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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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181 | 2025-04-05 |
Sustainable regeneration of 20 aminoacyl-tRNA synthetases in a reconstituted system toward self-synthesizing artificial systems
2025-Apr-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt6269
PMID:40173221
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研究论文 | 研究开发了一种能够持续再生20种氨酰-tRNA合成酶(AARS)的重构系统,为自复制人工系统的实现提供了重要进展 | 通过五种改进方法(序列优化、翻译系统组成优化、特定AARS替换、翻译抑制消除及DNA浓度平衡),实现了20种AARS的可持续再生 | 研究未涉及该重构系统在更复杂环境中的应用效果 | 推动自复制人工系统的实现 | 20种氨酰-tRNA合成酶(AARS) | 合成生物学 | NA | 体外重构系统 | NA | NA | NA |
182 | 2025-04-05 |
Redesigning and rethinking genetic circuits: the potential of transcriptional rewiring in filamentous fungi
2025-Apr-02, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103301
PMID:40179610
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综述 | 本文探讨了丝状真菌中基因调控网络(GRN)操作的分子工具包,重点关注转录重连和启动子工程 | 利用对光和温度等物理线索响应的顺式元件,实现了前所未有的时空精确基因表达控制,并展示了转录重连如何增强纤维素酶生产和揭示复杂电路的设计原则 | 主要关注丝状真菌,对其他真菌种类的应用潜力讨论较少 | 探索丝状真菌中基因调控网络的操纵潜力,特别是在代谢工程和基础研究中的应用 | 丝状真菌,特别是以Neurospora crassa为模型 | 合成生物学 | NA | 转录重连,启动子工程 | NA | NA | NA |
183 | 2025-04-05 |
Unlocking lignin valorization and harnessing lignin-based raw materials for bio-manufacturing
2025-Apr, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2792-x
PMID:39704933
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综述 | 本文全面总结了木质素降解的前沿生物策略、木质素分解酶、代谢途径以及降解菌株或菌群,并批判性地评估了其潜在机制 | 强调了利用数字系统和合成生物学等创新方法来释放木质素衍生原材料的商业潜力,以及人工智能驱动技术在克服当前挑战和推动木质素增值广泛采用中的前景 | 木质素的复杂组成和抗分解性仍然是其定向增值的主要障碍 | 探索木质素增值和利用木质素基原材料进行生物制造的潜力 | 木质素及其衍生物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因工程、人工智能驱动技术 | NA | NA | NA |
184 | 2025-04-05 |
TTLOC: A Tn5 transposase-based approach to localize T-DNA integration sites
2025-Mar-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiaf102
PMID:40131780
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研究论文 | 介绍了一种基于Tn5转座酶的T-DNA整合位点定位方法TTLOC,用于快速、低成本、高通量地检测转基因植物的T-DNA整合位点 | 开发了基于Tn5转座酶的T-DNA整合位点定位新方法TTLOC,相比现有技术更快速、成本更低且通量更高 | 未明确提及方法的局限性 | 开发一种快速、低成本、高通量的T-DNA整合位点检测方法,以促进转基因植物的鉴定和作物育种 | 转基因拟南芥、水稻、大豆、番茄、马铃薯和小麦 | 植物合成生物学 | NA | Tn5转座酶介导的基因组DNA片段化,NGS测序 | NA | 基因组测序数据 | 65个转基因拟南芥株系和多个其他作物转基因株系 |
185 | 2025-04-05 |
DNA Origami - Lipid Membrane Interactions Controlled by Nanoscale Sterics
2024-10, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202404720
PMID:39162223
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研究论文 | 研究DNA纳米结构与脂质膜之间的相互作用,探讨纳米尺度立体效应对其影响 | 首次揭示了DNA纳米结构锚定物的立体环境及局部纳米级双层形态对膜相互作用的影响,并展示了通过非脂化DNA区域实现50和200纳米囊泡尺寸区分的创新方法 | 研究仅针对四种特定立体环境下的DNA纳米结构,可能无法涵盖所有可能的相互作用情况 | 探索DNA纳米结构与脂质膜相互作用的机制,为合成生物学和生物传感应用提供理论基础 | 具有四种不同立体环境膜锚定物的3D DNA纳米结构与不同尺寸膜囊泡的相互作用 | DNA纳米技术 | NA | 3D DNA纳米结构构建技术 | NA | 实验观测数据 | 不同尺寸的膜囊泡(特别展示了50nm和200nm囊泡的区分) |
186 | 2025-04-05 |
Soft Synthetic Cells with Mobile Membrane Ligands for Ex Vivo Expansion of Therapy-Relevant T Cell Phenotypes
2024-09, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202401844
PMID:38751204
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research paper | 该研究介绍了一种基于液-液相分离液滴支撑脂质双层(dsLBs)的新型合成细胞技术,用于体外扩增治疗相关的T细胞表型 | 提出了一种具有可调生物化学和生物物理特性的软合成细胞技术,作为人工抗原呈递细胞(aAPCs),用于体外T细胞扩增,并揭示了横向配体移动性在T细胞激活中的关键作用 | 研究主要基于体外实验,未涉及体内验证 | 开发更接近体内T细胞激活的体外扩增技术,以改善免疫治疗效果 | T细胞,特别是IL-4/IL-10分泌的调节性CD8 T细胞和Her2/CD3双特异性T细胞接合剂介导的T细胞 | 合成生物学 | 免疫相关疾病 | 液-液相分离液滴支撑脂质双层(dsLBs)技术 | NA | 实验数据 | 未明确说明 |
187 | 2025-04-04 |
Engineering Protocell Networks for Prototissue Development
2025-Apr-03, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202500376
PMID:40177794
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review | 探讨将原始细胞组装成原始组织的方法及其在合成生物学和再生医学中的潜在应用 | 综述了多种原始细胞模型的构建方法及其组装成功能化原始组织的化学和物理策略,强调了原始组织在细胞间通讯和集体行为方面的独特性质 | NA | 探索原始细胞网络工程在原始组织发展中的应用 | 原始细胞模型(如脂质囊泡、聚合物囊泡、蛋白质体、无膜凝聚体和乳液滴)及其组装成的原始组织 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
188 | 2025-04-04 |
Synthetic biology routes to new and extinct natural products
2025-Mar-21, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d5cb00047e
PMID:40171247
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research paper | 该论文探讨了通过合成生物学方法生产新型和已灭绝天然产物的途径 | 利用基因敲除和基因交换技术,成功分离出多种新型代谢产物,并优化了生产菌株以提高特定代谢物的产量和稳定性 | 研究主要集中在细菌和真菌的代谢途径,可能不适用于其他生物系统 | 探索和优化天然产物的生物合成途径,以生产新型和改良的代谢产物 | 细菌和真菌的代谢途径及其产物 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、基因交换、异源表达 | NA | 基因组数据、代谢产物数据 | 多种细菌和真菌菌株 |
189 | 2025-04-04 |
Use and dual use of synthetic biology
2025-03-07, Comptes rendus biologies
IF:0.7Q4
DOI:10.5802/crbiol.173
PMID:40052950
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评论 | 探讨合成生物学领域的历史、现状及其潜在的双重用途风险 | 回顾合成生物学的发展历史,指出当前对其新颖性的认知实际上是记忆快速丧失的结果,并强调该领域在病原体重构和功能增益实验中的潜在风险 | 未提出具体的解决方案或政策建议来应对合成生物学的双重用途风险 | 分析合成生物学的历史发展及其潜在的双重用途风险,特别是病原体重构和功能增益实验的危险 | 合成生物学领域,特别是合成DNA和病原体的基因组序列 | 合成生物学 | NA | DNA合成 | NA | 基因组序列数据 | NA |
190 | 2025-04-04 |
Artificial intelligence driven innovations in biochemistry: A review of emerging research frontiers
2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.11537
PMID:39819459
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综述 | 本文综述了人工智能在生物化学领域的应用及其对研究能力的提升 | 探讨了人工智能在生物化学中的新兴研究前沿,包括数据分析和分子建模等 | 面临数据质量、模型可解释性和伦理问题等挑战 | 评估人工智能在生物化学中的应用及其潜力 | 生物化学研究中的复杂数据集、分子相互作用和药物发现 | 生物化学 | NA | 机器学习算法、自然语言处理、基于AI的分子建模 | AlphaFold | 复杂数据集 | NA |
191 | 2025-04-04 |
Polymerase-Based Signal Delay for Temporally Regulating DNA Involved Reactions, Programming Dynamic Molecular Systems, and Biomimetic Sensing
2024-08, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400142
PMID:38676334
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研究论文 | 本研究通过DNA聚合酶(DNAP)的信号延迟技术,实现了对DNA参与反应的时空调控,编程动态分子系统及仿生传感 | 首次通过分子动力学模拟分析和荧光测定表征DNAP的催化活性,并开发了包括引入引物悬垂、使用抑制试剂和改变DNA模板长度等新策略,实现了信号链释放的延迟 | 研究主要局限于体外实验,尚未在活体系统中验证其应用效果 | 探索DNAP催化反应在时空调控DNA参与反应、动态分子信号建立及目标基因多重检测中的应用 | DNA聚合酶(DNAP)及其催化的DNA链置换反应 | 合成生物学 | NA | 分子动力学模拟分析、荧光测定 | NA | 分子信号数据 | NA |
192 | 2025-04-04 |
Synthetic Cells from Droplet-Based Microfluidics for Biosensing and Biomedical Applications
2024-08, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.202400086
PMID:38563581
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综述 | 本文综述了基于液滴微流控技术制备合成细胞的最新研究进展及其在生物传感和生物医学应用中的潜力 | 结合微流控技术与自下而上的合成生物学,实现了从简单结构到更高层次结构的批量合成细胞模型的可重复和可调构建 | 合成细胞研究的挑战和未来发展仍需进一步探讨 | 探讨合成细胞的制备及其在生物传感和生物医学领域的应用 | 合成细胞,包括脂质囊泡(脂质体)、聚合物囊泡(聚合物体)、凝聚微滴和胶体体 | 生物医学工程 | NA | 液滴微流控技术 | NA | NA | NA |
193 | 2025-04-03 |
Phase Separation-Mediated Multienzyme Assembly In Vivo
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c09585
PMID:40107849
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研究论文 | 本研究通过整合相分离蛋白RGGRGG与ReverseTag/ReverseCatcher标记系统,探讨了其在多酶复合物形成中的潜力 | 利用相分离蛋白RGGRGG与ReverseTag/ReverseCatcher系统的结合,实现了多酶复合物的自组装,显著提高了番茄红素的产量 | 研究主要聚焦于番茄红素生物合成途径中的六种酶,其他酶系统的适用性尚未验证 | 探索相分离介导的多酶组装在合成生物学中的应用 | 多酶复合物 | 合成生物学 | NA | 粗粒度模拟、ReverseTag/ReverseCatcher标记系统 | NA | NA | 六种参与番茄红素生物合成的酶 |
194 | 2025-04-03 |
Long-Term Yeast Cultivation Coupled with In Situ Extraction for High Triterpenoid Production
2025-Apr-02, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00273
PMID:40129278
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research paper | 该研究通过结合长期酵母培养与原位提取技术,提高了工程酵母细胞内人参皂苷的生产和输出效率 | 结合长期酵母培养与原位提取技术,显著提高人参皂苷的生产效率,并实现酵母的多次重复利用 | 研究未提及大规模工业化生产中的潜在挑战或成本效益分析 | 提高人参皂苷的生产效率,支持其工业化生产 | 工程酵母细胞内的人参皂苷 | 合成生物学 | NA | 酵母培养与原位提取技术 | NA | NA | 单次摇瓶培养 |
195 | 2025-04-03 |
Establishing a Serine Integrase-Based Genetic Memory System In Vitro
2025-Apr-02, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.28986
PMID:40171936
