合成生物学相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-08	A new mRNA structure prediction based approach to identifying improved signal peptides for bone morphogenetic protein 2 2024-05-23, BMC biotechnology IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12896-024-00858-1 PMID:38783306	研究论文	提出了一种基于mRNA结构预测的新方法，用于筛选改进的骨形态发生蛋白2（BMP2）信号肽	结合mRNA结构预测和氨基酸序列分析，系统筛选信号肽序列，为信号肽工程提供新工具	mRNA结构预测的准确性有待提高，且筛选的信号肽在C2C12细胞中表现不佳	开发一种基于计算工具的系统方法，改进BMP2信号肽以提高其分泌效率	骨形态发生蛋白2（BMP2）的信号肽	合成生物学	骨再生	SignalP, DeepLoc, MXFold2	NA	核苷酸序列, 氨基酸序列	2,611个TGF-β超家族信号肽
42	2025-08-07	Rhodotorula Yeasts as Potential Chassis for Sustainable Food Biotechnology 2025-Aug-06, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c05298 PMID:40699591	综述	本文综述了红酵母作为可持续食品生物技术潜在底盘的研究进展	探讨了红酵母在多组学生物学、细胞工厂创建及合成生物学工具箱方面的最新进展	红酵母代谢工程仍面临多组学信息挖掘不足、遗传工具箱效率低下及独特代谢特征理解不充分等挑战	探索红酵母作为食品成分生产细胞工厂的潜力	红酵母(Rhodotorula spp.)	食品生物技术	NA	多组学分析、合成生物学、代谢工程	NA	NA	NA
43	2025-08-07	Mining UDP-Glucosyltransferases to Develop High-Efficiency Production Strategies for Emodin Glucosides 2025-Aug-06, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c03575 PMID:40705854	研究论文	本研究利用合成生物学方法全面研究了丝状真菌中大黄素葡萄糖苷的生物合成，并开发了一种高效生产策略	评估了十种高效的大黄素UDP-葡萄糖基转移酶（EUGTs），并开发了一种全细胞催化系统，实现了78.9%的高转化率	植物源蛋白在丝状真菌中表达的挑战阻碍了进一步优化	开发大黄素葡萄糖苷的高效生产策略	大黄素-6-β-d-葡萄糖苷（E6G）和大黄素-8-β-d-葡萄糖苷（E8G）	合成生物学	NA	合成生物学方法，全细胞催化系统	NA	NA	十种大黄素UDP-葡萄糖基转移酶（EUGTs）
44	2025-08-07	Plant prenyltransferases: Diversity, catalytic activities, mechanisms, and application in heterologous production of prenylated natural products 2025-Aug-06, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.70004 PMID:40765501	review	本文综述了植物异戊二烯基转移酶（PTs）的多样性、催化活性、机制及其在异源生产异戊二烯化天然产物（PNPs）中的应用	系统总结了160多种已报道的植物UbiA型PTs和代表性异戊二烯二磷酸合成酶（IDSs），并探讨了它们的分类、功能、催化机制及酶工程策略	植物PTs的功能多样性仍未得到充分理解	推进PTs的表征和应用，为基于PNPs的药物开发奠定基础	植物异戊二烯基转移酶（PTs）和异戊二烯化天然产物（PNPs）	合成生物学	NA	基因组学和合成生物学	NA	NA	超过160种植物UbiA型PTs和代表性IDSs
45	2025-08-07	Iterative recombinase technologies for efficient and precise genome engineering across kilobase to megabase scales 2025-Aug-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.07.011 PMID:40763736	研究论文	介绍两种可编程染色体编辑系统PCE和RePCE，实现植物和人类细胞中无疤痕的千碱基到兆碱基DNA操作	开发了Lox位点的高通量工程和AI辅助重组酶工程方法(AiCE)，显著提高了重组效率和编辑精度	未提及在更复杂生物体中的应用效果	扩大基因组编辑在分子育种、治疗开发和合成生物学中的应用范围	植物和人类细胞	合成生物学	NA	AI辅助重组酶工程(AiCE)、Re-pegRNA介导的无疤痕策略	NA	DNA序列数据	未明确提及具体样本数量，但包括水稻和人类细胞
46	2025-08-07	A framework for complex signal processing via synthetic biological operational amplifiers 2025-Jul-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62464-9 PMID:40745425	研究论文	本研究提出了一种通过合成生物操作放大器处理复杂生物信号的框架	整合正交操作放大器到标准化生物过程中，实现高效信号分解和放大，并通过工程σ/anti-σ对、改变RBS强度以及使用开环和闭环配置设计可扩展的操作放大器	NA	提高遗传电路的精确性、适应性和信噪比，实现复杂生物网络中的信号处理	合成生物操作放大器、遗传电路、全细胞生物传感器	合成生物学	NA	σ/anti-σ对工程、RBS强度调整、开环和闭环配置	NA	生物信号	NA
