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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-03	Red Light Responsive Cre Recombinase for Bacterial Optogenetics 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00388 PMID:39558834	research paper	本研究介绍了一种红光诱导的Cre重组酶系统OptoCre-REDMAP，用于细菌光遗传学应用	开发了首个红光诱导的Cre重组酶系统，解决了现有光遗传工具主要响应蓝光的限制，并展示了红光在密集培养穿透性和低毒性方面的优势	NA	开发适用于细菌的多色光遗传控制系统	细菌基因表达和DNA切除的光控系统	合成生物学	NA	光遗传学技术	OptoCre-REDMAP系统（基于PhyA和FHY1植物光感受器与分裂Cre重组酶）	NA	NA
22	2025-06-03	Effect of Translation-Enhancing Nascent SKIK Peptide on the Arrest Peptides Containing Consecutive Proline 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00221 PMID:39573840	research paper	研究SKIK肽标签如何缓解由连续脯氨酸残基引起的翻译停滞，并揭示其与EF-P协同促进翻译的机制	发现SKIK肽标签能有效缓解WPPP引起的翻译停滞，并揭示其与EF-P的协同作用	研究主要基于体外翻译反应和体内蛋白质生产系统，未涉及更复杂的生物环境	优化蛋白质生产过程以推动合成生物学应用	核糖体停滞肽（RAPs）如SecM AP和WPPP	合成生物学	NA	PURE无细胞蛋白质合成和体内蛋白质生产系统	NA	蛋白质序列和翻译效率数据	未明确提及具体样本数量
23	2025-06-03	Genetically Modifying the Protein Matrix of Macroscopic Living Materials to Control Their Structure and Rheological Properties 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00336 PMID:39601053	研究论文	本文探讨了通过基因修饰宏观活体材料的蛋白质基质来控制其结构和流变学特性的方法	研究了弹性蛋白样多肽（ELP）长度变化对活体材料微观结构和粘弹性行为的影响，揭示了序列-结构-特性之间的关系	研究结果与其它生物复合材料模型的相似性较少，复杂性较高	探索活体工程材料（ELMs）的序列、结构和流变学特性之间的关系	弹性蛋白样多肽（ELP）修饰的宏观活体材料	生物材料工程	NA	合成生物学方法	NA	NA	NA
24	2025-06-03	Engineered Stop and Go T7 RNA Polymerases 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00627 PMID:39610115	研究论文	该研究开发了一种由吲哚激活的T7 RNA聚合酶变体，用于合成生物学中的精确基因表达调控	首次实现了全长单亚基T7 RNA聚合酶通过生理浓度吲哚的化学诱导激活，创建了新型配体激活核酸聚合酶(LARPs)平台	EC50值为344 μM的激活效率可能在某些应用中需要优化	开发化学诱导的基因表达调控系统用于合成生物学应用	T7 RNA聚合酶变体及其在细菌中的调控应用	合成生物学	NA	理性设计、定向进化	NA	NA	NA
25	2025-06-03	Biosynthesis of Antimicrobial Ornithine-Containing Lacticin 481 Analogues by Use of a Combinatorial Biosynthetic Pathway in Escherichia coli 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00650 PMID:39660664	研究论文	本研究通过在大肠杆菌中使用组合生物合成途径，合成了含有鸟氨酸的抗菌乳酸素481类似物	利用具有宽松底物特异性的SyncM酶催化活性乳酸素481的产生，并成功将鸟氨酸和(甲基)羊毛硫氨酸整合到肽中	在乳酸素481特定位点，先前的羊毛硫氨酸和甲基羊毛硫氨酸形成可能阻碍鸟氨酸的掺入	探索抗菌肽的生物合成途径及其功能多样性	乳酸素481及其含有鸟氨酸的类似物	合成生物学	NA	组合生物合成途径	NA	NA	NA
26	2025-06-03	De Novo Production of the Bioactive Phenylpropanoid Artepillin C Using Membrane-Bound Prenyltransferase in Komagataella phaffii 2024-12-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00472 PMID:39530514	研究论文	本研究利用膜结合异戊二烯基转移酶在Komagataella phaffii中实现了生物活性苯丙素类化合物Artepillin C的从头合成	通过增强异戊二烯二磷酸供应途径，显著提高了Artepillin C的产量，并实现了最高报道水平的从头合成量	研究中发现对香豆酸(-CA)的供应成为工程菌株中Artepillin C生产的瓶颈	开发稳定的Artepillin C生物合成方法	Artepillin C生物合成途径	合成生物学	NA	基因工程、分批培养	NA	NA	NA
