合成生物学相关文章
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当前共找到 4980 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2026-05-09 |
Rewiring holobiont systems with synthetic biology
2026-May, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.09.017
PMID:41109795
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综述 | 本文综述了合成生物学如何帮助理解和操控全生物体（宿主及其微生物群组成的复杂群落）中的相互作用 | 提出了de novo全生物设计这一新领域，整合全生物研究与合成生物学，并重点介绍了细菌生物传感器、跨王国通讯工程、表面展示及CRISPR系统等前沿技术 | 未提及具体局限性 | 探索合成生物学在解析和操控全生物体相互作用中的应用，推动生物技术新前沿 | 全生物体（宿主与微生物群）及其相互作用 | 合成生物学 | NA | 细菌生物传感器设计、跨王国通讯工程、表面展示、CRISPR系统 | NA | NA | NA | CRISPR系统 | NA | 细菌生物传感器、跨王国通讯回路 | 生物技术 |
| 202 | 2026-05-09 |
Transforming toxic element remediation: a necessary path for 21st-century food security
2026-May, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2025.10.008
PMID:41139567
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综述论文 | 探讨利用基因编辑、合成生物学和混合技术修复有毒元素污染，以保障21世纪粮食安全 | 提出基因编辑和合成生物学等新兴技术可实现可扩展、永久性的土壤解毒和污染土地恢复，超越传统临时修复方法 | NA | 阐述新兴修复技术在应对全球有毒元素污染和保障粮食安全方面的潜力和必要性 | 有毒元素污染的土壤和农业系统 | 数字病理学 | NA | 基因编辑、合成生物学 | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 植物 | 修复途径、生物传感器 | 农业, 环境 |
| 203 | 2026-05-09 |
Context-aware synthetic promoter design using neural networks enables rewiring of eukaryotic transcriptional networks
2026-Mar-17, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00684-5
PMID:41844670
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研究论文 | 提出一种基于人工神经网络（ANN）的框架，用于酿酒酵母中情境感知的合成启动子设计，实现转录网络的重新编程 | 首次实现启动子与转录因子结合位点的情境感知重组，无需先验实验表征即可实现高达98.4%的抑制率，并成功重编程酵母转录网络 | 未提及模型的可推广性至其他物种或复杂多转录因子系统的验证，且筛选的启动子数量有限 | 开发可扩展的预测方法用于工程化调控序列和重编程转录逻辑 | 酿酒酵母天然启动子与TetR和Mig1转录因子结合位点的兼容性 | 合成生物学 | NA | 人工神经网络（ANN） | ANN | 序列数据 | 共筛选6,011个天然酵母启动子 | 启动子工程 | 酿酒酵母 | 合成启动子-转录因子结合位点重组，葡萄糖依赖性基因调控回路 | 工业生物技术 |
| 204 | 2026-05-09 |
Multichannel genomic recording of biological information with ENGRAM
2026-Feb-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01322-w
PMID:41673323
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protocol | 提供ENGRAM实验的逐步操作协议及数据分析方法，阐述其设计要点、优势与局限，并展示在多路信号记录和高通量CRE筛选中的应用 | ENGRAM利用引物编辑介导的插入记录顺式调控元件活性，支持高多重性（如4碱基对插入可代表多达256种不同CRE），并与DNA Typewriter兼容以捕获信号顺序 | 未明确提及自身局限，但可能包括对分子生物学和细胞培养技能的要求，以及实验周期约5-6周 | 通过ENGRAM实现生物信息的多通道基因组记录，为研究时间动态生物学提供新范式 | 顺式调控元件及其在哺乳动物细胞中的活性 | 合成生物学 | NA | 引物编辑、DNA测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | 引物编辑 | 哺乳动物细胞 | ENGRAM记录电路（增强子介导的多路活动基因组记录） | 分子记录、高通量筛药 |
| 205 | 2026-05-09 |
Leveraging AI for cell biology discovery
