合成生物学相关文章
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当前共找到 4570 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-01-20 |
Editorial: Synthetic biology approaches for biocatalytic production of value-added chemicals
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1755163
PMID:41550373
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 522 | 2026-01-19 |
Arabinose-Inducible Univariant Control System (AUCS) for Microbial Production of Proteins, Enzymes, and Metabolites
2026-Jan-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00602
PMID:41423945
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研究论文 | 本文介绍了一种阿拉伯糖诱导的单变量控制系统（AUCS），用于微生物生产蛋白质、酶和代谢物，旨在克服现有诱导系统的局限性 | AUCS通过组成型表达阿拉伯糖转运蛋白AraE消除了碳分解代谢物阻遏，并最小化诱导异质性，仅需3 μM l-阿拉伯糖即可实现最大蛋白质输出，显著降低诱导剂成本和环境足迹 | NA | 开发一种稳健、紧密调控且低成本的表达平台，以优化微生物生产中的基因表达控制 | 微生物生产系统，包括蛋白质（如卵清蛋白）、酶（如萜烯合酶、类胡萝卜素裂解双加氧酶）和次级代谢物（如芳樟醇、橙花叔醇和香紫苏醇） | 合成生物学 | NA | 基因表达调控、启动子库定制 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, Gibson Assembly | 大肠杆菌 | 单变量控制系统，包括阿拉伯糖诱导的启动子和阿拉伯糖转运蛋白AraE的组成型表达，用于精确调控多酶操纵子和复杂生物合成途径 | 工业生物技术, 医药 |
| 523 | 2026-01-19 |
Phage-mediated delivery of CRISPR payloads
2026-Jan-16, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102704
PMID:41547318
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综述 | 本文综述了利用噬菌体递送CRISPR-Cas效应器的最新进展，旨在通过原位基因编辑工程化微生物群落 | 结合噬菌体工程策略、合成生物学技术和计算工具，实现CRISPR-Cas系统在宿主环境中的精准递送和基因组编辑 | 在系统发育广度部署方面仍面临挑战 | 开发技术以操纵和工程化微生物群落，实现其功能的理性调控 | 微生物群落及其功能角色 | 合成生物学 | NA | CRISPR-Cas系统、噬菌体工程、合成生物学技术、计算工具 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas | 微生物群落（未指定具体宿主） | NA | 医学, 食品, 农业 |
| 524 | 2026-01-19 |
SynVectorDB: embedding-based retrieval system for synthetic biology parts
2026-Jan-15, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baaf088
PMID:41537189
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研究论文 | 本文介绍了SynVectorDB，一个基于嵌入的合成生物学元件检索系统，旨在解决现有数据库数据组织不一致和语义搜索能力有限的问题 | 开发了基于BGE-M3多语言嵌入的可扩展向量数据库架构，实现了语义相似性匹配；提出了新颖的三级层次分类系统；建立了标准化的数据整理工作流程 | NA | 改进合成生物学元件的发现和组织方式，提高检索效率和准确性 | 合成生物学元件（生物部件） | 生物信息学 | NA | 嵌入技术，语义相似性匹配 | BGE-M3嵌入模型 | 文本数据，元数据 | 19,850个生物部件（来自Addgene、iGEM注册库和实验室收集），其中7,656个通过文献验证获得验证状态 | iGEM | NA | NA | 工业生物技术 |
| 525 | 2026-01-19 |
MGTbind: a comprehensive database of molecular glue ternary interactome
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1075
PMID:41160881
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研究论文 | 本文介绍了一个名为MGTbind的综合性数据库，该数据库专门收集分子胶参与的三元相互作用组数据 | 开发了首个全面整合分子胶三元相互作用组结构数据和实验数据的数据库，并集成了AlphaFold 3预测的结构信息 | 数据库依赖现有实验数据和预测模型，可能无法覆盖所有未知的分子胶相互作用 | 为分子胶的理性设计提供数据资源支持 | 分子胶及其参与的三元蛋白质相互作用 | 生物信息学 | NA | 数据库构建、AlphaFold 3结构预测 | NA | 化学结构数据、蛋白质相互作用数据、生物活性测量数据 | 3093个经人工整理的分子胶，3924个三元相互作用 | NA | NA | NA | 药物发现、合成生物学 |
| 526 | 2026-01-19 |
GotEnzymes2: expanding coverage of enzyme kinetics and thermal properties
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1053
PMID:41171142
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研究论文 | 本文介绍了GotEnzymes2数据库，这是一个大幅扩展的酶动力学和热性质资源库 | 相比第一版，GotEnzymes2首次整合了催化参数和热参数，实现了kcat、Km、kcat/Km、最适温度和熔解温度的联合预测，创建了迄今最全面的酶动力学和稳定性参数数据库 | NA | 解决酶动力学实验测量参数稀缺的问题，为数据驱动的酶发现、设计和工程提供资源 | 酶动力学参数和热性质参数 | 系统生物学 | NA | 酶动力学参数预测模型 | NA | 酶催化参数和热参数数据库 | 覆盖10,765个物种、730万种酶、5,960万条独特条目 | NA | NA | NA | 代谢工程,合成生物学 |
| 527 | 2026-01-19 |
Open Enzyme Database: a community-wide repository for sharing enzyme data
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1082
PMID:41188073
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研究论文 | 本研究开发了一个名为开放酶数据库（OED）的社区共享平台，用于整合和共享酶相关数据 | 构建了一个集成了酶动力学参数、结构数据、反应信息和功能注释的综合性数据库，并整合了AI预测工具和化学信息学算法 | NA | 解决现有酶数据库更新不及时、缺乏标准化和机器学习支持不足的问题 | 酶及其相关数据 | 生物信息学 | NA | 数据库构建、人工智能、化学信息学 | AI预测模型 | 酶动力学参数、结构数据、反应数据、实验条件、功能注释 | NA | NA | NA | NA | 生物催化、系统生物学、合成生物学、酶工程、人工智能 |
| 528 | 2026-01-19 |
TEDD: a comprehensive database for translation efficiency dynamics
2026-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1125
PMID:41217970
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研究论文 | 介绍了一个名为TEDD的综合性数据库，用于探索人类翻译效率（TE）、起始效率（TR）和延伸速度（EVI）的动态变化，重点关注5'/3' UTR的调控特征 | 首次系统性地整合了基因和转录本水平的翻译效率、起始效率和延伸速度数据，并关联了详细的UTR注释，为翻译调控研究提供了多维度的在线比较平台 | 数据库目前仅涵盖人类数据，且样本来源（24种组织/细胞类型、74种细胞系、52种条件）虽广泛但仍有扩展空间 | 构建一个全面的翻译效率动态数据库，以支持翻译调控机制研究和相关生物技术应用 | 人类的翻译效率、起始效率、延伸速度及UTR调控特征 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, Ribo-seq, RNC-seq | NA | 高通量测序数据 | 1518个RNA-seq、Ribo-seq和RNC-seq样本，来自143个人类项目（279个数据集） | NA | NA | NA | mRNA疫苗设计、合成生物学、基因治疗、酶工程 |
| 529 | 2026-01-19 |
An enzyme-based approach for highly efficient self-replication of DNA origami dimers
2025-Jul-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2500160122
PMID:40674426
