合成生物学相关文章
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当前共找到 3054 篇文献，本页显示第 2581 - 2600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2581 | 2024-08-07 |
Design and construction of "synthetic species"
2012, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0039054
PMID:22848349
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研究论文 | 本文通过结合合成生物学和调控进化的原理，设计并构建了一种新的合成物种，该物种具有已知的最小基因元素集合，并表现出与原始野生型不同的特征 | 首次描述了一种不能与原始野生型杂交但与其他相同转基因动物交配时仍能繁殖的转基因生物，提出了“合成物种”这一新概念 | 该合成物种可能无法在实验室环境外生存 | 通过遗传工程设计人工物种屏障，以帮助理解自然物种形成并可能具有实际应用 | 利用果蝇的现有转基因和隐性突变，创建了一种新的转基因种群 | 合成生物学 | NA | 遗传工程 | NA | NA | 涉及果蝇的转基因种群 |
| 2582 | 2024-08-07 |
Automatic compilation from high-level biologically-oriented programming language to genetic regulatory networks
2011, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0022490
PMID:21850228
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研究论文 | 本文介绍了一种平台，该平台允许合成生物学家使用一种方便的高级生物导向编程语言Proto来表达所需行为，并通过基于调控基序的机制将其编译为基因网络，进行优化并转换为计算模拟以进行数值验证 | 本文的创新点在于提供了一个自动化设计复杂合成生物系统的平台，通过编译器优化可以显著减少基因数量和优化后的工程基因网络的延迟 | NA | 解决DNA合成与电路设计能力之间的差距 | 合成生物系统的自动化设计 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2583 | 2024-08-07 |
Machine Learning and Deep Learning in Synthetic Biology: Key Architectures, Applications, and Challenges
2024-Mar-05, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c05913
PMID:38463314
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和深度学习（DL）在合成生物学中的关键架构、应用和挑战 | 探讨了ML和DL在合成生物学中的协同作用，如利用DNA合成生成大数据集训练模型，以及利用ML/DL模型指导设计 | 描述了ML/DL和合成生物学发展中遇到的挑战及其解决方案 | 旨在探讨机器学习和深度学习在合成生物学中的应用及其面临的挑战 | 主要研究对象包括生物系统中的途径、酶和整个细胞 | 合成生物学 | NA | 机器学习（ML），深度学习（DL） | 人工神经网络（ANNs） | DNA数据，显微镜数据，蛋白质结构数据 | NA |
| 2584 | 2024-08-07 |
Synthetic biology approach revealed enhancement in haeme oxygenase-1 gene expression by codon pair optimization while reduction by codon deoptimization
2024-Mar, Annals of medicine and surgery (2012)
DOI:10.1097/MS9.0000000000001465
PMID:38463112
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研究论文 | 本研究通过操纵密码子和密码子对偏倚，重新编码血红素氧合酶-1（HO-1）基因，以减少和增强HO-1基因表达，并评估了这些构建体在不同组织中的基因表达效果。 | 本研究首次通过密码子对优化和密码子去优化策略，有效调节HO-1基因表达，为基因治疗提供了新的方法。 | 本研究仅在实验室条件下评估了HO-1基因表达的调节效果，尚未进行临床试验验证其治疗效果。 | 研究旨在通过密码子使用偏倚和密码子对偏倚的操纵，调节HO-1基因表达，以治疗与HO-1表达失调相关的疾病。 | 研究对象为血红素氧合酶-1（HO-1）基因及其在脑、心、胰腺和肝脏中的表达。 | 合成生物学 | NA | 密码子使用分析 | NA | 基因序列 | 四个组织（脑、心、胰腺和肝脏） |
| 2585 | 2024-08-07 |
Sustainable production of natural products using synthetic biology: Ginsenosides
2024-Mar, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2023.12.006
PMID:38465212
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综述 | 本文综述了利用合成生物学方法在微生物中生产人参皂苷的最新进展 | 合成生物学为大规模可持续生产具有生物活性的天然产物提供了新途径 | NA | 探讨合成生物学在生产具有增强治疗特性的人参皂苷中的应用 | 人参皂苷及其在医药领域的应用 | 合成生物学 | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 2586 | 2024-08-07 |
Dynamic plasmid copy number control for synthetic biology
2024-02, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.08.004
PMID:37689527
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research paper | 本文研究了用于合成生物学的动态质粒拷贝数控制 | 本文提出了一种动态控制质粒拷贝数的方法，该方法可以灵活调节质粒中基因或遗传电路的表达 | NA | 研究动态质粒拷贝数控制在合成生物学中的应用 | 质粒拷贝数的动态控制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2587 | 2024-08-07 |
Anti-CRISPR with non-protein substances
2024-01, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2023.07.002
PMID:37482468