2026-01-08, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST20253023
PMID:41502213
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综述 | 本文探讨了人工智能在细胞生物学发现中的应用，涵盖显微镜、成像、药物发现和合成生物学等领域 | 系统总结了AI在单细胞分辨率分析、复杂模式识别和细胞行为预测方面的进展 | 数据质量要求高、模型可解释性不足以及AI工具普及性有限 | 综述AI在细胞生物学中的应用与未来方向 | 细胞生物学数据、显微图像、转录组数据等 | 机器学习和数字病理学交叉领域 | 不适用 | 深度学习、单细胞转录组分析 | CNN | 图像、文本、基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | 医学, 基础研究 |
| 206 | 2026-05-09 |
The renaissance of Salmonella-based cancer therapy: convergence of AI, synthetic circuits, and TME remodeling
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1790215
PMID:42099610
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综述 | 综述沙门氏菌癌症治疗领域的复兴，探讨人工智能、合成电路和肿瘤微环境重塑如何克服历史障碍 | 提出从静态减毒到动态理性设计的转变，强调合成生物学和人工智能工具（如Cello和SHASI-ML）如何使沙门氏菌成为智能微机器人，实现安全递送和精准免疫刺激 | 未明确讨论免疫原性-安全性权衡中仍存在的挑战或大规模临床转化的潜在障碍 | 阐述下一代工程沙门氏菌作为免疫调节因子将冷肿瘤转变为热环境，增强检查点抑制剂和化疗效果的潜力 | 减毒沙门氏菌及其在肿瘤微环境中的工程化应用 | 合成生物学, 人工智能 | 癌症 | 合成生物学, 人工智能 | Cello, SHASI-ML | NA | NA | CRISPR-Cas9, Cello | 沙门氏菌 | 同步裂解系统、缺氧响应逻辑门、代谢通路（如天冬酰胺耗竭） | 医学 |
| 207 | 2026-05-09 |
BPP Bioportide™-mediated (genetic) transformation in cyanobacteria: a rapid and simplified approach for efficient molecular translocation and genome modification
2026, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2026.1812316
PMID:42100039
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研究论文 | 本文系统评估了一种基于蛋白质的DNA递送系统BPP Bioportide™在多种蓝藻菌株中的转化效率，并优化了关键因素 | 首次将BPP Bioportide™蛋白递送系统应用于蓝藻基因工程，实现低DNA输入量（10 ng）下的高效转化，并成功改造了非模式菌株 | DNA摄取窗口较窄，且转化效率受DNA类型、宿主倍性和筛选条件等多因素影响 | 开发一种快速、简化且广谱的蓝藻遗传转化方法 | 蓝藻菌株包括集胞藻PCC 6803、聚球藻PCC 7942和蓝丝藻UTEX 3153 | 合成生物学 | NA | BPP Bioportide™介导的DNA递送、同源重组、菌落PCR | NA | NA | 三种蓝藻菌株 | BPP Bioportide™蛋白递送系统 | 集胞藻PCC 6803, 聚球藻PCC 7942, 蓝丝藻UTEX 3153 | NA | 工业生物技术, 碳中和生物技术 |
| 208 | 2026-05-09 |
Plant microbiome engineering: from inoculation to genome editing
2026, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2026.1781381
PMID:42100688
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综述 | 整合分子遗传学、微生物生态学和系统级微生物组设计，将植物及其微生物组视为可工程化的全生物，并探讨从接种到基因组编辑的微生物组工程策略 | 首次在一个统一的概念框架内整合CRISPR介导的植物-微生物工程、微生物组的生态稳定性以及气候适应性农业应用，并提出AI辅助决策框架和全生物工程化视角 | 生态稳定性、性状权衡、生物安全和监管挑战限制了大规模部署 | 提出一个从经验性接种向预测性、可持续和社会责任性农业生物技术转变的整合框架 | 植物相关微生物组及其与植物的相互作用 | 机器学习, 数字农业 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑, RNA干扰, 合成微生物群落设计, 多组学分析, 机器学习和生态建模 | 机器学习模型, 生态模型 | 多组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, RNA干扰 | 植物, 微生物 | NA | 农业 |
| 209 | 2026-05-09 |
