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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2441 | 2025-10-05 |
Development of CRISPR-Cas9-based genome editing tools for non-model microorganism Erwinia persicina
2025-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.02.006
PMID:40092160
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研究论文 | 本研究开发了基于CRISPR-Cas9的基因组编辑工具,用于非模式微生物桃色欧文氏菌的基因操作 | 成功将CRISPR-Cas9系统应用于桃色欧文氏菌,通过优化gRNA启动子和设计实现高效基因组编辑,并实现大片段删除和迭代敲除 | NA | 开发适用于非模式微生物桃色欧文氏菌的高效基因组编辑工具 | 桃色欧文氏菌(Erwinia persicina) | 合成生物学 | 植物病害 | CRISPR-Cas9基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Erwinia persicina | 单质粒系统(pRed_Cas9_Δ),双gRNA介导的大片段删除,筛选标记介导的迭代敲除 | 农业,工业生物技术 |
| 2442 | 2025-10-05 |
A dual light-controlled co-culture system enables the regulation of population composition
2025-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.02.012
PMID:40092159
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研究论文 | 本研究开发了一种双光控共培养系统,能够动态调控微生物种群比例 | 整合优化光遗传学系统和正交群体感应系统,首次实现双波长光照对共培养种群组成的动态调控 | NA | 建立能够动态调控种群比例的多菌株共培养系统 | 微生物共培养系统中的种群组成调控 | 合成生物学 | NA | 光遗传学调控、群体感应系统、毒素-抗毒素系统 | NA | NA | NA | CcaS/R系统, YF1-FixJ-PhlF系统 | 微生物 | 双光控共培养系统,包含光诱导模块、通讯模块和效应模块 | 代谢工程, 合成生物学 |
| 2443 | 2025-10-05 |
Magnetizing Biotech-Advances in (In Vivo) Magnetic Enzyme Immobilization
2025-Mar, Engineering in life sciences
IF:3.9Q2
DOI:10.1002/elsc.70000
PMID:40083857
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综述 | 概述了磁性酶固定化技术的现有方法和新兴进展,特别关注体内固定化解决方案 | 将传统固定化技术与新兴的体内生物固定化方法相结合,并整合磁性纳米材料实现改进的分离纯化过程 | NA | 改善工业生物催化中酶的稳定性和可重复使用性 | 酶固定化技术,特别是磁性蛋白固定化物 | 工业生物技术 | NA | 酶固定化技术,合成生物学方法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 工业生物催化,生物医学 |
| 2444 | 2025-10-05 |
Cyanobacterial type I CRISPR-Cas systems: distribution, mechanisms, and genome editing applications
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1552030
PMID:40084131
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综述 | 深入分析蓝藻内源性CRISPR-Cas系统(重点关注分布最广的I型系统)及其在基因组编辑中的应用 | 首次系统总结蓝藻I型CRISPR-Cas系统的DNA防御机制及其在基因组编辑中的创新应用潜力 | NA | 探讨蓝藻内源性CRISPR-Cas系统在合成生物学中的基因组编辑应用 | 蓝藻内源性CRISPR-Cas系统(特别是I型系统) | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | NA | 基因组数据 | NA | CRISPR-Cas | 蓝藻 | NA | 工业生物技术 |
| 2445 | 2025-10-05 |
Current status and future perspectives of the diagnostic of plant bacterial pathogens
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1547974
PMID:40093602
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综述 | 本文综述了植物细菌病原体诊断技术的发展现状与未来展望 | 重点介绍了微拉曼光谱技术在单细胞水平实现快速、无标记、非侵入式检测的创新应用 | 光谱学方法需要完善的光谱数据库,且无法检测未知病原体 | 探讨植物细菌病原体诊断技术的演进路径和发展方向 | 植物细菌病原体 | 植物病理学 | 植物细菌性疾病 | 微拉曼光谱、单细胞测序 | NA | 光谱数据、基因序列数据 | NA | 合成生物学工具 | NA | NA | 农业 |
