合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-21	Next-generation oncology: integrative therapeutic frontiers at the crossroads of precision genomics, immuno-engineering, and tumor microenvironment modulation 2025-Sep-20, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-03042-3 PMID:40974488	综述	本文综述了肿瘤学领域向整合性精准医疗的范式转变，重点探讨了精准基因组学、免疫工程和肿瘤微环境调控的交叉融合	提出将癌症视为复杂适应系统（CAS），并系统整合AI引导自适应给药、合成生物学增强CAR-T细胞、肿瘤代谢重编程等协同治疗新策略	存在治疗耐药性、毒性问题、可及性挑战和伦理关切等尚未完全解决的难题	推动肿瘤治疗从传统细胞毒性疗法向智能驱动的多维治疗策略转型	癌症作为复杂适应系统（涵盖遗传、表观遗传和微环境相互作用）	计算肿瘤学	肿瘤	多组学分析、分子图谱技术、量子生物学、合成肿瘤学、暗基因组挖掘	数字孪生（digital twins）	多组学数据	NA
42	2025-09-21	Modular multi-enzyme cascades enable green and sustainable synthesis of non-canonical amino acids from glycerol 2025-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63341-1 PMID:40883312	研究论文	开发了一种模块化多酶级联平台，利用甘油可持续合成非经典氨基酸	通过定向进化OPSS酶将C-N键形成催化效率提升5.6倍，并建立可扩展的即插即用酶策略	NA	开发绿色可持续的非经典氨基酸合成方法	非经典氨基酸（ncAAs）	合成生物学	NA	多酶级联催化、定向进化	NA	NA	22种非经典氨基酸，克至十克级规模，可扩展至2升反应体系
43	2025-09-21	In silico encounters: harnessing metabolic modelling to understand plant-microbe interactions 2025-Jan-14, FEMS microbiology reviews IF:10.1Q1 DOI:10.1093/femsre/fuaf030 PMID:40705360	综述	本文回顾了利用基因组尺度代谢模型研究植物-微生物互作在共生、病原及微生物群落系统中的应用	系统梳理代谢模型如何将植物宿主及其相关微生物作为全生物体理解，并展示模型如何整合异构数据集及作为设计合成微生物群落的硅基测试平台	NA	通过代谢建模理解植物-微生物互作机制，以促进可持续农业和应对气候变化对粮食安全的影响	植物与微生物的互作系统（包括共生、病原体和微生物群落）	计算生物学	NA	基因组尺度代谢建模、基因组学、宏基因组学、表型组学、合成生物学	代谢网络模型	基因组数据、代谢数据、表型数据	NA
44	2025-09-21	Engineering plant holobionts for climate-resilient agriculture 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf158 PMID:40748243	综述	本文提出一个整合微生物生态学、合成生物学和计算建模的框架，用于理性设计农业合成微生物群落（SynComs）以增强气候韧性	引入'可编程全生物体'概念，结合生态原理与合成生物学工具实现动态反馈和跨界信号传导的植物-微生物工程伙伴关系	NA	通过微生物组工程开发气候韧性农业解决方案，提升可持续性、产量稳定性和环境适应性	植物全生物体（宿主及其微生物组）	合成生物学	NA	CRISPR干扰、生物传感器电路、群体感应模块、基因组尺度代谢模型、动态通量平衡分析	机器学习	NA	NA
45	2025-09-21	Innate lymphoid cells in the spotlight: from biomarkers to blueprint for innovative immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1655730 PMID:40963622	综述	本文综述了先天淋巴细胞（ILCs）在免疫调节和疾病中的作用及其作为创新免疫治疗蓝图的潜力	强调ILCs作为新型生物标志物和治疗靶点，并探讨了CAR工程化、干细胞衍生等前沿治疗策略	ILC亚群异质性、可塑性、组织驻留特性及有限的可扩展性仍是临床应用的障碍	探讨ILCs在自身免疫性疾病和癌症中的预测、诊断和治疗价值	先天淋巴细胞（ILCs）及其亚群（ILC1s, ILC2s, ILC3s, LTi细胞）	免疫学	自身免疫性疾病和多种癌症	多组学技术、单细胞图谱、合成生物学方法	NA	NA	NA
