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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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1 | 2025-09-25 |
Bacterial exopolysaccharides and live biotherapeutics: Orchestrating immune modulation and therapeutic potential in the gut microbiome era
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118510
PMID:40902409
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综述 | 探讨肠道微生物胞外多糖的免疫调节功能及其作为活生物治疗剂的治疗潜力 | 系统阐述EPS结构多样性如何通过特定受体介导精准免疫调节,并提出工程化活生物治疗剂的原位生产策略 | 存在结构功能认知缺口及规模化生产挑战 | 解析微生物胞外多糖的免疫调节机制并开发靶向肠道生态系统的免疫疗法 | 肠道共生菌和益生菌产生的免疫调节性胞外多糖 | 微生物免疫学 | 肠道免疫相关疾病 | 合成生物学、理性工程设计 | NA | 文献综述数据 | NA |
2 | 2025-09-25 |
Engineering and Functional Expression of the Type III Secretion System in Xenorhabdus: Enhancing Insecticidal Efficacy and Expanding T3SE Libraries
2025-Sep-24, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c08269
PMID:40928961
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法在昆虫病原线虫共生细菌中重构III型分泌系统,显著提升其杀虫效果 | 首次成功克隆并异源表达完整的32-kb T3SS基因簇,发现新型效应蛋白XopA具有YopJ家族同源性 | 研究主要基于CF-203细胞和鳞翅目昆虫模型,尚未验证在其他生物系统中的普适性 | 通过工程化改造细菌的III型分泌系统来增强生物防治效果 | 昆虫病原线虫共生细菌(Xenorhabdus)及其III型分泌系统 | 合成生物学 | 昆虫病害防治 | Red/ET重组工程技术、基因克隆、异源表达 | NA | 分子生物学实验数据 | 使用CF-203细胞系和鳞翅目昆虫模型进行功能验证 |
3 | 2025-09-25 |
On-Demand Nanoliter Delivering Platform via Electrical-Activated Microdroplet Assembling
2025-Sep-24, Nano letters
IF:9.6Q1
DOI:10.1021/acs.nanolett.5c02928
PMID:40929287
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研究论文 | 介绍一种通过电激活微滴组装实现按需纳升级试剂输送的平台 | 将电传感、触发式液滴融合和被动分选集成在连续流中,实现基于阻抗检测的选择性内容物融合 | NA | 开发高精度纳升级试剂输送平台 | 微滴、细菌样品 | 微流控技术 | NA | 阻抗检测、电聚结融合、流体动力学分选 | NA | 传感器信号、液滴图像 | 每分钟超过6000次处理事件 |
4 | 2025-09-25 |
Expanding the quorum sensing toolbox: Promoter libraries and hybrid promoter for dynamic genetic circuits
2025-Sep-12, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.09.004
PMID:40945582
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研究论文 | 本研究通过构建群体感应启动子库和新型杂交启动子,扩展了合成生物学工具箱,用于设计动态遗传电路 | 创建了新型杂交启动子(需要两种自诱导剂激活)并构建了P(LasI/LasR)和P(EsaI/EsaR)系统的启动子库 | NA | 扩展群体感应工具箱,实现遗传电路的动态调控 | 群体感应系统、遗传电路、启动子工程 | 合成生物学 | NA | 启动子工程、遗传电路设计 | NA | 遗传工程数据 | NA |
5 | 2025-09-25 |
Analysis of Poly-3-Hydroxybutyrate Production with Different Microorganisms Using the Dynamic Simulations for Evaluation of Economic Potential Approach
2025-Jul-08, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c11178
PMID:40657095
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研究论文 | 提出一种名为DySEEP的动态模拟方法,用于评估不同微生物生产PHB生物塑料的经济潜力 | 开发了结合动态通量平衡分析和经济指标的新型评估框架DySEEP,能够系统分析生物产物生产中的经济权衡 | 由于DFBA模拟的性质,无法预测某些关键聚合物特性 | 评估不同微生物生产PHB生物塑料的经济可行性并优化生产工艺 | 重组大肠杆菌、重组谷氨酸棒杆菌和重组罗尔斯通氏菌 | 代谢工程 | NA | 动态通量平衡分析(DFBA)、代谢工程 | 动态模拟模型 | 代谢通量数据、实验数据 | 三种重组微生物的模拟分析 |
6 | 2025-09-25 |
Mathematical models and computational approaches in CAR-T therapeutics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581210
PMID:40821789
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综述 | 探讨数学模型和计算方法在CAR-T细胞疗法中的应用,以提升治疗效果和预测临床结果 | 提出将计算模型与CAR-T疗法设计相结合的综合性框架,解决现有模型的时空分辨率限制 | 主要聚焦理论框架,缺乏具体临床数据验证 | 通过计算模型优化CAR-T细胞疗法的设计和预测治疗效果 | CAR-T细胞动力学、抗原结合机制及临床不良反应 | 计算生物学 | 癌症 | 数学模型、计算方法 | NA | 理论模型数据 | NA |
7 | 2025-09-25 |
Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water
2024-10-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00260
PMID:39312753
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研究论文 | 本研究构建了用于检测油砂工艺影响水中环烷酸的全细胞细菌生物传感器 | 首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸检测的生物传感器,并采用尾矿池分离的细菌作为宿主 | 检测限范围为1.5-15 mg/L,尚未实现超低浓度检测 | 开发替代性环境监测技术用于油砂采矿废水中的环烷酸检测 | 油砂工艺影响水(OSPW)中的环烷酸 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、转录报告基因系统 | 细菌生物传感器 | 生物分子数据 | 多种环烷酸混合物和OSPW样品提取物 |
8 | 2025-09-25 |
Cell Therapy Approaches for Articular Cartilage Regeneration
2023-12-31, Organogenesis
IF:1.6Q4
DOI:10.1080/15476278.2023.2278235
PMID:37963189
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综述 | 本文综述了细胞疗法在关节软骨再生中的应用现状与潜力 | 探讨合成生物学技术结合细胞疗法逆转骨关节炎的创新治疗策略 | NA | 评估细胞疗法对软骨缺损和骨关节炎的治疗潜力 | 关节软骨组织、软骨细胞、干细胞 | 再生医学 | 骨关节炎 | 自体软骨细胞移植、基质自体软骨细胞移植、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA |
9 | 2025-09-25 |
Harnessing synthetic biology for advancing RNA therapeutics and vaccine design
2023-11-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-023-00323-3
PMID:38036580
|
综述 | 探讨合成生物学如何优化RNA疗法和疫苗设计 | 提出通过合成生物学工具增强RNA疫苗抗原、治疗构建体、活性及递送载体的创新方法 | NA | 推动RNA疗法和疫苗设计的下一代技术发展 | RNA疫苗和治疗方法 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
10 | 2025-09-25 |
Design and deep learning of synthetic B-cell-specific promoters
2023-11-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad930
PMID:37889080
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研究论文 | 本研究通过合成生物学与深度学习相结合,设计并分析了B细胞特异性启动子,揭示了其转录调控机制 | 设计了23,640个B细胞特异性启动子,构建了能够直接从序列预测免疫球蛋白V基因启动子转录强度的深度学习模型 | NA | 解析B细胞特异性启动子的转录调控机制,为B细胞工程提供合成元件 | B细胞特异性启动子序列 | 合成生物学 | NA | MPRA(大规模平行报告基因分析)、深度学习 | 深度学习模型 | DNA序列数据 | 23,640个合成的B细胞特异性启动子 |
11 | 2025-09-25 |
Design of a sorbitol-activated nitrogen metabolism-dependent regulatory system for redirection of carbon metabolism flow in Bacillus licheniformis
2023-11-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad859
PMID:37850640
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研究论文 | 开发了一种基于氮代谢信号的重定向碳代谢流的新型调控系统 | 首次利用氮代谢信号构建调控系统,通过改造GlnR转录因子和添加山梨醇响应元件实现碳代谢流重定向 | NA | 提高微生物细胞工厂性能,实现碳代谢流的多维调控 | 地衣芽孢杆菌的代谢通路 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、转录因子工程 | NA | 代谢物检测数据 | NA |
12 | 2025-09-24 |
Integrative strategies against multidrug-resistant bacteria: Synthesizing novel antimicrobial frontiers for global health
2025-Nov, Microbial pathogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.micpath.2025.108018
PMID:40914328
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综述 | 本文综述了针对多重耐药菌的综合性治疗策略,包括新型抗菌方法的研究进展与协同应用前景 | 提出整合病原体靶向和宿主导向策略的多层次范式,探讨CRISPR-Cas系统、纳米技术等前沿技术的协同应用 | 面临生产规模化、监管审批、安全性和临床疗效验证等挑战 | 评估多种治疗方法的协同潜力,为未来抗菌药物管理提供新范式 | 多重耐药细菌及相关的治疗策略 | 传染病学/微生物学 | 细菌感染性疾病 | CRISPR-Cas系统、纳米技术、噬菌体疗法、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA |
13 | 2025-09-24 |
Recent advances in microbially derived chlorinated antiparasitic compounds
2025-Oct, Molecular diversity
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11030-024-11018-0
PMID:39476277
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综述 | 本文系统回顾了1963年至今微生物来源的氯化抗寄生虫化合物的研究进展 | 首次对微生物来源的氯化抗寄生虫化合物进行系统性综述,发现28种具有明确抗寄生虫活性的氯化化合物 | 关于微生物来源抗寄生虫氯化化合物的文献资料有限 | 探讨氯化原子在抗寄生虫药物结构-活性关系中的重要性,开发更安全有效的抗寄生虫分子 | 微生物来源的氯化天然代谢产物(来自PKS、NRPS和PKS-NRPS生物合成途径) | 药物化学 | 寄生虫病 | 文献调研、合成生物学、组合化学、有机合成 | NA | 文献数据 | 28种经确认具有抗寄生虫活性的氯化化合物 |
14 | 2025-09-24 |
Cultivation and sequencing of microbiota members unveil the functional potential of yak gut microbiota
