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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2025-12-03 |
Artificial intelligence-powered biofoundries for protein engineering and metabolic engineering
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103380
PMID:41192167
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综述 | 本文综述了人工智能与自动化生物铸造厂融合在蛋白质工程和代谢工程中的应用,加速了设计-构建-测试-学习循环 | 整合人工智能与自动化生物铸造厂,实现蛋白质工程和代谢工程从劳动密集型手动实验向自主实验的转变 | NA | 总结人工智能模型与生物铸造厂集成在蛋白质工程和代谢工程中的最新进展,以加速合成生物学领域的科学发现与创新 | 蛋白质工程和代谢工程的工作流程、人工智能模型及其与生物铸造厂的集成 | 合成生物学 | NA | NA | 人工智能模型 | NA | NA | 生物铸造厂 | NA | NA | 工业生物技术 |
| 462 | 2025-12-03 |
Recent innovations in cannabinoid chemistry, biology, and biosynthesis
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103378
PMID:41205317
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综述 | 本文总结了关于大麻素化学、生物学和生物合成的最新进展,包括药理学、合成化学创新和工程化生产策略 | 整合了不对称合成方法和合成生物学技术,以生产低丰度的大麻素,并强调了跨学科反馈如何重塑对这些分子的获取和理解 | NA | 总结大麻素研究的最新进展,促进对次要大麻素的获取和认识 | 大麻素,包括主要和次要大麻素,如Δ⁹-四氢大麻酚和大麻二酚 | NA | NA | 不对称合成方法,合成生物学方法,包括异源途径重建和功能类似酶发现 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 医药 |
| 463 | 2025-12-03 |
Recent advances in AI-enabled automation of DNA assembly in biofoundries
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103386
PMID:41205316
|
综述 | 本文综述了生物铸造厂中DNA组装自动化策略的最新进展,重点关注新兴平台、标准化设计工具和机器学习集成 | 整合了AI驱动的动态协议优化、故障诊断和实时学习,建立了通过迭代持续改进实验的新范式 | NA | 探讨生物铸造厂中DNA组装工作流程的自动化进展,以加速基础研究和工业应用 | DNA组装策略、生物铸造厂工作流程 | 合成生物学 | NA | DNA组装、机器学习 | AI驱动系统 | 协议数据、实验数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术、基础研究 |
| 464 | 2025-12-03 |
Molecular methods for high-throughput, multiplexed, and automated genome editing in prokaryotes and eukaryotes
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103381
PMID:41205315
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综述 | 本文综述了在原核和真核生物中进行高通量、多重化和自动化基因组编辑的分子方法的最新进展 | 整合了高通量、多重化和自动化技术于基因组编辑中,强调了机器人辅助平台在提升编辑效率和规模方面的关键作用 | NA | 综述基因组工程领域的新方法,以推动菌株工程和合成生物学的发展 | 原核和真核生物 | 合成生物学 | NA | DNA编辑技术 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN | 原核生物, 真核生物 | NA | 工业生物技术 |
| 465 | 2025-12-03 |
A π-stacking gate for redox control in flavin ferredoxin-thioredoxin reductases
2025-Dec, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148860
PMID:41205938
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研究论文 | 本研究揭示了黄素铁氧还蛋白-硫氧还蛋白还原酶(FFTRs)中C端尾部及其保守芳香残基通过π-堆积相互作用调控FAD电子环境、电子转移效率和铁氧还蛋白供体相互作用的机制 | 首次在蓝藻FFTRs中证明C端尾部及其保守色氨酸通过π-堆积相互作用调控FAD电子环境、电子转移效率和供体特异性,为工程化氧化还原活性生物催化剂提供新框架 | 研究主要基于蓝藻Gloeobacter violaceus的FFTR模型,可能未涵盖所有细菌谱系FFTRs的多样性 | 探究蓝藻FFTRs中C端尾部及其保守芳香残基在电子转移和氧化还原调控中的作用机制 | 蓝藻Gloeobacter violaceus的黄素铁氧还蛋白-硫氧还蛋白还原酶(FFTR)及其突变体 | NA | NA | 突变分析、电子转移动力学测定、氧化还原电位测量、结合特异性评估 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 合成生物学、代谢应用 |
| 466 | 2025-12-03 |
Computationally Guided Design of a Soluble, Abundant and Functional AnfH Variant for the Expression of Fe-Only Nitrogenase in Plant Mitochondria
