合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-30	A Decade of SBOL Visual: Growing Adoption of a Diagram Standard for Engineering Biology 2025-Sep-28, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00417 PMID:41016059	观点文章	回顾SBOL Visual标准在过去十年间的发展历程及其在合成生物学领域的应用情况	首次系统总结SBOL Visual标准从2013年推出到3.0版本的演进过程及其在科学出版物中的采用趋势	尚未实现完全合规性和最佳实践的普遍采用，需要进一步努力	分析SBOL Visual标准在合成生物学领域的采用情况和未来发展前景	SBOL Visual标准及其相关可视化工具	合成生物学	NA	可视化标准制定	NA	图表标准	从最初21个图形符号发展为全面的图示语言体系
2	2025-09-30	Unearth hidden terpenoids in plants by genome mining and synthetic biology 2025-Sep-27, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103365 PMID:41016367	综述	本文综述了通过基因组挖掘和合成生物学技术发掘植物中隐藏萜类化合物的方法与应用	整合基因组挖掘与合成生物学技术，系统发现和表征所有主要萜类中的新型支架，显著扩展药物开发的化学空间	NA	探索植物中隐藏萜类化合物的发现与表征方法	植物萜类化合物，包括三萜、二萜、倍半萜和双萜等	合成生物学	NA	基因组挖掘、组合生物合成、可扩展生产系统	NA	基因组数据	NA
3	2025-09-30	Development of an intron-optimized dual base editor enables enhanced echinocandin B tolerance and regulatory circuit optimization in Aspergillus nidulans 2025-Sep-26, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147955 PMID:41016690	研究论文	本研究开发了一种内含子优化的双碱基编辑器，用于提高构巢曲霉对棘白菌素B的耐受性并优化其调控回路	开发了基于真菌内含子的策略解决质粒不稳定性问题，创建了PAM-less SpRY-CABE系统实现高效双碱基编辑	未明确说明实验样本量及系统在其他丝状真菌中的普适性	解决棘白菌素B生产中的调控机制理解不足和产物抑制问题	构巢曲霉及其相关基因(AniJ, aniA, FKS1)	合成生物学	NA	双碱基编辑(CABE)、启动子突变、发酵优化	NA	基因序列、表达数据、代谢产物数据	NA
4	2025-09-30	Edible fungus Fusarium venenatum: advances, challenges, and engineering strategies for future food production 2025-Sep-25, Metabolic engineering IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.ymben.2025.09.009 PMID:41015229	综述	系统总结食用真菌Fusarium venenatum在合成生物学工具开发、底盘工程及应用方面的最新进展	首次系统聚焦该菌株的合成生物学工具开发与底盘工程研究，提出未来食品生物制造的发展策略	未涉及具体实验数据验证，主要基于文献综述和分析	为基于F. venenatum的未来食品生产系统开发提供思路和指导	食用丝状真菌Fusarium venenatum	合成生物学	NA	合成生物学技术、微生物制造	NA	文献资料	NA
5	2025-09-30	Molecular Paleontology Meets Drug Discovery: The Case for De-extinct Antimicrobials 2025-Sep-23, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c05530 PMID:41018632	综述	探讨从灭绝生物中复活分子用于药物发现的研究进展	提出通过古基因组学和古蛋白质学技术复活灭绝生物抗菌分子的创新策略	面临技术挑战和伦理考量	开发新型抗菌剂以应对抗生素耐药性问题	灭绝生物中的生物活性肽、抗生素和其他生物活性剂	合成生物学	细菌感染	高通量DNA测序、质谱分析、计算生物学、古基因组学、古蛋白质学	NA	基因序列、蛋白质序列	多个灭绝生物物种
6	2025-09-30	Advances in Genetic Transformation of Lactic Acid Bacteria: Overcoming Barriers and Enhancing Plasmid Tools 2025-Sep-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26189146 PMID:41009708	综述	本文系统综述了乳酸菌遗传转化的方法进展及质粒工具优化策略	综合比较多种DNA导入方法并强调食品级无标记工程策略	存在菌株间差异性和宿主特异性障碍需要定制化解决方案	提升乳酸菌遗传转化效率并推动其在食品和益生菌生物技术中的应用	乳酸菌及其遗传转化系统	合成生物学	NA	自然转化、电穿孔、接合转移、噬菌体转导、基因枪法	NA	NA	NA
