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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2101 | 2024-08-07 |
Rapid screening of engineered microbial therapies in a 3D multicellular model
2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1820824116
PMID:30996123
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研究论文 | 本文介绍了一种细菌-球状体共培养(BSCC)平台,用于在多细胞球状体中同时测试宿主物种、治疗有效载荷和工程细菌的合成基因回路,并在几周的时间尺度上进行长期监测。 | 该平台能够高吞吐量地筛选工程微生物疗法,并动态分析多种微生物物种及其在不同宿主细胞类型中的作用。 | NA | 加速合成生物学在临床应用中的发展,并深入理解疾病部位的宿主-微生物相互作用。 | 工程细菌的宿主物种、治疗有效载荷和合成基因回路。 | 合成生物学 | 炎症、感染、代谢紊乱、癌症 | NA | NA | 多细胞球状体 | 多种微生物物种和宿主细胞类型 |
2102 | 2024-08-07 |
Synthetic biology for the directed evolution of protein biocatalysts: navigating sequence space intelligently
2015-Mar-07, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/c4cs00351a
PMID:25503938
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法进行蛋白质生物催化剂定向进化的策略,重点探讨了如何智能地探索蛋白质序列空间以发现理想的活性和其他特性。 | 结合设计策略和经典定向进化方法,利用合成生物学技术,通过智能地探索蛋白质序列空间,开发新型高效且稳定的生物催化剂。 | 蛋白质的可能序列数量巨大,难以逐一测试,需要有效的方法来高效可靠地导航搜索空间。 | 探讨和开发利用定向进化改善酶特性的方法,特别是在快速时间尺度上超越自然进化的蛋白质改进机会。 | 蛋白质生物催化剂的序列、结构和功能。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | 蛋白质序列 | NA |
2103 | 2024-08-07 |
XPORT ENTRAP: A droplet microfluidic platform for enhanced DNA transfer between microbial species
2024-Jul-25, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2024.02.003
PMID:38408724
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研究论文 | 本文介绍了一种基于液滴微流控平台的DNA增强转移系统(DNA ENTRAP),用于提高微生物间DNA转移的效率 | 利用液滴微流控技术,通过细胞封装的水-油乳液滴作为皮升体积的生物反应器,实现了XPORT介导的遗传转移效率的提升 | NA | 解决合成生物学中DNA高效引入微生物的挑战 | 微生物间的DNA转移效率 | 生物技术 | NA | 液滴微流控技术 | NA | 微生物细胞 | 使用了两种不同的枯草芽孢杆菌(供体和受体) |
2104 | 2024-08-07 |
Multiomics unravels potential molecular switches in the C3 to CAM transition of Mesembryanthemum crystallinum
2024-May-15, Journal of proteomics
IF:2.8Q2
DOI:10.1016/j.jprot.2024.105145
PMID:38431086
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研究论文 | 本研究利用转录组学、蛋白质组学和靶向代谢组学分析了Mesembryanthemum crystallinum从C到CAM光合作用的分子变化 | 发现了新的发现,如转录本的昼夜节律调控比蛋白质更强,氧化磷酸化和肌醇甲基化可能在转变中起重要作用,V型H-ATP酶在质子泵送中的作用,以及蛋白磷酸酶2C在ABA信号通路中的潜在触发作用 | NA | 揭示Mesembryanthemum crystallinum从C到CAM光合作用转变中的潜在分子开关 | Mesembryanthemum crystallinum的分子变化 | NA | NA | 转录组学、蛋白质组学、靶向代谢组学 | NA | 转录组、蛋白质组、代谢组 | NA |
2105 | 2024-08-07 |
Exploring the frontier of rapid prototyping technologies for plant synthetic biology and what could lie beyond
2024-May, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.19650
PMID:38426415
