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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-11-09 |
[Application and prospects of synthetic biology in the genetic improvement of rice]
2025-Oct-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.250347
PMID:41203287
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综述 | 系统总结合成生物学在水稻遗传改良中的应用进展与突破成果 | 通过模块化、标准化和系统化方法实现精准基因组和代谢途径工程,有效克服传统育种周期长和性状改良能力受限的局限性 | NA | 探讨合成生物学在水稻遗传改良中的应用前景 | 水稻遗传改良 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、遗传电路设计、代谢工程、人工智能 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 水稻 | 遗传电路设计、代谢途径工程 | 农业 |
| 322 | 2025-11-09 |
Biophysical and structural studies on transketolases
2025, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2025.07.011
PMID:41203347
|
研究论文 | 本文介绍了转酮醇酶的生物物理和结构研究协议,包括活性分析、催化机制和结构研究方法 | 提供了一套全面的转酮醇酶研究工具包,整合了稳态动力学、辅因子结合、催化中间体检测和快速动力学研究等多种光谱和生物物理技术 | NA | 深入理解转酮醇酶的机制和结构,促进其在酶学、合成生物学和药物开发等领域的应用 | 转酮醇酶及其催化机制 | 酶学 | 癌症、代谢疾病、神经退行性疾病 | 稳态动力学、辅因子结合研究、催化中间体检测、快速动力学研究、光谱技术、生物物理技术 | NA | 生物物理数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物催化、合成生物学 |
| 323 | 2025-11-08 |
Boosting microalgae-based carbon sequestration with the artificial CO2 concentration system
2025-Dec, Critical reviews in biotechnology
IF:8.1Q1
DOI:10.1080/07388551.2025.2498464
PMID:40374568
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综述 | 本文综述了微藻人工CO2封存技术的现状,重点探讨了CO2耐受物种筛选、培养优化、反应器设计及合成生物学应用 | 系统整合了微藻固碳技术的光反应与暗反应优化策略,并引入合成生物学手段提升CO2溶解与生物固定效率 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述的理论分析 | 推动微藻基CO2封存技术发展,应对全球变暖挑战 | 微藻光合微生物及其碳封存系统 | 环境生物技术 | NA | 合成生物学、生命周期评估、技术经济分析 | NA | 文献数据 | NA | 合成生物学工具 | 微藻 | CO2生物固定代谢通路 | 环境,能源 |
| 324 | 2025-11-08 |
Electron-Mediator-Free Microfluidic Photocatalytic Coenzyme Regeneration with 100% Conversion Efficiency within 126 S
2025-Nov-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202513720
PMID:41201076
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研究论文 | 设计了一种无需电子介体的微流控光催化平台,用于辅酶NAD(P)H再生,在126秒内实现100%转化效率 | 通过集成超薄BiOBr纳米片实现直接电子-质子耦合,无需电子介体即可高效再生辅酶 | NA | 开发高效光催化辅酶再生系统 | 辅酶NAD(P)H的再生过程 | 生物催化 | NA | 微流控技术、光催化 | NA | 催化效率数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、合成生物学、可再生能源 |
| 325 | 2025-11-08 |
A comprehensive review of genomic-scale genetic engineering as a strategy to improve bacterial productivity
2025-Nov, Microbiology (Reading, England)
DOI:10.1099/mic.0.001628
PMID:41182907
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综述 | 本文系统回顾了基因组规模遗传工程作为提高细菌生产力的策略发展历程 | 首次整合多种基因组工程方法,提供统一视角来总结细菌基因组工程工具的历史里程碑和实际应用 | CRISPR/Cas等工具仍需持续改进才能完全成熟 | 总结基因组工程工具在提高细菌生产力方面的发展和应用 | 细菌基因组工程工具 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas, 随机诱变, 多重化策略 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 细菌 | NA | 工业生物技术 |
