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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-11-14 |
Prokaryotic homeostasis - a solution to thrive and survive
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1704789
PMID:41209587
|
综述 | 本文探讨原核生物通过复杂调控机制维持细胞内稳态的能力及其科学应用价值 | 系统性地将细菌确立为单细胞稳态研究的理想模型,并阐明其稳态调控网络在合成生物学和抗菌治疗中的转化潜力 | 未涉及具体实验验证或定量分析,主要为理论框架梳理 | 解析细菌维持内外环境稳态的分子机制及其应用意义 | 原核生物(细菌)的稳态调控系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 细菌 | 稳态调控网络(包括转录网络、第二信使系统、DNA拓扑结构调控) | 医学, 工业生物技术 |
| 242 | 2025-11-13 |
Engineering the Link: From Genome Interaction Maps to Functional Insight
2025-Nov-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500525
PMID:41221676
|
综述 | 探讨利用基因组工程技术操控3D染色质结构以揭示基因组结构与功能间因果联系的研究进展 | 提出通过可编程DNA结合平台(锌指蛋白、TALEs、CRISPR-Cas9)定向操纵染色质三维结构来建立基因组结构与功能的因果关系 | 当前方法在效率、可扩展性和特异性方面存在局限 | 阐明3D染色质结构与细胞功能之间的因果关系 | 染色质三维结构(特别是DNA环)与基因表达调控 | 合成生物学 | NA | 染色体构象捕获测序、基因组工程 | NA | 基因组相互作用数据 | NA | CRISPR-Cas9, 锌指蛋白, TALEN | 哺乳动物细胞 | 通过工程化染色质环重编程增强子-启动子通讯 | 医学, 工业生物技术 |
| 243 | 2025-11-13 |
TEDD: a comprehensive database for translation efficiency dynamics
2025-Nov-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1125
PMID:41217970
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研究论文 | 开发了一个名为TEDD的综合数据库,用于探索人类翻译效率动态及其与UTR特征的调控关系 | 首次系统整合了翻译效率(TE)、起始效率(TR)和延伸速度(EVI)在基因和转录本水平的量化数据,并关联UTR特征分析 | 目前仅涵盖人类数据,尚未包含其他物种的信息 | 构建一个全面的翻译效率动态数据库,支持翻译调控机制研究 | 人类基因和转录本的翻译效率动态 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, Ribo-seq, RNC-seq | NA | 基因组学数据,序列数据 | 1518个样本,来自143个人类项目(279个数据集),涵盖24种组织/细胞类型、74种细胞系和52种条件 | NA | 人类 | NA | 医学,合成生物学 |
| 244 | 2025-11-13 |
A parts list of promoters and gRNA scaffolds for mammalian genome engineering and molecular recording
2025-Nov-11, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02896-2
PMID:41219485
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研究论文 | 本研究开发了用于哺乳动物基因组工程和分子记录的标准化启动子和gRNA支架元件库 | 创建了首个针对哺乳动物系统的标准化遗传元件库,包含数千个经过验证的高效编辑元件 | 研究主要在人源和小鼠细胞系中进行验证,尚未在更多生物模型或体内环境中测试 | 开发用于哺乳动物系统基因组工程和分子记录的标准化遗传元件工具 | 聚合酶III启动子和引导RNA(gRNA)支架的变体库 | 合成生物学 | NA | 多重prime editing、饱和突变筛选 | NA | 基因组编辑效率数据 | 人类和小鼠细胞系 | CRISPR-Cas9, prime editing | 人类细胞, 小鼠细胞 | 分子记录阵列、十键阵列、复杂遗传电路 | 医学, 工业生物技术 |
| 245 | 2025-11-12 |
A Comprehensive Review on Engineering Lactic Acid Bacteria: Emerging Genetic Tools and Synthetic Biology Strategies
2025-Nov-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70079
PMID:41215480
|
