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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-11-07 |
A tool for modeling gene regulatory networks (GRN_modeler) and its applications to synthetic biology
2025-Nov, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-025-00148-8
PMID:41023501
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研究论文 | 开发了一个用于基因调控网络建模的用户友好工具GRN_modeler,并展示了其在合成生物学中的应用 | 开发了具有图形界面的GRN_modeler工具,使无编程经验的用户能够创建现象学模型,同时支持命令行操作,并展示了设计具有偶数节点的振荡器家族和光检测生物传感器的新应用 | NA | 开发易用的基因调控网络建模工具以促进合成生物学研究 | 基因调控网络的建模与仿真 | 合成生物学 | NA | 基因调控网络建模与仿真 | 现象学模型 | NA | NA | GRN_modeler | 大肠杆菌 | 振荡器电路、光检测生物传感器电路 | 合成生物学 |
| 322 | 2025-11-07 |
Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation
2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-03042-3
PMID:40974488
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综述 | 探讨肿瘤学从传统细胞毒性疗法向整合精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调制的智能驱动框架转变 | 提出将癌症视为复杂适应系统,整合AI引导的适应性给药、合成生物学增强的CAR-T细胞和代谢重编程等协同治疗方法 | 存在治疗耐药性、毒性、可及性和伦理问题等挑战 | 推动肿瘤治疗向整合性、系统性和精准化方向发展 | 癌症作为复杂适应系统的多维度治疗策略 | 数字病理 | 肿瘤 | 多组学分析、分子图谱、量子生物学、合成肿瘤学、暗基因组挖掘 | 数字孪生 | 基因组数据、微环境数据 | NA | 合成生物学 | CAR-T细胞 | 逻辑门控CAR-T细胞 | 医学 |
| 323 | 2025-11-06 |
Synthetic Biology of Terpenoid and Flavonoid Natural Food Additives: Research Progress and Future Challenges
2025-Nov-05, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c05422
PMID:41124328
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综述 | 本文总结了萜类和黄酮类天然食品添加剂的研究进展,重点介绍了合成生物学技术在生物生产中的应用 | 系统总结了提高萜类和黄酮类天然食品添加剂产量的前沿代谢工程策略 | NA | 探讨合成生物学在天然食品添加剂生产中的应用前景与挑战 | 萜类和黄酮类天然食品添加剂 | 合成生物学 | NA | 代谢工程 | NA | NA | NA | NA | 微生物 | 生物传感器动态调控、微生物群落工程 | 食品,工业生物技术 |
| 324 | 2025-11-06 |
Orthogonal in vivo and in vitro membrane engineering enables human-like lipid remodeling of bacterial magnetosomes for functional TrkA display
2025-Nov-05, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01710-25
PMID:41190832
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研究论文 | 通过正交膜工程技术改造细菌磁小体脂质双层,实现人源TrkA受体的功能性展示 | 结合体内磷脂酰胆碱生物合成与体外胆固醇加载的双重脂质策略,首次实现细菌磁小体膜的人类脂质重塑 | 研究主要聚焦TrkA受体,未验证该策略对其他膜蛋白的普适性 | 建立功能性人类膜受体的微生物表达平台 | 磁螺菌AMB-1产生的磁小体及人源神经营养因子受体TrkA | 合成生物学 | 阿尔茨海默病,癌症 | 膜工程,脂质重塑,甲基-β-环糊精胆固醇加载 | NA | 蛋白质功能数据 | NA | CRISPR-Cas9,Gibson Assembly | 磁螺菌AMB-1 | 磷脂酰胆碱合成通路,人类膜受体展示系统 | 医学,工业生物技术 |
| 325 | 2025-11-06 |
Open Enzyme Database: a community-wide repository for sharing enzyme data
2025-Nov-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1082
PMID:41188073
|
研究论文 | 开发了一个名为开放酶数据库的社区范围存储库,用于促进酶数据的共享和探索 | 提供全面标准化的酶数据,集成人工智能预测工具和化学信息学算法,支持机器学习和酶工程应用 | 未提及数据库的具体数据覆盖范围和更新频率 | 构建一个社区范围的酶数据库基础设施,解决现有数据库更新不及时、缺乏标准化和机器学习支持不足的问题 | 酶及其相关数据,包括动力学参数、结构数据、酶促反应、测定条件和功能注释 | 生物信息学 | NA | 人工智能、化学信息学、数据挖掘 | NA | 酶动力学参数、结构数据、反应数据、注释数据 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、系统生物学、合成生物学、酶工程、人工智能 |
