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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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2681 | 2024-08-07 |
Asymmetric positive feedback loops reliably control biological responses
2012-Apr-24, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/msb.2012.10
PMID:22531117
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研究论文 | 本文探讨了非对称正反馈回路在生物系统中的普遍性和其对生物反应控制的可靠性 | 揭示了非对称自上调(ASSURE)模体在进化上的优势及其在精确调节生物响应中的作用 | NA | 理解非对称正反馈回路在生物系统中的普遍性和其控制生物反应的机制 | 非对称正反馈回路在酵母中的转录调控网络中的特性 | 生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2682 | 2024-08-07 |
Enhancing circuit stability under growth feedback with supplementary repressive regulation
2024-Feb-09, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1233
PMID:38164993
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research paper | 本文提出了一种通过在生长敏感的双稳态电路中加入抑制边来增强电路稳定性的策略 | 通过模拟和体外实验,展示了这种额外的抑制节点如何稳定蛋白质水平并增强双稳态电路对生长反馈的鲁棒性 | NA | 实现电路性能的稳健性,稳定和隔离电路行为以抵抗生长变化 | 生长敏感的双稳态电路及其在生长反馈下的稳定性 | synthetic biology | NA | NA | NA | NA | NA |
2683 | 2024-08-07 |
Efficient natural plasmid transformation of Vibrio natriegens enables zero-capital molecular biology
2024-Feb, PNAS nexus
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/pnasnexus/pgad444
PMID:38352175
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研究论文 | 本文介绍了一种高效的自然转化方法,用于在Vibrio natriegens中进行质粒转化,无需额外设备,实现了零成本分子生物学操作 | 开发了一种新的最小化竞争媒体(MCM),使用乙酸盐作为能源,使得细胞在同一媒体中完成创建、转化和恢复,无需更换或添加新鲜媒体 | NA | 探索Vibrio natriegens作为低成本和高可扩展性合成生物学底盘的潜力 | Vibrio natriegens的自然转化能力及其在合成生物学中的应用 | 合成生物学 | NA | 自然转化 | NA | DNA | 10 cfu/μg |
2684 | 2024-08-07 |
Molecular aspects of regeneration in insects
2024-Mar, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2023.12.011
PMID:38160963
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研究论文 | 本文探讨了昆虫再生过程中的分子机制,包括信号分子和表观遗传调控的作用 | 本文强调了表观遗传调控在再生过程中的关键作用,并探讨了其在再生医学和合成生物学领域的潜在应用 | NA | 探索和回顾再生分子基础,以促进再生医学的发展 | 昆虫的再生能力及其分子机制 | 再生医学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2685 | 2024-08-07 |
Minimizing endogenous cryptic plasmids to construct antibiotic-free expression systems for Escherichia coli Nissle 1917
2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2024.01.006
PMID:38348398
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研究论文 | 本研究通过工程化改造内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2,构建了无需抗生素的表达系统,用于Nissle 1917大肠杆菌 | 本研究创新性地移除了非必需元素,并构建了合成启动子,实现了无需抗生素的表达系统 | NA | 解决Nissle 1917大肠杆菌依赖抗生素维持质粒基因的问题 | Nissle 1917大肠杆菌及其内源隐蔽性质粒pMUT1和pMUT2 | 合成生物学 | NA | 质粒工程化改造 | NA | NA | NA |
2686 | 2024-08-07 |
Transcriptomic and physiological analysis of the response of Spirodela polyrrhiza to sodium nitroprusside
2024-Feb-08, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-024-04766-6
PMID:38331719
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研究论文 | 研究了Spirodela polyrrhiza对硝普钠(SNP)的转录组和生理反应 | 揭示了SNP处理后S. polyrrhiza中代谢通量重新定向至淀粉合成和黄酮类化合物合成途径的机制 | NA | 探究SNP对S. polyrrhiza生长和代谢通量的影响及其分子机制 | Spirodela polyrrhiza对硝普钠的反应 | 合成生物学 | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 2776个差异表达基因(1425个上调和1351个下调) |
2687 | 2024-08-07 |
Directed Evolution of 4-Hydroxyphenylpyruvate Biosensors Based on a Dual Selection System
2024-Jan-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25031533
PMID:38338812
