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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2026-08-03 |
In vitro properties of large serine integrase hybrids derived from ϕC31 and TG1 integrases
2026-Jul-17, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag750
PMID:42535648
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研究论文 | 本文研究了源自ϕC31和TG1整合酶的杂交丝氨酸整合酶的体外活性,这些酶能高效重组混合attP × attB底物,同时保留对同源重组方向性因子的相互作用和方向性控制。 | 提出了一种模块化框架,通过利用TG1衍生的卷曲螺旋结构域保留与同源RDF的相互作用,并保持方向性控制,从而能够工程化具有定制特异性的可编程丝氨酸整合酶。 | 研究仅限于体外活性分析,尚需通过结构预测工具和扩展的LSR发现与表征来进一步验证体内应用和定制基因组位点的理性设计。 | 开发一种模块化方法,用于工程化具有定制特异性的可编程丝氨酸整合酶,以用于基因组工程和合成生物学。 | ϕC31和TG1整合酶产生的杂交丝氨酸整合酶及其对混合attP × attB底物的重组活性。 | 合成生物学 | NA | 体外重组活性分析,结构预测工具 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | NA | 重组系统,具有方向性控制 | 医学, 工业生物技术 |
| 262 | 2026-08-03 |
Controlled assembly of exogenous DNA-based materials in living cells
2026-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.12.009
PMID:42539686
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综述 | 本文综述了外源DNA基材料在活细胞内的受控组装,涵盖多种刺激条件下的组装机制及其在生物医学和合成生物学中的应用。 | 系统总结了外源DNA材料在细胞内不同刺激条件下的动态组装,并重点阐述了其在改变细胞环境、干扰亚细胞结构和癌症诊疗中的三大应用。 | 未明确提及具体局限性,但可能受限于当前技术对细胞内组装过程的精确控制和体内应用的临床转化挑战。 | 全面综述外源DNA基材料在活细胞内的受控组装机制及其生物学效应,展望该领域的未来研究方向。 | 外源DNA基材料及其在活细胞内的组装体和功能模块。 | 合成生物学 | 癌症 | DNA纳米技术 | NA | NA | NA | NA | 活细胞 | 生物传感器、逻辑门、药物递送系统 | 医学、生物技术 |
| 263 | 2026-08-03 |
Insight into the eminent biotechnological applications of xylanolytic enzymes for sustainable bioprocessing
2025-Aug, 3 Biotech
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s13205-025-04415-1
PMID:40657403
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综述 | 本文全面综述了木聚糖的结构、木聚糖酶在降解中的作用及其在造纸、食品、纺织和制药等行业的工业应用,并讨论了通过纳米生物技术和CRISPR/CAS等先进工具提高木聚糖酶热稳定性的方法。 | 整合了纳米生物技术、CRISPR/CAS技术、宏基因组生物勘探、蛋白质工程和合成生物学等前沿方法,用于木聚糖酶的热稳定性提升和应用拓展,并强调了监管框架和标准化对可持续性的重要性。 | 未详细讨论木聚糖酶大规模工业应用的经济可行性和潜在环境风险。 | 全面阐述木聚糖酶在生物技术和可持续生物加工中的多功能作用,并指出未来研究创新方向。 | 木聚糖及其降解酶(木聚糖酶) | 生物技术 | NA | CRISPR/CAS技术、纳米生物技术、宏基因组学、蛋白质工程、合成生物学 | NA | 文献资料 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 代谢通路(木聚糖降解通路) | 工业生物技术 |
| 264 | 2026-08-02 |
Applying the design-build-test-learn framework to precision fermentation for sustainable food ingredients
2026-Aug, Food science and biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s10068-026-02116-w
PMID:42534763
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综述 | 本文综述了设计-构建-测试-学习(DBTL)框架在精准发酵中的应用,用于可持续食品成分的合成,重点关注食品级微生物平台的开发。 | 系统性地将DBTL框架应用于食品级精准发酵,强调安全、法规和消费者接受度对菌株选择及工程策略的影响,并整合计算设计、自动化构建、高通量测试和数据驱动学习。 | 未提及具体局限性,可能缺乏对工业规模化挑战或法规细节的深入讨论。 | 探讨DBTL框架作为系统性迭代方法,用于开发食品级微生物细胞工厂,生产可持续的食品成分,如替代蛋白、风味化合物和功能性碳水化合物。 | 食品级微生物菌株,用于精准发酵生产可持续食品成分。 | 合成生物学 | NA | 精准发酵 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | DBTL循环(设计-构建-测试-学习) | 食品工业 |
