合成生物学相关文章
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当前共找到 3041 篇文献，本页显示第 2241 - 2260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2241 | 2024-08-07 |
Synthetic Biology Meets Ca2+ Release-Activated Ca2+ Channel-Dependent Immunomodulation
2024-Mar-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13060468
PMID:38534312
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综述 | 本文综述了合成生物学工具如何精确控制CRAC通道途径及其对免疫反应下游信号事件的影响 | 介绍了合成生物学在精确控制分子接近度和下游信号过程中的应用 | NA | 总结合成生物学工具在控制CRAC通道途径及其对免疫反应影响方面的应用 | CRAC通道及其在免疫反应中的作用 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2242 | 2024-08-07 |
Machine Learning to Predict Enzyme-Substrate Interactions in Elucidation of Synthesis Pathways: A Review
2024-Mar-07, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo14030154
PMID:38535315
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综述 | 本文综述了利用机器学习方法预测酶-底物相互作用以阐明合成途径的研究进展 | 采用基于人工智能的方法，如支持向量机、神经网络和决策树，显著减少了计算时间并覆盖了广泛的搜索空间 | 这些方法在处理大规模搜索空间时仍存在计算速度较慢的问题 | 探讨机器学习在预测酶-底物相互作用中的应用，以加速合成途径的阐明 | 酶-底物相互作用及其在合成生物学中的应用 | 机器学习 | NA | 支持向量机、神经网络、决策树 | NA | NA | NA |
| 2243 | 2024-08-07 |
A systems framework for investigating the roles of multiple transporters and their impact on drug resistance
2024-Jan-23, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyae007
PMID:38537223
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研究论文 | 本文开发了一个系统框架，用于研究多种转运蛋白在药物抗性中的作用及其相互作用 | 创新性地创建了一个结构化的系统框架，用于评估多种转运蛋白对药物外排和药物抗性的影响 | NA | 旨在深入理解转运蛋白在药物抗性中的系统级功能和作用 | 多种转运蛋白及其与药物的相互作用和调控机制 | 生物医学工程 | NA | 计算和分析方法 | 系统框架 | NA | NA |
| 2244 | 2024-08-07 |
CRISPR base editing and prime editing: DSB and template-free editing systems for bacteria and plants
2020-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2020.08.003
PMID:32954022
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综述 | 本文综述了CRISPR系统中的非双链断裂和模板自由基因编辑技术，即碱基编辑（BE）和前体编辑（PE），在细菌和植物中的应用 | 介绍了碱基编辑和前体编辑这两种非DSB和模板自由的基因编辑技术，并探讨了它们在合成生物学、作物改良等领域的应用前景 | 讨论了BE/PE在PAM特异性、编辑效率、脱靶效应、序列特异性及编辑窗口等方面的挑战 | 探讨CRISPR系统中的碱基编辑和前体编辑技术在细菌和植物中的应用及其未来发展 | 细菌和植物 | 基因编辑 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | NA |
| 2245 | 2024-08-07 |
Applications of phage-derived RNA-based technologies in synthetic biology
2020-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2020.09.003
PMID:33083579
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综述 | 本文综述了噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的应用 | 探讨了噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的重要性，以及对理解生命起源早期阶段的贡献 | NA | 探讨噬菌体衍生的基于RNA的技术在合成生物学中的应用及其对生物进化的影响 | 噬菌体及其衍生的基于RNA的技术 | 合成生物学 | NA | 基于RNA的技术 | NA | NA | NA |
| 2246 | 2024-08-07 |
A deep learning approach to programmable RNA switches
2020-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18677-1
PMID:33028812
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研究论文 | 本研究使用深度神经网络（DNN）预测合成生物学中的脚趾开关功能 | DNN在核苷酸序列训练上表现优于以往的先进热力学和动力学模型，并能生成人类可理解的注意力可视化 | NA | 探索深度学习在RNA合成生物学中功能预测和洞察生成的能力 | 脚趾开关功能预测 | 机器学习 | NA | 深度神经网络（DNN） | DNN | 核苷酸序列 | 91,534个脚趾开关，涵盖23种病毒基因组和906个人类转录因子 |
| 2247 | 2024-08-07 |
Sequence-to-function deep learning frameworks for engineered riboregulators
2020-10-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18676-2
PMID:33028819
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研究论文 | 本文介绍了两种深度学习架构STORM和NuSpeak，用于优化和设计可编程核酸传感器——趾开关 | 提出了一种基于序列的趾开关优化和重新设计模型STORM和NuSpeak，通过计算机视觉和自然语言处理技术进行优化 | NA | 开发序列到功能的深度学习框架，用于趾开关的选择和设计 | 可编程核酸传感器——趾开关 | 机器学习 | NA | 深度学习 | CNN | 序列数据 | NA |
