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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-11-27 |
Microbial Production of Crocins: Enzymes, Pathways, and Engineering Strategies
2025-Nov-26, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c06555
PMID:41220064
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综述 | 本文全面综述了通过合成生物学和代谢工程在异源宿主中生物合成藏花素的研究进展 | 重点聚焦酶表征和途径工程,提出开发高效藏花素微生物细胞工厂的潜在策略 | 藏花素生物合成途径复杂且途径酶效率低,微生物高效生产仍面临挑战 | 实现藏花素的大规模微生物生产 | 藏花素生物合成途径及相关酶 | 合成生物学 | NA | 代谢工程,合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 异源微生物宿主 | 藏花素生物合成途径 | 食品工业 |
| 202 | 2025-11-27 |
Expanding frontiers: harnessing plant biology for space exploration and planetary sustainability
2025-Nov-26, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70662
PMID:41295882
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观点文章 | 本文提出利用植物生物学支持太空探索和地球可持续发展的集体愿景和优先事项 | 引入新的作物生物再生生命支持系统准备水平框架,扩展现有作物准备水平概念 | NA | 推动植物科学支持人类太空探索和地球可持续发展 | 植物在太空环境中的响应机制和生物再生生命支持系统 | 太空生物学 | NA | 预测建模、合成生物学、地球模拟系统、空间生物监测仪器 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 太空探索, 环境 |
| 203 | 2025-11-27 |
Engineering Artificial Mitochondria with Self-Amplifying Proton Generation for Autonomous Energy Supply and Metabolic Coupling in Artificial Cells
2025-Nov-24, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202514980
PMID:41030094
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研究论文 | 本研究开发了一种模拟线粒体功能的人工ATP纳米发电机,通过酶促级联反应实现自主能量供应 | 设计了具有自增强质子生成功能的人工线粒体,实现了跨膜质子梯度的稳定维持和高效ATP合成 | NA | 为人工细胞构建持续自主的能量供应系统 | 人工线粒体、人工细胞模型 | 合成生物学 | NA | 酶共区室化、纳米胶囊封装、脂质体构建 | NA | NA | NA | Gibson Assembly | NA | 自增强酶促级联回路:葡萄糖氧化酶-过氧化氢酶协同作用放大质子生成 | 合成生物学、生物能源 |
| 204 | 2025-11-27 |
A Chromosomally Integrated T7 RNA Polymerase Enables T7-Derived Expression in Salmonella enterica without Compromising Virulence
2025-11-18, Journal of microbiology and biotechnology
IF:2.5Q3
DOI:10.4014/jmb.2509.09023
PMID:41260602
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研究论文 | 本研究通过染色体整合T7 RNA聚合酶,成功开发了可在鼠伤寒沙门氏菌中实现T7表达系统功能且不影响其毒力的工程菌株 | 首次在鼠伤寒沙门氏菌中实现染色体整合的T7 RNA聚合酶系统,解决了该病原菌无法使用T7表达工具的难题 | 研究仅针对鼠伤寒沙门氏菌特定菌株14028s,未验证在其他沙门氏菌株中的适用性 | 开发适用于沙门氏菌的T7兼容表达系统,用于病原菌研究和生物技术应用 | 鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella enterica serovar Typhimurium)菌株14028s | 合成生物学 | 细菌感染性疾病 | pGRG36转座子系统,染色体整合技术 | NA | 细菌生长数据,毒力实验数据 | 工程菌株与野生型菌株的比较研究 | pGRG36 transposon system | Salmonella enterica | lac启动子控制的T7 RNA聚合酶表达系统,IPTG诱导型异源蛋白表达 | 医学, 合成生物学 |
| 205 | 2025-11-27 |
A membrane-driven biochemical oscillator tunable by the volume to surface area ratio
2025-Nov-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.14.688573
PMID:41292784