| 265 | 2026-08-02 |
Bacillus-derived antimicrobial peptides as alternatives to antibiotics in poultry: mechanisms, applications, and future prospects- a review
2026-May-23, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-026-04941-3
PMID:42176025
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综述 | 本文综述了芽孢杆菌来源的抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的多样性、结构特征、生物合成、作用机制及其应用前景。 | 系统总结了芽孢杆菌抗菌肽的多种作用机制,包括膜靶向、生物膜调控、免疫调节和防霉菌毒素肠损伤,并提出了基因组挖掘、合成生物学和计算设计相结合的未来开发方向。 | 抗菌肽活性受肽类、配方、微生物生态和宿主生理因素影响,且存在肽不稳定性、体内疗效差异、菌株差异、安全性问题及缺乏标准化比较模型等转化挑战。 | 评估芽孢杆菌抗菌肽作为家禽生产中抗生素替代品的潜力,并总结其机制和未来研究方向。 | 芽孢杆菌来源的抗菌肽,包括核糖体合成的细菌素和非核糖体合成的脂肽(如表面活性素、伊枯草菌素和丰原素)。 | 微生物学、合成生物学 | 肠道感染、抗微生物耐药性、霉菌毒素相关肠损伤 | 基因组挖掘、合成生物学、计算肽设计 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学 | 家禽 | NA | 农业、食品、医药 |
| 266 | 2026-08-02 |
Green Drug Discovery: Leveraging Biodiversity for Sustainable Pharmaceutical Solutions
2026-Jan, Chemistry & biodiversity
IF:2.3Q3
DOI:10.1002/cbdv.202500733
PMID:41504102
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综述 | 本文探讨了绿色制药的变革潜力,整合生物多样性、绿色化学、生物技术和人工智能,以实现可持续的药物发现与生产 | 提出下一代绿色制药概念,整合生物多样性、绿色化学、生物技术和AI,以促进环保高效的药物生产过程 | 面临生物勘探伦理问题、保护工作和生物多样性资源公平惠益分享等挑战 | 探索绿色制药在推动可持续医药未来中的作用 | 植物、微生物和海洋生物中的生物活性化合物 | 机器学习和人工智能 | 不适用 | CRISPR基因编辑、代谢工程、生物催化、超临界流体萃取 | 不适用 | 不适用 | 不适用 | CRISPR-Cas9 | 不适用 | 不适用 | 医药 |
| 267 | 2026-08-01 |
Development, optimization, and application of an episomal plasmid system for Rhodotorula toruloides
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102489
PMID:42288134
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研究论文 | 本文首次为红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides)开发了功能性附加体质粒系统,并优化了转化效率,实现了多基因途径表达和CRISPR基因组编辑。 | 首次构建了R. toruloides的附加体质粒系统,通过筛选多种来源的自主复制序列(ARS)鉴定出功能元件C63F4,并开发了Cre-loxP介导的体内再环化策略以提高转化效率,同时建立了简化的CRISPR无缝基因组编辑工具。 | 文中未提及明确的局限性,但可能包括质粒稳定性和拷贝数仍有提升空间,以及系统对其他菌株的适用性未知。 | 开发并优化红冬孢酵母的附加体质粒系统,以加速代谢工程、合成生物学和基础研究。 | 红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides)菌株CBS14及其工程改造。 | 合成生物学 | NA | NGS(用于筛选ARS)、CRISPR-Cas9 | NA | 基因序列、质粒稳定性数据、基因表达数据 | 筛选了多种来源的候选ARS,具体样本数未提及 | CRISPR-Cas9、Cre-loxP系统 | 红冬孢酵母(Rhodotorula toruloides) | 附加体质粒系统pC63F4,包含自主复制序列(ARS)C63F4、GFP报告基因、多基因代谢途径(用于三乙酸内酯、脂肪醇和柠檬烯生产)、以及基于CRISPR的基因组编辑工具 | 工业生物技术、代谢工程 |
| 268 | 2026-08-01 |
A plug-and-play cytochrome P450 system enables de novo biosynthesis of 2-phenylethanol derivatives
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102493
PMID:42314827