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综述 | 本文综述了近期研究中展示的各种快速原型技术,这些技术克服了植物合成生物学中的一些瓶颈,加速了进展 | 探讨了将不同快速原型技术结合的可能性,以实现植物合成生物学的快速和可扩展部署 | 每种技术都有其局限性,限制了它们的广泛应用 | 实现植物合成生物学的全部潜力,阐明基因型与表型之间的关系,并应用这些见解来工程化性状 | 植物合成生物学中的快速原型技术 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2106 | 2024-08-07 |
Exploiting synthetic biology platforms for enhanced biosynthesis of natural products in Yarrowia lipolytica
2024-May, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2024.130614
PMID:38513925
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综述 | 本文主要回顾了合成生物学技术在Yarrowia lipolytica中的发展,并总结了近期在Y. lipolytica中合成天然产品的研究进展 | 利用合成生物学平台设计、修改甚至从头合成微生物,赋予微生物非自然功能,促进功能产品的开发 | NA | 解决天然产品供应不足的关键问题,如低产量、长生产周期和繁琐的程序 | Yarrowia lipolytica中的合成生物学技术和天然产品合成 | 合成生物学 | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA |
2107 | 2024-08-07 |
Two Cytochrome P450 Enzymes Form the Tricyclic Nested Skeleton of Meroterpenoids by Sequential Oxidative Reactions
2024-Apr-11, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.4c01943
PMID:38602511
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研究论文 | 本文研究了两种细胞色素P450酶在形成三环嵌套骨架过程中的氧化反应作用 | 首次发现并证明了ClaR和ClaT两种酶在clavilactone生物合成中的关键作用,特别是ClaR作为大环酶催化非萜类部分的氧化环化 | NA | 探索并阐明在clavilactone生物合成中形成10/5/3三环嵌套骨架的自然酶机制 | clavilactone的生物合成机制及其在真菌中的基因簇 | NA | NA | 细胞色素P450单加氧酶 | NA | 基因簇 | NA |
2108 | 2024-08-07 |
Enhancing Escherichia coli abiotic stress resistance through ornithine lipid formation
2024-Apr-08, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-024-13130-5
PMID:38587638
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研究论文 | 本研究通过表达合成操纵子olsFC,使不同的大肠杆菌菌株产生未修饰和羟基化的鸟氨酸脂,以增强其对非生物胁迫的抵抗力 | 通过工程化大肠杆菌膜成分,增强其对非生物胁迫的抵抗力,为生物技术和合成生物学应用构建更健壮的主机 | NA | 研究通过鸟氨酸脂的形成增强大肠杆菌对非生物胁迫的抵抗力 | 大肠杆菌菌株 | 生物技术 | NA | NA | NA | 转录组数据 | 不同的大肠杆菌菌株 |
2109 | 2024-08-07 |
Synthetic biology-based bacterial extracellular vesicles displaying BMP-2 and CXCR4 to ameliorate osteoporosis
2024-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12429
PMID:38576241
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法构建了一种重组益生菌,该益生菌能够表达BMP-2和CXCR4并展示在细菌外泌体表面,用于改善骨质疏松症 | 首次利用合成生物学技术,将BMP-2和CXCR4展示在细菌外泌体表面,实现了一步法同时具有骨靶向和骨形成功能 | NA | 开发一种新型的骨质疏松症治疗方法 | 骨质疏松症及其治疗 | 合成生物学 | 骨质疏松症 | 合成生物学 | NA | NA | 使用了卵巢切除(OVX)小鼠模型进行实验 |
2110 | 2024-08-07 |
Characterization of CYP82 genes involved in the biosynthesis of structurally diverse benzylisoquinoline alkaloids in Corydalis yanhusuo
2024-Mar-07, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-023-01397-7
PMID:38453737
