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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2661 | 2024-08-07 |
Choreographing root architecture and rhizosphere interactions through synthetic biology
2024-Feb-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45272-5
PMID:38355570
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研究论文 | 本文探讨了通过合成生物学技术调控植物根系结构及其与根际微生物相互作用,以应对气候变化对全球粮食安全和生物能源的威胁 | 利用合成遗传电路技术控制植物根系结构和功能及其相关微生物群落,为培育适应气候变化的作物提供新策略 | NA | 通过合成生物学技术改善植物根系及其与根际微生物的相互作用,以增强作物对气候变化的适应性 | 植物根系结构、根系分泌物及根表微生物活性 | 合成生物学 | NA | 合成遗传电路 | NA | NA | NA |
2662 | 2024-08-07 |
Use of Cas9 Targeting and Red Recombination for Designer Phage Engineering
2024-Jan, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.1007/s12275-024-00107-2
PMID:38300409
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研究论文 | 本文报道了一种直接的基因组工程方法,用于在模型细菌病原体铜绿假单胞菌中高效获得工程噬菌体 | 利用Streptococcus pyogenes Cas9和λRed重组系统开发了一种新的设计噬菌体工程方法 | NA | 开发一种高效的基因组工程方法,用于创建设计噬菌体 | 铜绿假单胞菌中的工程噬菌体 | 合成生物学 | NA | Cas9靶向和Red重组 | NA | 基因组数据 | 使用了铜绿假单胞菌PAO1菌株和温和噬菌体MP29 |
2663 | 2024-08-07 |
An open-source, 3D printed inkjet DNA synthesizer
2024-02-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53944-x
PMID:38355610
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研究论文 | 本文介绍了一种开源的3D打印喷墨DNA合成器(OpenIDS),该设备利用3D打印、Arduino和Raspberry Pi技术,实现了高密度寡核苷酸的合成,具有易于构建、快速部署和灵活扩展的特点。 | OpenIDS采用开源设计和3D打印技术,降低了生产成本,并允许用户根据研究需求自由修改结构和添加打印头。 | NA | 开发一种成本低廉、易于构建和操作的DNA合成设备,以支持生物学领域的研究。 | 开源喷墨DNA合成器的设计、构建和性能验证。 | 合成生物学 | NA | 3D打印, Arduino, Raspberry Pi | NA | 寡核苷酸 | 在15×25毫米的硅片上合成了144个点的寡核苷酸 |
2664 | 2024-08-07 |
Synthetic biology for combating leishmaniasis
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1338749
PMID:38362504
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research paper | 本文综述了合成生物学在开发针对利什曼病的疫苗、诊断工具和新疗法方面的最新进展 | 合成生物学作为一个快速发展的跨学科领域,为对抗利什曼病提供了新的有效策略 | NA | 探讨合成生物学在治疗利什曼病中的应用 | 利什曼病的疫苗、诊断工具和新疗法 | NA | neglected tropical disease | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2665 | 2024-08-07 |
The geometry of life: when mathematics meets synthetic biology
2022-Aug-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/d41586-022-02176-y
PMID:35953574
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2666 | 2024-08-07 |
Liquid-Liquid phase separation in bacteria
2024-Apr, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127627
PMID:38262205
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综述 | 本文综述了液体-液体相分离(LLPS)在细菌中的分子机制及其在合成生物学中的应用前景 | 发现细菌中的无膜细胞器通过液体-液体相分离(LLPS)机制进行组装,并在合成生物学中具有潜在应用 | NA | 探讨LLPS在细菌中的分子机制及其在合成生物学中的应用 | 细菌中的无膜细胞器及LLPS机制 | NA | NA | 液体-液体相分离(LLPS) | NA | NA | NA |
2667 | 2024-08-07 |
A robust yeast chassis: comprehensive characterization of a fast-growing Saccharomyces cerevisiae
2024-Feb-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.03196-23
PMID:38214535
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研究论文 | 本研究全面描述了一种新型快速生长酵母菌株XP的特性,并通过基因组、转录组和代谢组分析揭示了其快速生长的机制 | 开发了一种遗传可塑性强的快速生长酵母菌株XP,并构建了用于遗传操作的工具箱,用于高效生产l-乳酸 | NA | 探索和优化用于合成生物学的稳健底盘 | 新型快速生长酵母菌株XP及其遗传操作工具箱 | 合成生物学 | NA | 基因组分析、转录组分析、代谢组分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、代谢组数据 | 一种新型酵母菌株XP |
2668 | 2024-08-07 |
Protein-Rich Rafts in Hybrid Polymer/Lipid Giant Unilamellar Vesicles
2024-Feb-12, Biomacromolecules
IF:5.5Q1
DOI:10.1021/acs.biomac.3c00972
PMID:38190609
