合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-24	The Dawn of High-Throughput and Genome-Scale Kinetic Modeling: Recent Advances and Future Directions 2025-Apr-22, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.4c00868 PMID:40262025	综述	本文回顾了高通量和基因组规模动力学建模的最新进展，并探讨了未来发展方向	整合机器学习与机制代谢模型、开发新型动力学参数数据库以及定制参数化策略	NA	推动系统和合成生物学、代谢工程及医学研究的进步	动力学模型	系统生物学	NA	机器学习、动力学建模	机制代谢模型	NA	NA
42	2025-04-24	Bottom-up development of lipid-based synthetic cells for practical applications 2025-Apr-21, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2025.03.009 PMID:40263003	review	本文综述了自下而上开发的脂质基合成细胞（SCs）的当前技术状态及其潜在应用	强调了合成细胞在药物递送、生物传感器、生物生产、疫苗开发及环境修复等领域的创新应用	讨论了合成细胞在实施过程中面临的挑战	探索合成细胞的设计原理、材料及制造技术，以推动其从概念验证到实际应用的过渡	脂质基合成细胞（SCs）	合成生物学	NA	微流控技术	NA	NA	NA
43	2025-04-24	Comparative Analysis of Codon Optimization Tools: Advancing toward a Multi-Criteria Framework for Synthetic Gene Design 2025-Apr-10, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2411.11066 PMID:40223268	研究论文	本文对广泛使用的密码子优化工具进行了全面的比较分析，提出了一种多标准框架用于合成基因设计	揭示了不同密码子优化工具在序列设计和聚类模式上的显著差异，并提出了一个整合CAI、GC含量、mRNA折叠能量和密码子对考虑的多标准框架	研究仅评估了、和CHO细胞中的工业相关靶蛋白，可能不适用于其他宿主系统	比较不同密码子优化工具的性能，并推进合成基因设计的多标准框架	工业相关靶蛋白在、和CHO细胞中的表达	合成生物学	NA	密码子优化	NA	基因序列数据	多个工业相关靶蛋白在三种不同细胞系中的评估
44	2025-04-24	Engineering carbon assimilation in plants 2025-Apr, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13825 PMID:39783795	review	本文综述了植物碳同化工程的最新进展，包括合成生物学、基因工程、代谢途径优化和人工智能在提高光合效率中的应用	探讨了通过改进RuBisCO或引入替代途径来提高碳固定效率的创新方法	RuBisCO的低动力学效率、低底物特异性和高温度敏感性限制了碳固定通量	优化植物碳同化过程以提高光合效率	植物、藻类和蓝细菌的碳同化机制	合成生物学	NA	合成生物学、基因工程、代谢途径优化、人工智能	NA	NA	NA
45	2025-04-24	Synthetic Biology Strategies and Tools to Modulate Photosynthesis in Microbes 2025-Mar-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26073116 PMID:40243859	综述	本文综述了利用合成生物学策略和工具调控微生物光合作用的最新进展	总结了通过合成生物学增强光能吸收、优化电子传递链和改善碳同化的策略，并提出了AI辅助代谢工程、合成微生物群落和下一代光生物反应器设计等潜在解决方案	需要进一步研究以完善遗传策略和开发可扩展的生产系统	提高光合微生物的光合效率以解决全球资源短缺和污染问题	蓝藻和微藻	合成生物学	NA	合成生物学、AI辅助代谢工程	NA	NA	NA
46	2025-04-24	New strategies to study in depth the metabolic mechanism of astaxanthin biosynthesis in Phaffia rhodozyma 2025-Mar, Critical reviews in biotechnology IF:8.1Q1 DOI:10.1080/07388551.2024.2344578 PMID:38797672	综述	本文综述了虾青素在法夫酵母中生物合成的代谢机制及其提高产量的策略	提出了包括组学、基因组编辑、蛋白质结构活性分析和合成生物学在内的前沿方法，以深入理解虾青素合成机制并提高产量	当前对虾青素合成的复杂代谢调控机制理解仍不全面，关键基因的具体功能、双功能酶的作用机制以及代谢流的调控需要进一步研究	深入理解虾青素的生物合成代谢机制并探索提高其产量的新策略	法夫酵母中的虾青素生物合成	合成生物学	NA	组学、基因组编辑、蛋白质结构-活性分析、合成生物学	NA	NA	NA