| 326 | 2025-11-06 |
Bacteriophage-based therapies in oral cancer: A new frontier in oncology
2025-Nov, Cancer pathogenesis and therapy
DOI:10.1016/j.cpt.2025.03.003
PMID:41179940
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综述 | 探讨噬菌体在口腔癌发生机制和治疗干预中的新兴作用 | 提出噬菌体作为精准靶向致病菌和肿瘤微环境的新型治疗策略,并展示基因工程噬菌体在靶向癌症治疗中的创新应用 | 噬菌体耐药性、免疫系统清除和监管障碍等挑战尚未完全解决,噬菌体与宿主免疫及肿瘤微环境的复杂相互作用需进一步研究 | 探索噬菌体与口腔健康在口腔癌发生中的相互作用及其治疗潜力 | 口腔微生物组中的噬菌体及其与口腔癌的关联 | 肿瘤学 | 口腔癌 | 噬菌体疗法、合成生物学、基因工程 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 细菌 | 治疗性载体(抗癌肽、细胞毒性剂、免疫调节剂递送系统)、癌症疫苗载体 | 医学 |
| 327 | 2025-11-06 |
Regulatory roles of RNA modifications in plant development and fruit ripening
2025-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-025-00240-5
PMID:40994446
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综述 | 本文综述了RNA修饰在植物发育和果实成熟中的调控作用,重点关注m6A介导的调控网络 | 提出了结合CRISPR编辑、单细胞空间表观转录组学和合成生物学方法的创新路线图,用于精准农业应用 | 对RNA修饰的分子机制理解仍有限,特别是m6A以外的其他修饰类型 | 解析植物表观转录组的调控机制并开发精准农业应用 | 植物RNA修饰网络及其在发育和果实成熟中的功能 | 植物分子生物学 | NA | 表观转录组测序,CRISPR,单细胞空间表观转录组学 | NA | 表观转录组数据 | NA | CRISPR-Cas9 | 植物系统 | RNA修饰依赖的翻译控制系统,RNA表观遗传编辑工具 | 农业 |
| 328 | 2025-11-05 |
Ultrasensitive Multiplexed Detection of Protein Biomarkers via Aptamer-Driven T7 RNA Polymerase Amplification
2025-Nov-04, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.5c04805
PMID:41123957
|
研究论文 | 开发了一种基于适配体驱动T7 RNA聚合酶级联放大的超灵敏蛋白质生物标志物检测系统 | 首次将适配体识别与T7 RNA聚合酶等温扩增相结合,实现蛋白质生物标志物的可视化双通道检测 | NA | 建立一种简单、高灵敏度、无干扰的蛋白质生物标志物同时检测方法 | 血清中的蛋白质生物标志物(以甲胎蛋白和人血清白蛋白为模型) | 合成生物学 | NA | 适配体识别、T7 RNA聚合酶等温扩增、荧光RNA-染料复合物检测 | NA | 荧光信号 | 加标样品和临床样品 | NA | NA | 蛋白质响应性核酸电路、信号放大系统 | 医学诊断、即时检测 |
| 329 | 2025-11-05 |
A Novel Salicylaldehyde Dehydrogenase from Alpine Soil Metagenome Reveals a Unique Catalytic Mechanism
2025-Nov-03, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-025-05445-4
PMID:41182549
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研究论文 | 本研究从高山土壤宏基因组中发现并表征了一种新型水杨醛脱氢酶,揭示了其独特的催化机制 | 首次实验表征了α-变形菌纲来源的SALD酶,发现其形成独立的进化分支,并揭示了涉及ASN-137的非经典催化构型 | 高浓度金属和溶剂会抑制酶活性,生态功能验证仍需进一步研究 | 探索高山土壤宏基因组中新型酶的催化特性和生态意义 | 从高山土壤宏基因组中鉴定的水杨醛脱氢酶(SALD) | 酶学与微生物学 | NA | 宏基因组学、系统发育分析、动力学分析、差示扫描荧光法、分子对接 | NA | 酶学数据、序列数据、结构数据 | NA | NA | NA | NA | 环境修复、合成生物学 |
| 330 | 2025-11-05 |
Efficiency of Digital Photolithographic Synthesis of Large, High-Quality DNA Libraries and Microarrays using a Guanine O6 Dephosphitylation Strategy
2025-Oct-31, Communications chemistry
IF:5.9Q1
DOI:10.1038/s42004-025-01755-0
PMID:41174019
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研究论文 | 本研究通过数字无掩膜光刻方法结合鸟嘌呤O6去磷酸化策略,提高了大型DNA文库和微阵列的合成效率 | 采用标准封端试剂引入极短的去分支步骤,有效抑制脱嘌呤导致的片段化,显著提高合成产率 | NA | 解决DNA微阵列合成中的寡核苷酸片段化问题,提高大规模核酸合成质量 | DNA文库和微阵列 | 合成生物学 | NA | 数字无掩膜光刻合成 | NA | NA | NA | 光刻合成 | NA | NA | 基因组学, 核酸治疗, 合成生物学 |
| 331 | 2025-11-05 |
