可用于蛋白质组装和控制的肽组件工具包 | α-螺旋卷曲螺旋肽 | 蛋白质工程 | NA | 圆二色光谱、分析超速离心、X射线晶体学 | NA | 肽序列、晶体结构数据 | NA |
12 | 2025-06-18 |
Investigating the Potential of Division of Labor in Synthetic Bacterial Communities for the Production of Violacein
2025-Jun-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00120
PMID:40525226
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研究论文 | 本研究探讨了在合成细菌群落中分工对紫胶素生产的潜在益处 | 通过将紫胶素生物合成途径分配到两个亚群中,实现了2.5倍的产量提升 | 研究仅基于E. coli的合成群落,未探索其他微生物系统 | 探索分工策略对复杂代谢产物生产效率的提升 | 合成细菌群落和紫胶素生产途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | 使用基于E. coli的合成群落进行实验 |
13 | 2025-06-18 |
'Intelligent' proteins
2025-Jun-14, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05770-1
PMID:40515853
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research paper | 本文提出了一种挑战传统蛋白质分子观点的新理念,认为蛋白质表现出一种基本的‘智能’形式 | 结合整合信息理论(IIT)、网络理论和变构效应,重新定义蛋白质智能,并探讨其信息处理、环境适应和记忆行为 | 将智能概念应用于分子系统存在挑战,且如何设计适应性‘智能’蛋白质仍需解决 | 探索蛋白质的动态和适应性本质,为蛋白质工程、药物设计和合成生物学提供新视角 | 蛋白质分子 | 生物化学 | NA | 整合信息理论(IIT)、网络理论、变构效应分析 | NA | 理论分析 | NA |
14 | 2025-06-18 |
Deciphering and Predicting Thermal and pH Stabilities of Triplex DNA Under Multifactorial Conditions
2025-Jun-11, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202507190
PMID:40498537
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研究论文 | 本文开发了一种高通量5D荧光共振能量转移熔解退火(5DFRETMA)方法,用于研究环境及序列因素如何调控三链DNA的稳定性 | 开发了5DFRETMA方法,首次预测了可变温度和离子环境下的pH稳定性,并揭示了离子强度对三链DNA稳定性的双重影响 | NA | 揭示环境和序列因素如何调控三链DNA的稳定性,并开发预测模型 | 三链DNA | 生物物理学 | NA | 5D荧光共振能量转移熔解退火(5DFRETMA) | 预测模型 | 荧光数据 | 至少414组缓冲条件 |
15 | 2025-06-18 |
Real-Time Fluorescence-Based Method for Dynamic Quantification of Droplet Network Assembly
2025-Jun-10, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.5c02156
PMID:40521463
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research paper | 该研究介绍了一种基于荧光的分子信标方法,用于实时监测液滴组装,提高了合成生物学和中尺度材料应用的精确度 | 与传统成像技术(如显微镜图像的皮尔逊相关性)不同,这种直接方法能够以高灵敏度连续量化动态液滴相互作用 | NA | 提高合成生物学和中尺度材料应用中液滴组装的精确度 | 液滴网络组装 | 合成生物学 | NA | 荧光基分子信标方法 | NA | 荧光信号 | NA |
16 | 2025-06-18 |
Optimizing Plant Alkaloid Biosynthesis under Drought Stress: Regulatory Mechanisms and Biotechnological Strategies
2025-Jun-10, Journal of plant physiology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.jplph.2025.154545
PMID:40523330
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综述 | 本文综述了干旱胁迫下植物生物碱生物合成的调控机制及生物技术优化策略 | 探讨了ABA信号传导和ROS响应等关键通路对生物碱合成的调控作用,并提出了结合遗传工程、合成生物学和AI的优化策略 | 需要平衡植物生长与代谢产物生产的关系,并解决实验室策略在田间应用的可行性问题 | 提高干旱条件下植物生物碱的产量,促进药用植物产业的可持续发展 | 植物生物碱及其生物合成途径 | 植物生物技术 | NA | 遗传工程、合成生物学、AI | NA | NA | NA |
17 | 2025-06-18 |
Robust Synthetic Biology Toolkit to Advance Carboxysome Study and Redesign
2025-Jun-09, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00144
PMID:40488673
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研究论文 | 本研究设计并验证了一个名为pXpressome的质粒工具包,用于稳健表达和纯化功能完整的α-羧基体,以促进其研究和重新设计 | 开发了pXpressome工具包,能够稳健表达并纯化功能完整的α-羧基体,通过突变影响其结构和性能,并观察到比以往系统更均匀的表达和更好的细胞健康 | NA | 促进羧基体的研究和重新设计,以增强碳固定或作为其他纳米封装目标的平台 | α-羧基体 | 合成生物学 | NA | 质粒设计、突变分析、荧光标记 | NA | NA | NA |
18 | 2025-06-18 |
Engineering Nicotinamide Adenine Dinucleotide Oxidase for Regeneration of Oxidized Non-natural Cofactor
2025-May-22, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500254
PMID:40400447
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research paper | 该研究通过改造来自粪肠球菌的NADH氧化酶(EfNOX),使其偏好氧化非天然辅因子NCDH,从而为氧化反应提供NCD | 首次成功改造NADH氧化酶以高效氧化非天然辅因子NCDH,并展示了其在合成生物学中的应用潜力 | 研究仅针对特定酶进行改造,可能不适用于其他酶或系统 | 开发能够氧化非天然辅因子NCDH的工具,以扩展其在氧化代谢反应中的应用 | NADH氧化酶(EfNOX)及其突变体 | 合成生物学 | NA | 酶工程、分子对接分析 | NA | 生化数据 | NA |
19 | 2025-06-18 |
Efficient expression of recombinant proteins in Bacillus subtilis using a rewired gene circuit of quorum sensing
2025 May-Jun, Biotechnology progress
IF:2.5Q3
DOI:10.1002/btpr.70007
PMID:39968680
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研究论文 | 本研究通过重构LuxRI群体感应系统,在枯草芽孢杆菌中实现了细胞密度依赖的重组蛋白高效表达 | 利用来自Aliivibrio fischeri的LuxRI群体感应系统,实现了重组蛋白表达与细胞生长的协调,并通过启动子工程和强终止子的引入显著提高了表达水平 | NA | 开发一种在枯草芽孢杆菌中高效表达重组蛋白的新方法 | 枯草芽孢杆菌和重组蛋白表达系统 | 合成生物学 | NA | 群体感应系统、启动子工程 | NA | NA | 四种突变启动子(P22, P47, P56, P58) |
20 | 2025-06-18 |
A tunable affinity fusion tag for protein self-assembly
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.633037
PMID:39868245
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research paper | 该研究介绍了一种基于可调淀粉样蛋白的基因编码工具,用于精确控制细胞内蛋白质浓度阈值 | 通过系统筛选二肽重复序列,发现聚苏氨酸丙氨酸(poly-TA)因其在任意选定浓度阈值下形成淀粉样蛋白样组装体的独特能力而被选为理想候选物 | 未提及具体局限性 | 研究蛋白质浓度与活性之间的关系,并开发工具以操纵蛋白质溶解度 | 蛋白质浓度阈值及其对细胞功能的影响 | 合成生物学 | NA | 基因编码工具、系统筛选二肽重复序列 | NA | NA | NA |