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研究论文 | 本研究利用ADP1转录因子PobR开发了一种生物传感器,该传感器在结合其天然配体4-羟基苯甲酸(4HB)时激活P启动子。为了筛选对4-羟基苯丙酮酸(HPP)有反应的PobR突变体,我们开发了一种双重选择系统。 | 通过定向进化PobR库,我们获得了一种变体,其对4-羟基苯丙酮酸的反应性比原始PobR高5.1倍。 | NA | 开发一种有效的双重选择系统,用于生物传感器的定向进化。 | ADP1转录因子PobR及其对4-羟基苯甲酸和4-羟基苯丙酮酸的反应性。 | 合成生物学 | NA | 定向进化 | NA | NA | NA |
2688 | 2024-08-07 |
Identification and Validation of Magnolol Biosynthesis Genes in Magnolia officinalis
2024-Jan-25, Molecules (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/molecules29030587
PMID:38338333
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研究论文 | 本研究通过整合20个转录组数据,识别并验证了与厚朴酚生物合成相关的关键基因,特别是通过功能分析和体外实验确认了MoLAC14酶在厚朴酚合成中的重要作用,并通过突变提高了其热稳定性。 | 首次揭示了从查维醇到厚朴酚的一步转化过程,并通过突变提高了关键酶MoLAC14的热稳定性,显著提升了厚朴酚的产量。 | NA | 阐明厚朴酚的植物生物合成途径,并通过合成生物学方法优化其生产。 | 厚朴酚的生物合成基因及其关键酶MoLAC14。 | 合成生物学 | NA | 转录组分析,基因组信息整合,体外实验 | NA | 转录组数据 | 20个来自不同部位的转录组样本 |
2689 | 2024-08-07 |
Unlocking the secrets of the microbiome: exploring the dynamic microbial interplay with humans through metabolomics and their manipulation for synthetic biology applications
2023-06-28, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20210534
PMID:37378961
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综述 | 本文综述了代谢组学在探索微生物与人类动态相互作用及其在合成生物学应用中的应用 | 强调了代谢组学在生物科学中的广泛应用,特别是在微生物系统及其在宿主和环境中的复杂相互作用 | 仍存在挑战需要克服,以最大化代谢组学在理解生物系统中的潜力 | 探讨代谢组学在合成生物学和肠道微生物与人类宿主相互作用中的应用 | 微生物组及其与人类和环境的相互作用 | NA | NA | GC-MS, LC-MS | NA | 代谢物 | NA |
2690 | 2024-08-07 |
Biosynthesis of cannabigerol and cannabigerolic acid: the gateways to further cannabinoid production
2023, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysad010
PMID:37323510
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研究论文 | 本文描述了通过识别和重新利用芳香性异戊二烯转移酶(AtaPT),结合天然酶,形成在细胞裂解液中生产cannabigerolic acid(CBGA)和在完整细胞中生产cannabigerol(CBG)的生产系统 | 首次展示了在微生物系统中通过优化的合成生物学平台进行CBG生物合成的技术 | NA | 建立可持续生产经过充分研究和稀有大麻素的基础 | cannabigerolic acid(CBGA)和cannabigerol(CBG)的生物合成 | NA | NA | 合成生物学 | NA | NA | NA |
2691 | 2024-08-07 |
An Account of Models of Molecular Circuits for Associative Learning with Reinforcement Effect and Forced Dissociation
2022-Aug-07, Sensors (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/s22155907
PMID:35957464
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研究论文 | 本文对Fernando的模型进行了深入的计算分析,并展示了通过选择适当的参数值可以实现强化效应,同时构建了一个新的电路以展示在Fernando模型中未观察到的强制解离现象。 | 本文构建了一个新的电路以展示强制解离现象,这是在Fernando模型中未观察到的。 | NA | 理解分子电路层面的联想学习形成机制 | 基因调控网络的设计与研究 | 合成生物学 | NA | Hill方程 | NA | NA | NA |
2692 | 2024-08-07 |
Triggered Assembly of a DNA-Based Membrane Channel
2022-03-16, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.1c06598
PMID:35253434
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研究论文 | 本文利用定义明确的DNA模块,合理设计了一种可触发的合成纳米孔,该纳米孔集成了生物膜蛋白的多种功能。 | 通过分子识别结合可溶性触发器,改变纳米孔组件的结构和膜位置,从而控制其组装成定义明确的通道,实现高效的跨膜货物运输。 | NA | 研究DNA组装在膜界面处的动力学和结构动态特性,并推动功能性DNA纳米技术和合成生物学的发展。 | DNA纳米孔及其在跨膜货物运输中的应用。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2693 | 2024-08-07 |
Variant Library Annotation Tool (VaLiAnT): an oligonucleotide library design and annotation tool for saturation genome editing and other deep mutational scanning experiments
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab776
PMID:34791067
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VaLiAnT的工具,用于设计和注释用于饱和基因组编辑和其他深度突变扫描实验的寡核苷酸文库 | VaLiAnT提供了一种新颖的方式来检索、突变和注释基因组序列,以生成寡核苷酸文库,并支持cDNA和prime编辑饱和文库生成 | NA | 开发一种工具,用于生成和注释用于饱和基因组编辑实验的寡核苷酸文库 | 寡核苷酸文库的设计和注释 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组序列 | 用户定义的基因组坐标范围 |
2694 | 2024-08-07 |
