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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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41 | 2025-06-03 |
A Synthetic Biology Approach to Transgene Expression in Insects
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00250
PMID:39198266
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研究论文 | 本文提出了一种系统方法来表征转基因翻译起始序列(TIS)和3'非翻译区(UTR)的修饰,以调控蚊子和潜在其他昆虫中的基因表达 | 开发了一种系统方法,通过修饰TIS和3'UTR来调控基因表达,为蚊子和潜在其他昆虫的合成生物学提供了新的工具 | 研究主要针对蚊子,对其他昆虫的适用性尚需进一步验证 | 开发一种可预测的基因表达调控方法,以支持蚊子的遗传控制系统 | 蚊子和潜在其他昆虫 | 合成生物学 | NA | 转基因技术 | NA | 基因表达数据 | 多种细胞系和5'调控序列 |
42 | 2025-06-03 |
Computational Synthetic Biology Enabled through JAX: A Showcase
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00307
PMID:39230510
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研究论文 | 本文展示了JAX在计算合成生物学中的应用,通过三个示例项目展示了其灵活扩展、快速运行、易于GPU移植和数学增强等优势 | 利用JAX库在计算生物学中的未充分探索的潜力,展示了其在合成生物学和定向进化等领域的应用 | JAX在计算生物学中的应用仍处于早期阶段,可能缺乏广泛的验证和优化 | 促进数学建模在合成生物学中的应用,提高计算效率 | 合成生物学和定向进化中的计算模型 | 计算生物学 | NA | JAX库 | AI-enabled模型 | 计算模型数据 | 三个示例项目 |
43 | 2025-06-03 |
SeqImprove: Machine-Learning-Assisted Curation of Genetic Circuit Sequence Information
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00392
PMID:39230953
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研究论文 | 介绍了一种名为SeqImprove的机器学习辅助工具,用于改进遗传电路序列信息的整理过程 | 开发了SeqImprove工具,通过命名实体识别、实体标准化和序列匹配技术,促进作者参与序列数据的整理,提高数据的FAIR性 | 未提及具体的性能评估或用户反馈数据 | 改进合成生物学中遗传电路序列信息的整理和提交过程 | 遗传电路序列信息 | 合成生物学 | NA | 命名实体识别、实体标准化、序列匹配 | NA | 序列数据 | NA |
44 | 2025-06-03 |
Orthogonal Serine Integrases Enable Scalable Gene Storage Cascades in Bacterial Genome
2024-09-20, ACS synthetic biology
IF:3.7Q1
DOI:10.1021/acssynbio.4c00505
PMID:39238421
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研究论文 | 本文介绍了一种利用正交丝氨酸整合酶在细菌基因组中实现可扩展基因存储级联的方法 | 开发了基于正交丝氨酸整合酶TP901-1、Bxb1和PhiC31的迭代基因组整合方法,可实现长达13 kb DNA片段的高效、无标记整合 | NA | 开发可扩展的基因组整合工具用于合成生物学应用 | 大肠杆菌MG1655菌株 | 合成生物学 | NA | 正交丝氨酸整合酶技术 | NA | DNA序列数据 | NA |
45 | 2025-06-03 |
Technologies for the discovery of G protein-coupled receptor-targeting biologics
2024-Jun, Current opinion in biotechnology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.copbio.2024.103138
PMID:38728825
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综述 | 本文综述了针对G蛋白偶联受体(GPCRs)的生物制剂发现技术 | 讨论了当前最先进的生物制剂工程技术以及适用于此应用的原理验证技术,并展望了低成本DNA合成和合成生物学进展在GPCR靶向生物制剂发现中的应用 | NA | 探索针对GPCRs的生物制剂发现技术 | G蛋白偶联受体(GPCRs) | 生物制药 | 代谢性疾病、神经系统疾病、心血管疾病 | DNA合成、合成生物学、展示技术 | NA | NA | NA |
46 | 2025-06-03 |
Engineering Whole-Cell Biosensors for Enhanced Detection of Environmental Antibiotics Using a Synthetic Biology Approach