Interchromosomal contacts between regulatory regions trigger stable transgenerational epigenetic inheritance in Drosophila
2025-Feb-20, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.11.021
PMID:39667935
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研究论文 | 本研究揭示了果蝇中调控区域间的染色体间接触如何触发稳定的跨代表观遗传，并鉴定了关键的蛋白因子及其作用机制 | 首次证明染色质接触本身足以建立跨代表观遗传，并阐明了Pleiohomeotic和GAGA因子在招募Polycomb抑制复合体2及介导染色体间接触中的具体作用 | 未在体内直接观察染色体间接触的动态过程，且研究仅限于果蝇模型，其跨代表观遗传机制在哺乳动物中的普适性尚待验证 | 阐明果蝇中Fab-7调控元件半合子状态如何通过染色体间接触触发稳定的跨代表观遗传 | 果蝇（Drosophila）Fab-7调控元件及其同源基因座 | 分子生物学 | NA | 突变分析, 体内合成生物学系统诱导 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 果蝇 | NA | NA |
| 210 | 2026-05-09 |
Multi-modal deep learning enables efficient and accurate annotation of enzymatic active sites
2024-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51511-6
PMID:39187482
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研究论文 | 介绍了一种名为EasIFA的多模态深度学习算法，用于高效准确地注释酶活性位点 | 通过融合蛋白质语言模型和3D结构编码器的潜在酶表示，并使用多模态交叉注意力框架对齐蛋白质信息与酶反应知识，实现速度与精度的双重提升 | 未明确提及，但可能涉及对稀疏高质量数据库的建模能力依赖或泛化性验证不足 | 开发快速准确的酶活性位点注释方法，解决现有算法在速度和精度之间的权衡问题 | 酶的活性位点注释及其在药物发现、疾病研究、酶工程和合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 多模态深度学习模型（包含蛋白质语言模型和3D结构编码器） | 序列和3D结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医药, 工业生物技术 |
| 211 | 2026-05-09 |
Engineering Toehold-Mediated Switches for Native RNA Detection and Regulation in Bacteria
2022-09-30, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2022.167689
PMID:35717997
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综述 | 综述了Toehold介导的RNA开关在细菌中检测和调控天然RNA的应用，重点讨论了设计挑战和未来方向 | 系统总结了十二种最新开发的Toehold开关设计，强调结构预测算法对提升体内功能的重要性 | Toehold开关在跨生物体转移时存在适用性问题，且体内功能受限于当前预测算法的准确性 | 探讨Toehold介导的RNA开关用于细菌中天然RNA检测和调控的挑战与设计考虑 | Toehold介导的RNA开关及其在细菌中的天然RNA检测与调控 | 合成生物学 | NA | RNA开关、链置换 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | Toehold介导的RNA开关（包括传感器、逻辑门等） | 合成生物学、生物传感器 |
| 212 | 2026-05-08 |
Advanced materials for non-alcoholic fatty liver disease and cardiovascular disease comorbidity therapeutics
2026-Oct, Biomaterials
IF:12.8Q1
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综述 | 从材料学视角重新审视非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病，并提出将病理生理学与工程原理相结合的转化设计框架 | 首次以材料为中心框架系统整合非酒精性脂肪性肝病-心血管疾病共病的多条病理轴，并映射到器官选择性及刺激响应性治疗干预，同时提出结合人工智能与合成生物学的闭环系统以实现自适应多器官调控 | 未提供具体实验验证或临床数据，主要基于文献综述和理论框架推导 | 建立面向非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病的先进材料转化设计框架，推动从单器官症状控制向全身代谢重编程的转变 | 非酒精性脂肪性肝病与心血管疾病共病的病理机制及相应治疗材料平台 | 机器学习, 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝病, 心血管疾病 | NA | NA | 文本 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 闭环系统，集成人工智能指导设计与合成生物学电路，用于自适应多器官控制 | 医学 |