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research paper | 本文探讨了基于非蛋白质物质的反CRISPR研究进展，旨在开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应问题 | 研究基于非蛋白质物质的反CRISPR策略，为解决CRISPR-Cas系统的潜在问题提供新思路 | NA | 开发有效的反CRISPR策略以减轻CRISPR-Cas系统的持久激活和脱靶效应 | 基于非蛋白质物质的反CRISPR策略 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | NA | NA |
| 2588 | 2024-08-07 |
Crystal structure and activity of a de novo enzyme, ferric enterobactin esterase Syn-F4
2023-09-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2218281120
PMID:37695900
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研究论文 | 本文描述了从头设计的酶Syn-F4的晶体结构及其活性 | Syn-F4的结构和活性位点与天然enterobactin酯酶完全不同，展示了从头设计的蛋白质可以通过与自然界中出现的结构和机制截然不同的方式提供生命维持的催化活性 | NA | 研究从头设计的酶的结构和活性 | Syn-F4酶及其催化活性 | 生物技术 | NA | 晶体结构分析 | 四螺旋束 | 蛋白质结构 | NA |
| 2589 | 2024-08-07 |
Cas9-assisted biological containment of a genetically engineered human commensal bacterium and genetic elements
2024-Mar-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45893-w
PMID:38453913
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Cas9辅助的生化抑制系统，用于控制遗传工程改造的人类共生细菌的生物安全 | 开发了一种结合胸苷营养缺陷、工程化核糖调节器（ER）和CRISPR装置（CD）的Cas9辅助生化抑制系统，有效防止了遗传元素的横向转移和转基因的扩散 | NA | 旨在为遗传工程改造的细菌提供强大的生物抑制，确保其在生物医学中的安全应用 | 人类肠道共生细菌Bacteroides thetaiotaomicron | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | NA | NA |
| 2590 | 2024-08-07 |
Macroalgal microbiomes unveil a valuable genetic resource for halogen metabolism
2024-Mar-07, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01740-6
PMID:38454513
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研究论文 | 本研究通过分析红藻和褐藻的微生物组，揭示了与卤素代谢相关的遗传资源 | 发现了多种与脱卤作用相关的基因，特别是具有水解功能的基因，以及一些以前未与有机卤素代谢联系的细菌群，如Caulobacterales, Geminicoccales, Granulosicoccales和Microtrichales | NA | 探索与藻类相关的原核生物群落的遗传信息如何影响有机卤化合物的命运 | 红藻和褐藻的微生物组 | 生物技术 | NA | 宏基因组学 | NA | 基因数据 | 2种红藻（Sphaerococcus coronopifolius和Asparagopsis taxiformis）和1种褐藻（Halopteris scoparia）的微生物组 |
| 2591 | 2024-08-07 |
Affinity-assisted covalent self-assembly of PduQ-SpyTag and Nox-SpyCatcher to construct multi-enzyme complexes on the surface of magnetic microsphere modified with chelated Ni2
2024-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.129365
PMID:38218263
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research paper | 研究了PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面通过亲和力和共价键自组装形成多酶复合体的特性 | 提出了一种在磁性珠表面自组装SpyTag/SpyCatcher融合蛋白的简单有效策略，为体外快速构建固定化多酶复合体提供了新方法 | NA | 设计并构建用于体外合成生物学的固定化多酶复合体系统 | PduQ-SpyTag和Nox-SpyCatcher在磁性微球表面的自组装特性及多酶复合体的共催化特性 | NA | NA | SpyTag/SpyCatcher共价结合 | NA | 磁性微球 | NA |
| 2592 | 2024-08-07 |
Manufacturing polymeric porous capsules
2022-Apr-05, Chemical communications (Cambridge, England)
DOI:10.1039/d1cc06565c
PMID:35298578
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综述 | 本文综述了制造聚合物多孔胶囊的主要策略，并提供了设计具有可控孔径的聚合物胶囊的实用指导 | NA | NA | 探讨聚合物多孔胶囊的制造方法及其在多个领域的应用潜力 | 聚合物多孔胶囊的制造技术和应用 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2593 | 2024-08-07 |
Vesicle-based artificial cells: materials, construction methods and applications
2022-03-07, Materials horizons
IF:12.2Q1
DOI:10.1039/d1mh01431e
PMID:34908080
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综述 | 本文综述了基于囊泡的人工细胞的材料选择、构建方法及其应用 | 探讨了人工细胞的设计及其在模拟细胞行为和信号传导过程中的应用 | 未提及具体的研究限制 | 探索复杂的生物过程和细胞功能，并提供对生命起源的见解 | 人工细胞的材料、构建方法及其应用 | NA | NA | 温和水合、电形成、相转移和微流控方法 | NA | NA | NA |