| 2446 | 2025-10-05 |
Fungi: Pioneers of chemical creativity - Techniques and strategies to uncover fungal chemistry
2025, IMA fungus
IF:5.2Q1
DOI:10.3897/imafungus.16.142462
PMID:40093757
|
综述 | 本文综述了真菌天然产物在药物开发中的成功应用,并系统介绍了从传统到现代的真菌化学物质发现技术框架与策略 | 整合了真菌生物学知识与合成生物学方法,提出系统性探索真菌基因组的合作研究框架 | NA | 挖掘真菌次生代谢产物的药物开发潜力并系统探索其化学多样性 | 真菌次生代谢产物及其化学特性 | 天然产物化学 | NA | 合成生物学、基因组学 | NA | 化学分析数据、基因组数据 | NA | NA | 真菌 | NA | 医药 |
| 2447 | 2025-10-05 |
Engineering a cell-free biosensor signal amplification circuit with polymerase strand recycling
2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591074
PMID:38712145
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研究论文 | 本研究开发了一种基于聚合酶链回收(PSR)的无细胞生物传感器信号放大电路 | 利用T7 RNA聚合酶脱靶转录在DNA链置换电路中回收核酸输入,实现了高特异性等温信号放大 | NA | 扩展无细胞生物传感能力,开发高灵敏度生物传感器 | 核酸靶标和小分子检测 | 合成生物学 | NA | DNA链置换,等温扩增 | 双平衡模型 | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly, BioBrick, iGEM | 无细胞系统 | 聚合酶链回收(PSR)信号放大电路,模块化生物传感器 | 生物技术 |
| 2448 | 2025-10-05 |
Microbial production of 5-epi-jinkoheremol, a plant-derived antifungal sesquiterpene
2024-Oct-23, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01191-24
PMID:39283105
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研究论文 | 本研究构建了高效生产植物源抗真菌倍半萜5-表-jinkoheremol的微生物平台 | 首次构建了可持续生产该抗真菌倍半萜的高效微生物细胞工厂,通过代谢工程和蛋白质工程策略显著提高了产量 | 研究仅在摇瓶培养规模进行,尚未进行大规模发酵验证 | 开发高效生产植物源抗真菌倍半萜5-表-jinkoheremol的微生物平台 | 酿酒酵母工程菌株及其代谢途径 | 合成生物学 | 作物真菌病害 | 代谢工程、蛋白质工程、合成生物学 | NA | 代谢物产量数据、酶活性数据 | NA | 代谢工程,蛋白质工程 | 酿酒酵母 | 甲羟戊酸途径和甾醇生物合成途径优化,转录因子Hac1和mA writer Ime4调控策略 | 农业,医药 |
| 2449 | 2025-10-05 |
Global and gene-specific translational regulation in Escherichia coli across different conditions
2022-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1010641
PMID:36264977
|
研究论文 | 本研究通过量化大肠杆菌在12种不同条件下的转录组和相对翻译效率,揭示了基因特异性翻译调控与转录调控协同响应营养限制的机制 | 首次系统量化多条件下mRNA与翻译效率的相关性,发现翻译调控基因自身受翻译调控的反馈机制,并证明密码子使用可预测翻译效率的跨条件变异 | 研究仅关注碳、氮、磷三种营养限制条件,未涵盖其他环境因素;翻译效率为相对值而非绝对定量 | 探究不同环境下mRNA转录水平与蛋白质丰度之间的关联机制及翻译调控作用 | 大肠杆菌(Escherichia coli)的基因组范围基因表达 | 系统生物学 | NA | 转录组测序,翻译效率量化,随机森林模型 | 随机森林 | 基因组学数据,转录组数据 | 12种不同生长条件的大肠杆菌样本 | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 2450 | 2025-10-05 |
Identification, Characterization, and Catalytic Mechanism of Regioselective UbiA Prenyltransferases in Morus Plants
2025-Mar-13, Angewandte Chemie (International ed. in English)
DOI:10.1002/anie.202504190
PMID:40080387
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研究论文 | 本研究鉴定并表征了桑树中10个具有区域选择性的UbiA异戊烯基转移酶,揭示了其催化机制和底物诱导构象变化 | 首次系统研究桑树UbiA异戊烯基转移酶的区域选择性机制,通过结构导向理性突变成功改变位点偏好性 | 对异戊烯基供体诱导区域选择性反转的潜在机制仍需进一步验证 | 阐明植物UbiA异戊烯基转移酶的区域选择性催化机制 | 桑树中的UbiA异戊烯基转移酶及其底物moracin类化合物 | 合成生物学 | NA | 分子对接、动力学模拟、量子化学计算、结构导向突变 | NA | 酶学数据、计算模拟数据 | 10个MaPTs酶 | 结构导向理性突变 | NA | NA | 医药、工业生物技术 |
| 2451 | 2025-10-05 |
Towards the first synthetic eukaryotic cell
2024-Dec, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2024.11.001
PMID:40078978
|
综述 | 本文全面探讨了合成真核细胞的设计原理、构建策略及技术突破,重点关注首个合成真核细胞的实现路径 | 系统整合多个人工设计合成的真核生物染色体,推动首个合成真核细胞的实现 | NA | 实现首个重新设计的合成真核细胞 | 真核生物染色体与合成细胞 | 合成生物学 | NA | DNA合成技术 | NA | NA | NA | Sc2.0项目提供的工程化细胞平台 | 酵母 | 真核染色体重新设计 | 医学,工业,农业,科研 |
| 2452 | 2025-10-05 |
Cyberbiosecurity: Advancements in DNA-based information security
2024-Aug, Biosafety and health
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.bsheal.2024.06.002
PMID:40078663
|
综述 | 探讨DNA作为信息存储介质带来的网络生物安全威胁及防控措施 | 首次系统阐述恶意代码通过人工合成DNA片段攻击计算机系统的网络生物安全新威胁 | NA | 为网络生物安全研究提供理论支持并提高风险防控意识 | DNA信息存储技术及其安全威胁 | NA | NA | DNA合成, DNA测序 | NA | DNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | 信息安全, 生物安全, 国家安全 |
| 2453 | 2025-10-05 |
Human biomimetic liver microphysiology systems in drug development and precision medicine
2021-04, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-020-00386-1
PMID:33335282
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综述 | 本文综述了仿生人类肝脏微生理系统在药物开发和精准医学中的应用与发展 | 整合跨学科技术开发患者特异性仿生肝脏微生理系统,用于研究疾病机制和药物代谢 | NA | 增强对疾病进展机制和药物代谢排泄毒性的理解,推动精准医学发展 | 人类肝脏微生理系统 | 生物医学工程 | 肝脏疾病 | 微流控设备、生物打印、工程基质材料、患者来源原代细胞、多能干细胞 | 微生理系统(MPS) | NA | NA | 合成生物学 | 人类细胞 | NA | 医学 |
| 2454 | 2025-10-05 |
Synthetic gene circuits in plants: recent advances and challenges
2025, Quantitative plant biology
DOI:10.1017/qpb.2025.3
PMID:40070723
|
综述 | 本文综述了植物合成生物学中合成基因回路的最新进展与挑战 | 系统总结了植物合成基因回路在基因表达可编程控制方面的最新进展,并提出了未来研究方向 | NA | 探讨植物合成生物学中合成基因回路的设计、构建与应用 | 植物合成基因回路 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 植物 | 合成基因回路,用于基因表达的可编程控制 | 农业 |
| 2455 | 2025-10-05 |
There and turn back again: the application of phage serine integrases in eukaryotic systems
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1478413
PMID:40066361
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综述 | 概述丝氨酸整合酶在真核系统中的应用及其在合成生物学中的潜力 | 强调丝氨酸整合酶在真核细胞中的创新应用方式及新重组因子(RDFs)的持续发现 | NA | 更新丝氨酸整合酶在真核细胞中的研究进展并推动遗传工程应用 | 噬菌体丝氨酸整合酶及其在真核系统中的应用 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组技术 | NA | NA | NA | 丝氨酸整合酶 | 真核细胞 | DNA序列插入、切除或倒位 | 医学,农业,环境科学 |
| 2456 | 2025-10-05 |
Comprehensive strategies for paclitaxel production: insights from plant cell culture, endophytic microorganisms, and synthetic biology
2025-Mar, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae346
