合成生物学相关文章
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当前共找到 3069 篇文献，本页显示第 2841 - 2860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2841 | 2024-08-07 |
Prime Editing Guide RNA Design Automation Using PINE-CONE
2021-Feb-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.0c00445
PMID:33464043
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PINE-CONE的软件工具，用于自动化设计prime editing guide RNA（pegRNA），以提高prime editing技术的应用效率 | PINE-CONE能够实现pegRNA的高通量自动化设计，简化了prime editing策略的实施流程 | NA | 开发一种工具以加速prime editing技术在合成生物学和生物医学研究中的应用 | prime editing guide RNA（pegRNA）的设计与应用 | 合成生物学 | 阿尔茨海默病 | prime editing | NA | DNA序列 | 一个针对阿尔茨海默病单核苷酸多态性（SNPs）的pegRNA库 |
| 2842 | 2024-08-07 |
Development of a CRISPR/Cpf1 system for targeted gene disruption in Aspergillus aculeatus TBRC 277
2021-Feb-11, BMC biotechnology
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12896-021-00669-8
PMID:33573639
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研究论文 | 本研究开发了一种基于AMA1的单CRISPR/Cpf1表达载体，用于在Aspergillus aculeatus TBRC 277中靶向破坏pyrG基因 | 首次报道了在A. aculeatus TBRC 277物种中使用FnCpf1作为替代的II类（V型）核酸酶 | NA | 探索CRISPR/Cpf1技术在丝状真菌中的应用，以促进菌株改良和功能基因组学研究 | Aspergillus aculeatus TBRC 277中的pyrG基因 | 生物技术 | NA | CRISPR/Cpf1 | NA | DNA | 三种不同的引导crRNAs |
| 2843 | 2024-08-07 |
Guide RNA Design for Genome-Wide CRISPR Screens in Yarrowia lipolytica
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_8
PMID:33847986
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研究论文 | 本文介绍了在工业相关的油质酵母Yarrowia lipolytica中进行全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计方法 | 提出了针对CRISPR-Cpf1和CRISPR-Cas9系统的全基因组引导RNA设计算法 | NA | 开发用于非模式生物中全基因组CRISPR筛选的引导RNA设计策略 | Yarrowia lipolytica酵母的全基因组 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cpf1 | NA | 基因组数据 | NA |
| 2844 | 2024-08-07 |
CRISPR Interference and Activation to Modulate Transcription in Yarrowia lipolytica
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1414-3_6
PMID:33847984
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研究论文 | 本文介绍了在非传统酵母Yarrowia lipolytica中使用CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa）系统来调节内源基因转录的方法 | 开发了CRISPRi和CRISPRa系统，以实现对Y. lipolytica中基因表达的更精细控制 | NA | 提高在Y. lipolytica中控制基因表达的能力，以促进更先进的合成生物学和代谢工程研究 | Yarrowia lipolytica中的基因表达调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9系统 | CRISPRi和CRISPRa | 基因表达数据 | NA |
| 2845 | 2024-08-07 |
Current understanding of the cyanobacterial CRISPR-Cas systems and development of the synthetic CRISPR-Cas systems for cyanobacteria
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109619
PMID:32912679
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研究论文 | 本文描述了自然和合成CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，旨在理解蓝细菌基因组和进行代谢工程应用 | 成功建立了CRISPR-Cas9和-Cas12a在蓝细菌中的应用，无需选择标记即可删除目标基因，并使用失活的Cas9和Cas12a抑制基因进行代谢工程 | NA | 探索CRISPR-Cas系统在蓝细菌中的应用，以促进生物CO利用和代谢工程 | 蓝细菌的自然和合成CRISPR-Cas系统 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统 | CRISPR-Cas9, CRISPR-Cas12a | 基因组 | NA |
| 2846 | 2024-08-07 |
Construction of wild-type Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682 auxotrophic mutants using dual CRISPR/Cas9 strategy for novel biotechnological approaches
2020-Oct, Enzyme and microbial technology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.enzmictec.2020.109621
PMID:32912681
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研究论文 | 本研究利用双CRISPR/Cas9策略构建了Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体，并验证了其在β-胡萝卜素合成中的应用潜力 | 首次使用双切割CRISPR/Cas9系统在基因组信息不可用的野生型Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682中构建不可逆营养缺陷突变体 | 突变体的干扰效率范围为5%至28%，仍有提升空间 | 通过合成生物学方法改进Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682在生物转化过程中的应用 | Yarrowia lipolytica IMUFRJ 50682的不可逆营养缺陷突变体及其在β-胡萝卜素合成中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 基因组 | 多个突变体和对照组 |
| 2847 | 2024-08-07 |
Guide RNA Engineering Enables Dual Purpose CRISPR-Cpf1 for Simultaneous Gene Editing and Gene Regulation in Yarrowia lipolytica
2020-Apr-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00498
PMID:32208677
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研究论文 | 本文介绍了一种双功能CRISPR-Cpf1系统，能够在Yarrowia lipolytica中同时进行基因编辑和基因调控 | 通过将guide RNA的间隔区长度截短至16 nt，抑制了核酸酶活性但保留了与目标位点的结合能力，从而实现了基因激活和抑制 | NA | 开发一种多功能的基因编辑工具，用于快速菌株生成 | Yarrowia lipolytica酵母 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cpf1 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2848 | 2024-08-07 |
An expanded CRISPRi toolbox for tunable control of gene expression in Pseudomonas putida
2020-Mar, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.13533
PMID:32045111
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research paper | 本文介绍了一种单质粒CRISPR干扰（CRISPRi）系统，该系统在诱导性XylS/P表达系统控制下表达无核酸酶活性的cas9基因，并可选择性地表达组成型引导RNA（sgRNA或crRNA和tracrRNA），用于在Pseudomonas putida中可调节地控制基因表达。 | 该系统能够实现对染色体表达基因的荧光蛋白编码基因的调节性、紧密控制抑制（高达90%），并能抑制必需基因pyrF和ftsZ的表达，从而显著降低生长速率或引起形态变化。 | NA | 开发一种高效的、目标性的和可控的基因表达调控工具，以扩展Pseudomonas putida在工业和环境应用中的合成生物学和代谢工程方法。 | Pseudomonas putida中的基因表达调控。 | synthetic biology | NA | CRISPRi | NA | 基因表达 | NA |
| 2849 | 2024-08-07 |
Tunable Repression of Key Photosynthetic Processes Using Cas12a CRISPR Interference in the Fast-Growing Cyanobacterium Synechococcus sp. UTEX 2973
2020-Jan-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.9b00417
PMID:31829621
|
研究论文 | 本文描述了一种可调节的dCas12a（dCpf1）CRISPRi系统，并将其应用于快速生长的蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中抑制关键光合作用过程 | 开发了一种新的合成生物学工具，即可调节的dCas12a CRISPRi系统，用于精确调控蓝细菌中的基因表达 | NA | 研究蓝细菌作为模型生物和生产平台的关键光合作用过程 | 蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973中的光合作用过程 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰（CRISPRi） | dCas12a（dCpf1） | 基因表达数据 | 蓝细菌Synechococcus sp. UTEX 2973 |
| 2850 | 2024-08-07 |
Engineering Cellular Signal Sensors based on CRISPR-sgRNA Reconstruction Approaches
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.42299
PMID:32210731
|
review | 本文总结了基于CRISPR-sgRNA重构方法构建细胞信号传感器的优缺点及重新编程细胞信号网络的可能途径 | 提出了如何进一步改进基于sgRNA-riboswitch的信号传感器设计 | 控制CRISPR系统的基因编辑活性仍是一个挑战 | 促进环境检测、疾病诊断和基因治疗等领域的发展 | CRISPR系统在细胞信号传感器中的应用 | 生物技术 | NA | CRISPR-sgRNA | NA | NA | NA |
| 2851 | 2024-08-07 |
Combined genome editing and transcriptional repression for metabolic pathway engineering in Corynebacterium glutamicum using a catalytically active Cas12a
2019-Nov, Applied microbiology and biotechnology
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s00253-019-10118-4
PMID:31583448
|
研究论文 | 本文设计了一种结合基因组编辑和转录抑制的双功能CRISPR系统（RE-CRISPR），使用具有催化活性的Cas12a在谷氨酸棒杆菌中进行代谢途径工程 | 开发了一种新的RE-CRISPR系统，能够同时实现基因组编辑和转录抑制，提高了代谢产物的生产效率 | NA | 设计一种能够在谷氨酸棒杆菌中同时进行基因组编辑和转录抑制的新工具，以优化代谢途径 | 谷氨酸棒杆菌的代谢和调控基因 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas12a | NA | 基因组数据 | NA |
| 2852 | 2024-08-07 |
Simultaneous repression of multiple bacterial genes using nonrepetitive extra-long sgRNA arrays
2019-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0286-9
PMID:31591552
|
研究论文 | 本文通过使用非重复超长sgRNA阵列（ELSAs）同时抑制多个细菌基因，解决了CRISPR干扰中多sgRNA共表达引起的遗传不稳定性和表型丧失问题。 | 开发了非重复超长sgRNA阵列（ELSAs），通过结合非重复遗传部件和算法规则设计，实现了对多个基因的同时稳定调控。 | NA | 实现对多个细菌基因的同时稳定调控，以应用于代谢工程和合成生物学。 | 细菌基因的调控和细菌表型的工程化。 | 合成生物学 | NA | CRISPR干扰 | NA | DNA序列 | 22个sgRNAs，28个sgRNA handles |
| 2853 | 2024-08-07 |
Establishment and application of a CRISPR-Cas12a assisted genome-editing system in Zymomonas mobilis
2019-Oct-03, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-019-1219-5
PMID:31581942
|
research paper | 本研究在Zymomonas mobilis中建立了基于CRISPR-Cas12a的基因编辑系统，并展示了其在质粒清除、基因删除和插入以及核苷酸替换等方面的应用 | 首次在Zymomonas mobilis中应用CRISPR-Cas12a系统，实现了高效的基因编辑和代谢工程 | NA | 开发一种高效便捷的基因编辑工具，加速Zymomonas mobilis的基因组研究和菌株改良 | Zymomonas mobilis菌株及其基因组 | synthetic biology | NA | CRISPR-Cas12a | NA | DNA | 涉及Zymomonas mobilis ZM4菌株及其原生质粒 |
| 2854 | 2024-08-07 |
Engineered CRISPRa enables programmable eukaryote-like gene activation in bacteria
2019-Aug-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11479-0
PMID:31451697
|
研究论文 | 本文报道了一种基于σ依赖型启动子的类真核细菌CRISPR激活（CRISPRa）系统，支持长距离和多输入调控 | 该系统在非模式细菌中激活σ依赖型启动子，支持正交基因调控，并能与dxCas9结合扩展DNA靶向灵活性 | NA | 开发一种新型的CRISPR激活系统，以提高基因表达调控的灵活性和效率 | 细菌中的基因表达调控 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas | NA | NA | NA |
| 2855 | 2024-08-07 |
Construction of a series of episomal plasmids and their application in the development of an efficient CRISPR/Cas9 system in Pichia pastoris
2019-May-27, World journal of microbiology & biotechnology
IF:4.0Q2
DOI:10.1007/s11274-019-2654-5
PMID:31134410
