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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2026-05-11 |
Plasmid Vectors for in Vivo Selection-Free Use with the Probiotic E. coli Nissle 1917
2021-01-15, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00466
PMID:33301298
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研究论文 | 开发用于益生菌大肠杆菌Nissle 1917的无选择标记体内质粒载体系统 | 将天然质粒pMUT1和pMUT2改造为稳健的工程平台,结合CRISPR-Cas9系统移除天然质粒,实现无抗生素选择下的稳定维持和功能性蛋白分泌 | 未提及 | 开发用于益生菌大肠杆菌Nissle 1917的无选择标记体内质粒载体平台 | 益生菌大肠杆菌Nissle 1917及其天然质粒pMUT1和pMUT2 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | 小鼠胃肠道实验 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 质粒载体含选择标记、荧光标记、温度敏感表达和curli分泌系统 | 医学 |
| 182 | 2026-05-10 |
Prediction of gene expression levels in Saccharomyces cerevisiae based on chromatin accessibility using multiple machine learning models
2026-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 基于染色质可及性使用多种机器学习模型预测酿酒酵母基因表达水平 | 首次使用染色质可及区域的k-mer特征通过监督机器学习模型预测基因表达,并发现与mRNA剪接相关的关键基序 | NA | 从染色质可及区域预测基因表达水平 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)的染色质可及区域和基因表达 | 机器学习 | NA | 机器学习建模、染色质可及性分析 | 监督机器学习模型(Yeast-Gene) | 序列数据(k-mer特征) | NA | NA | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | NA | 合成生物学 |
| 183 | 2026-05-10 |
Amino acids in yeast fermentation: A review of their roles from nutrients to modulators
2026-Jul-02, International journal of food microbiology
IF:5.0Q1
|
综述 | 系统综述了酵母发酵中氨基酸从营养物质到调节因子的多重作用 | 首次全面整合了氨基酸在发酵体系中作为酵母性能关键调节因子的认识,涵盖其来源、摄取机制及对风味代谢和胁迫耐受性的调控作用 | 关于非酵母属酵母和真实发酵环境异质性的研究仍存在显著知识空白 | 系统阐明氨基酸与酵母的互作机制以优化发酵品质和效率 | 酵母发酵系统中的氨基酸及其对酿酒酵母和非酿酒酵母的影响 | 微生物学 | NA | 多组学、合成生物学、生态建模 | NA | 文献数据 | NA | NA | 酿酒酵母、非酵母属酵母 | NA | 食品工业、工业生物技术 |
| 184 | 2026-05-10 |
Bioconversion of carotenoids into high-value crocins using a marine sponge carotenoid cleavage dioxygenase
2026-Jun, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.71118
PMID:41889127
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研究论文 | 研究发现海绵来源的类胡萝卜素裂解双加氧酶(SdCDO)能裂解番茄红素和β-胡萝卜素生成藏花素前体,实现藏花素在番茄果实中的积累 | 首次揭示海洋海绵来源的CCD酶具有意外的酶促可塑性,能够将植物类胡萝卜素代谢重定向至藏花素生物合成途径,而非预期的视黄醇生成 | 未明确探讨SdCDO在天然海绵宿主中的生理功能,且研究仅在单一种植物(番茄)中进行验证 | 探索海洋海绵中类胡萝卜素裂解双加氧酶的功能多样性及其在合成生物学和作物生物强化中的应用潜力 | 海洋海绵Suberites domuncula的类胡萝卜素裂解双加氧酶(SdCDO) | 合成生物学 | NA | 异源表达、代谢组学分析、超微结构分析、转录组学分析 | NA | 代谢物数据、转录组数据 | 大肠杆菌和番茄果实样本 | NA | 大肠杆菌, 番茄 | 藏花素生物合成途径 | 农业, 工业生物技术 |