47	2025-04-24	Self-pigmenting textiles grown from cellulose-producing bacteria with engineered tyrosinase expression 2025-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02194-3 PMID:38565971	research paper	研究通过基因工程改造细菌生产自着色纤维素纺织品	通过基因工程使细菌表达酪氨酸酶，生产自着色纤维素纺织品，并结合光遗传学工具实现基因表达的模式化	未提及大规模生产的成本或效率问题	开发可持续的纺织品染色方法	细菌纤维素（BC）和基因工程改造的Komagataeibacter rhaeticus菌株	合成生物学	NA	基因工程、光遗传学	NA	NA	NA
48	2025-04-24	Bacillus methanolicus: an emerging chassis for low-carbon biomanufacturing 2025-Feb, Trends in biotechnology IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.tibtech.2024.06.013 PMID:39033040	research paper	本文探讨了如何利用合成生物学方法改造Bacillus methanolicus，以提高其在低碳生物制造中的效率	提出了利用代谢建模和基因组编辑等合成生物学方法对Bacillus methanolicus进行重新编程的创新思路	目前Bacillus methanolicus的效率尚不足以满足工业化需求	提高Bacillus methanolicus在低碳生物制造中的效率	Bacillus methanolicus	合成生物学	NA	代谢建模, 基因组编辑	NA	NA	NA
49	2025-04-24	Antibacterial activity and biosynthetic potential of Streptomyces sp. PBR19, isolated from forest rhizosphere soil of Assam 2024-Dec, Brazilian journal of microbiology : [publication of the Brazilian Society for Microbiology] IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s42770-024-01454-3 PMID:38985434	研究论文	研究从印度阿萨姆邦Pobitora野生动物保护区的森林根际土壤中分离出的Streptomyces sp. PBR19的抗菌活性和生物合成潜力	发现PBR19可能是一个新的分类单元，并展示了其对ESKAPE病原体的显著抗菌活性，以及含有与抗生素合成相关的PKS type II基因	研究仅针对有限的病原体进行了测试，且未进行体内实验验证抗菌效果	探索森林根际土壤中放线菌的抗菌潜力及其在药物开发中的应用	Streptomyces sp. PBR19及其抗菌活性	微生物学	细菌感染	扫描电子显微镜(SEM)、基因测序	NA	微生物样本、基因数据	单一分离菌株PBR19
50	2025-04-24	Combining systems and synthetic biology for in vivo enzymology 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00251-w PMID:39322757	研究论文	本文提出了一种结合合成生物学和系统生物学的方法，用于在体内测量酶学参数	开发了一种通用的体内酶学参数测量方法，克服了传统体外实验条件与生理条件不符的局限性	目前仅应用于酵母合成类胡萝卜素途径中的特定酶类	开发一种在真实细胞条件下测量酶动力学参数的新方法	酿酒酵母中的合成类胡萝卜素途径（重点关注植烯合酶和三种植烯去饱和酶）	合成生物学	NA	代谢组学、通量组学和蛋白质组学	NA	多组学数据	一组经过基因改造的酵母菌株（通过操纵GGPP合酶表达来模拟底物浓度变化）