| 213 | 2026-05-08 |
Peptide-Ligand Cooperative Interplay Drives Gold Nanoparticle Encapsulation by Protein Cages
2026-May-07, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
DOI:10.1002/smll.73690
PMID:42093323
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研究论文 | 揭示多肽与配体协同作用驱动金纳米颗粒被蛋白质笼包裹的分子机制 | 通过实验与分子动力学模拟相结合，首次揭示了盐浓度、配体和肽段协同控制金纳米颗粒在包裹蛋白笼中包裹的分子尺度自由能景观，阐明了包裹鲁棒性的分子基础 | NA | 理解金纳米颗粒在包裹蛋白笼中包裹的分子机制，指导生物启发纳米笼的理性设计 | 包裹蛋白笼和金纳米颗粒 | 合成生物学、生物催化、治疗递送 | NA | 分子动力学模拟 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、生物催化、治疗递送 |
| 214 | 2026-05-08 |
Engineering an Optogenetic pH-Modulator in Bacteria
2026-May-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202524319
PMID:42095488
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研究论文 | 在细菌中工程化一种光遗传pH调节器，实现细胞外pH的动态可逆切换 | 首次在合成生物学中实现光诱导的微生物pH双向调控系统，结合基因电路、降解标签和环境优化实现长期稳定运行 | 系统在非典型实验室环境中的性能尚需验证，pH调节范围可能受限于细菌代谢特性 | 工程化一种能自动切换细胞外高/低pH状态的微生物系统 | 大肠杆菌工程菌株 | 合成生物学 | NA | 光遗传学调控 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 光诱导启动子控制脲酶表达的基因回路，结合脲酶降解标签 | 工业生物技术, 环境保护 |
| 215 | 2026-05-08 |
A bacterial-derived quorum-sensing platform enables dynamic metabolic control in yeast
2026-May-05, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2026.04.007
PMID:42091429
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研究论文 | 在酿酒酵母中建立基于细菌的群体感应平台，实现对代谢途径的动态调控 | 通过改造非经典的RpaI/RpaR系统，克服了细菌群体感应在真核生物中功能化的代谢障碍，构建了低泄漏、高灵敏度、宽动态范围的工程回路，并结合CRISPR干扰模块实现了自主转录激活和抑制的双功能级联系统 | 未明确说明局限性 | 在真核微生物中建立功能性细菌群体感应系统，用于动态代谢调控以优化微生物生产 | 酿酒酵母中的代谢途径和生产菌株 | 合成生物学 | NA | 群体感应系统、CRISPR干扰 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酿酒酵母 | 群体感应回路、双功能级联系统（包含信号放大和CRISPR干扰模块） | 工业生物技术 |
| 216 | 2026-05-08 |
HySimODE: a hybrid stochastic-deterministic simulation framework for multiscale models of biological systems
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag185
PMID:41999207
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研究论文 | 提出了HySimODE，一个用于生物系统多尺度模型的混合随机-确定性仿真框架 | 利用机器学习分类器自动将物种分配到随机或确定性区域，无需手动指定或修改模型，实现了数据驱动的混合仿真 | NA | 开发一种自动化的混合仿真框架，以处理混合低拷贝随机动态和高丰度确定性过程的生物化学模型 | 生物化学系统的多尺度模型 | 机器学习 | NA | 混合随机-确定性仿真 | 机器学习分类器 | NA | 训练和验证数据集包括多种动态区域的生物化学ODE模型 | NA | NA | NA | 合成生物学, 神经生物学 |
| 217 | 2026-05-08 |
Specialized proresolving mediator-loaded extracellular vesicles mitigate pulmonary inflammation
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2025-0398OC