综述 | 本文系统综述了乳酸菌基因工程和合成生物学策略的最新进展及其在食品、医药和环境领域的应用 | 整合了CRISPR-Cas系统等新兴基因编辑工具和合成生物学方法在乳酸菌工程化中的应用前景 | 存在质粒不稳定性、代谢负担和监管障碍等技术挑战 | 探讨通过基因工程和合成生物学策略增强乳酸菌功能性的方法 | 乳酸菌(如乳酸杆菌和乳酸球菌)的基因组结构和代谢特性 | 合成生物学 | NA | 电穿孔、接合转移、CRISPR-Cas系统、基因电路、核糖开关、生物传感器 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 乳酸菌, Lactobacillus, Lactococcus | 基因电路、生物传感器、代谢途径优化 | 食品, 医药, 环境, 工业生物技术, 农业 |
| 246 | 2025-11-11 |
Characterization of recombinase activity across cellular growth phases
2025-Aug-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-17024-y
PMID:40855116
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研究论文 | 研究细菌生长阶段如何影响重组酶Bxb1介导的DNA修饰效率 | 首次系统揭示静止期重组酶活性特征及诱导时机对重组效率的优化作用 | 仅使用大肠杆菌和Bxb1重组酶作为模型系统 | 探索细菌生长阶段对重组酶活性的影响机制 | 大肠杆菌和丝氨酸重组酶Bxb1 | 合成生物学 | NA | 遗传工程系统、重组效率定量分析 | NA | 分子生物学实验数据 | NA | 遗传工程系统 | 大肠杆菌 | 重组酶介导的DNA修饰系统 | 生物医学研究, 基因治疗, 合成生物学 |
| 247 | 2025-11-10 |
Genetically engineered pig-to-human liver xenotransplantation
2025-Oct-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.08.044
PMID:41076089
|
研究论文 | 报道世界首例基因编辑猪辅助肝异种移植到活人体的成功案例,患者存活达171天 | 首次实现基因编辑猪到活人体肝脏异种移植,使用10基因编辑平台,突破合成生物学在临床移植中的界限 | 术后出现异种移植相关血栓性微血管病,反复上消化道出血导致患者死亡 | 探索猪到人肝脏异种移植作为人类肝移植桥梁方法的可行性 | 患有大型肝细胞癌且不适合根治性切除的患者 | 合成生物学 | 肝细胞癌 | 基因编辑 | NA | 临床监测数据 | 1例患者 | CRISPR-Cas9 | 猪 | 敲除异种抗原基因,敲入7个人类转基因以实现免疫和凝血兼容性 | 医学 |
| 248 | 2025-11-09 |
Enhancing the β-Oxidation-Like Pathway for the Optimal Production of the Immunosuppressant Mycophenolic Acid
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508826
PMID:40788096
|
研究论文 | 本研究通过重构真菌β-氧化样酶级联反应,优化了免疫抑制剂霉酚酸的生产途径 | 首次在真菌天然产物生物合成中实现了完整β-氧化样酶级联反应的功能重构 | 研究仅针对特定真菌菌株,未验证在其他宿主中的普适性 | 优化免疫抑制剂霉酚酸的生物合成途径 | 短密青霉菌NRRL864及其β-氧化酶系统 | 合成生物学 | 免疫抑制治疗 | 体外酶活性测定、途径工程 | NA | 酶活性数据、代谢产物产量数据 | NA | 途径优化、基因过表达 | 短密青霉菌 | β-氧化样代谢途径,包含氧化、脱氢、水合、还原、异构化和逆克莱森缩合反应 | 医药 |
| 249 | 2025-11-09 |
Insights into microalgal biotechnology: Current applications, key challenges, and future prospects
2025-Nov, Journal of environmental management
IF:8.0Q1
DOI:10.1016/j.jenvman.2025.127263
PMID:40961787
|
综述 | 本文综述微藻生物技术的当前应用、关键挑战与未来前景 | 系统整合了微藻在碳捕集、能源生产与环境修复中的多功能应用,并指出合成生物学与光生物反应器设计的突破性进展 | 大规模部署仍受制于技术经济壁垒,特别是生物质收获与脱水的高成本 | 探讨微藻生物技术的综合潜力与实现路径 | 微藻及其在生物制造中的应用系统 | 生物技术 | NA | CRISPR/Cas基因组编辑、生物絮凝、磁分离、太阳能辅助干燥 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微藻 | 增强脂质、碳水化合物和氢气产量的代谢工程 | 能源, 环境, 工业生物技术 |
| 250 | 2025-11-09 |
Microwave-Activated Bacterial Biorobot for Multimodal Cancer Therapy
2025-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504603
PMID:40789052
|
研究论文 | 开发了一种微波激活的细菌生物机器人,用于多模式癌症治疗 | 利用微波精确控制工程细菌在肿瘤部位的激活,结合葡萄糖氧化酶表达和CuO纳米颗粒催化,实现多模式肿瘤细胞死亡 | NA | 开发精确可控的癌症治疗新方法 | 工程大肠杆菌生物机器人和肿瘤细胞 | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学工程、微波激活技术 | NA | 体外实验数据、体内实验数据、转录组分析数据 | NA | 合成生物学工具 | 大肠杆菌MG1655 | 微波激活的基因表达系统,用于表达葡萄糖氧化酶 | 医学 |