| 2248 | 2024-08-07 |
A machine learning Automated Recommendation Tool for synthetic biology
2020-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18008-4
PMID:32978379
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研究论文 | 本文介绍了一种利用机器学习和概率建模技术指导合成生物学系统化发展的自动化推荐工具（ART） | ART工具无需对生物系统进行完全的机制理解，通过基于采样的优化方法提供推荐菌株及其生产水平的概率预测 | 讨论了该方法的局限性及底层假设失败时的实际后果 | 开发一种新的工具以加速合成生物学中的工程开发过程 | 合成生物学中的菌株推荐和生产水平预测 | 机器学习 | NA | 机器学习，概率建模 | NA | 模拟数据，实验数据 | 涉及多个代谢工程项目，包括生产可再生生物燃料、无啤酒花的啤酒、脂肪酸和色氨酸的项目 |
| 2249 | 2024-08-07 |
Mechanism-Driven Metabolic Engineering for Bio-Based Production of Free R-Lipoic Acid in Saccharomyces cerevisiae Mitochondria
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00965
PMID:32974306
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研究论文 | 研究通过代谢工程改造酵母细胞，实现生物基R-硫辛酸的生产 | 首次报道了在酵母细胞中生物合成自由R-硫辛酸的方法 | NA | 开发基于合成生物学的方法，实现可持续的R-硫辛酸生产 | 酵母细胞中的硫辛酸生物合成机制及蛋白质脂酰化过程 | 生物工程 | 癌症 | LC-MS/MS | NA | 蛋白质 | NA |
| 2250 | 2024-08-07 |
Genomics-enabled analysis of specialized metabolism in bioenergy crops: current progress and challenges
2020, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaa005
PMID:32995549
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综述 | 本文综述了利用基因组学技术分析生物能源作物中特殊代谢的当前进展与挑战 | 介绍了DNA合成和合成生物学工具在加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现方面的应用 | 由于许多植物对遗传方法的抗性和缺乏研究特殊代谢中多样酶类的'用户友好'生化工具，使用系统性数据解码基因和酶功能的效率仍然有限 | 旨在阐述在生物能源作物中应用DNA合成和合成生物学工具加速植物特殊代谢中基因、酶和途径功能发现的当前进展与挑战 | 以生物能源作物中的萜类代谢为例，探讨植物特殊代谢的研究 | 基因组学 | NA | 基因组学技术 | NA | 基因组数据 | 涉及多种生态和经济上重要的植物物种 |
| 2251 | 2024-08-07 |
Novel Tunable Spatio-Temporal Patterns From a Simple Genetic Oscillator Circuit
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00893
PMID:33014996
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研究论文 | 研究了抑制子环振荡器与细胞生长约束之间的耦合，展示了机械约束如何生成细胞生长速率不均匀的特征模式，并开发了一个一维模型来预测基因表达的行波模式。 | 提出了一个简单的方法，通过蛋白质稀释将抑制子环振荡器与生长速率模式耦合，生成可预测的时空模式，并验证了这些模式的关键特征与蛋白质降解和基因表达速率之间的关系。 | NA | 探索简单的遗传电路如何在多细胞尺度上编码复杂的多细胞行为，并为合成生物学的设计-构建-测试-学习循环提供可测试的预测。 | 抑制子环合成遗传环振荡器与细胞生长约束的耦合机制及其对细胞生长速率不均匀模式的影响。 | 合成生物学 | NA | NA | 一维模型 | 细胞殖民模拟 | NA |
| 2252 | 2024-08-07 |
Efficient Selection Scheme for Incorporating Noncanonical Amino Acids Into Proteins in Saccharomyces cerevisiae
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.569191
PMID:33042970
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研究论文 | 本研究开发了一种简化的选择方案，用于在酵母中高效地引入非经典氨基酸到蛋白质中 | 利用合成生物学中的逻辑门优化筛选程序，发现“与”门比“或”门更适合分离氨基酸tRNA合成酶，并成功证明了新选择方案的实用性和效率 | NA | 解决非经典氨基酸技术在蛋白质工程中应用的复杂选择方案问题 | 非经典氨基酸在蛋白质中的引入及其在酵母中的应用 | 蛋白质工程 | NA | 合成生物学逻辑门 | NA | NA | 几种新的OMeY-tRNA合成酶突变体在酵母和HEK293细胞中进行了测试 |
| 2253 | 2024-08-07 |
Quantitative and Predictive Genetic Parts for Plant Synthetic Biology
2020, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2020.512526
PMID:33123175
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研究论文 | 本文描述了用于描述植物合成生物学中遗传组件定量特性的方法 | 提出了使用计算机选择最优组件以组装成功能设备的方法，如触发开关和正反馈电路 | 植物合成生物学仍处于早期阶段，植物细胞和组织的分化以及环境因素对遗传组件功能的影响带来了挑战 | 旨在生产可预测和可编程的遗传电路，以利用植物的自然能力并赋予其新用途 | 植物合成生物学中的遗传组件 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2254 | 2024-08-07 |
Biosensor-based enzyme engineering approach applied to psicose biosynthesis
2019, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysz028
PMID:32995548