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研究论文 | 本文介绍了在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡(GUVs)中共同重组质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶的方法 | 本文提出了一种新的重组方法,通过融合/电形成技术,允许定制重组协议和控制囊泡大小,并提供了蛋白质标记的合成机制,模拟自然界中的相分离和蛋白质隔离 | 目前该方法主要限于天然脂质,对复杂和敏感的膜蛋白的同时插入仍具有实验挑战性 | 研究脂质筏在细胞功能中的作用,并开发一种合成替代方法来模拟细胞行为 | 质子泵氧化酶和质子消耗ATP合酶在混合聚合物/脂质巨型单层囊泡中的重组 | NA | NA | 融合/电形成技术 | NA | NA | NA |
2669 | 2024-08-07 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2024-Feb-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309457121
PMID:38289949
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研究论文 | 本文利用计算设计方法,研究了蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 通过计算设计异二聚体可逆交联同寡聚体组件,实现了水凝胶在静止和低剪切下呈现流体特性,在高频率下呈现固体特性的独特行为 | NA | 探究蛋白质水凝胶的宏观粘弹性与其分子参数之间的关系 | 蛋白质水凝胶的分子参数及其宏观粘弹性 | 生物医学工程 | NA | 计算设计 | NA | 蛋白质水凝胶 | 涉及2、5、24或120个蛋白质组件的同寡聚体 |
2670 | 2024-08-07 |
De novo design of modular protein hydrogels with programmable intra- and extracellular viscoelasticity
2023-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543449
PMID:37398067
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研究论文 | 本文利用计算设计方法,研究了蛋白质基材料的宏观粘弹性与其微观结构之间的关系 | 通过计算设计,实现了对蛋白质水凝胶的宏观粘弹性的系统编程和模块化构建 | NA | 探索分子参数如何影响蛋白质水凝胶的宏观粘弹性 | 蛋白质水凝胶的粘弹性特性 | 生物医学工程 | NA | 分子动力学模拟 | NA | 蛋白质 | 包含2、5、24或120个蛋白质成分的对称蛋白质同寡聚体 |
2671 | 2024-08-07 |
A New EBS2b-IBS2b Base Paring (A-8/T-8) Improved the Gene-Targeting Efficiency of Thermotargetron in Escherichia coli
2023-Feb-21, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.03159-22
PMID:36809044
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research paper | 本文通过构建随机基因靶向质粒池(RGPP),研究了Thermotargetron(TMT)在不同靶点上的基因靶向效率,并发现了一种新的EBS2b-IBS2b碱基配对(A/T)显著提高了TMT的基因靶向效率。 | 发现了一种新的EBS2b-IBS2b碱基配对(A/T),显著提高了Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率,并开发了基于新序列识别角色的计算机算法(TMT 1.0)。 | TMT在不同靶点上的基因靶向效率存在显著差异,导致成功率相对较低。 | 提高Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率和成功率,扩展其在耐热中温菌和耐热菌基因组工程中的应用。 | Thermotargetron(TMT)的基因靶向效率和序列识别偏好。 | 基因工程 | NA | 基因靶向技术 | NA | DNA序列 | 随机基因靶向质粒池(RGPP)中的多个样本 |
2672 | 2024-08-07 |
Cell-Free Dot Blot: an Ultra-Low-Cost and Practical Immunoassay Platform for Detection of Anti-SARS-CoV-2 Antibodies in Human and Animal Sera
2023-Jan-31, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02457-22
PMID:36719206
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研究论文 | 介绍了一种名为细胞自由点印迹(CFDB)的超低成本免疫诊断平台,用于快速检测人类和动物血清中的抗SARS-CoV-2抗体 | CFDB方法的创新之处在于使用线性DNA在无细胞表达系统中产生融合了SpyTag肽的目标病毒抗原,无需传统克隆和抗原纯化;使用由大肠杆菌生产的SpyCatcher2-Apex2作为通用次级检测试剂;血清直接点在硝酸纤维素膜上,简化了下游孵育和洗涤步骤 | NA | 开发一种快速适应、经济实惠且全球可访问的诊断平台,以应对现有和新兴的公共卫生威胁,如COVID-19大流行 | 检测人类和动物血清中的抗SARS-CoV-2抗体 | 生物技术 | COVID-19 | 细胞自由点印迹(CFDB) | NA | 血清 | 人类血清(23份阴性,36份阳性)和仓鼠血清(16份阴性,36份阳性) |
2673 | 2024-08-07 |
The Use of Cell-free Protein Synthesis to Push the Boundaries of Synthetic Biology
2023-Jan-14, Biotechnology and bioprocess engineering : BBE
IF:2.5Q3
DOI:10.1007/s12257-022-0279-2
PMID:36687336
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综述 | 本文综述了无细胞蛋白合成的关键发展及其在合成生物学中的应用 | 无细胞系统利用提取的合成细胞机器,解决了活体系统复杂性和变异性的问题,提供了高灵活性和可访问性 | NA | 探讨无细胞蛋白合成系统的发展及其未来方向 | 无细胞蛋白合成系统及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | 无细胞蛋白合成 | NA | 遗传信息 | NA |
2674 | 2024-08-07 |
Hydrophobic Interactions between DNA Duplexes and Synthetic and Biological Membranes