7	2025-09-30	Smart Phages: Leveraging Artificial Intelligence to Tackle Prosthetic Joint Infections 2025-Sep-19, Antibiotics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antibiotics14090949 PMID:41009927	综述	本文探讨如何利用人工智能和机器学习技术改进噬菌体疗法以应对假体关节感染	首次系统提出将AI/ML技术应用于噬菌体疗法开发，通过提升可扩展性、效率和精准度来克服传统噬菌体治疗的障碍	NA	研究人工智能在噬菌体疗法研究、开发和临床应用中的潜在关键应用	噬菌体疗法及其在假体关节感染治疗中的应用	机器学习	假体关节感染	基因组学、合成生物学	机器学习、人工智能	NA	NA
8	2025-09-30	Protein and Peptide in Cancer Research: From Biomarker to Biotherapeutics 2025-Sep-17, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17183031 PMID:41008874	综述	全面概述基于蛋白质和肽的癌症诊断与治疗策略的最新研究进展	系统整合了蛋白质和肽在癌症诊疗中的多重应用，涵盖诊断标志物、治疗策略及新兴技术	肽类存在稳定性差、易被酶降解和递送效率低等局限性	探讨蛋白质和肽在癌症精准诊断与个性化治疗中的应用潜力	癌症相关的蛋白质和肽类生物分子	生物医学	癌症	ELISA、质谱分析、CyTOF、合成生物学、计算设计、组学整合分析	NA	生物分子数据	NA
9	2025-09-30	Beyond Purification: Evolving Roles of Fusion Tags in Biotechnology 2025-Sep-17, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090768 PMID:41020890	综述	本文总结了融合标签在生物技术中的多样化应用及其发展历程	系统阐述了融合标签从传统纯化功能向实时成像、空间定位、靶向递送和蛋白质活性调控等多功能工具的演变	非完全全面的综述，主要提供研究设计指导	帮助研究人员针对特定目标设计合适的标签格式	蛋白质标签和肽标签及其应用方法	生物技术	NA	基因融合技术、pull-down、免疫共沉淀	NA	NA	NA
10	2025-09-30	The Role of AI-Driven De Novo Protein Design in the Exploration of the Protein Functional Universe 2025-Sep-15, Biology DOI:10.3390/biology14091268 PMID:41007412	综述	本文系统综述了人工智能驱动的从头蛋白质设计在探索蛋白质功能宇宙中的作用	通过AI计算框架实现定制化折叠和功能的蛋白质创造，突破自然进化和传统蛋白质工程的限制	存在持续的技术挑战和局限性	探索蛋白质功能宇宙并扩展蛋白质工程的可能性	蛋白质序列、结构和功能	计算生物学	NA	AI驱动的从头蛋白质设计	计算框架	蛋白质序列和结构数据	NA
11	2025-09-30	Engineering Antioxidants with Pharmacological Applications: Biotechnological Perspectives 2025-Sep-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14091110 PMID:41009014	综述	本文综述了生物技术方法在工程化抗氧化剂开发中的最新进展及其药理学应用	系统探讨了利用微生物细胞工厂、酶催化合成、植物细胞培养和代谢工程等生物技术手段生产抗氧化剂的新策略	未提及具体研究方法的局限性	探索生物技术在抗氧化剂开发中的应用前景	酶类抗氧化剂（超氧化物歧化酶、过氧化氢酶、谷胱甘肽过氧化物酶）和非酶类抗氧化分子（类胡萝卜素、多酚、维生素）	生物技术	恶性肿瘤、心血管疾病、神经退行性疾病	微生物发酵、酶催化、植物细胞培养、代谢工程、合成生物学	NA	文献数据	NA
12	2025-09-30	The tae-miR164-TaNAC6A Module from Winter Wheat Could Enhance Cold Tolerance in Transgenic Arabidopsis thaliana 2025-Sep-12, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14182849 PMID:41012001	研究论文	本研究通过转基因拟南芥验证了冬小麦中tae-miR164-TaNAC6A模块在增强植物耐冷性中的生物学功能	首次阐明冬小麦中tae-miR164-TaNAC6A模块的耐冷调控机制，并通过异源表达策略验证其功能	研究主要在模式植物拟南芥中进行异源表达验证，尚未在小麦本物种中直接验证	探究冬小麦非编码RNA与靶基因模块在冷胁迫响应中的分子机制	冬小麦品种东农冬麦1号(Dn1)和转基因拟南芥	植物分子生物学	非疾病研究	转基因技术、基因表达分析、异源表达策略	NA	基因表达数据、生理指标数据	转基因拟南芥株系（包括过表达和STTM株系）及野生型对照
13	2025-09-30	Synthetic Protein-Assisted Co-Assembly of Zeolitic Imidazolate Framework-8 and Novosphingobium capsulatum for Enhanced Saline-Alkali Resistance of Wheat 2025-Sep-09, Molecules (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/molecules30183669 PMID:41011563	研究论文	本研究通过构建ZIF-8@SPBP@betaine纳米载体与益生菌Novosphingobium capsulatum共组装体系，增强小麦对盐碱胁迫的抵抗能力	首次通过合成多糖结合蛋白介导的金属有机框架-益生菌共组装体系，实现了益生菌和抗逆分子在作物根际的高效固持	NA	开发提高作物盐碱胁迫抵抗力的新型纳米生物技术策略	小麦、盐碱土壤、Novosphingobium capsulatum益生菌	合成生物学、纳米技术	作物胁迫	共组装技术、微生物组分析	NA	土壤理化数据、微生物群落数据、植物生理指标	NA
