合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-08	Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites 2025-Sep-07, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054 PMID:40914877	研究论文	提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点	引入双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)，整合DNA序列的多视图表示和多种生物数据源	NA	提高转录因子结合位点预测的准确性，以促进基因调控网络研究和生物医学应用	DNA序列中的转录因子结合位点	自然语言处理	NA	ChIP-seq	多视图深度学习框架，包含BiRC-Mamba和MCRAN模块	DNA序列数据	165个ChIP-seq数据集（验证集）和690个ChIP-seq数据集（扩展测试集）
2	2025-09-08	Heavy metals toxicity in plants: understanding mechanisms and developing coping strategies for remediation: a review 2025-Sep-04, Bioresources and bioprocessing IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s40643-025-00930-4 PMID:40906247	综述	本文综述重金属对植物的毒性机制及基于自然原理的生物修复策略	强调分子生物学和合成生物学在提升生物修复效率方面的最新进展，包括超富集植物和抗金属微生物的基因工程改造	NA	探讨重金属对植物的毒害作用并开发可持续的环境修复方法	植物及微生物系统	环境生物技术	NA	分子生物学、合成生物学、基因工程	NA	文献数据	NA
3	2025-09-08	Integrative Strategies Against Multidrug-Resistant Bacteria: Synthesizing Novel Antimicrobial Frontiers for Global Health 2025-Sep-04, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.108018 PMID:40914328	综述	本文综述了对抗多重耐药菌的综合策略，包括新型抗菌方法及其协同潜力	提出了结合病原体靶向和宿主导向策略的多层次范式，并探讨了CRISPR-Cas系统、纳米技术等前沿技术的应用	存在生产规模化、监管审批、安全性和临床疗效等方面的未解决问题	评估多种治疗方法的协同潜力，总结最新进展，重新思考未来抗菌药物管理	多重耐药细菌及其感染治疗	NA	感染性疾病	抗菌肽、噬菌体疗法、CRISPR-Cas系统、纳米技术、合成生物学	NA	NA	NA
4	2025-09-08	Engineering Motile Coacervate Droplets via Nanomotor Stabilization 2025-Sep-03, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c09366 PMID:40834351	研究论文	通过纳米马达稳定化技术构建可运动的凝聚液滴人工细胞	首次通过金纳米颗粒涂覆的纳米马达与三元聚合物膜协同稳定凝聚相界面，实现光驱运动功能向人工细胞结构的有效传递	NA	解决凝聚基人工细胞运动功能缺失的问题，开发具有可控运动能力的人工细胞平台	凝聚液滴人工细胞系统	合成生物学	NA	纳米马达稳定化技术、表面等离子体热效应	NA	NA	NA
5	2025-09-08	Current advances and emerging prospects of specifically targeted antimicrobial peptides: A comprehensive review 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147037 PMID:40848790	综述	本文全面总结了特异性靶向抗菌肽（STAMPs）的最新进展，包括其结构、活性、设计策略、应用及未来展望	系统归纳了STAMPs的多领域应用潜力，并指出计算机辅助设计与合成生物学将推动其理性开发	NA	综述特异性靶向抗菌肽的设计原理、应用场景与发展挑战	特异性靶向抗菌肽（STAMPs）及其结构域	合成生物学	NA	计算机辅助设计（CAD）、合成生物学技术	NA	NA	NA
6	2025-09-08	Digital switching in a biosensor circuit via programmable timing of gene availability 2014-Dec, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/nchembio.1680 PMID:25306443	研究论文	本研究通过可编程基因可用性时序控制，利用位点特异性重组酶优化合成基因电路的性能	首次使用位点特异性重组酶实现多基因电路中基因可用性的程序化时序控制，显著降低本底泄漏并扩大动态范围	NA	开发通过时序控制提高合成基因电路性能的新方法	内源性microRNA的比例传感器和细胞类型分类	合成生物学	NA	位点特异性重组酶技术，基因电路设计	NA	基因表达数据	NA
7	2025-09-07	Progress on the synthesis of bioengineered heparin as an alternative to animal-derived heparin active pharmaceutical ingredient 2025-Nov-15, Carbohydrate polymers IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.carbpol.2025.124099 PMID:40912801	综述	本文综述了生物工程肝素作为动物源肝素活性药物成分替代品的最新合成进展	通过微生物发酵和酶修饰合成具有更高安全性、均质性和可扩展性的生物工程肝素	仍面临肝素聚糖分子量精确控制、硫酸化模式优化、结构功能等效性验证及工业规模工艺验证等关键挑战	开发生物工程肝素作为动物源肝素的可持续替代品	肝素活性药物成分（API）	合成生物学	心血管疾病	微生物发酵、酶修饰、分析表征	NA	NA	NA
8	2025-09-07	Synthetic approaches to enhance biological carbon capture 2025-Oct, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103350 PMID:40882447	综述	本文探讨通过合成生物学和生物工程方法增强生物碳捕获效率的策略	超越传统CBB循环，提出提供能量支持、构建体内自养合成路径及开发全新碳固定途径的创新方法	NA	提高碳捕获效率、生物质生产力和可持续能源整合	卡尔文-本森-巴沙姆（CBB）循环及相关酶系统	合成生物学	NA	合成生物学框架、生物工程方法	NA	NA	NA
9	2025-09-07	A computational framework for Optimal and Model Predictive Control of stochastic gene regulatory networks 2025-Sep-05, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3598449 PMID:40911462	研究论文	开发了一个用于随机基因调控网络的最优和模型预测控制的计算框架	提供高计算效率、精确控制概率密度函数以微调细胞群体行为，以及鲁棒处理分子噪声	NA	为合成生物学设计能够有效管理分子噪声的细胞功能控制器	随机基因调控网络和细胞群体	计算生物学	NA	偏积分微分方程和伴随优化方法	模型预测控制	NA	NA
10	2025-09-07	Systematic discovery and engineering of synthetic immune receptors in plants 2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adx2508 PMID:40906849	研究论文	本研究通过生物信息学和合成生物学方法，系统发现并设计了植物中的合成免疫受体SCORE，用于感知病原体冷休克蛋白肽	首次在285种植物中鉴定出能识别冷休克蛋白肽的SCORE受体，并通过工程化改造获得能检测多种植物病原体CSP肽的变体	研究主要针对开花植物，对其它植物类群的适用性尚需验证	探索植物免疫受体的多样性并开发工程化免疫受体	植物中的富亮氨酸重复受体样激酶XII亚组(LRR-RLK-XII)	合成生物学	植物病害	生物信息学分析、合成生物学、功能系统基因组学、蛋白质结构预测	NA	基因组数据、蛋白质序列数据	来自285个植物物种的LRR-RLK-XII受体
11	2025-09-07	Bioprinting and synthetic biology approaches to engineer functional endocrine pancreatic constructs 2025-Sep, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.03.005 PMID:40185667	综述	本文探讨了生物打印和合成生物学在构建功能性内分泌胰腺组织中的最新进展与应用潜力	聚焦合成生物学、细胞工程与生物打印技术的融合，为开发先进体外模型和可移植移植物开辟新途径	NA	开发能够模拟器官功能、可能实现胰岛素给药独立性的组织构建体	内分泌胰腺组织构建体	组织工程与再生医学	糖尿病	生物打印、合成生物学、细胞工程	NA	NA	NA
12	2025-09-07	Bottom-up development of lipid-based synthetic cells for practical applications 2025-Sep, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.03.009 PMID:40263003	综述	本文全面回顾了自下而上构建脂质基合成细胞的技术现状及其在药物递送、生物传感等领域的应用潜力	系统整合合成生物学、生物材料和微流体技术的最新进展，突出最具前景的合成细胞构建方法与实际应用方向	未涉及具体实验数据验证，主要基于现有文献进行趋势分析与展望	推动合成细胞从概念验证向实际应用转化	脂质基合成细胞的设计原理与功能实现	合成生物学	NA	微流体技术、自下而上组装	NA	文献综述数据	NA
13	2025-09-07	A discovery platform for identification of host-induced bacterial biosensors from diverse sources 2025-Sep, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00123-3 PMID:40490500	研究论文	开发了一种基于细菌记忆回路的生物传感器筛选平台，用于从多种肠道细菌中识别宿主诱导的生物传感器	利用超变异DNA条形码并行追踪数千个独特克隆，实现了在单次实验中评估约150个推定生物传感器的活性	NA	促进快速生物传感器工程，推进合成生物学工具在复杂环境中的应用开发	肠道细菌来源的传感组件	合成生物学	炎症性疾病	双组分系统识别与克隆流程，超变异DNA条形码标记	NA	体外和体内实验数据	数千个独特克隆（对应约150个推定生物传感器）
