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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-12-20 |
Cell-free protein synthesis in microcompartments towards cell-cell communication
2025-Dec-17, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103416
PMID:41411873
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综述 | 本文综述了在微区室中利用无细胞蛋白质合成系统实现合成细胞间通讯的不同策略与进展 | 系统比较了不同微区室化实验装置在实现合成细胞间通讯方面的策略,并重点分析了通讯模式在渗透性、资源更新、稳定性与可扩展性之间的权衡关系 | NA | 探讨如何通过微流体技术与无细胞表达系统构建可编程的合成细胞并实现其间的通讯功能 | 基于微区室(微流体隔室、液滴、囊泡)的无细胞蛋白质表达系统与合成细胞 | 合成生物学 | NA | 微流体技术、无细胞蛋白质表达系统 | NA | NA | NA | NA | NA | 遗传电路(用于通讯的信号传递、处理与输出生成) | 合成生物学、生物技术 |
| 322 | 2025-12-20 |
Harnessing heterogeneity for the rational design of cell manufacturing
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101458
PMID:41412112
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研究论文 | 本文提出利用细胞异质性作为设计特征,通过系统与合成生物学工具优化细胞疗法生产的产量和质量 | 将细胞异质性视为设计优势而非挑战,提出一个从输入细胞状态映射到输出细胞命运的框架,以提升生物工艺稳健性 | NA | 优化干细胞衍生细胞疗法的生产产量和质量,提高生物工艺的稳健性 | 多细胞系统中的细胞异质性(包括宏观和微观层面) | 合成生物学 | NA | 系统与合成生物学工具 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 323 | 2025-12-20 |
Integrating synthetic biology to understand and engineer the heart, lung, blood, and sleep systems
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101446
PMID:41412113
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综述 | 本文综述了合成生物学在心脏、肺、血液和睡眠系统中的应用进展,并探讨了其未来发展方向 | 将合成生物学从微生物扩展到人类系统,整合基因组工程、动态基因电路和高维生物传感器,构建可扩展的多细胞生物学定量模型 | 仍面临递送、转基因稳定性和生理相关模型中稳健时空控制等关键挑战 | 理解并工程化心脏、肺、血液和睡眠系统 | 人类细胞与组织(心脏、肺、血液、睡眠系统) | 合成生物学 | NA | 基因组工程、动态基因电路、高维生物传感器、组学数据、人工智能引导的电路设计 | 系统级模型、高分辨率细胞和组织尺度模型 | 组学数据 | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 人类细胞 | 可调转录调节因子、合成组织器、反馈电路、生物传感器、逻辑门 | 医学 |
| 324 | 2025-12-20 |
What do you most hope we will achieve with mammalian synthetic biology within the next decade?
2025-Dec-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101485
PMID:41412111
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2025-12-20 |
Phage therapy in cancer treatment: Mechanisms, emerging innovations, and translational progress
2025-Dec-13, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.105085
PMID:41397585
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综述 | 本文综述了噬菌体疗法在癌症治疗中的机制、新兴创新和转化进展 | 将噬菌体从经验性抗菌剂转变为可编程的多功能平台,整合了微生物组调控、免疫激活和纳米载体介导的基因递送,并融合了AI、CRISPR和合成生物学技术 | 仍面临免疫清除、细菌耐药性和监管复杂性等挑战 | 探讨噬菌体疗法作为精准肿瘤学策略在癌症治疗中的应用与前景 | 噬菌体及其工程化构建体在多种癌症模型中的作用 | NA | 口腔鳞状细胞癌, 结直肠癌, 黑色素瘤, 肝细胞癌 | CRISPR-Cas, AI驱动选择流程, PEG化纳米载体 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | 医学 |
| 326 | 2025-12-20 |
Nanobody CAR-T cells in cancer: From molecular design to clinical translation
2025-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118819
PMID:41319516