46	2025-09-21	Revolutionizing structural biology: AI-driven protein structure prediction from AlphaFold to next-generation innovations 2025, Advances in protein chemistry and structural biology DOI:10.1016/bs.apcsb.2025.04.002 PMID:40973394	综述	本文回顾了蛋白质结构预测技术的演进，重点分析了AlphaFold及其引发的下一代AI驱动创新	系统梳理了从传统方法到AI驱动的蛋白质结构预测革命，并展望了与系统生物学、基因组学及量子计算的融合前景	存在对蛋白质复合物和动态预测的局限性，计算资源需求较高	探讨AI在结构生物学中的关键作用及蛋白质结构预测技术的未来发展	蛋白质结构预测算法及其在生物医学中的应用	计算生物学	NA	AI驱动预测、同源建模、穿线法、从头预测	AlphaFold、RoseTTAFold、OmegaFold	蛋白质序列及结构数据	NA
47	2025-09-21	Transforming vaccinology 2024-Sep-19, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.021 PMID:39303685	综述	本文回顾疫苗学的历史创新与最新进展，强调mRNA疫苗等技术革命对未来疫苗开发的变革潜力	系统梳理疫苗学关键技术创新，突出mRNA疫苗、反向疫苗学等突破性技术对领域的重塑	NA	探讨疫苗学领域的技术演进与未来发展方向	人类疫苗开发技术及免疫反应机制	NA	NA	mRNA疫苗技术、反向疫苗学、合成生物学、结构设计	NA	NA	NA
48	2025-09-20	Integrating kinetic models, gene circuits, and biofilm dynamics for enhanced exopolysaccharide production in nitrifying bacterial consortia 2025-Oct, Journal of microbiological methods IF:1.7Q4 DOI:10.1016/j.mimet.2025.107237 PMID:40850333	研究论文	本研究通过动力学模型和合成生物学方法优化硝化细菌群落的胞外多糖生产和脱氮性能	整合动力学模型、基因电路和生物膜动力学来增强硝化细菌群落的胞外多糖生产	NA	优化废水处理中细菌群落的胞外多糖生产和氮去除效率	从生活废水中富集的细菌群落	合成生物学	NA	动力学建模、基因电路设计、SEM、PCR	Monod模型、Verhulst模型	生物量浓度、EPS产量、氮通量数据	在10 ppm NH₄Cl氮通量控制下的细菌培养，持续45天
49	2025-09-20	Engineered Bacteria Convert a 3-Bit Binary Code to a 3-Bit Gray Code by Multicellular Artificial-Neural-Network-Type Architecture 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00145 PMID:40333022	研究论文	利用基因工程细菌构建单层人工神经网络，实现3位二进制码到格雷码的转换	首次通过多细胞架构实现人工神经网络类型的二进制-格雷码转换器	NA	扩展生物计算能力，开发新型计算功能	基因工程细菌群体	合成生物学	NA	基因工程	ANN (人工神经网络)	化学信号输入，荧光蛋白输出	5个工程化细菌群体
50	2025-09-20	CELLM: Bridging Natural Language Processing and Synthetic Genetic Circuit Design with AI 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00391 PMID:40905372	研究论文	本研究开发了一个结合自然语言处理与合成生物学工具Cello的集成系统，用于通过自然语言指令创建、分析和优化遗传电路	首个将大型语言模型（如DeepSeek-R1, Phi-4）与合成生物学设计工具Cello集成的系统，实现了自然语言到功能性生物设计的转化	NA	通过AI技术降低遗传电路设计的复杂性，提高合成生物学的可访问性和效率	遗传电路设计	自然语言处理	NA	Cello v2.1, LangChain框架, 大型语言模型	LLM (大型语言模型)	文本	NA