Efficient Sampling of Genetically Encoded Biosensor Design Space Enabled with a Design of Experiments and Automation Workflow
2025-Oct-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68448
PMID:41182995
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研究论文 | 提出结合实验设计与自动化工作流程的高效采样方法,用于优化基因编码生物传感器的设计空间 | 开发了结合实验设计算法与高通量自动化的计算框架,能够高效采样基于变构转录因子的生物传感器组合设计空间 | NA | 优化基因编码生物传感器的性能并开发通用设计框架 | 基于变构转录因子的基因编码生物传感器 | 合成生物学 | NA | 实验设计算法、高通量自动化平台、效应物滴定分析 | NA | 基因表达数据 | NA | Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 微生物细胞 | 生物传感器电路(包含转运蛋白、输入输出模块)、数字和模拟剂量响应曲线 | 工业生物技术, 医药 |
| 332 | 2025-11-04 |
Synthetic biology approaches to generate temperature-sensitive alleles for the Sterile Insect Technique
2025-Nov-03, Insect science
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/1744-7917.70186
PMID:41178318
|
研究论文 | 本文探讨利用合成生物学方法创建温度敏感等位基因以改进昆虫不育技术 | 提出使用CRISPR/Cas等精确基因编辑工具创建新经典遗传性别品系,避免引入外源DNA | 在雄性决定基因座或染色体上整合和表达基因的方法尚未可靠建立 | 开发改进昆虫不育技术的遗传性别品系构建方法 | 害虫控制中的昆虫不育技术目标物种 | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas基因编辑、理性蛋白质设计、温度诱导N-降解决定子、温度敏感内含肽 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | 昆虫 | 温度敏感等位基因、遗传性别品系 | 农业 |
| 333 | 2025-11-04 |
Next-generation stress-inducible Komagataella phaffii promoter variants
2025-Oct-30, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02825-7
PMID:41168757
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研究论文 | 本研究通过系统突变方法开发了新一代甲醇非依赖型且生长解耦的Komagataella phaffii启动子变体 | 采用半理性区块扫描方法系统鉴定了PDH启动子的激活位点,开发出活性高达亲本启动子250%的多组合变体 | NA | 扩展Komagataella phaffii启动子工具箱,实现甲醇非依赖和生长解耦的蛋白生产 | Komagataella phaffii PDH启动子及其突变变体 | 合成生物学 | NA | 单碱基突变、序列区块步行突变、半理性区块扫描方法 | NA | 荧光强度数据、酶活性数据 | 152个系统生成的启动子变体 | 定点突变 | Komagataella phaffii | 启动子工程、多基因平衡表达系统 | 工业生物技术 |
| 334 | 2025-11-03 |
Codon usage and antibiotic resistance: A hidden evolutionary mechanism
2025-Nov, Biochimie
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.biochi.2025.07.027
PMID:40752602
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综述 | 本文综述了密码子使用在抗生素耐药性进化中的关键作用及其潜在应用价值 | 揭示了传统上被视为遗传编码沉默特征的密码子使用如何通过优化耐药基因合成成为抗生素耐药性的新型进化机制 | NA | 解析密码子使用与抗生素耐药性之间的复杂相互作用机制 | 鲍曼不动杆菌、淋病奈瑟菌和肺炎克雷伯菌等病原体 | 生物信息学 | 细菌感染性疾病 | 比较基因组分析、密码子适应指数(CAI)、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)、生物信息学、机器学习 | 机器学习 | 基因组数据 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | 医学 |
| 335 | 2025-11-03 |
Study on the adjuvant activity and mechanism of action of a novel Monophosphoryl Lipid A
2025-Nov, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2025.08.019
PMID:40907461
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研究论文 | 本研究利用合成生物学技术开发了一种新型单磷酸脂质A佐剂,并评估其免疫活性和作用机制 | 首次通过结构修饰开发了新型单磷酸脂质A(N-MPL),发现不同剂型可分别诱导细胞免疫和体液免疫,并阐明其通过TLR4-MyD88-NF-κB信号通路调控Th1/Th2反应的机制 | NA | 开发高效、低成本且适合广泛应用的疫苗佐剂 | 新型单磷酸脂质A(N-MPL)及其两种剂型 | 合成生物学 | 传染病 | 合成生物学技术 | NA | 实验数据 | ICR小鼠 | 合成生物学 | 大肠杆菌 | 脂质A结构修饰:去除C-1位磷酸基团,在3'-次级脂肪酸链引入羟基 | 医药 |
| 336 | 2025-11-03 |
Advancing synthetic biology in the dairy industry: Innovations, applications, and policy implications
2025-Oct-30, Journal of dairy science
IF:3.7Q2
DOI:10.3168/jds.2025-27456
PMID:41176263
|
综述 | 本文全面探讨了合成生物学在乳制品行业的创新应用、技术策略及政策影响 | 系统整合了重组技术和噬菌体应用等分子生物学方法,并首次深入分析乳业合成生物学的政策监管框架 | NA | 概述合成生物学在乳制品行业的现状,探索推动创新和提升可持续性的新策略 | 乳制品行业的合成生物学技术应用 | NA | NA | 重组技术、噬菌体应用、分子生物学技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品, 工业生物技术 |
| 337 | 2025-11-03 |
Cancer stem cells: landscape, challenges and emerging therapeutic innovations
2025-Aug-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02360-2
PMID:40759634
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综述 | 本文综述癌症干细胞(CSCs)的特性、研究挑战及新兴治疗策略 | 整合单细胞测序、空间转录组学与多组学数据揭示CSCs异质性,提出双代谢抑制与合成生物学干预等创新疗法 | 缺乏普适性CSCs生物标志物,难以靶向CSCs同时不影响正常干细胞 | 探讨CSCs在肿瘤治疗抵抗中的作用机制及靶向治疗策略 | 癌症干细胞及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序, 空间转录组学, 多组学整合, CRISPR筛选, AI驱动分析 | 3D类器官模型 | 多组学数据 | NA | CRISPR | NA | NA | 医学 |
| 338 | 2025-11-03 |
Development of a UHPLC-MS method to avoid the in-source dissociation interference in characterization of crocins from Buddlejae flos and its dyeing yellow rice
2025, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2025.1659907
PMID:41169721
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研究论文 | 开发了一种避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法,用于表征密蒙花中的藏花素及其染色黄米 | 通过优化色谱分离开发了避免源内解离干扰的UHPLC-MS方法,首次在密蒙花中鉴定出28种藏花素及其衍生物 | NA | 建立可靠的藏花素分析方法以提升密蒙花质量控制和促进藏花素合成生物学研究 | 密蒙花、栀子果实和藏红花中的藏花素成分 | 分析化学 | NA | 超高效液相色谱-质谱联用(UHPLC-MS) | NA | 色谱质谱数据 | 21批密蒙花样品 | NA | NA | NA | 医药,食品 |
| 339 | 2025-11-02 |
A highly biosimilar synthetic Calculus Bovis enhances cerebral blood flow and provides neuroprotection against ischemic stroke
2026-Jan-30, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120602
PMID:40945882
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研究论文 | 本研究评估了高度生物相似性合成牛黄在缺血性脑卒中中的神经保护作用及改善脑血流的效果 | 首次通过合成生物学方法制备高度生物相似性合成牛黄,并证实其在缺血性脑卒中治疗中的有效性和作用机制 | 研究仅使用雄性C57BL/6J小鼠模型,未涉及其他物种或性别差异研究 | 评估合成牛黄对缺血性脑损伤的治疗效果及改善脑血流的作用 | 雄性C57BL/6J小鼠的缺血性脑卒中模型 | 生物医学工程 | 缺血性脑卒中 | 色谱指纹图谱分析、Fluoro-Jade B染色、尼氏染色、激光散斑对比成像 | NA | 生物化学数据、组织学图像、血流动力学数据 | 使用不同剂量合成牛黄处理的tMCAO模型小鼠 | 合成生物学 | NA | NA | 医药 |
| 340 | 2025-11-02 |
GotEnzymes2: expanding coverage of enzyme kinetics and thermal properties
2025-Oct-31, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1053
PMID:41171142
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研究论文 | 介绍GotEnzymes2数据库,这是一个大幅扩展的酶动力学和热性质资源库 | 整合催化参数和热参数预测,创建了最全面的酶动力学和稳定性参数数据库 | NA | 解决实验测量的酶动力学参数稀缺问题,提供数据驱动的酶发现、设计和工程资源 | 酶动力学参数和热性质参数 | 生物信息学 | NA | 酶动力学参数预测、热性质参数预测 | NA | 酶催化参数、热稳定性参数 | 10,765个物种,730万个酶,5,960万个独特条目 | NA | NA | NA | 系统生物学, 代谢工程, 合成生物学 |