| 326 | 2025-11-08 |
De novo-designed minibinders expand the synthetic biology sensing repertoire
2024-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.12.575267
PMID:38293112
|
研究论文 | 本研究探索了从头设计的微型结合蛋白在合成生物学传感工具中的广泛应用潜力 | 首次系统验证微型结合蛋白可适配多种细胞工程工具,相比传统抗体具有独特表位靶向能力和更快生产周期 | 研究主要聚焦于SARS-CoV-2 Spike蛋白和EGFR靶点,尚未验证对其他抗原的普适性 | 拓展合成生物学中抗原传感工具的种类和性能 | 微型结合蛋白及其在合成受体中的应用 | 合成生物学 | COVID-19, 癌症 | 蛋白质从头设计, 细胞工程 | NA | 实验数据 | NA | synNotch, SNIPR, CAR | 哺乳动物细胞, T细胞 | 合成受体, 抗原传感器, 嵌合抗原受体 | 医学, 治疗性细胞工程 |
| 327 | 2025-11-07 |
Microplastic pollution in rice systems: Impacts, mechanisms and green remediation strategies
2025-Nov-10, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.180734
PMID:41124903
|
综述 | 本文系统综述了稻田系统中微塑料污染的来源、分布、影响机制及绿色修复策略 | 首次全面整合了稻田微塑料污染的多维度影响机制,并系统提出了涵盖植物修复、生物修复和生物技术干预的综合性绿色修复方案 | 许多生物修复方法在控制环境中表现良好,但在实际田间条件下面临应用挑战 | 评估稻田微塑料污染的影响机制并探索绿色修复策略 | 稻田系统中的微塑料污染 | 环境科学 | NA | NA | NA | 文献综述数据 | NA | 合成生物学, 酶封装技术 | 细菌, 真菌, 藻类, 土壤大型动物 | 生物降解通路, 生物传感器 | 农业, 环境 |
| 328 | 2025-11-07 |
Leveraging synthetic biology for the commercialization of renewable fuels and chemicals aligning sustainable development goals
2025-Nov-05, Preparative biochemistry & biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1080/10826068.2025.2578270
PMID:41191734
|
综述 | 探讨合成生物学在生物燃料和绿色化学品生产中的作用,重点关注可再生能源开发应用 | 利用DNA建模、代谢工程和微生物发酵等合成生物学创新方法优化生物燃料生产,特别是来自非粮原料 | 存在生物安全、知识产权和监管方面的挑战,以及合成生物学可能被滥用于生物安全和生物剽窃的担忧 | 研究合成生物学在可再生燃料和化学品商业化中的应用,以支持可持续发展目标 | 工程微生物、木质纤维素生物质、生物燃料和生物化学品 | NA | NA | DNA建模、代谢工程、微生物发酵 | NA | NA | NA | NA | 工程微生物 | 代谢途径工程 | 能源, 环境 |
| 329 | 2025-11-07 |
A minimal SufB2C2 complex functions as a [4Fe-4S] cluster scaffold in methanogenic archaea
2025-Nov-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02134-25
PMID:41060016
|
研究论文 | 本研究揭示了产甲烷古菌中由SufB和SufC组成的最小SUF系统作为[4Fe-4S]簇支架的功能机制 | 发现仅由两个蛋白组成的最小SUF系统,揭示SufC是主要簇结合组分,代表铁硫簇生物合成的祖先形式 | NA | 阐明专性厌氧古菌中铁硫簇的生物合成机制 | 产甲烷古菌中的SufB和SufC蛋白复合物 | 生物化学 | NA | 突变分析、进化比较、蛋白相互作用研究 | NA | 生物化学数据 | NA | NA | 产甲烷古菌 | NA | 合成生物学 |
| 330 | 2025-11-07 |
A tool for modeling gene regulatory networks (GRN_modeler) and its applications to synthetic biology
2025-Nov, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00148-8
PMID:41023501
|
研究论文 | 开发了一个用于基因调控网络建模的用户友好工具GRN_modeler,并展示了其在合成生物学中的应用 | 开发了具有图形界面的GRN_modeler工具,使无编程经验的用户能够创建现象学模型,同时支持命令行操作,并展示了设计具有偶数节点的振荡器家族和光检测生物传感器的新应用 | NA | 开发易用的基因调控网络建模工具以促进合成生物学研究 | 基因调控网络的建模与仿真 | 合成生物学 | NA | 基因调控网络建模与仿真 | 现象学模型 | NA | NA | GRN_modeler | 大肠杆菌 | 振荡器电路、光检测生物传感器电路 | 合成生物学 |
| 331 | 2025-11-07 |
Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation
2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03042-3