| 185 | 2026-05-10 |
Sustainable production of natural sweeteners through synthetic biology
2026-May-07, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2026.04.001
PMID:42103513
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综述 | 本文系统总结了利用合成生物学技术生产天然甜味剂的研究进展,涵盖甜蛋白、萜类糖苷、黄酮类等12种代表性甜味剂的代谢途径和微生物合成方法 | 通过分析不同合成方案的优缺点及当前生产核心瓶颈,结合最新研究进展,为天然甜味剂的工业优化和可持续生产提供理论支持和技术参考 | 未对每种甜味剂的具体产业化成本与规模进行详细比较分析,可能缺乏实际应用验证 | 总结合成生物学在天然甜味剂可持续生产中的应用,并为未来工业优化提供指导 | 12种代表性天然甜味剂(包括甜蛋白、萜类糖苷、黄酮类、多元醇和单糖) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、酶工程、微生物细胞工厂构建 | NA | 综述文献数据 | NA | NA | 微生物(如大肠杆菌、酿酒酵母等,具体未明确) | 代谢途径重构(涉及天然甜味剂的生物合成通路) | 食品、医药 |
| 186 | 2026-05-10 |
Profiling Selectivity for the Shigella Virulence Factor OspF
2026-May-05, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.6c00109
PMID:42018782
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研究论文 | 本研究通过合成磷酸肽和化学蛋白质组学方法,探究了志贺氏菌毒力因子OspF的底物选择性,发现其不仅能修饰MAPK家族蛋白,还能作用于多种细胞靶标 | 首次揭示OspF对MAPK家族内部的底物选择性,并发现其修饰范围远超MAPK家族,包括Rab1A和酪蛋白激酶2β等新靶标 | 未完全阐明OspF在志贺氏菌感染中的全部功能角色,需要进一步研究 | 研究志贺氏菌毒力因子OspF的底物选择性及其在宿主细胞中的修饰靶标 | 志贺氏菌分泌的磷酸苏氨酸裂合酶OspF | 微生物学, 化学生物学 | 细菌感染性疾病 | 合成磷酸肽分析, 化学蛋白质组学, 亲核膦化学探针 | NA | 蛋白质组数据 | 细胞裂解液样本和志贺氏菌感染样本 | NA | 志贺氏菌, 宿主细胞(被感染细胞) | NA | 医学, 化学生物学, 合成生物学 |
| 187 | 2026-05-10 |
Probiotics: From natural to artificial
2026-May-04, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2026.108916
PMID:42092720
|
综述 | 系统总结了从天然益生菌到人工益生菌的转变过程及核心技术和应用 | 全面阐述了人工智能、高通量筛选、定向进化、基因工程、无痕基因编辑和原位工程等新技术在构建高性能人工益生菌中的应用 | 讨论了生物安全性评估、监管政策、体内适应性和剂量调控等主要挑战 | 为下一代人工益生菌的研究、临床转化和产业应用提供理论路线图 | 人工益生菌 | 生物工程 | NA | NA | NA | NA | NA | 无痕基因编辑, 原位工程 | NA | NA | 医学, 农业, 环境 |
| 188 | 2026-05-07 |
Followers' Choice: The Trends Transforming Precision Medicine, Synthetic Biology, and Sustainable Microbiology
2026-May, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70370
PMID:42087404
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2026-05-10 |
Combination of adaptive laboratory evolution and metabolic engineering on Vibrio natriegens for efficient production of 3-hydroxypropionic acid from ethanol
2026-Apr-29, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134757
PMID:42067166
|
研究论文 | 结合适应性实验室进化与代谢工程,开发能高效利用乙醇生产3-羟基丙酸的海洋弧菌工程菌株 | 首次将适应性实验室进化与代谢工程相结合,将乙醇耐受性低的海洋弧菌改造成高效生产3-羟基丙酸的工程菌,并优化启动子和添加浅蓝菌素显著提升产量 | 研究主要基于摇瓶和1L生物反应器,未评估大规模工业发酵的稳定性和经济可行性 | 利用乙醇作为非粮碳源,通过工程海洋弧菌高效生产3-羟基丙酸 | 海洋弧菌(Vibrio natriegens)工程菌株 | 合成生物学 | NA | 适应性实验室进化(ALE)、代谢工程 | NA | NA | 3.10 g/L(摇瓶)、9.94 g/L(1L反应器)的3-羟基丙酸产量 | NA | 海洋弧菌(Vibrio natriegens) | 3-羟基丙酸生物合成通路 | 工业生物技术 |