| 251 | 2025-11-09 |
[Application and prospects of synthetic biology in the genetic improvement of rice]
2025-Oct-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250347
PMID:41203287
|
综述 | 系统总结合成生物学在水稻遗传改良中的应用进展与突破成果 | 通过模块化、标准化和系统化方法实现精准基因组和代谢途径工程,有效克服传统育种周期长和性状改良能力受限的局限性 | NA | 探讨合成生物学在水稻遗传改良中的应用前景 | 水稻遗传改良 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、遗传电路设计、代谢工程、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 水稻 | 遗传电路设计、代谢途径工程 | 农业 |
| 252 | 2025-11-09 |
Biophysical and structural studies on transketolases
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.07.011
PMID:41203347
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研究论文 | 本文介绍了转酮醇酶的生物物理和结构研究协议,包括活性分析、催化机制和结构研究方法 | 提供了一套全面的转酮醇酶研究工具包,整合了稳态动力学、辅因子结合、催化中间体检测和快速动力学研究等多种光谱和生物物理技术 | NA | 深入理解转酮醇酶的机制和结构,促进其在酶学、合成生物学和药物开发等领域的应用 | 转酮醇酶及其催化机制 | 酶学 | 癌症、代谢疾病、神经退行性疾病 | 稳态动力学、辅因子结合研究、催化中间体检测、快速动力学研究、光谱技术、生物物理技术 | NA | 生物物理数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物催化、合成生物学 |
| 253 | 2025-11-08 |
Boosting microalgae-based carbon sequestration with the artificial CO2 concentration system
2025-Dec, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2025.2498464
PMID:40374568
|
综述 | 本文综述了微藻人工CO2封存技术的现状,重点探讨了CO2耐受物种筛选、培养优化、反应器设计及合成生物学应用 | 系统整合了微藻固碳技术的光反应与暗反应优化策略,并引入合成生物学手段提升CO2溶解与生物固定效率 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述的理论分析 | 推动微藻基CO2封存技术发展,应对全球变暖挑战 | 微藻光合微生物及其碳封存系统 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、生命周期评估、技术经济分析 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学工具 | 微藻 | CO2生物固定代谢通路 | 环境,能源 |
| 254 | 2025-11-08 |
AI and mechanistic modeling for characterizing biosynthetic pathways of natural products
2025-Nov-07, Natural product reports
IF:10.2Q1
DOI:10.1039/d5np00059a
PMID:41200906
|
综述 | 本文综述了2020-2025年间人工智能和机制建模在天然产物生物合成途径表征中的应用进展 | 整合人工智能预测方法与机制建模模拟,为天然产物生物合成提供能量和结构层面的新见解 | 未涉及具体实验验证数据,主要基于已有文献和数据库分析 | 加速天然产物在药物发现、生物技术和合成生物学中的发现、工程化与应用 | 天然产物的生物合成途径 | 生物信息学 | NA | 人工智能,机制建模,计算模拟 | NA | 生物信息学数据,结构数据,能量数据 | NA | NA | NA | NA | 药物发现,生物技术,合成生物学 |
| 255 | 2025-11-08 |
Electron-Mediator-Free Microfluidic Photocatalytic Coenzyme Regeneration with 100% Conversion Efficiency within 126 S
2025-Nov-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513720
PMID:41201076
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研究论文 | 设计了一种无需电子介体的微流控光催化平台,用于辅酶NAD(P)H再生,在126秒内实现100%转化效率 | 通过集成超薄BiOBr纳米片实现直接电子-质子耦合,无需电子介体即可高效再生辅酶 | NA | 开发高效光催化辅酶再生系统 | 辅酶NAD(P)H的再生过程 | 生物催化 | NA | 微流控技术、光催化 | NA | 催化效率数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、合成生物学、可再生能源 |
| 256 | 2025-11-08 |