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研究论文 | 本文介绍了一种基于酶的高效自复制DNA折纸二聚体系统，用于研究达尔文进化并应用于纳米技术 | 使用热稳定T4 DNA连接酶替代化学光交联步骤，实现更快的循环时间和高达200万倍的扩增效率，并引入竞争机制以模拟达尔文式进化 | 未明确提及系统在复杂生物环境中的稳定性或长期演化潜力 | 研究人工自复制系统的竞争与灭绝机制，并探索其在生物相容性应用中的潜力 | DNA折纸二聚体自复制系统 | 合成生物学 | NA | 酶促连接（使用T4 DNA连接酶），DNA折纸技术 | NA | NA | NA | NA | NA | 自复制DNA折纸二聚体系统，可结合其他酶如RNA聚合酶实现反馈调节 | 合成生物学，智能材料 |
| 530 | 2026-01-18 |
Reprogramming AraC-type transcriptional factor to respond to new ligands 1,3-propanediol and 1,4-butanediol via directed evolution
2026-Mar-15, Biosensors & bioelectronics
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.bios.2025.118359
PMID:41485247
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研究论文 | 本研究通过定向进化改造AraC家族转录因子PocR，使其能够响应新配体1,3-丙二醇和1,4-丁二醇，并开发了基于生长偶联筛选和流式细胞分选的高通量生物传感器筛选平台 | 开发了结合生长偶联筛选与流式细胞分选的生物传感器筛选平台，并通过定向进化成功重编程了AraC家族转录因子的配体特异性，实现了对非天然二醇类化合物的响应 | NA | 开发可响应新配体的生物传感器，用于代谢工程和高产菌株筛选 | 肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）中的AraC家族转录调控因子PocR | 合成生物学 | NA | 定向进化、结构分析、动力学引导的半理性设计、非理性方法、流式细胞分选、微流控共培养系统 | NA | NA | 160万个微滴 | 定向进化 | 肺炎克雷伯菌 | 二醇类生物传感器 | 工业生物技术 |
| 531 | 2026-01-18 |
Bidirectional regulation strategies of food microorganisms based on mechanistic insights into temperature, osmotic, and acid stresses
2026-Feb-28, Food research international (Ottawa, Ont.)
DOI:10.1016/j.foodres.2025.118045
PMID:41539747
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综述 | 本文系统总结了食品微生物对温度、渗透压和酸胁迫的适应机制，并提出了基于这些机制的双向调控策略，以强化有益微生物并抑制有害微生物 | 提出了一个整合生理分子机制与多组学、系统生物学、人工智能及合成生物学见解的“双向调控”策略框架，用于协同优化食品安全与品质 | NA | 为食品微生物的定向管理提供系统框架和技术路径，以协同优化食品安全与品质 | 食品中的有益微生物和有害微生物 | NA | NA | 多组学、系统生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 532 | 2026-01-18 |
Resource Competition and Growth Dilution Modulate Synthetic Gene Cascade Dynamics
2026-Jan-16, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00606
PMID:41457566
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研究论文 | 本文通过构建和表征抑制性基因级联库，揭示了资源竞争和生长稀释对合成基因电路动力学的关键影响 | 发现下游模块表达增强会通过竞争共享细胞资源意外降低上游调控模块的表达，揭示了资源限制可将单向抑制级联转化为意外反馈回路 | NA | 研究合成基因电路的稳健性和可预测性设计 | 抑制性基因级联库（含不同启动子强度、RBS强度和质粒骨架） | 合成生物学 | NA | 基因电路构建与表征 | NA | 基因表达数据 | NA | 质粒构建 | NA | 抑制性基因级联 | 工业生物技术 |
| 533 | 2026-01-18 |
Synergistic regulatory mechanisms in glycolysis revealed by pathway transplantation
2026-Jan-14, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00219-25
PMID:41532746
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研究论文 | 本研究通过移植糖酵解途径，揭示了多个变构蛋白之间的协同调控机制及其在动态环境中对细胞存活的影响 | 首次通过完整途径互补和单基因互补实验，识别了糖酵解中的关键调控步骤（葡萄糖激酶、磷酸果糖激酶和丙酮酸激酶），并展示了变构调控在防止糖酵解失衡中的协同作用 | 实验主要基于模式真核生物酿酒酵母，结果可能不直接适用于其他生物体 | 探究糖酵解途径中多个变构调控步骤如何相互作用以调节代谢 | 糖酵解途径（Embden-Meyerhof-Parnas途径）及其变构蛋白 | 系统生物学 | NA | 途径移植、动力学建模、微流控实验 | NA | 实验数据 | NA | 合成生物学方法 | 酿酒酵母 | 糖酵解代谢途径 | 工业生物技术 |
| 534 | 2026-01-17 |
Screening and machine learning-based prediction of translation-enhancing peptides that reduce ribosomal stalling in Escherichia coli
2026-Jan-14, RSC chemical biology
IF:4.2Q2
DOI:10.1039/d5cb00199d
PMID:41142649
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研究论文 | 本研究通过筛选随机人工四肽库，鉴定出能减少大肠杆菌中SecM停滞肽诱导的翻译停滞的翻译增强肽，并开发了基于随机森林算法的机器学习模型来预测其活性 | 首次系统性筛选翻译增强肽，并利用机器学习模型预测其活性，为合成生物学提供了紧凑的肽工具包和数据驱动方法 | 研究主要针对SecM停滞肽，对其他停滞肽的适用性未充分验证，且实验基于大肠杆菌系统，在其他生物中的效果未知 | 开发翻译增强肽以减轻停滞肽诱导的核糖体停滞，并建立预测模型 | 随机人工四肽库和SecM停滞肽在大肠杆菌中的翻译停滞现象 | 合成生物学 | NA | 随机肽库筛选、翻译分析、机器学习 | 随机森林 | 肽序列数据和翻译活性测量数据 | 随机人工四肽库中的多个肽样本 | NA | 大肠杆菌 | NA | 合成生物学 |
| 535 | 2026-01-17 |
Advances in Machine Learning Models for Predicting Enzyme Kinetic Parameters
2026-Jan-12, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.5c02428
PMID:41406463
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综述 | 本文综述了机器学习模型在预测酶动力学参数方面的最新进展，包括全局和局部模型的应用 | 通过机器学习模型替代传统实验和计算方法，提高酶动力学参数预测的效率和准确性，并应用于酶工程和代谢建模 | 数据稀缺是主要限制，但可通过高通量数据生成和半监督学习等新兴机会来克服 | 利用机器学习提升酶动力学参数预测的性能、鲁棒性和范围，以准确注释蛋白质序列的目标功能 | 酶动力学参数（如Km、Vmax、kcat/Km） | 机器学习 | NA | 机器学习 | NA | 蛋白质序列数据 | NA | NA | NA | NA | 工业生物技术 |
| 536 | 2026-01-17 |
Oral live microbial therapeutics: A synthetic biology roadmap toward durable oral microbiome-based therapies
2026-Jan-09, Archives of oral biology
IF:2.2Q2
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综述 | 本文是一篇关于口服活微生物疗法（LMTs）的叙述性综述，旨在通过整合临床证据和工程学原理，为开发持久有效的口腔微生物疗法提供合成生物学路线图 | 将合成生物学工程工具（如粘附载体、多层生物防护和逻辑门控/CRISPR杀灭开关）系统性地应用于口腔LMTs的开发，并提出了一个包含定植曲线下面积、表观半衰期等指标的位点解析测量框架，以量化微生物在口腔内的持久性 | 这是一篇叙述性综述，而非原始研究，其结论基于现有文献的综合分析，可能受到已发表研究偏倚和异质性的限制；此外，文中提出的工程策略大多处于概念或早期开发阶段，尚未经过大规模临床验证 | 为开发持久、安全的口服活微生物疗法提供合成生物学指导框架，并推动临床转化 | 口服活微生物疗法（LMTs）及其在口腔疾病（如口臭、龋齿、牙周病）中的应用 | 合成生物学 | 口腔疾病（包括口臭、龋齿、牙周病） | NA | NA | NA | NA | CRISPR, 逻辑门控杀灭开关, 合成营养缺陷型设计 | NA | 逻辑门控杀灭开关, 合成营养缺陷型设计, 多层生物防护系统 | 医学 |
| 537 | 2026-01-17 |
Rewiring central metabolism in Komagataella phaffii for efficient mannose synthesis
2025-Dec-09, Microbial cell factories
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12934-025-02886-8
PMID:41366679
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研究论文 | 本研究通过代谢工程改造Komagataella phaffii酵母，优化其中心代谢途径，实现了高效甘露糖合成 | 采用双碳源系统（甘油用于生物质生成，葡萄糖用于甘露糖合成），通过敲除和下调关键基因（如pfk2、pfk1、zwf1）来重定向碳通量，并过表达大肠杆菌来源的磷酸酶基因yniC以促进甘露糖生物合成，最终在发酵中达到约121.1 g/L的甘露糖产量，创下微生物发酵的最高纪录 | NA | 通过代谢工程改造Komagataella phaffii酵母，实现高效甘露糖生产 | Komagataella phaffii酵母及其甘露糖生物合成途径 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、基因敲除、基因下调、过表达、高细胞密度补料分批发酵 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9 | Komagataella phaffii | 甘露糖生物合成途径的重构，包括碳通量重定向至果糖-6-磷酸积累、抑制副产物生成 | 工业生物技术 |
| 538 | 2026-01-17 |
[A review of security, safety, and duality issues in the field of biology]
2025-Nov-18, Comptes rendus biologies
IF:0.7Q4
DOI:10.5802/crbiol.188
PMID:41251134
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综述 | 本文综述了生物学领域中的安全、安保及双重用途问题，并评估了法国为限制这些风险所采取的措施 | 在当前生物研究繁荣和地缘政治不稳定的背景下，系统性地审视了生物风险，特别是结合合成生物学和测序技术发展带来的新挑战 | NA | 评估生物学研究中可接受的风险，平衡研究对健康、环境和生活质量的重要性与安全、安保及双重用途问题的考量 | 生物学研究中的安全、安保及双重用途问题，以及法国的风险管理措施 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 539 | 2026-01-17 |
Active learning of enhancers and silencers in the developing neural retina
2025-Jan-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.12.004
PMID:39778579
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研究论文 | 本文开发了一种主动学习方法，用于训练能够区分由光感受器转录因子CRX结合位点组成的增强子和沉默子的模型 | 结合合成生物学和不确定性采样，通过多轮大规模平行报告基因检测迭代训练模型，解决了传统模型无法解释同一转录因子在不同背景下激活或抑制转录的问题 | NA | 开发能够区分具有相同序列但相反功能的CRX结合位点的调控DNA模型 | 光感受器转录因子CRX的结合位点 | 机器学习 | NA | 大规模平行报告基因检测 | 深度学习模型 | 基因组序列 | 基因组中几乎所有结合的CRX位点 | 合成生物学 | NA | NA | NA |
| 540 | 2026-01-17 |
Harnessing microbes to pioneer environmental biophotoelectrochemistry
2024-12, Trends in biotechnology
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.tibtech.2024.07.005
PMID:39095256
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综述 | 本文综述了微生物生物光电化学系统在环境可持续性策略中的应用，强调其从传统生物能源系统向高级应用的转变 | 强调了从传统生物能源系统向复杂BPEC应用的转变，利用太阳能进行生化转化，并整合系统设计与合成生物学以扩展环境清洁和能源生成潜力 | NA | 探索微生物生物光电化学系统在环境可持续策略中的应用，包括碳氮固定、污染物降解和废水能源回收 | 微生物生物光电化学系统及其在环境修复和能源生成中的应用 | NA | NA | 微生物生物光电化学 | NA | NA | NA | 合成生物学 | 微生物 | NA | 环境, 能源 |