2024-Jun, Indian journal of microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s12088-024-01259-w
PMID:39010990
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review | 本文综述了利用合成生物学方法改造全细胞生物传感器以增强环境抗生素检测的研究 | 探讨了基于EMeRALD的生物传感器,通过合成生物学方法重新利用微生物双组分系统的传感模块 | NA | 开发更有效的环境抗生素检测方法 | 细菌双组分系统(TCSs)和EMeRALD生物传感器 | 合成生物学 | NA | 合成生物学方法 | NA | NA | NA |
47 | 2025-06-03 |
Synthetic biology-based bacterial extracellular vesicles displaying BMP-2 and CXCR4 to ameliorate osteoporosis
2024-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12429
PMID:38576241
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研究论文 | 该研究利用合成生物学技术构建了一种展示BMP-2和CXCR4的细菌胞外囊泡(BEVs-BC),用于改善骨质疏松症 | 首次将BMP-2和CXCR4与BEVs表面蛋白ClyA融合过表达,构建了具有骨靶向和骨形成双重功能的一步法合成生物学系统 | 研究仅在小鼠模型中进行验证,尚未进行人体临床试验 | 开发一种基于合成生物学的骨质疏松症治疗新策略 | 骨质疏松症小鼠模型和骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 合成生物学 | 骨质疏松症 | 合成生物学技术、细菌胞外囊泡工程 | OVX小鼠模型 | NA | NA |
48 | 2025-06-02 |
Catalytic mechanism and engineering of aromatic prenyltransferase: A review
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144214
PMID:40379159
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review | 本文系统总结了芳香族异戊二烯基转移酶的催化机制和工程化研究进展,并探讨了当前挑战和未来研究方向 | 提出了整合人工智能和深度学习的创新工程化方法,以开发高性能生物催化剂 | 当前面临的挑战包括催化活性不足、底物特异性狭窄以及多酶级联系统和固定化技术的限制 | 指导芳香族异戊二烯基转移酶在合成生物学和药物创新中的工程化和规模化应用 | 芳香族异戊二烯基转移酶及其催化机制 | 合成生物学 | NA | 蛋白工程、人工智能、深度学习 | NA | NA | NA |
49 | 2025-06-02 |
From molecular mechanisms to clinical translation: Silk fibroin-based biomaterials for next-generation wound healing
2025-Jun, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144266
PMID:40381758
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综述 | 本文系统总结了丝素蛋白及其复合材料在伤口愈合中的制备策略、功能修饰和多维应用机制,并探讨了其在精准医学中的潜力 | 整合了丝素蛋白分子机制和材料设计的最新进展,强调其在精准医学中的潜力,如开发基因工程丝素蛋白用于定制免疫调节网络 | 当前丝素蛋白材料开发面临的挑战包括机械稳定性、降解可控性以及大规模生产的标准化 | 开发高效、多功能且可临床转化的基于丝素蛋白的材料,用于伤口愈合 | 丝素蛋白及其复合材料 | 生物材料 | 伤口愈合 | 3D生物打印和合成生物学技术 | NA | NA | NA |
50 | 2025-06-02 |
Development of a chemically induced dissociation system via phage surface-displayed nanobody screening
2025-May-31, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70084
PMID:40448527
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研究论文 | 开发了一种通过噬菌体表面展示纳米抗体筛选的化学诱导解离系统,用于调控蛋白质间相互作用 | 利用噬菌体展示方法筛选出可与FDA批准小分子药物相互作用的纳米抗体,建立化学诱导解离系统(CIDiss) | NA | 开发一种可诱导调控蛋白质功能的化学方法,用于合成生物学和细胞治疗 | 丙型肝炎病毒蛋白酶NS3a与纳米抗体的相互作用 | 合成生物学 | 丙型肝炎 | 噬菌体展示 | NA | NA | NA |
51 | 2025-06-02 |
A solution to the postantibiotic era: phages as precision medicine
2025-May-30, Current opinion in microbiology
