合成生物学相关文章
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当前共找到 3783 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2025-10-05 |
Metagenomics harvested genus-specific single-stranded DNA-annealing proteins improve and expand recombineering in Pseudomonas species
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1024
PMID:37941137
|
研究论文 | 本研究通过宏基因组学方法开发了假单胞菌属特异性的单链DNA退火蛋白，用于改善和扩展该菌属的重组工程能力 | 采用计算生物学工作流程生成属特异性SSAPs库，并通过高通量筛选发现比现有工具更高效的变体，首次在Pseudomonas taiwanensis和Pseudomonas fluorescens中实现重组工程 | 仅在四种假单胞菌物种中进行了测试，尚未验证在其他假单胞菌物种中的适用性 | 提高假单胞菌属的基因组编辑能力，扩展其代谢工程应用 | 假单胞菌属细菌，包括Pseudomonas putida、Pseudomonas aeruginosa、Pseudomonas taiwanensis和Pseudomonas fluorescens | 合成生物学 | NA | 宏基因组学、计算生物学、Oxford Nanopore NGS、高通量筛选 | NA | 基因组数据、测序数据 | 四种假单胞菌物种 | 单链DNA退火蛋白(SSAPs)、重组工程 | Pseudomonas putida, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas taiwanensis, Pseudomonas fluorescens | NA | 工业生物技术, 环境生物技术 |
| 222 | 2025-10-05 |
Establishing a versatile toolkit of flux enhanced strains and cell extracts for pathway prototyping
2023-11, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2023.10.008
PMID:37890611
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研究论文 | 本研究开发了一套代谢通量增强的工程菌株和细胞提取物工具包，用于加速生物合成路径的原型构建 | 首次通过CRISPR-dCas9技术构建了多种代谢通量增强的工程菌株，并创建了相应的细胞提取物工具包用于体外路径原型构建 | 不同生物合成路径与代谢网络的相互作用存在差异，工具包的普适性需要进一步验证 | 开发用于生物合成路径快速原型构建的通用工具平台 | 大肠杆菌和酿酒酵母工程菌株及其细胞提取物 | 合成生物学 | NA | CRISPR-dCas9, 代谢工程, 代谢组学分析 | NA | 代谢物数据, 酶活性数据 | 多种工程菌株（针对6种关键代谢前体物）及其细胞提取物 | CRISPR-dCas9 | Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae | 代谢通量重布线，针对乙酰辅酶A、莽草酸、磷酸三糖、草酰乙酸、α-酮戊二酸和葡萄糖-6-磷酸等关键代谢前体物 | 能源, 材料, 医药, 工业生物技术 |
| 223 | 2025-10-05 |
Multiview Deep Learning Framework for Precise Prediction of Transcription Factor Binding Sites
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01054
PMID:40914877
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研究论文 | 提出一种多视图深度学习框架MDNet-TFP，用于精确预测转录因子结合位点 | 开发了双向反向互补模块(BiRC-Mamba)和多尺度卷积循环注意力网络(MCRAN)，能够有效建模DNA序列的双向特性和多维度特征 | NA | 提高转录因子结合位点预测的准确性 | DNA序列中的转录因子结合位点 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq | 多视图深度学习, 双向反向互补模块, 多尺度卷积循环注意力网络 | DNA序列数据 | 165个ChIP-seq数据集（验证集）和690个ChIP-seq数据集（扩展测试集） | NA | NA | NA | 生物医学研究, 合成生物学 |
| 224 | 2025-10-05 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet，并系统评估了多种计算方法的表现 | 首次构建了包含100个实验解析结构的蛋白质-核酸复合物基准数据集，并建立了多维评估框架 | 数据集规模相对有限，仅评估了当前主流的六种计算方法 | 评估蛋白质-核酸复合物结构预测的计算方法性能 | 蛋白质-核酸复合物结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习算法，物理驱动对接方法 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix, HDOCK, HDOCK_NT | 蛋白质-核酸复合物三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 | NA | NA | NA | 基因组编辑，合成生物学 |
| 225 | 2025-10-05 |
Evo-Inspired Engineering of Radical Phenotypes and Emergent Traits
2025-Sep-13, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf107
PMID:40795044
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综述 | 探讨如何整合进化生物学见解与合成生物学技术来设计超越自然限制的全新细胞功能 | 提出将进化启示与高通量平台、人工智能工具结合，突破现有性状改造局限，开创合成生物学新前沿 | NA | 推动合成生物学从改造现有性状向设计全新细胞功能发展 | 极端适应表型、人工细胞、基因型-表型关系 | 合成生物学 | NA | 高通量平台、人工智能驱动设计工具 | NA | NA | NA | NA | 非传统模式系统 | 激进表型、涌现性状 | 生物经济 |
| 226 | 2025-10-05 |
Identification and application of bioparts for plant synthetic biology
2025-Oct, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2025.100273
PMID:40902856
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综述 | 本文综述植物合成生物学中生物元件的鉴定与应用，重点关注启动子和终止子在基因表达调控中的作用 | 系统阐述双向启动子在基因叠加中的应用价值，以及启动子与终止子组合平衡对转基因表达稳定性的重要性 | NA | 探讨植物合成生物学中生物元件的鉴定方法和应用策略 | 植物合成生物学中的生物元件（启动子、终止子等） | 合成生物学 | NA | ATAC-seq, STARR-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组序列数据 | NA | NA | 植物 | 基因回路设计，基因表达调控系统 | 医药，疫苗，生物燃料，生物材料 |
| 227 | 2025-10-05 |
Are amyloid-based materials conducive to tissue engineering?
