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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2025-05-21 |
From molecular mechanisms to clinical translation: Silk fibroin-based biomaterials for next-generation wound healing
2025-May-15, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144266
PMID:40381758
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综述 | 本文系统总结了丝素蛋白及其复合材料在伤口愈合中的制备策略、功能修饰和多维应用机制 | 整合了丝素蛋白分子机制和材料设计的最新进展,并强调了其在精准医学中的潜力,如开发基因工程丝素蛋白用于定制免疫调节网络 | 当前丝素蛋白材料开发面临的挑战包括机械稳定性、降解可控性以及大规模生产的标准化 | 开发高效、多功能且可临床转化的丝素蛋白基材料用于伤口愈合 | 丝素蛋白及其复合材料 | 生物材料 | 伤口愈合 | 3D生物打印和合成生物学技术 | NA | NA | NA |
22 | 2025-05-21 |
Bioremediation of complex organic pollutants by engineered Vibrio natriegens
2025-May-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08947-7
PMID:40335686
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研究论文 | 本研究利用合成生物学技术改造Vibrio natriegens,使其能够在含盐废水和土壤中生物修复复杂的有机污染物 | 通过合成生物学方法改造Vibrio natriegens,使其能够降解多种有机污染物,包括单环和多环化合物 | 研究仅针对五种有机污染物进行了测试,未涉及其他可能的污染物 | 开发一种能够在含盐环境中生物修复复杂有机污染物的微生物 | 工业废水、石油污染和塑料污染 | 合成生物学 | NA | 合成生物学、基因组工程 | NA | NA | 来自氯碱厂和石油精炼厂的工业废水样品 |
23 | 2025-05-21 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-Jan-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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research paper | 该研究开发了一种主动学习方法,用于训练能够区分由光感受器转录因子CRX结合位点组成的增强子和沉默子的模型 | 采用主动学习策略,结合合成生物学和不确定性采样,生成多轮信息性训练数据,以训练能够区分功能相反的相同序列CRX位点的模型 | 模型主要针对CRX结合位点,可能不适用于其他转录因子的调控元件 | 开发能够区分增强子和沉默子的深度学习模型,以更好地理解转录因子在不同上下文中的激活或抑制功能 | 光感受器转录因子CRX的结合位点 | machine learning | NA | active learning, massively parallel reporter assays | deep learning | genomic sequences | 几乎所有基因组中结合的CRX位点 |
24 | 2025-05-21 |
Transforming non-conventional yeasts into key players in biotechnology: advances in synthetic biology applications
2025, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2025.1600187
PMID:40384783
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review | 本文综述了非传统酵母在合成生物学应用中的最新进展,重点关注新的遗传构建块、基因组编辑工具和代谢途径工程的发展 | 利用合成生物学技术开发新的遗传构建块、基因组编辑工具和代谢途径工程,以充分挖掘非传统酵母的生物技术潜力 | 非传统酵母的潜力尚未被充分探索,存在技术挑战和应用限制 | 探讨非传统酵母在生物技术中的应用潜力及其在可持续生物制造中的角色 | 非传统酵母 | 合成生物学 | NA | 基因组编辑、代谢途径工程 | NA | NA | NA |
25 | 2025-05-21 |
New-to-nature CO2-dependent acetyl-CoA assimilation enabled by an engineered B12-dependent acyl-CoA mutase
2024-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53762-9
PMID:39592584
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研究论文 | 本研究开发了一种新型的Lcm模块,实现了乙酰辅酶A到丙酮酸的高效转化,并在过程中固定CO2而非释放 | 开发了一种新型的Lcm模块,首次实现了乙酰辅酶A到丙酮酸的直接转化,并在过程中固定CO2,而非释放 | 目前仅进行了体外验证,尚未在体内大规模应用中验证其效果 | 开发一种新型的乙酰辅酶A同化途径,以提高碳利用效率 | 乙酰辅酶A和丙酮酸的代谢途径 | 合成生物学 | NA | 定向超突变和适应性进化 | NA | NA | NA |
26 | 2025-05-21 |
The de novo design and synthesis of yeast chromosome XIII facilitates investigations on aging
2024-11-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54130-3
PMID:39578428
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research paper | 该研究通过设计和合成酵母染色体XIII,探索了其在衰老研究中的应用 | 成功构建了884 Kb的合成酵母染色体XIII,并利用SCRaMbLE系统获得20个寿命延长的菌株,揭示了rRNA相关转录因子RRN9上调对寿命的积极影响 | 研究主要基于酵母模型,结果在高等生物中的适用性尚待验证 | 研究酵母衰老的分子机制 | 酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae) | 合成生物学 | NA | SCRaMbLE系统 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 20个SCRaMbLEd synXIII菌株 |
27 | 2025-05-20 |
Genetic Toggle Switch in Plants
2025-May-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00777
PMID:40387045
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研究论文 | 本文探讨了在植物中开发可编程遗传电路的方法,特别是通过定量表征的植物遗传元件和计算机模型来构建遗传开关 | 首次在植物中开发了基于定量表征遗传元件和计算机模型的遗传开关,并通过稳定工程植物验证了其功能 | 研究主要关注遗传开关的设计和验证,未全面评估植物特有属性(如环境敏感性、发育可塑性)对遗传电路预测性的影响 | 开发可预测和可编程的植物遗传设备 | 植物遗传元件和遗传电路 | 合成生物学 | NA | 定量表征、计算机建模、遗传工程 | 遗传开关模型 | 遗传数据 | NA |
28 | 2025-05-20 |
Systems and synthetic biology for plant natural product pathway elucidation
2025-May-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115715
PMID:40382775
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综述 | 本文总结了系统和合成生物学在植物代谢途径表征和工程中的应用进展 | 讨论了多种策略,包括共表达分析、基因簇识别、代谢物分析、深度学习方法、全基因组关联研究和蛋白质复合物识别,并通过案例研究展示了这些方法在解析复杂途径和提高重要天然产物产量中的应用 | NA | 阐明植物天然产物的生物合成途径,以充分发挥其在治疗应用中的潜力 | 植物代谢途径和天然产物 | 合成生物学 | NA | 共表达分析、基因簇识别、代谢物分析、深度学习方法、全基因组关联研究、蛋白质复合物识别 | 深度学习 | NA | NA |
29 | 2025-05-20 |
Ultrasound-responsive mammalian cell synthetic biology
2025-May-16, IEEE transactions on ultrasonics, ferroelectrics, and frequency control
DOI:10.1109/TUFFC.2025.3570813
PMID:40378033
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综述 | 本文综述了超声遗传学在合成生物学中的最新进展及其作为非侵入性精确控制细胞和分子过程工具的潜力 | 结合超声波与基因工程效应器,克服了组织穿透性和侵入性的限制,扩展了超声在生物系统中的应用 | 参数标准化和基础机制理解方面的挑战 | 探讨超声遗传学在研究和治疗应用中的潜力 | 哺乳动物细胞和分子过程 | 合成生物学 | NA | 超声波、基因工程、声学造影剂(如微泡和气体囊泡) | NA | NA | NA |
30 | 2025-05-20 |
Self-authenticating genomic materials in Escherichia coli via advanced genome signatures
2025-May-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08171-z
PMID:40379889
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研究论文 | 介绍了一种名为'基因组签名'的生物化学稳定且防篡改的DNA标记系统,用于创建自我认证的基因组 | 利用Golomb-ruler衍生的Genome-Comb技术,显著提高了错误纠正和数据编码能力,能够在活体大肠杆菌中记录450万核苷酸的基因组 | NA | 提高合成基因组材料的真实性和完整性,以促进科学知识的进步和生物安全性的增强 | 大肠杆菌的基因组 | 合成生物学 | NA | Genome Signature技术 | NA | DNA序列数据 | 450万核苷酸的基因组 |