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70263
PMID:40831097
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研究论文 | 本研究利用计算指导方法设计并验证了一种可溶性、高丰度且功能性的AnfH变体,用于在植物线粒体中表达铁-氮酶 | 首次通过PROSS蛋白优化算法和Rosetta能量计算,设计出在植物线粒体中溶解度显著提高的AnfH变体,其中AnfH V6变体溶解度提升约90倍,并保持氮还原功能 | 研究仅针对AnfH蛋白的溶解度优化,未全面评估整个铁-氮酶系统在植物中的完整功能整合或长期稳定性 | 开发适用于植物线粒体的可溶性铁-氮酶电子供体蛋白,以推进植物合成生物学中氮酶工程的应用 | 来自A. vinelandii的铁-氮酶必需电子供体蛋白AnfH及其计算设计的变体 | 合成生物学 | NA | PROSS蛋白优化算法、Rosetta能量计算、[FeS]簇重建 | NA | 蛋白质序列与结构数据 | 8个AnfH变体(含1至11个氨基酸替换),在N. benthamiana叶片中测试 | NA | N. benthamiana(植物) | 铁-氮酶电子传递系统(AnfH与AnfDKG复合物) | 农业、工业生物技术 |
| 467 | 2025-12-03 |
CYP82G1 Enzyme Functions as Chromone Hydroxylase in the Biosynthesis of 6-Hydroxy-2-(2-Phenylethyl)chromone in Aquilaria sinensis
2025-Dec, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.70327
PMID:40824768
|
研究论文 | 本研究鉴定了Aquilaria sinensis中CYP82G1酶作为色原酮羟化酶,催化2-(2-苯乙基)色原酮生成6-羟基-2-(2-苯乙基)色原酮,揭示了沉香中2-(2-苯乙基)色原酮生物合成的关键分子机制 | 首次鉴定并功能验证了AsCYP82G1作为C-6位羟化酶在2-(2-苯乙基)色原酮生物合成中的关键作用,并通过同源建模、分子对接和量子力学计算阐明了其催化机制 | 研究主要聚焦于C-6位羟化步骤,其他修饰步骤(如C-5、C-7、C-8位取代)的酶学机制尚未完全阐明 | 解析沉香中2-(2-苯乙基)色原酮类化合物的生物合成途径,特别是C-6位羟基化的分子机制 | Aquilaria sinensis(白木香)植物及其产生的2-(2-苯乙基)色原酮类化合物 | 植物分子生物学与合成生物学 | NA | 转录组学、LC-MS/MS分析、酵母表达系统、烟草瞬时表达、同源建模、分子对接、量子力学计算 | NA | 基因表达数据、代谢物谱数据、蛋白质结构数据 | 两年生野生型白木香和奇楠型白木香 | 酵母表达系统 | 酿酒酵母、本氏烟草、Aquilaria sinensis | NA | 农业、工业生物技术 |
| 468 | 2025-12-03 |
Expanding the frontiers of microbial biosynthesis with synthetic microbial communities
2025-Dec, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2025.103351
PMID:40886452
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综述 | 本文综述了合成微生物群落在微生物合成领域的最新进展,讨论了其优势、功能,并提出了一个设计框架,重点关注通过微生物相互作用进行种群控制 | 通过理性途径分区和明确的微生物相互作用,合成微生物群落缓解了单一培养的局限性,如代谢负担、途径抑制和副产物积累,从而扩展了微生物生物合成的前沿 | NA | 探讨合成微生物群落在微生物生物合成中的应用,以扩展其前沿 | 合成微生物群落 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 微生物 | NA | 工业生物技术 |
| 469 | 2025-12-03 |
Microbial biomolecular condensates: from conserved principles to synthetic biology opportunities
2025-Dec, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102677
PMID:41086652
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综述 | 本文综述了微生物生物分子凝聚体的普遍存在性、保守的物理原理及其在合成生物学中的应用潜力 | 将生物分子凝聚体视为一种广泛存在于微生物界的模块化区室化策略,并探讨了其保守的物理原理如何通过进化力量适应不同的细胞需求,为合成生物学中可编程凝聚体的设计提供了新视角 | NA | 探讨微生物生物分子凝聚体的运作原理及其在合成生物学中的应用机会 | 微生物生物分子凝聚体 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 可编程凝聚体 | 合成生物学 |
| 470 | 2025-12-03 |
Architects of plant immunity: Structure-informed strategies for engineering plant nucleotide-binding leucine-rich repeat receptors
2025-Nov-30, Current opinion in plant biology
IF:8.3Q1
DOI:10.1016/j.pbi.2025.102828
PMID:41325717
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综述 | 本文综述了基于结构信息工程化植物NLR受体以增强植物免疫系统的策略 | 结合分子结构理解和合成生物学工具,开发了针对NLR受体的工程化方法,如整合域工程和LRR表面重塑,以扩展病原体识别能力 | NA | 工程化植物核苷酸结合富含亮氨酸重复序列(NLR)受体,以增强植物对病原体的免疫反应 | 植物NLR受体及其结构 | 合成生物学 | 植物病害 | 结构建模、合成生物学工具 | NA | 结构数据 | NA | NA | 植物 | NA | 农业 |
| 471 | 2025-12-03 |
Perspectives on Synthetic Protein Circuits in Mammalian Cells
2024-Dec, Current opinion in biomedical engineering
IF:4.7Q2
DOI:10.1016/j.cobme.2024.100555
PMID:39372446
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综述 | 本文综述了哺乳动物细胞中合成蛋白质电路的设计原理、工具及其在生物医学领域的应用前景 | 系统梳理了基于蛋白质翻译后修饰(如蛋白水解和磷酸化)的合成生物学工具包,并提出了从工具开发到临床前应用的转化框架 | NA | 探讨合成蛋白质电路在哺乳动物细胞工程化中的应用潜力与设计策略 | 哺乳动物细胞中的合成蛋白质电路 | 合成生物学 | 癌症 | 蛋白质工程、翻译后修饰调控 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN | 哺乳动物细胞 | 基于蛋白水解、磷酸化或可编程结合的合成蛋白质电路,用于重编程细胞行为 | 医学 |
| 472 | 2025-12-02 |
Bioremediation of polycyclic aromatic hydrocarbons contaminated soils/water for environmental remediation
2025-Dec-01, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-025-10229-y
PMID:41324725
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综述 | 本文综述了利用微生物生物修复技术降解土壤/水中多环芳烃(PAHs)污染的研究进展 | 探讨了生物表面活性剂、生物膜及微生物群落协同作用在增强PAHs生物降解效率中的应用,并强调了基因工程、合成生物学和纳米技术等前沿工具在提升降解能力方面的潜力 | NA | 研究利用微生物生物修复技术可持续地去除环境中的PAHs污染 | 多环芳烃(如萘、菲、蒽、芘)及其在土壤/水中的污染 | 环境科学 | NA | 微生物降解、基因工程、合成生物学、纳米技术 | NA | NA | NA | 基因工程、合成生物学 | 假单胞菌、分枝杆菌、红球菌、Novosphingobium属海洋物种 | NA | 环境 |
| 473 | 2025-12-02 |
Optogenetic tools for optimizing key signalling nodes in synthetic biology
2025-Nov-27, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108770
PMID:41317977
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综述 | 本文综述了光遗传学工具在合成生物学中调控关键信号节点的应用,包括其在微生物代谢、植物科学和疾病治疗中的最新进展 | 将光遗传学工具按不同应用分为五类,系统阐述了其在时空精确调控酶活性或基因表达方面的创新潜力,超越了传统的化学诱导或基因过表达/敲除策略 | NA | 为合成生物学领域的基础研究和生物产业提供全面的光遗传学策略概述 | 光遗传学工具及其在微生物、植物和动物系统中的调控应用 | 合成生物学 | NA | 光遗传学 | NA | NA | NA | NA | 微生物, 植物, 动物 | 光诱导基因表达调控、光触发液-液相分离模块、光诱导亚细胞定位光感受器、光调控酶、光门控离子通道和泵 | 工业生物技术, 农业, 医学 |
| 474 | 2025-12-02 |
Artificial cells with liquid-liquid phase separation-regulated cell-free protein synthesis
2025-Nov-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2511283122
PMID:41269793
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研究论文 | 本文通过液-液相分离调控无细胞蛋白质合成,构建了具有可控蛋白质表达的人工细胞 | 利用含多价关联基团的工程聚合物,通过液-液相分离诱导蛋白质聚集,实现无细胞蛋白质合成活性的可逆调控和精确时间控制 | 未明确提及具体限制,但暗示在工程化人工细胞调控蛋白质表达方面仍存在显著局限 | 开发能够调控蛋白质表达的人工细胞,并探索其在生物医学应用中的潜力 | 人工细胞、无细胞蛋白质合成系统、工程聚合物、微流控平台制备的巨型单层囊泡 | 合成生物学 | 肝损伤 | 液-液相分离、微流控技术、无细胞蛋白质合成 | NA | 实验数据 | 使用胆管结扎小鼠模型进行体内研究 | NA | NA | 基于液-液相分离的蛋白质聚集调控机制,用于可控反应过程 | 医学 |
| 475 | 2025-12-02 |
The International Risk Governance Council: Reflections on a 20-Year Experiment in Support of Improved Risk Governance
2025-Nov, Risk analysis : an official publication of the Society for Risk Analysis
IF:3.0Q1
DOI:10.1111/risa.70117
PMID:41047369
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评论 | 本文回顾了国际风险治理理事会(IRGC)20年的历史、活动及其在多个新兴风险领域的工作成果 | 通过六个案例研究(如太阳辐射管理、合成生物学等)系统总结了IRGC在风险治理方面的贡献,并强调了中立召集机构的重要性 | NA | 评估IRGC作为风险治理支持机构的历史作用与影响 | 国际风险治理理事会(IRGC)及其在多个风险领域的治理活动 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 476 | 2025-12-02 |
Label-free high-throughput live-cell sorting of genome-wide random mutagenesis libraries for metabolic traits by Raman flow cytometry
2025-Jun-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2503641122
PMID:40445753
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研究论文 | 本文介绍了一种基于正介电泳诱导确定性横向位移的拉曼激活细胞分选技术,用于无标记高通量分选基因组范围随机诱变库中的代谢性状细胞 | 开发了pDEP-DLD-RACS技术,首次实现了对快速移动单细胞的高精度、高通量、长时稳定分选,并直接应用于基因组范围诱变库的代谢性状筛选 | NA | 开发一种无标记、非侵入性的高通量细胞分选平台,用于筛选代谢性状 | 色素和油脂生产酵母细胞,以及基因组范围随机诱变库中的突变体 | 合成生物学 | NA | 拉曼流式细胞术,正介电泳诱导确定性横向位移 | NA | 拉曼光谱数据 | 基因组范围随机诱变库中超过10个物种的突变体 | NA | 酵母 | NA | 工业生物技术 |
| 477 | 2025-12-01 |
Microbial computing: Review and perspectives
2025-Nov-27, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108766
PMID:41317976
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综述 | 回顾微生物计算的发展历程,分析当前面临的挑战,并提出基于储层计算的新研究视角 | 提出采用自上而下的储层计算框架,利用生物系统固有的动态计算能力解决复杂任务 | 当前自下而上策略仍不足以模拟细胞信号处理系统的计算复杂性 | 探索微生物计算在生物生产、生物修复和生物医学等领域的应用潜力 | 微生物计算机和生物计算系统 | 合成生物学 | NA | NA | 数字逻辑、模拟架构、神经形态架构、储层计算 | NA | NA | CRISPR-Cas9, BioBrick, iGEM | 微生物 | 逻辑门、切换开关、振荡器、生物传感器 | 医学, 农业, 环境, 工业生物技术 |
| 478 | 2025-12-01 |
Autonomous Bioluminescence Systems: From Molecular Mechanisms to Emerging Applications
2025-Nov-24, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.5c01072
PMID:41311942
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综述 | 本文综述了自主生物发光系统的分子机制、蛋白质工程策略及其在实时无创成像中的新兴应用 | 系统比较了细菌和真菌自主生物发光系统的优劣,并提出通过AI引导诱变和代谢途径优化等策略解决现有挑战 | 细菌生物发光系统存在量子产率低的问题,真菌生物发光系统受底物可用性限制 | 评估自主生物发光系统的发展现状并展望下一代系统的设计目标 | 细菌和真菌自主生物发光系统 | 合成生物学 | NA | AI引导诱变, 蛋白质设计, 代谢途径优化 | NA | NA | NA | NA | 细菌, 真菌 | 自主生物发光系统(整合荧光素酶与完整底物生物合成途径) | 生物医学研究, 环境监测, 合成生物学 |
| 479 | 2025-12-01 |
MeJA Elicitation on Flavonoid Biosynthesis and Gene Expression in the Hairy Roots of Glycyrrhiza glabra L
2025-Nov-18, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16111387
PMID:41300839
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研究论文 | 本研究通过建立甘草毛状根培养系统,探究茉莉酸甲酯对黄酮类化合物生物合成及基因表达的影响 | 首次在甘草毛状根系统中结合代谢工程与基因工程技术,通过MeJA诱导和UGT基因过表达显著提高黄酮类化合物含量 | 研究仅针对特定黄酮类化合物,其他活性成分的变化未全面评估;功能基因研究仍需进一步验证 | 提高甘草中黄酮类活性成分的生物合成效率 | 甘草毛状根及其黄酮类化合物 | 合成生物学 | NA | 转录组分析、qRT-PCR、悬浮培养 | NA | 基因表达数据、代谢物含量数据 | 28天悬浮培养的毛状根样本 | 代谢工程、基因工程 | 甘草毛状根 | 黄酮类生物合成途径 | 医药 |
| 480 | 2025-11-30 |
From Biocontrol to Synthesis: Innovative Progress of Paenibacillus in Mechanism Analysis, Gene Editing and Platform Construction
2025-Nov-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262210886
PMID:41303372
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综述 | 本文综述了类芽孢杆菌从生物防治到合成生物学的创新进展,包括机制解析、基因编辑和平台构建 | 系统总结了类芽孢杆菌多种生物防治机制的协同作用及其对环境因素的响应,并探讨了其在合成生物学平台构建中的创新应用 | NA | 探讨类芽孢杆菌在生物防治和合成生物学领域的应用潜力与发展前景 | 类芽孢杆菌及其生物合成机制 | 合成生物学 | NA | 基因编辑、合成生物学策略 | NA | NA | NA | NA | 类芽孢杆菌 | NA | 农业,工业生物技术 |