合成生物学相关文章
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当前共找到 5124 篇文献，本页显示第 541 - 560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 工程工具 | 宿主生物 | 回路设计 | 应用领域 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 541 | 2026-05-15 |
Reset-free DNA logic circuits for real-time input processing and memory
2026-Apr-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aeb1699
PMID:41921006
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研究论文 | 提出一种基于立足点介导链反应的无复位DNA逻辑电路，用于实时输入处理和记忆存储 | 首次实现无需复位操作的DNA逻辑电路，通过连续可逆链迁移机制支持实时数据处理和记忆功能，并基于DNA折纸平台构建多种组合逻辑门和记忆元件 | NA | 开发无复位DNA逻辑电路，实现实时输入处理和记忆功能 | DNA逻辑电路元件（逻辑门、触发器、寄存器） | 合成生物学 | NA | 立足点介导链反应（TCR）、DNA折纸 | NA | NA | NA | NA | NA | 组合逻辑门（AND、OR）、置位复位触发器、数据锁存器、级联寄存器 | 生物传感、诊断、合成生物学 |
| 542 | 2026-05-15 |
Functional organization and regulatory logic of the ped gene cluster in Pseudomonas species
2026-03-18, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.00046-26
PMID:41705821
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综述 | 综述了假单胞菌属中ped基因簇的功能组织与调控逻辑 | 首次系统整合假单胞菌属中ped基因簇的遗传组织、酶学功能和多层调控机制，并比较了不同物种间的进化保守性与适应性差异 | 未涉及实验验证，主要基于现有文献的总结与分析 | 建立ped基因簇作为模块化平台在应用微生物学中的参考框架 | 假单胞菌属中的ped基因簇及其编码的PQQ依赖性脱氢酶 | 合成生物学, 环境微生物学 | NA | 比较基因组学, 信号转导网络分析 | NA | 基因序列, 调控元件 | NA | NA | 假单胞菌属（KT2440和PAO1） | 基于PQQ依赖性脱氢酶的氧化途径，包含调节组件（如Fe依赖的YiaY脱氢酶和PP_2683组氨酸激酶） | 合成生物学, 环境修复, 生物生产 |
| 543 | 2026-05-15 |
Expanding the genetic code: phage-driven evolution of pyrrolysyl-synthetase for site-specific incorporation of synthetic phenylalanine and tyrosine derivatives
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1737987
PMID:41924351
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研究论文 | 本研究利用噬菌体辅助非连续进化技术对吡咯赖氨酰-tRNA合成酶进行定向进化，以增强其对苯丙氨酸和酪氨酸衍生物等非经典氨基酸的识别与掺入能力 | 首次将噬菌体辅助非连续进化应用于PylRS工程化，高效获得了底物特异性显著增强的突变体，并揭示了底物结合口袋的关键突变区域 | 未对进化后变体的体内蛋白质表达效率进行全面评估，也未探讨其在复杂细胞环境中的长期稳定性 | 拓展PylRS底物谱，实现酪氨酸和苯丙氨酸衍生物在蛋白质中的位点特异性掺入 | 来源于Methanosarcina mazei的吡咯赖氨酰-tRNA合成酶及其突变体 | 合成生物学 | NA | 噬菌体辅助非连续进化, 荧光掺入检测, 质谱分析 | NA | 测序数据, 荧光定量数据 | 未明确样品数量，涉及PylRS突变文库及多个进化变体 | PANCE | 噬菌体 | NA | 合成生物学 |
| 544 | 2026-05-15 |
Delivery of Encapsulated Intelligent Engineered Probiotic for Inflammatory Bowel Disease Therapy
2025-01, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202403704
PMID:39629555
