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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-14 |
Structure prediction and engineering of de novo proteins
2026-Jan-01, Biochimica et biophysica acta. Proteins and proteomics
DOI:10.1016/j.bbapap.2025.141100
PMID:40962101
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综述 | 本文综述了从头蛋白质的定义、历史、功能意义和研究方法,涵盖自然进化与人工设计两类,并探讨了该领域当前面临的挑战与未来方向 | 系统比较了自然进化与人工设计两类从头蛋白质的研究范式,强调了两者在生物学发现与工程应用中的融合趋势 | 作为综述文章,未提出新的实验数据或计算模型,主要基于现有文献进行归纳分析 | 梳理从头蛋白质研究领域的发展脉络、方法学及挑战,促进进化生物学与合成生物学的交叉融合 | 自然进化的从头蛋白质(源于非编码DNA)与人工设计的从头蛋白质(通过计算与实验方法从头创建) | 合成生物学 | NA | 计算设计、实验方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术 |
| 2 | 2025-12-14 |
Metabolic Engineering of Acinetobacter baylyi ADP1 for L-Leucine Production
2026-Jan, Journal of basic microbiology
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/jobm.70075
PMID:40745981
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研究论文 | 本文通过代谢工程改造Acinetobacter baylyi ADP1,以提高L-亮氨酸的产量 | 在ADP1中,仅过表达天然野生型leuA和ilvBN基因即可有效驱动L-亮氨酸合成,无需反馈抑制抗性变体,且开发了基于sRNA的系统动态抑制TCA循环基因以平衡细胞生长与产物合成 | ADP1独特的葡萄糖分解代谢网络限制了丙酮酸供应,需补充丙酮酸并减少碳损失以优化生产 | 评估ADP1作为合成生物学底盘在天然产物生物合成中的潜力,并优化L-亮氨酸生产 | Acinetobacter baylyi ADP1菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因过表达、基因敲除、基于sRNA的诱导型调控系统 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Acinetobacter baylyi ADP1 | L-亮氨酸生物合成途径改造、Entner-Doudoroff途径增强、TCA循环动态抑制 | 工业生物技术 |
| 3 | 2025-12-14 |
Advancing Africa's bioeconomy and biosolutions through microbial natural product discovery: unlocking indigenous microbe potential for sustainability
2025-Dec-12, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/mmbr.00174-25
PMID:41384918
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综述 | 本文综述了如何通过发掘非洲本土微生物天然产物来推动非洲生物经济发展和可持续生物解决方案 | 整合了BV-BRC数据库分析与文献证据,首次系统梳理了非洲本土传统模型及新兴非模型细菌底盘资源的基因组分布,并提出了利用本土微生物资源促进可持续创新的路线图 | 调查仅限于BV-BRC数据库的数据,未能涵盖所有非洲微生物资源 | 推动非洲生物经济发展,通过微生物天然产物发现促进医疗、农业和工业生物技术创新 | 非洲本土微生物资源,特别是细菌和病毒生物信息学资源中心(BV-BRC)数据库中的传统模型及新兴非模型细菌底盘 | 工业生物技术 | NA | 基因组测序、功能组学、合成生物学 | NA | 基因组数据、文献数据 | NA | NA | 非洲本土微生物(细菌) | NA | 医疗, 农业, 工业生物技术 |
| 4 | 2025-12-14 |
Over-Expression of a Phycocyanin-Interferon Fusion and Differential Cleaving Efficiency in Cyanobacteria (Synechocystis sp. PCC 6803)