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.mib.2025.102613
PMID:40449069
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research paper | 探讨噬菌体作为精准医学解决方案以应对抗生素耐药性细菌感染 | 结合基因工程、合成生物学和人工智能技术,定制化设计噬菌体以扩大宿主范围、克服细菌免疫系统并调节宿主细菌 | NA | 解决抗生素耐药性危机,提供精准医学替代方案 | 抗生素耐药性细菌感染 | precision medicine | bacterial infections | genetic engineering, synthetic biology, artificial intelligence, machine learning | NA | NA | NA |
52 | 2025-06-02 |
Synthetic Biology for Designing Allostery and Its Potential Biomedical Applications
2025-May-21, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169225
PMID:40409706
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研究论文 | 本文探讨了利用合成生物学原理设计变构调节及其在生物医学和生物技术中的应用潜力 | 通过合成生物学策略设计变构蛋白调节机制,包括变构调节剂的设计、从头变构蛋白开关的生成以及工程化变构机制在细胞功能控制中的应用 | NA | 探索合成生物学在变构调节设计中的应用及其在生物医学领域的潜力 | 蛋白质的变构调节机制 | 合成生物学 | NA | 人工智能生成蛋白质设计 | NA | NA | NA |
53 | 2025-06-02 |
Recent Advances in Multiple Strategies for the Biosynthesis of Sesquiterpenols
2025-May-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15050664
PMID:40427558
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review | 本文综述了倍半萜醇生物合成的最新策略和进展 | 介绍了合成生物学在微生物生产倍半萜醇中的创新方法,包括适应性合成酶筛选与表达、合成途径调控、细胞内区室化表达策略以及对萜类相关毒性的耐受性 | 低产量和高生产成本阻碍了其工业规模应用 | 探讨倍半萜醇生物合成的最新合成生物学策略和进展 | 倍半萜醇 | 合成生物学 | NA | 微生物系统异源合成 | NA | NA | NA |
54 | 2025-06-02 |
The Application of Multiple Strategies to Enhance Methylparaben Synthesis Using the Engineered Saccharomyces cerevisiae
2025-Apr-25, Biology
DOI:10.3390/biology14050469
PMID:40427658
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研究论文 | 本研究利用工程化的酿酒酵母构建甲基对羟基苯甲酸酯(MP)的生物合成途径,并应用多种代谢工程策略突破合成过程中的瓶颈 | 通过调控内源莽草酸途径的限速步骤、增强中心碳通量及改进外源酶表达,实现了MP在酿酒酵母中的高效合成,产量达到68.59 mg/L,为目前报道的最高水平 | 研究仅在摇瓶水平进行验证,尚未进行大规模发酵或工业化生产的测试 | 开发环境友好的MP生物合成方法以替代传统化学合成工艺 | 工程化改造的酿酒酵母菌株 | 合成生物学 | NA | 代谢工程、启动子工程、基因敲除 | NA | NA | NA |
55 | 2025-06-02 |
Crosslinking intermodular condensation in non-ribosomal peptide biosynthesis
2025-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08306-y
PMID:39663458
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research paper | 该研究开发了位点选择性交联探针,用于构象约束和解析非核糖体肽合成酶中载体蛋白与其伴侣酶域之间的相互作用 | 利用四嗪点击化学捕获载体蛋白底物在缩合域活性位点的缩合过程,并报告了该复合物的高分辨率冷冻电镜结构 | 研究主要关注于酪氨酸生物合成前两个模块的载体蛋白与缩合域的相互作用,可能未涵盖其他模块的类似过程 | 理解非核糖体肽合成酶的分子细节,为未来合成生物学设计提供关键信息 | 非核糖体肽合成酶中的载体蛋白及其伴侣酶域 | 生物化学 | NA | 四嗪点击化学, 冷冻电镜, X射线晶体学 | NA | 结构数据 | NA |
56 | 2025-06-02 |
Cleavable donor-assisted CRISPR/Cas9 system significantly improves the efficiency of large DNA insertion in Physcomitrium patens
2025-Feb, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.70020
PMID:39981890