2025-Sep-19, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.08.009
PMID:40975651
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综述 | 探讨淀粉样原纤维作为组织工程生物材料的潜力与应用 | 系统阐述淀粉样原纤维从病理蛋白到功能生物材料的范式转变，突出其结构特性与组织工程应用的交叉创新 | NA | 评估淀粉样原纤维在组织工程领域的应用前景 | 淀粉样原纤维及其生物材料 | 组织工程 | 阿尔茨海默病, 帕金森病 | 结构生物学, 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学, 生物技术 |
| 228 | 2025-10-05 |
DNA Flipping as Facile Mechanism for Transmembrane Signaling in Synthetic Cells
2025-Sep-17, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c09188
PMID:40923324
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研究论文 | 本文报道了一种基于胆固醇修饰单链DNA的跨膜信号传导机制，可在合成细胞中实现高效的内部信号处理和下游转录激活 | 首次发现胆固醇修饰单链DNA能通过成核驱动的缺陷介导过程自发翻转跨越脂质膜，并揭示了该过程由瞬时膜孔主导的机制 | NA | 开发合成细胞中简单可靠的跨膜信号传导机制 | 胆固醇修饰单链DNA和巨型单层脂质体 | 合成生物学 | NA | 荧光显微镜、核酸酶降解实验、膜通透性实验 | NA | NA | NA | NA | 合成细胞/巨型单层脂质体 | DNA翻转介导的信号传导系统，包含跨膜信号输入和内部转录激活的输出通路 | 合成生物学 |
| 229 | 2025-10-05 |
Mechanisms, detection, and impact of horizontal gene transfer in plant functional evolution
2025-Sep-09, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koaf195
PMID:40834228
|
综述 | 探讨水平基因转移在植物功能进化中的机制、检测方法及其影响 | 系统揭示植物界微生物-植物和植物-植物间水平基因转移的普遍性，并提出结合合成生物学与实验进化的未来研究方向 | 依赖现有植物基因组数据，尚未完全揭示水平基因转移的全貌 | 阐明水平基因转移在植物进化中的机制与适应性意义 | 植物界的水平基因转移事件 | 进化生物学 | NA | 系统发育基因组学方法、原位测序 | NA | 基因组序列数据 | 数百个近期测序的植物基因组 | 合成生物学 | 植物 | NA | NA |
| 230 | 2025-10-05 |
The Rise of Mechanobiology for Advanced Cell Engineering and Manufacturing
2025-Sep, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202501640
PMID:40576525
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综述 | 探讨力学生物学在细胞工程和制造中的最新进展及其应用潜力 | 强调机械信号作为关键工具增强或替代传统可溶性因子的创新理念 | 当前制造路线在生产效率、安全性、监管、成本效益和可扩展性方面存在局限 | 推动细胞工程和制造技术的发展以满足细胞治疗和再生医学需求 | 诱导多能干细胞、嵌合抗原受体T细胞等治疗性细胞 | 合成生物学 | NA | 微纳米技术、生物材料设计、机械限制 | NA | NA | NA | NA | 哺乳动物细胞 | NA | 医学 |
| 231 | 2025-10-05 |
Flux-Balance Analysis and Mobile CRISPRi-Guided Deletion of a Conditionally Essential Gene in Shewanella oneidensis MR-1
2022-10-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.2c00323
PMID:36219726
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研究论文 | 本研究结合通量平衡分析和移动CRISPRi技术，成功删除了Shewanella oneidensis MR-1中的一个条件必需基因 | 开发了计算分析与实验验证相结合的基因工程流程，首次实现了对条件必需基因的系统性评估和删除 | 研究仅针对单一菌株和特定基因，方法在其他生物系统中的普适性有待验证 | 开发改进合成生物学工具以工程化模式生物实现二氧化碳固定 | Shewanella oneidensis MR-1细菌及其代谢基因 | 合成生物学 | NA | 通量平衡分析(FBA), 移动CRISPRi基因敲除系统 | 代谢网络模型 | 代谢通量数据, 基因敲除实验数据 | NA | CRISPRi | Shewanella oneidensis MR-1 | NA | 能源, 环境 |
| 232 | 2025-10-05 |
Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation
2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03042-3
PMID:40974488
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综述 | 探讨肿瘤学从传统细胞毒性疗法向整合精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调控的智能驱动框架转变 | 提出将癌症视为复杂适应系统，整合AI引导自适应给药、合成生物学增强CAR-T细胞、代谢重编程等协同治疗方法 | 存在治疗耐药性、毒性、可及性和伦理问题等挑战 | 推动肿瘤治疗向精准化、系统化和个性化方向发展 | 癌症作为复杂适应系统的多维度治疗策略 | 计算肿瘤学 | 癌症 | 多组学分析、分子图谱、量子生物学、合成肿瘤学 | 数字孪生 | 基因组学数据、微环境数据 | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 哺乳动物细胞 | 逻辑门控CAR-T细胞、生物传感器 | 医学 |
| 233 | 2025-10-05 |
Modular multi-enzyme cascades enable green and sustainable synthesis of non-canonical amino acids from glycerol
2025-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-63341-1
PMID:40883312
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研究论文 | 开发模块化多酶级联平台，利用甘油可持续合成非经典氨基酸 | 通过定向进化OPSS酶将C-N键形成催化效率提升5.6倍，建立可扩展至2升反应系统的模块化平台 | NA | 开发绿色可持续的非经典氨基酸合成方法 | 非经典氨基酸（含C-S、C-Se和C-N侧链） | 合成生物学 | NA | 定向进化、多酶级联催化 | NA | NA | 22种非经典氨基酸，克至十克级规模 | NA | NA | 模块化多酶级联系统 | 医药, 合成生物学, 生物材料 |
| 234 | 2025-10-05 |
In silico encounters: harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions
2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews
IF:10.1Q1
DOI:10.1093/femsre/fuaf030
PMID:40705360
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综述 | 本文综述了利用代谢模型研究植物-微生物相互作用的最新进展 | 系统整合基因组尺度代谢模型应用于植物-微生物互作研究，并探索合成微生物群落的计算机设计 | NA | 通过代谢网络建模理解植物-微生物相互作用的机制 | 植物宿主及其相关微生物组成的全生物系统 | 合成生物学 | NA | 基因组尺度代谢建模 | 代谢网络模型 | 基因组、宏基因组、表型数据 | NA | NA | 植物、微生物 | NA | 农业 |
| 235 | 2025-10-05 |
Engineering plant holobionts for climate-resilient agriculture
2025-Jan-02, The ISME journal
DOI:10.1093/ismejo/wraf158
PMID:40748243
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综述 | 提出通过微生物组工程构建合成微生物群落以增强农业气候韧性的综合框架 | 提出可编程全息生物体概念，整合微生物生态学、合成生物学和计算建模构建具有动态反馈和生态记忆的植物-微生物共生系统 | NA | 开发气候韧性农业的工程化微生物组解决方案 | 植物全息生物体（植物宿主及其微生物组） | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰、生物传感器电路、群体感应模块、基因组尺度代谢模型、动态通量平衡分析、机器学习 | 机器学习 | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物、微生物 | 生物传感器电路、群体感应模块、可编程微生物功能 | 农业 |
| 236 | 2025-10-05 |
Innate lymphoid cells in the spotlight: from biomarkers to blueprint for innovative immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1655730
PMID:40963622
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综述 | 本文综述了先天淋巴样细胞(ILCs)在免疫调节和疾病中的作用，并探讨了其作为生物标志物和免疫治疗新策略的潜力 | 系统阐述了ILCs作为新型免疫治疗蓝图的转化潜力，包括CAR-ILC工程、细胞扩增技术和多组学方法的应用 | ILC亚群异质性、可塑性、组织限制性驻留和有限的可扩展性仍是临床应用的障碍 | 探讨ILCs在自身免疫疾病和癌症中作为预测、诊断和治疗靶点的作用 | 先天淋巴样细胞(ILCs)及其亚群(ILC1s、ILC2s、ILC3s、LTi细胞) | 免疫学 | 自身免疫疾病,癌症 | 多组学技术、单细胞图谱、合成生物学方法 | NA | NA | NA | CAR工程 | 脐带血、多能干细胞 | 嵌合抗原受体(CAR)工程 | 医学 |