PMID:40974488
|
综述 | 探讨肿瘤学从传统细胞毒性疗法向整合精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调制的智能驱动框架转变 | 提出将癌症视为复杂适应系统,整合AI引导的适应性给药、合成生物学增强的CAR-T细胞和代谢重编程等协同治疗方法 | 存在治疗耐药性、毒性、可及性和伦理问题等挑战 | 推动肿瘤治疗向整合性、系统性和精准化方向发展 | 癌症作为复杂适应系统的多维度治疗策略 | 数字病理 | 肿瘤 | 多组学分析、分子图谱、量子生物学、合成肿瘤学、暗基因组挖掘 | 数字孪生 | 基因组数据、微环境数据 | NA | 合成生物学 | CAR-T细胞 | 逻辑门控CAR-T细胞 | 医学 |
| 332 | 2025-11-06 |
Synthetic Biology of Terpenoid and Flavonoid Natural Food Additives: Research Progress and Future Challenges
2025-Nov-05, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05422
PMID:41124328
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综述 | 本文总结了萜类和黄酮类天然食品添加剂的研究进展,重点介绍了合成生物学技术在生物生产中的应用 | 系统总结了提高萜类和黄酮类天然食品添加剂产量的前沿代谢工程策略 | NA | 探讨合成生物学在天然食品添加剂生产中的应用前景与挑战 | 萜类和黄酮类天然食品添加剂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 生物传感器动态调控、微生物群落工程 | 食品,工业生物技术 |
| 333 | 2025-11-06 |
Orthogonal in vivo and in vitro membrane engineering enables human-like lipid remodeling of bacterial magnetosomes for functional TrkA display
2025-Nov-05, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01710-25
PMID:41190832
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研究论文 | 通过正交膜工程技术改造细菌磁小体脂质双层,实现人源TrkA受体的功能性展示 | 结合体内磷脂酰胆碱生物合成与体外胆固醇加载的双重脂质策略,首次实现细菌磁小体膜的人类脂质重塑 | 研究主要聚焦TrkA受体,未验证该策略对其他膜蛋白的普适性 | 建立功能性人类膜受体的微生物表达平台 | 磁螺菌AMB-1产生的磁小体及人源神经营养因子受体TrkA | 合成生物学 | 阿尔茨海默病,癌症 | 膜工程,脂质重塑,甲基-β-环糊精胆固醇加载 | NA | 蛋白质功能数据 | NA | CRISPR-Cas9,Gibson Assembly | 磁螺菌AMB-1 | 磷脂酰胆碱合成通路,人类膜受体展示系统 | 医学,工业生物技术 |
| 334 | 2025-11-06 |
Open Enzyme Database: a community-wide repository for sharing enzyme data
2025-Nov-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1082
PMID:41188073
|
研究论文 | 开发了一个名为开放酶数据库的社区范围存储库,用于促进酶数据的共享和探索 | 提供全面标准化的酶数据,集成人工智能预测工具和化学信息学算法,支持机器学习和酶工程应用 | 未提及数据库的具体数据覆盖范围和更新频率 | 构建一个社区范围的酶数据库基础设施,解决现有数据库更新不及时、缺乏标准化和机器学习支持不足的问题 | 酶及其相关数据,包括动力学参数、结构数据、酶促反应、测定条件和功能注释 | 生物信息学 | NA | 人工智能、化学信息学、数据挖掘 | NA | 酶动力学参数、结构数据、反应数据、注释数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、系统生物学、合成生物学、酶工程、人工智能 |
| 335 | 2025-11-06 |
Bacteriophage-based therapies in oral cancer: A new frontier in oncology
2025-Nov, Cancer pathogenesis and therapy
DOI:10.1016/j.cpt.2025.03.003
PMID:41179940
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综述 | 探讨噬菌体在口腔癌发生机制和治疗干预中的新兴作用 | 提出噬菌体作为精准靶向致病菌和肿瘤微环境的新型治疗策略,并展示基因工程噬菌体在靶向癌症治疗中的创新应用 | 噬菌体耐药性、免疫系统清除和监管障碍等挑战尚未完全解决,噬菌体与宿主免疫及肿瘤微环境的复杂相互作用需进一步研究 | 探索噬菌体与口腔健康在口腔癌发生中的相互作用及其治疗潜力 | 口腔微生物组中的噬菌体及其与口腔癌的关联 | 肿瘤学 | 口腔癌 | 噬菌体疗法、合成生物学、基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 细菌 | 治疗性载体(抗癌肽、细胞毒性剂、免疫调节剂递送系统)、癌症疫苗载体 | 医学 |
| 336 | 2025-11-06 |
Regulatory roles of RNA modifications in plant development and fruit ripening
2025-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-025-00240-5
PMID:40994446
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综述 | 本文综述了RNA修饰在植物发育和果实成熟中的调控作用,重点关注m6A介导的调控网络 | 提出了结合CRISPR编辑、单细胞空间表观转录组学和合成生物学方法的创新路线图,用于精准农业应用 | 对RNA修饰的分子机制理解仍有限,特别是m6A以外的其他修饰类型 | 解析植物表观转录组的调控机制并开发精准农业应用 | 植物RNA修饰网络及其在发育和果实成熟中的功能 | 植物分子生物学 | NA | 表观转录组测序,CRISPR,单细胞空间表观转录组学 | NA | 表观转录组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | RNA修饰依赖的翻译控制系统,RNA表观遗传编辑工具 | 农业 |
| 337 | 2025-11-05 |
Ultrasensitive Multiplexed Detection of Protein Biomarkers via Aptamer-Driven T7 RNA Polymerase Amplification
2025-Nov-04, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c04805
PMID:41123957
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研究论文 | 开发了一种基于适配体驱动T7 RNA聚合酶级联放大的超灵敏蛋白质生物标志物检测系统 | 首次将适配体识别与T7 RNA聚合酶等温扩增相结合,实现蛋白质生物标志物的可视化双通道检测 | NA | 建立一种简单、高灵敏度、无干扰的蛋白质生物标志物同时检测方法 | 血清中的蛋白质生物标志物(以甲胎蛋白和人血清白蛋白为模型) | 合成生物学 | NA | 适配体识别、T7 RNA聚合酶等温扩增、荧光RNA-染料复合物检测 | NA | 荧光信号 | 加标样品和临床样品 | NA | NA | 蛋白质响应性核酸电路、信号放大系统 | 医学诊断、即时检测 |
| 338 | 2025-11-05 |
A Novel Salicylaldehyde Dehydrogenase from Alpine Soil Metagenome Reveals a Unique Catalytic Mechanism
2025-Nov-03, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05445-4
PMID:41182549
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研究论文 | 本研究从高山土壤宏基因组中发现并表征了一种新型水杨醛脱氢酶,揭示了其独特的催化机制 | 首次实验表征了α-变形菌纲来源的SALD酶,发现其形成独立的进化分支,并揭示了涉及ASN-137的非经典催化构型 | 高浓度金属和溶剂会抑制酶活性,生态功能验证仍需进一步研究 | 探索高山土壤宏基因组中新型酶的催化特性和生态意义 | 从高山土壤宏基因组中鉴定的水杨醛脱氢酶(SALD) | 酶学与微生物学 | NA | 宏基因组学、系统发育分析、动力学分析、差示扫描荧光法、分子对接 | NA | 酶学数据、序列数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 环境修复、合成生物学 |
| 339 | 2025-11-05 |
Efficiency of Digital Photolithographic Synthesis of Large, High-Quality DNA Libraries and Microarrays using a Guanine O6 Dephosphitylation Strategy
2025-Oct-31, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-025-01755-0
PMID:41174019
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研究论文 | 本研究通过数字无掩膜光刻方法结合鸟嘌呤O6去磷酸化策略,提高了大型DNA文库和微阵列的合成效率 | 采用标准封端试剂引入极短的去分支步骤,有效抑制脱嘌呤导致的片段化,显著提高合成产率 | NA | 解决DNA微阵列合成中的寡核苷酸片段化问题,提高大规模核酸合成质量 | DNA文库和微阵列 | 合成生物学 | NA | 数字无掩膜光刻合成 | NA | NA | NA | 光刻合成 | NA | NA | 基因组学, 核酸治疗, 合成生物学 |
| 340 | 2025-11-05 |
Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow
2025-Oct-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68448
PMID:41182995
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研究论文 | 提出结合实验设计与自动化工作流程的高效采样方法,用于优化基因编码生物传感器的设计空间 | 开发了结合实验设计算法与高通量自动化的计算框架,能够高效采样基于变构转录因子的生物传感器组合设计空间 | NA | 优化基因编码生物传感器的性能并开发通用设计框架 | 基于变构转录因子的基因编码生物传感器 | 合成生物学 | NA | 实验设计算法、高通量自动化平台、效应物滴定分析 | NA | 基因表达数据 | NA | Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 微生物细胞 | 生物传感器电路(包含转运蛋白、输入输出模块)、数字和模拟剂量响应曲线 | 工业生物技术, 医药 |