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综述 | 本文综述了基于纳米抗体的嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)疗法,从分子设计到临床转化的全过程 | 利用单域抗体(VHH)的结构优势,开发出更紧凑、选择性更高、可模块化设计的纳米抗体CAR-T细胞,以克服传统ScFv CAR-T在折叠、信号传导和免疫原性等方面的问题 | 面临肿瘤异质性、免疫逃逸和T细胞耗竭等挑战 | 探讨纳米抗体CAR-T细胞在癌症治疗中的分子设计、功能优势及临床转化潜力 | 纳米抗体CAR-T细胞 | NA | 血液系统恶性肿瘤,实体瘤 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 双特异性、三价及逻辑门控形式的CAR设计 | 医学 |
| 327 | 2025-12-20 |
On the Choice of the Right Plasmid Vector(s) in the Times of Synthetic Biology
2025-Dec, Microbial biotechnology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/1751-7915.70273
PMID:41395802
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综述 | 本文回顾了合成生物学时代质粒载体的关键结构与功能特性,并探讨了其选择标准与未来发展方向 | 系统分析了质粒载体在合成生物学背景下的性能决定因素,并讨论了标准化与定制化融合、AI辅助设计等新兴趋势 | 未提供具体的实验数据验证,主要基于文献综述与理论分析 | 探讨合成生物学时代质粒载体的选择标准与设计原则 | 质粒载体的结构与功能特性 | 合成生物学 | NA | DNA合成、CRISPR相关转座酶、重组酶辅助平台 | NA | NA | NA | SEVA、CRISPR-Cas9 | 非模式细菌、多种微生物底盘 | 毒素-抗毒素系统、微型转座子染色体整合、生物传感器、代谢通路 | 工业生物技术、环境 |
| 328 | 2025-12-20 |
Engineering artificial 5' regulatory sequences for thermostable protein expression in the extremophile Thermus thermophilus
2025, Synthetic biology (Oxford, England)
DOI:10.1093/synbio/ysaf016
PMID:41404420
|
研究论文 | 本研究通过开发新型人工5'调控序列(ARES),扩展了嗜热菌Thermus thermophilus的遗传工具包,用于热稳定蛋白的高水平异源表达 | 首次在Thermus thermophilus中应用基因表达工程平台,设计了53个人工ARES,这些序列包含启动子和5'非翻译区,并显示出宿主特异性表达模式,且GC含量显著低于天然启动子 | NA | 扩展嗜热菌Thermus thermophilus的标准化遗传工具,以优化热稳定蛋白的异源表达 | 嗜热菌Thermus thermophilus和Escherichia coli中的人工5'调控序列(ARES)及其对热稳定蛋白表达的影响 | 合成生物学 | NA | 基因表达工程平台、生物信息学分析 | NA | 序列数据、表达数据 | 53个人工ARES序列,涉及β-半乳糖苷酶、超折叠柠檬荧光蛋白和八氢番茄红素合酶等热稳定蛋白 | Gene Expression Engineering平台 | Thermus thermophilus, Escherichia coli | 人工5'调控序列(ARES),包含启动子和5'非翻译区,用于调控基因表达 | 工业生物技术 |
| 329 | 2025-12-20 |
Digital switching in a biosensor circuit via programmable timing of gene availability
2014-Dec, Nature chemical biology
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/nchembio.1680
PMID:25306443
|
研究论文 | 本文提出了一种通过可编程基因可用性时序控制来改善合成生物传感器电路性能的方法,利用位点特异性重组酶减少泄漏并提高动态范围 | 利用位点特异性重组酶实现多基因电路中基因可用性的可编程时序控制,显著降低生物传感器的本底泄漏并扩大动态范围 | NA | 开发一种通过时序控制基因可用性来优化合成生物传感器电路性能的方法 | 内源性microRNA(miRNA)的生物传感器电路 | 合成生物学 | NA | 位点特异性重组酶技术 | NA | 基因表达数据 | NA | 位点特异性重组酶 | NA | 比例传感器电路,包含阻遏组件及其靶标的去同步化设计 | 医学 |
| 330 | 2025-12-19 |
Advanced microbial engineering approaches for biodegradation of pharmaceutical pollutants
2025-Dec-18, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10238-x
PMID:41410736
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综述 | 本文综述了利用微生物工程策略高效降解药物污染物的最新进展 | 整合了CRISPR系统、适应性实验室进化(ALE)、代谢工程、生物强化和生物反应器设计等先进技术,并探讨了合成生物学和宏基因组学在应对新兴污染物中的应用 | NA | 开发更有效和可持续的药物污染物生物修复策略 | 药物污染物(如抗癫痫药、抗生素、镇痛药、非甾体抗炎药、激素和防腐剂) | 环境生物技术 | NA | CRISPR, ALE, 代谢工程, 生物强化, 生物反应器设计, 合成生物学, 宏基因组学 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 微生物 | NA | 环境 |
| 331 | 2025-12-19 |