14	2025-09-30	Sustainable Production of Ginsenosides: Advances in Biosynthesis and Metabolic Engineering 2025-Sep-09, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants14182821 PMID:41011973	综述	本文综述了人参皂苷生物合成与代谢工程的最新进展，探讨可持续生产方法	系统整合了人参皂苷生物合成途径、合成生物学方法及工程植物底盘的应用潜力	NA	探讨人参皂苷的可持续生产方法以克服传统栽培的限制	人参皂苷及其生物合成途径	合成生物学	NA	植物细胞培养、组织培养、发根培养、微生物工程、无细胞酶合成	NA	文献综述	NA
15	2025-09-30	Metabolic Engineering of Terpenoid Biosynthesis in Medicinal Plants: From Genomic Insights to Biotechnological Applications 2025-Sep-05, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47090723 PMID:41020846	综述	本文综述了药用植物中萜类化合物生物合成的代谢工程策略及其生物技术应用	提出'从基因组见解到生物技术应用'范式，整合多组学技术和CRISPR工具实现萜类化合物产量的显著提升	面临代谢通量平衡、细胞毒性和规模化经济性等持续挑战	加速萜类化合物生物制造从发现到商业化应用的转化	萜类化合物、药用植物、微生物系统和异源植物宿主	合成生物学	NA	多组学技术(基因组学、转录组学、代谢组学)、CRISPR、酶工程、亚细胞靶向	NA	多组学数据	NA
16	2025-09-30	Review of the Arbitrium (ARM) System: Molecular Mechanisms, Ecological Impacts, and Applications in Phage-Host Communication 2025-Sep-04, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms13092058 PMID:41011390	综述	本文系统综述了噬菌体仲裁（ARM）通讯系统的分子机制、生态影响及其在生物技术中的应用	首次系统整合了ARM系统这一新发现的噬菌体决策机制在分子机制、生态影响和应用前景方面的最新研究进展	ARM系统是相对较新的发现，相关研究仍处于早期阶段，许多机制和应用潜力尚待深入探索	阐明噬菌体仲裁通讯系统的作用机制及其在微生物生态系统中的意义	噬菌体与宿主细菌的相互作用系统	合成生物学	NA	群体感应样肽信号机制	NA	文献资料	NA
17	2025-09-30	Streamline automated biomedical discoveries with agentic bioinformatics 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf505 PMID:41016012	综述	本文探讨了基于大语言模型的智能代理在计算生物学中的应用，介绍了智能生物信息学这一新兴领域的核心原理、方法和应用	提出了智能生物信息学这一新研究范式，通过自主、自适应和智能代理解决复杂生物学挑战	存在伦理、技术和可扩展性方面的挑战	探索智能生物信息学在推动生物医学研究和临床应用方面的潜力	生物数据集和生物医学研究流程	计算生物学	NA	大语言模型、智能代理系统	智能代理	生物数据集	NA
18	2025-09-30	Biofilms Exposed: Innovative Imaging and Therapeutic Platforms for Persistent Infections 2025-Aug-28, Antibiotics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antibiotics14090865 PMID:41009844	综述	本文综述了生物膜在感染性疾病中的耐药机制，并探讨了先进的成像技术、靶向疗法和合成生物学干预策略	整合超分辨率显微镜、AI建模和合成生物学工具，提出从传统抗生素治疗转向精准生物膜管理的新范式	NA	分析生物膜的分子结构复杂性，评估传统诊疗方法的局限性，并提出新型干预策略	临床和工业环境中的生物膜	生物医学工程	感染性疾病	超分辨率显微镜、微流控技术、AI建模、CRISPR-Cas修饰噬菌体、群体感应拮抗剂	AI驱动建模	NA	NA
19	2025-09-30	Untangling the Complexity of Two-Component Signal Transduction in Bacteria 2025-Aug-28, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms13092013 PMID:41011345	综述	本文探讨细菌双组分信号转导系统的非典型结构及其调控机制	系统梳理非典型双组分系统的转录调控多样性、替代性反应调节蛋白活性及磷酸化控制机制	对非典型双组分系统的生理相关性及工程化潜力仍存在知识空白	解析细菌双组分信号转导系统的多样性及其调控机制	细菌双组分信号转导系统	合成生物学	细菌感染	NA	NA	文献数据	NA
20	2025-09-30	Metabolic Engineering of Yeast 2025-05, Annual review of biophysics IF:10.4Q1 DOI:10.1146/annurev-biophys-070924-103134 PMID:39836878	综述	本文综述了酵母代谢工程的最新进展，包括合成生物学工具和数学建模在开发微生物细胞工厂中的应用	强调了合成生物学和代谢模型加速代谢工程设计-构建-测试-学习周期的创新方法	NA	开发能够可持续生产各种化合物的酵母微生物细胞工厂	酵母菌作为平台细胞工厂	合成生物学	NA	代谢工程、合成生物学、数学建模	代谢模型	NA	NA