| 237 | 2025-10-05 |
Revolutionizing structural biology: AI-driven protein structure prediction from AlphaFold to next-generation innovations
2025, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.04.002
PMID:40973394
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综述 | 本文回顾了蛋白质结构预测技术的发展历程，重点分析了AlphaFold的创新贡献及其对结构生物学领域的革命性影响 | 系统梳理了从传统方法到以AlphaFold为代表的AI驱动蛋白质结构预测技术的演进，并展望了下一代AI和量子计算在结构生物学中的应用前景 | 现有方法在蛋白质复合物预测、动态构象变化模拟等方面仍存在局限 | 探讨人工智能在蛋白质结构预测领域的发展历程、现状和未来方向 | 蛋白质结构预测技术及其应用 | 结构生物学 | NA | AI驱动预测、同源建模、穿线法、从头预测 | AlphaFold、RoseTTAFold、OmegaFold | 蛋白质结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学、合成生物学 |
| 238 | 2025-10-05 |
Transforming vaccinology
2024-Sep-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.07.021
PMID:39303685
|
综述 | 本文回顾疫苗学发展历程并展望未来技术变革，重点介绍mRNA疫苗等突破性技术对疫苗领域的革新作用 | 系统梳理疫苗学关键技术演进，强调反向疫苗学、合成生物学和mRNA平台等革命性技术如何将失败转化为成功疫苗 | 未涉及具体实验数据或临床研究，主要基于历史视角和技术展望 | 探讨疫苗学技术发展历程及未来变革方向 | 疫苗技术发展历程及免疫机制研究 | 疫苗学 | 传染病（脑膜炎B型、呼吸道合胞病毒等） | 反向疫苗学、合成生物学、结构设计、mRNA技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 239 | 2025-10-05 |
Integrating kinetic models, gene circuits, and biofilm dynamics for enhanced exopolysaccharide production in nitrifying bacterial consortia
2025-Oct, Journal of microbiological methods
IF:1.7Q4
DOI:10.1016/j.mimet.2025.107237
PMID:40850333
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研究论文 | 本研究通过动力学模型和合成生物学方法优化硝化细菌群落胞外多糖生产和氮去除性能 | 整合动力学模型与基因电路设计来优化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除效率 | NA | 优化硝化细菌群落的胞外多糖生产和氮去除性能 | 从生活废水中富集的细菌群落 | 合成生物学 | NA | 动力学模型, 基因电路设计, 扫描电子显微镜, PCR | Monod模型, Verhulst模型 | 生物量浓度, 多糖产量, 氮浓度数据, 显微镜图像 | 生活废水中富集的细菌群落 | 基因电路设计 | 硝化细菌群落 | BUFFER门逻辑基因电路用于控制琥珀聚糖生产 | 环境, 废水处理 |
| 240 | 2025-10-05 |
Engineered Bacteria Convert a 3-Bit Binary Code to a 3-Bit Gray Code by Multicellular Artificial-Neural-Network-Type Architecture
2025-Sep-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00145
PMID:40333022
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研究论文 | 本研究利用基因工程细菌构建了能够将3位二进制码转换为3位格雷码的单层人工神经网络 | 首次在基因工程细菌中实现人工神经网络架构，完成二进制码到格雷码的转换功能 | 仅实现3位码转换，系统复杂度有限，处于技术发展初期阶段 | 开发基于基因工程细胞的神经形态计算系统 | 基因工程细菌群体构建的人工神经网络 | 合成生物学 | NA | 基因工程技术 | 人工神经网络(ANN) | 化学信号输入，荧光蛋白输出 | 五个工程化细菌群体 | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 细菌 | 单层人工神经网络架构，逻辑转换电路 | 生物计算机技术 |