Engineered Clostridium butyricum: a promising application of synthetic biology in comprehensive health
2025-Dec-17, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02901-y
PMID:41408287
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2025-12-19 |
Bio-hybrid 6G networks with synthetic biology-enabled base stations for energy-autonomous telecommunications
2025-Dec-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-27597-3
PMID:41398187
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研究论文 | 本研究开发了一个全面的数学建模框架,用于评估由合成生物学驱动的生物混合基站(重点利用微生物燃料电池和酶介导的生物能源收集)在6G网络中的可行性、韧性和可持续性 | 首次将电信工程与合成生物学通过一个统一的定量框架联系起来,评估生物混合基站在现实运行条件下的能源自主性、碳排放和系统韧性 | 研究基于模拟结果,需要未来的实验验证、现场试验和大规模部署来证实其实际可行性 | 解决6G网络超密集小基站部署带来的高能耗和碳足迹问题,探索可持续的能源自主通信方案 | 生物混合基站(由合成生物学技术供能) | NA | NA | 合成生物学、微生物燃料电池、酶介导生物能源收集 | 数学建模框架 | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | 电信、能源 |
| 333 | 2025-12-19 |
Recent Advances in Bio-Based Production of Free Heme Using Microbial Metabolic Engineering
2025-Dec, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202500434
PMID:41324255
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综述 | 本文综述了利用微生物代谢工程生物基生产游离血红素的最新进展 | 系统总结了利用代谢工程和合成生物学策略实现血红素微生物生产的可持续替代方案,并讨论了当前挑战与未来机遇 | NA | 探讨血红素的生物基生产方法,以替代传统的高成本、有伦理和环境问题的生产途径 | 血红素及其卟啉中间体 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 血红素生物合成途径 | 医药、食品添加剂、生物技术 |
| 334 | 2025-12-19 |
Precision in Predicting Protein-Nucleic Acid Complexes: Establishing a Benchmark Data Set and Comparative Metrics
2025-Sep-22, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c01372
PMID:40932245
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研究论文 | 本研究建立了蛋白质-核酸复合物结构预测的基准数据集ProNASet,并系统评估了多种深度学习和物理驱动对接方法的性能 | 首次创建了包含100个实验解析结构的蛋白质-核酸复合物基准数据集,并建立了多维评估框架 | 基准数据集规模有限(100个结构),且当前深度学习方法在该任务上表现显著落后 | 评估和比较蛋白质-核酸复合物结构预测的计算方法 | 蛋白质-核酸复合物结构 | 计算生物学 | NA | 深度学习算法、分子对接方法 | AlphaFold3, Chai-1, HelixFold3, Protenix | 蛋白质-核酸复合物三维结构数据 | 100个实验解析的蛋白质-核酸复合物结构 | NA | NA | NA | 基因组编辑、合成生物学 |
| 335 | 2025-12-19 |
Guns 'N Roses: Fungal Volatile Warfare in Postharvest Disease Control
2025-09, Annual review of phytopathology
IF:9.1Q1
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综述 | 本文综述了真菌挥发性有机化合物在采后病害控制中的应用,包括其化学多样性、作用机制以及作为生物熏蒸剂的潜力 | 聚焦于真菌挥发性有机化合物在生物防治中的关键作用,并探讨了通过定向诱变、合成生物学和人工智能提升其效率的未来研究方向 | 作为一篇综述,未涉及原始实验数据,且具体应用案例和效果可能因物种和环境条件而异 | 探索真菌挥发性有机化合物作为环保替代品,用于控制采后病害和食品腐败微生物 | 真菌挥发性有机化合物、微生物生物防治剂、病原真菌以及处理后的农产品 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 农业, 食品 |
| 336 | 2025-12-19 |
Opto-p53: A light-controllable activation of p53 signaling pathway
2025-Jul-04, Cell structure and function
IF:2.0Q4
DOI:10.1247/csf.25017
PMID:40500178
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研究论文 | 本研究开发了一种光遗传学工具Opto-p53,用于通过光控制p53信号通路的激活 | 首次将光诱导二聚化系统与p53蛋白片段结合,创建了可光控激活的内源性转录因子工具 | 未在动物模型中进行验证,且光控效率可能受细胞类型和表达水平影响 | 开发选择性激活p53信号通路的实验系统,以解析其在细胞过程中的复杂功能 | p53蛋白及其信号通路在细胞应激反应中的作用 | 合成生物学 | NA | 光遗传学、光诱导二聚化系统 | NA | 细胞实验数据 | NA | 光诱导二聚化系统 | 哺乳动物细胞 | 通过光控二聚化系统重构p53蛋白N端和C端片段,形成光控转录激活开关 | 医学 |
| 337 | 2025-12-18 |
Extraction, preparation, pharmacological activities, and potential applications of ginsenosides Rk1 and Rg5
2026-Jan-30, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120678
PMID:41052692
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综述 | 本文系统综述了稀有人参皂苷Rk1和Rg5的最新研究进展,涵盖其天然来源、提取加工技术、结构特征、药理机制以及在功能性食品和营养保健品中的潜在应用 | 整合了网络药理学和分子对接技术来预测Rk1和Rg5的潜在抗癌和生殖保护作用,并探讨了人工智能辅助生物转化和合成生物学等新兴技术为其大规模、高效制备提供的新途径 | 其工业化应用受到天然丰度低、结构复杂和可持续生产挑战的阻碍,未来研究需优先优化提取方案、阐明药代动力学特征并进行严格的临床试验以验证其功效 | 旨在弥合临床前研究与临床转化之间的差距,促进Rk1和Rg5在医疗保健和营养领域更广泛的应用 | 稀有人参皂苷Rk1和Rg5 | NA | 肿瘤、代谢性疾病、心血管疾病 | 网络药理学、分子对接、人工智能辅助生物转化、合成生物学 | NA | 文献数据 | NA | NA | NA | NA | 医药、功能性食品、营养保健品 |
| 338 | 2025-12-18 |
Advances and Potential of Aspergillus niger in Industrial Biomanufacturing
2025-Dec-17, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c07467
PMID:41347444
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综述 | 本文综述了黑曲霉在工业生物制造中的进展与潜力,重点关注其作为细胞工厂生产高价值代谢产物的工程策略 | 总结了利用基因编辑、基因组学和合成生物学技术增强黑曲霉作为高效细胞工厂的最新突破,并强调了共培养诱导和沉默基因簇激活等新兴方法 | NA | 概述黑曲霉在工业生物制造中的最新进展与未来潜力 | 黑曲霉及其作为细胞工厂生产代谢产物的工程策略 | 合成生物学 | NA | 基因编辑、基因组学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 黑曲霉 | 改善碳源利用、调控代谢途径、增强转运系统、促进产物分泌的工程策略 | 食品、制药、可持续制造 |
| 339 | 2025-12-18 |
Medium dependent factors govern the functionality of engineered type III secretion systems
2025-Dec-16, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00600-1
PMID:41402848
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研究论文 | 本研究探讨了细菌宿主培养条件对工程化III型分泌系统(T3SS)功能的影响,并开发了IPTG诱导的iT3SS系统 | 首次系统研究了细菌宿主培养条件(如培养基类型)对工程化T3SS系统性能的影响,揭示了培养基依赖的资源分配策略如何影响分泌效率 | 研究主要基于沙门氏菌模型,结论可能不直接适用于其他细菌宿主;提出的翻译或翻译后负担假设需进一步实验验证 | 优化工程化分泌系统在合成生物学应用中的性能,通过理解培养基条件对T3SS功能的影响 | 工程化的III型分泌系统(iT3SS)在沙门氏菌中的表达和分泌效率 | 合成生物学 | NA | RNA-seq分析、GFP融合蛋白监测、IPTG诱导系统 | NA | 基因表达数据、蛋白质分泌数据 | NA | 基因融合(PrgH-GFP)、IPTG诱导系统 | 沙门氏菌(Salmonella enterica) | IPTG诱导的工程化III型分泌系统(iT3SS),用于靶向蛋白质递送 | 生物技术、合成生物学 |
| 340 | 2025-12-18 |
Deciphering guanidine assimilation and riboswitch-based gene regulation in cyanobacteria for synthetic biology applications
2025-Dec-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2519335122
PMID:41343670
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研究论文 | 本研究揭示了蓝藻中肌基的代谢途径及其核糖开关调控机制,并开发了基于肌基核糖开关的合成生物学工具 | 首次在蓝藻中系统阐明肌基通过GdmH酶的同化途径,发现并验证了肌基-I核糖开关的高亲和力结合特性,并成功将其应用于蓝藻异源基因表达的精确可调控系统 | 未完全阐明蓝藻在>1 mM肌基浓度下的其他摄取机制,且研究主要基于模式蓝藻PCC 6803,在其他蓝藻中的普适性需进一步验证 | 解析蓝藻中肌基代谢的分子机制并开发合成生物学调控工具 | 蓝藻(特别是集胞藻PCC 6803)的肌基代谢基因簇、转运系统及核糖开关 | 合成生物学 | NA | 基因敲除、启动子融合、体内基因表达调控 | NA | 分子生物学实验数据、生长表型数据 | 集胞藻PCC 6803野生型及突变株 | 核糖开关工程、启动子组合设计 | 蓝藻(集胞藻PCC 6803) | 基于肌基-I核糖开关的基因表达调控回路,实现异源基因的剂量依赖性精确控制 | 工业生物技术 |