31 | 2025-05-20 |
Combinatorial metabolic engineering of Yarrowia lipolytica for high-level production of the plant-derived diterpenoid sclareol
2025-May-16, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02744-7
PMID:40380140
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研究论文 | 通过组合代谢工程改造Yarrowia lipolytica,实现植物源二萜醇sclareol的高效生产 | 通过整合LPPS和SCS基因、优化蛋白融合与多拷贝基因整合、增强GGPP前体供应及调控甲羟戊酸途径,显著提高了sclareol产量 | 研究仅在摇瓶条件下进行,未涉及大规模发酵验证 | 开发可持续的sclareol微生物合成方法 | Yarrowia lipolytica酵母菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因整合与过表达 | NA | NA | NA |
32 | 2025-05-20 |
Pathway engineering for the biosynthesis of psychedelics
2025-May-16, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103314
PMID:40381450
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研究论文 | 本文综述了迷幻药物生物合成途径工程的最新进展 | 总结了在真核和原核生产宿主中合成迷幻化合物的最新生物合成成就,并整理了一系列相关的生物合成酶 | NA | 开发迷幻化合物的替代生产途径 | 迷幻化合物(如色胺类、麦角类和苯乙胺类) | 合成生物学 | NA | 生物合成途径工程 | NA | NA | NA |
33 | 2025-05-20 |
Catalytic mechanism and engineering of aromatic prenyltransferase: A review
2025-May-14, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144214
PMID:40379159
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综述 | 本文系统总结了芳香族异戊二烯基转移酶的催化机制和工程化研究进展,并探讨了当前挑战和未来研究方向 | 提出了整合人工智能和深度学习的创新工程方法,以开发高性能生物催化剂 | 当前领域存在催化活性不足、底物特异性窄以及多酶级联系统和固定化技术受限等未解决问题 | 指导芳香族异戊二烯基转移酶在合成生物学和药物创新中的工程化和规模化应用 | 芳香族异戊二烯基转移酶及其催化的芳香族化合物异戊二烯化反应 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、异源表达、人工智能和深度学习 | NA | NA | NA |
34 | 2025-05-20 |
Protease engineering: Approaches, tools, and emerging trends
2025-May-12, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108602
PMID:40368116
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综述 | 本文综述了蛋白酶工程的方法、工具和新兴趋势,重点介绍了定向进化和高通量策略在改造蛋白酶底物特异性中的应用 | 讨论了新兴的蛋白酶工程策略,如抗体-蛋白酶融合和由外源蛋白-蛋白相互作用驱动的底物特异性转换 | NA | 探讨蛋白酶工程的最新进展,以实现对蛋白酶活性和特异性的精确控制 | 蛋白酶 | 合成生物学 | NA | 定向进化、高通量筛选 | NA | NA | NA |
35 | 2025-05-20 |
Responses of natural plastisphere community and zooplankton to microplastic pollution: a review on novel remediation strategies
2025-May-07, Archives of microbiology
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00203-025-04334-y
PMID:40332619
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综述 | 本文综述了微塑料污染对自然塑料球群落和浮游动物的影响,并探讨了基于自然群落水平的新型修复策略 | 提出了基于塑料球群落和浮游动物适应性响应的新型修复策略,并探讨了纳米技术等创新方法在微塑料去除中的应用 | 需要进一步研究以开发更先进的微塑料处理技术,并深入了解微塑料对海洋生态系统的毒性影响 | 探讨微塑料污染对环境和生物的影响,并提出修复策略 | 微塑料、塑料球群落、浮游动物、海洋生态系统 | 环境科学 | NA | DNA meta-barcoding、膜生物反应器、合成生物学、有机硅烷技术、生物膜介导修复、纳米材料技术 | NA | 文献数据 | NA |
36 | 2025-05-20 |
Emerging ultrafast technologies in biotechnology
2025-May, 3 Biotech
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s13205-025-04309-2
PMID:40292246
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综述 | 本文综述了超快技术在生物技术中的变革性应用,重点介绍了其在实时可视化和精确操控生物分子过程中的能力 | 飞秒激光提高了基因编辑的精确性,减少了脱靶效应;超快光谱学增进了对蛋白质折叠途径、酶活性和能量转移机制的理解;阿秒光谱学为超快电子动力学和电荷迁移提供了前所未有的见解 | 光损伤、与复杂生物系统的整合以及伦理问题 | 探讨超快技术在生物技术中的应用及其潜力 | 生物分子过程、基因编辑、蛋白质折叠、酶活性、细胞动力学 | 生物技术 | NA | 飞秒激光、超快光谱学、泵浦探测显微镜、相干反斯托克斯拉曼散射(CARS)、阿秒光谱学 | NA | NA | NA |
37 | 2025-05-20 |
A CYP80B enzyme from Stephania tetrandra enables the 3'-hydroxylation of N-methylcoclaurine and coclaurine in the biosynthesis of benzylisoquinoline alkaloids
2025-May, Chinese journal of natural medicines
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/S1875-5364(25)60867-3
PMID:40383618
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研究论文 | 本研究从粉防己中克隆了CYP80B基因(StCYP80B),并发现其能够催化N-甲基乌药碱和乌药碱的3'-羟基化,扩展了CYP80B酶的底物选择性 | StCYP80B不需要N-甲基基团即可发挥羟基化活性,且对(S)-构型有明显偏好,这是与之前报道的野生型CYP80Bs的不同之处 | NA | 阐明苯基异喹啉生物碱(BIAs)的生物合成途径和基因,为利用合成生物学方法开发可持续来源提供基础 | 粉防己(Stephania tetrandra)中的CYP80B酶及其催化功能 | 合成生物学 | NA | 酵母异源表达系统、定点诱变 | NA | 基因序列、酶活性数据 | NA |
38 | 2025-05-20 |
Comparative genomics of three medicinal Glycyrrhiza species unveiled novel candidates for the production of important bioactive compounds
2025-May, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70223
PMID:40384636
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研究论文 | 本研究通过比较三种药用甘草属植物的基因组,揭示了其生物活性化合物生产的新候选基因 | 首次获得了三种药用甘草的高质量基因组序列,并鉴定了调控甘草酸合成的关键转录因子及特定黄酮类化合物的生物合成途径基因 | 研究仅针对三种甘草属植物,可能不适用于其他药用植物 | 探究药用甘草属植物中重要生物活性化合物的合成机制 | 三种药用甘草属植物(Glycyrrhiza uralensis、Glycyrrhiza inflata和Glycyrrhiza glabra) | 比较基因组学 | NA | 基因组测序与组装、转录组分析 | NA | 基因组序列数据、转录组数据 | 三种甘草属植物的基因组(大小分别为425Mb、447Mb和423Mb) |
39 | 2025-05-20 |
Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08306-y
PMID:39663458
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研究论文 | 该研究开发了位点选择性交联探针,用于解析非核糖体肽合成酶中载体蛋白与其伴侣酶域之间的相互作用 | 利用四嗪点击化学捕获载体蛋白底物在缩合域活性位点的缩合过程,并报告了该复合物的高分辨率冷冻电镜结构 | NA | 理解非核糖体肽合成酶的分子细节,并为未来合成生物学设计提供关键信息 | 非核糖体肽合成酶中的载体蛋白及其伴侣酶域 | 合成生物学 | NA | 四嗪点击化学、冷冻电镜、X射线晶体学 | NA | 结构数据 | NA |
40 | 2025-05-20 |
The Future of Microbiome Therapeutics
2025-Feb, Drugs
IF:13.0Q1
DOI:10.1007/s40265-024-02107-3
PMID:39843757
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review | 本文综述了微生物组治疗的最新进展,探讨了各种技术的优势和局限性 | 综述了从粪便衍生产品到活体生物治疗、噬菌体疗法和合成生物学等多种微生物组治疗技术的最新进展 | 现有商业微生物组产品的疗效较低 | 探讨微生物组治疗的未来发展方向 | 人类微生物组及其治疗技术 | 微生物组学 | NA | 粪便衍生产品、活体生物治疗、噬菌体疗法、合成生物学 | NA | NA | NA |