A genome-engineered bioartificial implant for autoregulated anticytokine drug delivery
2021-Sep-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abj1414
PMID:34516920
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研究论文 | 本文利用CRISPR-Cas9基因编辑技术在诱导多能干细胞(iPSCs)中构建了一种感知内源性炎症细胞因子水平的合成基因电路,用于创建自动调节的抗细胞因子药物递送的生物人工植入物。 | 通过结合组织工程和合成生物学,开发了一种新型生物人工植入物,能够根据炎症水平动态调整药物释放,有效减轻炎症性关节炎的症状,这是现有临床可用药物无法实现的。 | NA | 开发一种新型生物人工植入物,用于自动调节的抗细胞因子药物递送,以治疗炎症性疾病。 | 诱导多能干细胞(iPSCs)、合成基因电路、生物人工植入物、炎症性关节炎模型。 | 生物工程 | 炎症性关节炎 | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 细胞 | NA |
2695 | 2024-08-07 |
Multiomics Analysis Provides Insight into the Laboratory Evolution of Escherichia coli toward the Metabolic Usage of Fluorinated Indoles
2021-Jan-27, ACS central science
IF:12.7Q1
DOI:10.1021/acscentsci.0c00679
PMID:33532571
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研究论文 | 本文报道了长期在人工氟化环境中培养的两种自然适应氟化氨基酸的大肠杆菌菌株,并探讨了它们适应氟化色氨酸类似物的分子机制 | 首次详细描述了大肠杆菌适应氟化氨基酸的遗传和代谢变化,为合成生物学和生物技术中的新型微生物菌株的生物工程提供了分子基础 | NA | 研究大肠杆菌在长期暴露于氟化氨基酸后的代谢适应机制 | 大肠杆菌对氟化色氨酸类似物的适应性 | 生物技术 | NA | 多组学分析 | NA | 基因组数据 | 两种适应氟化氨基酸的大肠杆菌菌株 |
2696 | 2024-08-07 |
Biofoundries are a nucleating hub for industrial translation
2021, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysab013
PMID:34712838
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研究论文 | 本文探讨了生物制造厂在合成生物学领域中的关键作用,特别是在推动生物系统设计和工程标准化的基础设施方面 | 生物制造厂通过提供独特的可访问基础设施,推动生物系统设计和工程的标准化,从而在合成生物学领域中发挥核心作用 | NA | 研究生物制造厂如何通过其基础设施和战略合作,促进工业转化和生物经济的发展 | 生物制造厂在合成生物学中的作用及其对工业转化和生物经济的影响 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
2697 | 2024-08-07 |
Tunable self-cleaving ribozymes for modulating gene expression in eukaryotic systems
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0232046
PMID:32352996
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research paper | 本文通过结合自切割核酶与各种上游竞争序列,设计了一套基因调控工具,用于调节真核系统中的基因表达 | 开发了一套新的基因调控工具,通过调整自切割核酶与上游竞争序列的位置和类型,实现了对基因表达的精细调控 | NA | 开发适用于真核系统的基因表达调控工具 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎中的绿色荧光蛋白(GFP)表达 | 合成生物学 | NA | 自切割核酶 | NA | 基因表达数据 | 哺乳动物细胞和果蝇胚胎 |
2698 | 2024-08-07 |
NextGen cell-based immunotherapies in cancer and other immune disorders
2019-08, Current opinion in immunology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.coi.2019.03.007
PMID:31071513
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综述 | 本文综述了工程化T细胞疗法在癌症和其他免疫疾病治疗中的当前进展及未来发展方向 | 结合合成生物学工具和细胞生物学及免疫学的基础知识,开发了增强细胞识别和安全有效治疗疾病能力的方法,以及使用CRISPR工程化细胞和制造通用‘即用型’细胞疗法的新策略 | NA | 探讨细胞疗法作为未来医学支柱的潜力 | T淋巴细胞和其他细胞疗法在癌症和其他免疫疾病中的应用 | NA | 癌症和其他免疫疾病 | CRISPR | NA | NA | NA |
2699 | 2024-08-07 |
The Evolution of SlyA/RovA Transcription Factors from Repressors to Countersilencers in Enterobacteriaceae
2019-03-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.00009-19
PMID:30837332
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研究论文 | 本文通过结构、功能和遗传分析,研究了SlyA/RovA这一MarR转录因子家族成员的进化过程,特别是它们从抑制因子到反沉默因子的转变 | SlyA和RovA获得了反沉默横向获得基因的能力,这极大地促进了通过横向基因转移的进化 | NA | 探讨转录因子在细菌进化中的作用及其对新兴病原体适应性的影响 | SlyA/RovA转录因子及其在细菌中的功能和进化 | NA | NA | 结构分析、功能分析、遗传分析 | NA | NA | NA |
2700 | 2024-08-07 |
MetQy-an R package to query metabolic functions of genes and genomes
2018-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty447
PMID:29878056
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research paper | 本文介绍了一个名为MetQy的R包,用于查询基因和基因组的代谢功能 | MetQy是一个开源的R包,专门设计用于基于查询的分析功能单元,并包含可视化和分析工具,便于KEGG的平面文件操作 | NA | 开发更好的工具以促进基因组和元基因组研究数据的分析 | 基因和基因组的代谢功能 | NA | NA | NA | NA | 基因组数据 | NA |