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研究论文 | 提出并建模了一种基于膜磷脂浓度动态变化的质量守恒生化振荡器 | 利用膜反应维度缩减效应实现几何可调的生化振荡,无需转录翻译机制 | 计算模拟为主,需要实验验证;低V/A比时酶动力学设计规则较为严格 | 开发几何可编程的合成生物学定时模块 | 膜驱动的生化振荡系统 | 合成生物学 | NA | 质量作用反应动力学、反应扩散模拟 | 确定性振荡器模型、随机模拟 | 计算模拟数据 | NA | NA | 无细胞系统 | 膜定位振荡器、自组装三聚体耦合系统 | 合成生物学、生物工程 |
| 206 | 2025-11-27 |
Innovative insights into gut microbiota modulation in colorectal cancer: From microbial dysbiosis to therapeutic strategies
2025-Nov-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i11.108747
PMID:41281485
|
综述 | 探讨肠道微生物群失调在结直肠癌发病机制和进展中的作用及相应治疗策略 | 系统阐述微生物代谢产物与宿主尿素循环等通路在肿瘤发生中的相互作用,并提出基于合成生物学的工程益生菌等创新疗法 | 未具体说明研究中涉及的样本规模和临床验证数据 | 解析肠道微生物群在结直肠癌中的作用机制并开发新型治疗策略 | 结直肠癌相关的肠道微生物群落及其代谢产物 | NA | 结直肠癌 | 微生物组分析、代谢组学 | NA | 微生物组数据、代谢物数据 | NA | 合成生物学 | 工程益生菌 | 微生物调控回路 | 医学 |
| 207 | 2025-11-27 |
NMR-guided rational exploration of co-factors in boosting the Pfu DNA polymerase
2025-Nov, Magnetic resonance letters
DOI:10.1016/j.mrl.2025.200218
PMID:41278258
|
研究论文 | 本研究利用NMR技术指导探索能够增强Pfu DNA聚合酶性能的辅助因子 | 开发了一种不依赖结构数据或生物信息学的NMR引导方法,利用酶活性位点作为探针筛选辅助因子 | 方法验证仅使用了Tween-20作为模型系统,需要进一步在不同酶系统中验证普适性 | 优化DNA聚合酶的热稳定性和持续性,提升其性能 | Pfu DNA聚合酶及其辅助因子 | 合成生物学 | NA | 核磁共振(NMR)光谱技术 | NA | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 208 | 2025-11-27 |
A pipeline for screening small molecule-enhanced protein stability in a bacterial orphan receptor
2025-Nov, Protein science : a publication of the Protein Society
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/pro.70330
PMID:41074865
|
研究论文 | 本研究开发了一种筛选小分子增强细菌孤儿受体蛋白稳定性的流程,并以CU228转录因子为模型系统进行验证 | 建立了结合生物信息学分析、差示扫描荧光法、微流控调制光谱和饱和转移差示NMR的多技术联用流程,成功识别出三种能显著提高孤儿PAS蛋白稳定性的小分子配体 | 研究仅使用了约760种化合物的片段库,可能未覆盖所有潜在配体;配体亲和力处于微摩尔级别,属于片段水平结合 | 开发筛选小分子配体的方法,用于表征和工程化孤儿PAS蛋白 | 来自Candidatus Solibacter usitatus的CU228转录因子(PAS-HTH型) | 合成生物学 | NA | 差示扫描荧光法, 微流控调制光谱, 饱和转移差示NMR, 生物信息学分析 | NA | 蛋白质结构数据, 热稳定性数据, 光谱数据 | 约760种化合物片段库,鉴定出3种有效配体 | NA | NA | NA | 生物技术, 合成生物学 |
| 209 | 2025-11-27 |
Yohimban acetylation in Rauvolfia is mediated by a leaf-specific acetyltransferase in reserpine biosynthetic gene cluster
2025-Oct-30, Plant physiology and biochemistry : PPB
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.plaphy.2025.110714
PMID:41289712
|
研究论文 | 本研究鉴定并表征了萝芙木中负责育亨宾乙酰化的叶片特异性乙酰转移酶YAT | 首次发现位于利血平生物合成基因簇中的叶片特异性乙酰转移酶YAT,揭示了育亨宾生物代谢中先前未知的分支点 | NA | 阐明萝芙木中单萜吲哚生物碱生物合成的酶学基础和进化动态 | 萝芙木中的育亨宾O-乙酰转移酶(YAT)及其在育亨宾生物碱代谢中的作用 | 合成生物学 | NA | 同源建模、底物对接实验 | NA | 基因表达数据、酶活性数据 | NA | NA | 萝芙木 | 利血平生物合成基因簇 | 医药 |
| 210 | 2025-11-27 |
Phenylpropanoid methyl esterase unlocks catabolism of aromatic biological nitrification inhibitors
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf251
PMID:41230824
|
研究论文 | 本研究发现了微生物降解芳香族硝化抑制剂苯丙烷类甲酯的新途径 | 鉴定了一种先前未知的苯丙烷类甲酯降解微生物途径,并发现两种新型酶包括新鉴定的苯丙烷甲酯酶 | 仅初步揭示了微生物降解途径,对土壤中抑制剂降解的整体理解仍需进一步研究 | 研究微生物对芳香族硝化抑制剂的降解机制 | 苯丙烷类甲酯(一类芳香族硝化抑制剂)及其降解微生物 | 合成生物学 | NA | 转录组学、高通量功能基因组学、遗传分析、生化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、生化数据 | NA | 基因转移 | 细菌 | 苯丙烷类甲酯降解途径 | 农业、环境 |