| 190 | 2026-05-10 |
Opportunities for artificial intelligence and synthetic biology in designing living drug delivery systems
2026-Apr-27, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2026.115883
PMID:42055250
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综述 | 探讨人工智能和合成生物学在设计活体药物递送系统中的应用与机遇 | 首次系统阐述人工智能如何助力合成生物学解决活体药物递送系统中受体设计、信号处理和基因回路构建等关键挑战 | 现有传统设计-构建-测试-学习方法在解析受体、信号处理和基因调控元件方面存在困难且通量低 | 综述人工智能和合成生物学在工程化人类细胞和细菌作为活体药物递送载体方面的进展与机遇 | 人类细胞和细菌作为活体药物递送载体 | 机器学习 | NA | 合成生物学 | NA | sequence | NA | NA | 人类细胞, 细菌 | 合成基因回路 | 医学 |
| 191 | 2026-05-10 |
Subcellular localization of enzymes involved in the biosynthesis of digoxin in Digitalis lanata
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1703671
PMID:41884437
|
研究论文 | 本文鉴定了毛地黄中地高辛生物合成三种已知酶的亚细胞定位 | 首次揭示了地高辛生物合成途径中P450酶定位在内质网,而3HSD和P5R2定位在细胞质,并发现毛地黄P450与哺乳动物同源酶(CYP11A1)的线粒体定位不同 | 研究仅限于烟草叶片中的瞬时表达,未在毛地黄原生细胞中验证;仅覆盖三种已知酶,途径的其他未知酶尚未涉及 | 阐明地高辛生物合成途径的空间组织,为合成生物学和代谢工程提供指导 | 毛地黄中地高辛生物合成的三种酶(P450、3HSD、P5R2) | 合成生物学 | 心血管疾病 | 荧光标记与共聚焦显微镜 | NA | 图像 | 烟草叶片中的瞬时表达实验 | NA | 烟草 | 地高辛生物合成途径 | 医药 |
| 192 | 2026-05-10 |
Myxobacteria: Versatile cell factories of novel commercial enzymes for bio-manufacturing
2025-Sep, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108594
PMID:40345460
|
综述 | 综述了粘细菌作为新型商业酶多功能细胞工厂在生物制造中的应用潜力 | 系统总结了粘细菌基因组多样性和裂解酶挖掘的最新进展,强调了粘细菌作为工业细胞工厂的未充分利用潜力 | 基因工程改造困难、生长缓慢、代谢重塑和表达策略限制等挑战尚未解决 | 探讨粘细菌及其酶在农业和工业生物制造中的应用前景 | 粘细菌及其裂解酶 | 机器学习 | NA | NA | NA | 基因组数据 | NA | 合成生物学策略 | 粘细菌 | NA | 农业, 工业生物技术 |
| 193 | 2026-05-10 |
Beyond pigments and perfumes: engineering in the carotenoid and apocarotenoid spectrum, novel enzymes, and synthetic biology strategies
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1716709
PMID:41625067
|
综述 | 探讨类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素代谢途径的工程化策略,涵盖酶工程、合成生物学工具及宿主范围,并展望未来研究方向 | 采用通路模块化视角,系统梳理从前体供应到氧化裂解的每个酶促步骤,重点突出新发现酶变体、诱变研究、融合策略及区室化方法对代谢调控的贡献 | 仅聚焦近期文献,未对工业放大和具体产量指标进行量化比较,缺乏对经济性与规模化瓶颈的深入分析 | 为推进类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素生物合成提供层次化路径理解与工程策略整合 | 类胡萝卜素与脱辅基类胡萝卜素代谢途径中的酶、宿主(植物、真菌、藻类、酵母、细菌)及合成生物学工具 | NA | NA | NGS、RNA-seq、CRISPR-Cas9、Golden Gate Assembly | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Golden Gate Assembly | 植物、真菌、藻类、酵母、细菌 | 类胡萝卜素生物合成通路(前体供应→GGPP→八氢番茄红素→脱饱和/异构化→环化→羟基化→酮基化→环氧化→氧化裂解) | 医学、农业、食品、工业生物技术 |
