合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2801	2024-08-07	EMT transcription factors activated circuits: A novel tool to study EMT dynamics and its therapeutic implications 2024-Mar, Synthetic and systems biotechnology IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.synbio.2023.11.010 PMID:38173810	研究论文	本研究介绍了响应性的EMT传感电路，通过特定的启动子感知EMT过程，并构建了NOT门电路来区分和抑制EMT肿瘤细胞的增殖	首次引入响应性的EMT传感电路，通过特定的启动子感知EMT过程，并构建了NOT门电路来区分和抑制EMT肿瘤细胞的增殖	NA	开发新的工具来研究EMT动态过程及其在治疗上的应用	EMT过程中的细胞命运和靶向治疗	生物技术	癌症	合成生物学电路	NA	细胞	涉及乳腺癌细胞和上皮癌细胞
2802	2024-08-07	Dual Engineering of Olivetolic Acid Cyclase and Tetraketide Synthase for the Formation of Longer Alkyl-Chain Olivetolic Acid Analogs and Their Antibacterial Activities 2024, Chemical & pharmaceutical bulletin IF:1.5Q3 DOI:10.1248/cpb.c23-00692 PMID:38171898	综述	本文综述了通过双工程化橄榄酸环化酶和四酮合成酶来形成更长烷基链的橄榄酸类似物及其抗菌活性的研究	通过混合不同生物合成途径的基因或工程化次级代谢酶以扩展底物和产物特异性，理论上可以生成新的非天然化合物	NA	探讨通过工程化酶来扩展非天然大麻素中C-3烷基部分的可能性，以开发具有治疗效益的大麻素	橄榄酸环化酶和四酮合成酶的结构基础双工程化及其对橄榄酸类似物抗菌活性的影响	合成生物学	NA	NA	NA	NA	NA
2803	2024-08-07	Overexpression of REDUCED WALL ACETYLATION C increases xylan acetylation and biomass recalcitrance in Populus 2023-Dec-30, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiad377 PMID:37399189	研究论文	研究显示，过表达PtRWA-C基因增加了木聚糖的乙酰化水平和木质素含量，从而降低了杨树木质生物质的糖化效率	首次揭示了PtRWA-C基因在木聚糖乙酰化中的功能作用，并发现了AP2家族转录因子HRD对其表达的调控机制	NA	探讨PtRWA-C基因在木聚糖乙酰化和生物质糖化效率中的作用及其调控机制	杨树（Populus trichocarpa）的PtRWA-C基因及其在生物质转化中的作用	NA	NA	基因共表达网络分析，表达数量性状位点（eQTL）分析	NA	基因表达数据	NA
2804	2024-08-07	Postbiotic production: harnessing the power of microbial metabolites for health applications 2023, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2023.1306192 PMID:38169918	综述	本文全面分析了后生物生产的多个方面，包括不同后生物类别的广泛检查，揭示了它们复杂的机制和未来可能显著影响人类健康的应用	强调了后生物生产领域的创新，包括从传统发酵到尖端酶转化和合成生物学方法的应用	指出了后生物生产中存在的问题，如提高产量、增强稳定性和确保安全性	探讨后生物在治疗干预和功能性食品成分生产中的应用潜力	后生物及其生产机制	微生物组科学	NA	发酵、酶转化、合成生物学	NA	NA	NA
2805	2024-08-07	Overcoming Leak Sensitivity in CRISPRi Circuits Using Antisense RNA Sequestration and Regulatory Feedback 2022-Sep-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.2c00155 PMID:36017994	研究论文	本文介绍了一种通过使用反义RNA（asRNA）捕获gRNA转录本以及CRISPRi反馈来自我调节asRNA生产的机制，以抑制CRISPRi的不必要抑制并提高基因电路功能	利用asRNA和CRISPRi反馈机制，有效减少了CRISPRi电路中的泄漏敏感性和反向效应，特别是在静态表达期间	NA	改进CRISPRi逆变器在复杂遗传电路中的应用，同时保持dCas蛋白的可编程性和正交性	CRISPRi电路的性能和逻辑功能	合成生物学	NA	CRISPR干扰（CRISPRi）	NA	基因表达数据	NA
2806	2024-08-07	Utilizing RNA origami scaffolds in Saccharomyces cerevisiae for dCas9-mediated transcriptional control 2022-Jul-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac470 PMID:35648481	研究论文	研究利用RNA折纸支架在酵母中通过dCas9介导的转录调控	首次探讨了单引导RNA与RNA折纸支架融合体（sgRNAO）在酵母中调控基因表达的能力，并展示了不同适配子位置和支架方向对转录激活的影响	尚未完全理解支架上多个适配子的定位及其方向对功能特性的影响	研究RNA折纸支架在酵母中的应用，特别是通过CRISPR-dCas9系统进行基因表达调控	RNA折纸支架、单引导RNA、酵母	合成生物学	NA	RNA折纸	CRISPR-dCas9	RNA	NA
2807	2024-08-07	Design of Multiplexing CRISPR/Cas9 Constructs for Plant Genome Engineering Using the GoldenBraid DNA Assembly Standard 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1791-5_2 PMID:35188654	研究论文	本文介绍了如何使用GoldenBraid DNA组装系统设计多重CRISPR/Cas9构建体，用于植物基因组工程	首次展示了使用GoldenBraid系统进行多重CRISPR/Cas9构建体的设计和应用	NA	探索CRISPR/Cas9技术在植物基因组工程中的应用	植物基因组	基因组工程	NA	CRISPR/Cas9	NA	DNA	涉及烟草（Nicotiana benthamiana）叶片样本