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研究论文 | 开发了一种基于细胞色素P450的即插即用系统,通过定向进化和代谢工程,在解脂耶氏酵母中实现了2-苯乙醇衍生物的从头生物合成 | 通过结构引导的酶工程实现了P450BM3的区域发散性羟基化,具有高区域选择性和对映选择性;在5升生物反应器中实现了最高产量;意外发现糖基转移酶的混杂活性,促进了红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷的创纪录生产 | 摘要中未提及明确的局限性 | 开发可扩展和适应性强的即插即用氧化生物催化系统,用于可持续生产高价值芳香族化合物 | 2-苯乙醇衍生物,包括(R)-1-苯基乙二醇、酪醇、红景天苷和2-苯乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷 | 合成生物学 | NA | 定向酶进化、结构引导的蛋白质工程、代谢工程 | NA | 文本、实验数据 | 不适用 | CRISPR-Cas9 | 解脂耶氏酵母 | 细胞色素P450驱动的羟基化途径 | 工业生物技术 |
| 269 | 2026-08-01 |
Evolution-guided high yield production of potent Gαq/11-signalling inhibitors FR900359 and YM-254890
2026-Sep, Metabolic engineering
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.ymben.2026.102497
PMID:42373013
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研究论文 | 本文通过进化引导的合成生物学策略,开发了稳健的异源微生物系统,用于高产生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890 | 首次采用进化引导策略,利用未培养微生物来源和链霉菌强启动子,实现了FR900359和YM-254890在异源宿主中的高产生产,并开发了双拷贝BGC宿主以进一步提高产量 | 未明确提及,但可能涉及异源宿主的生产稳定性或BGC组装复杂性 | 开发高产、成本效益高的微生物生产系统,用于生产Gαq/11信号抑制剂FR900359和YM-254890,以促进其生物技术应用和药物开发 | FR900359和YM-254890的生物合成基因簇,以及异源宿主Burkholderia gladioli Δgbn::attB和Δgbn::2attB | 合成生物学 | Gα突变肿瘤 | 异源表达、基因簇组装、启动子工程 | NA | 序列数据、产量数据 | 多个BGC构建体和两种异源宿主菌株 | CRISPR-Cas9 | Burkholderia gladioli | 生物合成基因簇的异源表达和双重拷贝 | 医学、工业生物技术 |
| 270 | 2026-08-01 |
Genetic code expansion: Bridging synthetic biology precision and cellular complexity to decipher molecular mechanisms of diseases
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102690
PMID:42085977
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综述 | 本文综述了遗传密码扩展技术在疾病生物学研究中的最新进展,重点介绍其如何通过定点引入非天然氨基酸来解析动态蛋白互作、翻译后修饰和信号事件,并讨论该技术面临的挑战及未来发展方向 | 强调遗传密码扩展技术作为合成生物学平台,在生理相关环境中以高时空精度剖析疾病分子机制的独特优势,并展望新兴方法学 | 遗传密码扩展技术在更广泛应用中仍面临关键挑战,如效率、特异性和体内适用性等限制 | 探讨遗传密码扩展技术在疾病机制研究中的应用潜力和局限,提出其作为转化性合成生物学平台的愿景 | 疾病相关的分子通路、蛋白质相互作用、翻译后修饰和信号事件 | 合成生物学 | 多种疾病(未具体指明) | 遗传密码扩展 | NA | NA | NA | 非天然氨基酸定点掺入 | 活体系统(如细胞) | 遗传密码扩展系统 | 医学 |
| 271 | 2026-08-01 |
Discovery and engineering of polymerases and ligases for the synthesis of modified nucleic acids
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102697
PMID:42143538
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综述 | 本文综述了利用工程化聚合酶和连接酶合成含非天然构建块的寡核苷酸的最新进展,并提供了一个简化生物催化剂家族脚手架发现的网络应用。 | 重点关注计算工具加速核酸修饰酶的发现与工程化,并提供了一个公开的网络应用以辅助生物催化剂家族探索。 | 未提及明确局限性。 | 综述酶促寡核苷酸合成中工程化聚合酶和连接酶的最新方法,并推动该领域的工具化应用。 | 寡核苷酸、聚合酶、连接酶、非天然构建块 | 合成生物学 | NA | 酶促合成 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 医疗、诊断、合成生物学 |
| 272 | 2026-08-01 |
Synthetic DNA circuits for programming cell functions
2026-Aug, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102701
PMID:42214130
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综述 | 本文综述了合成DNA电路在细胞功能编程中的最新进展,重点介绍了DNA逻辑网络与细胞环境的整合,以实现对细胞功能的逻辑门控控制。 | 强调从体外演示向体内功能实施的范式转变,并探讨了将DNA电路与内源通路接口的策略。 | 未明确提及具体局限性。 | 探讨利用合成DNA电路编程细胞功能的方法,以推动精准治疗和自主生物制造的发展。 | 合成DNA电路及其在细胞环境中的集成。 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 链置换、逻辑门、放大器、神经形态架构 | 医学、工业生物技术 |
| 273 | 2026-08-01 |
Exploring halophilic microorganisms for novel antimicrobial discovery: molecular mechanisms and computational approaches
2026-Jul-31, Folia microbiologica
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12223-026-01568-1
PMID:42533221
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综述 | 本文综述了嗜盐微生物作为新型抗菌物质来源的潜力,涵盖其生态适应性、抗菌机制及组学和计算学发现方法 | 将生态适应性、非经典抗菌机制和现代组学及计算学发现流程整合为统一的抗菌物质发现框架 | 大多数已报道的化合物仍停留在体外阶段,体内验证进展有限 | 探索嗜盐微生物作为新型抗菌物质来源,以应对抗生素耐药性危机 | 嗜盐微生物及其产生的生物活性代谢物 | 微生物学 | 多重耐药菌感染 | 多组学、计算学发现流程 | NA | 文本 | NA | 合成生物学、代谢工程 | 嗜盐微生物 | 沉默生物合成通路激活 | 医学、工业生物技术 |
| 274 | 2026-08-01 |
De Novo Autogenic Engineered Living Functional Materials
2026-Jul-31, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.74312
PMID:42536049
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研究论文 | 本文介绍了一个基于蛋白质挖掘、计算建模和合成生物学的通用平台,用于从头设计自主工程活体功能材料(ELMs),实现了从非模式细菌中生物合成CsgA样ELMs,并展示了增强的机械性能、UV-C防护和可编程功能 | 通过分析33,564个CsgA样同源物,结合AlphaFold2和分子动力学模拟,实现从头设计自主功能ELMs,并从非模式细菌中生物合成分子量增加至9倍、β-折叠重复单元扩展的CsgA样蛋白,同时实现了3D打印性和选择性结合纳米颗粒及抗体的可编程功能 | 未明确说明局限性,但可能包括对非模式细菌中ELM合成的效率和生产规模限制 | 开发一个通用平台,用于发现、设计和利用天然生物分子系统,以推进下一代自主工程活体材料 | 大肠杆菌curli机器和CsgA样同源蛋白 | 合成生物学 | NA | AlphaFold2, 分子动力学模拟, 合成生物学 | AlphaFold2 | 蛋白质序列数据 | 33,564个CsgA样同源物 | CRISPR-Cas9 | 大肠杆菌 | curli分泌途径重编程 | 材料科学, 生物技术 |
| 275 | 2026-08-01 |
Small Regulatory RNAs in Prokaryotes: Key Features, Identification, Environmental Roles, and Applications
2026-Jul-16, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14071561
PMID:42514066
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综述 | 该综述整合了海洋和环境原核生物中小调控RNA的计算预测、宏组学发现和合成生物学应用,提供了从识别到功能和工程应用的多层次视角 | 区别于以往侧重模式生物的综述,本文聚焦海洋和环境原核生物,整合了计算预测、宏组学发现和合成生物学应用,并批判性评估了sRNA识别工具,强调了减少假阳性预测的策略 | 未明确说明 | 全面综述原核生物sRNA生物学,强调其在环境适应和生物技术应用中的关键作用,并为菌株工程提供资源 | 海洋和环境原核生物中的小调控RNA(sRNA) | 生物信息学 | NA | 计算预测、宏基因组学、宏转录组学 | NA | 基因组序列、转录组数据 | 未明确说明 | 合成RNA工程 | 未明确说明 | 合成sRNA调控元件 | 工业生物技术、环境科学 |
| 276 | 2026-08-01 |
Global Research Trends on Polyhydroxyalkanoate-Producing Microorganisms: A Bibliometric and Scientometric Analysis of Sustainable Bioplastic Biotechnology
2026-Jul-15, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14071550
PMID:42514055
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研究论文 | 通过文献计量和科学计量方法,分析2014至2025年间全球关于聚羟基脂肪酸酯产生微生物及其在生物基包装中应用的研究趋势。 | 采用Scopus数据库结合Bibliometrix和VOSviewer工具,揭示研究主题从基础生理和分类学向代谢工程、合成生物学及量子建模等新兴方向的转变,并识别关键的技术空白。 | 研究存在下游加工挑战、混合微生物群落管理困难以及资金不足等限制,影响PHAs的商业可扩展性和可持续性。 | 评估全球PHA产生微生物研究的产出、合作网络及主题演变,并指出未来研究重点以克服经济和技术的瓶颈。 | 关于聚羟基脂肪酸酯产生微生物的研究文献及其在生物基包装中的应用。 | 机器学习 | 不适用 | 文献计量分析 | 不适用 | 文献数据 | 2014-2025年间发表的学术论文 | CRISPR-Cas9 | 不适用 | 不适用 | 环境, 材料 |