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研究论文 | 开发了一种黏液包封微球凝胶递送系统，用于封装基因工程益生菌，实现对炎症性肠病的诊断和治疗 | 设计了外部黏膜涂层（透明质酸和表没食子儿茶素没食子酸酯）与内部高生物相容性聚丝氨酸改性藻酸盐微球结合的双层递送系统，有效保护工程菌免受胃部恶劣环境影响并延长肠道定殖时间至24小时 | 实验仅基于炎症性肠病模型，未提及在人类患者中的验证结果 | 解决工程菌递送至病变部位并实现持续定殖的挑战，推动活体生物治疗产品的临床转化 | 基因工程益生菌（用于检测和治疗肠炎） | 合成生物学, 生物医学工程 | 炎症性肠病 | 合成生物学, 微球凝胶封装 | NA | 体内动物模型数据 | NA | 基因工程 | 益生菌（具体种类未说明） | 生物标志物检测与Avcystatin释放回路 | 医学 |
| 545 | 2026-05-15 |
Revolutionizing structural biology: AI-driven protein structure prediction from AlphaFold to next-generation innovations
2025, Advances in protein chemistry and structural biology
DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.04.002
PMID:40973394
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综述 | 探讨从AlphaFold到下一代创新中人工智能驱动的蛋白质结构预测如何革命化结构生物学 | 系统回顾蛋白质结构预测从传统方法到AlphaFold及后续模型（如RoseTTAFold和OmegaFold）的演变，并重点分析AlphaFold的设计、方法论和性能，同时指出其局限性及未来方向 | 模型在预测蛋白质复合体和动态变化方面存在不足，且对计算资源要求较高 | 综述人工智能在蛋白质结构预测中的进展与应用，并展望未来发展方向 | 蛋白质结构预测方法及其在生物医学中的应用 | 机器学习, 结构生物学 | NA | AlphaFold, RoseTTAFold, OmegaFold, 同源建模, 从头预测 | 人工智能模型（如AlphaFold） | 蛋白质序列与结构数据 | NA | NA | NA | NA | 医学, 合成生物学, 药物发现 |
| 546 | 2026-05-12 |
Epigenome regulators imbue a single eukaryotic promoter with diverse gene expression dynamics
2026-May-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115805
PMID:42111206
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研究论文 | 通过筛选80种染色质相关蛋白，研究单个真核启动子如何产生多样的基因表达动态 | 首次揭示单个基因可驱动丰富多样的动态表达谱，并建立了三状态启动子动力学模型 | 研究仅在酵母中进行，可能无法直接推广到其他真核生物 | 探索单个真核启动子产生多样基因表达动态的机制 | 酿酒酵母中的染色质相关蛋白 | 机器学习 | NA | 活细胞显微成像 | 动力学模型 | 图像， 时间序列数据 | 80种染色质相关蛋白在单细胞水平进行分析 | NA | 酿酒酵母 | NA | 合成生物学 |
| 547 | 2026-05-12 |
Synthesis of Amines for Active Pharmaceutical Ingredients Using the Whole-Cell Factory Saccharomyces Cerevisae
2026-May-14, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202500898
PMID:42107106
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综述 | 该综述总结了利用全细胞工厂酿酒酵母合成活性药物成分中胺类化合物的最新进展 | 系统总结了代谢工程和基因工程策略，包括基因组编辑、基因表达优化和代谢通路平衡，以克服酶基因表达、辅因子再生和前体通道化等瓶颈 | 当前挑战包括系统生物学和合成生物学工具的整合，以实现酿酒酵母作为工业胺生产可扩展平台的目标 | 回顾酿酒酵母在胺类生物催化中的工程化策略，并展望其工业应用前景 | 酿酒酵母工程菌株及其合成的胺类、氨基醇、氨基酸和复杂生物碱化合物 | 合成生物学 | NA | 代谢工程, 基因工程, 基因组编辑 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9, TALEN, ZFN, Gibson Assembly, Golden Gate Assembly | 酿酒酵母 | 代谢通路 | 医药, 工业生物技术 |
| 548 | 2026-05-12 |
Genome Position Does Not Impact Transgene Expression Efficiency in the Ancient Red Alga Cyanidioschyzon merolae
2026-May-08, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2026.05.004
PMID:42107704
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研究论文 | 本研究在古老红藻 Cyanidioschyzon merolae 中验证了基因组位置不影响转基因表达效率 | 首次在 C. merolae 中建立并验证了一组中性整合位点，证明基因组位置对转基因表达影响极小，并开发了高通量转化协议 | 未提及明显的局限性 | 系统研究基因组位置对转基因表达的影响，并为 C. merolae 开发可扩展的核基因组工程框架 | Cyanidioschyzon merolae（古老红藻） | 合成生物学 | NA | 同源重组、机器人辅助转化、生物信息学分析、气相色谱分析 | NA | 基因表达数据、代谢产物数据 | 40个候选中性位点（分布于16条染色体），其中38个通过转化验证 | 同源重组 | Cyanidioschyzon merolae | 异源异戊二烯合酶表达通路 | 工业生物技术 |
| 549 | 2026-05-12 |
Advances in anthocyanins: Chemical foundations, synthetic biology, molecular mechanisms, physicochemical properties, and applications in the food industry
2026-May, Food chemistry: X
DOI:10.1016/j.fochx.2026.103938
PMID:42111325
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综述 | 综述花青素从化学合成到食品工业应用的最新进展，重点关注结构修饰、生物合成机制和食品化学挑战 | 整合了化学、合成生物学、机制研究和应用领域知识，强调AI辅助设计和高通量工程在解决生产效率和稳定性瓶颈中的作用 | 研究在化学、合成、机制和应用领域仍然分散，阻碍了功能性食品、智能材料和个性化健康的整合发展 | 总结花青素化学、生物合成、健康机制和工业应用，特别关注食品相关限制如pH驱动降解、抗坏血酸诱导氧化还原反应和蛋白质-多酚相互作用 | 花青素的结构工程、合成生物学生产和食品配方挑战 | 数字病理学 | NA | 合成生物学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品 |
| 550 | 2026-05-12 |
Leveraging pre-trained AI models for robust promoter sequence design in synthetic biology
2026-Apr-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2025.240033
PMID:42109830
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研究论文 | 利用预训练AI模型实现合成生物学中稳健启动子序列的设计 | 首次将预训练模型概念应用于启动子序列分析，通过创新的预训练与微调范式，结合基础突变模型，实现高效筛选高表达且抗突变的启动子 | 依赖预训练模型（如DNABERT）的性能，可能受限于训练数据质量和模型泛化能力 | 探索预训练AI模型在合成生物学启动子设计中的应用，减少对传统实验方法的依赖 | 酵母启动子序列及其表达水平 | 机器学习 | NA | DNABERT预训练模型，基础突变模拟 | DNABERT, Pymaker | 序列数据 | 多种数据集规模下的启动子样本 | NA | 酿酒酵母 | NA | 生物制药 |
| 551 | 2026-05-12 |
Rhodo-Box: A Synthetic Biology Toolbox to Facilitate Metabolic Engineering of Rhodobacter sphaeroides
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00808
PMID:41832780
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研究论文 | 介绍了一种针对荚膜红细菌的合成生物学工具箱Rhodo-Box，旨在促进其代谢工程改造 | 通过适应和扩展Zymo-Parts模块化克隆框架，开发了首个针对荚膜红细菌的标准化基因元件工具集，包括多种复制起点、启动子、诱导系统、核糖体结合位点和转录终止子，并引入了半自动化的克隆方法 | 未对工具在复杂代谢途径中的应用效果进行验证，也未评估长期稳定性 | 开发标准化遗传工具以推进荚膜红细菌在可持续生物制造中的应用 | 荚膜红细菌及其遗传元件 | 合成生物学 | NA | 模块化克隆框架、半自动化克隆方法 | NA | NA | NA | Zymo-Parts模块化克隆框架 | 荚膜红细菌 | 基因表达调控线路（启动子、RBS、终止子等） | 工业生物技术 |
| 552 | 2026-05-12 |
Vacuum and Sonication Treatment Enable Efficient Transient Gene Expression in Various Monocot and Eudicot Plant Seedlings
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00855
PMID:41865287
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研究论文 | 介绍VAST（真空与超声辅助瞬时转化）方法，显著增强单子叶和双子叶植物幼苗的基因表达效率与通用性 | 通过系统优化植物生长条件并结合真空渗透和超声预处理，在减少组织损伤的同时大幅提升瞬时基因表达效率，成功转化番茄、谷子、柳枝稷、玉米和小麦等多种重要作物 | 未明确说明，但可能需进一步验证在大规模或更复杂植物体系中的适用性及长期效果 | 开发高效、通用且简单的植物瞬时转化方法，以支持功能基因组学、合成生物学和生物技术研究 | 多种单子叶与双子叶植物幼苗（如拟南芥、番茄、谷子、柳枝稷、玉米、小麦等） | 分子生物学 | NA | 真空渗透与超声处理辅助的瞬时转化 | NA | 基因表达数据 | 多种植物幼苗样本，具体数量未明确说明 | NA | 植物（番茄、谷子、柳枝稷、玉米、小麦等） | 硝酸盐响应基因表达分析（跨物种比较） | 农业、生物技术 |
| 553 | 2026-05-12 |
Vibrio natriegens, a Promising Chassis from Strain Property to Protein Expression: A Review
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00761
PMID:41886740
|
综述 | 系统介绍Vibrio natriegens的基本生物学特性及其在蛋白质表达中的应用进展 | 重点关注Vibrio natriegens在蛋白质表达中的最新研究与应用成就，弥补了以往综述中对该方面的关注不足 | 未明确提及具体限制 | 为研究人员提供使用Vibrio natriegens进行蛋白质表达的综合概述，突出其优势和应用前景，并提出挑战和未来展望 | Vibrio natriegens菌株及其工程化底盘 | 合成生物学 | NA | 蛋白质表达技术 | NA | NA | NA | NA | Vibrio natriegens | NA | 合成生物学 |
| 554 | 2026-05-12 |
Multifunctional Roles and Microbial Production Bottlenecks of Ergothioneine
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00735
PMID:41919719
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综述 | 综述麦角硫因的多功能角色及其微生物生产瓶颈 | 总结了麦角硫因生物合成和分解代谢途径中关键酶的发现与鉴定进展，以及代谢工程策略的最新成果，并介绍了化学酶促级联合成路径实现最高产量 | 未明确提及研究限制，但可能包括异源生产中的代谢负担和产量优化挑战 | 探讨麦角硫因的多功能角色及其微生物生产瓶颈 | 麦角硫因及其关键酶 | 机器学 | NA | 代谢工程 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | 食品, 化妆品, 医药 |
| 555 | 2026-05-12 |
NUPACK: Computational Nucleic Acid Analysis and Design
2026-04-17, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00817
PMID:41926704
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研究论文 | 介绍NUPACK 4软件套件，用于核酸结构、装置和系统的分析与设计 | NUPACK 4在物理模型、计算速度、可扩展性、材料混合和序列约束方面实现了全面升级 | NA | 为核酸纳米技术、分子编程、合成生物学和生命科学领域提供计算工具 | 核酸结构和装置 | 分子编程 | NA | NUPACK算法，核酸设计 | NA | NA | NA | NA | NA | 动态杂交级联反应通路，结构工程（含假结） | 合成生物学，纳米技术 |
| 556 | 2026-05-12 |
Coevolution of plant-microbe interactions, friend-foe continuum, and microbiome engineering for a sustainable future
2026-04-06, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2026.01.010
PMID:41618562
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综述 | 本文综述了植物-微生物共进化在约4.5亿年间的历程，并提出了一个基于共进化原理的工程框架，用于可持续农业发展 | 该文创新性地构建了一个基于深层时间、三支柱框架（细胞器发生、根系进化和免疫门控）的植物-微生物共进化整合框架，并提出了从共进化原则转化为功能蓝图的预测性、进化知情的策略 | NA | 将植物-微生物共进化原理转化为可持续农业的工程策略，以改善作物性能 | 植物-微生物互作关系及其共进化机制 | 机器学习,合成生物学,基因组编辑 | NA | 基因组编辑,合成生物学,AI,微生物组工程 | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9,基因组编辑工具 | 植物,微生物 | 合成微生物群落,免疫受体工程,代谢开关 | 农业,可持续农业 |
| 557 | 2026-05-12 |
Research Progress and Prospects of Open-Chain Flavonoid Biosynthesis
2026-03-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.5c00926
PMID:41810537
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综述 | 本文综述了开链黄酮类化合物的结构特征、分类、生物合成途径及催化机制，并探讨了代谢工程和微生物生产策略的研究进展与未来展望 | 系统总结了开链黄酮类化合物的生物合成逻辑、催化机制及调控特征，并强调了新兴的代谢工程和合成生物学方法在该领域的应用 | 未提及具体实验验证或定量分析结果，对开链黄酮类化合物的药理活性及应用潜力仅作简要提及 | 总结开链黄酮类化合物的生物合成研究进展，并展望其未来在代谢工程和生物技术中的应用 | 开链黄酮类化合物及其生物合成途径中的酶与调控元件 | NA | NA | 代谢组学、结构酶学、合成生物学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | 药物开发、生物技术 |
| 558 | 2026-05-12 |
CRISPR-Based Approaches to Engineer Nonmodel Bacteria for Bioproduction and Biotherapeutics
2026-01-20, Biochemistry
IF:2.9Q3
DOI:10.1021/acs.biochem.5c00613
PMID:41488985
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综述 | 总结了CRISPR-Cas工具箱及其在非模式微生物工程中的应用，重点讨论生物制造和生物治疗领域的创新 | 强调了CRISPR系统对传统难以改造的非模式微生物（如C1-气体固定醋杆菌、抗生素链霉菌和肠道共生菌）的适应性，并提出了基因组编辑、合成生物学和系统方法整合的新方向 | 讨论了当前限制，如非模式微生物中CRISPR工具效率不足、宿主依赖性问题及未来改进机会 | 综述CRISPR在非模式微生物工程中的应用，推动可持续生物制造、天然产物发现和下一代活体生物治疗的发展 | 非模式微生物，包括C1-气体固定醋杆菌、抗生素链霉菌和肠道共生菌 | 微生物工程 | NA | CRISPR-Cas | NA | NA | NA | CRISPR-Cas9，CRISPR-Cas12，CRISPR-Cas13，CRISPRi，CRISPRa | C1-气体固定醋杆菌，抗生素链霉菌，肠道共生菌 | 代谢途径工程，天然产物合成回路，活体生物治疗回路 | 生物制造，天然产物发现，生物治疗 |
| 559 | 2026-05-12 |
Living materials for gas therapy
2026-01, Advanced drug delivery reviews
IF:15.2Q1
DOI:10.1016/j.addr.2025.115738
PMID:41248756
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综述 | 综述了基于活体材料的气体疗法在肿瘤、炎症和组织再生中的最新进展 | 提出了利用活体材料的生物活性（如疾病趋向性、免疫调节和动态响应性）实现智能气体生成和控释的创新范式 | 活体材料的生物安全性和规模化生产是主要挑战 | 系统总结基于活体材料的气体疗法进展，强调工程化设计原理与治疗效果 | 基于生物实体（如细菌、细胞、藻类）及其仿生衍生物构建的活体材料 | 生物医学工程 | 癌症、炎症性疾病、组织再生 | 基因编程、混合架构设计 | NA | NA | NA | NA | 细菌、细胞、藻类 | 基因回路用于自主气体生产，刺激响应释放架构 | 医学 |
| 560 | 2026-05-12 |
Omics Technologies-Driven Research and Applications of Synthetic Biology
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5264-0_16
PMID:42108303
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综述 | 系统阐述多组学、空间组学和培养组学等组学技术如何驱动合成生物学的研究与应用，涵盖从功能预测到社区构建的全链条解决方案 | 提出多组学整合为合成生物学提供从功能预测、动态调控、功能验证到群落构建的全链条解决方案，强调空间组学解析空间互作机制和培养组学突破培养瓶颈的新思路 | NA | 探讨组学技术如何深入整合合成生物学，解决合成系统功能稳定性差、代谢途径适应性不足和自然微生态互作模拟困难等挑战 | 合成生物系统、合成菌群、底盘菌株 | 合成生物学 | NA | 微生物组学、多组学、空间组学、培养组学 | NA | 多组学数据、空间分布数据、培养数据 | NA | NA | NA | NA | 生物制造、环境修复、医疗健康 |