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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2026-05-16 |
Genetically Reprogramming Crops and Rhizobacteria for Nutritional Iron Biofortification
2025-12-19, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00614
PMID:41252749
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综述 | 本文综述了利用植物和根际细菌合成生物学方法实现作物营养铁生物强化的策略 | 提出将植物-微生物-金属效应器作为基因回路设计的模块化组件,通过跨宿主途径转移和表达调控优化铁吸收 | 未涉及具体实验验证或田间试验数据,主要基于现有文献分析潜在靶点 | 探讨通过合成生物学手段提高作物铁含量的可行性及关键靶点 | 作物与根际细菌 | 合成生物学 | 贫血 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | 植物,根际细菌 | 植物-微生物-金属效应器模块化基因回路 | 农业,食品,医疗 |
| 482 | 2026-05-16 |
The Japan-UK Synthetic Biology Conference, Spring 2025: Strengthening Global Links to Engineer Biology
2025-06-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00232
PMID:40538270
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评论 | 总结2025年春季日英合成生物学会议,探讨国际合作如何推动工程生物学发展 | 强调通过跨国合作促进合成生物学从研究向可持续生物经济转型的视角 | 未深入分析具体技术瓶颈,仅概述会议讨论的挑战与趋势 | 促进合成生物学领域的全球协作,推动生物基经济转型 | 合成生物学研究者及国际合作机制 | 合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 环境, 能源, 材料, 工业生物技术 |
| 483 | 2026-05-16 |
Engineered Biomolecular Condensates Limit Tobacco Mosaic Virus Accumulation and Symptom Development
2025-06, Molecular plant pathology
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/mpp.70113
PMID:40544335
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研究论文 | 本文通过工程化生物分子凝聚体限制烟草花叶病毒积累和症状发展 | 首次利用液-液相分离形成的工程化人工凝聚体作为靶向抗病毒策略,限制植物病毒积累 | NA | 开发工程化生物分子凝聚体以减轻植物病毒积累和疾病严重程度 | 烟草花叶病毒(TMV)和本氏烟草 | 合成生物学 | 植物病毒病 | 液-液相分离(LLPS) | NA | 生物分子数据 | NA | MS2噬菌体发夹、MS2外壳蛋白(MCP) | 本氏烟草 | 人工生物分子凝聚体(基于TDP-43的凝聚体) | 农业 |
| 484 | 2026-05-16 |
p-Hydroxycinnamic Acids: Advancements in Synthetic Biology, Emerging Regulatory Targets in Gut Microbiota Interactions, and Implications for Animal Health
2025-04, The Journal of nutrition
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.tjnut.2025.01.034
PMID:39900184
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综述 | 本文综述了对羟基肉桂酸在合成生物学中的进展、与肠道微生物群的相互作用及其对动物健康的影响 | 强调了对羟基肉桂酸与肠道微生物群相互作用的复杂机制,并探讨了合成生物学的最新进展 | NA | 阐明对羟基肉桂酸的生物活性及其对动物健康的影响机制 | 对羟基肉桂酸、肠道微生物群、动物健康 | NA | NA | 合成生物学技术 | NA | NA | NA | NA | 植物资源 | NA | 食品、动物饲料 |
| 485 | 2026-05-16 |
Microdroplet Operations in Polymeric Microtubes
2021-02-02, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c04360
PMID:33449620
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研究论文 | 展示如何利用简单、廉价的聚合物微管模块实现微滴捕获、合并、稀释和分割等操作 | 提出了一种低成本、无需专业微加工设备的聚合物微管模块方法,通过创建角度管接口实现多种微滴操作 | NA | 开发一种替代昂贵微加工方法的微滴微流控技术方案 | 聚合物微管模块中水包油微滴的操作行为 | 微流控技术 | NA | 微滴微流控 | NA | 实验数据 | NA | NA | NA | NA | 化学分析、生物学、合成生物学 |
| 486 | 2026-05-15 |
Structure-function relationships and industrial integration of extremophilic xylanases for sustainable xylo-oligosaccharide production
2026-Aug, Bioresource technology
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.biortech.2026.134751
PMID:42067162
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综述 | 系统总结了利用蛋白质工程和合成生物学策略工程化改造极端微生物木聚糖酶,以实现从木质纤维素生物质中可持续生产低聚木糖的研究进展 | 全面分析了极端微生物木聚糖酶在不同严苛条件下的结构适应性(如离子对网络、疏水核心和表面静电)及其在工业整合中的技术经济与生命周期评估 | 未来仍需进一步努力增强极端微生物木聚糖酶的商业化应用以实现可持续生物加工 | 探索极端微生物木聚糖酶的结构功能关系及其工业整合,以实现可持续的低聚木糖生产 | 极端微生物木聚糖酶(来源于嗜热、嗜盐、嗜酸/嗜碱微生物)及其在低聚木糖生产中的应用 | NA | NA | 蛋白质工程、合成生物学 | NA | NA | NA | 蛋白质工程, 合成生物学 | 嗜热微生物, 嗜盐微生物, 嗜酸/嗜碱微生物 | NA | 工业生物技术, 环境 |
| 487 | 2026-05-15 |
Base modifications shift tertiary structure and activity in synthetic RNA origami and a natural ribozyme
2026-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-72891-x
PMID:42128887
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研究论文 | 研究碱基修饰对合成RNA折纸纳米结构和天然四膜虫核酶的三级结构折叠及功能的影响 | 首次揭示5-甲基胞嘧啶和N1-甲基假尿苷等碱基修饰通过影响碱基堆积能量而非碱基配对,改变RNA折叠景观和结构-功能关系,对合成生物学和治疗用RNA设计具有指导意义 | 未探讨其他碱基修饰类型或更高阶结构对RNA折叠的影响,且实验温度依赖性机制尚需进一步验证 | 阐明碱基修饰对RNA三级结构折叠和功能的影响机制 | 合成RNA折纸纳米结构和天然四膜虫核酶 | 合成生物学,结构生物学 | NA | 低温电子显微镜(cryo-EM),荧光共振能量转移(FRET),生化分析 | NA | 图像,荧光数据,生化数据 | NA | NA | NA | NA | 医学,合成生物学 |
| 488 | 2026-05-15 |
Recombinant Protein Drugs: A 2025 Update
2026-May-13, BioDrugs : clinical immunotherapeutics, biopharmaceuticals and gene therapy
IF:5.4Q1
DOI:10.1007/s40259-026-00783-z
PMID:42129013
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综述 | 本文对2025年重组蛋白药物领域进行综述,整合了生产平台、蛋白质工程和监管科学的进展 | 强调蛋白质从替代疗法向多功能治疗平台的转变,涵盖下一代蛋白格式如双特异性抗体、纳米抗体和自组装生物材料 | 未提及具体临床失败案例或新兴技术的潜在风险 | 更新重组蛋白药物的现状,并概述塑造下一代生物制剂的技术 | 重组蛋白药物及其生产平台、工程策略和监管框架 | 机器学习 | 肿瘤、炎症、代谢性疾病 | 重组蛋白生产 | NA | 文本 | NA | NA | 微生物菌株、哺乳动物细胞、植物平台 | 双特异性抗体、纳米抗体、融合蛋白、自组装生物材料 | 医学 |
| 489 | 2026-05-15 |
Reset-free DNA logic circuits for real-time input processing and memory
2026-Apr-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aeb1699
PMID:41921006