14	2025-09-07	The Global Decarbonisation Potential of Synthetic Biology 2025-Sep, Global change biology IF:10.8Q1 DOI:10.1111/gcb.70478 PMID:40905760	研究论文	本文通过自上而下的方法量化了合成生物学技术在长期脱碳方面的潜力	首次系统评估合成生物学在不同领域的脱碳潜力并确定优先级	采用宏观层面分析，缺乏具体技术细节和实证数据支持	评估合成生物学技术对全球脱碳的贡献潜力	合成生物学在农业、工业、运输等领域的应用	合成生物学	NA	自上而下量化方法	NA	宏观环境数据	NA
15	2025-09-07	Construction of complex bacteriogenic protocells from living material assembly 2025-Sep, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01148-6 PMID:40044914	研究论文	提出一种利用原核生物作为构建单元，通过活材料组装策略构建复杂细菌源原细胞的方法	采用空间分隔的细菌菌落作为原位组分库，首次实现具有膜结构、分子拥挤及多功能细胞器的类生命合成细胞	实验周期较长（约27天），且需要微生物学、相分离、生物化学等多领域专业技术	开发高复杂度合成细胞的构建方法以模拟生命系统	细菌源原细胞及其类细胞器结构	合成生物学	NA	相分离微滴技术、分子生物学技术	NA	实验数据	基于双细菌菌落共捕获的单个凝聚微滴体系
16	2025-09-07	Combing Directed Enzyme Evolution with Metabolic Engineering to Develop Efficient Microbial Cell Factories 2025-Aug-28, Chem & bio engineering DOI:10.1021/cbe.5c00002 PMID:40901576	综述	本文综述了将定向酶进化与代谢工程相结合以开发高效微生物细胞工厂的策略与技术	整合数据驱动的定向进化策略（如智能库设计和连续进化）解决传统代谢工程中酶特性优化的瓶颈问题	NA	开发高效微生物细胞工厂以实现可再生原料的可持续化学生产	微生物细胞工厂及其代谢途径	合成生物学	NA	定向进化、蛋白质工程、代谢工程	NA	NA	NA
17	2025-09-07	Multigene engineering in plants: Technologies, applications, and future prospects 2025-Aug-27, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108697 PMID:40882716	综述	本文综述了植物多基因工程的技术、应用及未来前景，重点介绍了合成生物学驱动的DBTL框架	系统总结了多基因工程在合成生物学DBTL框架下的技术整合与优化路径	面临构建稳定性、基因表达协调性和调控可预测性等挑战	促进多基因工程在可持续农业中的应用，以应对生物经济发展需求	植物（作为生物经济中的可再生资源）	合成生物学	NA	多基因工程（包括基因编辑、表达调控等）	计算建模	分子、生化和生理数据	NA
18	2025-09-07	Yeasts in traditional Baijiu fermentation: diversity, functions, microbial interactions and applications 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1652173 PMID:40901081	综述	本文系统总结了传统白酒发酵中酵母的多样性、功能、微生物互作及应用研究进展	整合多组学技术揭示非酿酒酵母功能，提出合成生物学指导菌株开发的新方向	NA	支持高质量和智能化白酒生产	白酒发酵过程中的酵母菌群	微生物组学	NA	高通量测序、宏基因组学、多组学技术	NA	基因组数据、微生物群落数据	涵盖浓香、酱香、清香型白酒及大曲样本
19	2025-09-06	Advances in adaptive laboratory evolution applications for Escherichia coli 2025-Dec, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2025.07.011 PMID:40893470	综述	本文综述了大肠杆菌适应性实验室进化（ALE）应用的最新进展，包括方法原理、实验设计范例及与新兴技术的协同作用	整合高通量组学与分子工具增强基因型-表型关系映射，推动微生物进化与合成生物学交叉应用发展	NA	探讨ALE在大肠杆菌研究中的方法论创新与跨学科应用价值	大肠杆菌（Escherichia coli）作为合成生物学模式生物	合成生物学	NA	下一代测序（NGS）、高通量组学技术	NA	基因组数据、表型数据	NA
20	2025-09-06	Genome-Wide Simplification of the AcMNPV Genome Using Synthetic Biology 2025-Sep-05, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00156 PMID:40910264	研究论文	本研究利用合成生物学方法对AcMNPV病毒基因组进行系统性简化，成功获得功能性的最小化基因组病毒	首次基于'设计-构建-测试-学习'框架系统性地简化AcMNPV基因组，开发了通过共转染线性化基因组片段加速基因组删除迭代评估的新策略	研究主要关注体外BV生产，未验证在更复杂生物环境中的功能性	实现杆状病毒基因组的大规模简化，为开发高容量杆状病毒载体奠定基础	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)病毒基因组	合成生物学	NA	全基因组合成、基因组简化、共转染技术	NA	基因组数据	合成了35个不同大小的简化基因组并测量了相应拯救病毒的滴度