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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2025-11-16 |
Precision therapeutics for inflammatory bowel disease using engineered probiotics: Strategies and optimization
2025-Nov, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2025.10.012
PMID:41083038
|
综述 | 本文总结了工程化益生菌在炎症性肠病治疗中的研究进展,包括底盘菌株基因编辑策略、微生物多维作用、生物工程改造、递送系统优化及人工智能驱动的菌株筛选设计 | 通过基因改造和合成生物学使益生菌具备微环境响应能力和精准治疗靶向性,显著提升IBD治疗效果 | NA | 探索工程化益生菌作为IBD精准治疗策略的开发与应用 | 工程化益生菌及其在炎症性肠病治疗中的应用 | 合成生物学 | 炎症性肠病 | 基因编辑、合成生物学、人工智能驱动筛选 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 益生菌底盘菌株 | 微环境响应系统、精准靶向治疗电路 | 医学 |
| 282 | 2025-11-16 |
Harnessing Lactobacillus-derived SCFAs for food and health: Pathways, genes, and functional implications
2025, Current research in microbial sciences
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.crmicr.2025.100496
PMID:41230178
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综述 | 本文综述了乳酸杆菌产生短链脂肪酸的生物合成能力、代谢工程策略及其在食品与健康领域的应用前景 | 系统评估乳酸杆菌作为短链脂肪酸生产菌的潜力,并整合合成生物学和代谢工程策略提高产量 | 菌株变异性、递送策略和监管障碍限制了临床和食品系统的转化应用 | 探讨乳酸杆菌产生短链脂肪酸的机制及其在健康和食品领域的应用 | 乳酸杆菌及其产生的短链脂肪酸(特别是乙酸盐和乳酸盐) | 合成生物学 | 炎症性疾病、代谢疾病、神经免疫疾病 | CRISPR编辑、共培养优化 | NA | NA | NA | CRISPR | 乳酸杆菌 | 基因回路设计 | 食品, 医药 |
| 283 | 2025-11-16 |
Plant synthetic biology: from knowledge to biomolecules
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1562216
PMID:41230228
|
综述 | 本文综述植物合成生物学在解决人类健康和农业复杂问题方面的创新方法及其技术基础 | 整合多学科工具系统阐述植物合成生物学从知识到生物分子的转化路径,强调植物系统在表达植物源酶和合成复杂分子方面的独特优势 | 存在转化效率、监管瓶颈和通路稳定性等障碍 | 探讨植物合成生物学作为可持续生物制造和功能生物分子生产的理论基础 | 植物系统及其代谢途径 | 合成生物学 | NA | DNA合成、可编程基因电路、CRISPR/Cas基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | 合成电路设计、代谢途径重编程 | 医药, 农业 |
| 284 | 2025-11-15 |
Repurposing the bacterial surface display technology for drug delivery
2025-Dec, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115701
PMID:41046872
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综述 | 探讨细菌表面展示技术在药物递送领域的重新定位与应用发展 | 提出将计算工具(如AlphaFold)与体外筛选结合以理性设计新一代表面展示平台的技术路线 | 存在监管障碍和微生物稳定性等挑战 | 研究细菌工程在医学应用中的演进,重点分析表面展示技术实现的药物递送策略 | 革兰氏阴性菌与革兰氏阳性菌的表面展示系统 | 合成生物学 | 癌症 | 细菌表面展示技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 革兰氏阴性菌, 革兰氏阳性菌 | 外膜蛋白锚定、分选酶介导锚定、孢子展示系统 | 医学 |
| 285 | 2025-11-15 |
Reprogramming the SARS-CoV-1 Neutralizing Antibody S230 to SARS-CoV-2 via Directed Evolution and Molecular Docking-Based Binding Mode Analysis
2025-Nov-14, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00425
PMID:41236374
|
研究论文 | 通过定向进化和分子对接分析,将SARS-CoV-1中和抗体S230重新编程为可识别SARS-CoV-2的中和抗体 | 结合定向进化与分子对接分析,仅通过两个协同突变(R56W和N57Y)成功重构抗体抗原识别特异性 | NA | 开发基于合成生物学原理的抗体重编程平台,快速适应新兴病原体 | SARS-CoV-1中和抗体S230及其对SARS-CoV-2的重新编程变体 | 合成生物学 | COVID-19 | 定向进化、分子对接、细菌展示 | NA | 蛋白质序列、结构数据 | NA | 细菌展示 | 大肠杆菌 | 抗体重编程平台 | 医学 |
| 286 | 2025-11-15 |
From prebiotics to engineered microbes: microbe-inspired therapies for atopic dermatitis
2025-Nov-13, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf451
PMID:41231731
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综述 | 本文综述了针对特应性皮炎皮肤微生物组的各种治疗方法,并展望了利用合成生物学开发工程化活菌治疗产品的未来方向 | 提出了利用合成生物学工程化皮肤微生物作为下一代益生菌的治疗策略,能够感知皮肤信号并按需产生治疗物质 | NA | 探索通过调节皮肤微生物组来治疗特应性皮炎的新方法 | 特应性皮炎患者的皮肤微生物组,特别是金黄色葡萄球菌 | 合成生物学 | 特应性皮炎 | 合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 皮肤微生物 | 生物传感器,能够感知皮肤免疫信号和环境因素 | 医学 |
| 287 | 2025-11-15 |
Bacteria-mediated cancer therapy (BMCT): Therapeutic applications, clinical insights, and the microbiome as an emerging hallmark of cancer
2025-Nov, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118559
PMID:40967079
|
综述 | 探讨微生物群在癌症治疗中的关键作用及工程菌在癌症治疗中的多维度应用 | 提出微生物组作为癌症新兴标志物,系统阐述工程菌与免疫检查点抑制剂的协同机制 | 存在安全性、递送特异性和监管问题等挑战 | 阐明细菌介导癌症疗法(BMCT)的作用机制与临床转化前景 | 共生菌与工程菌(梭菌属、双歧杆菌属、李斯特菌属、沙门氏菌属、大肠杆菌属) | 合成生物学 | 癌症 | 合成生物学、精准微生物组工程、粪便微生物群移植 | NA | NA | NA | NA | 细菌 | NA | 医学 |
| 288 | 2025-11-15 |
Metabolic engineering of microorganisms for tailor-made biopolymer production: A review
2025-Nov, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147922
PMID:41038478
|
综述 | 本文综述了通过微生物代谢工程生产定制生物聚合物的最新进展 | 系统比较天然与工程化微生物平台的优缺点,强调代谢工程在开发下一代生物聚合物中的关键作用 | 作为综述文章,未包含原始实验数据 | 提高生物聚合物的产量、质量和功能特性 | 微生物生产的生物聚合物(细菌纤维素、透明质酸、聚羟基脂肪酸酯、聚-γ-谷氨酸等) | 合成生物学 | NA | 代谢工程、系统生物学工具(蛋白质组学、基因组学、合成生物学) | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | 代谢通路工程 | 食品,医疗,工业生物技术 |
| 289 | 2025-11-15 |
Automated Strain Construction for Biosynthetic Pathway Screening in Yeast
2025-Oct-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00554
PMID:41063332
|
技术说明 | 开发用于酵母生物合成途径筛选的自动化菌株构建工作流程 | 通过集成化机器人平台实现高通量酵母转化,每周可完成2000次转化,并提供参数定制化用户界面 | NA | 加速合成生物学设计-构建-测试-学习循环中的构建步骤 | 工程化酵母菌株及其生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 自动化菌株构建、途径筛选 | NA | NA | NA | Hamilton Microlab VANTAGE, Hamilton VENUS | 酵母 | 甾体生物碱生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 290 | 2025-11-15 |
Systematic discovery and engineering of synthetic immune receptors in plants
2025-Sep-04, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adx2508
PMID:40906849
|
研究论文 | 通过生物信息学和合成生物学方法系统发现并工程化植物中的合成免疫受体SCORE,使其能够感知多种病原体冷休克蛋白肽 | 首次在285种植物中系统表征LRR-RLK-XII受体家族,发现并工程化能够识别多种病原体CSP肽的SCORE受体变体 | 研究主要聚焦于LRR-RLK-XII受体家族,可能未涵盖其他类型的植物免疫受体 | 探索植物免疫受体的多样性并开发工程化免疫受体的策略 | 285种植物中的LRR-RLK-XII受体家族,特别是SCORE受体及其变体 | 合成生物学 | 植物病害 | 生物信息学分析,蛋白质结构预测,合成生物学工程 | NA | 基因组数据,蛋白质序列,结构预测数据 | 285种植物物种 | 合成生物学方法 | 植物,特别是多年生作物 | 工程化免疫受体,能够检测多种植物病原体CSP肽 | 农业 |
| 291 | 2025-11-15 |
A unified approach to dissecting biphasic responses in cell signaling
2023-12-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86520
PMID:38054655
|
研究论文 | 本文提供了一个统一的理论框架来分析细胞信号系统中的双相响应现象 | 通过分析从基础生化构件到典型网络结构再到特征明确的实例,建立了双相响应的统一理论框架,并揭示了其设计原则和结构限制因素 | 主要基于理论分析和计算模型,需要实验验证来证实理论预测 | 研究细胞信号系统中双相响应的机制和设计原理 | 细胞信号系统和转录后修饰系统 | 系统生物学 | NA | 分析和计算方法 | NA | 理论模型和计算模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 系统生物学和合成生物学 |
| 292 | 2025-11-15 |
Soil microbiome engineering for sustainability in a changing environment
2023-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01932-3
PMID:37903921
|
综述 | 探讨利用自然和合成土壤微生物群落促进植物生长,以应对环境变化对土壤生态系统的破坏 | 整合微生物生态学和合成生物学技术,开发针对特定应用的微生物产品,实现土壤微生物组的定向工程化 | NA | 通过土壤微生物组工程推动可持续农业发展,缓解环境破坏 | 土壤微生物群落及其在土壤生态系统中的功能 | 合成生物学 | NA | 基因工程方法、微生物群落组装技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, 合成生物学工具 | 土壤微生物 | 微生物群落组装、功能模块设计 | 农业, 环境 |
| 293 | 2025-11-15 |
Engineered bacterial orthogonal DNA replication system for continuous evolution
2023-12, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-023-01387-2
PMID:37443393
|
研究论文 | 开发了一种基于细菌的正交DNA复制系统BacORep,用于在原核细胞中实现连续进化 | 首次在细菌中建立了正交DNA复制系统,通过改造温和噬菌体GIL16的复制机制和易错正交DNA聚合酶实现高效定向进化 | 目前仅在芽孢杆菌中验证,尚未在其他细菌中广泛测试 | 开发适用于细菌的连续进化平台 | 芽孢杆菌正交DNA复制系统 | 合成生物学 | NA | DNA复制工程、连续进化技术 | NA | 分子生物学数据 | NA | 噬菌体GIL16复制机制、正交DNA聚合酶工程 | Bacillus thuringiensis, Bacillus subtilis, Escherichia coli | 正交DNA复制系统、易错DNA复制机制 | 工业生物技术 |
| 294 | 2025-11-15 |
Widespread biosynthesis of 16-carbon terpenoids in bacteria
2023-12, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41589-023-01445-9
PMID:37828399
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研究论文 | 本研究通过基因组挖掘和合成生物学平台揭示了细菌中广泛存在16碳萜类化合物的生物合成途径 | 首次系统发现并证实细菌中存在大量非经典的16碳萜类化合物,突破了传统萜类化合物均为5碳倍数的认知 | 仅对部分生物合成基因簇进行了功能验证,尚未对所有预测的700多个基因簇进行完整表征 | 探究细菌中16碳萜类化合物的分布情况和生物合成机制 | 细菌基因组和其中编码的萜类合成酶 | 合成生物学 | NA | 基因组挖掘、酵母合成生物学平台、化学结构分析 | NA | 基因组数据、代谢物化学结构数据 | 700多个已测序细菌基因组 | 酵母合成生物学平台 | 酵母 | 萜类化合物生物合成途径 | 工业生物技术 |
| 295 | 2025-11-14 |
Harnessing synthetic biology for tetraterpenoid astaxanthin production: Recent advances and challenges
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.08.005
PMID:41208949
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综述 | 本文综述了利用合成生物学技术生产四萜类虾青素的最新进展与挑战 | 提出从'点'(关键酶活性调控)、'线'(途径空间协调)和'面'(系统代谢平衡)三个维度系统分析合成生物学在虾青素生产中的应用 | 未涉及具体实验验证,主要基于文献综述分析 | 探讨利用合成生物学技术实现虾青素可持续生产的策略 | 虾青素及其微生物细胞工厂 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、代谢重编程 | NA | 文献数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物细胞 | 代谢途径工程、人工细胞工厂 | 医药、营养补充剂 |
| 296 | 2025-11-14 |
CRISPR-based synthetic biology toolkit development in Candida viswanthii and functional analysis of the stress responsive Ena1-like protein
2026-Mar, Synthetic and systems biotechnology
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.synbio.2025.09.021
PMID:41208948
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研究论文 | 本研究开发了针对维斯瓦尼假丝酵母的CRISPR合成生物学工具包,并分析了应激响应蛋白g144的功能 | 结合CRISPR/Cas9和Cre/loxP系统建立了高效基因组编辑策略,实现100%编辑效率并在6天内完成快速迭代编辑 | NA | 开发维斯瓦尼假丝酵母的合成生物学操作工具并研究应激响应蛋白功能 | 维斯瓦尼假丝酵母工业菌株及其Ena1-like蛋白g144 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9, Cre/loxP, 基因组编辑 | NA | 基因组数据, 表型数据 | NA | CRISPR-Cas9, Cre/loxP | Candida viswanthii | 多重编辑和多拷贝基因整合系统 | 工业生物技术 |
| 297 | 2025-11-14 |
Design principle of successful genome editing applications using CRISPR-based toolkits
2025-Dec, Journal of applied genetics
IF:2.0Q3
DOI:10.1007/s13353-025-00979-z
PMID:40591237
|
综述 | 探讨基于CRISPR工具包的成功基因组编辑应用设计原则 | 提出整合Cpf1和dCas9的一锅法质粒系统构建策略,并讨论降低脱靶效应的先进方法 | 未提供具体实验验证数据,主要集中于策略性讨论 | 开发微生物宿主中稳健的CRISPR基因编辑系统 | CRISPR-Cas系统及其在微生物宿主中的应用 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9, Cpf1, dCas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 酵母 | 基因编辑系统,一锅法质粒系统 | 工业生物技术 |
| 298 | 2025-11-14 |
Systematic and synthetic biology insights into copper homeostasis in Escherichia coli
2025-Nov-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113715
PMID:41210969
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研究论文 | 通过系统与合成生物学方法研究大肠杆菌铜稳态调控机制 | 揭示了Cus系统特异性响应Cu⁺而非Cu²⁺,发现CusR存在信号串扰导致基线表达,并阐明CusS根据铜存在状态兼具激酶和磷酸酶功能 | NA | 阐明大肠杆菌铜稳态调控机制 | 大肠杆菌铜稳态调控系统(cueR和cus) | 合成生物学 | NA | 系统生物学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 大肠杆菌 | 铜稳态调控网络 | 工业生物技术 |
| 299 | 2025-11-14 |
Rational Construction of a Robust Bacillus amyloliquefaciens Cell Factory for Acid-Stable α Amylase Production
2025-Nov-12, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c04227
PMID:41165493
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研究论文 | 本研究通过合成生物学方法构建了能够高效生产耐酸α-淀粉酶的解淀粉芽孢杆菌细胞工厂 | 建立了高效的CRISPR-nCas9编辑流程,理性删除了导致细胞自溶的前噬菌体基因簇和阻碍外源蛋白表达的次级代谢生物合成基因簇 | 研究主要针对解淀粉芽孢杆菌,结果在其他底盘细胞中的适用性需要进一步验证 | 开发高效的工业蛋白生产底盘细胞 | 解淀粉芽孢杆菌细胞工厂 | 合成生物学 | NA | CRISPR-nCas9基因编辑,分批补料发酵 | NA | NA | 5升发酵规模 | CRISPR-Cas9 | 解淀粉芽孢杆菌 | 前噬菌体基因簇删除,次级代谢生物合成基因簇优化 | 工业生物技术 |
| 300 | 2025-11-14 |
From Plants to Microbes: Harnessing Enzyme Promiscuity for Natural Product Synthesis
2025-Nov-12, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c09273
PMID:41171120
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综述 | 系统探讨酶混杂性在微生物天然产物合成中的表现及缓解策略 | 首次系统剖析酶混杂性在微生物天然产物生物合成中的双重作用并评估当代缓解策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于文献综述 | 推进对酶混杂性机制的理解并建立高效生物合成平台基础框架 | 植物和微生物系统中的酶混杂性现象 | 合成生物学 | NA | 生物催化、生物合成、蛋白质工程 | NA | 文献数据 | NA | NA | 微生物 | 天然产物生物合成途径 | 工业生物技术 |