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研究论文 | 本研究探讨了CYP82基因在Corydalis yanhusuo中苯并异喹啉生物碱(BIAs)生物合成中的催化功能 | 首次鉴定并表征了Corydalis yanhusuo中的CyCYP82基因,这些基因在BIAs的合成生物学中具有重要作用 | NA | 研究CYP82基因在苯并异喹啉生物碱生物合成中的作用 | Corydalis yanhusuo中的CYP82基因及其在BIAs生物合成中的功能 | 生物化学 | NA | 基因克隆 | NA | 基因序列 | 20个CyCYP82编码基因 |
2111 | 2024-08-07 |
PCR amplification of DNA containing non-standard base pairs by variants of reverse transcriptase from Human Immunodeficiency Virus-1
2004, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkh241
PMID:14757837
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研究论文 | 研究使用人类免疫缺陷病毒1型逆转录酶的变体来合成包含非标准碱基对的双链DNA | 首次通过PCR扩增包含具有替代氢键模式的非标准碱基对的DNA | NA | 探索使用HIV逆转录酶变体合成包含非标准碱基对的双链DNA的能力 | HIV逆转录酶的变体及其合成非标准碱基对的能力 | 生物技术 | NA | PCR | NA | DNA | NA |
2112 | 2024-08-07 |
Engineering transcriptional regulation for cell-based therapies
2024-Apr, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100121
PMID:38340892
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工具,特别是基于跨膜受体的转录调控平台,来开发细胞疗法的当前工程方法 | 探讨了将跨膜受体与转录激活平台结合的潜力,以及如何通过这些技术实现对基因调控的更精确控制 | 尚未完全实现跨膜受体与转录激活平台的全部潜力 | 探索和改进用于细胞疗法的转录调控技术,特别是在响应外部信号方面 | 哺乳动物细胞中的转录调控系统 | 合成生物学 | NA | 转录调控 | NA | NA | NA |
2113 | 2024-08-07 |
Experimental and biophysical modeling of transcription and translation dynamics in bacterial- and mammalian-based cell-free expression systems
2024-Apr, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2022.02.001
PMID:35231628
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研究论文 | 本文开发了一个基于常微分方程(ODE)的生物物理模型,用于模拟细菌和哺乳动物细胞自由表达系统中的转录和翻译动力学 | 首次提出了一种适用于细菌和哺乳动物细胞自由表达系统的计算模型 | NA | 为基因回路定量研究提供一个标准的生物物理模型,以深入理解细胞自由表达系统的基本工作机制 | 细菌和哺乳动物细胞自由表达系统中的转录和翻译动力学 | 合成生物学 | NA | NA | ODE | 实验数据 | 四个基因回路在E. coli和HeLa细胞自由表达系统中的测试 |
2114 | 2024-08-07 |
Recent advances of droplet-based microfluidics for engineering artificial cells
2024-Apr, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2023.05.002
PMID:37245659
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综述 | 本文总结了基于液滴的微流控技术在人工细胞合成方面的最新进展 | 介绍了多种基于液滴的微流控设备类型及其在多隔室囊泡和人工细胞形成中的应用 | 讨论了当前基于液滴的微流控方法在工程人工细胞方面的挑战和未来展望 | 构建具有最少部件和复杂性的活细胞 | 人工细胞的合成及其在基因表达、细胞间通信和机械生物学中的应用 | 微流控技术 | NA | 基于液滴的微流控技术 | NA | NA | NA |
2115 | 2024-08-07 |
TidyTron: Reducing lab waste using validated wash-and-reuse protocols for common plasticware in Opentrons OT-2 lab robots
2024-Apr, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2023.08.007
PMID:37696493