2025-Dec-12, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.70126
PMID:41388596
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研究论文 | 本研究在蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803中稳定过表达藻蓝蛋白-人干扰素α-2融合蛋白,并比较了TEV和HRV蛋白酶在分离干扰素时的切割效率 | 首次在蓝藻中构建藻蓝蛋白-干扰素融合表达系统,并证明HRV蛋白酶在切割效率上优于TEV蛋白酶及其他近期测试的蛋白酶 | NA | 开发蓝藻作为低成本重组蛋白生产平台,优化融合蛋白的切割和分离方法 | 蓝藻Synechocystis sp. PCC 6803作为宿主,表达藻蓝蛋白CpcB β亚基与人干扰素α-2的融合蛋白 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达、融合蛋白构建、蛋白酶切割分析 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | Synechocystis sp. PCC 6803(蓝藻) | 藻蓝蛋白-干扰素融合蛋白,包含TEV或HRV蛋白酶切割位点的合成生物电路 | 工业生物技术 |
| 5 | 2025-12-14 |
Molecular life sciences in the era of the Fourth Industrial Revolution: sequencing, multi-omics and artificial intelligence
2025-Dec-11, Emerging topics in life sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1042/ETLS20253019
PMID:41385245
|
综述 | 本文是一篇小型综述,概述了第四次工业革命背景下人工智能与多组学技术的融合如何推动分子生命科学研究的根本性转变 | 系统阐述了人工智能与低成本高通量测序技术在多组学领域的结合,实现了前所未有的数据分析速度,并预测了该领域未来的研究方向 | NA | 探讨第四次工业革命对分子生命科学研究方法的影响,特别是人工智能与多组学技术的整合 | 分子生命科学领域的研究方法与技术发展 | 机器学习 | NA | 高通量测序、多组学技术 | 人工智能 | 多组学数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 6 | 2025-12-14 |
Bacillus velezensis LoaP promotes antitermination by antagonizing NusA
2025-Dec-10, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.01429-25
PMID:41147751
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研究论文 | 本研究揭示了芽孢杆菌NusG同源蛋白LoaP通过特异性拮抗转录因子NusA来促进转录抗终止的分子机制 | 首次在革兰氏阳性细菌中解析了LoaP类NusG同源蛋白的抗终止复合物机制,证明其仅需拮抗NusA即可发挥作用,无需其他因子,这与已知的RfaH范式显著不同 | 研究主要基于体外重建实验,体内生理环境下的调控网络可能更为复杂 | 探究NusG同源蛋白LoaP在细菌转录抗终止中的分子机制 | Bacillus velezensis LoaP蛋白及其调控的difficidin抗生素合成操纵子 | 分子生物学 | NA | RNA聚合酶纯化、转录因子重建、体外转录分析 | NA | 生化实验数据 | NA | NA | Bacillus velezensis(作为研究对象的来源菌) | NA | 合成生物学、天然产物发现 |
| 7 | 2025-12-14 |
Building an expanded bio-based economy through synthetic biology
2025-Dec-06, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108775
PMID:41360191
|
综述 | 本文探讨了合成生物学在扩展生物基经济中的作用,包括资源利用、生物转化和未来底盘生物的开发 | 系统性地概述了合成生物学在生物基经济中的近期和长期资源、输出分子以及未来底盘生物的需求,并详细分析了微生物和植物合成生物学的进展与挑战 | NA | 探讨合成生物学如何推动生物基经济的发展,包括资源转化和可持续原料的创建 | 生物基经济中的资源、生物转化过程、微生物和植物合成生物学技术 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物 | NA | 能源, 工业生物技术, 环境 |
| 8 | 2025-12-14 |
An Engineered Probiotic Consortium Based on Quorum-Sensing for Colorectal Cancer Immunotherapy
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202512744
PMID:40999885
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研究论文 | 本研究设计了一种基于群体感应的工程化益生菌联合体,用于结直肠癌免疫治疗 | 开发了能够整合多种肿瘤微环境信号并通过正交群体感应系统协调多治疗载荷释放的工程化益生菌联合体 | NA | 开发用于癌症治疗的工程化活体生物治疗产品 | 工程化益生菌联合体及其在结直肠癌免疫治疗中的应用 | 合成生物学 | 结直肠癌 | 合成生物学、群体感应系统 | NA | NA | 使用hPD-L1 MC38肿瘤的人源化PD-1小鼠模型和HT-29肿瘤的人源化外周血单个核细胞小鼠模型 | 合成生物学 | 益生菌 | 正交群体感应系统,能够响应pH值、缺氧和高乳酸水平三种肿瘤微环境参数,控制乳酸消耗酶和PD-L1纳米抗体的释放 | 医学 |
| 9 | 2025-12-14 |
Bacterial Cellulose for Sustainable Food Packaging: Production Pathways, Structural Design, and Functional Modification Strategies
2025-Nov-28, Polymers
IF:4.7Q1
DOI:10.3390/polym17233165
PMID:41374852
|
综述 | 本文综述了细菌纤维素在可持续食品包装领域的生产途径、结构设计及功能改性策略 | 系统总结了通过合成生物学、绿色化学和材料工程等方法对细菌纤维素进行原位和异位功能化的最新进展,以增强其机械、阻隔、抗氧化和抗菌性能 | 细菌纤维素仍面临成本高、发酵周期长以及监管不确定性等挑战 | 探索细菌纤维素作为石油基塑料替代品,在可持续食品包装中的应用潜力 | 细菌纤维素及其复合材料 | 材料工程 | NA | 微生物发酵、合成生物学、绿色化学 | NA | 文献数据 | 基于PubMed、Scopus和Web of Science数据库1960年至2025年11月期间的相关研究 | NA | 醋酸杆菌属及相关属 | NA | 食品包装 |
| 10 | 2025-12-14 |
Cellulase secretion by engineered Pseudomonas putida enables growth on cellulose oligomers
2025-Nov-25, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-025-13617-9
PMID:41291027
|
研究论文 | 本研究通过工程化改造恶臭假单胞菌,使其分泌纤维素酶,从而实现在纤维素寡聚物上的生长 | 首次在恶臭假单胞菌中实现非原生纤维素酶的功能性分泌,并识别出优选的双精氨酸转运酶分泌信号肽 | 研究仅针对纤维素寡聚物(如纤维三糖和纤维四糖),未涉及更复杂的纤维素聚合物 | 工程化恶臭假单胞菌以分泌纤维素酶,用于降解细胞外聚合物,特别是纤维素类底物 | 恶臭假单胞菌及其分泌的纤维素酶(外切和内切纤维素酶) | 合成生物学 | NA | 分子工程、双精氨酸转运酶分泌系统 | NA | 实验数据 | 未明确指定样本数量,涉及工程化恶臭假单胞菌菌株 | 合成生物学平台、双精氨酸转运酶 | 恶臭假单胞菌 | 纤维素酶分泌途径,包括信号肽选择和酶分泌机制 | 工业生物技术、能源 |
| 11 | 2025-12-14 |
Research progress on gut microbiota in colorectal cancer immunotherapy
2025-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189476
PMID:41130540
|
综述 | 本文系统回顾了肠道菌群及其代谢微环境在调节结直肠癌免疫检查点抑制剂疗效中的关键进展 | 总结了特定细菌种类和代谢物如何影响免疫治疗反应,并讨论了基于微生物组的靶向干预策略 | NA | 探讨肠道菌群在结直肠癌免疫治疗中的作用,以优化个性化治疗策略 | 肠道菌群及其代谢物在结直肠癌免疫治疗中的调控机制 | NA | 结直肠癌 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 12 | 2025-12-14 |
Synthetic multicolor antigen-stabilizable nanobody platform for intersectional labelling and functional imaging
2025-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.27.684934
PMID:41278670
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研究论文 | 开发了一套覆盖可见光全谱的抗原稳定化荧光纳米抗体工具包,用于多色标记和功能成像 | 首次构建了覆盖450-660nm全可见光谱的抗原稳定化荧光纳米抗体平台,实现了背景自由的细胞内蛋白可视化、多抗原多色检测及特定细胞群/区室的选择性靶向 | NA | 开发用于蛋白质动态、细胞过程和复杂生物系统精确研究的合成生物学成像平台 | 荧光纳米抗体、细胞内蛋白质、细胞代谢物、小鼠脑组织、斑马鱼胚胎 | 合成生物学 | NA | 荧光蛋白工程、生物传感器构建、功能成像 | NA | 荧光成像数据 | 超过20种荧光蛋白和生物传感器被工程化改造 | 合成生物学方法 | NA | 抗原依赖性荧光激活系统、代谢物生物传感器整合电路 | 医学研究、基础生物学研究 |
| 13 | 2025-12-14 |
Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.11.040
PMID:41377119
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研究论文 | 本研究系统分析了超过22.5万个跨越生命三域及病毒基因组的k-mer频率分布,发现Zipf定律在建模k-mer分布时表现不佳,并提出截断幂律和Zipf-Mandelbrot分布作为更优的替代模型 | 首次在大规模跨物种基因组数据中系统验证Zipf定律的适用性,并提出更优的统计分布模型;开发了基于k-mer分布评估人工基因组生物学合理性的新方法 | 未深入探讨特定生物过程(如选择压力、突变偏好)对k-mer分布的具体影响机制 | 探究DNA k-mer在生命之树中的分布规律及其演化意义 | 225,000+个涵盖生命三域(细菌、古菌、真核生物)及病毒的基因组组装 | 计算生物学 | NA | k-mer频谱分析、统计建模、基因组模拟 | 截断幂律分布、Zipf-Mandelbrot分布、Heaps定律、深度生成语言模型 | 基因组序列数据 | 超过225,000个基因组组装 | NA | NA | NA | 合成生物学、进化序列分析 |
| 14 | 2025-12-14 |
Cyanobacteriochromes: A Rainbow of Photoreceptors
2024-11, Annual review of microbiology
IF:8.5Q1
|
综述 | 本文综述了蓝藻色素(CBCRs)的光谱调谐、光转换和光生物学特性,以及它们在合成生物学中的应用进展 | 探讨了CBCRs从近紫外到近红外的广泛光循环多样性,并分析了其在合成生物学中的新兴应用 | NA | 研究蓝藻色素的光感受机制及其在光生物学和合成生物学中的作用 | 蓝藻色素(CBCRs)蛋白及其相关的光感受和信号转导过程 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 蓝藻 | 光感受器系统,包括光转换和信号输出域(如组氨酸激酶双域)的调控 | 合成生物学 |
| 15 | 2025-12-13 |
Lipid composition effects on the number and size of liposomes formed by the inverted emulsion method
2025-Dec-10, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2025.12.013
PMID:41383017
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研究论文 | 本研究系统探讨了磷脂组成对倒置乳化法制备的脂质体产量和尺寸分布的影响 | 首次系统研究了磷脂组成(特别是电荷和亲水头基大小)对倒置乳化法制备脂质体产量和尺寸的影响,发现带电磷脂可显著提高产量 | 研究主要基于鸡蛋卵磷脂作为基础膜成分,可能未涵盖所有脂质类型;离心力可能掩盖某些脂质效应 | 优化脂质体制备协议以支持最小细胞模型的构建 | 脂质体(特别是巨脂质体)的产量和尺寸分布 | 合成生物学 | NA | 倒置乳化法 | NA | 实验数据 | 使用鸡蛋卵磷脂作为基础成分,并替换以不同电荷和头基大小的磷脂进行测试 | NA | NA | NA | 医学(最小细胞模型构建) |
| 16 | 2025-12-13 |
Abiotic stress-induced circular RNAs: Implications for plant stress tolerance
2025-Dec, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110688
PMID:41172760
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综述 | 本文综述了非生物胁迫诱导的环状RNA在植物胁迫耐受中的作用及其潜在应用 | 系统总结了植物中环状RNA作为竞争性内源RNA通过吸附microRNA调控下游基因表达以响应多种非生物胁迫的机制,并提出了工程化环状RNA作为作物改良的新方向 | 植物中环状RNA作为miRNA海绵的功能研究仍较有限,工程化环状RNA的应用仍处于推测性阶段 | 探讨环状RNA在植物非生物胁迫响应中的作用机制及其在作物抗逆改良中的应用潜力 | 植物(多种作物物种)中的环状RNA | 植物分子生物学 | NA | 测序技术 | NA | RNA序列数据 | NA | 合成生物学方法 | 植物(作物) | 工程化环状RNA设计 | 农业 |
| 17 | 2025-12-13 |
Human Synthetic Biology and Programmable Gene Regulation Control
2025-08, Annual review of genomics and human genetics
IF:7.7Q1
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综述 | 本文回顾了人类合成生物学领域的最新进展,重点关注可编程基因表达控制工具的开发与应用 | 整合了高通量方法,开发了在DNA、RNA和蛋白质水平上模块化调控的多层次基因表达控制工具,并应用于治疗领域 | NA | 探讨人类合成生物学中可编程基因调控控制的发展,以操纵细胞表型和功能 | 人类细胞中的合成基因系统和可编程遗传工具 | 合成生物学 | NA | 高通量合成生物学方法 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 人类细胞 | 合成基因电路、逻辑门、生物传感器 | 医学 |
| 18 | 2025-12-13 |
From pandemics to preparedness: harnessing AI, CRISPR, and synthetic biology to counter biosecurity threats
2025, Frontiers in public health
IF:3.0Q2
DOI:10.3389/fpubh.2025.1711344
PMID:41383331
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综述 | 本文综述了利用人工智能、CRISPR和合成生物学等新兴技术应对生物安全威胁的策略与进展 | 系统整合了AI流行病预测、CRISPR诊断、mRNA疫苗平台、数字流行病学及纳米技术防护装备等多领域前沿技术,提出构建协同防御体系的创新框架 | 未提供具体技术实施方案的定量评估数据,且对伦理法律问题的讨论停留在原则层面 | 探讨如何通过跨学科技术融合提升全球生物安全防御能力 | 生物安全威胁(自然疫情、实验室事故、生物恐怖主义)及其应对技术体系 | NA | NA | 下一代测序(NGS)、CRISPR诊断、mRNA/DNA疫苗平台、单克隆抗体技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 医学 |
| 19 | 2025-12-13 |
In conversation with Nigel Scrutton
2021-03, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.15632
PMID:33373117
|
访谈 | 本文是对分子酶学和生物物理化学专家Nigel Scrutton教授的访谈,探讨了他在酶工程、合成生物学和生物制造领域的贡献及职业发展历程 | NA | NA | 分享酶催化机制基础研究如何推动生物技术和生物制造的关键进展,并探讨学术生涯发展经验 | 酶催化机制、合成生物学应用、生物制造技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 生物技术、生物制造 |
| 20 | 2025-12-13 |
Introduction to the supplement
2015-Jun-08, Vaccine
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.vaccine.2015.02.072
PMID:26022560
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综述 | 本文介绍了2014年7月在意大利锡耶纳举行的“增强疫苗免疫力和价值”研讨会的背景、讨论焦点及汇编内容 | 汇集了利用免疫学、结构生物学、合成生物学和基因组学等前沿技术改进疫苗效能的突破性思路,并探讨了实现新型疫苗潜力的非技术性挑战 | NA | 探讨如何应对未来疾病目标的疫苗研发与实施挑战,提升疫苗对感染性疾病、癌症及慢性病的保护效力 | 疫苗(特别是佐剂)在儿童、成人及老年人群中的应用 | NA | 感染性疾病、癌症、慢性病 | 免疫学、结构生物学、合成生物学、基因组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |