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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2541 | 2024-08-07 |
Detection of chikungunya viral RNA in mosquito bodies on cationic (Q) paper based on innovations in synthetic biology
2017-08, Journal of virological methods
IF:2.2Q3
DOI:10.1016/j.jviromet.2017.04.013
PMID:28457785
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研究论文 | 本文报道了一种基于合成生物学创新的阳离子(Q)纸,用于检测蚊子体内的基孔肯雅病毒(CHIKV)RNA | 使用了一种新型的阳离子(Q)纸,通过静电相互作用吸附病毒RNA,并结合人工扩展遗传信息系统(AEGIS)和自避免分子识别系统(SAMRS)进行检测 | NA | 开发一种廉价且便捷的方法来收集作为潜在载体的蚊子,以便保存、储存和运输进行后续或远程分析 | 基孔肯雅病毒(CHIKV)及其在蚊子体内的检测 | 合成生物学 | 基孔肯雅病 | PCR | NA | RNA | 多个感染和未感染的蚊子样本 |
2542 | 2024-08-07 |
Adaptive imaging cytometry to estimate parameters of gene networks models in systems and synthetic biology
2014, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0107087
PMID:25210731
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GenoSIGHT的自适应成像平台,该平台能够在实验过程中实时处理图像并调整实验条件,以提高基因表达数据的重现性和基因网络参数估计的准确性 | 开发了一种自适应成像平台GenoSIGHT,能够在实验过程中实时处理图像并调整实验条件,从而提高实验效率和数据准确性 | 实验的成功与否只能在所有图像处理完成后才能知晓,可能导致时间和资源的浪费 | 开发一种自适应成像平台,以提高系统与合成生物学中基因表达研究的效率和准确性 | 研究对象为酵母细胞中通过半乳糖诱导表达的黄色荧光蛋白Venus | 系统与合成生物学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像 | 涉及酵母细胞 |
2543 | 2024-08-07 |
Anaerobic catabolism of aromatic compounds: a genetic and genomic view
2009-Mar, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR
IF:8.0Q1
DOI:10.1128/MMBR.00021-08
PMID:19258534
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综述 | 本文综述了通过分子生物学方法和新技术(如基因组测序、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学)对厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化方面的最新发现 | 研究表明厌氧芳香化合物代谢比以往认为的更加多样化和广泛,并且与在厌氧条件下使用芳香化合物的复杂代谢和应激程序开始被揭示 | 关于这些过程的遗传决定因素和涉及的调控机制的研究相对较少 | 探讨厌氧芳香化合物降解途径的遗传学、调控、生态生理学和进化 | 厌氧芳香化合物的代谢过程及其相关酶和途径 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、宏基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、宏基因组数据 | NA |
2544 | 2024-08-07 |
Microfluidic PicoArray synthesis of oligodeoxynucleotides and simultaneous assembling of multiple DNA sequences
2004, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkh879
PMID:15477391
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微流控PicoArray方法,用于同时合成和纯化设计用于多重基因合成的寡核苷酸,并展示了其在蛋白质表达中的应用 | 开发了一种微流控PicoArray方法,实现了寡核苷酸的并行合成和纯化,提高了基因合成的效率和纯度 | NA | 探索微流控技术在现代合成生物学中的应用,特别是基因合成和蛋白质表达 | 寡核苷酸的合成与纯化,以及通过连接和融合PCR策略实现的大规模DNA构建 | 合成生物学 | NA | 微流控PicoArray | NA | DNA序列 | 数百个碱基对的DNA构建物,以及高达10 kb的DNA构建物 |
2545 | 2024-08-07 |
Applications of designer phage encoding recombinant gene payloads
2024-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.09.008
PMID:37833198
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研究论文 | 本文讨论了通过基因工程将重组基因有效载荷编码到噬菌体基因组中,以在细菌宿主中表达,从而影响噬菌体与细菌相互作用的潜在结果 | 本文探讨了在噬菌体疗法中使用合成生物学和DNA测序技术的新应用,特别是在多药耐药感染的治疗方面 | 文中指出,异源基因有效载荷的识别及其在转化相关应用中对细菌或人类细胞的影响仍未得到充分探索 | 研究目的是探索和分类重组基因有效载荷在噬菌体基因工程中的潜在应用 | 研究对象包括噬菌体、细菌以及通过基因工程引入的重组基因有效载荷 | 合成生物学 | NA | DNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
2546 | 2024-08-07 |
Intellectual property and funding: fueling Chinese synbio
2024-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.10.012
PMID:37980185
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研究论文 | 本文探讨了中国合成生物学领域中知识产权与资金支持的相互作用及其对创新和商业化的推动作用 | 强调知识产权与资金支持在中国合成生物学发展中的关键作用 | NA | 分析中国合成生物学领域的知识产权与资金支持的现状及其政策影响 | 中国合成生物学领域的知识产权与资金支持 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2547 | 2024-08-07 |
Developing Ganoderma lucidum as a next-generation cell factory for food and nutraceuticals
2024-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.008
PMID:37659953
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综述 | 本文探讨了利用现代合成生物学工具,通过分子策略解决Ganoderma lucidum中基因调控网络和同源重组频率低的瓶颈问题,以促进其作为食品和营养补充品的高效细胞工厂的开发 | 利用现代合成生物学技术,加速精确的多基因靶向和编辑,解开G. lucidum的生物合成机制 | Ganoderma lucidum中强大的调控网络和低频率的同源重组限制了分子工具和精确遗传标记的发展 | 将Ganoderma lucidum转化为高效的细胞工厂,用于食品和营养补充品的生产 | Ganoderma lucidum的生物合成机制和分子调控策略 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2548 | 2024-08-07 |
Plant Engineering to Enable Platforms for Sustainable Bioproduction of Terpenoids
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_1
PMID:38468079
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综述 | 本文综述了利用植物工程技术开发可持续生产萜类化合物的平台,并强调了优化已知途径、细胞内途径的区室化以及为复杂生物合成途径工程开发的遗传工具等策略。 | 本文介绍了利用植物作为可持续生产平台,通过代谢工程和合成生物学技术,提高萜类化合物的产量和生产效率。 | NA | 开发可持续的解决方案,通过工程化宿主生物中的生物合成途径来生产萜类化合物。 | 萜类化合物及其在工业中的应用,如绿色溶剂、香料和香精、营养补充品、着色剂和治疗药物。 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
2549 | 2024-08-07 |
Construction of Xylose-Utilizing Cyanobacterial Chassis for Bioproduction Under Photomixotrophic Conditions
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_4
PMID:38468082
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研究论文 | 本文通过合成生物学方法,以快速生长的蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973为例,构建了一种新的能够利用木糖的蓝细菌底盘,以增加乙酰辅酶A用于生物生产 | 本文首次开发了一种合成生物学方法,用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘 | NA | 开发一种新的合成生物学方法,用于构建能够利用木糖的蓝细菌底盘 | 蓝细菌Synechococcus elongatus UTEX 2973 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2550 | 2024-08-07 |
Multiplex Marker-Less Genome Integration in Pichia pastoris Using CRISPR/Cas9
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_10
PMID:38468088
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研究论文 | 本文利用CRISPR/Cas9系统在Pichia pastoris中实现多基因无标记整合,构建细胞工厂 | 首次在Pichia pastoris中应用CRISPR/Cas9系统进行多基因整合,为C1生物转化提供平台 | NA | 开发Pichia pastoris中的合成生物学工具,特别是多基因路径的操作 | Pichia pastoris细胞工厂的构建 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA |
2551 | 2024-08-07 |
Genome Editing, Transcriptional Regulation, and Forward Genetic Screening Using CRISPR-Cas12a Systems in Yarrowia lipolytica
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_11
PMID:38468089
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研究论文 | 本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR-Cas12a系统进行基因编辑、转录调控和功能基因组筛选的方法 | 开发了一套CRISPR-Cas12a载体,用于简单多重基因敲除、抑制和激活,并构建了一个全基因组范围的引导库,用于功能基因组筛选 | NA | 扩展CRISPR-Cas12a系统在工业重要宿主中的合成生物学工具 | Yarrowia lipolytica中的基因编辑、转录调控和功能基因组筛选 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas12a | 机器学习算法 | 基因组数据 | 全基因组范围的引导库,每个基因有八倍覆盖 |
2552 | 2024-08-07 |
A Machine Learning Approach for Predicting Essentiality of Metabolic Genes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_20
PMID:38468098
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研究论文 | 本文描述了一种使用二元分类算法预测代谢基因必需性的策略 | 该方法结合了基因组规模代谢模型、有向图和机器学习,形成了一个可以在小规模敲除数据上训练的预测模型 | NA | 识别必需基因,特别是在将原料转化为有价值产品的代谢途径工程中 | 代谢基因的必需性 | 机器学习 | NA | 二元分类算法 | NA | 基因组规模代谢模型数据 | 小规模敲除数据 |
2553 | 2024-08-07 |
Programming Juxtacrine-Based Synthetic Signaling Networks in a Cellular Potts Framework
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_17
PMID:38468095