27	2025-06-03	Fabrication of cyborg bacterial cells as living cell-material hybrids using intracellular hydrogelation 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01035-6 PMID:39174659	研究论文	本文描述了一种在细菌细胞内组装合成聚合物网络的协议，使其无法进行细胞分裂并抵抗环境压力	提出了一种将细菌转化为单寿命设备的新方法，结合了合成材料的工程简单性和天然细胞的功能性	协议的实施需要微生物学技术、水凝胶化学、荧光显微镜和流式细胞术的专业知识，进一步功能化需要从合成遗传电路工程到水凝胶聚合化学的技能	开发一种新的细胞底盘，结合合成材料的工程简单性和天然细胞的功能性，用于生物技术、生物医学工程和活体治疗	细菌细胞	合成生物学	NA	水凝胶化学、荧光显微镜、流式细胞术	NA	NA	NA
28	2025-06-03	Macroscopic Assembly of Materials with Engineered Bacterial Spores via Coiled-Coil Interaction 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00468 PMID:39393788	research paper	研究报道了通过工程化细菌孢子组装形成的宏观材料	利用合成生物学设计宏观材料，并揭示了卷曲螺旋相互作用在不同长度尺度上的影响	机械性能在pH变化时保持恒定，但侵蚀稳定性与工程化表面蛋白的pH依赖性相互作用一致	设计宏观材料并研究卷曲螺旋相互作用的影响	工程化细菌孢子	合成生物学	NA	T7驱动表达系统	NA	NA	NA
29	2025-06-03	Engineering Cyborg Pathogens through Intracellular Hydrogelation 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00420 PMID:39413025	研究论文	该研究通过细胞内水凝胶化技术，将非复制但代谢活跃的Cyborg细菌方法扩展到病原菌，探索其在生物医学应用中的潜力	将Cyborg细胞方法从实验室菌株扩展到病原菌，并验证其在巨噬细胞中的摄取和表型响应	仅研究了特定菌株的病原菌，未涵盖所有可能的病原菌类型	探索病原菌通过细胞内水凝胶化技术改造后的生物医学应用潜力	不同菌株的病原菌	合成生物学	NA	细胞内水凝胶化技术、共聚焦显微镜、实时PCR	NA	实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种病原菌菌株
30	2025-06-03	Dual-Plasmid Mini-Tn5 System to Stably Integrate Multicopy of Target Genes in Escherichia coli 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00140 PMID:39418641	research paper	介绍了一种使用双质粒mini-Tn5系统在大肠杆菌中稳定整合多拷贝目标基因的方法	开发了一种新型双质粒mini-Tn5系统，实现了目标基因在大肠杆菌染色体中的稳定多拷贝整合	未提及具体的应用限制或潜在问题	开发一种稳定且可控的基因表达方法，以提高工程微生物中有价值代谢物的生产效率	大肠杆菌（Escherichia coli）	合成生物学	NA	双质粒mini-Tn5系统	NA	NA	使用了大肠杆菌MG1655和XL1-Blue MRF'菌株进行实验
31	2025-06-03	Engineering Yarrowia lipolytica to Produce l-Malic Acid from Glycerol 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00445 PMID:39444231	研究论文	本研究通过代谢工程和实验室进化技术，首次在Yarrowia lipolytica中成功生产L-苹果酸	首次在Yarrowia lipolytica中结合代谢工程和实验室进化技术生产L-苹果酸，并通过优化培养基和扩大生产规模显著提高了产量	研究未涉及生产成本和工业化生产的可行性分析	探索Yarrowia lipolytica生产L-苹果酸的潜力，并优化其生产流程	Yarrowia lipolytica真菌	合成生物学与代谢工程	NA	代谢工程、实验室进化、生物反应器放大	NA	NA	实验涉及摇瓶和5L生物反应器规模的培养
32	2025-06-03	Application of a Cell-Free Synthetic Biology Platform for the Reconstitution of Teleocidin B and UK-2A Precursor Biosynthetic Pathways 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00560 PMID:39469830	研究论文	本文报道了利用无细胞合成生物学平台成功重构了两种不同复杂度和结构类别的天然产物生物合成途径	首次在无细胞系统中重构了teleocidin B和UK-2A前体的生物合成途径，并发现TleA与MbtH之间的直接相互作用	NA	探索植物无细胞蛋白合成系统在天然产物生物合成途径重构中的应用	teleocidin B和UK-2A前体的生物合成途径	合成生物学	NA	无细胞蛋白合成系统(CFPS)	NA	生物化学数据	NA
33	2025-06-03	Balanced Training Sets Improve Deep Learning-Based Prediction of CRISPR sgRNA Activity 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00542 PMID:39495623	research paper	该研究探讨了平衡训练集对基于深度学习的CRISPR sgRNA活性预测的影响	通过比较平衡与不平衡数据集对CNN和LLM模型预测性能的影响，并测试了合成sgRNAs对不平衡数据集的增强效果	研究仅针对CRISPR-Cas12a和CRISPR-Cas9系统，未涵盖其他CRISPR系统	提高CRISPR sgRNA活性预测的准确性	CRISPR sgRNA	machine learning	NA	CRISPR-Cas12a和CRISPR-Cas9筛选	CNN, LLM	序列数据	酵母CRISPR-Cas12a筛选数据及CRISPR-Cas9数据集
34	2025-06-03	Enhancers: A Focus on Synthetic Biology and Correlated Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00244 PMID:39276360	review	本文综述了增强子在转录调控中的作用，并探讨了合成生物学在研究增强子功能机制中的应用	重点介绍了合成报告基因在量化增强子生物学动态方面的应用，并提出了局部环境中基因和增强子相互作用导致基因表达相关性的观点	NA	探讨增强子在转录调控中的功能机制及其与基因表达的相关性	增强子及其在基因表达调控中的作用	合成生物学	NA	合成报告基因	NA	NA	NA
35	2025-06-03	Rational Design of High-Efficiency Synthetic Small Regulatory RNAs and Their Application in Robust Genetic Circuit Performance Through Tight Control of Leaky Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00323 PMID:39294875	研究论文	本文研究了高效合成小调控RNA（sRNA）的合理设计策略，并应用于通过严格控制基因表达泄漏来增强遗传电路的稳健性能	通过优化sRNA支架、mRNA结合亲和力、Hfq蛋白表达水平和mRNA二级结构，显著提高了合成sRNA的效率，并成功解决了合成生物学中基因表达泄漏的长期挑战	NA	研究高效合成sRNA的设计策略，以增强遗传电路的稳健性能	合成小调控RNA（sRNA）和细菌遗传电路	合成生物学	NA	合成sRNA设计和遗传电路优化	NA	NA	NA
36	2025-06-03	Modular Cloning Tools for Streptomyces spp. and Application to the De Novo Biosynthesis of Flavokermesic Acid 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00412 PMID:39307986	研究论文	本文介绍了一种用于链霉菌的模块化克隆工具（MoClo），并应用于黄酮酸（flavokermesic acid）的从头生物合成	开发了一种模块化克隆系统（MoClo），包括一套适配的载体和遗传元件，用于构建完整的遗传回路，并成功应用于黄酮酸的生物合成途径组装	目前该方法受限于可用于多组分基因簇从头组装的合成生物学工具的相对缺乏	开发适用于链霉菌的合成生物学工具，以促进天然和设计生物合成途径的异源表达	链霉菌及其生物合成途径	合成生物学	NA	模块化克隆系统（MoClo），β-葡萄糖醛酸酶（GusA）报告系统	NA	NA	NA
37	2025-06-03	Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00260 PMID:39312753	研究论文	本研究构建了全细胞细菌生物传感器，用于检测油砂处理水中的环烷酸	首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸的生物传感器，用于环境监测	检测限在1.5-15 mg/L之间，灵敏度有待提高	开发替代性环境监测技术用于油砂开采废水中的环烷酸检测	油砂处理水(OSPW)中的环烷酸(NA)	环境生物技术	NA	合成生物学方法	生物传感器	生物分子数据	多种环烷酸混合物和OSPW样品
38	2025-06-03	Efficient Simulation of Viral Transduction and Propagation for Biomanufacturing 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00227 PMID:39315883	研究论文	本文介绍了vitraPro，一个用于优化基于病毒转导和扩增的生物制造平台的多尺度模型和高效数值技术的软件工具包	开发了vitraPro软件工具包，能够模拟两种病毒同时感染和传播的过程，并考虑病毒在裂解或溶原阶段的不同操作模式	模型目前仅能模拟最多两种病毒的同时感染和传播过程	优化基于病毒转导的生物制造平台和病毒扩增过程	病毒转导和传播过程	合成生物学与过程工程	NA	多尺度建模和数值技术	多尺度模型	NA	NA
39	2025-06-03	An Automated Cell-Free Workflow for Transcription Factor Engineering 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00471 PMID:39373325	研究论文	本文提出了一种自动化的无细胞工作流程，用于转录因子工程，以优化代谢途径、遗传系统和工程蛋白的设计	开发了一种通用的自动化无细胞基因表达工作流程，相比体内检测具有更高的反应灵活性、控制性和数据获取速度	NA	优化和加速合成生物学中的设计工作流程	转录因子基的生物传感器	合成生物学	NA	无细胞基因表达(CFE)	NA	基因表达数据	127个MerR和134个CadR转录因子变体，共3682个独特的CFE反应
40	2025-06-03	Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00626 PMID:39377938	research paper	该研究通过生物信息学分析和合成生物学策略，开发了鼠李糖诱导的调控系统，用于在链霉菌中动态控制代谢途径	发现了链霉菌中鼠李糖分解代谢途径的调控机制，并成功构建了无泄漏表达的鼠李糖诱导调控系统	研究仅针对链霉菌中的特定代谢途径，尚未在其他微生物中验证其广泛适用性	开发有效的基因诱导系统，用于合成生物技术应用	链霉菌中的鼠李糖分解代谢途径及其调控系统	合成生物学	NA	生物信息学分析、电泳迁移率变动分析(EMSA)、合成生物学策略	NA	基因序列数据、蛋白质-DNA相互作用数据	多种链霉菌物种及模型生物