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研究论文 | 本研究开发了一种体内可切割供体辅助的CRISPR/Cas9系统,显著提高了大型DNA片段在小立碗藓中的插入效率 | 开发了含有两个Cas9核酸酶识别位点的IVC供体,能够在体内释放线性模板,从而提高大片段DNA的插入效率 | 该方法目前仅适用于能够进行原生质体转化和再生的作物 | 提高CRISPR/Cas9介导的大片段DNA插入效率 | 小立碗藓(Physcomitrium patens) | 合成生物学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | DNA序列数据 | 评估了两种不同的sgRNA和四种不同的DNA插入片段 |
57 | 2025-06-01 |
Label-free high-throughput live-cell sorting of genome-wide random mutagenesis libraries for metabolic traits by Raman flow cytometry
2025-Jun-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2503641122
PMID:40445753
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research paper | 该论文介绍了一种基于拉曼流式细胞术的无标记高通量活细胞分选技术,用于代谢特性的基因组范围随机突变库筛选 | 开发了基于正介电电泳诱导确定性侧向位移(pDEP-DLD)的拉曼激活细胞分选(pDEP-DLD-RACS),实现了高精度、高通量、高产量且能保持细胞活力的罕见目标细胞分选 | NA | 开发一种高效的无标记细胞分选技术,用于从基因组范围随机突变库中筛选具有特定代谢特性的细胞 | 色素和油脂生产酵母细胞 | 合成生物学 | NA | 拉曼流式细胞术(Raman flow cytometry) | NA | 拉曼光谱数据 | 基因组范围随机突变库中超过10个突变体 |
58 | 2025-06-01 |
Kinetic modules are sources of concentration robustness in biochemical networks
2025-May-30, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ads7269
PMID:40435256
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research paper | 该研究探讨了动力学模块在生化网络中对浓度鲁棒性的作用,并提出了一种无需参数值即可识别这些模块的方法 | 提出了一种基于稳态反应速率耦合的动力学模块识别方法,无需参数值,并发现有序结合酶机制比随机结合更能增强代谢物浓度的鲁棒性 | 研究仅基于34个代谢网络模型,可能无法涵盖所有生化网络的复杂性 | 研究动力学模块在生化网络中的作用及其对浓度鲁棒性的影响 | 生化网络中的动力学模块和代谢物浓度 | 生物化学网络 | NA | 质量作用动力学 | NA | 代谢网络模型 | 34个代谢网络模型,涵盖26种生物 |
59 | 2025-06-01 |
MutS-mediated rapid and cost-effective error correction in in vitro DNA synthesis
2025-May-28, New biotechnology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.nbt.2025.05.002
PMID:40447215
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研究论文 | 本研究开发了一种基于MutS蛋白的快速、经济高效的体外DNA合成错误校正方法 | 利用重组表达的MutS融合蛋白和自制旋转柱,实现了高效、低成本的DNA合成错误校正 | 反应体积限制在10μL,可能不适合大规模应用 | 开发一种简单、快速、高效且经济的DNA合成错误校正方法 | DNA寡核苷酸和较长的目标分子 | 合成生物学 | NA | 重组蛋白表达与纯化,异源双链DNA结合分析 | NA | DNA序列数据 | 11种Cbm3-Egfp-MutS融合蛋白 |
60 | 2025-06-01 |
Structural Homology Fails to Predict Secretion Efficiency in Pichia pastoris: Divergent Responses of Architecturally Similar scFvs to Multi-Parametric Genetic Engineering
2025-May-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104922
PMID:40430062
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研究论文 | 本研究通过基因剂量优化、表达盒设计和内质网分泌途径重编程三种策略,优化了Pichia pastoris中scFv的分泌效率 | 挑战了结构同源性(63%氨基酸同一性;RMSD 0.47 Å)确保一致优化结果的假设,强调了在合成生物学中需要针对蛋白质量身定制工程策略 | 研究仅针对两种结构同源的scFv变体PR961和PR953,可能不适用于其他蛋白质 | 优化Pichia pastoris中scFv的分泌效率,以支持AI驱动的生物制剂制造 | 两种结构同源的scFv变体PR961和PR953 | 合成生物学 | NA | 基因剂量优化、表达盒设计、内质网分泌途径重编程 | NA | NA | 两种scFv变体PR961和PR953 |