A comprehensive review of genomic-scale genetic engineering as a strategy to improve bacterial productivity
2025-Nov, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001628
PMID:41182907
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综述 | 本文系统回顾了基因组规模遗传工程作为提高细菌生产力的策略发展历程 | 首次整合多种基因组工程方法,提供统一视角来总结细菌基因组工程工具的历史里程碑和实际应用 | CRISPR/Cas等工具仍需持续改进才能完全成熟 | 总结基因组工程工具在提高细菌生产力方面的发展和应用 | 细菌基因组工程工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas, 随机诱变, 多重化策略 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 工业生物技术 |
| 257 | 2025-11-08 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
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研究论文 | 本研究探索了从头设计的微型结合蛋白在合成生物学传感工具中的广泛应用潜力 | 首次系统验证微型结合蛋白可适配多种细胞工程工具,相比传统抗体具有独特表位靶向能力和更快生产周期 | 研究主要聚焦于SARS-CoV-2 Spike蛋白和EGFR靶点,尚未验证对其他抗原的普适性 | 拓展合成生物学中抗原传感工具的种类和性能 | 微型结合蛋白及其在合成受体中的应用 | 合成生物学 | COVID-19, 癌症 | 蛋白质从头设计, 细胞工程 | NA | 实验数据 | NA | synNotch, SNIPR, CAR | 哺乳动物细胞, T细胞 | 合成受体, 抗原传感器, 嵌合抗原受体 | 医学, 治疗性细胞工程 |
| 258 | 2025-11-07 |
Microplastic pollution in rice systems: Impacts, mechanisms and green remediation strategies
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180734
PMID:41124903
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综述 | 本文系统综述了稻田系统中微塑料污染的来源、分布、影响机制及绿色修复策略 | 首次全面整合了稻田微塑料污染的多维度影响机制,并系统提出了涵盖植物修复、生物修复和生物技术干预的综合性绿色修复方案 | 许多生物修复方法在控制环境中表现良好,但在实际田间条件下面临应用挑战 | 评估稻田微塑料污染的影响机制并探索绿色修复策略 | 稻田系统中的微塑料污染 | 环境科学 | NA | NA | NA | 文献综述数据 | NA | 合成生物学, 酶封装技术 | 细菌, 真菌, 藻类, 土壤大型动物 | 生物降解通路, 生物传感器 | 农业, 环境 |
| 259 | 2025-11-07 |
Leveraging synthetic biology for the commercialization of renewable fuels and chemicals aligning sustainable development goals
2025-Nov-05, Preparative biochemistry & biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1080/10826068.2025.2578270
PMID:41191734
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综述 | 探讨合成生物学在生物燃料和绿色化学品生产中的作用,重点关注可再生能源开发应用 | 利用DNA建模、代谢工程和微生物发酵等合成生物学创新方法优化生物燃料生产,特别是来自非粮原料 | 存在生物安全、知识产权和监管方面的挑战,以及合成生物学可能被滥用于生物安全和生物剽窃的担忧 | 研究合成生物学在可再生燃料和化学品商业化中的应用,以支持可持续发展目标 | 工程微生物、木质纤维素生物质、生物燃料和生物化学品 | NA | NA | DNA建模、代谢工程、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | 代谢途径工程 | 能源, 环境 |
| 260 | 2025-11-07 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-Nov-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
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研究论文 | 本研究揭示了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小SUF系统作为[4Fe-4S]簇支架的功能机制 | 发现仅由两个蛋白组成的最小SUF系统,揭示SufC是主要簇结合组分,代表铁硫簇生物合成的祖先形式 | NA | 阐明专性厌氧古菌中铁硫簇的生物合成机制 | 产甲烷古菌中的SufB和SufC蛋白复合物 | 生物化学 | NA | 突变分析、进化比较、蛋白相互作用研究 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |