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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-05-30 |
Rethinking Microbial Chemical Ecology: Secondary Metabolites as Concentration-Dependent Signaling Hubs with Implications for Anti-Virulence Intervention
2026-May-09, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14051074
PMID:42197459
|
综述 | 提出将微生物次级代谢产物视为浓度依赖性信号中枢的综合信号网络框架,并探讨其对抗毒力干预的启示 | 突破传统线性信号模型,将次级代谢产物重新定义为连接微生物集体行为与环境适应的关键节点,并引入空间组学和合成生物学工具 | 未给出具体实验验证,主要基于理论框架和已有研究的整合分析 | 重新认识微生物化学生态学,建立动态信号网络视角以指导抗毒力干预和应用 | 微生物次级代谢产物及其在群体感应中的双重功能 | 微生物组学 | 抗生素耐药性 | 空间组学, 合成生物学 | NA | NA | NA | 合成生物学工具 | 微生物 | 信号网络解耦 | 工业生物技术, 环境生物修复, 医学 |
| 302 | 2026-05-30 |
Engineering and Biological Mechanisms of Microalgal CO2 Fixation: A Review from Molecular Regulation to System Optimization
2026-Apr-29, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms14050999
PMID:42197385
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综述 | 综述了微藻CO₂固定的工程与生物机制,涵盖从分子调控到系统优化的多尺度整合 | 全面整合了多尺度视角,从气液传质、CO₂同化途径、关键酶系统到代谢调控和工程策略,并提出了合成生物学、人工智能与系统工程融合的未来路线图 | 未提供定量比较或实验验证,仅基于文献总结,可能缺乏具体数据支持 | 为开发高效、智能和可持续的微藻CO₂固定系统提供理论框架和前瞻视角 | 微藻的CO₂固定机制,包括碳浓缩机制、Rubisco和碳酸酐酶系统等 | 机器学习 | NA | 代谢通量分析、系统建模 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微藻 | CO₂固定途径、碳浓缩机制 | 环境、能源、工业生物技术 |
| 303 | 2026-05-30 |
How hard is it to encapsulate life? The general constraints on encapsulation
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0297
PMID:41035324
|
研究论文 | 探讨封装生物系统所需克服的一般约束条件,包括现代生化系统及通用自催化系统的分析 | 首次系统性地量化封装生物系统的物理约束,包括核糖体速率与细胞大小阈值,并建立通用自催化系统的生长速率边界模型 | 基于地球现代生化系统作为测试案例,未验证该约束是否适用于所有可能的生物系统 | 研究封装生物系统时面临的一般性限制条件及其对生命起源、天体生物学和合成生物学的启示 | 现代生化系统(核糖体与细胞)及通用自催化系统 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 天体生物学, 生命起源研究 |
| 304 | 2026-05-30 |
Before LUCA: unearthing the chemical roots of metabolism
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0292
PMID:41035332
|
研究论文 | 通过从LUCA代谢映射到原始反应规则,探讨生命起源中从地球化学向生物化学转变的关键过程,并建立综合建模框架进行假设验证 | 提出利用生成模型将LUCA代谢反应规则映射到原始生命反应,结合热力学、行星条件等因子构建综合建模框架,并首次探讨酶混杂性和代谢可进化性在生命起源中的驱动作用 | 尚未提供实验验证结果,仅停留在理论框架和假设层面,缺乏具体案例的定量分析 | 阐明从非生物化学到早期生命代谢的进化联系,为合成生物学应用提供理论基础 | LUCA(最后普遍共同祖先)的代谢网络与原始生命反应规则 | 系统化学,计算生物学 | NA | 生成模型,代谢反应规则映射,计算建模 | 生成模型 | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学 |
| 305 | 2026-05-30 |
Towards origins of virtual artificial life: an overview
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0298
PMID:41035322
|
综述 | 综述虚拟人工生命的起源、定义、检测及工程实现现状 | 从工程视角综合多种生命定义,提出抽象需求、通用设计与具体实现机制的三层框架,并以此审视现有进展 | 尚未有完全满足所有定义要求的虚拟人工生命实例展示 | 探讨虚拟人工生命的定义、检测与起源机制,促进该领域发展 | 虚拟人工生命(计算机内存在) | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 306 | 2026-05-30 |
Origins of life: the possible and the actual
2025-10-02, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2024.0281
PMID:41035333
|
评论 | 本文综述了生命起源研究中的关键理论框架与实验方法,探讨生命形成的必然性、替代生物化学可能性及从化学系统向信息演化实体的转变 | 跨学科整合了地球化学、统计物理、系统生物学、合成生物学等信息论视角,突出了原细胞系统在能量、物质与信息共演化研究中的核心地位 | 未深入探讨具体实验验证方案或量化模型,主要停留在理论框架与现存挑战的综述层面 | 调查生命起源研究的关键理论框架与实验方法,概述推动该领域发展的未解决挑战 | 生命起源的理论框架、原细胞系统及替代生物化学可能性 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 307 | 2026-05-30 |
Marine bioactives: Pioneering sustainable solutions for advanced cosmetics and therapeutics
2025-08, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2025.107868
PMID:40684894
|
综述 | 探讨海洋来源生物活性化合物在化妆品和医药领域的应用,并强调可持续发展和创新提取方法 | 系统评估海洋生物活性物在化妆品和医药中的潜力,提出创新提取方法如酶辅助和超临界流体萃取,并展示海洋细胞培养产量比传统提取高50倍,合成生物学可持续生产稀有化合物,纯化纯度达99.5%,环境影响降低60% | 监管挑战和可持续性问题被批判性审视,但未具体说明数据来源或研究限制 | 综述海洋生物活性物在化妆品和医药中的应用,并展望可持续发展方向 | 海洋来源的多糖、肽、脂质和色素等生物活性化合物 | 自然语言处理 | NA | 酶辅助提取、超临界流体萃取、海洋细胞培养、合成生物学、先进纯化技术 | NA | 文献数据 | 不适用 | 合成生物学 | 海藻、海洋无脊椎动物、微生物 | NA | 医药、化妆品 |
| 308 | 2026-05-30 |
Public attitudes to potential synthetic cells applications: Pragmatic support and ethical acceptance
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0319337
PMID:40014593
|
研究论文 | 通过来自13个欧洲国家的全国代表性样本调查,探究公众对合成细胞潜在应用(如抗癌治疗、CO2转化、工业废物回收)的态度 | 首次在大规模跨国样本中系统评估公众对自下而上构建的合成细胞技术的态度,并利用数据驱动决策树模型分析影响态度的因素 | NA | 绘制公众对新兴合成细胞技术的初步态度,以促进社会讨论和利益相关者参与 | 来自13个欧洲国家的8382名公众 | NA | 癌症 | NA | 决策树 | 调查问卷数据 | 13个欧洲国家,8382名参与者 | NA | NA | 合成细胞 | 医疗、环境、能源 |
| 309 | 2026-05-30 |
Intelligent guide RNA: dual toehold switches for modulating luciferase in the presence of trigger RNA
2024-10-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06988-8
PMID:39420075
|
研究论文 | 开发了一种智能向导RNA,通过双toehold开关在触发RNA存在时调节荧光素酶表达 | 设计了cis抑制的gRNA合成回路,包含双toehold开关和抑制型CrRNA序列,实现高效特异识别触发RNA并释放CrRNA调控靶基因 | NA | 通过合成生物学平台实现RNA响应性CRISPR/Cas9功能调控 | 智能向导RNA双toehold开关回路 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | NA | 双toehold开关回路,cis抑制型gRNA,逻辑门 | 医学 |
| 310 | 2026-05-30 |
Thermo-responsive aqueous two-phase system for two-level compartmentalization
2024-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51043-z
PMID:39117632
|
研究论文 | 提出一种基于热响应性双水相系统的两级区室化方法 | 首次实现基于热响应性双水相系统的两级区室化,模拟真核细胞的层级区室化结构,并通过温度触发产生类似于胶体体的第二级区室 | 未明确提及 | 开发一种模拟活细胞层级区室化的合成系统 | 热响应性双水相系统(包括PNIPAM和DEX) | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 生物化学工程 |
| 311 | 2026-05-30 |
Glutamine-derived peptides: Current progress and future directions
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13386
PMID:38847753
|
综述 | 回顾谷氨酰胺衍生肽在临床、运动和肠内营养中的应用,比较其与单体的功能性效,并探讨基于人工智能的肽组学和合成生物学在新颖设计和规模化生产中的潜在应用 | 综合评估谷氨酰胺衍生肽的结构相关生物活性,并创新性地提出结合人工智能肽组学和合成生物学进行从头设计和规模化生产 | 对谷氨酰胺衍生肽结构-功能关系的理解仍处于探索阶段 | 为谷氨酰胺衍生肽在食品科学中的发现、功能验证和生物制造提供参考 | 谷氨酰胺衍生肽 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品科学, 功能性食品 |
| 312 | 2026-05-30 |
A comprehensive review on novel synthetic foods: Potential risk factors, detection strategies, and processing technologies
2024-07, Comprehensive reviews in food science and food safety
IF:12.0Q1
DOI:10.1111/1541-4337.13371
PMID:38853463
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综述 | 本文全面综述了新型合成食品的潜在风险因素、检测策略及加工技术 | 首次系统性地整合了四种新型合成食品(植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品)在风险因素、检测与加工技术方面的最新进展 | 未来需继续创新和发展新的检测与加工技术,以有效评估这些新型合成食品的安全性 | 为食品行业中新型合成食品的开发和管理提供见解 | 植物基食品、培养肉、发酵食品和微藻基食品 | NA | NA | 酶联免疫吸附测定、生物传感器、色谱法、聚合酶链式反应、等温扩增、微流控技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 313 | 2026-05-30 |
The pAblo·pCasso self-curing vector toolset for unconstrained cytidine and adenine base-editing in Gram-negative bacteria
2024-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1236
PMID:38180826
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研究论文 | 开发了一套用于革兰氏阴性菌中无限制胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑的自消除载体工具集 | 开发了无需同源重组的自消除载体系统,可在单次培养步骤中去除碱基编辑平台,获得无质粒修饰菌株 | NA | 为革兰氏阴性菌的基因组工程提供精确的单核苷酸修饰工具 | 革兰氏阴性菌,如恶臭假单胞菌 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas9碱基编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 恶臭假单胞菌及其他革兰氏阴性菌 | 自消除碱基编辑平台 | 工业生物技术 |
| 314 | 2026-05-30 |
Assessing the Quality of Cotranscriptional Folding Simulations
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3519-3_14
PMID:38780738
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研究论文 | 评估共转录折叠模拟质量,开发用户友好的BarMap-QA流程以简化RNA共转录折叠动力学分析 | 提出BarMap-QA流程,克服原始BarMap软件在特定共转录折叠场景下的使用困难,通过迭代工作流和多种质量指标监测实现可靠模拟 | 模拟仍基于二级结构粗粒度表示,无法捕捉RNA三级结构细节;案例仅验证合成核糖开关,普适性需进一步测试 | 提升共转录RNA折叠模拟的实用性和可靠性,验证合成生物电路设计 | 共转录折叠过程中的RNA二级结构动态变化 | 计算生物学, 合成生物学 | NA | 马尔可夫过程模拟, BarMap方法, Docker部署 | 马尔可夫模型 | RNA二级结构数据 | 一个合成转录调控型核糖开关作为案例 | BarMap-QA流程 | NA | 合成转录调控核糖开关 | 合成生物学, 计算模拟 |
| 315 | 2026-05-29 |
Micropeptides in Cancer and Immunity: Diagnostic, Therapeutic, and Synthetic Biology Frontiers
2026-Aug-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2026.150217
PMID:42140456
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综述 | 综述微肽在癌症和免疫中的功能,以及作为诊断、治疗和合成生物学前沿工具的潜力 | 揭示微肽作为隐藏的蛋白质组新层,重新定义编码和非编码基因组区域的界限,并整合单细胞蛋白质基因组学、核糖体图谱、质谱和深度学习进行发现 | 未明确讨论微肽检测的标准化挑战、体内递送效率及临床转化的障碍 | 探索微肽在癌症和免疫中的双重作用,并评估其在诊断、治疗和合成生物学中的应用前景 | 微肽(包括癌基因微肽如SMIM30、circPDHK1-241aa、PDL1P41,以及肿瘤抑制微肽如HOXB-AS3、CIP2A-BP、SPAR、ASRPS) | 机器学习 | 癌症 | 单细胞蛋白质基因组学, 核糖体图谱, 质谱, 深度学习 | 深度学习模型 | 基因组数据, 蛋白质组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 哺乳动物细胞 | CRISPR激活的肽回路, 靶向肽嵌合物 | 医学, 免疫治疗 |
| 316 | 2026-05-29 |
Regulatory mechanisms of secondary metabolite biosynthesis in medicinal plants under drought: advances and perspectives
2026-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158246
PMID:42068881
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综述 | 总结干旱条件下药用植物中萜类、苯丙素类和生物碱等次生代谢物生物合成的转录调控最新进展 | 提供了揭示转录调控网络的新见解,并为药用植物生物学、天然产物化学和作物逆境生理学领域的研究者提供实际启示 | 未提及具体实验验证或定量分析 | 总结干旱条件下药用植物次生代谢物生物合成的转录调控机制,以筛选候选标记基因和挖掘双功能基因 | 药用植物中的萜类、苯丙素类和生物碱 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 文本 | NA | NA | 药用植物 | NA | 农业, 食品, 医学, 化妆品 |
| 317 | 2026-05-29 |
The BAHD Acyltransferase Gene Family: Evolutionary Dynamics, Biochemical Mechanisms, and Roles in Plant Stress Adaptation
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70597
PMID:41810805
|
综述论文 | 该文整合了BAHD酰基转移酶基因家族的进化动态、生化机制及其在植物逆境适应中的作用 | 首次全面整合BAHD酰基转移酶的进化、结构和调控见解,并讨论了功能冗余、底物杂泛性和生物安全性等挑战 | 功能冗余和底物杂泛性带来的研究困难,以及生物安全性考虑 | 阐明BAHD酰基转移酶基因家族在植物中进化、功能和作用机制,并探索其在代谢工程和作物改良中的应用潜力 | BAHD酰基转移酶基因家族及其编码的酶 | 计算生物学, 分子生物学 | NA | 比较基因组学、结构生物学、组学分析 | NA | 基因组数据和结构数据 | NA | 代谢工程、合成生物学、作物改良技术 | 植物 | 苯丙烷代谢途径、角质和软木脂聚合、挥发性酯生物合成、酰化类黄酮合成途径 | 农业, 工业生物技术 |
| 318 | 2026-05-29 |
Chromosome-Level Genome Assembly of the Allotetraploid Gynostemma pentaphyllum Provides Novel Insights Into the Biosynthesis of Ginsenoside and Gypenoside LVI
2026-Jun, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70598
PMID:41821502
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研究论文 | 组装了四倍体绞股蓝的染色体级别基因组,并揭示了绞股蓝中人参皂苷和绞股蓝皂苷LVI生物合成的分子机制 | 首次组装了四倍体绞股蓝的染色体级别基因组,发现了GpCYP88AB3作为双功能酶催化原人参二醇和2α-OH-PPD的合成,揭示了人参科和五加科植物中P450酶功能的趋同进化 | 仅分析了遂宁种群,未对其他地理种群进行基因组比较 | 阐明绞股蓝中达玛烷型人参皂苷和绞股蓝皂苷LVI差异积累的机制 | 绞股蓝的基因组及关键代谢产物合酶GpCYP88AB3 | 基因组学 | NA | 染色体级别基因组组装,多组学分析,体内/体外实验 | NA | 基因组序列,转录组数据,代谢组数据 | 遂宁种群(四倍体)和南宁种群(二倍体)的绞股蓝样本 | NA | NA | NA | 医学,生物技术 |
| 319 | 2026-05-29 |
How custom polymerases are driving innovation in synthetic biology
2026-Jun, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102682
PMID:41990559
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综述 | 综述定制聚合酶如何通过工程改造突破天然催化局限,推动合成生物学创新 | 系统总结了聚合酶工程在合成遗传聚合物(XNA)和RNA引物延伸合成方面的突破,重新定义了遗传功能的化学边界 | 未提及定制聚合酶的实际应用案例及潜在脱靶效应等局限性 | 阐述定制聚合酶在合成生物学、生物技术和分子医学领域的创新驱动作用 | 定制聚合酶、RNA聚合酶、人工合成遗传聚合物(XNA) | 合成生物学 | NA | 聚合酶工程 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学, 生物技术, 分子医学 |
| 320 | 2026-05-29 |
Chemical and synthetic biology tools to interrogate and control cell-cell interactions in vivo
2026-Jun, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2026.102688
PMID:42048798
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综述 | 综述了用于在活体动物中研究和控制细胞间相互作用的化学与合成生物学工具的最新进展 | 重点介绍了直接原位探究细胞间通信的方法,以保留细胞动态、组织架构和环境线索 | 未提及具体局限性 | 阐明如何利用化学与合成生物学工具在生物体内探究和控制细胞介导及蛋白介导的通信 | 活体动物内的细胞和蛋白质介导的通信过程 | 合成生物学 | NA | 化学工具、合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | 多细胞生物(如哺乳动物模型) | 细胞-细胞相互作用控制回路 | 生物学、发育生物学、组织工程 |