合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-03	Engineering Cyborg Pathogens through Intracellular Hydrogelation 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00420 PMID:39413025	研究论文	该研究通过细胞内水凝胶化技术，将非复制但代谢活跃的Cyborg细菌方法扩展到病原菌，探索其在生物医学应用中的潜力	将Cyborg细胞方法从实验室菌株扩展到病原菌，并验证其在巨噬细胞中的摄取和表型响应	仅研究了特定菌株的病原菌，未涵盖所有可能的病原菌类型	探索病原菌通过细胞内水凝胶化技术改造后的生物医学应用潜力	不同菌株的病原菌	合成生物学	NA	细胞内水凝胶化技术、共聚焦显微镜、实时PCR	NA	实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种病原菌菌株
22	2025-06-03	Dual-Plasmid Mini-Tn5 System to Stably Integrate Multicopy of Target Genes in Escherichia coli 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00140 PMID:39418641	research paper	介绍了一种使用双质粒mini-Tn5系统在大肠杆菌中稳定整合多拷贝目标基因的方法	开发了一种新型双质粒mini-Tn5系统，实现了目标基因在大肠杆菌染色体中的稳定多拷贝整合	未提及具体的应用限制或潜在问题	开发一种稳定且可控的基因表达方法，以提高工程微生物中有价值代谢物的生产效率	大肠杆菌（Escherichia coli）	合成生物学	NA	双质粒mini-Tn5系统	NA	NA	使用了大肠杆菌MG1655和XL1-Blue MRF'菌株进行实验
23	2025-06-03	Engineering Yarrowia lipolytica to Produce l-Malic Acid from Glycerol 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00445 PMID:39444231	研究论文	本研究通过代谢工程和实验室进化技术，首次在Yarrowia lipolytica中成功生产L-苹果酸	首次在Yarrowia lipolytica中结合代谢工程和实验室进化技术生产L-苹果酸，并通过优化培养基和扩大生产规模显著提高了产量	研究未涉及生产成本和工业化生产的可行性分析	探索Yarrowia lipolytica生产L-苹果酸的潜力，并优化其生产流程	Yarrowia lipolytica真菌	合成生物学与代谢工程	NA	代谢工程、实验室进化、生物反应器放大	NA	NA	实验涉及摇瓶和5L生物反应器规模的培养
24	2025-06-03	Application of a Cell-Free Synthetic Biology Platform for the Reconstitution of Teleocidin B and UK-2A Precursor Biosynthetic Pathways 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00560 PMID:39469830	研究论文	本文报道了利用无细胞合成生物学平台成功重构了两种不同复杂度和结构类别的天然产物生物合成途径	首次在无细胞系统中重构了teleocidin B和UK-2A前体的生物合成途径，并发现TleA与MbtH之间的直接相互作用	NA	探索植物无细胞蛋白合成系统在天然产物生物合成途径重构中的应用	teleocidin B和UK-2A前体的生物合成途径	合成生物学	NA	无细胞蛋白合成系统(CFPS)	NA	生物化学数据	NA
25	2025-06-03	Balanced Training Sets Improve Deep Learning-Based Prediction of CRISPR sgRNA Activity 2024-11-15, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00542 PMID:39495623	research paper	该研究探讨了平衡训练集对基于深度学习的CRISPR sgRNA活性预测的影响	通过比较平衡与不平衡数据集对CNN和LLM模型预测性能的影响，并测试了合成sgRNAs对不平衡数据集的增强效果	研究仅针对CRISPR-Cas12a和CRISPR-Cas9系统，未涵盖其他CRISPR系统	提高CRISPR sgRNA活性预测的准确性	CRISPR sgRNA	machine learning	NA	CRISPR-Cas12a和CRISPR-Cas9筛选	CNN, LLM	序列数据	酵母CRISPR-Cas12a筛选数据及CRISPR-Cas9数据集
26	2025-06-03	Enhancers: A Focus on Synthetic Biology and Correlated Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00244 PMID:39276360	review	本文综述了增强子在转录调控中的作用，并探讨了合成生物学在研究增强子功能机制中的应用	重点介绍了合成报告基因在量化增强子生物学动态方面的应用，并提出了局部环境中基因和增强子相互作用导致基因表达相关性的观点	NA	探讨增强子在转录调控中的功能机制及其与基因表达的相关性	增强子及其在基因表达调控中的作用	合成生物学	NA	合成报告基因	NA	NA	NA
27	2025-06-03	Rational Design of High-Efficiency Synthetic Small Regulatory RNAs and Their Application in Robust Genetic Circuit Performance Through Tight Control of Leaky Gene Expression 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00323 PMID:39294875	研究论文	本文研究了高效合成小调控RNA（sRNA）的合理设计策略，并应用于通过严格控制基因表达泄漏来增强遗传电路的稳健性能	通过优化sRNA支架、mRNA结合亲和力、Hfq蛋白表达水平和mRNA二级结构，显著提高了合成sRNA的效率，并成功解决了合成生物学中基因表达泄漏的长期挑战	NA	研究高效合成sRNA的设计策略，以增强遗传电路的稳健性能	合成小调控RNA（sRNA）和细菌遗传电路	合成生物学	NA	合成sRNA设计和遗传电路优化	NA	NA	NA
28	2025-06-03	Modular Cloning Tools for Streptomyces spp. and Application to the De Novo Biosynthesis of Flavokermesic Acid 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00412 PMID:39307986	研究论文	本文介绍了一种用于链霉菌的模块化克隆工具（MoClo），并应用于黄酮酸（flavokermesic acid）的从头生物合成	开发了一种模块化克隆系统（MoClo），包括一套适配的载体和遗传元件，用于构建完整的遗传回路，并成功应用于黄酮酸的生物合成途径组装	目前该方法受限于可用于多组分基因簇从头组装的合成生物学工具的相对缺乏	开发适用于链霉菌的合成生物学工具，以促进天然和设计生物合成途径的异源表达	链霉菌及其生物合成途径	合成生物学	NA	模块化克隆系统（MoClo），β-葡萄糖醛酸酶（GusA）报告系统	NA	NA	NA
29	2025-06-03	Construction of Whole Cell Bacterial Biosensors as an Alternative Environmental Monitoring Technology to Detect Naphthenic Acids in Oil Sands Process-Affected Water 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00260 PMID:39312753	研究论文	本研究构建了全细胞细菌生物传感器，用于检测油砂处理水中的环烷酸	首次利用合成生物学方法构建针对环烷酸的生物传感器，用于环境监测	检测限在1.5-15 mg/L之间，灵敏度有待提高	开发替代性环境监测技术用于油砂开采废水中的环烷酸检测	油砂处理水(OSPW)中的环烷酸(NA)	环境生物技术	NA	合成生物学方法	生物传感器	生物分子数据	多种环烷酸混合物和OSPW样品
30	2025-06-03	Efficient Simulation of Viral Transduction and Propagation for Biomanufacturing 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00227 PMID:39315883	研究论文	本文介绍了vitraPro，一个用于优化基于病毒转导和扩增的生物制造平台的多尺度模型和高效数值技术的软件工具包	开发了vitraPro软件工具包，能够模拟两种病毒同时感染和传播的过程，并考虑病毒在裂解或溶原阶段的不同操作模式	模型目前仅能模拟最多两种病毒的同时感染和传播过程	优化基于病毒转导的生物制造平台和病毒扩增过程	病毒转导和传播过程	合成生物学与过程工程	NA	多尺度建模和数值技术	多尺度模型	NA	NA
31	2025-06-03	An Automated Cell-Free Workflow for Transcription Factor Engineering 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00471 PMID:39373325	研究论文	本文提出了一种自动化的无细胞工作流程，用于转录因子工程，以优化代谢途径、遗传系统和工程蛋白的设计	开发了一种通用的自动化无细胞基因表达工作流程，相比体内检测具有更高的反应灵活性、控制性和数据获取速度	NA	优化和加速合成生物学中的设计工作流程	转录因子基的生物传感器	合成生物学	NA	无细胞基因表达(CFE)	NA	基因表达数据	127个MerR和134个CadR转录因子变体，共3682个独特的CFE反应
32	2025-06-03	Characterizing and Engineering Rhamnose-Inducible Regulatory Systems for Dynamic Control of Metabolic Pathways in Streptomyces 2024-10-18, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00626 PMID:39377938	research paper	该研究通过生物信息学分析和合成生物学策略，开发了鼠李糖诱导的调控系统，用于在链霉菌中动态控制代谢途径	发现了链霉菌中鼠李糖分解代谢途径的调控机制，并成功构建了无泄漏表达的鼠李糖诱导调控系统	研究仅针对链霉菌中的特定代谢途径，尚未在其他微生物中验证其广泛适用性	开发有效的基因诱导系统，用于合成生物技术应用	链霉菌中的鼠李糖分解代谢途径及其调控系统	合成生物学	NA	生物信息学分析、电泳迁移率变动分析(EMSA)、合成生物学策略	NA	基因序列数据、蛋白质-DNA相互作用数据	多种链霉菌物种及模型生物
33	2025-06-03	A Synthetic Biology Approach to Transgene Expression in Insects 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00250 PMID:39198266	研究论文	本文提出了一种系统方法来表征转基因翻译起始序列（TIS）和3'非翻译区（UTR）的修饰，以调控蚊子和潜在其他昆虫中的基因表达	开发了一种系统方法，通过修饰TIS和3'UTR来调控基因表达，为蚊子和潜在其他昆虫的合成生物学提供了新的工具	研究主要针对蚊子，对其他昆虫的适用性尚需进一步验证	开发一种可预测的基因表达调控方法，以支持蚊子的遗传控制系统	蚊子和潜在其他昆虫	合成生物学	NA	转基因技术	NA	基因表达数据	多种细胞系和5'调控序列
34	2025-06-03	Computational Synthetic Biology Enabled through JAX: A Showcase 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00307 PMID:39230510	研究论文	本文展示了JAX在计算合成生物学中的应用，通过三个示例项目展示了其灵活扩展、快速运行、易于GPU移植和数学增强等优势	利用JAX库在计算生物学中的未充分探索的潜力，展示了其在合成生物学和定向进化等领域的应用	JAX在计算生物学中的应用仍处于早期阶段，可能缺乏广泛的验证和优化	促进数学建模在合成生物学中的应用，提高计算效率	合成生物学和定向进化中的计算模型	计算生物学	NA	JAX库	AI-enabled模型	计算模型数据	三个示例项目
35	2025-06-03	SeqImprove: Machine-Learning-Assisted Curation of Genetic Circuit Sequence Information 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00392 PMID:39230953	研究论文	介绍了一种名为SeqImprove的机器学习辅助工具，用于改进遗传电路序列信息的整理过程	开发了SeqImprove工具，通过命名实体识别、实体标准化和序列匹配技术，促进作者参与序列数据的整理，提高数据的FAIR性	未提及具体的性能评估或用户反馈数据	改进合成生物学中遗传电路序列信息的整理和提交过程	遗传电路序列信息	合成生物学	NA	命名实体识别、实体标准化、序列匹配	NA	序列数据	NA
36	2025-06-03	Orthogonal Serine Integrases Enable Scalable Gene Storage Cascades in Bacterial Genome 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00505 PMID:39238421	研究论文	本文介绍了一种利用正交丝氨酸整合酶在细菌基因组中实现可扩展基因存储级联的方法	开发了基于正交丝氨酸整合酶TP901-1、Bxb1和PhiC31的迭代基因组整合方法，可实现长达13 kb DNA片段的高效、无标记整合	NA	开发可扩展的基因组整合工具用于合成生物学应用	大肠杆菌MG1655菌株	合成生物学	NA	正交丝氨酸整合酶技术	NA	DNA序列数据	NA
37	2025-06-03	Technologies for the discovery of G protein-coupled receptor-targeting biologics 2024-Jun, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103138 PMID:38728825	综述	本文综述了针对G蛋白偶联受体(GPCRs)的生物制剂发现技术	讨论了当前最先进的生物制剂工程技术以及适用于此应用的原理验证技术，并展望了低成本DNA合成和合成生物学进展在GPCR靶向生物制剂发现中的应用	NA	探索针对GPCRs的生物制剂发现技术	G蛋白偶联受体(GPCRs)	生物制药	代谢性疾病、神经系统疾病、心血管疾病	DNA合成、合成生物学、展示技术	NA	NA	NA
38	2025-06-03	Engineering Whole-Cell Biosensors for Enhanced Detection of Environmental Antibiotics Using a Synthetic Biology Approach 2024-Jun, Indian journal of microbiology IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s12088-024-01259-w PMID:39010990	review	本文综述了利用合成生物学方法改造全细胞生物传感器以增强环境抗生素检测的研究	探讨了基于EMeRALD的生物传感器，通过合成生物学方法重新利用微生物双组分系统的传感模块	NA	开发更有效的环境抗生素检测方法	细菌双组分系统(TCSs)和EMeRALD生物传感器	合成生物学	NA	合成生物学方法	NA	NA	NA
39	2025-06-03	Synthetic biology-based bacterial extracellular vesicles displaying BMP-2 and CXCR4 to ameliorate osteoporosis 2024-Apr, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12429 PMID:38576241	研究论文	该研究利用合成生物学技术构建了一种展示BMP-2和CXCR4的细菌胞外囊泡（BEVs-BC），用于改善骨质疏松症	首次将BMP-2和CXCR4与BEVs表面蛋白ClyA融合过表达，构建了具有骨靶向和骨形成双重功能的一步法合成生物学系统	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未进行人体临床试验	开发一种基于合成生物学的骨质疏松症治疗新策略	骨质疏松症小鼠模型和骨髓间充质干细胞（BMSCs）	合成生物学	骨质疏松症	合成生物学技术、细菌胞外囊泡工程	OVX小鼠模型	NA	NA
40	2025-06-02	Catalytic mechanism and engineering of aromatic prenyltransferase: A review 2025-Jun, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144214 PMID:40379159	review	本文系统总结了芳香族异戊二烯基转移酶的催化机制和工程化研究进展，并探讨了当前挑战和未来研究方向	提出了整合人工智能和深度学习的创新工程化方法，以开发高性能生物催化剂	当前面临的挑战包括催化活性不足、底物特异性狭窄以及多酶级联系统和固定化技术的限制	指导芳香族异戊二烯基转移酶在合成生物学和药物创新中的工程化和规模化应用	芳香族异戊二烯基转移酶及其催化机制	合成生物学	NA	蛋白工程、人工智能、深度学习	NA	NA	NA