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研究论文 | 本研究开发了一种基于丝氨酸整合酶的体外遗传记忆系统,用于DNA信息存储和处理 | 利用三种正交丝氨酸整合酶构建模块化、正交且可量化的体外遗传记忆系统,并成功应用于级联生物转化过程 | 研究仅限于体外环境,尚未在活体生物中进行验证 | 开发先进的体外遗传记忆系统以存储和处理遗传信息 | 基于DNA的遗传记忆系统 | 合成生物学 | NA | 丝氨酸整合酶技术 | NA | DNA序列数据 | NA |
196 | 2025-04-03 |
Evolution and Impact of Imine Reductases (IREDs) Research: A Knowledge Mapping Approach
2025-Apr-02, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-025-01421-9
PMID:40172741
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研究论文 | 本研究通过文献计量和知识图谱方法,探索了亚胺还原酶(IREDs)的研究格局和演变 | 首次通过文献计量分析提供了IRED研究的可视化表示,揭示了当前趋势和新兴主题 | 研究仅基于Web of Science Core Collection的数据,可能存在遗漏 | 评估IRED研究的现状和发展趋势,为学者提供研究方向和潜在合作者信息 | 239篇关于IREDs的研究文章和综述 | 生物催化 | NA | 文献计量分析、知识图谱方法(CiteSpace, VOSviewer, Pajek, Scimago Graphica) | NA | 文献数据 | 239篇研究文章和综述(2010-2024年) |
197 | 2025-04-03 |
[Databases, knowledge bases, and large models for biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240653
PMID:40170304
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综述 | 本文综述了生物制造领域中数据库、知识库和大语言模型的最新研究进展 | 探讨了生物制造领域与人工智能、大模型和高性能计算等信息技术融合的发展方向与新兴技术方法 | 未具体说明所涵盖研究的样本量或数据规模 | 为相关领域的科学研究提供指导和启发 | 生物制造领域的信息技术应用 | 生物信息学 | NA | 人工智能、大模型、高性能计算 | 大语言模型 | 生物信息学数据 | NA |
198 | 2025-04-03 |
[Intelligent design of nucleic acid elements in biomanufacturing]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240599
PMID:40170308
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综述 | 本文综述了人工智能在生物制造中核酸元件设计与优化中的应用及其进展 | 总结了AI在生物制造中核酸元件设计方面的最新工具和应用案例 | 生物系统的复杂性及缺乏高度量化的训练数据限制了AI在生物制造中的应用 | 探讨AI如何加速生物制造中核酸元件的设计与优化 | 生物制造中的核酸元件(如启动子、核糖体结合位点、终止子等) | 合成生物学 | NA | 高通量技术 | AI算法 | 序列数据 | NA |
199 | 2025-04-03 |
[Artificial intelligence-assisted design, mining, and modification of CRISPR-Cas systems]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240865
PMID:40170307
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综述 | 本文全面总结了人工智能技术在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用进展 | 人工智能技术,尤其是机器学习,通过分析高通量测序数据,革新了sgRNA设计,提高了编辑效率并高精度预测脱靶效应 | NA | 探讨人工智能在CRISPR-Cas系统设计、挖掘和修饰中的应用 | CRISPR-Cas系统 | 合成生物学 | NA | 高通量测序 | 机器学习 | 测序数据 | NA |
200 | 2025-04-03 |
[Machine learning-aided design of synthetic biological parts and circuits]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240605
PMID:40170311
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review | 本文回顾了机器学习在合成生物学部件和遗传电路设计中的应用,并讨论了当前挑战及未来趋势 | 探讨了机器学习如何从传统试错方法转向标准化、智能化的工程设计,为合成生物学提供创新支持 | 未具体说明机器学习模型在复杂遗传电路设计中的实际效果及数据需求 | 推动合成生物学从经验驱动向智能工程设计的范式转变 | 合成生物学部件(如启动子、RNA调控元件、转录因子)及简单遗传电路 | machine learning | NA | 机器学习算法 | NA | 生物数据 | NA |