51	2025-09-20	Intelligent Design of Escherichia coli Terminators by Coupling Prediction and Generation Models 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00429 PMID:40905909	研究论文	本研究结合预测模型和生成模型，实现了大肠杆菌终止子的智能设计	首次将序列特征与热力学特征结合用于终止子强度预测，并采用GAN生成终止子序列	预测模型性能仍有提升空间（R²=0.72），生成序列的生物学功能需进一步实验验证	开发计算工具准确预测和生成大肠杆菌终止子，提升基因电路设计精度	大肠杆菌（Escherichia coli）内在终止子	合成生物学	NA	机器学习，生成对抗网络（GAN）	GAN，机器学习模型	核苷酸序列数据	使用内在终止子训练数据，实验验证18个生成终止子
52	2025-09-20	Genome-Wide Simplification of the AcMNPV Genome Using Synthetic Biology 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00156 PMID:40910264	研究论文	本研究利用合成生物学方法对AcMNPV基因组进行系统性简化，成功构建了功能性的最小化基因组病毒	开发了通过共转染线性化基因组片段快速拯救病毒的策略，实现了35个不同大小简化基因组的迭代评估	NA	通过基因组简化开发高容量杆状病毒载体并深入理解杆状病毒功能基因组学	Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) 病毒基因组	合成生物学	NA	全基因组合成、基因组简化、共转染技术	NA	基因组数据	35个不同大小的简化基因组
53	2025-09-20	Engineering Noncanonical Cofactors To Expand Cellular Functions 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00473 PMID:40923492	综述	本文探讨了非经典辅因子（NCCs）在合成生物学中的应用，旨在通过工程化方法扩展细胞功能	提出利用非经典辅因子隔离代谢途径，避免与宿主细胞内源酶共享辅因子池，从而实现独立于热力学约束的精准控制	NA	研究如何通过非经典辅因子工程化扩展合成生物学中的细胞功能	细胞代谢途径与酶系统	合成生物学	NA	工程化酶反应与代谢途径设计	NA	NA	NA
54	2025-09-20	Engineering of a Complex of the DNase Domain of Colicin E9 with the Immunity Protein Im9 Activated by the Protease pS273R of African Swine Fever Virus 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00398 PMID:40925015	研究论文	设计了一种由非洲猪瘟病毒蛋白酶激活的蛋白质开关，通过释放DNase活性降解病毒DNA	首次将Colicin E9 DNase结构域与其抑制剂Im9与病毒蛋白酶切割位点结合，创建病毒触发的'杀伤开关'	目前仅进行体外实验验证，尚未在活体动物模型中测试效果	开发针对非洲猪瘟病毒的抗病毒策略	非洲猪瘟病毒蛋白酶pS273R及其底物复合物	合成生物学	非洲猪瘟	蛋白质工程、蛋白酶切割实验、体外活性测定	NA	蛋白质序列、酶活性数据	多个Im9变体构建及优化（包括Im9-1.4变体）
55	2025-09-20	Innovations in Yeast Synthetic Biology: Engineered Discovery Systems for Immunotherapy 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00321 PMID:40802971	综述	本文综述了酵母合成生物学平台在免疫治疗蛋白发现中的创新应用	整合高通量表面展示技术、自动化进化系统和计算设计策略，实现快速识别和工程化新型蛋白质治疗剂	NA	探讨酵母合成生物学在免疫治疗领域的应用与进展	酵母平台、免疫治疗蛋白（如纳米抗体）、免疫受体（如GPCRs、TCRs）	合成生物学	NA	高通量表面展示、自动化进化系统（如OrthoRep）、计算设计	NA	蛋白质数据、抗原筛选数据	NA
56	2025-09-20	Unraveling the Constrained Cell Growth in Engineered Living Materials 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00378 PMID:40808544	研究论文	本研究探讨了工程活材料中空间限制对封装细胞生长和功能的动态影响	揭示了工程活材料中细胞生长与空间限制之间的动态相互作用，并发现了封装细胞内异常高活性氧水平和受损氧光合作用现象	研究主要关注蓝藻细胞，结果可能不适用于其他类型的封装细胞	理解和预测工程活材料中封装细胞的生长行为与功能表现	封装在工程活材料中的蓝藻细胞	合成生物学与材料科学	NA	细胞封装与空间限制分析	NA	细胞生长动力学数据、功能性能数据	NA
57	2025-09-20	Multiplexed Genome Editing and Transcriptional Knockdown in Yarrowia lipolytica by CRISPR-Cpf1 and an Orthogonal T7 System 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00104 PMID:40810600	研究论文	本研究开发了一种结合CRISPR-Cpf1和正交T7系统的工具包，用于解脂耶氏酵母中的多重基因组编辑和转录敲低	首次在解脂耶氏酵母中实现CRISPR-Cpf1与正交T7系统的结合，实现高达四基因的多重编辑和高效转录敲低	同源定向重组效率提升策略仅观察到微小改进	开发解脂耶氏酵母的高效基因编辑和转录调控工具	解脂耶氏酵母（Yarrowia lipolytica）	合成生物学	NA	CRISPR-Cpf1, T7转录系统, 同源定向重组	NA	基因编辑效率数据	未明确说明样本数量，但实现了四基因73.3%和双基因100%的编辑效率
58	2025-09-20	Bioengineering of Probiotic Yeast Saccharomyces boulardii for Advanced Biotherapeutics 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00236 PMID:40811432	综述	本文综述了布拉酵母菌在基因修饰、代谢工程和合成生物学策略方面的最新进展，用于治疗应用	独特地整合了近期在遗传改造、代谢工程及合成生物学策略应用于布拉酵母菌治疗用途的进展，而早期综述主要关注其临床应用和安全性	NA	探讨布拉酵母菌作为工程化活体生物治疗和先进微生物组疗法底盘生物的潜力	布拉酵母菌（Saccharomyces boulardii）	合成生物学	NA	基因修饰、代谢工程、合成生物学策略、生物传感、生物防护	NA	NA	NA
59	2025-09-20	RNA Polymerase III Promoters Compatible with CRISPR Gene Regulation in Saccharomyces cerevisiae 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00122 PMID:40824237	研究论文	本研究鉴定并表征了20个RNA Pol III启动子，用于在酿酒酵母中通过CRISPR技术实现有效的基因激活和抑制	发现了跨物种来源的Pol III启动子（包括哺乳动物和酵母）在酿酒酵母中的CRISPR功能兼容性，并证明支架介导的效应子招募可挽救某些启动子功能	NA	扩展酿酒酵母中可用于CRISPR基因调控的Pol III启动子工具箱，支持合成生物学和代谢工程应用	酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）的基因表达调控	合成生物学	NA	CRISPR-Cas9, RNA Pol III启动子表征	NA	基因表达数据	20个来自不同物种（酵母、哺乳动物）的RNA Pol III启动子
60	2025-09-20	Recent Advances in the Biological Synthesis of l-Tyrosine Derivatives by Genetically Engineered Microbes 2025-Sep-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00475 PMID:40833382	综述	本文总结了基因工程微生物生物合成l-酪氨酸衍生物的最新进展	系统归纳了代谢工程、酶修饰和菌株选育等提高l-酪氨酸衍生物产量的策略	NA	综述l-酪氨酸衍生物微生物合成的研究进展与未来趋势	基因工程微生物及其合成的酪醇、左旋多巴、对香豆酸等衍生物	合成生物学	NA	微生物发酵、代谢工程、酶修饰	NA	文献数据	NA