| 194 | 2026-05-09 |
Engineering Corynebacterium glutamicum as a multifunctional biofactory for living therapeutic materials and controlled ectoine delivery
2026-Aug, Biomaterials advances
IF:5.5Q2
DOI:10.1016/j.bioadv.2026.214847
PMID:41950672
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研究论文 | 将谷氨酸棒杆菌工程化为多功能生物工厂,用于活体治疗材料和受控的依克多因递送 | 首次将谷氨酸棒杆菌作为多功能平台开发用于活体治疗材料,整合了生物感应、报告和依克多因生产功能,并实现了在聚合物基质中的封装与受控释放 | 未明确讨论在体内环境中的长期稳定性和免疫原性等潜在挑战 | 设计和构建工程化谷氨酸棒杆菌,用于活体治疗材料的开发及相关应用 | 谷氨酸棒杆菌菌株及基于聚合物的活体材料(膜-凝胶贴片和核壳水凝胶系统) | 合成生物学 | 炎症及应激相关疾病 | 合成生物学 | NA | 生物传感数据 | NA | 合成生物学 | Corynebacterium glutamicum | 生物传感器、报告系统、依克多因合成通路 | 医学, 环境 |
| 195 | 2026-05-09 |
Elucidating the regulatory role of the Shine-Dalgarno sequence in structural gene expression of the malolactic enzyme operon using a GFP/mCherry model
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-04999-7
PMID:42101569
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研究论文 | 利用GFP/mCherry模型阐明苹果酸乳酸酶操纵子中Shine-Dalgarno序列对结构基因表达的调控作用 | 揭示了翻译偶联系统中Shine-Dalgarno序列通过上游翻译和局部mRNA结构的整合效应实现精细的蛋白质表达调控,发现强SD2序列在偶联系统中具有非线性、架构特异性的抑制效应 | NA | 探究苹果酸乳酸发酵中Oenococcus oeni的翻译后调控机制 | 苹果酸乳酸酶操纵子中的mleA和mleP基因,以及其Shine-Dalgarno序列 | 合成生物学 | NA | 定点突变,16S rRNA杂交能量预测,mRNA二级结构最小自由能计算 | NA | 荧光表达数据(GFP/mCherry比值) | 多个突变体变体 | NA | 大肠杆菌,乳酸乳球菌 | 并行GFP/mCherry报告系统(模拟天然重叠翻译偶联结构和工程化非重叠非偶联结构) | 合成生物学,食品生物技术(葡萄酒酿造) |
| 196 | 2026-05-09 |
Engineering a high-efficiency expression system in Tremella fuciformis using novel promoters and optimized transformation conditions
2026-May-08, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-026-05004-x
PMID:42101779
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研究论文 | 通过鉴定新型内源启动子和优化农杆菌转化方案,开发了银耳中高效表达系统 | 发现了三个强效内源启动子(P4、P5、P7),表达效率较对照高达67.8倍,并优于组成型启动子gpd达1476.74%;通过扫描电镜观察发现棕刚玉处理损伤酵母样细胞表面可提高转化子数量2.25倍 | 未提及系统在复杂代谢工程或大规模生产中的稳定性测试,仅以eGFP报告基因验证表达效率 | 开发银耳中高效表达系统以推动分子育种和合成生物学 | 银耳(Tremella fuciformis)及其酵母样细胞 | 合成生物学 | NA | 农杆菌介导转化、扫描电镜观察 | NA | 基因表达数据 | 涉及三种内源启动子和优化转化条件实验,具体样本数量未明确 | 农杆菌转化系统 | 银耳(Tremella fuciformis) | 高效表达系统(由启动子驱动报告基因eGFP表达) | 农业、工业生物技术 |
| 197 | 2026-05-09 |
Reprogramming probiotic for uric acid modular degradation and hyperuricemia treatment by synthetic biology regulation