2021-06-09, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.0c13235
PMID:34015219
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研究论文 | 研究通过实验和原子分子动力学模拟,探讨了带有疏水锚定的DNA与合成和细胞膜的相互作用 | 首次详细研究了不同疏水修饰的DNA与脂质双层的相互作用,并揭示了其结构和能量学特性 | 研究主要集中在疏水修饰的DNA与脂质膜的相互作用,未涉及其他类型的DNA修饰 | 理解DNA与膜的相互作用,为合理设计功能性DNA提供指导 | 疏水修饰的DNA与合成和细胞膜的相互作用 | 生物物理学 | NA | 原子分子动力学模拟 | MD模拟 | NA | 不同脂质组成和电荷的脂质囊泡,以及不同疏水修饰的DNA |
2675 | 2024-08-07 |
FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data
2020-09-18, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00296
PMID:32854500
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlopR的开源软件包,用于校准和标准化酶标仪和流式细胞仪数据的荧光测量 | 将现有方法整合并改进为单一软件工具,提高了数据的可互操作性 | NA | 开发和传播用于定量测量和数据分析的实用工具,以改善合成生物学社区的互操作性 | 酶标仪和流式细胞仪的荧光测量数据 | 合成生物学 | NA | 荧光测量 | NA | 荧光数据 | 使用绿色荧光蛋白(GFP)表达的一组常用组成型启动子进行验证 |
2676 | 2024-08-07 |
Optogenetic Repressors of Gene Expression in Yeasts Using Light-Controlled Nuclear Localization
2019-Oct, Cellular and molecular bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s12195-019-00598-9
PMID:31719930
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研究论文 | 研究通过光控核定位技术在酵母中实现基因表达的光遗传抑制 | 开发了一种新的光遗传工具,通过光控核定位实现对酵母基因表达的抑制 | 目前仅在模型生物酵母中进行了测试,尚未在其他医学相关的真菌中应用 | 探索在酵母中通过光控核定位实现基因表达抑制的可能性 | 模型生物酵母Saccharomyces cerevisiae | 生物技术 | NA | 光遗传学 | dCas9 | 基因表达 | 多种酵母细胞组成的异质群体 |
2677 | 2024-08-07 |
Communicating Structure and Function in Synthetic Biology Diagrams
2019-08-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00139
PMID:31348656
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研究论文 | 本文描述了合成生物学中用于交流的图示标准SBOL Visual版本2,扩展了先前的图示标准,包括新的功能交互、分子物种类别、符号变体家族的支持以及模块化结构和系统元素之间映射的表示。 | SBOL Visual 2扩展了先前的标准,增加了新的功能交互、分子物种类别、符号变体家族的支持以及模块化结构和系统元素之间映射的表示,并澄清了多个要求和最佳实践,显著扩展了用于描述遗传特征的符号集合。 | NA | 旨在开发和描述合成生物学中用于交流的图示标准SBOL Visual版本2。 | 合成生物学中的图示标准及其在交流结构和功能方面的应用。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | 图示 | NA |
2678 | 2024-08-07 |
SnoopLigase peptide-peptide conjugation enables modular vaccine assembly
2019-03-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-40985-w
PMID:30874593
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SnoopLigase的新型肽-肽连接方法,用于将抗原特异性和不可逆地耦合到寡聚化平台上,以开发广泛保护和可扩展的疫苗。 | SnoopLigase是一种从肺炎链球菌粘附素工程化的肽-肽连接方法,能够形成两个肽标签(DogTag和SnoopTagJr)之间的异肽键,为疫苗设计和合成生物学中的纳米结构构建提供了新的策略。 | NA | 开发一种新的平台和连接途径,将潜在的保护性抗原转化为广泛保护和可扩展的疫苗。 | SnoopLigase肽-肽连接方法及其在疫苗设计和合成生物学中的应用。 | 合成生物学 | 传染病 | SnoopLigase肽-肽连接 | NA | 肽和蛋白质 | 涉及两种血液期疟疾蛋白(来自PfEMP1或CyRPA)和一个与癌症免疫治疗相关的端粒酶肽。 |
2679 | 2024-08-07 |
A brief overview of synthetic biology research programs and roadmap studies in the United States
2016-Dec, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2016.08.003
PMID:29062951
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review | 本文简要概述了美国在合成生物学领域的研究项目和路线图研究 | NA | NA | 探讨美国在合成生物学领域的领导地位及其战略投资 | 合成生物学的研究项目和路线图研究 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2680 | 2024-08-07 |
Design of orthogonal genetic switches based on a crosstalk map of σs, anti-σs, and promoters
2013-Oct-29, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2013.58
PMID:24169405
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研究论文 | 本文通过DNA合成构建了86个ECF σ因子及其启动子和62个反σ因子,并研究了它们之间的相互作用特异性,以设计出正交遗传开关 | 通过组合不同亚组的-35和-10结合域构建嵌合体,增加了σ因子、反σ因子和启动子之间的正交性 | NA | 构建正交遗传开关,为合成生物学提供高质量的调控元件资源 | ECF σ因子、反σ因子和启动子的特异性及其相互作用 | 合成生物学 | NA | DNA合成 | NA | DNA序列 | 86个ECF σ因子,62个反σ因子,以及它们的启动子 |