47	2025-08-07	Codon usage and antibiotic resistance: A hidden evolutionary mechanism 2025-Jul-31, Biochimie IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.biochi.2025.07.027 PMID:40752602	综述	本文探讨了密码子使用与抗生素耐药性之间的隐藏进化机制	揭示了密码子优化在增强病原体耐药性决定因素合成中的关键作用，并提出了新的诊断生物标志物和治疗策略的潜在途径	未具体提及研究的局限性	解析密码子使用与抗生素耐药性之间的复杂相互作用，为减轻多重耐药病原体的影响提供信息	病原体如鲍曼不动杆菌、淋病奈瑟菌和肺炎克雷伯菌	生物信息学	抗生素耐药性	比较基因组分析、生物信息学和机器学习方法	NA	基因组数据	NA
48	2025-08-07	Engineering a Self-Assembled Protein Cage for Targeted Dual Functionalization 2024-07-31, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c01693 PMID:39017718	research paper	该研究设计了一种自组装蛋白笼Mi3，能够独立招募两种不同的目标蛋白，用于合成生物学和医学应用	利用SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag化学方法，实现了单个蛋白笼上两种不同目标蛋白的特异性附着，减少了组装间的变异性	NA	开发一种多功能蛋白笼平台，用于生物和生物医学应用	自组装蛋白笼Mi3及其与目标蛋白的相互作用	合成生物学	NA	SpyCatcher/SpyTag和DogCatcher/DogTag化学方法	NA	NA	NA
49	2025-08-07	Unpaired cysteine insertions favor transmembrane dimerization and induce ligand-independent constitutive cytokine receptor signaling 2024-07-26, Biological chemistry IF:2.9Q3 DOI:10.1515/hsz-2023-0344 PMID:38695485	research paper	研究通过插入突变的PPCL序列到细胞因子受体跨膜区，实现配体非依赖性的受体二聚化和组成性激活	发现PPCL插入突变可普遍适用于多种细胞因子受体，实现配体非依赖性的组成性激活	研究仅在Ba/F3前B细胞系中进行验证，未在更广泛的细胞类型或体内模型中测试	探索细胞因子受体跨膜区突变导致配体非依赖性激活的机制及其应用潜力	IL-7Rα及其跨膜区PPCL插入突变体，以及IL-6、IL-12和干扰素家族的细胞因子受体	分子生物学	急性淋巴细胞白血病	细胞信号转导分析、STAT5和ERK磷酸化检测	NA	实验数据	使用Ba/F3前B细胞系进行实验
50	2025-08-06	Bioluminescence-Driven Optimization of Geminivirus-Based Vectors as Tools for Plant Biotechnology 2025-Aug-04, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.5c00164 PMID:40758859	研究论文	本研究通过生物发光技术优化基于双生病毒的载体，用于植物生物技术中的合成生物学应用	利用自生物发光作为敏感、实时的报告系统来表征基因表达，优化了三种双生病毒载体的性能	研究中BCTV载体表现出较差的表达水平和控制能力	优化基于双生病毒的载体，以增强其在植物合成生物学中的应用	基于豆黄花叶病毒(BeYDV)、番茄黄曲叶病毒(TYLCV)和甜菜曲顶病毒(BCTV)的合成复制子	植物生物技术	NA	生物发光技术	NA	NA	NA
51	2025-08-06	Pathway engineering for the biosynthesis of psychedelics 2025-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103314 PMID:40381450	研究论文	本文综述了迷幻药物生物合成的最新进展，重点关注了在真核和原核生产宿主中合成吲哚胺、麦角胺和苯乙胺类化合物的生物合成成就	总结了迷幻药物生物合成的最新进展，并整理了一系列在异源表达中具有活性的相关生物合成酶	NA	开发迷幻药物的替代生产途径	迷幻药物（如psilocybin、DMT、5-MeO-DMT、bufotenine、lysergic acid和mescaline）	合成生物学	NA	生物合成	NA	NA	NA
52	2025-08-06	Microbial food waste valorization: advances, challenges, and perspectives 2025-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103323 PMID:40554099	综述	本文综述了微生物发酵作为食物垃圾可持续解决方案的进展、挑战和前景	强调了合成生物学和代谢工程在提高微生物效率、优化底物利用和扩大工业应用方面的作用	讨论了底物异质性、可扩展性和经济可行性等关键挑战	探讨微生物发酵在食物垃圾资源化利用中的潜力	食物垃圾及其微生物转化	生物技术	NA	微生物发酵、合成生物学、代谢工程	NA	NA	NA
53	2025-08-06	Biotechnological advances in algae-based foods: applications in nutrition and microbiome health 2025-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2025.103335 PMID:40628054	review	本文综述了藻类在食品生物技术中的进展，特别是在营养和微生物组健康方面的应用	探讨了藻类作为可持续、营养丰富的资源在功能性食品开发中的潜力，以及合成生物学和发酵技术在藻类营养增强和新应用中的作用	未提及具体藻类种类或应用中的具体技术限制	研究藻类在食品生物技术中的应用，特别是在营养和微生物组健康方面的潜力	藻类及其衍生物	食品生物技术	NA	合成生物学、发酵技术、酶解	NA	NA	NA