| 211 | 2025-11-26 |
Spontaneous Formation of Oil-Rich Polymer-Only Droplet Interface Bilayers Assembled from PB-PEO Block Copolymers
2025-Nov-25, Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acs.langmuir.5c03308
PMID:41223304
|
研究论文 | 本研究报道了由PB-PEO嵌段共聚物自发形成的纯聚合物液滴界面双层膜(pDIBs)的制备与表征 | 首次实现了无需磷脂、外部偏压或共溶剂的纯聚合物液滴界面双层膜的自发形成,其膜电阻和疏水厚度显著优于传统脂质膜 | 研究仅针对PB-PEO嵌段共聚物和两种烃类油,尚未探索更广泛的聚合物和油相体系 | 开发新型聚合物膜系统以克服传统脂质膜的机械脆弱性和组成限制 | 聚丁二烯-聚环氧乙烷(PB-PEO)两亲性嵌段共聚物在烃油中形成的界面膜 | 合成生物学 | NA | 界面张力测定法、电生理学、成像技术 | NA | 物理化学测量数据、电生理记录、图像数据 | NA | NA | NA | 仿生离子传导膜系统 | 合成生物学, 仿生材料, 组织工程 |
| 212 | 2025-11-26 |
Light-controlled synthetic communication networks via paired connexon nanopores
2025-Nov-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66621-y
PMID:41274894
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研究论文 | 本研究通过工程化连接蛋白通道在脂质体合成细胞间建立了光控通信网络 | 首次设计出UV和近红外光响应的连接蛋白通道,实现合成细胞间正交信号分子的波长依赖性传输 | 仅验证了反应性信号分子的传输,尚未测试更复杂的生物分子或体内应用 | 在基于脂质体的合成细胞中模拟生物细胞间的通信网络 | 连接蛋白43和连接蛋白32工程化通道及脂质体合成细胞 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、脂质体组装、光控技术 | NA | 实验数据 | NA | 蛋白质工程 | 脂质体合成细胞 | 光控连接蛋白纳米孔通信网络,包含UV响应和近红外响应的正交通道 | 合成生物学、生物技术 |
| 213 | 2025-11-26 |
PIONEER: A Periplasmic Display Platform for Synthetic Biology-Based Screening of Genetically Encoded Protein Regulators
2025-Nov-20, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110967
PMID:41274507
|
研究论文 | 开发了一种名为PIONEER的酵母周质展示平台,用于筛选和研究基因编码的蛋白质调控因子 | 通过优化分泌信号和展示支架,实现了稳定的配体保留和强大的自分泌信号传导,能够通过信号传导而非单纯结合来评估配体活性 | 虽然以GPCRs为例进行了演示,但平台对其他膜蛋白和可溶性蛋白靶标的适应性需要进一步验证 | 开发合成生物学筛选平台,用于研究基因编码的蛋白质调控因子 | 肽段、蛋白质、纳米抗体和人类G蛋白偶联受体 | 合成生物学 | NA | 周质展示技术、自分泌信号检测 | NA | 蛋白质活性数据、信号传导数据 | NA | 合成生物学平台 | 酿酒酵母 | 膜近端周质空间定位系统、信号传导检测系统 | 医学、工业生物技术 |
| 214 | 2025-11-26 |
Biofortified Bacteria: The Role of Selenium-Enriched Microorganisms in Enhancing Animal Selenium Uptake-A Review
2025-Nov, Journal of animal physiology and animal nutrition
IF:2.2Q1
DOI:10.1111/jpn.70001
PMID:40674621
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综述 | 探讨富硒微生物作为新型有机硒补充策略在畜禽营养中的应用潜力 | 提出利用基因工程改造的富硒细菌作为可持续的有机硒补充新途径 | 菌株选择、发酵工艺、生物安全性、监管合规和长期饲喂试验效果验证等关键挑战尚未完全解决 | 研究富硒微生物在改善动物硒营养状况中的应用 | 家禽和反刍动物 | NA | NA | 基因工程、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 模块化遗传电路 | 细菌 | 硒响应生物传感器、可控生物转化途径 | 农业, 生物医学, 环境修复 |
| 215 | 2025-11-26 |
Light-Controlled Synthetic Communication Networks via Paired Connexon Nanopores
2025-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.11.648033
PMID:40291719
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研究论文 | 本研究通过工程化连接蛋白通道在合成细胞间构建光控通信网络 | 开发了对UV和近红外光响应的连接蛋白通道,实现波长依赖的正交信号分子传递 | NA | 在脂质体合成细胞中模拟生物细胞间的通信网络 | 连接蛋白43和连接蛋白32通道 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、脂质体组装 | NA | NA | NA | 蛋白质工程 | 合成细胞(脂质体) | 光控连接蛋白通道网络,正交信号传递系统 | 合成生物学、生物技术 |
| 216 | 2025-11-25 |
Unveiling the landscape of prokaryotic global regulators through deep protein language models
2025-Nov-24, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00950-25
PMID:41283681
|
研究论文 | 利用深度蛋白质语言模型系统性地绘制了原核生物全局调控因子的全景图谱 | 开发了基于深度学习的大规模全局调控因子识别框架,能够发现传统方法无法检测的远程同源物和新型调控因子 | 研究中包含76,113个功能未知的蛋白质,其生物学意义有待进一步验证 | 系统探索原核生物全局调控因子的多样性和进化动态 | 14,800个细菌和古菌型菌株基因组中的全局调控因子 | 机器学习 | NA | 蛋白质语言模型、深度学习 | 深度学习模型 | 蛋白质序列、基因组数据 | 14,800个原核生物型菌株基因组,74,872个经过整理的全局调控因子序列 | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 217 | 2025-11-25 |
Development of new Thermus thermophilus-Escherichia coli shuttle vectors
2025-Nov-24, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.02102-25
PMID:41283684
|
研究论文 | 开发了基于温泉栖热菌新型质粒的Thermus thermophilus-Escherichia coli穿梭载体系统 | 发现了五种含新型复制蛋白的质粒,其中两个含毒素-抗毒素样模块可显著增强质粒稳定性 | NA | 开发适用于Thermus thermophilus的稳定穿梭载体系统 | Thermus thermophilus菌株及其质粒 | 合成生物学 | NA | 质粒构建、定量PCR、基因克隆 | NA | 基因组数据、质粒稳定性数据 | 从日本濑波温泉分离的Thermus thermophilus菌株中的五种质粒 | Gibson Assembly, 质粒克隆 | Therthermophilus, Escherichia coli | 木聚糖利用途径(13 kbp)分割重建 | 工业生物技术 |
| 218 | 2025-11-25 |
Photo-excited extracellular electron transfer of electroactive microorganism triggers RAFT polymerization
2025-Nov-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65119-x
PMID:41271685
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研究论文 | 本研究开发了一种利用电活性微生物触发RAFT聚合的新方法,通过希瓦氏菌分泌的黄素介导电子转移来持续产生自由基 | 首次实现了电活性微生物触发的无末端基团异质性聚合,将微生物胞外电子传递途径与光诱导电子转移相结合 | NA | 开发生物触发的高效可控聚合平台 | 希瓦氏菌及其分泌的黄素分子 | 合成生物学 | NA | RAFT聚合、光诱导电子转移、基因工程 | NA | 实验数据 | NA | 合成生物学工具 | Shewanella oneidensis | 增强黄素生物合成和运输的基因回路 | 材料科学, 工业生物技术 |
| 219 | 2025-11-25 |
Systems biology and microbiome innovations for personalized diabetic retinopathy management
2025-Nov-21, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00607-w
PMID:41271801
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综述 | 本文探讨利用系统生物学和微生物组创新技术开发糖尿病视网膜病变的个性化管理策略 | 提出通过工程化益生菌递送ACE2的创新疗法,并建立整合计算方法的个性化系统管理框架 | NA | 开发糖尿病视网膜病变的个性化管理系统 | 糖尿病视网膜病变及其与肠道微生物组的关联 | 系统生物学 | 糖尿病视网膜病变 | 合成生物学、计算技术 | NA | NA | NA | NA | 益生菌 | 递送血管紧张素转换酶2(ACE2)的工程化系统 | 医学 |
| 220 | 2025-11-25 |
Toehold-VISTA: A machine learning approach to decipher programmable RNA sensor-target interactions
2025-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.12.669990
PMID:40832290
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研究论文 | 提出一种结合机器学习的RNA传感器设计框架Toehold-VISTA,用于快速设计高性能RNA传感器 | 整合RNA生物物理建模与机器学习(PLS-DA),通过高通量实验数据训练预测模型,实现RNA传感器性能关键决定因素的捕捉 | NA | 加速RNA传感器的设计与工程化应用 | RNA传感器与靶标RNA的相互作用 | 机器学习 | COVID-19 | 高通量实验测量、序列-结构特征提取 | PLS-DA(偏最小二乘判别分析) | RNA序列与结构数据 | NA | toehold switches | NA | RNA生物传感器 | 生物技术, 诊断 |