2025-Sep-23, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00367-25
PMID:40815469
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研究论文 | 通过培养和测序牦牛肠道微生物群成员,揭示其功能潜力 | 建立了首个牦牛粪便细菌基因组参考库(YFR),包含548个高质量基因组,其中216株为新分类单元,将反刍动物肠道可培养细菌物种比例提高19.39% | NA | 揭示牦牛肠道微生物群的功能潜力及其在极端环境适应中的作用 | 牦牛肠道微生物群 | 微生物组学 | NA | 好氧/厌氧培养、全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 548个高质量细菌基因组(来自牦牛粪便样本) |
15 | 2025-09-24 |
Microbial mineralization for remediating heavy metal-contaminated groundwater: mechanisms, applications, advances, and perspectives
2025-Sep-23, Environmental geochemistry and health
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10653-025-02753-w
PMID:40986195
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综述 | 本文系统综述了微生物矿化修复重金属污染地下水的机制、应用与前景 | 结合文献计量学与工程案例,阐明碳酸盐/硫化物/磷酸盐矿物形成对重金属固定的驱动机制,提出合成生物学增强菌株耐受性等未来研究方向 | 极端环境下微生物活性受抑制、复杂污染体系处理效率低、矿化产物长期稳定性监测不足 | 探讨微生物矿化技术修复重金属污染地下水的机理与应用策略 | 重金属污染地下水体系中的微生物-矿物相互作用 | 环境微生物工程 | NA | 微生物矿化技术、合成生物学、智能监测系统 | NA | 文献数据、工程案例数据 | NA |
16 | 2025-09-24 |
Programmable DNA Nanocages Enable Adaptive Spatiotemporal Organization of Biomimetic Organelle Networks
2025-Sep-22, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202511909
PMID:40776809
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研究论文 | 提出基于可编程DNA纳米笼的策略构建稳定自适应的仿生细胞器网络 | 利用模块化DNA纳米笼实现人工细胞器的机械强化和动态接触位点重构 | NA | 构建具有自适应反馈调控能力的人工细胞器网络 | 细胞外囊泡仿生系统 | 合成生物学 | NA | 四面体DNA框架、回文杂交链式反应 | NA | NA | NA |
17 | 2025-09-24 |
Computational Pipeline for Targeted Integration and Variable Payload Expression in Bacteriophage Engineering
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00450
PMID:40982657
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研究论文 | 开发了一种结合机器学习工具PhagePromoter的计算辅助工程流程,用于噬菌体基因组中靶向整合遗传有效载荷 | 利用机器学习预测工具识别具有有利表达特征的基因间位点,拓宽了毒性有效载荷的可行插入位点范围 | NA | 增强噬菌体工程化能力以推进个性化噬菌体疗法开发 | 严格裂解性噬菌体K及其基因工程改造 | 合成生物学 | NA | 同源重组、生物发光报告基因、PhagePromoter机器学习预测工具 | 机器学习预测模型 | 基因组数据 | 构建了三种在不同基因组位点携带报告基因的重组噬菌体 |
18 | 2025-09-24 |
Trusted Codon Fingerprint: A Streamlined Platform for Deep and Reversible Bacterial Cell Labeling
2025-Sep-22, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00263
PMID:40983931
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研究论文 | 提出一种名为可信密码子指纹(TCF)的平台,通过同义密码子替换在质粒抗生素抗性基因中嵌入识别信息,实现细菌细胞的深度可逆标记 | 结合抗生素筛选和纠错码的双重机制实现无需验证步骤的细胞标记,采用温敏质粒骨架支持标签的循环写入和擦除 | NA | 开发高效精确的合成生物学细胞标记与识别平台 | 工程化细菌细胞 | 合成生物学 | NA | 长读长测序、密码子替换、温度敏感质粒 | NA | 基因组测序数据 | 数千个克隆 |
19 | 2025-09-24 |
CloneFast: A simple plasmid design and construction guide for labs venturing into synthetic biology
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104025
PMID:40773353
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研究论文 | 介绍一种名为CloneFast的简化质粒设计和构建方法 | 提出包含生物信息学设计、可重复使用的修饰寡核苷酸(CompetePCR)、快速碘介导切割和片段组装的完整流程 | NA | 开发一种高效、易用的质粒构建方法 | 质粒设计和构建技术 | 合成生物学 | NA | CompetePCR、碘介导切割 | NA | NA | NA |
20 | 2025-09-24 |
Protocol for fabricating a reusable plate-well insert with a 3D-printed mounter and hydrogel scaffolds for 3D cell culture and functional assays
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104014
PMID:40782348
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研究论文 | 提出一种用于标准24孔板的可重复使用插入件的制备方案,包含3D打印支架和水凝胶支架用于3D细胞培养研究 | 开发集成3D打印支架与可重复使用水凝胶支架的创新制备流程,优化水凝胶制备和安装流程以减少批次差异 | NA | 建立标准化的3D细胞培养和功能分析实验平台 | 细胞培养插入件和水凝胶支架 | 生物医学工程 | NA | 3D打印、水凝胶合成、冻干保存、qPCR | NA | 实验方案 | NA |