54	2025-08-06	Ingestible optoelectronic capsules enable bidirectional communication with engineered microbes for controllable therapeutic interventions 2025-Aug, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02057-w PMID:40721535	研究论文	本文提出了一种结合工程微生物、可摄入光电胶囊和无线智能手机的双向通信系统，用于可控的治疗干预	通过结合工程微生物和光电技术，实现了体内微生物的实时监测和远程控制	研究仅在猪模型中进行验证，尚未进行人体试验	开发一种用于疾病诊断和治疗的可控生物电子系统	工程化大肠杆菌Nissle 1917和猪模型	合成生物学与光电技术	结肠炎	光遗传学工程、无线通信技术	NA	生物发光信号、无线电信号	猪模型
55	2025-08-06	Cholesterol modulates membrane elasticity via unified biophysical laws 2025-Jul-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62106-0 PMID:40745155	research paper	该研究揭示了胆固醇和脂质不饱和度如何通过统一的生物物理规律调节膜弹性	研究发现脂质膜在介观尺度上表现出统一的弹性行为，不受胆固醇含量、脂质不饱和度或温度的影响	研究主要基于核自旋技术和计算分析，可能需要在更多实验条件下验证	探究胆固醇和脂质不饱和度对膜弹性的影响机制	脂质膜的弹性行为	生物物理学	NA	核自旋技术、计算分析	NA	实验数据	NA
56	2025-08-06	When good guides go bad: empirical evaluation of all unique Cas9 protospacers in E. coli reveal widespread functionality and rules for gRNA design 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.651106 PMID:40475487	研究论文	本文通过评估大肠杆菌K12 MG1655基因组中近50万种独特gRNA的活性，揭示了Cas9核酸酶在合成生物学中的广泛应用及其gRNA设计的规则	研究发现绝大多数（至少93%）独特gRNA具有功能，仅0.3%无功能，并提出了排除或修复这些无功能gRNA的简单设计规则	研究仅限于大肠杆菌K12 MG1655基因组，未在其他细菌或更广泛的生物系统中验证	评估Cas9核酸酶在合成生物学中的特异性及gRNA设计的有效性	大肠杆菌K12 MG1655基因组中的近50万种独特gRNA	合成生物学	NA	Cas9核酸酶技术	NA	基因组数据	近50万种独特gRNA
57	2025-08-06	Purification of post-transcriptionally modified tRNAs for enhanced cell-free translation systems 2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.10.658963 PMID:40661628	研究论文	本文开发了一种纯化方法，用于生产具有天然转录后修饰的tRNA，以提高无细胞翻译系统的效率和保真度	开发了一种结合tRNA过表达和DNA杂交纯化的新方法，能够高产高纯度地生产具有天然转录后修饰的tRNA	NA	解决传统转录方法生产的tRNA缺乏关键转录后修饰的问题，提高翻译产量和保真度	tRNA及其转录后修饰	RNA生物化学	NA	DNA杂交纯化	NA	NA	NA
58	2025-08-06	TeaTFactor: A Prediction Tool for Tea Plant Transcription Factors Based on BERT 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3444466 PMID:39150804	研究论文	本文提出了一种基于BERT的茶植物转录因子预测工具TeaTFactor	利用BERT架构和预训练策略进行转录因子预测，开发了专门的预测工具	未明确提及具体局限性	开发茶植物转录因子的准确预测工具	茶植物转录因子	自然语言处理	NA	BERT预训练	BERT	蛋白质序列数据	未明确提及具体样本数量
59	2025-08-06	Single-Cell Synchro-Subtractive-Additive Nanoscale Surgery with Femtosecond Lasers 2024-07-24, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c00970 PMID:38989671	research paper	本文介绍了一种名为飞秒激光单细胞手术（FLSS）的原位“同步减材-增材”技术，用于解决现有单细胞操作手术方法的不足	FLSS技术通过同步纳米级三维减材和增材制造，实现了对单细胞结构的精确移除和修改，同时通过两种光聚合作用快速固化特殊设计的水凝胶	术后存活率为70%，仍有提升空间	开发一种新型单细胞手术技术，用于单细胞结构的精确操作和修改	单细胞	生物医学工程	NA	飞秒激光手术	NA	NA	NA
60	2025-08-06	Organ-Specific Gene Expression Control Using DNA Origami-Based Nanodevices 2024-07-10, Nano letters IF:9.6Q1 DOI:10.1021/acs.nanolett.4c02104 PMID:38920331	研究论文	本文介绍了一种基于DNA折纸技术的纳米装置，用于实现器官特异性基因表达控制	开发了坚韧的DNA折纸结构，可在低pH条件下封装入脂质纳米颗粒，实现器官特异性基因递送	DNA纳米结构的脆弱性和靶向能力不足仍是挑战	开发器官特异性基因表达的纳米递送系统	DNA折纸纳米装置和脂质纳米颗粒	合成生物学	NA	DNA折纸技术、冷冻电子显微镜(Cryo-EM)	NA	实验数据	小鼠器官