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research paper | 本文开发了一种计算框架,使用模拟细胞系(ISCL)来设计和测试合成信号网络,以促进组织形成和形态发生 | 提出了一个包含基本可修改特征(如粘附、运动、生长和分裂)的模拟细胞系(ISCL),并能在其中快速工程化定制遗传电路以测试和改进不同的信号网络设计 | NA | 旨在重新编程高等真核细胞以促进组织形成和形态发生 | 合成生物学领域的合成发展 | synthetic biology | NA | cellular Potts modeling | NA | NA | NA |
2554 | 2024-08-07 |
Genetic Network Design Automation with LOICA
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_22
PMID:38468100
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研究论文 | 介绍了一种名为LOICA的Python包,用于设计、建模和表征遗传网络,使用简单的面向对象设计抽象 | LOICA通过将不同的生物学和实验组件表示为类,并利用Flapjack实验数据管理平台进行参数化,实现了遗传网络的高效设计和模拟 | NA | 开发和应用遗传设计自动化工具,以实现更复杂的合成遗传网络的高通量设计 | 遗传网络的设计和模拟 | 生物工程 | NA | 遗传设计自动化 | 面向对象设计抽象 | 实验数据 | NA |
2555 | 2024-08-07 |
Multimodal Control of Bacterial Gene Expression by Red and Blue Light
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_26
PMID:38468104
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研究论文 | 本文详细介绍了使用pREDusk、pREDawn、pCrepusculo和pAurora光遗传电路通过红光和蓝光控制细菌基因表达的方法 | 利用光遗传技术实现对细胞事件和状态的光依赖性控制,具有可逆性、非侵入性和精细的时空精度 | NA | 探索光遗传技术在细胞生物学、合成生物学和生物技术中的创新应用 | 细菌基因表达的控制 | 合成生物学 | NA | 光遗传技术 | NA | NA | NA |
2556 | 2024-08-07 |
In Silico Design, In Vitro Construction, and In Vivo Application of Synthetic Small Regulatory RNAs in Bacteria
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_27
PMID:38468105
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研究论文 | 本文介绍了一种计算预测和合成生物学方法,用于设计、构建和验证细菌中合成小调控RNA(sRNA)的功能 | 使用计算工具SEEDling匹配最佳种子区域与用户选择的sRNA骨架,以抑制目标mRNA,并通过Golden Gate克隆组装合成sRNA | 仅以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例,未涵盖所有可能的应用场景 | 开发一种用于设计、构建和验证细菌中合成sRNA功能的方法 | 小调控RNA(sRNA)在细菌中的功能 | 合成生物学 | NA | Golden Gate克隆 | NA | RNA | 以acrA mRNA在Escherichia coli中的抑制为例 |
2557 | 2024-08-07 |
In Vivo DNA Assembly Using the PEDA Method
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3658-9_24
PMID:38468102
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研究论文 | 本文介绍了PEDA方法,一种在多种微生物中直接体内组装DNA片段的新技术 | PEDA方法允许在体内组装具有短至5 bp同源序列的DNA片段,效率与体外DNA组装相当 | NA | 提供一种简单高效的DNA组装方法,促进合成生物学的发展 | 多种微生物如大肠杆菌、拉氏假单胞菌、假单胞菌、植物乳杆菌和亚罗利普酵母 | 合成生物学 | NA | PEDA方法 | NA | DNA片段 | 多种微生物 |
2558 | 2024-08-07 |
Bioconversion of C1 feedstocks for chemical production using Pichia pastoris
2023-08, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.03.006
PMID:36967258
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综述 | 本文综述了利用毕赤酵母(Pichia pastoris)进行C1原料生物转化以生产化学品的潜力和策略 | 探讨了毕赤酵母通过代谢工程或与电催化结合利用CO的潜力,并提出了合成生物学和材料科学的新视角 | NA | 探讨利用毕赤酵母进行C1原料生物转化的挑战和可行策略 | 毕赤酵母在C1原料生物转化中的应用 | NA | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA |
2559 | 2024-08-07 |
Modularized synthetic biology enabled intelligent biosensors
2023-08, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.03.005
PMID:36967259
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综述 | 本文综述了智能合成生物学驱动的生物传感器(SBBs)的最新进展及其在即时检测(POCT)和可穿戴监测中的应用 | 介绍了智能SBBs在计算、存储和自校准方面的能力,以及其在实际应用中的适应性 | NA | 探讨智能合成生物学生物传感器的发展及其应用前景 | 智能合成生物学生物传感器及其在即时检测和可穿戴监测中的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学模块化技术 | NA | NA | NA |
2560 | 2024-08-07 |
Harnessing synthetic biology to enhance ocean health
2023-07, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2022.12.015
PMID:36669947
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学方法增强海洋健康的框架 | 提出利用合成生物学工具创新性地增强海洋生物系统的自然适应能力,以应对人类活动引起的快速变化 | NA | 探索合成生物学在解决海洋塑料污染、珊瑚白化和有害藻华等问题中的应用 | 海洋健康、塑料污染、珊瑚白化、有害藻华 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |