合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-01	In vivo thrombin activity in the diatom Phaeodactylum tricornutum: biotechnological insights 2024-Oct-08, Applied microbiology and biotechnology IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s00253-024-13322-z PMID:39377797	research paper	本研究通过计算机模拟分析识别了三角褐指藻中可能编码类凝血酶蛋白的序列，并通过体内实验验证了其剪切效率	发现三角褐指藻中存在一种新型类凝血酶蛋白酶，并验证了其在融合蛋白上的剪切效率	NA	探索三角褐指藻中类凝血酶序列的功能及其在生物技术中的应用	三角褐指藻（Phaeodactylum tricornutum）	合成生物学	NA	计算机模拟分析、蛋白质结构预测、对接研究、Western blot分析	NA	蛋白质序列、蛋白质结构	NA
22	2025-06-01	A Simple and Effective Strategy for the Development of Robust Promoter-Centric Gene Expression Tools 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00092 PMID:39120429	research paper	本研究开发了一种简单有效的策略，用于构建强效的基因表达工具，通过引入额外的-35样基序和回文元件来增强启动子活性	通过引入额外的-35样基序和回文元件，显著增强了启动子的活性，特别是在构建的四环素诱导型基因表达系统中表现出比现有高强度启动子更强的活性	研究主要针对特定微生物，尚未在其他广泛微生物中验证其适用性	开发强效的基因表达工具，以促进菌株工程和合成生物学研究	启动子和基因表达系统	合成生物学	NA	基因工程	NA	NA	NA
23	2025-06-01	Desiccated Cyanobacteria Serve As Efficient Plasmid DNA Carriers in Space Flight 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00672 PMID:39150229	research paper	研究探讨了使用干燥蓝藻作为质粒DNA载体在太空飞行中的有效性	利用天然耐干燥的蓝藻作为质粒DNA载体，无需低温或冷冻储存，安全运输至国际空间站并返回	仅为概念验证研究，尚未在实际太空环境中大规模应用	探索在资源有限的外太空环境中有效运输生物系统的方法	质粒DNA和蓝藻PC73102	合成生物学	NA	质粒提取和转化	NA	生物实验数据	使用蓝藻PC73102携带pSCR119质粒进行太空往返运输
24	2025-06-01	Genetic Code Expansion in Shewanella oneidensis MR-1 Allows Site-Specific Incorporation of Bioorthogonal Functional Groups into a c-Type Cytochrome 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00248 PMID:39158169	研究论文	本文报道了在电活性细菌Shewanella oneidensis MR-1中开发高效方法，用于位点特异性掺入结构多样的非经典氨基酸（ncAAs）到蛋白质中	开发了在MR-1中位点特异性掺入ncAAs的高效方法，并证明其与内源性蛋白质合成、c型细胞色素成熟及蛋白质分泌途径兼容且正交	NA	扩展MR-1中设计蛋白质的化学库，以理解和调控生物系统并开发生物技术	Shewanella oneidensis MR-1及其c型细胞色素MtrC	合成生物学	NA	遗传密码扩展	NA	NA	NA
25	2025-06-01	GOLDBAR: A Framework for Combinatorial Biological Design 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00296 PMID:39162314	research paper	介绍了一个名为GOLDBAR的组合生物学设计框架，用于优化生物设计并支持设计组合的正式比较	GOLDBAR框架能够交叉和合并整个生物设计类别的规则，提取共同设计模式并推断新的模式	未明确提及框架的具体局限性	促进合成生物学中的自动化分析和机器学习	组合生物设计库和DNA组装技术	synthetic biology	NA	DNA组装技术	grammar-based machine learning	DNA序列数据	NA
26	2025-06-01	Synthetic Biology of Natural Products Engineering: Recent Advances Across the Discover-Design-Build-Test-Learn Cycle 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00391 PMID:39163395	review	本文综述了合成生物学在天然产物工程领域的最新进展，涵盖了从发现到学习的整个生物工程周期	强调了AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程、化合物鉴定等计算工具的最新进展，以及新型宿主系统和提高生产水平的新技术	NA	探讨合成生物学在天然产物工程中的应用及其最新进展	天然产物工程中的基因组工程及相关技术	合成生物学	NA	基因组工程、AI支持的基因组挖掘、酶和途径工程	NA	基因组数据、化合物数据	NA
27	2025-06-01	Optimized CRISPR Interference System for Investigating Pseudomonas alloputida Genes Involved in Rhizosphere Microbiome Assembly 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00312 PMID:39163848	research paper	本文描述了一种在KT2440中优化的CRISPR干扰（CRISPRi）系统，用于研究根际微生物组组装中的基因及工业应用	开发了包含三种不同启动子系统和针对假单胞菌优化的dCas9的CRISPRi系统，并展示了其在根际定植细菌中的功能	未提及具体的技术限制或应用范围限制	探索根际微生物间相互作用及工业应用中的基因调控	KT2440及其在根际微生物组中的基因	合成生物学	NA	CRISPR干扰（CRISPRi）	NA	NA	未提及具体样本数量
28	2025-06-01	Engineering Microbial Consortia as Living Materials: Advances and Prospectives 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00313 PMID:39174016	review	本文综述了工程化微生物群落作为活体材料的设计策略、合成生物学技术及其应用前景	介绍了自上而下和自下而上两种设计微生物群落构成的工程化活体材料(ELMs)的策略，并总结了合成生物学技术在复杂任务中的应用	基于微生物群落的ELMs仍处于发展阶段，面临诸多挑战	探讨工程化微生物群落作为活体材料的设计方法、技术应用及未来发展	微生物群落及其构成的工程化活体材料	合成生物学	NA	合成生物学技术	NA	NA	NA
29	2025-06-01	MutaT7GDE: A Single Chimera for the Targeted, Balanced, Efficient, and Processive Installation of All Possible Transition Mutations In Vivo 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00316 PMID:39190860	research paper	该研究开发了一种名为MutaT7GDE的单一嵌合酶，能够在体内高效、平衡地安装所有可能的过渡突变	利用工程化的底物非特异性通用脱氨酶（GDEs）构建单一嵌合酶，简化了系统并提高了突变效率	NA	开发一种更高效的定向进化工具，用于目标基因的多样化	MutaT7嵌合酶及其突变效率	合成生物学	NA	脱氨酶-T7 RNA聚合酶融合技术	NA	NA	四种不同的MutaT7构建体
30	2025-06-01	Integrating Deep Learning and Synthetic Biology: A Co-Design Approach for Enhancing Gene Expression via N-Terminal Coding Sequences 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00371 PMID:39229974	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和合成生物学的共设计方法，用于通过N端编码序列优化基因表达	提出了一种新的深度学习和合成生物学共设计的少样本训练工作流程，用于NCS优化，显著提高了基因表达效率	方法仅在GFP和N-乙酰神经氨酸的生产中进行了验证，需要更多实验验证其广泛适用性	优化N端编码序列以提高基因表达效率	绿色荧光蛋白(GFP)和N-乙酰神经氨酸	合成生物学	NA	深度学习, word2vec, 注意力机制, 时间序列网络	时间序列网络	基因序列数据	六次迭代实验
31	2025-06-01	Multilevel Systematic Optimization To Achieve Efficient Integrated Expression of Escherichia coli 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00280 PMID:39262282	研究论文	本文通过系统优化大肠杆菌的整合表达系统，从三个层面提高了外源基因在基因组水平的表达效率	筛选出表达活性最高的整合位点，构建了组成型高效整合表达系统CEIES_Ecoli，其表达强度显著高于传统T7启动子系统	研究仅限于大肠杆菌BL21(DE3)菌株，未在其他宿主系统中验证	开发无需抗生素或诱导剂的稳定高效基因整合表达系统	大肠杆菌BL21(DE3)基因组	合成生物学	NA	基因组编辑、启动子工程	NA	基因表达数据	18个基因组整合位点筛选，16种内源启动子表征
32	2025-06-01	Evaluating the Contribution of Model Complexity in Predicting Robustness in Synthetic Genetic Circuits 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.3c00708 PMID:39264040	research paper	该研究比较了五种计算模型在预测合成基因电路稳健性方面的表现，探讨了模型复杂度对预测能力的影响	通过比较不同复杂度的模型，揭示了在有无特征化部件情况下模型选择的策略	研究仅针对三种基因电路实现，可能无法推广到所有类型的合成电路	评估模型复杂度对合成基因电路性能预测的影响	五种计算模型和三种基因电路实现	合成生物学	NA	计算模拟	多种复杂度模型	模拟数据	三种基因电路实现
33	2025-06-01	Yeast Surface-Displayed Quenchbody as a Novel Whole-Cell Biosensor for One-Step Detection of Influenza A (H1N1) Virus 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00317 PMID:39256183	研究论文	开发了一种基于酵母表面展示的Quenchbody全细胞生物传感器，用于一步检测甲型H1N1流感病毒	提出了一种新型全细胞生物传感器设计，通过表面展示VHH-based quenchbody（Q-body）绕过了分析物跨膜运输的需求，实现了对病毒颗粒的高效检测	NA	开发一种敏感、高效且成本效益高的方法，用于检测空气中的病毒	甲型H1N1流感病毒	合成生物学	流感	酵母表面展示技术	VHH-based quenchbody（Q-body）	NA	17个靶向H1N1-HA蛋白的VHH抗体片段
34	2025-06-01	Ten Years of the Synthetic Biology Summer Course at Cold Spring Harbor Laboratory 2024-09-20, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00276 PMID:39300908	review	回顾冷泉港实验室合成生物学暑期课程的历史、发展和结构，并探讨其对其他短期课程的启示	总结了该课程在合成生物学领域的教育影响，包括校友在研究、教育和创业方面的贡献	NA	探讨合成生物学教育课程的设计与影响	冷泉港实验室合成生物学暑期课程	合成生物学	NA	细胞无转录翻译、DNA构建、基因回路计算建模、工程基因调控、CRISPR技术	NA	NA	NA
35	2025-06-01	The BioRECIPE Knowledge Representation Format 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00096 PMID:39051984	research paper	介绍了BioRECIPE知识表示格式，旨在标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	BioRECIPE格式能够同时支持人类用户预览和修改模型组件，同时机器可读，并兼容多种表示格式、自然语言处理工具、建模工具和数据库	NA	标准化和促进人机交互，用于创建、验证、评估、管理和扩展细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	细胞内和细胞间信号传导的可执行模型	systems and synthetic biology	NA	NA	NA	knowledge representation format	NA
36	2025-06-01	ShuffleAnalyzer: A Comprehensive Tool to Visualize DNA Shuffling 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00251 PMID:38991172	research paper	介绍了一个名为ShuffleAnalyzer的Python工具，用于可视化和分析DNA shuffling结果	提供直接图形化输出，支持DNA shuffling和肽插入的同步分析与可视化	未提及具体性能指标或与其他工具的对比	开发一个用户友好的工具，以简化DNA shuffling结果的分析和可视化	DNA shuffling生成的合成DNA和肽插入	synthetic biology	NA	DNA shuffling	NA	DNA序列数据	NA
37	2025-06-01	Designing a Novel Temperature- and Noncanonical Amino Acid-Controlled Biological Logic Gate in Escherichia coli 2024-08-16, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00423 PMID:39110782	研究论文	本研究设计了一种新型的温度和非经典氨基酸控制的生物逻辑门	利用外源aaRS/tRNA对在高温下对细胞ATP的高消耗率诱导的基因表达温度敏感性，构建了一种新型的生物AND门	对外源aaRS/tRNA对的潜在副作用了解有限	探索外源aaRS/tRNA对基因表达的影响并构建新型生物逻辑门	大肠杆菌DH10β Δ	合成生物学	NA	遗传密码扩展(GCE)	NA	NA	NA
38	2025-05-31	Promoting efficient synthesis and customization of sphingans based on metabolic engineering and synthetic biology strategies 2025-Sep-01, Carbohydrate polymers IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.carbpol.2025.123734 PMID:40441843	review	本文综述了鞘聚糖的结构、生物合成途径及其通过代谢工程和合成生物学策略高效合成与定制的方法	结合代谢工程和合成生物学策略，利用基因组代谢网络模型(GSMM)和CRISPR等高效工具调控代谢途径，以及通过分子量调控和可控取代基修饰定制不同分子量的鞘聚糖	野生型菌株研究背景不清晰及合成路径复杂等问题仍需进一步解决	提高鞘聚糖的生产能力并实现其定制化设计	鞘聚糖及其生产菌株	合成生物学	NA	基因组代谢网络模型(GSMM)、CRISPR、高通量筛选技术	NA	NA	NA
39	2025-05-31	The bacterial symbionts of Entomopathogenic nematodes and their role in symbiosis and pathogenesis 2025-Jul, Journal of invertebrate pathology IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.jip.2025.108295 PMID:40032241	综述	本文总结了昆虫病原线虫与其细菌共生体之间的共生关系，以及它们在成功利用昆虫宿主方面的能力	强调了昆虫病原线虫与细菌共生体之间的共生关系及其在自然产物研究中的模型系统作用	未具体提及研究的局限性	探讨昆虫病原线虫与其细菌共生体之间的共生关系及其在生态学和进化生物学中的模型作用	昆虫病原线虫（Steinernema和Heterorhabditis）及其细菌共生体（Xenorhabdus和Photorhabdus）	生态学与进化生物学	NA	合成生物学方法和高通量技术	NA	NA	NA
40	2025-05-31	Engineering nitrogen and carbon fixation for next-generation plants 2025-Jun, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102699 PMID:40056871	research paper	探讨利用合成生物学技术优化植物固氮和固碳机制，以提高农业生产力和生态可持续性	结合定向进化、AI引导的酶设计和代谢工程，优化固氮酶和固碳循环，并探索在极端环境下增强植物生长的策略	未提及具体实验验证或实际应用案例	提高植物氮和碳的获取与同化效率，以应对全球农业和生态挑战	植物固氮和固碳机制，包括氮酶、根瘤菌及非豆科作物的共生关系	合成生物学	NA	定向进化、AI引导的酶设计、代谢工程	NA	NA	NA