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研究论文 | 本文介绍并验证了TidyTron,一个用于清洁受DNA、E. coli和S. cerevisiae污染的微量移液管尖和微孔板的协议库,旨在通过自动化液体处理机器人实现单次使用塑料的清洁,以提高可持续性和降低生物研究的成本。 | 开发了开源、经过验证的协议,使用低成本实验室机器人进行塑料器皿的有效清洁,促进安全再利用。 | NA | 通过自动化单次使用塑料清洁,提高生物实验室的可持续性和降低成本。 | 微量移液管尖和微孔板,受DNA、E. coli和S. cerevisiae污染。 | 生物技术 | NA | 液体处理机器人 | NA | NA | NA |
2116 | 2024-08-07 |
Employing synthetic biology to expand antibiotic discovery
2024-Apr, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2024.100120
PMID:38340893
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综述 | 本文综述了利用合成生物学在抗生素发现领域的最新进展 | 合成生物学被用作预测和诱导新型天然抗生素的关键策略,通过克隆和突变技术来识别和修改抗生素生物合成基因簇(BGCs),以产生更有效的抗生素 | NA | 探索和改进抗生素的生物合成途径,以对抗抗药性细菌 | 抗生素生物合成基因簇(BGCs)及其相关的非核糖体肽合成酶(NRPS)和聚酮合成酶(PKS)途径 | 合成生物学 | 抗药性细菌感染 | 克隆和突变技术 | NA | 基因序列 | NA |
2117 | 2024-08-07 |
Adhesion of Active Cytoskeletal Vesicles
2018-12-18, Biophysical journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.bpj.2018.10.013
PMID:30455042
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研究论文 | 研究通过合成生物学方法设计了一个最小实验模型,用于理解形状重塑在粘附过程中的作用,特别是通过调整细胞骨架囊泡的大小、体积和细胞骨架收缩性来实现强粘附。 | 首次展示了细胞骨架囊泡在主动重塑肌动蛋白皮质的情况下能够维持与固体基质的强粘附,并揭示了变形性和粘附强度之间的平衡是实现粘附的关键。 | NA | 理解形状重塑在粘附过程中的作用 | 细胞骨架囊泡的粘附机制 | 细胞生物学 | NA | 合成生物学 | NA | 囊泡 | 有限数量的构建块 |
2118 | 2024-08-07 |
Biosafety and biosecurity: treading China's synbio tightrope
2024-Apr, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.10.014
PMID:37957090
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research paper | 本文分析了中国在合成生物学领域如何在促进创新与实施严格监管之间进行复杂平衡 | NA | NA | 探讨如何在中国合成生物学领域增强生物安全和生物安保,以及提升公众信任 | 中国合成生物学领域的创新与监管平衡 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2119 | 2024-08-07 |
Design of a Biohybrid Materials Circuit with Binary Decoder Functionality
2024-Apr, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202308092
PMID:38118057
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研究论文 | 本文设计了一种基于蛋白酶的生物混合材料电路,具有二进制解码功能 | 开发了一组可通过诱导或抑制其生物活性来调控的蛋白酶基生物混合模块,并将其应用于材料中进行信息处理 | NA | 将合成生物学中的计算功能转移到材料系统中,实现高级信息处理电路的实现 | 蛋白酶基生物混合模块及其在材料中的应用 | 生物技术 | NA | 生物工程 | NA | 生物分子 | 2输入/4输出二进制解码器 |
2120 | 2024-08-07 |
Multiplex Functional Characterization of Protein Variant Libraries in Mammalian Cells with Single-Copy Genomic Integration and High-Throughput DNA Sequencing
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_10
PMID:38441763
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研究论文 | 本文开发了一种利用Bxb1噬菌体DNA重组酶在细胞基因组中预设的“着陆垫”位点插入单个无启动子质粒的哺乳动物合成生物学平台,以实现大规模并行遗传分析 | 该平台通过基因组整合的启动子确保每个细胞只表达一个转基因,保持严格的基因型-表型联系,并能对选定的细胞进行测序以赋予每个变体表型评分 | NA | 开发一种新的方法来同时表征编码数千种独特蛋白质变体的库的基因型-表型关系 | 蛋白质变体库在哺乳动物细胞中的功能表征 | 合成生物学 | NA | 高通量DNA测序 | NA | DNA序列 | 数千种独特蛋白质变体 |