51	2025-04-23	Making Cells as a "Nirvana Phoenix": Precise Coupling of Precursors Prior to ROS Bursts for Intracellular Synthesis of Quantum Dots 2025-Apr-21, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.5c02861 PMID:40259718	research paper	该研究开发了一种在活细胞内精确合成近红外量子点（QDs）的方法，通过控制前体耦合和抑制ROS爆发，显著提高了细胞存活率和荧光强度	提出了一种细胞适应性硒代胱氨酸（(Cys-Se)）还原为生物相容性低价硒前体的策略，并通过与Ag-谷胱甘肽（AgSG）的及时耦合，实现了细胞内近红外AgSe QDs的高效合成，同时抑制了细胞毒性Se物种和ROS的产生	NA	探索在活细胞内高效合成无机纳米晶体（如量子点）的方法，以用于细胞标记和生物成像	活细胞内的无机纳米晶体合成	合成生物学	NA	细胞内量子点合成技术	NA	荧光成像数据	NA
52	2025-04-23	Angle-controllable RNA tiles for programable array assembly and RNA sensing 2025-Apr-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58938-5 PMID:40253384	research paper	本文介绍了一种新型人工设计的RNA瓦片，通过整合反平行交叉和T型连接，实现了65度或90度的可控角度，并探索了22种不同的瓦片，显著扩展了人工设计多链RNA瓦片的集合	引入了一种新型RNA瓦片设计方法，通过整合反平行交叉和T型连接实现角度可控，并成功将split broccoli RNA适配体整合到多链单体瓦片中，实现了可编程RNA传感	NA	开发具有定制特性和功能性的RNA纳米结构生物材料	人工设计的RNA瓦片及其自组装阵列	分子工程	NA	RNA纳米技术	NA	NA	22种不同的RNA瓦片
53	2025-04-23	Evolution of interorganismal strigolactone biosynthesis in seed plants 2025-01-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp0779 PMID:39818909	research paper	该研究探讨了种子植物中独脚金内酯（SLs）生物合成的进化过程，特别是CYP722A在非经典SLs合成中的作用	揭示了CYP722A在合成非经典SLs中的功能，并提出了16-OH-CLA作为经典SLs进化过程中的代谢中间体的假说	研究主要基于合成生物学方法，可能未完全反映自然条件下的生物合成过程	研究独脚金内酯生物合成的进化及其在不同植物中的功能差异	种子植物中的独脚金内酯及其生物合成酶CYP722A和CYP722C	植物生物学	NA	合成生物学	NA	生物化学数据	多种开花植物的地上部分
54	2025-04-23	Synthesis as an Expanding Resource in Human Milk Science 2021-08-04, Journal of the American Chemical Society IF:14.4Q1 DOI:10.1021/jacs.1c05599 PMID:34296874	research paper	本文探讨了合成化学在人类母乳科学中的应用，特别是均质人乳寡糖（HMOs）的合成及其在动物研究中的规模化应用	提出了合成化学在解决HMOs获取难题中的创新方法，包括化学、化学酶法和合成生物学等多种途径	未提及具体的合成效率或成本问题，也未详细说明动物研究的具体结果	推动人类母乳科学中HMOs的合成研究，以支持更深入的生物学功能研究	人乳寡糖（HMOs）及其合成方法	合成化学	NA	化学合成、化学酶法、合成生物学	NA	化学结构数据	未明确提及具体样本数量
55	2025-04-23	Tetracycline-controllable artificial microRNA-HOTAIR + EZH2 suppressed the progression of bladder cancer cells 2017-Jul-25, Molecular bioSystems DOI:10.1039/c7mb00202e PMID:28671703	research paper	研究探讨了EZH2在膀胱癌细胞中的生物学功能，并构建了一种四环素可控的人工microRNA-HOTAIR + EZH2系统来抑制膀胱癌细胞的进展	构建了四环素可控的人工microRNA-HOTAIR + EZH2系统，能够以剂量依赖方式降低HOTAIR和EZH2的表达，并抑制膀胱癌细胞的增殖和迁移	EZH2在膀胱癌组织中的表达与TNM分期和不良预后无关的具体机制未明确	探究EZH2在膀胱癌细胞中的生物学功能并开发新的治疗方法	膀胱癌细胞	合成生物学	膀胱癌	合成生物学技术	NA	NA	NA
56	2025-04-23	Digital switching in a biosensor circuit via programmable timing of gene availability 2014-Dec, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/nchembio.1680 PMID:25306443	research paper	该研究展示了通过可编程基因可用性定时在生物传感器电路中实现数字切换的新方法	利用位点特异性重组酶通过可编程定时控制基因可用性，显著提高了多基因电路的稳健性和动态范围	NA	改进合成生物学中基因电路的稳健性和性能	内源性microRNA的比例传感器和多基因电路	合成生物学	NA	位点特异性重组技术	NA	基因表达数据	NA
57	2025-04-22	Genome-wide exploration: Evolution, structural characterization, molecular docking, molecular dynamics simulation and expression analysis of sugar transporter (ST) gene family in potato (Solanum tuberosum) 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108402 PMID:40054022	research paper	该研究对马铃薯中的糖转运蛋白（ST）基因家族进行了全基因组探索，包括进化、结构特征、分子对接、分子动力学模拟和表达分析	首次在马铃薯中鉴定了61个StSTs基因，并进行了详细的分类、结构分析和表达模式研究，同时通过分子对接和动力学模拟验证了其功能	研究主要基于计算和体外实验，缺乏体内功能验证实验	探究马铃薯中糖转运蛋白基因家族的特征及其在糖转运和积累中的作用	马铃薯（Solanum tuberosum）中的糖转运蛋白（ST）基因家族	植物分子生物学	NA	分子对接、分子动力学模拟、RNA-seq分析	3D蛋白质建模	基因组数据、表达数据	61个StSTs基因
58	2025-04-22	RmZHD Surface-Displayed Escherichia coli for High Efficiency and Low-Cost Degradation of Zearalenone 2025-Apr-21, ACS applied bio materials IF:4.6Q2 DOI:10.1021/acsabm.4c01994 PMID:40080174	research paper	该研究构建了一种表面展示RmZHD的工程化大肠杆菌，用于高效低成本降解玉米赤霉烯酮（ZEN）及其衍生物	利用合成生物学和表面展示方法构建的工程菌无需额外操作即可展示RmZHD，且生产成本低，能高效降解ZEN及其衍生物	未明确提及工程菌在实际工业环境中的长期稳定性及大规模应用时的潜在问题	开发一种环保且适用于工业规模处理ZEN污染的生物降解方法	玉米赤霉烯酮（ZEN）及其衍生物（如玉米赤霉酮、β-玉米赤霉醇等）	合成生物学	NA	表面展示技术、合成生物学方法	NA	NA	NA（未明确说明实验样本量）
59	2025-04-22	Elucidation of the Ultrafast Origin of Multiphasic Dynamics in a Far-Red-Sensing Cyanobacteriochrome 2025-Apr-21, The journal of physical chemistry letters IF:4.8Q1 DOI:10.1021/acs.jpclett.5c00487 PMID:40256925	研究论文	本文通过飞秒分辨荧光和吸收方法研究了一种新发现的远红/橙光吸收蓝藻色素的光异构化动力学	首次观察到远红光吸收状态的独特动态光谱调谐和橙光吸收状态的明显动态斯托克斯位移	研究局限于特定类型的蓝藻色素，未涉及其他光感受器	阐明蓝藻色素激发态光化学和结构动力学的超快起源	远红/橙光吸收蓝藻色素的异构化反应	生物物理学	NA	飞秒分辨荧光和吸收光谱	NA	光谱数据	特定蓝藻色素样品
60	2025-04-22	Genome Reduction Improves Recombinant Benzoxazole Production in Myxococcus xanthus 2025-Apr-21, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00114 PMID:40257411	研究论文	本研究探讨了基因组缩减对粘球菌生物技术性能的影响，特别是对重组苯并恶唑生产的影响	通过连续移除生物合成基因簇（BGCs）来优化重组天然产物的产量，并发现某些BGCs的组合消除是不可行的，而单独删除是可能的	研究仅针对粘球菌，未涉及其他生物体，且BGCs的组合消除耐受性机制尚不明确	研究基因组缩减对粘球菌生物技术性能的影响，以提高重组天然产物的产量	粘球菌（Myxococcus xanthus）及其生物合成基因簇（BGCs）	合成生物学	NA	基因组缩减技术	NA	基因组数据	NA