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研究论文 | 提出一种基于立足点介导链反应的无复位DNA逻辑电路,用于实时输入处理和记忆存储 | 首次实现无需复位操作的DNA逻辑电路,通过连续可逆链迁移机制支持实时数据处理和记忆功能,并基于DNA折纸平台构建多种组合逻辑门和记忆元件 | NA | 开发无复位DNA逻辑电路,实现实时输入处理和记忆功能 | DNA逻辑电路元件(逻辑门、触发器、寄存器) | 合成生物学 | NA | 立足点介导链反应(TCR)、DNA折纸 | NA | NA | NA | NA | NA | 组合逻辑门(AND、OR)、置位复位触发器、数据锁存器、级联寄存器 | 生物传感、诊断、合成生物学 |
| 490 | 2026-05-15 |
Functional organization and regulatory logic of the ped gene cluster in Pseudomonas species
2026-03-18, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00046-26
PMID:41705821
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综述 | 综述了假单胞菌属中ped基因簇的功能组织与调控逻辑 | 首次系统整合假单胞菌属中ped基因簇的遗传组织、酶学功能和多层调控机制,并比较了不同物种间的进化保守性与适应性差异 | 未涉及实验验证,主要基于现有文献的总结与分析 | 建立ped基因簇作为模块化平台在应用微生物学中的参考框架 | 假单胞菌属中的ped基因簇及其编码的PQQ依赖性脱氢酶 | 合成生物学, 环境微生物学 | NA | 比较基因组学, 信号转导网络分析 | NA | 基因序列, 调控元件 | NA | NA | 假单胞菌属(KT2440和PAO1) | 基于PQQ依赖性脱氢酶的氧化途径,包含调节组件(如Fe依赖的YiaY脱氢酶和PP_2683组氨酸激酶) | 合成生物学, 环境修复, 生物生产 |
| 491 | 2026-05-15 |
Expanding the genetic code: phage-driven evolution of pyrrolysyl-synthetase for site-specific incorporation of synthetic phenylalanine and tyrosine derivatives
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1737987
PMID:41924351
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研究论文 | 本研究利用噬菌体辅助非连续进化技术对吡咯赖氨酰-tRNA合成酶进行定向进化,以增强其对苯丙氨酸和酪氨酸衍生物等非经典氨基酸的识别与掺入能力 | 首次将噬菌体辅助非连续进化应用于PylRS工程化,高效获得了底物特异性显著增强的突变体,并揭示了底物结合口袋的关键突变区域 | 未对进化后变体的体内蛋白质表达效率进行全面评估,也未探讨其在复杂细胞环境中的长期稳定性 | 拓展PylRS底物谱,实现酪氨酸和苯丙氨酸衍生物在蛋白质中的位点特异性掺入 | 来源于Methanosarcina mazei的吡咯赖氨酰-tRNA合成酶及其突变体 | 合成生物学 | NA | 噬菌体辅助非连续进化, 荧光掺入检测, 质谱分析 | NA | 测序数据, 荧光定量数据 | 未明确样品数量,涉及PylRS突变文库及多个进化变体 | PANCE | 噬菌体 | NA | 合成生物学 |
| 492 | 2026-05-15 |
Delivery of Encapsulated Intelligent Engineered Probiotic for Inflammatory Bowel Disease Therapy
2025-01, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403704
PMID:39629555
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研究论文 | 开发了一种黏液包封微球凝胶递送系统,用于封装基因工程益生菌,实现对炎症性肠病的诊断和治疗 | 设计了外部黏膜涂层(透明质酸和表没食子儿茶素没食子酸酯)与内部高生物相容性聚丝氨酸改性藻酸盐微球结合的双层递送系统,有效保护工程菌免受胃部恶劣环境影响并延长肠道定殖时间至24小时 | 实验仅基于炎症性肠病模型,未提及在人类患者中的验证结果 | 解决工程菌递送至病变部位并实现持续定殖的挑战,推动活体生物治疗产品的临床转化 | 基因工程益生菌(用于检测和治疗肠炎) | 合成生物学, 生物医学工程 | 炎症性肠病 | 合成生物学, 微球凝胶封装 | NA | 体内动物模型数据 | NA | 基因工程 | 益生菌(具体种类未说明) | 生物标志物检测与Avcystatin释放回路 | 医学 |
| 493 | 2026-05-15 |
Revolutionizing structural biology: AI-driven protein structure prediction from AlphaFold to next-generation innovations
2025, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.04.002
PMID:40973394
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综述 | 探讨从AlphaFold到下一代创新中人工智能驱动的蛋白质结构预测如何革命化结构生物学 | 系统回顾蛋白质结构预测从传统方法到AlphaFold及后续模型(如RoseTTAFold和OmegaFold)的演变,并重点分析AlphaFold的设计、方法论和性能,同时指出其局限性及未来方向 | 模型在预测蛋白质复合体和动态变化方面存在不足,且对计算资源要求较高 | 综述人工智能在蛋白质结构预测中的进展与应用,并展望未来发展方向 | 蛋白质结构预测方法及其在生物医学中的应用 | 机器学习, 结构生物学 | NA | AlphaFold, RoseTTAFold, OmegaFold, 同源建模, 从头预测 | 人工智能模型(如AlphaFold) | 蛋白质序列与结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 药物发现 |
| 494 | 2026-05-12 |
Epigenome regulators imbue a single eukaryotic promoter with diverse gene expression dynamics
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115805
PMID:42111206
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研究论文 | 通过筛选80种染色质相关蛋白,研究单个真核启动子如何产生多样的基因表达动态 | 首次揭示单个基因可驱动丰富多样的动态表达谱,并建立了三状态启动子动力学模型 | 研究仅在酵母中进行,可能无法直接推广到其他真核生物 | 探索单个真核启动子产生多样基因表达动态的机制 | 酿酒酵母中的染色质相关蛋白 | 机器学习 | NA | 活细胞显微成像 | 动力学模型 | 图像, 时间序列数据 | 80种染色质相关蛋白在单细胞水平进行分析 | NA | 酿酒酵母 | NA | 合成生物学 |
| 495 | 2026-05-12 |
Synthesis of Amines for Active Pharmaceutical Ingredients Using the Whole-Cell Factory Saccharomyces Cerevisae
2026-May-14, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500898
PMID:42107106
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综述 | 该综述总结了利用全细胞工厂酿酒酵母合成活性药物成分中胺类化合物的最新进展 | 系统总结了代谢工程和基因工程策略,包括基因组编辑、基因表达优化和代谢通路平衡,以克服酶基因表达、辅因子再生和前体通道化等瓶颈 | 当前挑战包括系统生物学和合成生物学工具的整合,以实现酿酒酵母作为工业胺生产可扩展平台的目标 | 回顾酿酒酵母在胺类生物催化中的工程化策略,并展望其工业应用前景 | 酿酒酵母工程菌株及其合成的胺类、氨基醇、氨基酸和复杂生物碱化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程, 基因工程, 基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酿酒酵母 | 代谢通路 | 医药, 工业生物技术 |
| 496 | 2026-05-12 |
Degradation dynamics: an insight into microbial interactions with explosive compounds
2026-May-10, Biodegradation
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10532-026-10299-6
PMID:42107032
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综述 | 综述微生物与爆炸化合物相互作用的降解动力学 | 聚焦于生物组学和合成生物学工具(如CRISPR/Cas系统)在工程化高活性微生物菌株降解爆炸化合物中的最新进展 | NA | 概述爆炸化合物降解动力学的研究现状 | 微生物(细菌和真菌)与爆炸性化合物(如硝胺类、硝基取代芳烃、苦味酸、特屈儿、HEXYL、脂肪族、RDX等) | 环境科学 | NA | 生物组学、合成生物学 | NA | NA | NA | CRISPR/Cas系统 | 微生物(细菌和真菌) | NA | 环境 |
| 497 | 2026-05-12 |
Genome Position Does Not Impact Transgene Expression Efficiency in the Ancient Red Alga Cyanidioschyzon merolae
2026-May-08, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.05.004
PMID:42107704
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研究论文 | 本研究在古老红藻 Cyanidioschyzon merolae 中验证了基因组位置不影响转基因表达效率 | 首次在 C. merolae 中建立并验证了一组中性整合位点,证明基因组位置对转基因表达影响极小,并开发了高通量转化协议 | 未提及明显的局限性 | 系统研究基因组位置对转基因表达的影响,并为 C. merolae 开发可扩展的核基因组工程框架 | Cyanidioschyzon merolae(古老红藻) | 合成生物学 | NA | 同源重组、机器人辅助转化、生物信息学分析、气相色谱分析 | NA | 基因表达数据、代谢产物数据 | 40个候选中性位点(分布于16条染色体),其中38个通过转化验证 | 同源重组 | Cyanidioschyzon merolae | 异源异戊二烯合酶表达通路 | 工业生物技术 |
| 498 | 2026-05-12 |
Advances in anthocyanins: Chemical foundations, synthetic biology, molecular mechanisms, physicochemical properties, and applications in the food industry
2026-May, Food chemistry: X
DOI:10.1016/j.fochx.2026.103938
PMID:42111325
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综述 | 综述花青素从化学合成到食品工业应用的最新进展,重点关注结构修饰、生物合成机制和食品化学挑战 | 整合了化学、合成生物学、机制研究和应用领域知识,强调AI辅助设计和高通量工程在解决生产效率和稳定性瓶颈中的作用 | 研究在化学、合成、机制和应用领域仍然分散,阻碍了功能性食品、智能材料和个性化健康的整合发展 | 总结花青素化学、生物合成、健康机制和工业应用,特别关注食品相关限制如pH驱动降解、抗坏血酸诱导氧化还原反应和蛋白质-多酚相互作用 | 花青素的结构工程、合成生物学生产和食品配方挑战 | 数字病理学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 499 | 2026-05-12 |
Leveraging pre-trained AI models for robust promoter sequence design in synthetic biology
2026-Apr-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240033
PMID:42109830
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研究论文 | 利用预训练AI模型实现合成生物学中稳健启动子序列的设计 | 首次将预训练模型概念应用于启动子序列分析,通过创新的预训练与微调范式,结合基础突变模型,实现高效筛选高表达且抗突变的启动子 | 依赖预训练模型(如DNABERT)的性能,可能受限于训练数据质量和模型泛化能力 | 探索预训练AI模型在合成生物学启动子设计中的应用,减少对传统实验方法的依赖 | 酵母启动子序列及其表达水平 | 机器学习 | NA | DNABERT预训练模型,基础突变模拟 | DNABERT, Pymaker | 序列数据 | 多种数据集规模下的启动子样本 | NA | 酿酒酵母 | NA | 生物制药 |
| 500 | 2026-05-12 |
Rhodo-Box: A Synthetic Biology Toolbox to Facilitate Metabolic Engineering of Rhodobacter sphaeroides
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00808
PMID:41832780
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研究论文 | 介绍了一种针对荚膜红细菌的合成生物学工具箱Rhodo-Box,旨在促进其代谢工程改造 | 通过适应和扩展Zymo-Parts模块化克隆框架,开发了首个针对荚膜红细菌的标准化基因元件工具集,包括多种复制起点、启动子、诱导系统、核糖体结合位点和转录终止子,并引入了半自动化的克隆方法 | 未对工具在复杂代谢途径中的应用效果进行验证,也未评估长期稳定性 | 开发标准化遗传工具以推进荚膜红细菌在可持续生物制造中的应用 | 荚膜红细菌及其遗传元件 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆框架、半自动化克隆方法 | NA | NA | NA | Zymo-Parts模块化克隆框架 | 荚膜红细菌 | 基因表达调控线路(启动子、RBS、终止子等) | 工业生物技术 |