PMID:41124277
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研究论文 | 本文提出一种基于合成生物学的新策略，将促消退脂质介质装载到细胞外囊泡中，以减轻肺部炎症 | 首次利用合成生物学方法选择性装载促消退脂质介质（如resolvin D和E系列）到细胞外囊泡中，通过共表达三种生物合成酶（COX-2、5-LOX、15-LOX）实现 | 未明确提及，但可能存在规模化生产及体内递送效率的挑战 | 开发一种可扩展的装载促消退脂质介质的细胞外囊泡平台，用于治疗急性肺损伤等炎症性疾病 | 人胚胎肾293T细胞、THP-1来源的巨噬细胞、脂多糖处理的小鼠 | 合成生物学 | 急性肺损伤 | 多基因表达载体、细胞外囊泡装载技术 | NA | NA | NA | 合成生物学, 多基因表达载体 | 人胚胎肾293T细胞 | 共表达环氧化酶2、5-脂氧合酶和15-脂氧合酶的代谢通路，用于合成resolvin系列脂质介质 | 医学 |
| 218 | 2026-05-08 |
Functional Characterization and Mutagenesis Studies of a Microbial-like Diterpene Synthase from Huperzia serrata
2026-Apr-17, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules31081329
PMID:42076007
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research paper | 首次鉴定并表征了蛇足石杉中的微生物样二萜合酶MTPSL1，揭示其多产物特性和关键氨基酸残基对骨架多样性的调控机制 | 首次报道蛇足石杉中的微生物样萜类合酶，通过结构导向的诱变研究揭示了酶功能多样性的分子基础，并发现S224A突变使特定二萜产量提升11.6倍 | 未明确说明该酶的底物特异性和体内代谢网络，以及突变体对其他底物和产物的影响未全面评估 | 探究蛇足石杉中微生物样二萜合酶的存在及其功能，并验证突变工程对产物产量的调控潜力 | 蛇足石杉（Huperzia serrata）中的微生物样二萜合酶MTPSL1及其诱变突变体 | 植物功能基因组学、酶工程、天然产物生物合成 | NA | 转录组分析、异源表达、分子克隆、定点诱变、质谱分析、核磁共振 | NA | 转录组数据、化合物结构数据 | 1个MTPSL1酶及其S224A突变体 | 定点诱变、异源表达 | 大肠杆菌（E. coli） | 二萜生物合成途径（针对spatane、prenylkelsoene型和biflorane三类骨架） | 天然产物生物合成、蛋白质工程、合成生物学 |
| 219 | 2026-05-08 |
Identification and characterization of two novel Acinetobacter species capable of degrading polyester
2026-Apr-09, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02491-25
PMID:41954411
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了两株能够降解多种聚酯塑料的新型不动杆菌菌株 | 发现并描述了两个新型不动杆菌分类单元（新种CAAS 2-6和新亚种CAAS 2-13），它们能利用五种主要商品聚酯作为唯一碳源，并鉴定了关键解聚酶多铜氧化酶和烷烃羟化酶 | NA | 鉴定和表征具有聚酯降解能力的新型不动杆菌菌株，扩展其降解塑料的代谢能力并提供生物修复候选菌 | 两株从垃圾渗滤液和草莓农田分离的不动杆菌菌株CAAS 2-6和CAAS 2-13 | 微生物学 | NA | 系统发育分析,基因组比较,酶解聚合实验 | NA | 基因组序列数据 | 两株细菌菌株 | NA | 不动杆菌 | NA | 环境生物修复,工业生物技术 |
| 220 | 2026-05-08 |
A Clozapine-Responsive GPCR-Based Gene Switch for Pharmacological Control of Gene Expression in Mammalian Cells and In Vivo
2026-Apr-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27083381
PMID:42074026
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研究论文 | 报道一种基于氯氮平响应性GPCR的基因开关，用于在哺乳动物细胞和体内实现药物可控的基因表达 | 首次将设计药物特异性激活受体与信号依赖性转录控制耦合，构建出临床相关的人源GPCR基因调控平台，并利用口服氯氮平实现体内低剂量有效调控 | 该基因开关的长期稳定性、免疫原性及在复杂疾病模型中的治疗效果尚需进一步验证 | 开发一种安全、临床兼容的药物调控基因表达系统，用于哺乳动物合成生物学和细胞治疗 | 哺乳动物细胞及C57BL/6J小鼠体内的工程化报告细胞 | 合成生物学 | NA | GPCR信号通路、cAMP/钙响应合成启动子 | NA | 基因表达数据 | C57BL/6J小鼠体内植入的藻酸盐包封报告细胞 | NA | 哺乳动物细胞、C57BL/6J小鼠 | 氯氮平响应性基因开关，耦合GPCR与cAMP或钙响应合成启动子 | 医学 |