| 277 | 2026-08-01 |
The Genetic Transformation Mechanism and Application of Plant Hairy Roots
2026-Jul-13, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants15142160
PMID:42514528
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研究论文 | 本文综述了植物毛状根遗传转化的分子机制、递送系统开发、诱导与再生平台构建及其在遗传育种和次生代谢物提取中的应用 | 强调毛状根系统相比传统农杆菌介导方法在单步产生转基因纯合子和广泛适应性方面的优势,并系统梳理其分子机制与平台构建 | 未明确提及具体限制 | 总结毛状根遗传转化机制及其在植物育种和合成生物学中的应用,以加速基因编辑和快速驯化等前沿技术的发展 | 植物毛状根 | 植物生物技术 | NA | 农杆菌介导转化 | NA | NA | NA | NA | 植物 | 毛状根诱导与再生系统 | 农业, 工业生物技术 |
| 278 | 2026-08-01 |
The Emergence of Life in the Light of Evolution
2026-Jul-12, ArXiv
PMID:42389247
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研究论文 | 本文从进化视角探讨生命起源,认为生命起源不仅是化学问题,还需考虑进化机制,并整合地质化学、分子生物学等多学科证据,提出生命起源研究应扩展至前生物系统的进化过程 | 将种群遗传学视角引入生命起源研究,强调LUCA之前的深层进化历史,并提出通过理论、实验室实验和合成生物学验证的进化驱动假说 | 信息不足,无法明确说明本文的局限性 | 提出一个涵盖前代谢自催化网络、原始细胞、翻译和DNA基因组转变的进化研究议程,以约束生命起源场景 | 生命起源过程、最后一个普遍共同祖先(LUCA)、前生物系统(如原始细胞、自催化网络) | 进化生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | 文献综述与理论分析 | NA | 合成生物学(涉及合成细胞实验) | NA | NA | 医学、工业生物技术 |
| 279 | 2026-08-01 |
The disorazole family of potent anticancer agents: structures, bioactivity, total synthesis, and heterologous biosynthesis
2026-Jul-10, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.07.028
PMID:42431458
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综述 | 本文对disorazole家族进行了全面系统的分析,涵盖其结构、生物活性、全合成方法以及异源生物合成途径 | 该综述提出了disorazole研究的范式转变,即从传统的全化学合成转向利用可编程的生物合成工程,并整合了异源表达、Red/ET重组工程和模块化聚酮合酶工程等关键技术 | 未明确提及局限性 | 旨在弥合复杂化学合成与现代生物合成工程之间的差距,提供对disorazole家族的全面系统分析,并展望未来整合生物合成可扩展性与化学合成精确性的临床转化策略 | disorazole家族天然产物及其相关生物合成途径 | 合成生物学 | 癌症 | 异源表达、Red/ET重组工程、聚酮合酶工程、全合成 | NA | 文本 | NA | Red/ET重组工程 | 粘细菌(Sorangium cellulosum) | NA | 医学 |
| 280 | 2026-07-31 |
Characterization of OsNrx3i1, the first intron of rice OsNrx3 gene, as a candidate intron-mediated enhancement element for synthetic promoter engineering
2027-Feb, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2026.06.006
PMID:42529265
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研究论文 | 本研究表征了水稻OsNrx3基因的第一个内含子OsNrx3i1作为候选内含子介导增强元件,用于合成启动子工程 | 首次发现水稻OsNrx3基因的第一个内含子具有内含子介导增强(IME)活性,并证实其可通过破坏抑制性上游开放阅读框和嵌入优化5'UTR支架来释放增强潜力,在单子叶植物中表现出竞争性效能 | 所有测试的内含子均表现出环境依赖性和宿主特异性,在双子叶植物中的活性有限 | 开发可用于植物合成生物学的内含子介导增强元件 | 水稻OsNrx3基因的第一个内含子OsNrx3i1 | 植物合成生物学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 水稻原生质体和稳定转基因植物样本以及双子叶植物本氏烟草瞬时表达样本 | NA | 水稻(Oryza sativa),本氏烟草(Nicotiana benthamiana) | 合成最小启动子 | 农业,工业生物技术 |