2026-May-07, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-026-03022-w
PMID:42098719
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研究论文 | 通过合成生物学调控构建重组益生菌株,实现对尿酸的模块化降解,并用于高尿酸血症治疗 | 创新性地通过调节不同强度的核糖体结合位点实现尿酸降解模块的优化,并过表达尿酸转运蛋白和过氧化氢降解酶以提高降解效率 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化尚需进一步验证 | 开发安全有效的微生物策略用于高尿酸血症治疗 | 工程化大肠杆菌Nissle 1917菌株及其对高尿酸血症小鼠模型的治疗作用 | 机器学 | 高尿酸血症 | 合成生物学 | NA | 基因序列 | 小鼠模型 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌Nissle 1917 | 尿酸降解模块 | 医学 |
| 198 | 2026-05-09 |
In vivo genetic circuit drives systemic PARP1 siRNA assembly into small extracellular vesicles for BRCA2-deficient breast cancer therapy
2026-May-05, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2026.114973
PMID:42097228
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研究论文 | 该研究开发了一种体内遗传电路,通过肝脏产生的小细胞外囊泡系统递送PARP1 siRNA,用于BRCA2缺陷型乳腺癌治疗 | 首次利用合成生物学方法,通过裸DNA质粒遗传电路在肝脏中编程产生并包装PARP1 siRNA进入内源性小细胞外囊泡,实现系统性递送和肿瘤特异性基因沉默 | 尚需进一步评估长期安全性与免疫原性,以及在不同肿瘤模型中的通用性 | 开发一种非病毒、系统性的RNA干扰策略,选择性抑制乳腺癌肿瘤中的PARP1,克服现有PARP抑制剂的局限 | BRCA2缺陷型乳腺癌及其小鼠模型(E0771和HCC1599) | 合成生物学 | 乳腺癌 | RNA干扰,小细胞外囊泡递送 | NA | NA | 两种原位乳腺癌小鼠模型:免疫健全的BRCA2缺陷型E0771模型和免疫缺陷的BRCA2突变异种移植HCC1599模型 | NA | 小鼠(肝脏细胞) | 遗传电路:包含CMV启动子驱动的pre-miR-155骨架中嵌入的PARP1特异性siRNA的裸DNA质粒 | 医学 |
| 199 | 2026-05-09 |
Common γ-chain cytokines in brain tumor immunotherapy: Biological barriers and advances in macromolecular delivery systems
2026-May-04, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152288
PMID:42092664
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综述 | 本文探讨了常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的应用,重点分析了生物屏障及大分子递送系统的进展 | 整合了生物材料技术、免疫工程和合成生物学,提出利用递送平台(如纳米颗粒、外泌体和细胞载体)解决细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的生物屏障和递送挑战,强调了联合免疫治疗以增强抗肿瘤效果 | 文中未具体提及该领域的临床试验结果或长期安全性数据,可能缺乏实证验证 | 分析常见γ链细胞因子在脑肿瘤免疫治疗中的生物屏障,并综述大分子递送系统的进展以提升治疗效果 | 脑肿瘤(特别是胶质瘤)及其免疫微环境中的细胞因子递送系统 | 机器学习 | 脑肿瘤(胶质瘤) | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 200 | 2026-05-09 |
Hybrid AI in synthetic biology: next era in agriculture
2026-May, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.08.011
PMID:40930858
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研究论文 | 文章讨论混合人工智能在合成生物学中应用于农业的潜力 | 提出混合AI能够更有效地处理多组学复杂性,用于工程化气候智能、高产量作物,超越传统数据驱动方法 | 发挥全部潜力需要清晰的流程、精选的数据集和自动化平台 | 探索混合AI在合成生物学中推动农业转型的作用 | 多基因组、多性状、多环境数据以及作物工程 | 机器学习 | NA | NA | 混合AI | 多组学数据 | NA | NA | 作物 | NA | 农业 |