PMID:40061810
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综述 | 本文系统总结了紫杉醇生产的综合策略,包括植物细胞培养、内生微生物利用和合成生物学方法 | 整合比较了三种主要紫杉醇生产策略的最新进展,并指出合成生物学在部分重建紫杉醇合成途径方面的突破 | 目前仍无法实现紫杉醇的完全生物合成,内生微生物产量和稳定性有限,植物细胞培养需要进一步优化 | 探讨紫杉醇工业化生产的优化策略和未来发展方向 | 紫杉醇生物合成途径、红豆杉植物细胞、内生真菌、微生物和植物底盘 | 合成生物学 | 癌症 | 植物细胞悬浮培养、微生物发酵、合成生物学技术 | NA | 文献综述数据 | NA | NA | 微生物、植物底盘 | 紫杉醇生物合成途径的部分重建 | 医药 |
| 2457 | 2025-10-05 |
Anti photoaging mechanism of a novel recombinant human fibronectin peptide (rhFNP) derived from the extracellular matrix
2025-Feb-28, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42730
PMID:40061928
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研究论文 | 本研究通过合成生物学构建新型重组人纤连蛋白肽(rhFNP),并系统评估其在光老化模型中的抗炎和细胞外基质重塑作用 | 首次利用合成生物学技术构建重组人纤连蛋白肽,并采用多物种模型(细胞、斑马鱼、小鼠)系统验证其抗光老化机制 | 研究主要聚焦于体外和动物模型,尚未进行人体临床试验验证 | 开发新型抗光老化生物活性肽并阐明其作用机制 | HaCaT、P815、NHEK细胞、斑马鱼、KM小鼠光老化模型 | 合成生物学 | 皮肤光老化 | 合成生物学、转录组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、组织形态学数据 | 多种细胞系、斑马鱼和KM小鼠模型 | 合成生物学 | NA | 重组人纤连蛋白肽的生物合成 | 医药 |
| 2458 | 2025-10-05 |
Organelle-Specific Smart Supramolecular Materials for Bioimaging and Theranostics Application
2024-Nov-28, Topics in current chemistry (Cham)
DOI:10.1007/s41061-024-00483-8
PMID:39607460
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综述 | 总结基于智能荧光团的有序纳米结构在特定细胞器中的制备方法,用于高效生物成像和癌症诊疗应用 | 利用刺激响应机制在亚细胞器原位生成分子前体并形成超分子纳米结构,实现精准生物成像 | 未提及具体实验数据验证,主要聚焦于概念总结与展望 | 开发细胞器特异性智能超分子材料用于生物成像和诊疗应用 | 亚细胞器内的超分子纳米结构 | 合成生物学 | 癌症 | 超分子自组装 | NA | 荧光成像数据 | NA | NA | NA | NA | 医学 |
| 2459 | 2025-10-05 |
From specialization to broad adoption: Key trends in droplet microfluidic innovations enhancing accessibility to non-experts
2025-Mar, Biomicrofluidics
IF:2.6Q2
DOI:10.1063/5.0242599
PMID:40046719
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观点文章 | 概述提高液滴微流控系统稳健性和可访问性的最新进展 | 探讨商业化和自主研发设备如何共同推动液滴微流控技术向非专业用户的普及 | 商业解决方案的适应性通常受限于内部开发设备 | 促进液滴微流控技术在非专业实验室中的广泛应用 | 液滴微流控技术平台及其操作流程 | 微流控技术 | NA | 液滴生成、试剂添加、分裂、洗涤、孵育、分选和分配 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 分析应用、单细胞研究、合成生物学、定向进化、诊断 |
| 2460 | 2025-10-05 |
DeepEnzyme: a robust deep learning model for improved enzyme turnover number prediction by utilizing features of protein 3D-structures
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae409
PMID:39162313
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研究论文 | 开发了一种结合Transformer和GCN的深度学习模型DeepEnzyme,通过整合蛋白质序列和三维结构特征来预测酶转换数 | 首次将Transformer与图卷积网络结合,利用蛋白质三维结构特征提升对低序列相似度酶的kcat预测鲁棒性 | NA | 提高酶转换数(kcat)预测的准确性和鲁棒性 | 酶蛋白 | 机器学习 | NA | 深度学习 | Transformer, GCN | 蛋白质序列数据,三维结构数据 | NA | NA | NA | NA | 蛋白质工程,合成生物学 |