|
研究论文 | 本研究构建了一系列质粒，并将其应用于开发高效的CRISPR/Cas9系统在毕赤酵母中 | 首次使用panARS序列开发了高效的CRISPR/Cas9基因编辑系统，相比传统系统提高了十倍以上的编辑效率 | NA | 开发高效的CRISPR/Cas9基因编辑系统在毕赤酵母中 | 毕赤酵母中的异源基因表达和基因组编辑 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 质粒 | 五种不同来源的ARS序列 |
| 2856 | 2024-08-07 |
A gRNA-tRNA array for CRISPR-Cas9 based rapid multiplexed genome editing in Saccharomyces cerevisiae
2019-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-09005-3
PMID:30837474
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研究论文 | 报道了一种用于CRISPR-Cas9系统的gRNA-tRNA阵列（GTR-CRISPR），能够在酵母中进行多重基因编辑 | 开发了一种加速的Lightning GTR-CRISPR系统，避免了在E. coli中的克隆步骤，直接将Golden Gate反应混合物转化到酵母中，简化了酵母脂质网络，显著提高了游离脂肪酸的产量 | 使用未优化的gRNAs时效率较低 | 提高合成生物学中菌株工程的效率 | 酵母基因编辑和脂质网络简化 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 基因组数据 | 涉及8个基因的编辑 |
| 2857 | 2024-08-07 |
Engineering CRISPR guide RNA riboswitches for in vivo applications
2019-Feb, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2018.08.007
PMID:30265865
|
研究论文 | 本文总结了CRISPR和riboswitch技术的最新进展，并推荐了新型功能化合成gRNA（sgRNA）设计，以实现对CRISPR基因编辑器的可诱导和时空调控 | 提出了新型功能化合成gRNA（sgRNA）设计，以实现对CRISPR基因编辑器的可诱导和时空调控 | NA | 实现对CRISPR基因编辑器的可诱导和时空调控 | CRISPR和riboswitch技术 | 基因编辑 | NA | CRISPR | NA | NA | NA |
| 2858 | 2024-08-07 |
A Synthetic Microbial Operational Amplifier
2018-Sep-21, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.8b00138
PMID:30152993
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研究论文 | 本文展示了如何构建一个合成微生物操作放大器，该放大器包含三个阶段：快速CRISPR基础的差分输入推挽阶段、慢速转录和翻译放大阶段以及快速酶输出阶段 | 首次在生物分子部件中构建了类似于电子学中的操作放大器，提高了电路的预测性和稳定性 | NA | 改进细胞电路的预测性和稳定性 | 合成微生物操作放大器 | 合成生物学 | NA | CRISPR | NA | NA | 使用了5种蛋白质，包括dCas9 |
| 2859 | 2024-08-07 |
Multiplexed sgRNA Expression Allows Versatile Single Nonrepetitive DNA Labeling and Endogenous Gene Regulation
2018-Jan-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.7b00268
PMID:28849913
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研究论文 | 本文介绍了一种基于合成生物学的方法，通过将多个sgRNA表达盒串联到一个单一质粒中，实现了高效的多个sgRNA表达，并探索了其在单个非重复基因组位点成像和活细胞中协同基因调控的应用 | 本文开发了一种无需载体的多sgRNA表达方法，提高了效率和可控性，并具有良好的扩展性 | NA | 探索CRISPR/Cas9系统在基因组编辑、基因调控和染色质研究中的应用 | 多重生物系统的研究 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9系统 | NA | 基因组数据 | NA |
| 2860 | 2024-08-07 |
Enhanced guide-RNA design and targeting analysis for precise CRISPR genome editing of single and consortia of industrially relevant and non-model organisms
2018-Jan-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btx564
PMID:28968798
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研究论文 | 本文开发了一种名为CASPER的新方法，用于增强CRISPR/Cas系统在不同生物中的基因组编辑能力，通过识别和分析非唯一（重复）目标，提高了目标和非目标预测的准确性 | CASPER方法在预测目标和非目标活动方面分别比传统方法提高了2.4%和30.2%，并支持多目标分析和多物种群体分析 | NA | 开发一种高效的基因组编辑工具，以实现非模式生物的快速菌株工程，用于合成生物学和代谢工程应用 | 非模式生物的基因组编辑 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas系统 | NA | 基因组数据 | 涉及多种工业相关生物的基因组 |