2808	2024-08-07	A Novel and Efficient Genome Editing Tool Assisted by CRISPR-Cas12a/Cpf1 for Pichia pastoris 2021-Nov-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00172 PMID:34644057	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR-Cpf1系统的新型高效基因编辑工具，用于Pichia pastoris的基因组编辑	首次实现了使用CRISPR-Cpf1系统删除20kb的大DNA片段和一步整合多个基因	NA	开发一种高效的基因编辑工具，用于Pichia pastoris的代谢工程和基因组进化	Pichia pastoris	合成生物学	NA	CRISPR-Cpf1	NA	DNA	NA
2809	2024-08-07	Fine-Tuning Cas9 Activity with a Cognate Inhibitor AcrIIA4 to Improve Genome Editing in Streptomyces 2021-Nov-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00141 PMID:34734710	研究论文	本文通过引入Cas9同源抑制剂AcrIIA4来微调Cas9活性，以提高链霉菌中的基因组编辑效率	引入Cas9同源抑制剂AcrIIA4，显著提高了基因组编辑的效率和特异性	未提及具体限制	提高链霉菌中基因组编辑的效率	链霉菌中的基因组编辑	基因编辑	NA	CRISPR-Cas9系统	NA	基因组数据	实验室和工业物种
2810	2024-08-07	Type II anti-CRISPR proteins as a new tool for synthetic biology 2021-Aug, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2020.1827803 PMID:32991234	research paper	本文讨论了II型反CRISPR蛋白的发现、抑制机制及其在基因编辑和基因转录调控中的应用	介绍了II型反CRISPR蛋白作为合成生物学新工具的潜力	NA	探讨II型反CRISPR蛋白的发现、机制及应用	II型反CRISPR蛋白及其在基因编辑和转录调控中的应用	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	NA	NA	NA
2811	2024-08-07	GTR 2.0: gRNA-tRNA Array and Cas9-NG Based Genome Disruption and Single-Nucleotide Conversion in Saccharomyces cerevisiae 2021-Jun-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00560 PMID:34015926	研究论文	本文介绍了GTR 2.0工具，该工具结合gRNA-tRNA阵列和SpCas9-NG，用于高效基因组破坏和单核苷酸转换	GTR 2.0扩展了目标范围，提高了多重化能力，增强了突变效率和特异性，并优化了PAMs的需求	NA	开发一种高效的基因组破坏和单核苷酸转换工具，以促进基因疗法、基础生物学研究和合成生物学的发展	酵母细胞中的基因破坏和单核苷酸转换	合成生物学	NA	CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	覆盖所有16种可能的NGN PAMs和所有12种可能的单核苷酸转换
2812	2024-08-07	CRISPR screens in plants: approaches, guidelines, and future prospects 2021-May-31, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koab099 PMID:33823021	review	本文讨论了在植物中建立CRISPR筛选的一般概念、工具和工作流程，并分析了近期使用该策略生成突变敲除集合或多样化DNA序列的报告	探讨了CRISPR筛选在高度重复的植物基因组中研究冗余基因功能的独特多重能力，并讨论了如何结合这一方法与过去二十年生成的众多基因组轮廓，以更深入地解析植物基因组	CRISPR筛选在植物中的应用仍处于初级阶段，存在设计和实施上的挑战	探讨CRISPR筛选在植物基因组工程中的应用及其未来前景	植物基因组中的基因功能和调控网络	基因组工程	NA	CRISPR	NA	基因组数据	NA
2813	2024-08-07	High-Performance Allosteric Conditional Guide RNAs for Mammalian Cell-Selective Regulation of CRISPR/Cas 2021-May-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.1c00037 PMID:33930275	研究论文	本文介绍了一种高性能的变构条件性引导RNA（cgRNA），用于在哺乳动物细胞中选择性调控CRISPR/Cas功能	开发了变构cgRNA机制，允许独立设计目标和触发序列，提供了选择调控目标和范围的灵活性	NA	旨在为哺乳动物细胞设计高性能的变构cgRNA机制，追求ON → OFF和OFF → ON逻辑	变构条件性引导RNA（cgRNA）及其在哺乳动物细胞中的应用	RNA纳米技术	NA	NUPACK	NA	RNA	在HEK 293T细胞中进行了实验，包括四个ON → OFF '终止开关' cgRNA和三个OFF → ON '分裂终止开关' cgRNA的库
2814	2024-08-07	Expanding the Potential of Mammalian Genome Engineering via Targeted DNA Integration 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00576 PMID:33596056	综述	本文综述了通过CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中进行靶向DNA插入的两种不同机制	强调了位点特异性重组酶在靶向DNA插入方面的优势，特别是可编程重组酶的最新发展	CRISPR/Cas9系统依赖于线性化DNA供体和细胞内修复途径，存在插入尺寸小和编辑结果不理想等局限	探讨如何通过蛋白质工程进一步扩展哺乳动物细胞中靶向DNA插入的工具箱	CRISPR/Cas9系统和位点特异性重组酶在哺乳动物细胞中的应用	基因工程	NA	CRISPR/Cas9, 位点特异性重组酶	NA	DNA序列	NA
2815	2024-08-07	Prime Editing Guide RNA Design Automation Using PINE-CONE 2021-Feb-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00445 PMID:33464043	研究论文	本文介绍了一种名为PINE-CONE的软件工具，用于自动化设计prime editing guide RNA（pegRNA），以提高prime editing技术的应用效率	PINE-CONE能够实现pegRNA的高通量自动化设计，简化了prime editing策略的实施流程	NA	开发一种工具以加速prime editing技术在合成生物学和生物医学研究中的应用	prime editing guide RNA（pegRNA）的设计与应用	合成生物学	阿尔茨海默病	prime editing	NA	DNA序列	一个针对阿尔茨海默病单核苷酸多态性（SNPs）的pegRNA库
2816	2024-08-07	Development of a CRISPR/Cpf1 system for targeted gene disruption in Aspergillus aculeatus TBRC 277 2021-Feb-11, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-021-00669-8 PMID:33573639	研究论文	本研究开发了一种基于AMA1的单CRISPR/Cpf1表达载体，用于在Aspergillus aculeatus TBRC 277中靶向破坏pyrG基因	首次报道了在A. aculeatus TBRC 277物种中使用FnCpf1作为替代的II类（V型）核酸酶	NA	探索CRISPR/Cpf1技术在丝状真菌中的应用，以促进菌株改良和功能基因组学研究	Aspergillus aculeatus TBRC 277中的pyrG基因	生物技术	NA	CRISPR/Cpf1	NA	DNA	三种不同的引导crRNAs
2817	2024-08-07	Guide RNA Design for Genome-Wide CRISPR Screens in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_8 PMID:33847986	研究论文	本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中进行全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计方法	提出了针对CRISPR-Cpf1和CRISPR-Cas9系统的全基因组引导RNA设计算法	NA	开发用于非模式生物中全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计策略	Yarrowia lipolytica酵母的全基因组	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, CRISPR-Cpf1	NA	基因组数据	NA
2818	2024-08-07	CRISPR Interference and Activation to Modulate Transcription in Yarrowia lipolytica 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_6 PMID:33847984	研究论文	本文介绍了在非传统酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa）系统来调节内源基因转录的方法	开发了CRISPRi和CRISPRa系统，以实现对Y. lipolytica中基因表达的更精细控制	NA	提高在Y. lipolytica中控制基因表达的能力，以促进更先进的合成生物学和代谢工程研究	Yarrowia lipolytica中的基因表达调控	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9系统	CRISPRi和CRISPRa	基因表达数据	NA
2819	2024-08-07	Current understanding of the cyanobacterial CRISPR-Cas systems and development of the synthetic CRISPR-Cas systems for cyanobacteria 2020-Oct, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109619 PMID:32912679	研究论文	本文描述了自然和合成CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，旨在理解蓝细菌基因组和进行代谢工程应用	成功建立了CRISPR-Cas9和-Cas12a在蓝细菌中的应用，无需选择标记即可删除目标基因，并使用失活的Cas9和Cas12a抑制基因进行代谢工程	NA	探索CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，以促进生物CO利用和代谢工程	蓝细菌的自然和合成CRISPR-Cas系统	合成生物学	NA	CRISPR-Cas系统	CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a	基因组	NA
2820	2024-08-07	Construction of wild-type Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682 auxotrophic mutants using dual CRISPR/Cas9 strategy for novel biotechnological approaches 2020-Oct, Enzyme and microbial technology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109621 PMID:32912681	研究论文	本研究利用双CRISPR/Cas9策略构建了Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体，并验证了其在β-胡萝卜素合成中的应用潜力	首次使用双切割CRISPR/Cas9系统在基因组信息不可用的野生型Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682中构建不可逆营养缺陷突变体	突变体的干扰效率范围为5%至28%，仍有提升空间	通过合成生物学方法改进Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682在生物转化过程中的应用	Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体及其在β-胡萝卜素合成中的应用	合成生物学	NA	CRISPR/Cas9	NA	基因组	多个突变体和对照组