| 2594 | 2024-08-07 |
Halogenases: a palette of emerging opportunities for synthetic biology-synthetic chemistry and C-H functionalisation
2021-Sep-07, Chemical Society reviews
IF:40.4Q1
DOI:10.1039/d0cs01551b
PMID:34368824
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综述 | 本文综述了卤化酶在合成生物学和C-H功能化中的应用 | 介绍了卤化酶在芳香和低活化脂肪族底物中安装卤素原子的选择性，这些选择性通常难以通过合成方法实现 | NA | 探讨卤化酶在生物转化、合成生物学和化学催化中的应用 | 卤化酶及其在C-H功能化和多样化中的机制 | 合成生物学 | NA | 卤化酶 | NA | NA | NA |
| 2595 | 2024-08-07 |
Enhancing l-Malic Acid Production in Aspergillus niger via Natural Activation of sthA Gene Expression
2024-Mar-06, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.3c09321
PMID:38407053
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研究论文 | 本研究通过激活sthA基因表达，提高了Aspergillus niger中l-苹果酸的生产效率 | 利用PmfsA启动子在发酵阶段特异表达sthA基因，显著提升了l-苹果酸的生产效率并减少了副产物 | 激活sthA基因表达导致孢子形成缺陷，限制了工业应用的可行性 | 提高l-苹果酸的合成效率并减少副产物积累 | Aspergillus niger中的l-苹果酸生产 | NA | NA | 生物发酵 | NA | NA | 5 L发酵罐中的表现 |
| 2596 | 2024-08-07 |
A synthetic biology approach to assemble and reboot clinically relevant Pseudomonas aeruginosa tailed phages
2024-Mar-05, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02897-23
PMID:38294230
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研究论文 | 本研究采用合成生物学方法构建并重启针对临床相关假单胞菌的尾状噬菌体 | 开发了一种合成生物学方法，能够构建和重启自然界中无法感染特定菌株的噬菌体 | 噬菌体重启效率受噬菌体种类和细菌菌株中抗病毒防御系统的影响 | 构建临床相关的工程噬菌体，以解决抗生素耐药性问题 | 假单胞菌的尾状噬菌体 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | 涉及两种噬菌体（JG024和DMS3）和两种不同的假单胞菌菌株 |
| 2597 | 2024-08-07 |
Bacterial host adaptation through sequence and structural variations of a single type III effector gene
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109224
PMID:38439954
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研究论文 | 本研究揭示了单一III型效应基因序列和结构变异在细菌宿主适应中的分子机制 | 发现了XopJ6效应蛋白的自然变异体，该变异体通过单个残基替换破坏了与WRKY蛋白的相互作用，从而逃避免疫感知并保留部分毒力功能 | NA | 探讨病原体致病性数量变异的分子机制 | XopJ6效应蛋白及其在宿主适应中的作用 | NA | NA | 合成生物学 | NA | 基因序列 | NA |
| 2598 | 2024-08-07 |
Coiled-Coil Interaction Toolbox for Engineering Mammalian Cells
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_3
PMID:38441756
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研究论文 | 本文介绍了用于哺乳动物细胞工程的卷曲螺旋（CC）肽设计工具箱及其在构建哺乳动物细胞中CC介导的逻辑电路的协议 | 卷曲螺旋肽作为调节蛋白质-蛋白质相互作用的独特有效工具，其结合特异性和亲和力可以被设计和控制 | NA | 开发用于合成生物学工具的卷曲螺旋肽，以调节蛋白质相互作用 | 哺乳动物细胞 | 合成生物学 | NA | 卷曲螺旋肽设计 | NA | NA | NA |
| 2599 | 2024-08-07 |
Mechanistic Model-Driven Biodesign in Mammalian Synthetic Biology
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_6
PMID:38441759
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综述 | 本文综述了数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用，包括设计优化电路和工程生物过程，预测行为，以及指导实验设计 | 讨论了基因组规模模型、机器学习和网络遗传学在扩展模型驱动哺乳动物细胞生物设计能力中的机会 | NA | 探讨数学模型在哺乳动物合成生物学中的应用及其未来发展 | 哺乳动物合成生物学中的数学模型 | 合成生物学 | NA | NA | 数学模型 | NA | NA |
| 2600 | 2024-08-07 |
A Directed Evolution Protocol for Engineering Minimal Transcription Factors, Based on CIS Display
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3718-0_1
PMID:38441754
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CIS展示的定向进化方法，用于从非结合蛋白池中高效筛选功能性DNA结合蛋白 | 首次使用CIS展示技术筛选DNA结合蛋白，该技术避免了传统的克隆步骤，允许更大的文库规模 | 目前仅在筛选最小转录因子Cro中进行了验证，尚未广泛应用于其他DNA结合蛋白或转录因子的工程化 | 开发一种新的定向进化方法，用于高效筛选和工程化DNA结合蛋白 | DNA结合蛋白和转录因子 | 生物技术 | NA | CIS展示技术 | NA | DNA | 从低起始频率（1 in 10）中筛选最小转录因子Cro |