合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-05-09	dTSR enables efficient improvement of heterologous production of spinosad in Saccharopolyspora erythraea 2025-Sep, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2025.02.003 PMID:40337009	研究论文	本研究开发了一种双重转座和位点特异性重组（dTSR）方法，用于提高多杀菌素在Saccharopolyspora erythraea中的异源生产	开发了dTSR方法，能够高效生成初始异源菌株，并随机整合第二个多杀菌素生物合成基因簇拷贝，显著提高产量	未提及具体的技术或实验限制	提高多杀菌素在稀有放线菌中的异源生产	Saccharopolyspora erythraea和多杀菌素生物合成基因簇	合成生物学	NA	双重转座和位点特异性重组（dTSR）	NA	NA	工程菌株经过两轮TSR育种，最高产量达到137.1 ± 10.9 mg/L
2	2025-05-09	Engineered Bacteria Convert a 3-Bit Binary Code to a 3-Bit Gray Code by Multicellular Artificial-Neural-Network-Type Architecture 2025-May-07, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00145 PMID:40333022	研究论文	利用基因工程细胞构建单层人工神经网络，实现3位二进制码到格雷码的转换	首次使用基因工程细胞构建人工神经网络实现二进制码到格雷码的转换	研究尚处于早期阶段，计算能力和应用范围有限	探索基因工程细胞在神经形态计算中的应用	基因工程细胞构建的人工神经网络	合成生物学	NA	基因工程技术	ANN（人工神经网络）	化学输入信号和荧光蛋白表达	五个工程细胞群体
3	2025-05-09	Biofabrication of microstructured bacterial ecosystems using chaotic bioprinting: advancing in vitro research for microbial engineering 2025-May-07, Biofabrication IF:8.2Q1 DOI:10.1088/1758-5090/add568 PMID:40334674	research paper	该研究利用混沌3D打印技术制造具有多层微结构的水凝胶构建体，以模拟自然微生物生态系统中的空间组织	采用混沌3D打印技术创建微结构化的细菌共培养体系，模拟自然微生物生态系统的部分隔离现象	研究仅使用了三种细菌作为简化模型，可能无法完全代表复杂的人类肠道微生物群	推进微生物工程领域的体外研究，特别是微生物相互作用的理解	由鼠李糖乳杆菌、双歧杆菌和大肠杆菌组成的细菌联合体，作为人类肠道微生物群的简化模型	微生物工程	NA	混沌3D打印、荧光显微镜、菌落计数、定量聚合酶链反应(qPCR)	NA	微生物生长动态数据	三种细菌的共培养体系
4	2025-05-09	Bioremediation of complex organic pollutants by engineered Vibrio natriegens 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08947-7 PMID:40335686	研究论文	本研究利用合成生物学技术改造Vibrio natriegens，使其能够在含盐废水和土壤中生物修复复杂的有机污染物	通过合成生物学方法改造Vibrio natriegens，使其具备在含盐环境中降解多种有机污染物的能力	研究仅针对五种有机污染物进行了测试，未涉及其他可能的污染物	开发一种能够在含盐环境中生物修复复杂有机污染物的微生物方法	工业废水、石油污染和塑料污染	合成生物学	NA	合成生物学、基因组工程	NA	NA	工业废水样品（来自氯碱厂和石油炼油厂）
5	2025-05-09	Molecular circuits for genomic recording of cellular events 2025-May-06, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.04.004 PMID:40335327	review	本文综述了基因组记录领域的最新进展，特别是关于构建分子电路以记录细胞事件的方法	探讨了新兴合成生物学工具在构建多样化传感器和分子电路中的应用，以实现细胞事件的基因组记录	目前直接记录和重建过去细胞事件的方法仍然有限，其揭示细胞命运决定新见解的潜力尚未实现	开发新的传感模块和遗传电路架构，以将过去的细胞状态忠实编码到基因组DNA记录中	细胞事件和细胞状态	合成生物学	NA	CRISPR-based genome editing	NA	genomic DNA	NA
6	2025-05-09	Decoding the Minimal Translation System of the Plasmodium falciparum Apicoplast: Essential tRNA-modifying Enzymes and Their Roles in Organelle Maintenance 2025-May-06, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169156 PMID:40335414	研究论文	本研究通过比较基因组学和蛋白质定位预测工具，鉴定了疟原虫顶质体中16种tRNA修饰酶，并实验验证了其中14种的定位，揭示了顶质体翻译系统依赖于一组集中在反密码子环的最小tRNA修饰	首次系统地鉴定了疟原虫顶质体中tRNA修饰酶的最小集合，并确定了其中6种对寄生虫生存至关重要的酶	研究中两种基因无法被删除，其中一种可能具有顶质体外的必需功能，另一种可能在顶质体中扮演不可或缺的角色	研究疟原虫顶质体中最小翻译系统的tRNA修饰酶及其在细胞器维持中的作用	疟原虫顶质体中的tRNA修饰酶	分子生物学	疟疾	比较基因组学、蛋白质定位预测、基因敲除	NA	基因组数据、蛋白质定位数据	16种预测的tRNA修饰酶，其中14种被实验验证
7	2025-05-09	Elucidation and de novo reconstitution of glyceollin biosynthesis 2025-May-05, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.04.003 PMID:40211535	研究论文	本研究揭示了glyceollins的完整生物合成途径，并通过合成生物学和代谢工程在酵母中实现了其从简单碳源的生产	发现了glyceollins生物合成途径中未表征的还原酶基因和五个P450酶，首次实现了glyceollins在微生物宿主中的从头合成	NA	阐明glyceollins的生物合成途径并实现其可持续生产	大豆中的glyceollins化合物	合成生物学	NA	瞬时表达、体外酶表征、酵母喂养研究	NA	NA	NA
8	2025-05-09	Engineering a newly identified alcohol dehydrogenase from Sphingobium Sp. for efficient utilization of nicotinamide cofactors biomimetics 2025-May-05, Bioresources and bioprocessing IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40643-025-00870-z PMID:40325297	研究论文	本研究鉴定了一种来自Sphingobium sp. SYK-6的醇脱氢酶(SpADH2)，并对其进行了半理性工程改造，以提高其对合成烟酰胺辅因子仿生物(NCBs)的利用效率	首次报道了一种能够利用全合成NCBs的天然ADH，并通过工程改造显著提高了其催化效率和辅因子特异性	NA	开发能够高效利用低成本NCBs的氧化还原酶	来自Sphingobium sp. SYK-6的醇脱氢酶(SpADH2)	合成生物学	NA	半理性工程改造	NA	酶活性数据	野生型SpADH2及其变体(H43L, A290I, H43L/A290I)
9	2025-05-09	Microbiome catalog and dynamics of the Chinese liquor fermentation process 2025-May-05, Bioresource technology IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.biortech.2025.132620 PMID:40334798	研究论文	本研究构建了中国白酒发酵过程中的微生物组目录和动态变化，揭示了发酵食品的独特性和高代谢潜力	建立了迄今为止最大的发酵食品基因资源库MTFGC，发现了20%的新物种和新基因，并验证了BGCs在合成香气相关脂肽lichenysin中的作用	研究仅针对中国白酒发酵过程，可能无法完全代表其他发酵食品的微生物特征	揭示发酵食品中微生物的组成和动态变化，促进传统发酵向精准合成生物学的转变	中国白酒发酵过程中的微生物组	微生物组学	NA	宏基因组组装	NA	宏基因组数据	包含8,379,551个非冗余基因和5,159个宏基因组组装基因组
10	2025-05-09	Rewiring heme biosynthesis for improved pollutant degradation by Shewanella oneidensis 2025-May-03, Environmental research IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.envres.2025.121777 PMID:40324620	研究论文	通过改造希瓦氏菌的血红素生物合成途径，提高其降解污染物的能力	采用模块化合成生物学方法，设计四个功能模块以重定向代谢途径，显著提高血红素水平，从而增强电子传递效率和污染物降解能力	研究仅针对希瓦氏菌，未在其他电活性微生物中验证	解决电活性微生物中细胞外电子传递速率慢的问题，提高生物电化学系统的应用潜力	希瓦氏菌	合成生物学	NA	模块化合成生物学方法	NA	实验数据	NA
11	2025-05-09	Directed evolution of hydroxylase XcP4H for enhanced 5-HTP production in engineered probiotics to treat depression 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142250 PMID:40113000	研究论文	通过定向进化技术增强工程益生菌中羟化酶XcP4H的活性，以促进5-HTP的生产，用于治疗抑郁症	采用基于遗传密码扩展的高通量筛选方法对XcP4H进行定向进化，显著提高了5-HTP的产量，并通过分子动力学模拟揭示了其机制	研究主要在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	解决5-HTP的药代动力学限制，开发一种新型的抑郁症治疗方法	羟化酶XcP4H和工程益生菌Escherichia coli Nissle 1917 (EcN)	合成生物学	抑郁症	定向进化、分子动态模拟、高通量筛选	NA	NA	小鼠模型
12	2025-05-09	Revolutionizing immunotherapy: The next frontier in CAR T-cell engineering 2025-Apr-28, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104751 PMID:40306469	review	本文综述了嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法的发展历程及其在癌症治疗中的应用	探讨了从第一代到第五代CAR T细胞的设计进展及其在增强T细胞激活、持久性和疗效方面的关键改进	在实体瘤治疗中仍面临免疫抑制性肿瘤微环境和抗原异质性的挑战	探索CAR T细胞疗法在癌症治疗中的潜力及其未来发展方向	CAR T细胞疗法及其在癌症治疗中的应用	免疫疗法	癌症	CAR T细胞工程	NA	NA	NA
13	2025-05-09	Machine learning-led semi-automated medium optimization reveals salt as key for flaviolin production in Pseudomonas putida 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08039-2 PMID:40251395	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的半自动化培养基优化方法，用于提高假单胞菌中黄酮醇的产量	提出了一种分子和宿主无关的主动学习过程，通过快速且高度可重复的半自动化流程进行培养基优化	未明确提及具体局限性	通过机器学习和自动化技术优化培养基，提高合成生物学中化学品的产量	假单胞菌KT2440中的黄酮醇生产	合成生物学	NA	机器学习，主动学习，半自动化流程	Explainable Artificial Intelligence	实验数据	三个不同的黄酮醇生产实验
14	2025-05-09	Examining interactions of animal cells with chloroplasts and their light-induced responses in in vitro cell culture systems 2025-04-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151622 PMID:40117974	研究论文	本研究探讨了动物细胞与叶绿体的相互作用及其在体外细胞培养系统中的光诱导反应	首次系统研究了人类宫颈癌细胞和小鼠巨噬细胞与菠菜来源叶绿体的相互作用，并比较了自然含有叶绿体的海蛞蝓细胞的反应	研究仅限于体外实验系统，未涉及体内环境下的细胞-叶绿体相互作用	探索动物细胞与叶绿体的相互作用机制及其光诱导反应	人类宫颈癌HeLa细胞、小鼠巨噬细胞J774.1细胞和Elysia marginata海蛞蝓的分离细胞	合成生物学	宫颈癌	体外细胞培养系统	NA	细胞实验数据	三种细胞类型(HeLa、J774.1和E. marginata细胞)与菠菜叶绿体的共培养系统
15	2025-05-09	A novel NAC36-MYB18-TAT2 model regulates the synthesis of phenolic acid in Salvia miltiorrhiza Bunge 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140987 PMID:39952526	研究论文	本文揭示了丹参中酚酸合成的NAC36-MYB18-TAT2分子模型调控机制	首次报道了SmTAT2在丹参酚酸代谢途径中的生物学功能及调控机制，并揭示了NAC36-MYB18-TAT2分子模型的作用	NA	研究丹参中酚酸合成的分子调控机制	丹参（Salvia miltiorrhiza Bunge）中的酚酸代谢途径	合成生物学	NA	转基因实验（过表达和CRISPR/Cas9）、分子互作技术（酵母单杂交、双荧光素酶报告基因检测和EMSA）	NAC36-MYB18-TAT2分子模型	分子生物学数据	NA
16	2025-05-09	Metabolite-Responsive Control of Transcription by Phase Separation-Based Synthetic Organelles 2025-Mar-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00633 PMID:39954260	research paper	该研究通过基于液-液相分离的合成细胞器，将代谢信号转化为基因转录调控	利用液-液相分离技术构建合成细胞器，实现代谢信号对基因转录的可逆和剂量依赖性调控	研究仅针对丙酮酸代谢信号，未验证其他代谢物的适用性	开发具有生命感知和适应能力的合成生物材料	基于PdhR阻遏蛋白和液-液相分离的合成细胞器系统	synthetic biology	NA	liquid-liquid phase separation, genetic engineering	NA	NA	NA
17	2025-05-09	Advancing cellulose utilization and engineering consolidated bioprocessing yeasts: current state and perspectives 2025-Feb-13, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-025-13426-0 PMID:39939397	综述	本文综述了利用酿酒酵母进行纤维素酶表达的策略，以及通过现代合成生物学工具优化CBP酵母菌株的最新进展	总结了纤维素酶在酵母中表达的策略，并探讨了如何通过现代合成生物学工具优化CBP酵母菌株	目前报道的一步法纤维素底物转化为乙醇的滴度和生产率远低于工业要求	探讨如何通过工程化酵母菌株实现木质纤维素生物质的高效生物转化	酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）	合成生物学	NA	纤维素酶表达系统、合成生物学工具	NA	NA	NA
18	2025-05-09	Analysis of the Alkaline Resistance Mechanism of Halomonas alkalicola CICC 11012 s by Proteomics and Metabolomics 2025-Feb-13, Current microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00284-024-04056-2 PMID:39945829	研究论文	通过蛋白质组学和代谢组学分析嗜碱菌Halomonas alkalicola CICC 11012s的耐碱机制	首次结合蛋白质组学和代谢组学技术研究嗜碱菌的耐碱分子机制，并利用CRISPR技术构建突变体验证tonb基因在耐碱机制中的重要作用	研究仅针对Halomonas alkalicola CICC 11012s菌株，未涉及其他嗜碱菌的比较分析	探索嗜碱菌对碱性胁迫的响应分子机制	嗜碱菌Halomonas alkalicola CICC 11012s及其CRISPR突变体	合成生物学	NA	蛋白质组学, 代谢组学, CRISPR	NA	蛋白质组数据, 代谢组数据	野生型菌株和CRISPR突变体菌株
19	2025-05-09	Oligonucleotide subsets selection by single nucleotide resolution barcode identification 2025-Feb-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56856-0 PMID:39939320	研究论文	介绍了一种利用序列特异性循环核苷酸合成和模板寡核苷酸阻断的寡核苷酸子集选择方法	无需引物进行选择性杂交，能够用少于五个核苷酸的条形码长度编码和选择数百个子集	NA	解决复杂寡核苷酸库中子集选择的问题	寡核苷酸库	合成生物学	NA	序列特异性循环核苷酸合成	NA	NA	NA
20	2025-05-09	A meta-analysis of the gut microbiome in inflammatory bowel disease patients identifies disease-associated small molecules 2025-Feb-12, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2025.01.002 PMID:39947133	meta-analysis	通过对炎症性肠病(IBD)患者肠道微生物组中小分子生物合成基因簇(BGCs)的荟萃分析，发现了与克罗恩病(CD)显著相关的两个梭菌来源的BGCs，并鉴定了六种脂肪酸酰胺作为这些BGCs的产物	首次鉴定了与克罗恩病相关的微生物组来源小分子，并揭示了这些分子通过破坏肠道通透性加剧疾病的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本中的验证仍需进一步研究	探索肠道微生物组在炎症性肠病发病机制中的作用	炎症性肠病患者的肠道微生物组	微生物组学	炎症性肠病	宏基因组测序，合成生物学	NA	宏基因组数据	IBD患者和健康对照的肠道微生物组样本