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研究论文 | 本研究探索了利用生物传感器基础的酶筛选方法来提高D-psicose（一种稀有且无毒的糖类甜味剂）的生物合成效率 | 开发了一种基于生物传感器的酶筛选方法，并创建了通用生物传感器底盘，以快速工程化任何基于转录因子的生物传感器 | NA | 提高D-psicose的生物合成效率，以满足大规模生产和成本效益的预期 | D-psicose的生物合成及其相关酶的筛选 | 生物工程 | 肥胖症，2型糖尿病 | 生物传感器，PCR | NA | 生物数据 | 七个基于先前未表征转录因子的psicose响应生物传感器，以及一系列D-psicose 3-epimerase突变体 |
| 2255 | 2024-08-07 |
Positive-feedback, ratiometric biosensor expression improves high-throughput metabolite-producer screening efficiency in yeast
2017-Jan, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysw002
PMID:32995501
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研究论文 | 本文介绍了一种基于正反馈和比率型生物传感器的表达系统，用于提高酵母中高吞吐量代谢产物生产者筛选的效率 | 通过工程化正反馈表达转录调节因子及其目标启动子，显著增加了绿色荧光蛋白（GFP）表达对对羟基苯甲酸（PHBA）的动态响应范围，并通过在每个细胞中将GFP荧光与组成型表达的mCherry荧光归一化来控制群体水平上的GFP表达噪声 | NA | 提高酵母细胞中代谢产物生产者的高吞吐量筛选效率 | 酵母细胞中对羟基苯甲酸（PHBA）的生产 | 合成生物学 | NA | 绿色荧光蛋白（GFP）表达 | NA | 荧光 | 混合比例为1:10,000的生产者和非生产者细胞 |
| 2256 | 2024-08-07 |
Chemical reaction networks for computing logarithm
2017-Jan, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysx002
PMID:32995503
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研究论文 | 本文研究如何利用化学反应网络（CRNs）实现对数计算 | 提出了一种新方法，通过调整设计参数，创建能够在CRNs中以少量化学反应准确计算对数的CRNs | CRNs无法精确计算对数，通常需要使用高阶近似，导致反应数量增加 | 研究如何在化学反应网络中实现对数计算 | 化学反应网络（CRNs）和对数计算 | 合成生物学 | NA | 化学反应网络（CRNs） | NA | NA | NA |
| 2257 | 2024-08-07 |
SEVA 3.1: enabling interoperability of DNA assembly among the SEVA, BioBricks and Type IIS restriction enzyme standards
2020-11, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13609
PMID:32710525
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研究论文 | 本文介绍了SEVA 3.1平台，该平台包括SEVA 3.1载体和基于Golden Gate的'SevaBrick Assembly'，旨在提高SEVA平台、BioBricks和Type IIs介导的DNA组装之间的互操作性。 | SEVA 3.1平台通过提供广泛的克隆载体库和核心的标准SevaBrick引物，实现了多部分组装和短功能遗传元件的交换，减少了克隆和设计的工作量。 | NA | 优化插入物和载体的兼容性和模块化，以及提供一种成本和时间友好的DNA组装方法。 | SEVA 3.1平台在合成生物学应用中的有效性，特别是在革兰氏阴性细菌中的应用。 | 合成生物学 | NA | Golden Gate组装 | NA | DNA序列 | 包括多个sfGFP表达载体和可诱导的四基因操纵子，所有构建体在Pseudomonas putida和Escherichia coli中进行了表征。 |
| 2258 | 2024-08-07 |
Immune Literacy: Reading, Writing, and Editing Adaptive Immunity
2020-Sep-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101519
PMID:32905040
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综述 | 本文综述了利用系统生物学和合成生物学方法，通过免疫组库测序、免疫信息学和免疫基因组工程等先进技术，对适应性免疫中分子识别的定量和精确理解，以及这些技术在转化医学中重新编程免疫反应的应用。 | 本文展示了新颖且跨学科的方法，有望改变分子和细胞免疫疗法的设计和广度。 | NA | 探讨如何通过先进的生物技术方法重新编程免疫反应，以应用于转化医学。 | 适应性免疫系统中的分子识别和免疫反应。 | NA | NA | 免疫组库测序、免疫信息学、免疫基因组工程 | NA | DNA序列 | NA |
| 2259 | 2024-08-07 |
Engineered Niches to Analyze Mechanisms of Metastasis and Guide Precision Medicine
2020-09-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-0079
PMID:32409307
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研究论文 | 本文探讨了通过工程化微环境来分析癌症转移机制并指导精准医疗的方法 | 提出了一种新兴的方法——工程化转移微环境，以解决转移性病变形成的随机性问题，并提供了一个可调节的平台技术来分子水平上解析转移性疾病机制 | NA | 旨在通过工程化微环境来分析癌症转移的机制，并推动精准医疗的发展 | 癌症转移的机制及如何通过工程化微环境指导精准医疗 | 生物工程 | 癌症 | 生物工程技术 | 工程化微环境 | NA | NA |
| 2260 | 2024-08-07 |
Are synthetic biology standards applicable in everyday research practice?
2020-09, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13612
PMID:32567248
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评论 | 本文探讨了合成生物学中的标准化问题，特别是标准在日常研究实践中的适用性和实用性 | NA | NA | 旨在将标准适用性问题纳入标准化讨论议程，并为合成生物学研究人员提供日常实践中的见解 | 合成生物学中的标准化问题 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |