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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2025-06-06 |
Dynamical mechanisms of growth-feedback effects on adaptive gene circuits
2025-Jun-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89170
PMID:40470804
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研究论文 | 本文研究了工程基因回路在宿主细胞中的动态机制,特别是生长反馈对回路适应性的影响 | 系统地研究了400多种拓扑结构,识别了三种回路失效的动态机制,并发现了一种回路鲁棒性度量与生长反馈强度之间的比例关系 | 研究主要基于计算模型,需要进一步的实验验证 | 理解工程基因回路与宿主细胞间的生长反馈机制,并识别对生长反馈具有鲁棒性的回路拓扑结构 | 工程基因回路和宿主细胞 | 合成生物学 | NA | 转录调控回路 | NA | 计算模型数据 | 超过400种拓扑结构 |
22 | 2025-06-06 |
MOSAIC: A Highly Efficient, One-Step Recombineering Approach to Plasmid Editing and Diversification
2025-Jun-05, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00657
PMID:40471122
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research paper | 介绍了一种名为MOSAIC的高效一步重组工程方法,用于质粒编辑和多样化 | 提出了一种快速、高效的质粒编辑和组合质粒库生成方法,利用单链DNA退火蛋白CspRecT,单次转化即可实现高达90%的单目标质粒编辑效率,并能生成跨越四个不同目标区域的组合质粒库 | 未提及具体的应用限制或技术瓶颈 | 开发一种简单、快速且资源高效的质粒编辑和多样化方法,用于分子和合成生物学应用 | 质粒和组合质粒库 | 合成生物学 | NA | 单链DNA退火蛋白CspRecT和Nanopore测序 | NA | DNA序列数据 | 未提及具体样本数量 |
23 | 2025-06-06 |
Biosourced Functional Hydroxybenzoate-co-Lactide Polymers with Antimicrobial Activity
2025-Jun-04, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.5c04624
PMID:40380948
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研究论文 | 该研究设计并研究了一种具有抗菌活性的生物源功能性羟基苯甲酸-丙交酯共聚物 | 利用合成生物学和化学结合的方法,生产出具有抗菌活性和可降解性的功能性聚合物 | 仅针对革兰氏阳性菌进行了测试,未涉及其他类型的细菌或病原体 | 开发具有抗菌活性和可降解性的生物源聚合物,以应对抗菌素耐药性这一全球健康挑战 | 4-(甲基/烯丙基/苄基)氧基-6-(H/烷基)-2-氧基-苯甲酸-丙交酯基聚合物库 | 合成生物学与化学 | 抗菌素耐药性 | 异源生产、化学修饰、开环聚合 | NA | 化学合成数据、生物活性测试数据 | 不同聚合度的聚合物([单体]/[引发剂]比例从5到30) |
24 | 2025-06-06 |
Harnessing flavonoids to control probiotic function: in situ application of a naringenin-responsive genetic circuit
2025-Jun-03, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.02890-24
PMID:40277392
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research paper | 该研究开发了一种基于黄酮类化合物的遗传电路,用于控制益生菌功能,并在小鼠肠道中进行了原位应用 | 首次在宿主-微生物条件下应用了黄酮类化合物响应的遗传电路,并展示了其在小鼠肠道中的功能 | 未来研究需要评估更低剂量的柚皮素及富含柚皮素的食物作为替代输入 | 通过合成生物学增强益生菌的功能,利用黄酮类化合物作为遗传电路的输入 | 益生菌Escherichia coli Nissle 1917 (EcN)和小鼠肠道 | 合成生物学 | NA | 遗传电路设计,荧光素酶报告系统 | NA | 生物发光数据 | 小鼠实验 |
25 | 2025-06-06 |
Trends in sustainable single-cell protein from non-grain feedstocks
2025-Jun-03, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2025.04.018
PMID:40467368
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research paper | 探讨利用非谷物原料通过微生物发酵生产可持续单细胞蛋白(SCP)的趋势和挑战 | 重点研究非谷物原料的多样化利用、多功能应用扩展以及混合生物系统的整合,特别是合成生物学突破使非谷物原料的利用范围从传统的一碳原料(如甲醇)扩展到二氧化碳 | SCP规模化生产面临菌株鲁棒性不足、基因组编辑精度不够、低密度非谷物原料物流问题以及电化学能源载体安全风险等限制 | 探索可持续蛋白质生产的替代方案,以应对全球粮食需求增长和环境危机 | 非谷物原料生产的单细胞蛋白(SCP) | 生物技术 | NA | 微生物发酵、合成生物学、基因组编辑 | NA | NA | NA |
26 | 2025-06-06 |
Engineering microbial carbon metabolism for sustainable resource utilization
2025-Jun-02, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108622
PMID:40467014
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综述 | 本文综述了通过代谢工程利用可再生碳源进行微生物生物合成化学品的研究进展 | 强调了利用多组学测序、机器学习和人工智能指导菌株工程以提高可持续碳源利用效率的前景 | 未提及具体实验验证或案例研究 | 开发绿色节能资源以替代化石燃料 | 微生物碳代谢 | 合成生物学 | NA | 多组学测序、机器学习、人工智能 | NA | NA | NA |
27 | 2025-06-06 |
Living Fiber Dispersions from Mycelium as a New Sustainable Platform for Advanced Materials
2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202418464
PMID:39998258
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research paper | 该研究提出了一种从菌丝体中生成活体纤维分散体的可持续方法,用于开发具有智能特性的先进材料 | 结合生物聚合物纤维的材料形成特性和活体材料的高度动态特性,提出了一种可持续的活体纤维分散体生成方法 | 未提及具体局限性 | 开发可持续的先进材料平台 | 菌丝体生成的活体纤维分散体 | advanced materials | NA | 液体培养和机械脱纤维方法 | NA | NA | NA |
28 | 2025-06-06 |
Redesigning and rethinking genetic circuits: the potential of transcriptional rewiring in filamentous fungi
2025-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103301
PMID:40179610
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review | 本文探讨了丝状真菌中基因调控网络(GRN)操作的分子工具包,重点关注转录重连和启动子工程 | 利用对光和温度等物理线索敏感的顺式元件,实现了前所未有的时空精确基因表达控制 | 主要关注丝状真菌,对其他真菌类型的应用讨论较少 | 探索丝状真菌中基因调控网络的重设计和重新思考 | 丝状真菌,特别是以粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)为模型 | 合成生物学 | NA | 转录重连,启动子工程 | NA | NA | NA |
29 | 2025-06-06 |
Glycosyltransferases in human milk oligosaccharide synthesis: structural mechanisms and rational design
2025-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103315
PMID:40347686
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综述 | 本文系统分析了糖基转移酶在人类母乳寡糖合成中的结构机制与理性设计 | 结合结构生物学和深度学习算法,提出了糖基转移酶的优化策略和从头设计方法 | 未提及具体实验验证或工业应用的实际效果 | 探讨糖基转移酶在人类母乳寡糖合成中的结构机制与优化设计 | 糖基转移酶及其在人类母乳寡糖合成中的应用 | 合成生物学 | NA | 结晶学研究、深度学习算法 | NA | 结构生物学数据 | NA |
30 | 2025-06-06 |
Catalytic mechanism and engineering of aromatic prenyltransferase: A review
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144214
PMID:40379159
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review | 本文系统总结了芳香族异戊二烯基转移酶的催化机制及其工程化改造的最新进展 | 提出了整合人工智能和深度学习的创新工程方法,以开发高性能生物催化剂 | 当前面临的挑战包括催化活性不足、底物特异性狭窄以及多酶级联系统和固定化技术的限制 | 指导芳香族异戊二烯基转移酶在合成生物学和药物创新中的工程化与规模化应用 | 芳香族异戊二烯基转移酶及其工程化改造 | 合成生物学 | NA | 蛋白质工程、人工智能、深度学习 | NA | NA | NA |
31 | 2025-06-06 |
A path to perpetual chemical synthesis via photocatalytic cofactor regeneration
2025-May-23, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d5sc02770e
PMID:40453794
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Perspective | 本文探讨了通过光催化辅因子再生实现可持续化学合成的路径 | 结合光催化和生物催化的独特能力,通过辅因子穿梭实现精细化学品的持续生产 | 讨论了集成系统的现有限制以及缓解这些限制的努力 | 探索利用太阳能进行可持续化学合成的方法 | 光催化辅因子再生与自然酶循环的整合 | 化学合成 | NA | 光催化、生物催化 | NA | NA | NA |
32 | 2025-06-06 |
Protocol for the generation and purification of minicells from Lactiplantibacillus plantarum
2025-May, Journal of microbiology (Seoul, Korea)
DOI:10.71150/jm.2412002
PMID:40468658
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研究论文 | 本文介绍了一种从植物乳杆菌中生成和纯化微型细胞的方案 | 开发了在植物乳杆菌中生成微型细胞的新方法,扩展了微型细胞平台的应用范围 | 目前仅在植物乳杆菌中进行了验证,尚未在其他益生菌中测试 | 开发一种安全有效的微型细胞生产平台用于生物技术应用 | 植物乳杆菌(Lactiplantibacillus plantarum)及其微型细胞 | 合成生物学 | NA | 质粒介导的同源重组、差异离心和过滤、DAPI染色 | NA | 显微镜图像和流式细胞术数据 | NA |
33 | 2025-06-06 |
[Advances in the regulation of microbial cell metabolism and environmental adaptation]
2025-Mar-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.240937
PMID:40170316
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综述 | 本文从三个角度全面综述了细胞代谢和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 系统性地总结了细胞感知代谢和环境变化的机制及其应用,为合成生物学领域的创新提供了理论基础 | 缺乏对细胞代谢和环境适应调控机制的系统性综述 | 探讨细胞代谢和环境适应的调控机制及其在合成生物学中的应用 | 细胞的代谢和环境适应机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA |
34 | 2025-06-06 |
Plant-based secondary metabolites as natural remedies: a comprehensive review on terpenes and their therapeutic applications
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1587215
PMID:40458805
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综述 | 本文全面综述了植物次生代谢产物萜类化合物的生物化学特性、植物化学性质及其在代谢紊乱中的药理活性 | 详细阐述了萜类化合物的多样性和广泛生物活性,以及其在现代医学、制药、营养品和化妆品等领域的高价值应用 | 对特定生物活性物质的作用或作用模式理解不全面,且许多化合物在自然界中含量极低 | 阐明萜类化合物在代谢紊乱中的生物化学特性、植物化学性质和药理活性 | 萜类化合物 | NA | 代谢紊乱 | 代谢工程和合成生物学 | NA | NA | NA |
35 | 2025-06-06 |
Application of bifidobacterium in tumor therapy
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1551924
PMID:40469191
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review | 本文综述了双歧杆菌在肿瘤成像和治疗中的最新进展,探讨了其作用机制、工程策略和临床应用 | 利用双歧杆菌的厌氧特性选择性定植于肿瘤缺氧微环境,并通过合成生物学和细菌工程改造为微型机器人,用于分子成像和药物/基因递送 | 双歧杆菌的临床转化仍面临功能设计优化、治疗效果和安全性提升等挑战 | 探索双歧杆菌作为肿瘤靶向治疗载体的潜力 | 双歧杆菌(Bifidobacterium, BBM) | 肿瘤治疗 | 肿瘤 | 合成生物学、细菌工程 | NA | NA | NA |
36 | 2025-06-06 |
Rewiring native post-transcriptional global regulators to achieve designer, multi-layered genetic circuits
2024-10-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52976-1
PMID:39384772
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研究论文 | 本文开发了一种通过重编程大肠杆菌的碳储存调控网络(Csr Network)来实现复杂转录后控制的方法 | 利用Csr Network的天然相互作用建立转录后逻辑门,实现复杂的细菌调控,并构建了12种BUFFER Gates和Csr调控的NOT Gate | NA | 开发可编程的转录后调控工具,用于合成生物学 | 大肠杆菌的碳储存调控网络(Csr Network) | 合成生物学 | NA | RNA-蛋白质相互作用工程 | BUFFER Gates, NOT Gate | NA | NA |
37 | 2025-06-06 |
A single mutation in the core domain of the lac repressor reduces leakiness
2013-Jul-08, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/1475-2859-12-67
PMID:23834731
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research paper | 该研究通过单点突变降低lac阻遏蛋白的泄漏表达,优化其在蛋白质过表达和合成生物学中的应用 | 发现色氨酸220突变为苯丙氨酸可显著降低lac阻遏蛋白的泄漏表达,同时保持对IPTG的响应性 | 研究仅针对单一突变位点,未全面探索其他可能影响泄漏表达的突变 | 优化lac阻遏蛋白的调控性能,减少其在异源蛋白表达中的泄漏表达 | lac阻遏蛋白及其突变体 | 分子生物学 | NA | 饱和诱变、GFP表达检测、热位移分析 | NA | 蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 |
38 | 2025-06-05 |
Crucial roles of intracellular cyclic di-GMP in impacting the genes important for extracellular electron transfer by Geobacter metallireducens
2025-Jun-04, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00727-25
PMID:40464557
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研究论文 | 研究细胞内c-di-GMP在Geobacter metallireducens细菌胞外电子传递(EET)中的作用 | 揭示了细胞内c-di-GMP对细菌胞外电子传递过程中多个基因表达的调控作用,包括细胞色素和菌毛蛋白PilA-N的基因 | c-di-GMP如何影响这些基因表达的具体机制尚不清楚 | 探究细胞内c-di-GMP在细菌胞外电子传递中的调控作用 | Geobacter metallireducens细菌 | 微生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | 基因表达数据 | 3种不同c-di-GMP水平的菌株(Gme-H, Gme-C, Gme-L) |
39 | 2025-06-03 |
Correction to "Synthetic Biology-Based Bacterial Extracellular Vesicles Displaying BMP-2 and CXCR4 to Ameliorate Osteoporosis"
2025-Jun, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70095
PMID:40452467
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
40 | 2025-06-05 |
MutS-mediated rapid and cost-effective error correction in in vitro DNA synthesis
2025-May-28, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.05.002
PMID:40447215
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研究论文 | 本研究开发了一种基于MutS蛋白的快速、经济高效的体外DNA合成错误校正方法 | 利用重组表达的MutS融合蛋白结合自制旋转柱,实现了高效、低成本的DNA合成错误校正 | 反应体积限制在10μL,可能影响大规模应用 | 开发一种简单、快速、高效的DNA合成错误校正方法 | DNA寡核苷酸和较长目标分子 | 合成生物学 | NA | DNA合成、MutS蛋白结合分析 | NA | DNA序列数据 | 11种Cbm3-Egfp-MutS融合蛋白 |