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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2521 | 2024-08-07 |
Edible mycelium bioengineered for enhanced nutritional value and sensory appeal using a modular synthetic biology toolkit
2024-Mar-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46314-8
PMID:38485948
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研究论文 | 开发了一种用于Aspergillus oryzae的可食用真菌的模块化合成生物学工具包,以提高其营养价值和感官吸引力 | 首次开发了用于可食用真菌Aspergillus oryzae的模块化合成生物学工具包,并成功提高了其内部营养素和风味分子的含量 | NA | 通过合成生物学技术增强真菌食品的营养价值和感官吸引力 | Aspergillus oryzae真菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑技术 | NA | NA | NA |
2522 | 2024-08-07 |
High-throughput prediction of enzyme promiscuity based on substrate-product pairs
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae089
PMID:38487850
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研究论文 | 本文开发了一种基于底物-产物对的酶混杂性预测模型SPEPP,利用迁移学习和变换器架构进行预测 | SPEPP模型通过迁移学习和变换器架构,无需先验反应知识,允许用户自定义候选酶库,具有较强的外推能力 | NA | 解决现有基于底物和反应相似性的工具在代谢工程和合成生物学中应用的局限性 | 酶混杂性预测及其在代谢工程、从头途径设计和有害物质降解中的应用 | 代谢工程 | NA | 迁移学习 | 变换器架构 | 底物-产物对数据 | NA |
2523 | 2024-08-07 |
Deep generative design of RNA family sequences
2024-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02148-8
PMID:38238559
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研究论文 | 提出了一种名为RfamGen的深度生成模型,用于高效地设计功能性RNA家族序列 | RfamGen通过整合对齐和共识二级结构信息,能够生成新颖且功能性的RNA家族序列 | NA | 开发一种自动化设计功能性RNA的平台 | RNA家族序列 | 机器学习 | NA | 深度生成模型 | 深度生成模型 | 序列数据 | 使用了多种RNA家族进行实验验证 |
2524 | 2024-08-07 |
Synthetic biological neural networks: From current implementations to future perspectives
2024-Mar, Bio Systems
DOI:10.1016/j.biosystems.2024.105164
PMID:38402944
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综述 | 本文综述了合成生物神经网络(SYNBIONNs)的当前实现和模型,并探讨了其未来的发展前景和挑战 | SYNBIONNs在医学、生物传感器、生物技术等领域的应用显示出巨大潜力 | 目前SYNBIONN的实现较为稀少,且主要依赖于在硅中预训练的神经网络和大量人工输入 | 探讨如何成功实现一个可扩展的、能够在线学习的体内生物神经网络 | 合成生物神经网络(SYNBIONNs)及其在不同领域的应用 | 生物技术 | NA | NA | 神经网络 | NA | NA |
2525 | 2024-08-07 |
Machine metaphors and ethics in synthetic biology
2018-Jun-04, Life sciences, society and policy
DOI:10.1186/s40504-018-0077-y
PMID:29862436
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研究论文 | 本文探讨了合成生物学中机器隐喻的使用及其伦理影响 | 分析了机器隐喻在合成生物学中的应用及其对伦理判断的影响 | 未提及 | 探讨机器隐喻在合成生物学中的应用及其伦理影响 | 合成生物学中的机器隐喻及其伦理含义 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2526 | 2024-08-07 |
Yeast 2.0-connecting the dots in the construction of the world's first functional synthetic eukaryotic genome
2018-06-01, FEMS yeast research
IF:2.4Q3
DOI:10.1093/femsyr/foy032
PMID:29648592
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研究论文 | 本文介绍了构建世界上第一个功能性合成真核基因组的研究进展,特别是在合成酵母基因组项目中的应用。 | 文章展示了如何利用先进的生物设计概念和合成生物学工具,通过国际合作网络推动科学进步,并为人类未来和可持续环境提供积极框架。 | 文章强调了在探索合成生物学等前沿科学时,需要关注生物安全、生物伦理和监管方面的挑战。 | 构建一个安全的模型生物中的合成真核基因组,并探讨其对未来生物经济的影响。 | 研究对象包括合成酵母基因组项目中的酵母细胞和相关生物设计工具。 | 合成生物学 | NA | 合成生物学工具 | NA | 基因组数据 | 涉及16个人造染色体的酵母细胞 |
2527 | 2024-08-07 |
A living foundry for Synthetic Biological Materials: A synthetic biology roadmap to new advanced materials
2018-Jun, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2018.04.002
PMID:29900423
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学发现和制造新型生物基材料的潜力和挑战 | 提出了一种新的合成生物学生物材料制造方法,涉及智能设计和预测、制造、评估和生产 | 文章未明确指出具体的限制 | 旨在识别和加速新一代合成生物材料的发展 | 新型合成生物材料及其制造方法 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA |
2528 | 2024-08-07 |
Spatially organizing biochemistry: choosing a strategy to translate synthetic biology to the factory
2018-05-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-018-26399-0
PMID:29844460
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研究论文 | 本文通过空间解析的动力学模型探讨了合成生物学中生物化学空间组织的基本设计选择 | 提出了灵活的设计空间分析方法,可适用于多种生物合成途径,并为合理选择生物合成组织策略奠定了基础 | NA | 探索生物合成途径的最佳组织策略 | 生物合成途径的空间组织策略 | 合成生物学 | NA | 空间解析的动力学模型 | NA | NA | NA |
2529 | 2024-08-07 |
Cell-Free Protein Synthesis From Fast-Growing Vibrio natriegens
2018, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2018.01146
PMID:29910785
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研究论文 | 本文报道了一种基于快速生长的非致病性细菌Vibrio natriegens的细胞外蛋白质合成系统(CFPS)的开发 | 开发了一种新的基于Vibrio natriegens的细胞外蛋白质合成系统,并通过激活内源转录单元展示了其潜力 | 系统存在rRNA稳定性问题和关键底物消耗(如氨基酸)的限制 | 开发和优化基于Vibrio natriegens的细胞外蛋白质合成系统,以应用于生物技术和合成生物学 | Vibrio natriegens的细胞外蛋白质合成系统及其在生物技术中的应用 | 生物技术 | NA | 细胞外蛋白质合成 | NA | 代谢物分析 | 小规模批次反应 |
2530 | 2024-08-07 |
The Timing of Transcriptional Regulation in Synthetic Gene Circuits
2017-11-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.7b00118
PMID:28841307
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研究论文 | 本文研究了合成基因电路中转录调控的时间特性 | 首次测量了两种常用转录因子在埃希氏菌中的信号时间,并展示了信号时间的变化范围及其与表达速率的关系 | NA | 探讨合成转录基因电路在活细胞中的转录调控时间尺度 | 转录因子AraC和LacI在埃希氏菌中的信号时间 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 单细胞数据 | NA |
2531 | 2024-08-07 |
Advances in bacterial cancer therapies using synthetic biology
2017-Oct, Current opinion in systems biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.coisb.2017.05.009
PMID:29881788
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综述 | 本文综述了利用合成生物学工程细菌作为癌症治疗手段的进展 | 通过遗传修饰编程细菌的疗效、安全性和特异性特征 | 当前面临的挑战包括遗传稳定性等,这些是实现临床应用必须解决的问题 | 探讨合成生物学在细菌癌症治疗中的应用 | 细菌的肿瘤靶向、对肿瘤微环境的特定感知和响应、远程诱导方法及可控药物释放 | 合成生物学 | 癌症 | 遗传修饰 | NA | NA | NA |
2532 | 2024-08-07 |
Control mechanisms for stochastic biochemical systems via computation of reachable sets
2017-Aug, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.160790
PMID:28878957
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研究论文 | 本文提出了一种通过计算可达集来研究控制措施对分子交互模式影响的方法 | 本文引入了一种可达性分析形式,能够描述生物系统(自然进化或工程设计)的潜在行为,并提供一组关于其群体统计动态的界限 | NA | 通过理性引导分子过程来控制细胞行为 | 分子交互模式 | 合成生物学 | NA | 可达性分析 | NA | NA | NA |
2533 | 2024-08-07 |
Beyond patchwork precaution in the dual-use governance of synthetic biology
2013-Sep, Science and engineering ethics
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s11948-012-9365-8
PMID:22535577
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研究论文 | 本文探讨了合成生物学的预防性治理是否能防止其被用于有害应用,并提出了一个更系统的双用途预防网络的必要性 | 提出了一个更系统的双用途预防网络的概念,以更有效地防止合成生物学领域的未来滥用 | NA | 探讨合成生物学的预防性治理在防止其被用于有害应用中的作用 | 合成生物学的双用途治理 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2534 | 2024-08-07 |
Cell-free protein synthesis: the state of the art
2013-Feb, Biotechnology letters
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s10529-012-1075-4
PMID:23086573
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综述 | 本文综述了无细胞蛋白合成的现状及其在蛋白质工程、生物制药开发和后基因组研究中的广泛应用 | 无细胞蛋白合成技术通过摆脱基于细胞系统的限制,进一步推动了合成生物学的发展 | NA | 探讨无细胞蛋白合成的最新进展及其在特定应用中的潜力 | 无细胞蛋白合成技术及其在蛋白质工程、生物制药和后基因组研究中的应用 | 生物技术 | NA | 无细胞蛋白合成 | NA | NA | NA |
2535 | 2024-08-07 |
Metabolic analyses elucidate non-trivial gene targets for amplifying dihydroartemisinic acid production in yeast
2013, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2013.00200
PMID:23898325
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研究论文 | 本文通过计算和体内代谢途径分析,识别出提高酵母中二氢青蒿酸(DHA)产量的代谢工程目标 | 本文采用极端途径(ExPa)分析和代谢通量分析,结合基因敲除和过表达策略,提出了一种提高DHA产量的创新方法 | NA | 旨在通过代谢工程提高酵母中二氢青蒿酸的产量 | 酵母中的二氢青蒿酸产量 | 合成生物学 | NA | 极端途径分析,代谢通量分析,基因敲除,过表达 | NA | 代谢数据 | 涉及一个DHA合成酵母菌株的代谢通量分布 |
2536 | 2024-08-07 |
Synthetic in vitro circuits
2012-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2012.05.179
PMID:22676890
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research paper | 本文探讨了体外电路作为设计、理解和利用动态生化电路平台的可行性 | 体外系统允许研究人员直接访问和操纵生物分子部件,避免了在活体中常见的复杂性和相互依赖性 | NA | 探索细胞外合成生物学作为理解原生生物电路和工程新功能的灵活测试平台 | 体外电路系统及其在复杂数学计算、联想记忆任务和小分子传感中的应用 | synthetic biology | NA | DNA/RNA/蛋白质基电路技术 | NA | NA | 超过100个编程分子成分的系统 |
2537 | 2024-08-07 |
Meta-DNA: synthetic biology via DNA nanostructures and hybridization reactions
2012-Jul-07, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2011.0819
PMID:22237679
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研究论文 | 本文开发了一种名为meta-DNA(简称mDNA)的生物化学系统,基于DNA链作为唯一组分分子,通过脚架介导的DNA链置换反应模拟各种酶对DNA分子的操作 | 提出了基于DNA链置换反应的meta-DNA系统,模拟了多种酶对DNA的操作,包括链置换、限制切割、聚合反应等 | NA | 探索通过高度简化的相互作用类能否产生广泛的复杂生物化学行为,特别是通过简单的DNA杂交化学能否模拟蛋白质酶对DNA的操作 | meta-DNA系统及其在模拟酶对DNA操作中的应用 | 合成生物学 | NA | DNA链置换反应 | NA | DNA | NA |
2538 | 2024-08-07 |
Synthetic biology and the ethics of knowledge
2010-Nov, Journal of medical ethics
IF:3.3Q1
DOI:10.1136/jme.2010.038232
PMID:20935316
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research paper | 本文探讨了合成生物学在伦理学上的重要性和潜在的滥用风险 | 提出合成生物学知识可能被滥用的风险,特别是在生物恐怖主义或战争中 | 未具体讨论合成生物学技术的实际应用和具体伦理问题 | 探讨合成生物学对生物伦理学家提出的要求 | 合成生物学及其伦理问题 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2539 | 2024-08-07 |
Design and analysis of synthetic carbon fixation pathways
2010-May-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.0907176107
PMID:20410460
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研究论文 | 研究通过计算方法设计并分析了合成碳固定途径,以提高碳固定效率 | 提出了新的合成碳固定途径,这些途径在动力学速率上可能比自然途径有显著优势 | 实施这些合成途径面临表达水平、活性、稳定性、定位和调控等挑战 | 旨在通过代谢工程和合成生物学提高食物和可再生燃料生产的可持续性 | 碳固定途径及其效率 | NA | NA | 计算方法 | NA | NA | 约5000种已知在自然界中存在的代谢酶 |
2540 | 2024-08-07 |
Robust synthetic biology design: stochastic game theory approach
2009-Jul-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btp310
PMID:19435742
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机博弈理论的鲁棒合成基因网络设计方法,以实现预定稳态 | 采用Takagi-Sugeno模糊模型和线性矩阵不等式技术,通过Matlab中的鲁棒控制工具箱,近似非线性合成基因网络 | NA | 解决合成基因网络在不确定初始条件和细胞外环境干扰下的鲁棒性设计问题 | 合成基因网络 | 合成生物学 | NA | 线性矩阵不等式(LMI) | Takagi-Sugeno(T-S)模糊模型 | NA | NA |